ΓΙΩΡΓΟΣ ΠΟΤΑΜΙΑΣ ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ

Transcript

1 ΓΙΩΡΓΟΣ ΠΟΤΑΜΙΑΣ ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ Δεκέμβριος 2009

2 ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 1. ΣΥΝΟΠΤΙΚΑ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΕΙΣ & ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΑ Γενικό Πλαίσιο Επιστημονικών Κατευθύνσεων Ειδικό Πλαίσιο Ε&Α Δραστηριοτήτων ΣΠΟΥΔΕΣ ΔΙΔΑΚΤΙΚΗ & ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΔΙΟΡΓΑΝΩΣΕΙΣ, ΣΥΝΑΝΤΗΣΕΙΣ & ΣΕΜΙΝΑΡΙΑ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΣΤΗΝ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΗ ΚΟΙΝΟΤΗΤΑ & ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑ ΕΡΕΥΝΑΣ & ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΔΗΜΟΣΙΕΥΜΕΝΟ ΕΡΓΟ Διδακτορική Διατριβή (PhD)...19 Πρακτικά Διεθνών Συνεδρίων & Συναντήσεων και Βιβλία (κεφάλαια)...19 Διεθνή Περιοδικά & Περιοδικές Εκδόσεις...19 Διεθνή Συνέδρια...22 Περιλήψεις (abstracts), Παρουσιάσεις και Posters σε Διεθνείς Επιστημονικές Συναντήσεις...24 Προσκεκλημένες Ομιλίες & Παρουσιάσεις /27

3 1. ΣΥΝΟΠΤΙΚΑ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ Ονοματεπώνυμο: Γεώργιος Ποταμιάς του Αλεξάνδρου Ημερ/νία γέννησης: Οικογενειακή κατάσταση: Έγγαμος, 1 τέκνο Σπουδές: BSc in Mathematics (1983) PhD in Artificial Intelligence (1992) Dept. of Mathematics, Univesrity of Patras, Patras, Greece Θέσεις: Εντεταλμένος Ερευνητής (Ερευνητής Γ) ( ), Κύριος Ερευνητής (Ερευνητής Β) ( , παρούσα θέση), Υπεύθυνος ομάδας: Εξόρυξη Δεδομένων & Ανακάλυψη Γνώσης από Βάσεις Δεδομένων (DMKDD), Εργαστήριο Βιοϊατρικής Πληροφορικής, Institute of Computer Science (ICS), Foundation for Research & Technology Hellas (FORTH) Διδασκαλία: Adjunkt Ass. Professor, (a) Dept. of Computer Science, Univerity of Crete, and (b) Dept. of Production Engineering, Technical University of Crete ( ), Associate Teaching Professor, Hellenic Open University ( ) Επικοινωνία: Address: Institute of Computer Sciece, Foundation for Research & Technology Hellas (FORTH), N. Plastira 100, Vassilika Vouton, Heraklion, Crete, Greece, Tel (job), (mobile), potamias@ics.forth.gr Μεταπτυχιακές σπουδές: Τμήμα Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Πατρών: (α) Τεχνητή Νοημοσύνη (Μαθηματική Λογική και Συστήματα Εμπειτογνώμονες) & (β) θεωρητική Πληροφορική ( Θεωρία Υπολογισμού και Αλγορίθμων ; Συμμετοχή σε ομάδα εργασίας και παρακολούθηση σχετικών σεμιναρίων) Επαγγελματική δραστηριότητα: (α) Ανάπτυξη λογισμικού ( Πληροφοριακό Σύστημα Μισθοδοσίας ; πολιτικό προσωπικό Πολεμικής Αεροπορίας, Ανδραβίδα), (β) Φροντιστηριακά μαθήματα σε μαθητές λυκείου, (γ) Βοηθητική διδασκαλία Μαθηματική Λογική, Τμήμα Μαθηματικών, Παν. Πατρών Εκπόνηση διδακτορικής διατριβής, Τμήμα Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Πατρών Στρατιωτική θητεία (Ελληνική Πολεμική Αεροπορία) Φεβρ Διδακτορικό (PhD, απονομή), Τμήμα Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Πατρών Ερευνητής (θέση προσωπικού), Ινστιτούτο Πληροφορικής, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Ηράκλειο, Κρήτη Διδάσκων (με βάση το ΠΔ 407 σε βαθμίδες επίκουρου και αναπληρωτή καθηγητή) προπτυχιακών και μεταπτυχιακών μαθημάτων στα πανεπιστημιακά Τμήματα: Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης (Πολυτεχνείο Κρήτης) και Επιστήμης Υπολογιστών (Πανεπιστημίου Κρήτης) Συνεργαζόμενος Ερευνητής (Ερευνητής Γ ) Εκλογή μετά από ανοιχτή προκύρηξη και κρίση, Ινστιτούτο Πληροφορικής, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Ηράκλειο, Κρήτη σήμερα Κύριος Ερευνητής (Ερευνητής Β ) Eξέλιξη μετά από κρίση, Ινστιτούτο Πληροφορικής, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Ηράκλειο, Κρήτη Συνεργαζόμενο Εκπαιδευτικό Προσωπικό (ΣΕΠ), Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο (ΕΑΠ); Θεματική Ενότητα: Διακριτά Mαθηματικά και Μαθηματική Λογική 2/27

