Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.

Transcript

1 Πληροφορική της Υγείας 2014 Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.

2 Περιεχόμενα 1. Ομάδα ΣΤ ΜΑΡΚΟΠΟΥΛΟΥ- ΣΠΥΡΟΠΟΥΛΟΥ -ΚΩΝΣΤΑΝΤΟΠΟΥΛΟΥ ΜΑΡΚΟΣ- ΚΟΥΤΣΟΠΟΥΛΟΣ ΑΥΓΕΡΗ - ΜΠΟΥΖΑΛΑ ΓΑΜΠΗΣ -ΜΠΟΥΡΑ ΠΟΥΡΝΑΡΑ-ΜΑΥΡΟΝΑΣΙΟΥ-ΚΑΡΑΒΑ ΜΟΓΚΙΜΙΑΝ- ΒΕΛΛΗ- ΜΙΧΑΛΟΠΟΥΛΟΥ ΚΟΝΙΔΑ- ΒΑΒΑΤΣΙΚΟΥ ΜΑΝΩΛΟΠΟΥΛΟΥ ΚΑΡΑΓΙΑΝΝΗ- ΜΑΤΖΑΡΚΛΗ ΚΑΤΕΛΟΥΖΟΥ- ΚΟΜΙΧΙΛΗ ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΥ ΓΚΙΩΝΗ... 7

3 1. Ομάδα ΣΤ 1.1 ΜΑΡΚΟΠΟΥΛΟΥ- ΣΠΥΡΟΠΟΥΛΟΥ -ΚΩΝΣΤΑΝΤΟΠΟΥΛΟΥ ΔΙΑΒΗΤΗΣ. A) Περιγραφή πάθησης. B) Ανάπτυξη έμπειρου συστήματος για διάγνωση της πάθησης, με χρήση του λογισμικού Weka. Γ) Ποια η διαφορά του ΕΣ από τον K-means Clustering; 1.2 ΜΑΡΚΟΣ- ΚΟΥΤΣΟΠΟΥΛΟΣ ΑΥΓΕΡΗ - ΜΠΟΥΖΑΛΑ Μελέτη του γονιδίου CD59 και της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί Α) Ποια είναι η χρωμοσωμική τοποθέτηση του γονιδίου; Β) Ποια πρωτεΐνη κωδικοποιεί; Ποια η λειτουργία αυτής της πρωτεΐνης; Πόσα γονίδια κωδικοποιούν την συγκεκριμένη πρωτεΐνη (χρήση Map Viewer); Συμπεριλάβετε την εικόνα. Γ) Ανεύρεση αμινοξικής ακολουθίας σε FASTA μορφή. Ποια η θέση της στο κύτταρο με χρήση του online tool SoftBerry. Ποιο το μήκος της πρωτεΐνης σας; Δ) Ποιες είναι οι λειτουργικές περιοχές της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy. Δώστε τον ορισμό αυτών. Σε ποιο εύρος αμινοξέων βρίσκεται; E) Εντοπίστε τις θέσεις γλυκοζυλίωσης της ασπαραγίνης (N) της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy (Bioinformatics Resource Portal).( NetNClyc) Ζ) Εντοπίστε τις θέσεις μαννοζυλίωσης (C) της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy (Bioinformatics Resource Portal).( NetCClyc)

4 1.3 ΓΑΜΠΗΣ -ΜΠΟΥΡΑ Μελέτη του γονιδίου DES και της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί Function Chromosomal localization of gene Ανεύρεση αλληλουχίας mrna/cdna Exon-intron organization Open Reading Frame, CDS Tissue expression profile Restriction enzyme mapping of cdna Amino acid sequence of protein Post-translational modifications Protein Cell localization Functional domains, motifs, LOGO analysis Multiple alignment/ortholog proteins (8-10) Phylogenetic tree (orthologs from different species, 8-10) Secondary structure Tertiary structure 1.4 ΠΟΥΡΝΑΡΑ-ΜΑΥΡΟΝΑΣΙΟΥ-ΚΑΡΑΒΑ Έμφραγμα Μυοκαρδίου Α) Περιγραφή κυκλοφορικού συστήματος. Β) Περιγραφή πάθησης. Γ) Τι είναι το ηχοκαρδιογράφημα; Δ) Ανάπτυξη έμπειρου συστήματος για πρόβλεψη της επιβίωση ή μη για διάστημα μεγαλύτερο του 1 έτος ασθενών από τη χρονική στιγμή που υπέστησαν έμφραγμα, με χρήση του λογισμικού Weka. Ε) Ποια η διαφορά του ΕΣ από τα Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα;

