LightCycler SeptiFast meca Test MG Για χρήση με το LightCycler 2.0 Όργανο

Transcript

1 ΓΙΑ ΧΡΗΣΗ ΜΕ: LightCycler SeptiFast meca Test MG Για χρήση με το LightCycler 2.0 Όργανο (σειριακός αριθμός και μεγαλύτερος) Για in Vitro ιαγνωστική Χρήση. LightCycler SeptiFast meca Kit MG 2 x 15 Tests REF : LightCycler SeptiFast Kit MG 54 Tests REF : SeptiFast Lys Kit MG 100 Tests REF : SeptiFast Prep Kit MG 10 Tests REF : SeptiFast Software Set v2.0 REF : ΠΡΟΒΛΕΠΟΜΕΝΗ ΧΡΗΣΗ Το LightCycler SeptiFast meca Test MG είναι μία in Vitro εξέταση ενίσχυσης νουκλεϊκού οξέος για την ανίχνευση και ταυτοποίηση του DNA meca σε ανθρώπινο αίμα με αντιπηκτικό K-EDTA, με τη χρήση του LightCycler 2.0 Οργάνου. Χρησιμοποιείται ως βοήθημα για την ανίχνευση ανθεκτικών στη μεθικιλλίνη στελεχών του Staphylococcus aureus. Η εξέταση χρησιμοποιείται σε συνδυασμό με την κλινική παρουσίαση, τις καθιερωμένες μικροβιολογικές αναλύσεις και/ή άλλους εργαστηριακούς δείκτες, ως βοήθημα στην αντιμετώπιση ασθενών με υποψία βακτηριαιμίας από MRSA (πολυανθεκτικός χρυσίζων σταφυλόκοκκος). Η εξέταση χρησιμοποιείται για ασθενείς, οι οποίοι βγήκαν θετικοί για Staphylococcus aureus μετά από εξέταση με το LightCycler SeptiFast Test MG. ΣΥΝΟΨΗ ΚΑΙ ΕΠΕΞΗΓΗΣΗ ΤΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ Ο Staphylococcus aureus είναι ένα από τα πιο συχνά απομονωμένα παθογόνα βακτηριαιμίας (1). Η συχνότητα εμφάνισης ανθεκτικών στη μεθικιλλίνη νοσοκομειακών στελεχών, αυξάνεται σταθερά σε πολλές περιοχές (2) και τα νέα εξονοσοκομειακά στελέχη (3) αποτελούν μια νέα απειλή. Η αντίσταση στη μεθικιλλίνη σχετίζεται με ένα σημαντικά υψηλότερο ποσοστό θνησιμότητας από αυτό σε περιπτώσεις βακτηριαιμίας από Staphylococcus aureus ευαίσθητου στη μεθικιλλίνη (4,5) (MSSA). Ο ανθεκτικός στη μεθικιλλίνη Staphylococcus aureus (MRSA) έχει περιγραφεί ότι συνεισφέρει υπεραναλογικά στην ανεπαρκή εμπειρική θεραπεία, π.χ. σε μονάδες εντατικής θεραπείας (6,7), και ότι προκαλεί σημαντικές πρόσθετες δαπάνες (8). Η λήψη συνετών αποφάσεων, όσον αφορά στις πρόωρες επιλογές αντιβιοτικών, είναι σημαντική (9). Το LightCycler SeptiFast meca Test MG παρέχει ένα επιπρόσθετο εργαλείο για τη διευκόλυνση της λήψης αποφάσεων σχετικά με την επιλογή των αντιβιοτικών. Το LightCycler SeptiFast meca Test MG μπορεί να διευκολύνει την έγκαιρη διάγνωση και την επιλογή της κατάλληλης αντιβιοτικής θεραπείας. Η μέθοδος αυτή, που βασίζεται στο νουκλεϊκό οξύ, ανιχνεύει το γονίδιο meca, το οποίο μεσολαβεί στην υψηλού επιπέδου αντίσταση στη μεθικιλλίνη. ΒΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΤΗΣ ΙΑ ΙΚΑΣΙΑΣ Η εξέταση χρησιμοποιείται για την ανίχνευση του DNA meca σε ασθενείς, οι οποίοι βγήκαν θετικοί για Staphylococcus aureus μετά από εξέταση με το LightCycler SeptiFast Test MG. Η προετοιμασία του δείγματος περιγράφεται στο ένθετο συσκευασίας για το LightCycler SeptiFast Test MG. Για το LightCycler SeptiFast meca Test MG, χρησιμοποιείται ένα κλάσμα του εκλούματος του LightCycler SeptiFast Test MG. Η ροή εργασιών του LightCycler SeptiFast Test MG περιλαμβάνει την προετοιμασία του δείγματος με μηχανική λύση και καθαρισμό του DNA. Στη συνέχεια, το DNA στόχος ενισχύεται με PCR πραγματικού χρόνου σε 3 παράλληλες αντιδράσεις (θετικά κατά Gram βακτήρια, αρνητικά κατά Gram βακτήρια και μύκητες) και ανιχνεύεται από ειδικούς ιχνηθέτες H. Η ταυτοποίηση των ειδών και των ορών ελέγχου πραγματοποιείται αυτόματα από το λογισμικό. Για λεπτομερείς πληροφορίες ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG (P/N: ). Επιλογή Στόχου Μια αλληλουχία 314 bp στο γονίδιο meca (10) έχει επιλεγεί ως περιοχή στόχου για την ενίσχυση, ανίχνευση και ταυτοποίηση. Το γονιδιακό προϊόν του γονιδίου meca είναι η πρωτεΐνη PBP2a (ή PBP2'), η οποία είναι μια επιπρόσθετη πενικιλλινοδεσμευτική πρωτεΐνη, που εμφανίζεται σε ανθρώπινα και μη ανθρώπινα, ανθεκτικά στη μεθικιλλίνη στελέχη Staphylococcus, δηλ. S. aureus, S. epidermidis, S. haemolyticus, S. cohnii ή S. sciuri. Το γονίδιο meca μεσολαβεί στην υψηλού επιπέδου αντίσταση στη μεθικιλλίνη σε δηλούμενα στελέχη meca. Τα γονίδια meca από διαφορετικά είδη Staphylococcus είναι υψηλής διατήρησης. Επομένως, τα γονίδια meca από διαφορετικά είδη δεν μπορούν να διαχωριστούν το ένα από το άλλο κατά αλληλουχία. Ενίσχυση και Ανίχνευση PCR σε πραγματικό χρόνο Ενίσχυση Πριν από την ενίσχυση PCR, μειώνεται ο κίνδυνος μόλυνσης του κλώνου (amplicon), με τη χρήση του ενζύμου AmpErase (ουρακίλη-νγλυκοζυλάση). Το ένζυμο αναγνωρίζει και καταλύει τη διάσπαση των κλώνων DNA που περιέχουν δεοξυουριδίνη, αλλά όχι του DNA που περιέχει δεοξυθυμιδίνη. Τα επεξεργασμένα δείγματα προστίθενται στο μίγμα ενίσχυσης που περιέχει Taq πολυμεράση από τη μέθοδο hot start στα LightCycler Τριχοειδή (100 µl) MG, στα οποία πραγματοποιείται η ενίσχυση PCR. Ο στόχος και το Αντιδραστήριο Ελέγχου (RC) ενισχύονται με ειδικούς εκκινητές. Η ενότητα «Πληροφορίες Αναθεώρησης Εγγράφου» βρίσκεται στο τέλος του παρόντος εγγράφου EL 1 Doc Rev. 5.0