4 2. ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΕΙΣ & ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΑ 2.1 Γενικό Πλαίσιο Επιστηµονικών Κατευθύνσεων Οι ερευνητικές και αναπτυξιακές (Ε&Α) δραστηριοτητές μου εστιάζονται στη περιοχή της Βιοϊατρικής Πληροφορικής ΒΙΠ (Biomedical Informatics BMI) με έμφαση στη Βιοπληροφορική και την Υπολογιστική Βιολογία. Η ΒΙΠ αποτελεί ένα αντιπροσωπευτικό και αρκετά επιτυχημένο παραδείγμα διεπιστημονικής συνέργειας μεταξύ Ιατρικής Πληροφορικής, Πληροφορικής/Βιοπληροφορικής και Βιολογίας. Η αναγκαιότητα της ΒΙΠ προκύπτει από τα επιτεύγματα της Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας και το αναδυόμενο περιβάλλον της διαμεταφραστικής έρευνας (translational research) και στοχεύει την υποβοήθηση και ενίσχυση της μετα γονιδιωματικής εξατομικευμένης ιατρικής (post genomic individualised medicine). Σε αυτό το πλαίσιο τεχνολογίες υψηλής απόδοσης (high throughput). Οι μκροσυστοιχίες (microarrays), οι συστοιχίες SNP, η ευρεία αλληλούχιση (ultra sequencing) αλλά και η φασματογραφία μάζας με τις σχετικές τεχνολογίες πρωτεϊνομικής, προσφέρουν τη δυνατότητα του παράλληλου χαρακτηρισμού (profiling) χιλιάδων γονιδίων και μεταγραφικών παραγόντων καθώς και εκατομυρίων διακυμάνσεων (variations) και μεταλλαγών στο DNA κλπ. Στο πλαίσιο αυτό η Ε&Α στη περιοχή της Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής έρχονται αντιμέτωπες με νέες προσκήσεις και θεματικές: (i) διασύνδεση και ολοκληρωση κλινικών και γονιδιωματικών/πρωτεϊνικών και γενετικών πληροφοριών και δεδομένων; και (ii) συνδυασμένη ανάλυση, με τη χρήση προχωρημένων και ευφυών τεχνικών (εξόρυξη δεδομένων / data mining), των διασυνδεδεμένων και ετερογενών κλινικο γονιδοματικών/γενετικών δεδομένων με στόχο την ανακάλυψη χρήσιμης γνώσης. Τα παραπάνω αποτελούν ένα προκλητικό, απαιτητικό και ενδιαφέρον πεδίο έρευνας. Η όλη προσπάθεια εστιάζει στη χρήση, προσαρμογή παραγωγή νέων τεχνικών Βιοπληροφορικής και Υπολογιστικής Βιολογίας καθώς και σχετικών εργαλείων, συστημάτων και υπηρεσιών. 2.1 Ειδικό Πλαίσιο Ε&Α ραστηριοτήτων Υπηρετώντας το παραπάνω Ε&Α πλαίσιο έχω αναπτύξει εδώ και αρκετά χρόνια σχετική επιστημονική δραστηριότητα, εκμεταλευόμενος σχετική εμπειρία και τεχνογνωσία, καθώς και συνεργασίες με ομάδες επιστημόνων μέσω της ενεργής εμπλοκής μου σε αρκετά ανταγωνιστικά ερευνητικά έργα (projects) Εθνικής και Ευρωπαϊκής χρηματοδότησης. Οι ειδικότερες περιοχές επιστημονικής τεχνογνωσίας μου αναφέρονται παρακάτω ιδιαίτερη έμφαση δίνω στη διασύνδεση και διαλειτουργικότητα μεταξύ των διαφορετικών ερευνητικών περιοχών (τεχνικών, συστημάτων και υπηρεσιών) μιας και το διαμεταφραστικό περιβάλλον της έρευνας στη Βιοπληροφορική και στην Υπολογιστική Βιολογία το απαιτεί. Ανάλυσης δεδομένων και πληροφοριών από κατανεμημένα και ετερογενή πληροφοριακά συστήματα (mining distributed & heterogeneous data and information sources) και τη κατάλληλη χρήση και προσαρμογή τεχνολογιών και υποδομών XML και Διαδικτυακώνυπηρεσιών (Web services) έμφαση στην ανάπτυξη σχετικών συστημάτων και υπηρεσιών Βιοϊατρικής Πληροφορικής; Μηχανική Μάθηση (machine learning), Tεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα (Artificial Neural Networks) και Εξόρυξη Δεδομένων / Ανακάλυψη Γνώσεων από Βάσεις Δεδομένων (data mining / knowledge discovery from databases) με ιδιαίτερη εστίαση σε προβλήματα, πληροφορίες και δεδομένα από το χώρο της Ιατρικής και της μετα γονιδωματικής Βιολογίας; Απόκτηση Γνώσεων (knowledge acquisition) και αυτόματη εξαγωγή κανόνων παραγωγής για την ανάπτυξη γνωσιακών συστημάτων (knowledge based systems) καθώς και αυτόματη εξαγωγή συμπερασμάτων (automated deduction) από συναγωγικές (deductive) βάσεις 3/27

5 δεδομένων Αυτόματη κατηγοριοποίηση και ομαδοποίηση αντικειμένων (classification and clustering) με ιδιαίτερη εστίαση σε θέματα ανάπτυξης σχετικών συστημάτων υποστήριξης αποφάσεων στην Ιατρική και τη Βιολογία; Διαχείρισης Πληροφοριών (information retrieval) Κατηγοριοποίηση και Ομαδοποίηση Web εγγράφων και αυτόματη εξαγωγή προφίλ χρηστών με ιδιαίτερη εστίαση σε θέματα αυτόματης ανάλυσης της Βιοϊατρικής βιβλιογραφίας και εξαγωγής χρήσμινων αλληλοσυσχετίσεων; και Λογικό Προγραμματισμό (logic programming) Ανάπτυξη εφαρμογών σε περιβάλλοντα γλωσσών Λογικού Προγραμματισμού (π.χ., Prolog) και με βάση Περιορισμούς (Constraint Logic programming). Ο παρακάτω Πίνακας 1, παραθέτω αναλυτικά τις ειδικές επιστημονικές και ερευνητικές δραστηριοτητές μου, παραπέμποντας σε σχετικές επιστημονικές εργασίες τις οποίες έχω δημοσιεύσει, καθώς και στα σχετικά ερευνητικά έργα στα οποία έχω ενεργά συμμετάσχει και διαχειριστεί (σαν βασικός/κύριος ερευνητής ή/και επιστημονικός υπεύθυνος) Πίνακας 1. Ερευνητικά/Επιστημονικά Ενδιαφέροντα με αναφορά σε Δημοσιευμένες επιστημονικές εργασίες (βλέπε σελίδες 20 28) και Έργα Ε&Α (βλέπε σελίδες 14 19). Βιοπληροφορική & Υπολογιστική Βιολογία Βιοϊατρική Πληροφορική Aνάπτυξη νοήμονων τεχνικών ανάλυσης σειριακών ακολουθιών και ειδικότερα DNA sequences οι οποίες στηρίζονται σε μεθοδολογίες Μηχανικής Μάθησης και Εξόρυξης Δεδομένων για τη καλύτερη (πληρέστερη, πιο σωστή και με πιθανοθωρητική εκτίμηση) απόδοση και αναγνώριση νουκλεοτιδίων σε θέσεις ακολουθιών DNA; Αναγνώριση υποστηρικτών γονιδίων (promoters) σε αλληλουχίες DNA με νέες τεχνικές Τεχνητών Νευρωνικών Δικτύων (knowledge based artificial neural networks) καθώς και Επιλογής Χαρακτηριστικών (feature selection) για την ανακάλυψη και εντοπισμό ενεδικτικών μοτίβων (motif detection and localization in DNA sequences); Ανάλυση νευροφυσιολογικών δεδομένων (protein synthesis profiling) για την εξαγωγή αναπτυξιακών μοντέλων του εγκεφάλου (patterning brain developmental events); Ανάλυση Γονιδιωματικών Έκφρασεων μικροσυστοιχιών (gene expression profiling): (i) Ανάπτυξη πρωτότυπων μεθοδολογιών, τεχνικών, αλγορίθμων και συστημάτων για την επιλογή χαρακτηριστικών γονιδίων (gene selection) για τη γονιδιωματική διάκριση ασθενειών (και υπο κατηγοριών τους) με στόχο την υποστήριξη της γονιδιωματικής διαγνωστικής/προγνωστικής; (ii) Ανάλυση γονιδιωματικών εκφράσεων οργανισμών με βάση πρωτότυπες μεθόδους ομαδοποίησης (clustering) και κατάταξης (classification); (iii) Ανάπτυξη ολοκληρωμένου Κλινικο Γονιδιωματικού συστήματος για την διαχείριση κλινικών δεδομένων και δεδομένων μικροσυστοιχιών (εφαρμογή στο καρκίνο του μαστού); Μοριακά Κανονιστικά Γονιδιακά Μονοπάτια (Gene regulatory Networks) και διασυνδεσή τους με δεδομένα έκφρασης γονιδίων; εξαγωγή κανονιστικών μονοπατιών/μηχανισμών διάκρισης μεταξύ διαφορετικών φαινοτύπων (π.χ., μηχανισμοί καλής και κακής πρόγνωσης; μηχανισμοί διάκρισης του βαθμού όγκων κλπ); Διαλειτουργικοτητα Συστηματων και Ενιαίο Κλινικο Γονιδιωματικά/Πρωτεϊμικά Περιβάλλοντα, Συστήματα & Υπηρεσίες: Σχεδίαση και ανάπτυξη περιβαλλόντων διασύνδεσης κλινικών και γονιδιωματικών πληροφοριών και δεδομένων, με στόχο την ενίσχυση και υποβοήθηση λήψης αποφάσεων στην μεταγονιδιωματική/εξατομικευμένη Ιατρική συνέργεια μεταξύ Ιατρικής Πληροφορικής και Βιοπληροφορικής; Ανάπτυξη και εφαρμογές μεθόδων Διαχείρισης Πληροφοριών (information retrieval) από κλινικές και γονιδιωματικές πηγές πληροφοριών και δεδομένων Ανάπτυξη ενιαίου κλινικο πρωτεϊμικού συστήματος για τη διαχείριση και ανάλυση κλινικών και mass spec πρεωτεϊμικών δεδομένων (εφαρμογή στην έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του παχέος εντέρου); 4/27