5 1.5ΜΟΓΚΙΜΙΑΝ- ΒΕΛΛΗ- ΜΙΧΑΛΟΠΟΥΛΟΥ Μελέτη της πρωτεΐνης TP53 A) Τι είναι οι μεταμεταφραστικές τροποποιήσεις μιας πρωτεΐνης; B) Εντοπίστε τις θέσεις γλυκοζυλίωσης της ασπαραγίνης (N) της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy (Bioinformatics Resource Portal).( NetNClyc) Γ) Εντοπίστε τις θέσεις μαννοζυλίωσης (C) της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy (Bioinformatics Resource Portal).( NetCClyc) Δ) Εντοπίστε τις θέσεις φωσφορυλίωσης της σερίνης, της θρεονίνης και της τυροσίνης της πρωτεΐνης με χρήση του online portal ExPASy (Bioinformatics Resource Portal).( NetPhos) Ε) Εντοπισμός των δισουλφιδικών δεσμών της πρωτεΐνης, αν υπάρχουν, με χρήση του εργαλείο ScanProsite tool του ExPASy (Bioinformatics Resource Portal). 1.6 ΚΟΝΙΔΑ- ΒΑΒΑΤΣΙΚΟΥ Μελέτη του γονιδίου TP53 και της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί Function Chromosomal localization of gene Ανεύρεση αλληλουχίας mrna/cdna Exon-intron organization Open Reading Frame, CDS Tissue expression profile Restriction enzyme mapping of cdna Amino acid sequence of protein Post-translational modifications Protein Cell localization Functional domains, motifs, LOGO analysis Multiple alignment/ortholog proteins (8-10) Phylogenetic tree (orthologs from different species, 8-10) Secondary structure Tertiary structure

6 1.7 ΜΑΝΩΛΟΠΟΥΛΟΥ ΚΑΡΑΓΙΑΝΝΗ- ΜΑΤΖΑΡΚΛΗ Ακράτεια Α) Περιγραφή ουροποιητικού συστήματος. Β) Περιγραφή πάθησης Θεραπεία. Δ) Ανάπτυξη έμπειρου συστήματος για διάγνωση της πάθησης, με χρήση του λογισμικού Weka. Ε) Ποια η διαφορά του ΕΣ από τους γενετικούς αλγορίθμους; 1.8 ΚΑΤΕΛΟΥΖΟΥ- ΚΟΜΙΧΙΛΗ Μελέτη του γονιδίου CD59 και της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί Function Chromosomal localization of gene Ανεύρεση αλληλουχίας mrna/cdna Exon-intron organization Open Reading Frame, CDS Tissue expression profile Restriction enzyme mapping of cdna Amino acid sequence of protein Post-translational modifications Protein Cell localization Functional domains, motifs, LOGO analysis Multiple alignment/ortholog proteins (8-10) Phylogenetic tree (orthologs from different species, 8-10) Secondary structure Tertiary structure

7 1.9 ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΥ Αίμα Α) Πότε είναι αναγκαία η μεταμόσχευση μυελού των οστών; Β) Υπό ποιες προϋποθέσεις είναι εφικτή μια τέτοια επέμβαση; Ποιοι οι κίνδυνοι αυτής; Γ) Γιατί είναι αναγκαία μια Βάση Δεδομένων με τα στοιχεία των εθελοντών δοτών; Δ) Πιστεύετε πως είναι απαραίτητη η δημιουργία ενός Cloud; 1.10 ΓΚΙΩΝΗ Μελέτη του γονιδίου TP53 Α) Ποια είναι η χρωμοσωμική τοποθέτηση του γονιδίου; Με χρήση του NCBI και του Ensembl. Συμπεριλάβετε τις εικόνες. B) Ανεύρεση αλληλουχίας mrna/cdna για το πρώτο μετάγραφο σε FASTA μορφή. Πόσα μετάγραφα υπάρχουν συνολικά; Γιατί δεν είναι μόνο ένα; Γ) Τι είναι τα περιοριστικά ένζυμα; Ποια είναι τα περιοριστικά ένζυμα εδώ με χρήση του online tool Webcutter 2.0.Συμπεριλάβετε τον πίνακα. Εξηγήστε. Ποιος είναι ο χάρτης περιοριστικών ενζύμων με χρήση του online tool NEBcutter V2.0- NEB tools. Συμπεριλάβετε την εικόνα.