2 Ανίχνευση προϊόντων PCR σε πραγματικό χρόνο με ιχνηθέτες H Η ανίχνευση του κλώνου (amplicon) γίνεται με φθορισμό χρησιμοποιώντας ένα ειδικό ζεύγος ιχνηθετών H. Αυτοί οι επισημασμένοι με φθορισμό ιχνηθέτες H υβριδοποιούνται σε μια εσωτερική αλληλουχία του ενισχυμένου θραύσματος κατά τη φάση υβριδισμού του κύκλου ενίσχυσης. Ο εκπεμπόμενος φθορισμός μετράται από το LightCycler 2.0 Όργανο σε ένα από τα τέσσερα διαφορετικά κανάλια ανίχνευσης. Μετά την ολοκλήρωση της ενίσχυσης, διεξάγεται ανάλυση της καμπύλης τήξης. Η θερμοκρασία τήξης T M εξαρτάται από το μήκος, την αλληλουχία και τον βαθμό ομολογίας μεταξύ του ιχνηθέτη και του DNA-στόχου. Αυτόματη ταυτοποίηση meca και ορών ελέγχου Οι θερμοκρασίες τήξης (T M ) των δειγμάτων και των ορών ελέγχου αναλύονται από ειδικό λογισμικό ταυτοποίησης (SeptiFast Identification Software v2.0) και δημιουργείται μια αναφορά. ΑΝΤΙ ΡΑΣΤΗΡΙΑ LightCycler SeptiFast meca Kit MG P/N: x 15 Εξετάσεις [1a] RM 1a (Μίγμα Αντίδρασης 1a) 2 x 58 µl 5,5 U/µL Taq Πολυμεράση από μέθοδο FastStart [1b] RM 1b (Μίγμα Αντίδρασης 1b) 2 x 164 µl Ρυθμιστικό διάλυμα Τris-HCI < 1% Brij < 0,1% ιάλυμα μαγνησίου < 0,001% dntp [2] DM (Μίγμα Ανίχνευσης) < 0,001% εκκινητής, ιχνηθέτες Ρυθμιστικό διάλυμα Tris-HCl < 1% Brij [3] RC (Αντιδραστήριο Ελέγχου) < 0,001% Πρότυπο Ορού Ελέγχου DNA Ρυθμιστικό διάλυμα Tris-HCl < 0,001% RNA μεταφοράς [4] IC (Εσωτερικό Πρότυπο Ελέγχου) < 0,001% DNA σε Επεξεργασία Ορού Ελέγχου < 0,001% RNA μεταφοράς Ρυθμιστικό διάλυμα Tris-HCl [5] DE (Ένζυμο Απολύμανσης) < 0,1% Ένζυμο AmpErase (ουρακίλη-n-γλυκοζυλάση) Ρυθμιστικό διάλυμα Tris-HCl [6] BU (Ρυθμιστικό ιάλυμα) < 0,5% ιάλυμα μαγνησίου [7] DI (Αραιωτικό) Νερό, τύπου PCR 2 x 193 µl 2 x 275 µl 2 x 39 µl 2 x 20 µl 2 x 1000 µl 2 x 1000 µl EL 2 Doc Rev. 5.0

3 ΠΡΟΕΙ ΟΠΟΙΗΣΕΙΣ ΚΑΙ ΠΡΟΦΥΛΑΞΕΙΣ Σύμβολο και προειδοποίηση ασφάλειας H225: Υγρό και ατμοί πολύ εύφλεκτα. H302 + H332: Επιβλαβές σε περίπτωση κατάποσης και εισπνοής. H315: Προκαλεί ερεθισμό του δέρματος. H317: Μπορεί να προκαλέσει αλλεργική δερματική αντίδραση. H318: Προκαλεί σοβαρή οφθαλμική βλάβη. H334: Μπορεί να προκαλέσει αλλεργία ή συμπτώματα άσθματος ή δύσπνοια σε περίπτωση εισπνοής. H412: Επιβλαβές για τους υδρόβιους οργανισμούς, με μακροχρόνιες επιπτώσεις. EUH032: Σε επαφή με οξέα ελευθερώνονται πολύ τοξικά αέρια. P210: Μακριά από θερμότητα, θερμές επιφάνειες, σπινθήρες, γυμνές φλόγες και άλλες πηγές ανάφλεξης. Μην καπνίζετε. P261: Aποφεύγετε να αναπνέετε σκόνη/ αναθυμιάσεις/ αέρια/ σταγονίδια/ ατμούς/ εκνεφώματα. P284: Χρησιμοποιήστε μέσα ατομικής προστασίας της αναπνοής. P305 + P351 + P338 + P310: ΣΕ ΠΕΡΙΠΤΩΣΗ ΕΠΑΦΗΣ ΜΕ ΤΑ ΜΑΤΙΑ: Ξεπλύνετε προσεκτικά με νερό για αρκετά λεπτά. Εάν υπάρχουν φακοί επαφής, αφαιρέστε τους, εφόσον είναι εύκολο. Συνεχίστε να ξεπλένετε. Καλέστε αμέσως το ΚΕΝΤΡΟ ΗΛΗΤΗΡΙΑΣΕΩΝ ή γιατρό. P342 + P311: Εάν παρουσιάζονται αναπνευστικά συμπτώματα: Καλέστε το ΚΕΝΤΡΟ ΗΛΗΤΗΡΙΑΣΕΩΝ ή γιατρό. P362 + P364: Βγάλτε τα μολυσμένα ρούχα και πλύντε τα πριν τα ξαναχρησιμοποιήσετε. P370 + P378: Σε περίπτωση πυρκαγιάς: Χρησιμοποιήστε ξηρή άμμο, ξηρή χημική ουσία ή αφρό ανθεκτικό στο οινόπνευμα για την κατάσβεση. Γενικές Προειδοποιήσεις και Προφυλάξεις Για in Vitro ιαγνωστική Χρήση. Η παρούσα εξέταση προορίζεται μόνο για χρήση με ανθρώπινο αίμα που έχει συλλεχτεί σε K-EDTA. Μην αναρροφάτε με πιπέτα από το στόμα. Μην τρώτε, πίνετε ή καπνίζετε στους χώρους εργασίας των εργαστηρίων. Φοράτε προστατευτικά γάντια χωρίς πούδρα μιας χρήσης, ποδιές εργαστηρίου και προστατευτικά γυαλιά όταν χειρίζεστε δείγματα και κιτ αντιδραστηρίων. Πλένετε καλά τα χέρια σας μετά το χειρισμό δειγμάτων και αντιδραστηρίων της εξέτασης. Μη συγκεντρώνετε αντιδραστήρια από διαφορετικές παρτίδες. Μη συνδυάζετε αντιδραστήρια από διαφορετικά κιτ. Η απόρριψη των αχρησιμοποίητων αντιδραστηρίων, των απορριμμάτων και των δειγμάτων θα πρέπει να γίνεται σύμφωνα με τους κρατικούς και τοπικούς κανονισμούς. Μη χρησιμοποιείτε ένα κιτ μετά την ημερομηνία λήξης του. ιατίθενται ελτία εδομένων Ασφάλειας (SDS), κατόπιν αιτήματος, από τον τοπικό αντιπρόσωπο της Roche. Τα δείγματα πρέπει να αντιμετωπίζονται ως μολυσματικά και ο χειρισμός τους να γίνεται με ασφαλείς εργαστηριακές διαδικασίες, όπως αυτές που περιγράφονται στην τεκμηρίωση Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (11) και στο έγγραφο CLSI M29- A (12). Καθαρίζετε καλά και απολυμαίνετε όλες τις επιφάνειες εργασίας και τα γάντια με ένα αντιδραστήριο απολύμανσης DNA (π.χ. LTK-008 ). Βεβαιωθείτε ότι τα γάντια είναι ανθεκτικά στο αντιδραστήριο απολύμανσης DNA. Φοράτε προστατευτικά γυαλιά, ποδιές εργαστηρίου και γάντια μίας χρήσης όταν χειρίζεστε αντιδραστήρια. Αποφύγετε την επαφή των αντιδραστηρίων αυτών με το δέρμα, τα μάτια ή τους βλεννογόνους. Σε περίπτωση τυχαίας επαφής, ξεπλύνετε αμέσως με άφθονη ποσότητα νερού. ιαφορετικά μπορεί να προκληθούν εγκαύματα. Εάν πέσουν σταγόνες από τα αντιδραστήρια, αραιώστε με νερό πριν τις σκουπίσετε. Η ροή των εργασιών στο εργαστήριο πρέπει να εκτελείται σε μονόδρομη κατεύθυνση, αρχίζοντας από την Περιοχή Προετοιμασίας Πριν από την Ενίσχυση και προχωρώντας προς την Περιοχή Προετοιμασίας Μετά την Ενίσχυση (Ενίσχυση/Ανίχνευση). Οι ενέργειες πριν από την ενίσχυση περιλαμβάνουν την προετοιμασία αντιδραστηρίου και την προετοιμασία δείγματος. Τα υλικά και ο εξοπλισμός πρέπει να προορίζονται αποκλειστικά για κάθε ενέργεια που προηγείται της ενίσχυσης και όχι για άλλες ενέργειες, ούτε να μεταφέρονται μεταξύ των περιοχών. Πρέπει να φοράτε γάντια σε κάθε περιοχή και να τα αλλάζετε πριν από την έξοδό σας από τη συγκεκριμένη περιοχή. Ο εξοπλισμός και τα υλικά που χρησιμοποιούνται για την προετοιμασία του αντιδραστηρίου δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται για ενέργειες χειρισμού δειγμάτων και ορών ελέγχου ή για το χειρισμό με πιπέτα ή την επεξεργασία ενισχυμένου DNA ή άλλων πηγών DNA-στόχου. Τα υλικά και ο εξοπλισμός που χρησιμοποιούνται μετά την ενίσχυση πρέπει να παραμένουν πάντοτε στον ειδικό χώρο που προορίζεται για την επεξεργασία μετά την ενίσχυση. Η παρουσία του ενζύμου AmpErase στο Κύριο Μίγμα Εργασίας μειώνει τον κίνδυνο μόλυνσης του κλώνου (amplicon). Ωστόσο, η μόλυνση από θετικούς ορούς ελέγχου και θετικά δείγματα μπορεί να αποφευχθεί μόνο με τις ορθές εργαστηριακές πρακτικές και με την προσεκτική τήρηση των διαδικασιών που περιγράφονται στο παρόν ένθετο συσκευασίας EL 3 Doc Rev. 5.0