6 Συστήματα Επιστημονικών Ροών Εργασίας (scientific workflows) σε περιβάλλοντα πλέγματος (Grids) kai Σημασιολογικού Ιστού (Semantic Web) για την πρόσβαση σε, την ολοκλήρωση και την ανάλυση κατανεμημένων και ετερογενών κλινικο γονιδιωματικών πληροφοριών και δεδομένων εφαρμογές σε (SNP) γονοτυπικές βάσεις δεδομένων δεδομένων (induction of SNP profile variations in cancer cases). B.1 J.1, J.2, J.3, J.4, J.5, J.6, J.7, J.12, J.13, J.17 (J.27, J.29, J.31) C.1, C.2, C.3, C.4, C.5, C.6, C.7, C.8, C.9, C.10, C.11, C.12, C.13, C.14, C.15, C.16, C.17, C.18, Εργασίες: C.19, C.20, C.22, C.25, C.31 D.1, D.2, D.3, D.4, D.5, D.6, D.9, D.11, D.12, D.13, D.15 E.1, E.2, E.3, E.4, E.5, E.6, E.7 Έργα: Pr.4, Pr.6, Pr.19, Pr.21, Pr.22, Pr.23, Pr.24 Ιατρική Πληροφορική Ανάπτυξη και εφαρμογές μεθόδων μηχανικής μάθησης και εξόρυξης δεδομένων για την ανάλυση κλινικών δεδομένων (π.χ., ιατρικών εικόνων και δεδομένων από ηλεκτρονικά αρχεία ασθενών) την λήψη αποφάσεων στην ιατρική (medical decision making); Ανάπτυξη μεθοδολογιών απόκτησης γνώσης (knowledge acquisition) για τη κατασκευή Ιατρικών Γνωσιακών Συστημάτων Υποστήριξης Αποφάσεων (medical knowledge based decision support systems); Διαλειτουργικότητα κλινικών πληροφοριακών συστημάτων (οντολογίες και πρότυπα); Σχεδίαση και ανάπτυξη αρχιτεκτονιικών και συστημάτων ολοκλήρωσης ετερογενών και κατανεμημένων ιατρικών πληροφοριών και ενσωμάτωση τεχνικών ανακάλυψης γνώσεων από τα σχετικά δεδομένα. J.8, J.9. J.14, J.15, J.19, J.24, J.26 (J.28, J.30) C.23, C.24, C.27, C.28, C.30, C.32 Εργασίες: D.7, D.8, D.10, D.14, D.16 E.8, E.9 Έργα: Pr.5, Pr.14, Pr.17, Pr.18 Εξόρυξη Δεδομένων/Ανακάλυψη Γνώσης & Γνωσιακά Συστήματα Ανάπτυξη πρωτότυπων αλγορίθμων συμβολικής μηχανικής μάθησης, εξόρυξης δεδομένων και ανακάλυψης γνώσεων; Ανάπτυξη και εφαρμογές μεθόδων Διαχείρισης Πληροφοριών (information retrieval); Ανάπτυξη πρωτότυπων τεχνικών και μηχανισμών αυτόματου ευρετηριασμού (indexing), διαχείρισης και κατάταξης (classification) ντοκουμέντων; Φιλτράρισμα πληροφοριών (information filtering) εφαρμογές στη διαχείριση/κατάταξη Web εγγράφων στο πλαίσιο της ερευνητικής περιοχής Νοημοσύνη στον Παγκόσμιο Ιστό (Web intelligence). Μη μονοτονική Λογική και κατά παραδοχή συλλογιστική (default reasoning); Λογικός Προγραμματισμός μέσω Περιορισμών (constraint logic programming); Λογικός Προγραμματισμός και ανάπτυξη εφαρμογών σε Prolog; Ανάπτυξη Γνωσιακών Συστημάυων Λήψης Αποφάσεων (knowledge based decision support systems) Διδακτορική Διατριβή B.2, B.3, B.4, B.5, B.6 J.10, J.16, J.18, J.20, J.21, J.22, J.23, J.24, J.25, J.26 Εργασίες: C.21, C.26, C.29, C.33 D.17, D.18, D.19, D.20, D.21, D.22, D.23, D.24, D.25 E.10, E.11 Έργα: Pr.1, Pr.2, Pr.3, Pr.7 Pr.13, Pr.15, Pr.16, Pr.20 5/27