4 Ειδικές Προειδοποιήσεις και Προφυλάξεις κατά τη χρήση του LightCycler SeptiFast meca Test MG Το DNA βακτηρίων βρίσκεται στο περιβάλλον. Για την αποφυγή ψευδώς θετικών αποτελεσμάτων από ανίχνευση τέτοιου περιβαλλοντικού DNA (μόλυνση DNA), είναι απαραίτητο να καθιερωθεί μια ροή εργασιών χωρίς μολυσματικό DNA. Συγκεκριμένα, ο χειριστής μπορεί να αποτελεί πηγή μολυσματικού DNA, καθώς το ανθρώπινο δέρμα και η άνω αναπνευστική οδός κατοικούνται από μικροοργανισμούς, οι οποίοι μπορεί να περιέχουν το γονίδιο στόχο του LightCycler SeptiFast meca Test MG [π.χ. ανθεκτικό στη μεθικιλλίνηstaphylococcus aureus ή ανθεκτικούς στη μεθικιλλίνη, αρνητικούς στην κοαγκουλάσηstaphylococci]. Οι ακόλουθες αρχές αποτελούν συστάσεις για την αποφυγή μόλυνσης του DNA. Αντιδραστήρια και Αναλώσιμα του LightCycler SeptiFast meca Kit MG Τα αντιδραστήρια και τα αναλώσιμα του LightCycler SeptiFast meca Kit MG έχουν σχεδιαστεί για την ελαχιστοποίηση των βακτηριακών μολύνσεων του DNA. Τα προϊόντα MG είναι σχεδιασμένα για την ανίχνευση υψηλής ευαισθησίας των βακτηρίων και μηκύτων νουκλεϊκού οξέος. Οι διαδικασίες παρασκευής ιδιοσκευασμάτων αναπτύχθηκαν για να εξαλείψουν τη μόλυνση του DNA που μπορεί να αλληλεπιδράσει με τέτοιες αναλύσεις. Αποφεύγετε το περιττό άνοιγμα και κλείσιμο των φιαλιδίων αντιδραστηρίων. Ένδυση και Γάντια Φοράτε γάντια χωρίς πούδρα κατά τη διάρκεια ολόκληρης της ροής εργασιών. Αποφεύγετε την έκθεση του δέρματος, φοράτε γάντια πάνω από τα μανίκια της εργαστηριακής ποδιάς. Αλλάξτε γάντια αμέσως, σε περίπτωση που μολυνθούν ή καθαρίστε τα με αντιδραστήριο απολύμανσης DNA (π.χ. LTK-008, τα γάντια πρέπει να είναι ανθεκτικά στο αντιδραστήριο). Όταν βάζετε τα γάντια, μην αγγίζετε την παλάμη και τα δάχτυλα τους. Φροντίδα του σταθμού εργασίας PCR Καθαρίζετε τις εξωτερικές επιφάνειες στο σταθμό εργασίας PCR με αντιδραστήριο απολύμανσης DNA, μετά από κάθε ρύθμιση της PCR. ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Βεβαιωθείτε ότι ο εξοπλισμός είναι ανθεκτικός στο αντιδραστήριο απολύμανσης DNA. Καθαρίζετε όλες τις επιφάνειες μέσα στο σταθμό εργασίας PCR σε τακτά χρονικά διαστήματα (τοίχους, χώρο κάτω από την πλάκα βάσης, πλάκα δαπέδου). Βεβαιωθείτε ότι δεν υπάρχει DNA στο σταθμό εργασίας PCR, εάν χρησιμοποιείται από πολλούς χειριστές. Ενεργοποιήστε την ακτινοβολία UV για τουλάχιστον 30 λεπτά πριν από την εργασία. Απενεργοποιήστε την ακτινοβολία UV κατά τη διάρκεια της εργασίας. ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Αλλάξτε τη λάμπα UV του σταθμού εργασίας PCR σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Χειρισμός Συσκευών και Αναλώσιμων Αφήνετε, εάν είναι δυνατόν, τα ειδικά αναλώσιμα και τις συσκευές που χρησιμοποιούνται για το LightCycler SeptiFast meca Test MG μέσα στο σταθμό εργασίας PCR. Ακτινοβολείτε όλα τα στοιχεία, για τουλάχιστον 30 λεπτά με ακτινοβολία UV πριν από την εργασία. Χρησιμοποιείτε μόνο αναλώσιμα χωρίς DNA (ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG). Χρησιμοποιήστε τα μόνο μία φορά. Χρησιμοποιείτε το Εργαλείο Πωματισμού για να κλείσετε τα τριχοειδή (για οδηγίες χειρισμού ανατρέξτε στο Εγχειρίδιο Χειριστή για το LightCycler 2.0 Όργανο). Σε περίπτωση θραύσης τριχοειδούς, ανατρέξτε στο Εγχειρίδιο Χειριστή για το LightCycler 2.0 Όργανο (κεφάλαιο Συντήρηση ). Προφυλάξεις κατά τη διάρκεια διοχέτευσης με Πιπέτα Ανοίξτε τα φιαλίδια αντιδραστηρίου,τις θήκες ακροφύσιων πιπέτας και τις θήκες τριχοειδών μόνο κατά τη νηματική ροή. Μην χρησιμοποιείτε τα ίδια ακροφύσια πιπέτας και τριχοειδή εκτός της νηματικής ροής. Μην αγγίζετε τη στεφάνη ή το σπειροειδές τμήμα ενός ανοιχτού φιαλιδίου. Κατά τη διοχέτευση με πιπέτα, κρατήστε το φιαλίδιο κάτω από τη στεφάνη. Μην αγγίζετε τη στεφάνη ενός ανοιχτού τριχοειδούς. Τακτοποιήστε όλα τα στοιχεία που χρησιμοποιούνται κατά τη διάρκεια των διαδικασιών με νηματική ροή σε λογική σειρά. Εάν πέσουν σταγόνες, τερματίστε το τρέχον βήμα εργασίας και καθαρίστε αμέσως το χώρο εργασίας με αντιδραστήριο απολύμανσης DNA (π.χ. LTK-008 ) ΑΠΟΘΗΚΕΥΣΗ ΚΑΙ ΑΠΑΙΤΗΣΕΙΣ ΧΕΙΡΙΣΜΟΥ Αποθηκεύστε στους -15 έως -25 C. Αποθηκεύστε σε σκοτεινο χώρο. Αποθηκεύστε το Κύριο Μίγμα (για την προετοιμασία του Κύριου Μίγματος, βλ. ενότητα Προετοιμασία Αντιδραστηρίου) στους 2 έως 8 C για έως και 72 ώρες. Αποθηκεύστε τα ανοιχτά φιαλίδια για έως και 6 μήνες μετά το πρώτο άνοιγμα. Μη χρησιμοποιείτε το προϊόν μετά την ημερομηνία λήξης του. Καταψύξτε και αποψύξτε τα ανοιχτά φιαλίδια έως και 4 φορές μετά το πρώτο άνοιγμα. Μη χρησιμοποιείτε το προϊόν μετά την ημερομηνία λήξης του. ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΑ ΥΛΙΚΑ SeptiFast Lys Kit MG P/N: Εξετάσεις SeptiFast Prep Kit MG P/N: Εξετάσεις LightCycler SeptiFast Kit MG P/N: Εξετάσεις SeptiFast Software Set v2.0 P/N: (παρέχεται μία φορά) LightCycler SeptiFast meca Kit MG P/N: x 15 Εξετάσεις ΑΠΑΙΤΟΥΜΕΝΑ ΜΗ ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΑ ΥΛΙΚΑ Ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας για το LightCycler SeptiFast Test MG. ΣΥΛΛΟΓΗ, ΜΕΤΑΦΟΡΑ ΚΑΙ ΑΠΟΘΗΚΕΥΣΗ ΕΙΓΜΑΤΩΝ ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Όλα τα δείγματα και οι οροί ελέγχου πρέπει να θεωρούνται μολυσματικά και ο χειρισμός τους πρέπει να γίνεται ανάλογα. Συλλογή είγματος Η συλλογή δείγματος περιγράφεται στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG EL 4 Doc Rev. 5.0

5 Μεταφορά και Αποθήκευση ειγμάτων Η μεταφορά και αποθήκευση δείγματος περιγράφεται στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG. Αποθήκευση Εκλούματος Το έκλουσμα μπορεί να αποθηκευτεί έως και για 4 ώρες στους 15 έως 25 C, για έως και 8 ημέρες στους 2 έως 8 C ή για έως και 30 ημέρες στους -15 έως -25 C. Ο ΗΓΙΕΣ ΧΡΗΣΗΣ Πριν την Εκκίνηση Προετοιμασίας Αντιδραστηρίου Αντιστάθμιση Χρώματος Η χρήση του LightCycler Multicolor Compensation Set (P/N: ) είναι προαπαιτούμενη. Για λεπτομέρειες, ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας για το LightCycler SeptiFast Kit (P/N: ). Εγκατάσταση του SeptiFast Identification Software (SIS) και της SeptiFast meca Μακροεντολής Το SeptiFast Identification Software (SIS) και η SeptiFast meca Μακροεντολή (όνομα αρχείου: SeptiFast meca_1.0_ ή νεότερες εκδόσεις) πρέπει να εγκατασταθούν πριν από την εκτέλεση της εξέτασης. Για λεπτομέρειες, ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας για το LightCycler SeptiFast Test MG. Προετοιμασία Ορού Ελέγχου Το υλικό Θετικού Ορού Ελέγχου μπορεί να αγοραστεί και από άλλες εταιρίες. Για το LightCycler SeptiFast meca Test MG και το LightCycler SeptiFast Test MG μπορεί να χρησιμοποιηθεί, ως Υλικό Θετικού Ορού Ελέγχου, το υλικό ATCC 33592, ένα ανθεκτικό στη μεθικιλλίνη S. aureus Η προετοιμασία περιγράφεται στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG. Ο Θετικός Ορός Ελέγχου πρέπει να υφίσταται επεξεργασία καθ όλη τη ροή των εργασιών, όπως γίνεται με κάθε δείγμα. Προετοιμασία Αντιδραστηρίου με LightCycler SeptiFast meca Kit MG 1. Καθαρίστε και απολυμάνετε καλά τη θήκη νηματικής ροής και το σταθμό εργασίας PCR (π.χ. με LTK-008 ). 2. Ενεργοποιήστε την ακτινοβολία UV και τη ροή του αέρα της θήκης νηματικής ροής, καθώς και την ακτινοβολία UV του σταθμού εργασίας PCR για τουλάχιστον 30 λεπτά. 3. Απενεργοποιήστε την ακτινοβολία UV κατά τη διάρκεια της εργασίας. 4. Αποψύξτε τα συστατικά του LightCycler SeptiFast meca Kit MG, προστατεύοντάς τα από το φως, σε θερμοκρασία δωματίου για περίπου 20 λεπτά. Στροβιλίστε για σύντομο χρονικό διάστημα και περιστρέψτε γρήγορα. 5. Ανάλογα με το συνολικό αριθμό δειγμάτων που πρέπει να αναλυθούν, συν δύο επιπλέον αντιδράσεις για τον Αρνητικό Ορό Ελέγχου και το Αντιδραστήριο Ελέγχου, τοποθετήστε τα LightCycler Τριχοειδή σε προσαρμογείς φυγόκεντρου που έχουν προψυχθεί. 6. Προετοιμάστε το Κύριο Μίγμα πολλαπλασιάζοντας την ποσότητα στη στήλη Όγκος με τον αριθμό των αντιδράσεων που θα αναλυθούν (εκλούματα δείγματος, έκλουμα Αρνητικού Ορού Ελέγχου και έκλουμα Αντιδραστηρίου Ελέγχου), συν μία πρόσθετη αντίδραση για να καταστεί δυνατή η διοχέτευση επαρκούς όγκου με πιπέτα. Ακολουθήστε τη διαδικασία που περιγράφεται παρακάτω για μία τυπική αντίδραση 100 µl. Βήμα Ενέργεια 1 Προετοιμασία του Κύριου Μίγματος: Σε ένα σωληνάριο αντίδρασης 1,5 ml στους 2 έως 8 C, προσθέστε τα ακόλουθα συστατικά με τη σειρά που αναφέρονται παρακάτω: Στοιχείο Όγκος (µl) DI 13,5 BU 12 DM 10 IC 2 RM 1b 8,5 DE 1 RM 1a 3 Συνολικός όγκος 50 2 Ανακατέψτε προσεκτικά χρησιμοποιώντας την πιπέτα. Μην στροβιλίζετε! ιοχετεύστε με πιπέτα 50 µl Κύριου Μίγματος σε κάθε LightCycler Τριχοειδές που έχει προψυχθεί. 3 Προσθέστε 50 µl κάθε εκλούματος δείγματος σε ξεχωριστό τριχοειδές και κλείστε το τριχοειδές με το εργαλείο πωματισμού. Προσθέστε 50 µl εκλούματος Αρνητικού Ορού Ελέγχου (NC) σε ένα τριχοειδές. Ο NC δεν αποτελεί μέρος του LightCycler SeptiFast meca Kit MG και προετοιμάζεται με επεξεργασία του NC από το LightCycler SeptiFast Test MG. Τα δείγματα από κάθε προετοιμασία δείγματος και η παρτίδα PCR πρέπει να αναλύονται μαζί με τον NC που προετοιμάζεται στην ίδια παρτίδα. Μη συνδυάζετε στην ίδια ανάλυση δείγματα που έχουν προετοιμαστεί σε διαφορετικές παρτίδες. Κλείστε το τριχοειδές με το εργαλείο πωματισμού. Προσθέστε 50 µl Αντιδραστηρίου Ελέγχου (RC) σε ένα τριχοειδές. Κλείστε το τριχοειδές με το εργαλείο πωματισμού. 4 Μεταφέρετε όλα τα τριχοειδή σύμφωνα με τη λίστα φόρτωσης δειγμάτων της SeptiFast meca Μακροεντολής (RC, NC, δείγμα 1, δείγμα 2 ) στον LightCycler Περιστρεφόμενο ίσκο ειγμάτων. 5 Φυγοκεντρίστε τον LightCycler Περιστρεφόμενο ίσκο ειγμάτων με τη Φυγόκεντρο Περιστρεφόμενου ίσκου LC 2.0 (ελέγξτε τη στάθμη του υγρού στα τριχοειδή). 6 Τοποθετήστε τον LightCycler Περιστρεφόμενο ίσκο ειγμάτων στο LightCycler 2.0 Όργανο. Φόρτωση και Λειτουργία του LightCycler 2.0 Οργάνου ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Συνιστάται το LightCycler 2.0 Όργανο, να λειτουργεί σε χωριστό δωμάτιο από αυτό για τον καθαρισμό του DNA και την προετοιμασία διαλυμάτων εργασίας. 1. Εκκινήστε τη SeptiFast meca Μακροεντολή (όνομα αρχείου: SeptiFast meca_1.0_ ). Ανατρέξτε στο Εγχειρίδιο Χειριστή για το LightCycler 2.0 Όργανο, κεφάλαιο Εκτέλεση μιας Roche Macro. ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Μην χρησιμοποιείτε το πεδίο <assay lot number>. Εάν θέλετε να προσθέσετε τον αριθμό παρτίδας ανάλυσης στην εξέταση, εισάγετε τις πληροφορίες στο αντίστοιχο πεδίο στον επεξεργαστή δείγματος EL 5 Doc Rev. 5.0

6 ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Εάν αποσυνδεθεί ο χειριστής, μην συνεχίσετε την ανάλυση. Ξεκινήστε νέα ανάλυση με νέο όνομα. 2. Αποθηκεύστε την ανάλυση με ένα όνομα που θα εξασφαλίζει ακριβή ταυτοποίηση (π.χ. όνομα χειριστή και ημερομηνία). 3. Μειώστε τα δείγματα από τη λίστα φόρτωσης προεπιλογής, εάν απαιτούνται λιγότερα από 5 δείγματα. Εάν κατά λάθος διαγραφούν πάρα πολλά τριχοειδή, μην τα προσθέσετε, αλλά ξεκινήστε τη διαδικασία από την αρχή. 4. Εισάγετε τα ειδικά δεδομένα του ασθενή σε <αγκύλες> (π.χ. meca <Όνομα-01>) 5. Μόλις προστεθούν όλες οι ειδικές για τα δείγματα πληροφορίες, συνεχίστε κατά τον οδηγό κιτ και ξεκινήστε την ανάλυση με το LightCycler 2.0 Όργανο. 6. Μετά τη ολοκλήρωση της ανάλυσης, ελέγξτε τη στάθμη του υγρού στα τριχοειδή (τα αποτελέσματα δεν είναι έγκυρα για το τριχοειδές, εάν η στάθμη του είναι μεταβλητή). ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Μην αλλάζετε τα προθέματα των ονομάτων των δειγμάτων. Μη διαγράφετε τις αγκύλες. Κάθε δείγμα πρέπει να περιέχει το ειδικό για την ανάλυση πρόθεμα (meca) για να εξασφαλιστεί η ταυτοποίηση από το SIS. Μην αλλάζετε το όνομα του Αντιδραστηρίου Ελέγχου και του Αρνητικού Ορού Ελέγχου. ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Με τη χρήση ορισμένων ειδικών χαρακτήρων, όπως ' ή < > ` και, ενδέχεται να προκληθούν προβλήματα στις συμβάσεις ονομασίας κατά την εισαγωγή ενός ονόματος στο πεδίο προβολής ονόματος. Ανίχνευση Κορυφής και Αυτόματη Ταυτοποίηση Κορυφής Γενική Επεξήγηση των Μονάδων Ανάλυσης Η χειροκίνητη Εμφάνιση της τιμής T M απαιτεί χειροκίνητο χειρισμό σε δύο αυτόματες μονάδες Εμφάνισης της τιμής T M. Η μονάδα Απόλυτης Ποσοτικοποίησης, η οποία είναι επίσης αυτόματη, δεν απαιτεί χειροκίνητους χειρισμούς. Η γραμμή της τιμής T M κάθε τρόπου ανάλυσης είναι προκαθορισμένη στη SeptiFast meca Μακροεντολή. Στο παράθυρο της κορυφής τήξης, εμφανίζονται όλες οι καμπύλες των επιλεγμένων γραφημάτων. Υπάρχει η δυνατότητα να επιλέξετε ή να αποεπιλέξετε τις γραμμές της τιμής T M. Η τιμή αναφοράς κάθε τρόπου ανάλυσης είναι προκαθορισμένη στη SeptiFast meca Μακροεντολή. Μην αλλάξετε ή αποεπιλέξετε τις τιμές αναφοράς. Εάν αλλάξουν κατά λάθος, πληκτρολογήστε τις σωστές τιμές από τον Πίνακα 2: Τιμές αναφοράς. Εάν ενεργοποιηθούν περισσότερα από ένα τριχοειδή, οι ρυθμίσεις του πρώτου τριχοειδούς εμφανίζονται στο πλαίσιο ελέγχου. Η μετατόπιση των γραμμών επηρεάζει όλα τα ενεργοποιημένα τριχοειδή. ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Μην αλλάξετε τις ρυθμίσεις <Channel>, <Color Compensation>, <Program>, <Method>, <Show Shoulders>, <Peak Area> και <Peak Width>. Οι κορυφές ορίζονται ως οι μέγιστες τιμές πάνω από την τιμή αναφοράς. Οι πλευρές δεν θεωρούνται κορυφές. Οι ολισθητήρες πρέπει να επιλεγούν εντός του ισχύοντος εύρους T M (βλ. Πίνακα 1). Πίνακας 1: Εύρη τιμών T M για έγκυρες κορυφές CH 640 CH 705 Χαμηλή T M ( C) Υψηλή T M ( C) Χαμηλή T M ( C) Υψηλή T M ( C) meca 62,00 69,00 51,50 58,50 Οι τιμές αναφοράς είναι προκαθορισμένες σύμφωνα με τον ακόλουθο πίνακα και δεν πρέπει να αλλάξουν. (Εάν αλλάξουν κατά λάθος, πληκτρολογήστε ξανά τις τιμές σύμφωνα με τη λίστα, διαφορετικά η ανάλυση θα επισημανθεί). Πίνακας 2: Τιμές αναφοράς CH 640 CH 705 meca 0,021 0,022 Προσαρμογή των γραμμών της τιμής T M 1. Μετά την ολοκλήρωση της ανάλυσης, ο οδηγός πειράματος εμφανίζει το παράθυρο <Analyses have been created>. 2. Μετακινήσετε το παράθυρο στο κάτω μέρος (μην πατήσετε το <Finish>). 3. Βεβαιωθείτε ότι οι τιμές T M και η τιμή αναφοράς είναι ορατές. 4. Κάντε κλικ στη μονάδα ανάλυσης (π.χ. Εμφάνιση τιμής T M meca 640). 5. Ενεργοποιήστε όλες τις θέσεις της ανάλυσης για να έχετε μια επισκόπηση. 6. Κάντε κλικ μόνο στη θέση meca #RC#. 7. Ρυθμίστε τη γραμμή της τιμής T M στη μέγιστη κορυφή πάνω από την τιμή αναφοράς και εστιάστε μόνο στο εύρος έγκυρων τιμών T M. Εάν δεν υπάρχει κορυφή πάνω από την τιμή αναφοράς, η γραμμή της τιμής T M πρέπει να διαγραφεί (απενεργοποιήστε το αντίστοιχο πλαίσιο). Στο τέλος της Εμφάνισης της τιμής T M για ένα ειδικό τριχοειδές, πρέπει να υπάρχουν μόνο μέγιστες κορυφές με γραμμές τιμής T M 8. Ενεργοποιήστε την επόμενη θέση (π.χ. meca #NC#) μαζί με το meca #RC# για να κάνετε επισκόπηση. (Η αυτόματη προσαρμογή κλίμακας θα προσαρμοστεί στην υψηλότερη κορυφή). 9. Ενεργοποιήστε μόνο την επιλεγμένη θέση (π.χ. meca #NC#). (Η αυτόματη προσαρμογή κλίμακας θα προσαρμοστεί στις κορυφές υποβάθρου του NC. Η τιμή αναφοράς μπορεί να μην είναι πλέον ορατή.) 10. Προχωρήστε με την ανίχνευση κορυφής των δειγμάτων, όπως περιγράφεται στα βήματα Μετά το τέλος της ανάλυσης του πρώτου καναλιού ανίχνευσης (Εμφάνιση T M meca 640), προχωρήστε με την Εμφάνιση T M meca 705, όπως περιγράφεται στα βήματα Ολοκλήρωση Εμφάνισης της τιμής T M 1. Μετατοπίστε τον οδηγό πειράματος στο κέντρο της οθόνης και πατήστε <Finish>. 2. Η LightCycler Αναφορά δημιουργείται αυτόματα και πρέπει να τυπωθεί. 3. Η ανάλυση αποθηκεύεται αυτόματα. 4. Εξαγάγετε το αρχείο *.ixo στο <C:\Export to SIS>. 5. Ελέγξτε την αναφορά για ενδείξεις και για το αν εμφανίζεται το μήνυμα <run state: complete>. 6. Εάν προκύψουν ενδείξεις ή αν εμφανιστούν άλλα μηνύματα για την κατάσταση ανάλυσης, η ανάλυση δεν είναι έγκυρη και πρέπει να επανεξεταστούν όλα τα δείγματα. Αυτόματη Ταυτοποίηση Κορυφής με SeptiFast Identification Software v2.0 (SIS) 1. Κάντε διπλό κλικ στο εικονίδιο SIS στην επιφάνεια εργασίας και πατήστε <Start>. 2. Επιλέξτε την ανάλυση από το φάκελο <C:\Export to SIS> και φορτώστε το αρχείο *.ixo EL 6 Doc Rev. 5.0

7 3. Επιλέξτε Yes ή No για να αποφασίσετε αν η LightCycler Αναφορά περιέχει την ένδειξη <User Developed or Modified Test Method>. 4. Το αρχείο *.ixo θα αναλυθεί αυτόματα και τα δεδομένα θα εμφανιστούν σε μια αναφορά. 5. Εκτυπώστε την Αναφορά SIS. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ Ερμηνεία των Αποτελεσμάτων Οι ΕΝ ΕΙΞΕΙΣ και τα ΣΧΟΛΙΑ μπορεί να δημιουργηθούν από το SeptiFast Identification Software v2.0 (SIS) ως RUN FLAGS, ASSAY FLAGS και FLAGS στο πλαίσιο SPECIMEN (βλ. παρακάτω). Ο χειριστής πρέπει να ελέγξει την εκτύπωση(εις) της ανάλυσης για επισημάνσεις ή σχόλια στις στήλες FLAGS ή COMMENTS στο πλαίσιο SPECIMEN. Σχήμα 1: Πλαίσιο Specimen Specimen Assay Data Result Flags Comment SeptiFast meca sample 1 meca <CH..., TM..., PH..., CP...> <meca> SeptiFast meca sample 2 meca Επιπλέον πληροφορίες μπορούν να ληφθούν στα πεδία COMMENT των RUN FLAGS και των ASSAY FLAGS. Όλες οι ενδείξεις εμφανίζονται στον Πίνακα 3. Αποτελέσματα είγματος Το όνομα <meca> στο πεδίο RESULT υποδεικνύει ότι το δείγμα βρέθηκε θετικό για meca. Σημείωση: Ελέγξτε στο πεδίο σχολίων του LightCycler SeptiFast Test MG εάν εμφανίζεται η ένδειξη <for meca resistance testing: Peak for CoNS from SML detected> 1. Ανατρέξτε στην ενότητα Περιορισμοί της ιαδικασίας για περισσότερες πληροφορίες. Τα πρωτογενή δεδομένα των σχετικών κορυφών εμφανίζονται στο πεδίο DATA και συμπεριλαμβάνουν το κανάλι (CH), το σημείο τήξης (T M ), το ύψος κορυφής (PH) και το σημείο επιχιασμού (CP 2 ). Το σύμβολο στο πεδίο RESULT σημαίνει ότι δεν ανιχνεύτηκε αναλύτης μέσα στα καθορισμένα κριτήρια για το meca. 1 Το SML είναι η Κύρια Λίστα του SeptiFast Test, για λεπτομέρειες ανατρέξτε στο ένθετο συσκευασίας του LightCycler SeptiFast Test MG 2 Το CP εμφανίζεται για το Κανάλι 640 Επαλήθευση Ανάλυσης Η επαλήθευση ανάλυσης διεξάγεται από το SeptiFast Identification Software v2.0. Τα μη έγκυρα αποτελέσματα εμφανίζονται αυτόματα και επισημαίνονται με. Τα σχόλια των ενδείξεων και οι σχετικές ερμηνείες εμφανίζονται σε λίστα παρακάτω. Πίνακας 3: Ενδείξεις για επαλήθευση της ανάλυσης Comments 3 Ερμηνεία ASSAY FLAG NC: IC not detected Στον NC, δεν ανιχνεύτηκαν meca και IC. ASSAY FLAG NC: < CH, TM, PH, CP >,< meca > Στον NC, ανιχνεύτηκε meca. ASSAY FLAG RC: No amplicon: <meca> Το RC απέτυχε. SPECIMEN FLAG IC not detected εν ανιχνεύτηκαν meca και IC στο δείγμα. 