7 3. ΣΠΟΥΔΕΣ ΠΡΟΠΤΥΧΙΑΚΕΣ ΣΠΟΥΔΕΣ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΕΣ ΣΠΟΥΔΕΣ 1983 Πτυχίο Μαθηματικών, Τμήμα Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Πατρών Εκτός του βασικού κορμού μαθημάτων, επιλογή μαθημάτων με κατευθύνσεις: Θεωρητική Πληροφορική, και Λογική και Λογικός Προγραμματισμός Φεβ. Σεπ & Συμμετοχή σε ερευνητική ομάδα του Τμήματος Μαθηματικών του Παν/μίου Πατρών με αντικείμενο θέματα θεωρητικής πληροφορικής και τη Θεωρία Υπολογισμού και Αλγορίθμων [υπό τη καθοδήγηση του καθ. Λευτέρη Κυρούση] Εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στο Τμήμα Μαθηματικών του Παν/μίου Πατρών στο αντικείμενο Τεχνητή Νοημοσύνη [υπό τη καθοδήγηση του καθ. Γιώργου Μητακίδη]; Επιστημονική περιοχή: ΤΕΧΝΗΤΗ ΝΟΗΜΟΣΥΝΗ ΛΟΓΙΚΗ & ΛΟΓΙΚΟΣ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΜΟΣ, ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ AΥΤΟΜΑΤΗΣ EΞΑΓΩΓΗΣ ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΩΝ, ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΕΜΠΕΙΡΟΓΝΩΜΟΝΕΣ. Παρακολούθηση σειράς σεμιναρίων από τον Prof. J. Sifakis σε θεωρητικά θέματα ΠΙΣΤΟΠΟΙΗΣΗΣ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ (program verification) Επίσκεψη στο Dept. Of Chemical Engineering, Katholik University of Leuven, ESADG: Expert Systems Applications & Development Group συνεργασία σε θέματα ανάπτυξης ενός ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΕΜΠΕΙΡΟΓΝΩΜΟΝΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΛΟΓΗ ΧΗΜΙΚΩΝ ΚΑΤΑΛΥΤΩΝ [υπό την επίβλεψη του Prof. M. Rijckaert] Υπεράσπιση της Διδακτορικής μου διατριβής ΈΝΑ ΣΥΣΤΗΜΑ ΕΜΠΕΙΡΟΓΝΩΜΟΝΑΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΛΟΓΗ ΧΗΜΙΚΩΝ ΚΑΤΑΛΥΤΩΝ (ESCAT: EXPERT SYSTEM IN CATALYSIS): ΜΙΑ ΜΕΛΕΤΗ ΣΤΗΝ ΑΝΑΠΑΡΑΣΤΑΣΗ, ΑΠΟΚΤΗΣΗ ΚΑΙ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ Αναγόρευση σε Διδάκτορα από το Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Πατρών ΥΠΟΤΡΟΦΙΕΣ Ιούλιος 1986 Αύγουστος NATO Scientific Committee. Για παρακολούθηση του θερινού σχολείου Logic of Programming and Calculi of Discrete Design, Ιούλιος 1986, Marktoberdorf, Germany, NATO Scientific Committee. Για τη παρακολούθηση του διεθνούς workshop Expert Judgment and Expert Systems, Porto, Portugal. NATO Granτs for International Collaboration in Research Επίσκεψη στο Dept. Of Chemical Engineering, Katholik University of Leuven στα πλαίσια του έργου Expert System Techniques for Chemical Catalysts Selection. ΞΕΝΕΣ ΓΛΩΣΣΕΣ Αγγλικά (άριστη ομιλία και γραφή) 6/27

8 4. ΔΙΔΑΚΤΙΚΗ & ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ Από το 1986 έως σήμερα έχω συμμετάσχει σε διδακτικές και εκπαιδευτικές δραστηριότητες σε διαφορετικά επίπεδα ευθύνης, από επικουρική διδασκαλία και εργαστηριακή άσκηση φοιτητών έως τη διδασκαλία μεταπτυχιακών φοιτητών και την επίβλεψη διπλωματικών και μεταπτυχιακών εργασιών ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΠΑΤΡΩΝ / ΤΜΗΜΑ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΩΝ Επικουρική διδασκαλία στο προπτυχιακό μάθημα Λογική και Λογικός Προγραμματισμός ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ / ΤΜΗΜΑ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ ΚΑΙ ΔΙΟΙΚΗΣΗΣ Διδάσκων Π.Δ. 407 διδασκαλία του προπτυχιακού μαθήματος Συστήματα Εμπειρογνώμονες 1996 Διδάσκων Π.Δ. 407 διδασκαλία του προπτυχιακού μαθήματος Μηχανική Γνώσεων και Αποφάσεων ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ / ΤΜΗΜΑ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ Διδάσκων Π.Δ. 407 διδασκαλία του μεταπτυχιακού μαθήματος Μηχανική Μάθηση (ΗΥ577) και διδασκαλία του μεταπτυχιακού μαθήματος Συστήματα και Υπηρεσίες Ιατρικής Πληροφορικής (ΗΥ590) 2003 ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΡΗΤΗΣ / ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΔΙΑΤΜΗΜΑΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΗΣ. Διδασκαλία (σεμινάριο) με θέμα: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS METHODS, στα πλαίσια του μαθήματος BIO409: H διεπιστημονική βάση της σύγχρονης Bιολογίας ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΑΝΟΙΚΤΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ (ΕΑΠ) Συνεργαζόμενο Εκπαιδευτικό Προσωπικό (ΣΕΠ), Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο (ΕΑΠ); Θεματική Ενότητα: ΔΙΑΚΡΙΤΑ MΑΘΗΜΑΤΙΚΑ ΚΑΙ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΗ ΛΟΓΙΚΗ. ΕΠΙΒΛΕΨΗ ΠΡΟΠΤΥΧΙΑΚΩΝ (ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΩΝ) ΕΡΓΑΣΙΩΝ 1997 ΚΑΤΗΓΟΡΙΟΠΟΙΗΣΗ E MAILS ΤΟ ΣΥΣΤΗΜΑ MAIL CLASS, Π. Φράγκου, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2000 IMPLEMENTATION OF THE MULTIPLE ITERATIVE CONSTRAINT SATISFACTION BASED LEARNING ΑLGORITHM (MICSL) IN C, Ν. Γιανναδάκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2001 COPING WITH VAGUE CONCEPTS: CONSTRUCTIVE INDUCTION OF IN BETWEEN CLASSES, Χ. Χατζηαντωνίου, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2002 USER DRIVEN KNOWLEDGE EXTRACTION FROM XML DOCUMENTS, Α. Καντεράκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2002 IMPLEMENTATION OF THE MULTIPLE ITERATIVE CONSTRAINT SATISFACTION BASED LEARNING WITH CONSTRAINT SATISFACTION PROBLEM LIBRARIES, Δ. Αντωνακάκη, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2003 ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ KBANN (KNOWLEDGE BASED ARTIFICIAL NEURAL NETWORKS), Β. Κουτσομάνης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2003 ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ EΦΑΡΜΟΓΗΣ EΠΕΡΩΤΗΣΕΩΝ ΣΕ ΓΛΩΣΣΑ XQUERY ΕΠΙ XML EΓΓΡΑΦΩΝ: EΦΑΡΜΟΓΗ ΣΕ BΙΟΛΟΓΙΚΑ ΓΕΝΟΜΙΚΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ, Γ. Δοξαστάκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης ΕΠΙΒΛΕΨΗ / ΜΕΛΟΣ ΕΙΣΗΓΗΤΙΚΗΣ ΕΠΙΤΡΟΠΗΣ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΕΡΓΑΣΙΩΝ 1997 ΟΜΑΔΟΠΟΙΗΣΗ ΕΝ ΠΤΗΣΗ ΔΟΣΟΛΗΨΙΩΝ ΣΕ ΟΜΑΔΕΣ ΜΕ ΠΑΡΟΜΟΙΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ ΦΟΡΤΟΥ ΕΡΓΑΣΙΑΣ, Χ. Κλούκινας, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτη 2000 ΣΥΣΤΗΜΑ ΕΞΑΓΩΓΗΣ ΓΝΩΣΗΣ ΑΠΟ ΚΑΤΑΝΕΜΗΜΕΝΕΣ ΚΑΙ ΕΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ: ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΣΕ ΙΑΤΡΙΚΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΚΑ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ, Κ. Χριστοφής, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 7/27