3 Τα σφάλματα του συστήματος παρατίθενται στην ενότητα Αντιμετώπιση Προβλημάτων ΠΟΙΟΤΙΚΟΣ ΕΛΕΓΧΟΣ Σε κάθε ανάλυση εξέτασης πρέπει να συμπεριλαμβάνεται ένα αντίγραφο από κάθε NC και RC. Ο NC και το RC πρέπει να τοποθετηθούν σε καθορισμένες θέσεις, όπως περιγράφεται στην ενότητα Προετοιμασία Αντιδραστηρίου. Συνιστάται να αναλύεται ένα υλικό θετικού ορού ελέγχου εσωτερικής παρασκευής, ως Θετικός Ορός Ελέγχου, σε ολόκληρη τη ροή εργασιών, όπως περιγράφεται στην ενότητα Προετοιμασία Ορού Ελέγχου. Το SIS προσδιορίζει το αποτέλεσμα των IC, NC και RC. Εάν οι οροί ελέγχου δεν πληρούν τις καθορισμένες προδιαγραφές, όλα τα αποτελέσματα δειγμάτων φέρουν μια ένδειξη. Ελέγξτε το πλαίσιο SPECIMEN της εκτύπωσης της ανάλυσης για ενδείξεις και σχόλια, για να βεβαιωθείτε ότι η ανάλυση είναι έγκυρη. Αρνητικός Ορός Ελέγχου (NC) Ο NC πρέπει να είναι αρνητικός, ενώ το Εσωτερικό Πρότυπο Ελέγχου πρέπει να είναι θετικό. Αν ο NC δεν πληροί αυτά τα κριτήρια, όλα τα αποτελέσματα δειγμάτων φέρουν μια ένδειξη. Ολόκληρη η ανάλυση πρέπει να επαναληφθεί. Αντιδραστήριο Ελέγχου (RC) Το RC πρέπει να είναι θετικό για τον κλώνο (amplicon) meca. Αν το RC δεν πληροί αυτό το κριτήριο, όλα τα αποτελέσματα δειγμάτων φέρουν μια ένδειξη. Ολόκληρη η ανάλυση πρέπει να επαναληφθεί. Θετικός Ορός Ελέγχου (PC) Ο Θετικός Ορός Ελέγχου πρέπει να είναι θετικός. Αν ο PC δεν πληροί αυτό το κριτήριο, η ανάλυση δεν είναι έγκυρη. εν εμφανίζεται καμία ένδειξη από το SIS. Ολόκληρη η ανάλυση πρέπει να επαναληφθεί. Εσωτερικό Πρότυπο Ελέγχου (IC) Το Εσωτερικό Πρότυπο Ελέγχου πρέπει να ανιχνευτεί θετικό σε όλα τα αρνητικά δείγματα, καθώς και στον Αρνητικό Ορό Ελέγχου. Αν το IC δεν πληροί αυτό το κριτήριο, το αποτέλεσμα δείγματος φέρει μια ένδειξη EL 7 Doc Rev. 5.0

8 Σε περίπτωση μη έγκυρων ορών ελέγχου, επαναλάβετε ολόκληρη τη διαδικασία (προετοιμασία δείγματος και ορού ελέγχου, ενίσχυση και ανίχνευση και των 3 αναλύσεων με το LightCycler SeptiFast Test MG και στη συνέχεια μια εξέταση ανθεκτικότητας με το LightCycler SeptiFast meca Test MG). Σε περίπτωση που οι οροί ελέγχου είναι διαρκώς μη έγκυροι, επικοινωνήστε με τα τοπικά γραφεία της Roche για την παροχή τεχνικής υποστήριξης. ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΙΣΗ ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΩΝ Πίνακας 4: Σφάλματα του συστήματος που εμφανίζονται στο πεδίο COMMENTS των RUN FLAGS και στην εκτύπωση του SIS Μήνυμα Συστήματος (εμφανίζεται στα τμήματα ενδείξεων της εκτύπωσης του SIS) Πιθανή Αιτία ιορθωτική Ενέργεια User Developed or Modified Test Method CCC File Name: Multiple CCC used! Color Compensation has expired on DD-Month-YY Η ανάλυση δεν είναι έγκυρη, οι πιθανές αιτίες περιγράφονται στο εγχειρίδιο χειριστή του LightCycler 2.0 Οργάνου. Οι προεπιλεγμένες ρυθμίσεις της Μακροεντολής (π.χ. τιμές αναφοράς, πρωτόκολλο ανάλυσης, κλπ) μπορεί να έχουν αλλάξει. ύο ή περισσότερα διαφορετικά αρχεία Αντιστάθμισης Χρώματος είναι ενεργά σε μία ή περισσότερες μονάδες ανάλυσης Το αντικείμενο Αντιστάθμισης Χρώματος είναι μεγαλύτερο των έξι μηνών Ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε τις τιμές αναφοράς σύμφωνα με τον Πίνακα 2. Αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. Επιλέξτε τη σωστή Αντιστάθμιση Χρώματος και υπολογίστε ξανά. ημιουργήστε νέο αντικείμενο Αντιστάθμισης Χρώματος. Invalid Macro Εφαρμόστηκε λάθος Μακροεντολή Ελέγξτε για τη σωστή Μακροεντολή στο LightCycler Λογισμικό και/ή στο SeptiFast Software Set v2.0. Invalid Baseline Invalid Control Tube Missing Sample Tube Invalid LightCycler SW Version No Manual T M Calling Οι τιμές αναφοράς μπορεί να έχουν αλλάξει κατά λάθος Ένας ή περισσότεροι οροί ελέγχου έχουν ονομαστεί εσφαλμένα Ένα ή περισσότερα τριχοειδή δειγμάτων έχουν ονομαστεί εσφαλμένα ή λείπουν τριχοειδή δειγμάτων Εφαρμόστηκε λάθος έκδοση LightCycler Λογισμικού για τη διαδικασία εν έχει εκτελεστεί καμία χειροκίνητη Εμφάνιση τιμής T M (σε κανένα δείγμα και σε καμία μονάδα ανάλυσης). Η Μακροεντολή έχει τελειώσει χωρίς ανάλυση + additional run flags Έχουν ανιχνευτεί περισσότερες από 5 ενδείξεις ανάλυσης Invalid CCC File Name ύο ή περισσότερα διαφορετικά αρχεία Αντιστάθμισης Χρώματος είναι ενεργά σε μία ή περισσότερες μονάδες ανάλυσης Ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε τις τιμές αναφοράς σύμφωνα με τον Πίνακα 2. Αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. Ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε την πληκτρολόγηση των ονομάτων των ορών ελέγχου στον επεξεργαστή δείγματος. Αλλάξτε σε προκαθορισμένα ονόματα, αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. Ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε την πληκτρολόγηση των ονομάτων των δειγμάτων στον επεξεργαστή δείγματος. Αλλάξτε σε προκαθορισμένα ονόματα, αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. Ανοίξτε το LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε για το σωστό αριθμό έκδοσης. Ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και εκτελέστε χειροκίνητη Εμφάνιση τιμής T M. Αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. Προσπαθήστε να απαλείψετε τις συγκεκριμένες ενδείξεις που περιγράφονται, επαναλάβετε την ανάλυση με το SIS. Επιλέξτε το σωστό αρχείο Αντιστάθμισης Χρώματος και υπολογίστε ξανά. Εάν λείπουν ένα ή περισσότερα δείγματα από την αναφορά του SIS, ελέγξτε αν ένα ή περισσότερα τριχοειδή δειγμάτων έχουν ονοματιστεί εσφαλμένα ή εάν λείπουν τριχοειδή. Για να το διορθώσετε, ανοίξτε το αρχικό αρχείο *.ixo στο LightCycler Λογισμικό και ελέγξτε την πληκτρολόγηση των ονομάτων των δειγμάτων στον επεξεργαστή δείγματος. Αλλάξτε σε προκαθορισμένα ονόματα, αποθηκεύστε και εξαγάγετε ξανά. ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΙ ΤΗΣ ΙΑ ΙΚΑΣΙΑΣ Εάν ανιχνευτεί S. aureus με το LightCycler SeptiFast Test MG και το πεδίο σχολίων στο πλαίσιο specimen είναι <for meca resistance testing: Peak for CoNS from SML detected>, τότε έχει ανιχνευτεί ένα μίγμα S. aureus και CoNS. Η ανίχνευση του meca μπορεί να οφείλεται σε ένα στέλεχος CoNS που φέρει meca και όχι MRSA. Αν και τα CoNS που φέρουν meca δεν ανιχνεύονται από το LightCycler SeptiFast Test MG, η ανίχνευση του meca μπορεί να οφείλεται στην παρουσία CoNS κάτω από το όριο ανίχνευσης και όχι λόγω του MRSA. Κάτω από το καθορισμένο όριο ανίχνευσης (ανατρέξτε στην ενότητα Αναλυτική Ευαισθησία), μπορεί να προκύψουν ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα, επειδή η ανίχνευση του DNA του S. aureus από το LightCycler SeptiFast Test MG μπορεί να είναι περισσότερο ευαίσθητη από την ανίχνευση του DNA meca από το LightCycler SeptiFast meca Kit MG. Το LightCycler SeptiFast meca Kit MG ανιχνεύει το γονίδιο meca και δεν επιτρέπει οριστική φαινοτυπική ταυτοποίηση. Η παρούσα εξέταση έχει εγκριθεί για χρήση μόνο με ανθρώπινο αίμα που έχει συλλεχτεί σε αντιπηκτικό K-EDTA. Η εξέταση άλλων τύπων δείγματος μπορεί να οδηγήσει σε εσφαλμένα, ψευδώς αρνητικά ή ψευδώς θετικά, αποτελέσματα. Η χρήση του παρόντος προϊόντος πρέπει να περιορίζεται μόνο σε προσωπικό εκπαιδευμένο ειδικά στη ροή εργασιών του LightCycler SeptiFast meca Kit MG. Η απόδοση του LightCycler SeptiFast meca Kit MG έχει καθοριστεί για αίμα που περιέχει WBC/µL EL 8 Doc Rev. 5.0

9 ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΜΗ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΑΠΟ ΟΣΗΣ Αναλυτική Ευαισθησία Η ελάχιστη ευαισθησία είναι 30 CFU/mL αίματος με αντιπηκτικό K-EDTA. Η μελέτη που περιγράφεται παρακάτω καταδεικνύει ότι το όριο ανίχνευσης του MRSA έχει καθοριστεί για τον S. aureus με το LightCycler SeptiFast Test MG και για το meca με το LightCycler SeptiFast meca Kit MG. ιαδοχικές αραιώσεις μιας γνωστής συγκέντρωσης MRSA (ATCC 33592) προστέθηκαν εξωγενώς σε ολικό αίμα υγιών δοτών και υπέστησαν επεξεργασία, όπως περιγράφεται στα ένθετα συσκευασίας των αντίστοιχων εξετάσεων. Κάθε επίπεδο αναλύθηκε σε οχτώ αντίγραφα με τη χρήση δύο παρτίδων. Ο Πίνακας 5 δείχνει τα συνδυασμένα δεδομένα και των δύο παρτίδων. Το όριο ανίχνευσης για το S. aureus είναι 7,7 CFU/mL (95%) CI=[4,9-19,0] και για το meca 24,2 CFU/mL (95%) CI=[15,9-48,9]. Πίνακας 5: Όριο ανίχνευσης Συγκέντρωση του MRSA [CFU/mL] Αρ. meca θετικών Αρ. S. aureus θετικών /16 16/ /16 16/ /16 16/16 12,5 14/16 16/16 6,25 10/16 14/16 3,13 5/16 13/16 1,56 1/16 7/16 0,78 0/16 4/16 0 0/16 0/16 Αναλυτική Ειδικότητα Συμπερίληψη Η συμπερίληψη εξετάστηκε με γενομικό DNA από 167 στελέχη MRSA. Τα εξεταζόμενα στελέχη περιελάμβαναν ένα στέλεχος αναφοράς (ATCC 33592) και 166 κλινικά απομονωμένα στελέχη που συλλέχτηκαν απο την Ευρώπη και τις ΗΠΑ. Τα απομονωμένα στελέχη περιείχαν SCCmec τύπου I V, όπως χαρακτηρίζονται από την Ηλεκτροφόρηση Παλλόμενου Πεδίου (PFGE). Η SCCmec είναι η Staphylococcal Chromosomal Cassette, ένα κινητό γενετικό στοιχείο, το οποίο περιέχει το γονίδιο meca. Αναλύθηκαν 588 επιπλέον κλινικά απομονωμένα στελέχη MRSA, χωρίς περαιτέρω μοριακό χαρακτηρισμό. Σε 580 απομονωμένα στελέχη ανιχνεύτηκε meca, τα υπόλοιπα 8 απομονωμένα στελέχη ταξινομήθηκαν ως στελέχη S. aureus Οριακά Ανθεκτικά στην Οξακιλλίνη (BORSA) ή Τροποποιημένα στελέχη S. aureus (MODSA) 4, που εμφανίζουν MIC κάτω των 8 µg οξακιλλίνης ανά ml. Αποκλειστικότητα Εξετάστηκε το γενομικό DNA των πιο κοινών παθογόνων του ακόλουθου πίνακα, τα οποία προκαλούν βακτηριαιμία (13), τα στελέχη που είναι στενά συνδεδεμένα με αυτά, καθώς και τα στελέχη που είναι φυλογενετικά στενά συνδεδεμένα με τον S. aureus. Όλα τα είδη που εξετάστηκαν βρέθηκαν meca αρνητικά. Actinobacillus actinomycetemcomitans Cryptococcus neoformans Pantoea agglomerans Acinetobacter baumannii Enterobacter aerogenes Peptostreptococcus magnus Aeromonas hydrophila Enterobacter cloacae Porphyromonas gingivalis Aspergillus fumigatus Enterobacter taylore Prevotella denticola Bacillus cereus Enterococcus faecalis Propionibacterium acnes Bacteroides fragilis Enterococcus faecium Proteus mirabilis Bartonella henselae Escherichia coli Proteus vulgaris Bordetella pertussis Gemella haemolysans Pseudomonas aeruginosa Borrelia burgdorferi Histoplasma capsulatum Salmonella enterica Burkholderia cepacia Klebsiella oxytoca Serratia marcescens Campylobacter jejuni Klebsiella pneumoniae Shigella sonnei Candida albicans Legionella pneumophila Staphylococcus aureus Candida glabrata Listeria monocytogenes Staphylococcus epidermidis Candida krusei Moraxella (Branhamella) catarrhalis Staphylococcus haemolyticus Candida parapsilosis Morganella morganii Stenotrophomonas maltophilia Candida tropicalis Mycobacterium fortuitum Streptococcus agalactiae Cardiobacterium hominis Mycobacterium tuberculosis Streptococcus mitis Citrobacter freundii Mycobacterium xenopi Streptococcus pneumoniae Clostridium perfringens Mycoplasma pneumoniae Streptococcus pyogenes Corynebacterium jeikeium Neisseria meningitidis Yersinia enterocolitica 4 Ο χαρακτηρισμός BORSA αναφέρεται στην ανθεκτικότητα χαμηλού επιπέδου, που βασίζεται σε αυξημένη παραγωγή β-λακταμάσης, ενώ ο MODSA έχει τροποποιήσει τις δομές PBP με χαμηλότερη δεσμευτική συγγένεια ή υπερπαραγωγή PBPs (σπάνιο). Και οι δύο ομάδες δεν φέρουν το γονίδιο meca EL 9 Doc Rev. 5.0