9 2004 HEALTHOBS: HEALTH OBSERVATORY ΕΝΑ ΟΛΟΚΛΗΡΩΜΕΝΟ ΣΥΣΤΗΜΑ ΕΞΟΡΥΞΗΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΚΑΙ ΑΝΑΚΑΛΥΨΗΣ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟ ΚΑΤΑΝΕΜΗΜΕΝΕΣ ΚΑΙ ΕΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ, Ε. Κουμάκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2005 GENE SELECTION & CLUSTERING MICROARRAY DATA: THE MINEGENE SYSTEM, Α. Καντεράκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2006 MINING THE BIOMEDICAL LITERATURE THE MINEBIOTEXT SYSTEM: DISCOVERY OF GENE, PROTEIN AND DISEASE CORRELATIONS, Δ. Αντωνακάκη, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2006 ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ ΚΑΙ ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ ΕΡΓΑΛΕΙΟΥ ΓΙΑ ΤΗΝ ΗΜΙ ΑΥΤΟΜΑΤΗ ΣΗΜΑΣΙΟΛΟΓΙΚΗ ΣΥΣΧΕΤΙΣΗ ΣΧΗΜΑΤΩΝ, Δ. Μανακανάτας, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2006 QUETE: QUERY PROCESSING IN DISTRIBUTED DATABASE SYSTEMS, Χ. Κονδυλάκης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2006 MICRORNA REGULATORY NETWORKS AND THE GENE ONTOLOGY: ANALYSIS AND VISUALIZATION, Α. Συμεωνίδης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 2006 A BIOMEDICAL GRID INFRASTRUCTURE TO ENABLE HIGH PERFORMING DATA MINING AND KNOWLEDGE EXTRACTION OPERATIONS, Ε. Παπουτσίδης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης 5. ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΠΟΛΕΜΙΚΗ ΑΕΡΟΠΟΡΙΑ Σχεδίαση, ανάπτυξη και εγκατάσταση ενός ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΚΟΥ ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΜΙΣΘΟΔΟΣΙΑΣ για το πολιτικό προσωπικό της μονάδας της Ελληνικής Πολεμικής Αεροπορίας στην Ανδραβίδα KATHOLIK UNIVERSITY OF LEUVEN (KUL), DEPT. CHEMICAL ENGINEERING Συμβόλαιο με την Επιτροπή Ερευνών του Καθολικού Πανεπιστημίου της Λουβένης (KUL), Βέλγιο, για προσφορά ερευνητικού έργου στην ομάδα ESADG (Expert Systems Applications & Development Group), Dept. Of Chemical Engineering, KUL, Leuven, Belgium (στα πλαίσια ερευνητικών προγραμμάτων χρηματοδοτούμενων απο την επιστημονική επιτροπή του ΝΑΤΟ και την Ευρωπαϊκή Κοινότητα [πρόγραμμα COMETT, έργο: CRAI] ΙΔΡΥΜΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΕΡΕΥΝΑΣ (ΙΤΕ), ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ Συνεργαζόμενος Ερευνητής με σύμβαση εργασίας Εντεταλμένος Ερευνητής (Ερευνητής Γ), εκλογή μετά από ανοιχτή προκύρηξη και αξιολόγηση στο επιστημονικό αντικείμενο Μηχανική Μάθηση; Ανανέωση θητείας σήμερα Κύριος Ερευνητής (Ερευνητής Β ), εξέλιξη μετά από αξιολόγηση στο επιστημονικό αντικείμενο Μηχανική Μάθηση ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΑΝΟΙΚΤΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ (ΕΑΠ) Μέλος Συνεργαζόμενου Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΣΕΠ). 8/27

10 6. ΣΥΜΜΕΤΟΧΗ ΣΕ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΔΙΟΡΓΑΝΩΣΕΙΣ, ΣΥΝΑΝΤΗΣΕΙΣ & ΣΕΜΙΝΑΡΙΑ TH IFIP CONFERENCE ON ARTIFICAL INTELLIGENCE APPLICATIONS & INNOVATIONS (AIAI 2009), April , Thessaloniki, Greece TH EUROPEAN HUMAN GENETICS CONFERENCE (ESHG 2008), BARCELONA, SPAIN, MAY 31 JUNE 3, TH EUROPEAN SYMPOSIUM ON BIOMEDICAL ENGINEERING (ESBME 2008), CHANIA, CRETE, GREECE, JUNE, TH EUROPEAN CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE (ECAI 2008), SYROS, GREECE, JULY, TH HELLENIC CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE (SETN 08), SYROS, GREECE, 2 4 OCTOBER, TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING (BIBE 2008), ATHENS, GREECE, 8 10 OCTOBER, GOLDEN HELIX SYMPOSIUM COPY NUMBER VARIATION (CNV) & GENOMIC ALTERNATIONS IN HEALTH & DISEASE, NOVEMBER 28 29, 2008, ATHENS, GREECE IFIP INTERNATIONAL FEDERATION FOR INFORMATION PROCESSING, ARTIFICIAL INTELLIGENCE AND INNOVATIONS, ATHENS, GREECE, SEPTEMBER TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON INSTRUMENTAL METHODS OF ANALYSIS MODERN TRENDS AND APPLICATIONS (ΙΜΑ 07), 30 SEPTEMBER 4 OCTOBER 2007, PATRAS, GREECE. 19TH ANNUAL IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON TOOLS WITH ARTIFICIAL INTELLIGENCE (ICTAI), OCTOBER 2007, PATRAS, GREECE CLINICAL DECISION SUPPORT SYSTEMS (CDSSS): TOOLS AND FRAMEWORKS (NOESIS SEMINAR), IOANNINA, MARCH 17, Ο ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΟ ΣΥΝΕΔΡΙΟ ΤΕΧΝΗΤΗΣ ΝΟΗΜΟΣΥΝΗΣ (ΠΡΟΕΔΡΟΣ), ΜΑΪΟΥ 2006, ΗΡΑΚΛΕΙΟ, KΡΗΤΗ. 2ND ADBIS WORKSHOP ON DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY (ADMKD 2006), THESSALONIKI, GREECE, SEPTEMBER 6, VIII INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL AND MEDICAL DATA ANALYSIS (ISBMDA 06), THESSALONIKI, GREECE, DECEMBER 7 8, ΔΙΕΘΝΈΣ ΣΥΜΠΌΣΙΟ 5TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL & MEDICAL DATA ANALYSIS, AVEIRO, PORTUGAL, NOVEMBER IMACS 2005: COMPUTER SCIENCE AND ARTIFICIAL INTELLIGENCE BIOINFORMATICS SESSION, PARIS, FRANCE JULY 11 15, ISN 2004: SPECIAL NEUROCHEMISTRY CONFERENCE CHANGES IN NEURONAL GENE EXPRESSION AND CNS DRUG RESPONSES, AVIGNON, FRANCE, MAY, O ΠΑΓΚΡΗΤΙΟ ΙΑΤΡΙΚΟ ΙΑΤΡΙΚΟ ΣΥΝΕΔΡΙΟ, ΕΛΟΥΝΤΑ, ΚΡΗΤΗ, ΕΛΛΑΔΑ, ΟΚΤΩΒΡΙΟΣ ΔΙΕΘΝΈΣ ΣΥΜΠΌΣΙΟ 5TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL & MEDICAL DATA ANALYSIS, BARCELONA, SPAIN, NOVEMBER ΔΙΕΘΝΈΣ ΣΥΝΈΔΡΙΟ, IBRO2003: 6THG IBRO WORLD CONGRESS OF NEUROSCIENCE, ΔΙΟΡΓΆΝΩΣΗ IBRO (INTERNATIONAL BRAIN RESEARCH ORGANISATION), PRAGUE, CZECH REPUBLIC ΠΑΝΕΛΛΉΝΙΟ ΣΥΝΈΔΡΙΟ ΜΕ ΔΙΕΘΝΉ ΣΥΜΜΕΤΟΧΉ, 9TH PANHELLENIC CONFERENCE IN INFORMATICS, THESSALONIKI, GREECE. 9/27

11 Διεθνές workshop, WORKSHOP ON INTELLIGENT TECHNOLOGIES FOR GENE EXPRESSION BASED INDIVIDUALIZED MEDICINE, διοργάνωση EUNITE (The European Network on Intelligent Techniques for Smart Adaptive Systems), Jena, Germany 2002 Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, 2nd Hellenic Conference on Artificial Intelligence, Thessaloniki, Greece 2001 Διεθνές workshop, MLDM01: Machine Learning and Data Mining in Pattern Recognition, Leipzig, Germany Διεθνές συνέδριο, NNESMED: 4th International Conference on Neural Networks and Expert Systems in Medicine and Healthcare, Milos Island, Greece. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, 8th Panhellenic Conference in Informatics, Nicosia, Cyprus 2000 Διεθνές συνέδριο, MEDNET2000: 5th World Congress on the Internet in Medicine, Brussels, Belgium Διεθνές συνέδριο, European Conference on Machine Learning (ECML2000), Barcelona, Spain 1999 Διεθνές συνέδριο, ESIT99: European Symposium on Intelligent Techniques, διοργάνωση ERUDIT (European Network for Fuzzy Logic and Uncertainty Modeling in Information Technology), Chania, Crete, Greece Διεθνές συνέδριο, 16th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI99). Stockholm, Sweden Διεθνές συνέδριο, Research and Advanced technology for Digital Libraries, 2nd European Conference, Heraklion, Crete, Greece Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, Πανελλήνιο Συμπόσιο Λογικής, Λευκωσία, Κύπρος 1996 Διεθνές συνέδριο, International Conference on Machine Learning (ICML96), Bari, Italy 1995 Διεθνές συνέδριο, European Conference on Machine Learning (ECML95), Heraklion, Crete, Greece 1994 Διεθνές συνέδριο, European Conference on Machine Learning (ECML94), Catania, Italy 1993 Διεθνές συνέδριο, European Conference on Machine Learning (ECML93), Vienna, Austria 1992 Διεθνές workshop, Theoretical and Experimental Aspects of Knowledge Representation, διοργάνωση ERCIM, Pisa, Italy Διεθνές workshop, METHODS AND TOOLS FOR SOFTWARE REUSE, διοργάνωση ERCIM, Heraklion, Crete, Greece 1986 Εκπαιδευτικό Σεμινάριο, Πιστοποίηση Προγραμμάτων (Program Verification), από τον καθ. J. Sifakis, Πάτρα, Ελλάδα Θερινό σχολείο, Logic of Programming and Calculi of Discrete Design, Marktoberdorf, Germany Διεθνές workshop, Expert Judgment and Expert Systems, Oporto, Portugal Διεθνές workshop, Knowledge Based Management Systems (KBMS), Chania, Crete, Greece Διεθνές συνέδριο, Automata, Languages and Computation (ICALP95), Nafplio, Greece 10/27

12 7. ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΣΤΗΝ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΗ ΚΟΙΝΟΤΗΤΑ & ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ 2010 Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος στο 6 Ο ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΟ ΣΥΝΕΔΡΙΟ ΤΕΧΝΗΤΗΣ ΝΟΗΜΟΣΥΝΗΣ, 5 7 May, 2010, Athens, Greece; Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος στο 5 TH IFIP CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE APPLICATIONS & INNOVATIONS (AIAI 2009), Thessaloniki, Greece, April Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος στο 5 TH IFIP CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE APPLICATIONS & INNOVATIONS (AIAI 2009), Thessaloniki, Greece, April Διοργανωτής/Πρόεδρος του workshop ΒΜΜΙΝΤ: BIOMEDICAL INFORMATICS AND INTELLIGENT METHODS IN THE SUPPORT OF GENOMIC MEDICINE CROSSROADS IN THE INTEGRATION, MANAGEMENT AND INTELLIGENT ANALYSIS OF BIOMEDICAL INFORMATION & DATA SOURCES, στα πλαίσια του 5 TH IFIP CONFERENCE ON ARTIFICIAL INTELLIGENCE APPLICATIONS & INNOVATIONS (AIAI 2009), Thessaloniki, Greece, April Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος στο 5ο Πανελλήνιο Συνέδριο Τεχνητής Νοημοσύνης, 2 4 October, 2008, Syros, Greece; Μέλος Επιτροπής Προγράμματος, 20th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, November , Dayton, Ohio, USA; Συνδιοργανωτής του Hellenic Bioinformatics & Medical Informatics Meeting, Athens, Greece, 4 5 October, 2007; Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος και κριτής στο 19th Annual IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2007), October 29 31, Patras, Greece, Συνδιοργανωτής, «Hellenic Bioinformatics & Medical Informatics Meeting», Biomedical Research Foundation Academy of Athens, 4 5 October, 2007, Athens, Greece 2006 Πρόεδρος 4ο Πανελλήνιο Συνέδριο Τεχνητής Νοημοσύνης, May, 2006, Ηeraklion, Crete, Greece; Διοργανωτής, Advancing Clinico Genomics: Information Integration & Knowledge Discovery Issues Scientific Workshop, ERCIM Biomedical Informatics Group, May 30, 2006, Budapset, Hungary. Μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής και κριτής στο 2nd ADBIS Workshop on Data Mining and Knowledge Discovery (ADMKD 2006), Thessaloniki, Greece, September 6, Μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής και κριτής στο VIII International Symposium on Biological and Medical data Analysis (ISBMDA 06), Thessaloniki, Greece, December 7 8, Μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής και κριτής στο 5th International Symposium on Biological & Medical Data Analysis, Aveiro, Portugal, November Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος και κριτής. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, 3rd Hellenic Conference on Artificial Intelligence, Samos, Greece. S/W Προϊόν A time series analysis tool. CORDIS Technology Marketplace Μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής και κριτής στο 5th International Symposium on 11/27