10 Παρεμβαλλόμενες Ουσίες Οι ακόλουθες ουσίες δεν αλληλεπιδρούν στην ανίχνευση του DNA meca με την παρούσα εξέταση. Πίνακας 6: Παρεμβαλλόμενες Ουσίες Αρ. Εμπορική Ονομασία Ενεργό Συστατικό Κατασκευαστής 1x C max. 3x C max. μονάδες 1 Piperacillin Πιπερακιλλίνη Hexal 4,0 12,0 mg/ml 2 Fortum Κεφταζιντίμη GlaxoSmithKline 0,50 1,5 mg/ml 3 Zienam Ιμιπενέμη/Σιλαστατίνη MSD Sharp & Dohme 0,27 0,67 mg/ml 4 Tazobac Πιπερακιλλίνη/Ταζομπακτάμη Wyeth Pharma 0,75 2,3 mg/ml 5 Ciprobay Σιπροφλοξασίνη Bayer 33,3 100,0 µg/ml 6 Vancomycin Βανκομυκίνη Lilly 83,0 250,0 µg/ml 7 Refobacin Γενταμυκίνη Merck µg/ml 8 Zyvoxid Λινεζολίδη Pfizer 0,10 0,30 mg/ml 9 Sobelin Κλινδαμυκίνη Pfizer 0,30 0,90 mg/ml 10 InfectoClont Μετρονιδαζόλη Infectopharm 83,3 250,0 µg/ml 11 Diflucan Φλουκοναζόλη Pfizer 0,13 0,39 mg/ml 12 Cancidas Κασποφουγγίνη MSD Sharp & Dohme 8,3 25,0 µg/ml 13 Amphotericin B Αμφοτερικίνη Β Bristol-Myers Squibb µg/ml 14 Novalgin Μεταμιζόλη Aventis Pharma 0,83 2,5 mg/ml 15 Dexahexal εξαμεθαζόνη Hexal 1,3 4,0 µg/ml 16 ARA-cell Κυταραβίνη cell pharm 63,3 190,0 µg/ml 17 Arterenol Νορεπινεφρίνη (Νοραδρεναλίνη) Aventis Pharma 4,8 14,4 µg/ml 18 Aquo-Trinitrosan Νιτρoγλυκερίνη Merck 1,3 4,0 µg/ml 19 Heparin-Natrium ratiopharm Ηπαρίνη ratiopharm 0,83 2,5 I.U./mL ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΗ ΠΡΟΣ ΤΟΝ ΑΓΟΡΑΣΤΗ Η αγορά του παρόντος προϊόντος επιτρέπει στον αγοραστή τη χρήση του για ενίχυση και ανίχνευση αλληλουχιών νουκλεϊκού οξέος για ανθρώπινη in Vitro διαγνωστική. Με το παρόν δεν παρέχεται καμία ευρεσιτεχνία γενικού τύπου ή άλλη άδεια οποιουδήποτε είδους εκτός από το παρόν συγκεκριμένο δικαίωμα χρήσης από αγορά EL 10 Doc Rev. 5.0

11 ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ 1. Pfaller, M.A., et al. Survey of blood stream infections attributable to gram-positive cocci: frequency of occurrence and antimicrobial susceptibility of isolates collected in 1997 in the United States, Canada, and Latin America from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program. SENTRY Participants Group. Diagn Microbiol Infect Dis 1999; 33: Diekema, D.J., et al. Survey of infections due to Staphylococcus species: frequency of occurrence and antimicrobial susceptibility of isolates collected in the United States, Canada, Latin America, Europe, and the Western Pacific region for the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program, , Clin Infect Dis 32 (2001) (suppl 2), S114-S Zetola, N., et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus: an emerging threat. The Lancet Infectious Diseases, Volume 5, Issue 5, Cosgrove, S.E., et al. Comparison of mortality associated with methicillin-resistant and methicillin-susceptible Staphylococcus aureus bacteremia: a meta-analysis. Clin Infect Dis Jan 1;36(1):53-9. Epub 2002 Dec Whitby, M., et al. Risk of death from methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteraemia: a meta-analysis. Med J Aust Sep 3; 175(5): Kolleff, M.H., et al. Inadequate antimicrobial treatment of infections, Chest (1999); 115: Harbarth, S., et al. Inappropriate Initial Antimicrobial Therapy and Its Effect on Survival in a Clinical Trial of Immunomodulating Therapy for Severe Sepsis, Am J Med. (2003); 115: Lodise, T.P., et al. Outcomes Analysis of delayed antibiotic treatment for hospital-acquired Staphylococcus aureus bacteremia. Clin Infect Dis (2003); 36: Paterson, D.L., et al. Empirical antibiotic choice for the seriously ill patient: are minimization of selection of resistant organisms and maximization of individual outcome mutually exclusive? Clin Infect Dis. (2003);36(8): Ryffel, C., et al. Sequence comparison of meca genes isolated from methicillin-resistant Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis. Gene Sep 28;94(1): Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. eds Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. HHS Publication Number (CDC) Clinical Laboratory Standards Institute. Protection of Laboratory Workers from Infectious Disease Transmitted by Blood, Body Fluids, and Tissue. Approved Guideline. CLSI Document M29-A Villanova, PA:CLSI, Cockerill FR 3rd, et al, Analysis of 281,797 consecutive blood cultures performed over an eight-year period: trends in microorganisms isolated and the value of anaerobic culture of blood, Clin Infect Dis. 1997; 24 (3): EL 11 Doc Rev. 5.0

12 Πληροφορίες Αναθεώρησης Εγγράφου Doc Rev /2015 Η ενότητα περί εμπορικών σημάτων και διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας ενημερώθηκε ώστε να περιλαμβάνει μόνο τον ηλεκτρονικό σύνδεσμο αναφοράς. Προστέθηκαν επισημάνσεις κινδύνου. Αφαιρέθηκε η φράση "Με επιφύλαξη κάθε δικαιώματος" από τη δήλωση πνευματικών δικαιωμάτων. Σε περίπτωση αποριών, επικοινωνήστε με τον τοπικό αντιπρόσωπο της Roche. " Distributed by Κατασκευάζεται στη Γερμανία Roche Molecular Systems, Inc US Highway 202 South Branchburg, NJ USA Roche Diagnostics 9115 Hague Road Indianapolis, IN USA (For Technical Assistance call the Roche Response Center toll-free: ) Roche Diagnostics 201, boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Quèbec, Canada (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: ) Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse Rotkreuz, Switzerland Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors Meylan, France Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse Mannheim, Germany Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G.B. Stucchi Monza, Milano, Italy Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, E Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, Amadora, Portugal C Roche Diagnostics GmbH, Sandhofer Str. 116, Mannheim, Germany Εμπορικά σήματα και διπλώματα ευρεσιτεχνίας Επισκεφθείτε τη διεύθυνση Roche Molecular Systems, Inc. 06/ EL 12 Doc Rev. 5.0