13 Biological & Medical Data Analysis, Barcelona, Spain, November Μέλος της Επιτροπής Προγράμματος και κριτής. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, 2nd Hellenic Conference on Artificial Intelligence, Thessaloniki, Greece Εξωτερικός Κριτής. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, 8th Panhellenic Conference in Informatics, Nicosia, Cyprus Διοργανωτής, Μέλος Επιτροπής Προγράμματος και κριτής. Διεθνές workshop, Machine Learning in the New Information Age (MLNIA), στα πλαίσια του European Conference on Machine Learning (ECML2000), Barcelona, Spain Μέλος της Οργανωτικής Επιτροπής και κριτής. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, Πανελλήνιο Συμπόσιο Λογικής, Λευκωσία, Κύπρος. symposium/html/organizing_committe.html Εκπρόσωπος του κόμβου του Ινστιτούτου Πληροφορικής/ΙΤΕ. MLNet I: Machine Learning Network of Excellence Εκπρόσωπος του κόμβου του Ινστιτούτου Πληροφορικής/ΙΤΕ. EvoNet: The Network of Excellence in Evolutionary Computing. ind_record.php?id= Μέλος της Οργανωτικής Επιτροπής και κριτής. Πανελλήνιο συνέδριο με διεθνή συμμετοχή, Πανελλήνιο Συμπόσιο Λογικής, Λευκωσία, Κύπρος. symposium/html/organizing_committe.html 1996 Μέλος Επιτροπής Προγράμματος και κριτής. Διεθνές workshop, Machine Learning Meets Human Computer Interaction ( ML meets HCI") στα πλαίασια του International Conference on Machine Learning (ICML96; International Conference on Machine Learning, Bari, Italy, July 3 6th, hci_ml.html Αξιολογητής (evaluator). Ευρωπαϊκό πρόγραμμα INCO COPERNICUS Information technologies ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ Συμμετοχή σε επιτροπές του Ινστιτούτου Πληροφορικής του ΙΤΕ (Ηράκλειο, Κρήτη) για τη προμήθεια υπολογιστικού εξοπλισμού και τη σύναψη συμβολαίων παροχής υπηρεσιών. Από το 1999 επικεφαλής της δραστηριότητας Μηχανικής Μάθησης / Εξόρυξης Δεδομένων & Ανακάλυψης Γνώσης (Machine Learning / Data Mining / Knowledge Discovery) στο Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ (Ηράκλειο, Κρήτη) Καθοδήγηση και διαχείριση σαν βασικός ερευνητής ή/και επιστημονικός υπεύθυνος σε περισσότερα από 22 (ανταγωνιστικά) έργα Ε&Α, Ευρωπαϊκής και Εθνικής χρηματοδότησης. 12/27

14 8. ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑ ΕΡΕΥΝΑΣ & ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΕΘΝΙΚΗ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ Pr ΑΥΤΟΜΑΤΗ ΕΞΑΓΩΓΗ ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΩΝ ΑΠΟ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ; Ρόλος: Μεταπτυχιακός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη ενός συστήματος εμπειρογνώμονα (expert system), ESN Expert System Nephra, σε περιβάλλον APES/ MicroPROLOG. Το σύστημα ενσωματώνει μία σειρά από κανόνες για τη διάγνωση ασθενειών των νεφρών. Έχει τη δυνατότητα επεξήγησης των συμπερασμάτων και αποφάσεων στις οποίες καταλήγει, μέσω 'ιχνηλάτησης' των κανόνων που ενεργοποιούνται κατά την εξαγωγή συμπερασμάτων (rules tracing explanation). Pr Pr Pr Pr ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ ΚΑΙ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΝΟΣ ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΕΜΠΕΙΡΟΓΝΩΜΟΝΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΛΟΓΗ ΧΗΜΙΚΩΝ ΚΑΤΑΛΥΤΩΝ Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ ΠΕΝΕΔ; Ρόλος: Μεταπτυχιακός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη ενός συστήματος εμπειρογνώμονα (Expert System) για την επιλογή χημικών καταλυτών. Η ερευνητική προσφορά μου εστιάστηκε σε θέματα γνωσιακών συστημάτων (knowledge based systems) H συγκεκριμένη ερευνητική προσπάθεια σχετίζεται με το έργο 5 (βλέπε παρακάτω στο ίδιο κεφάλαιο). ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΝΟΣ EΜΠΕΙΡΟΥ ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΛΟΓΗ ΚΕΡΑΜΙΚΩΝ ΥΛΙΚΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΤΑΣΚΕΥΗ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΚΙΒΩΤΙΩΝ Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ ΠΕΝΕΔ. Ρόλος: Βασικός Ερευνητής H συγκεκριμένη ερευνητική προσπάθεια είχε σαν στόχο τη σχεδίαση και ανάπτυξη ενός Συστήματος Εμπειρογνώμονα για την επιλογή κεραμικών υλικών προς κατασκευή ηλεκτρονικών κιβωτίων (electronic packaging). Η μεθοδολογία που ακολουθήθηκε ήταν στα πλαίσια των Γνωσιακών Συστημάτων Υποστήριξης Αποφάσεων (Knowledge Based Decision Support Systems KBDSS), και είχε αρκετά κοινά σημεία με το πρόβλημα της Επιλογής Χημικών Καταλυτών και την αντίστοιχη μεθοδολογία που είχα χρησιμοποιήσει στη διδακτορική μου διατριβή. Στο τελικό προϊόν έχει ενσωματωθεί και ένα διάμεσο επικοινωνίας χρήστη συστήματος (human computer interface). ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΚΑΙ ΕΞΕΛΙΞΗ ΤΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑΣ ΑΝΑΓΝΩΡΙΣΗΣ ΝΟΥΚΛΕΟΤΙΔΙΚΩΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΩΝ Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ ΠΕΝΕΔ. Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος του Ινστιτούτου Πληροφορικής/ΙΤΕ H συγκεκριμένη ερευνητική και αναπτυξιακή προσπάθεια (R&D project), όσον αφορά το IΠ ITE, αναφέρεται στη χρήση και ανάπτυξη νοημόνων τεχνικών ανάλυσης σειριακών ακολουθιών (όπως οι DNA sequences ) οι οποίες στηρίζονται σε μεθοδολογίες Μηχανικής Μάθησης και Εξόρυξης Δεδομένων. Σκοπός είναι η ανάπτυξη ενός Συστήματος Υποστήριξης Αποφάσεων για τη καλλίτερη (πληρέστερη, πιο σωστή και με πιθανοθωρητική εκτίμηση) απόδοση και αναγνώριση νουκλεοτιδίων σε θέσεις ακολουθιών DNA [σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας IMBB του ΙΤΕ]. ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΥΦΥΟΥΣ ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΩΙΜΗ ΔΙΑΓΝΩΣΗ ΤΗΣ ΣΤΕΦΑΝΙΑΙΑΣ ΝΟΣΟΥ Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ ΠΕΝΕΔ; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος του Ινστιτούτου Πληροφορικής/ΙΤΕ H συγκεκριμένη ερευνητική και αναπτυξιακή προσπάθεια, όσον αφορά το Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ, αναφέρεται στη χρήση και ανάπτυξη νοημόνων τεχνικών ανάλυσης κλινικών/εργαστηριακών δεδομένων ασθενών, οι οποίοι ανήκουν σε διαφορετικές ομάδες κινδύνου όσον αφορά την εκδήλωση στεφανιαίας νόσου (από κατάλληλα επιλεγμένο δείγμα εθελοντών ασθενών). Σκοπός είναι η εξαγωγή κατάλληλων και σύνθετων πρωτοκόλλων διάγνωσης της στεφανιαίας νόσου με συνδυασμό παραγόντων απολύτου κινδύνου και ευρημάτων καρδιακών αγγειογραφιών. Η προσφορά του ΙΠ ΙΤΕ εστιάζεται στη χρήση και ανάπτυξη τεχνικών Μηχανικής Μάθησης. 13/27

15 Pr PROGNOCHIP DEVELOPMENT AND ESTABLISHMENT OF DNA MICROARRAY TECHNOLOGY IN GREECE: IDENTIFICATION AND VALIDATION OF CLASSIFICATION AND PROGNOSIS MOLECULAR MARKERS FOR BREAST CANCER Χρηματοδότηση: ΓΓΕΤ ΕΠΑΝ; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος του Ινστιτούτου Πληροφορικής/ΙΤΕ Αντικείμενο του υπό εξέλιξη έργου είναι η ανάπτυξη και θεμελίωση ενός ολοκληρωμένου περιβάλλοντος για την επεξεργασία έκφρασης γονιδίων (gene expression) ασθενών με καρκίνο του μαστού. Ο τελικός στόχος είναι ο προσδιορισμός και η πιστοποίηση νέων μοριακών/γονιδιακών δεικτών (molecular/gene markers) για τη συγκεκριμένη ασθένεια. Το έργο αποβλέπει στη σχεδίαση, ανάπτυξη και παράδοση: (1) Τράπεζας Ιστών (tissue bank) για καρκίνο του μαστού, (2) Εκτεταμένης μελέτης της έκφρασης γονιδίων σε σχετικούς καρκινικούς ιστούς, (3) Ολοκληρωμένης σουίτας εξόρυξης δεδομένων (data mining) έκφρασης γονιδίων, (4) Περιβάλλοντος ολοκλήρωσης κλινικών και γενομικών δεδομένων και πληροφοριών (integrated clinico genomics environment), (5) Πιστοποίηση νέων και υπαρχόντων μοριακών/γονιδιακών δεικτών και (6) Διασπορά των αποτελεσμάτων στις εμπλεκόμενες επιστημονικές κοινότητες (ιατρικής, μοριακής βιολογίας, ιατρικής πληροφορικής και βιοπληροφορικής). Στο έργο PrognoChip η ερευνητική προσπάθεια και συνεισφορά μου εστιάζεται κυρίως στα (3) και (4). ΔΙΕΘΝΗΣ/ΕΥΡΩΠΑΪΚΗ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ Pr Pr Pr SPATIAL AND TEMPORAL PATTERNS OF ENVIRONMENTALLY INFLUENCED DISEASES IN GREECE Χρηματοδότηση: Environmental Protection Agency USA (EPA). Ρόλος: Μεταπτυχιακός Ερευνητής Στατιστική ανάλυση των περιβαλοντολογικών αιτιών θανάτου στην Ελλάδα. Σχεδιάστηκε και αναπτύχθηκε πρόγραμμα στατιστικής ανάλυσης αρχείων θανάτου πολιτών (από τη Στατιστική Υπηρεσία της Ελλάδας, για τη χρονική περίοδο ), ανά γεωγραφική περιοχή (στη λογική ενός Γεωγραφικού Συστήματος Πληροφοριών), GEMS Geographical Epidemiological Mapping System. Το πρόγραμμα εκτυπώνει έγχρωμους χάρτες της Ελλάδας σε σχέση με τη κατανομή της συγκεκριμένης αιτίας θανάτου (δίνεται η δυνατότητα εντοπισμού βιομηχανικών δραστηριοτήτων μιας περιοχής η οποία μπορεί να σχετίζεται με τη συγκεκριμένη αιτία θανάτου, π.χ. θάνατοι από καρκίνο του πνεύμονα και βιομηχανίες αμιάντου). EXPERT SYSTEM ΤECHNIQUES FOR CHEMICAL CATALYSTS SELECTION Χρηματοδότηση: NATO Grants for International Collaboration in Research. Ρόλος: Μεταπτυχιακός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη του εμπειρογνώμονος συστήματος ESCAT Αn Expert System for CATalysts Σelection. Το σύστημα συνδυάζει ποσοτικά μοντέλα συμπεριφοράς και κινητικής των χημικών αντιδράσεων κατάλυσης και ποιοτικά μοντέλα (βάση γνώσεων με εμπειρικούς κανόνες) συμπεριφοράς χημικών καταλυτών σε διαφορετικές συνθήκες αντίδρασης. Το τελικό αποτέλεσμα είναι η διαβάθμιση χημικών καταλυτών σε σχέση με την αποτελεσματικότητά τους για συγκεκριμένες καταλυτικές αντιδράσεις και για διαφορετικές συνθήκες εξελιξής τους. Το σύστημα αναπτύχθηκε και περιβάλλον db II / Clipper. Το έργο σχετίζεται άμεσα με την εκπόνηση της διδακτορικής μου διατριβής. CRAI: COURSEWARE ΡESOURCES BASED ON ΑRTIFICIAL ΙNTELLIGENCE Χρηματοδότηση: EU COMMET1 ; Ρόλος: Μεταπτυχιακός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη ενός συστήματος ευρετηριασμού (indexing), διαχείρισης και σύνθεσης κειμένων για περιβάλλον Υπερκειμένου (hypertext). Το σύστημα αυτό μπορεί να χρησιμοποιηθεί και σαν βοηθητικό front end εργαλείο των μηχανικών γνώσεων (knowledge engineers), με σκοπό την απόκτηση γνώσεων σε συγκεκριμένα πεδία εφαρμογής. Το σύστημα καλείται KATRIN Knowledge Acquisition based on Text Retrieval and INformation theory. Στα πλαίσια της ερευνητικής προσπάθειας αναπτύχθηκε ένας γενικός λογισμός διαχείρισης και σύνθεσης κειμένων βασισμένος σε τεχνικές και μετρικές από τη Διαχείριση και Θεωρία Πληροφοριών, ITR Intelligent Text Retrieval. Το έργο σχετίζεται άμεσα με την εκπόνηση της διδακτορικής μου διατριβής. 14/27

16 Pr Pr Pr Pr Pr Pr MLT: MACHINE LEARNING TOOLBOX Χρηματοδότηση: EU ESPRIT2 P2154 project. Ρόλος: Βασικός Ερευνητής Σχεδιασμός και ανάπτυξη μιας εργαλειοθήκης (toolbox) συστημάτων μηχανικής μάθησης. Η ερευνητική προσπάθεια μου (στο πλαίσιο της ομάδας μηχανικής μάθησης του Ινστιτούτου Πληροφορικής, Ιδρυμα Τεχνολογίας και Ερευνας (ΙΤΕ) εστιάστηκε στην ανάπτυξη ιατρικών γνωσιακών συστημάτων με τη βοήθεια της εργαλειοθήκης. Έγιναν εκτεταμένα πειράματα και αντίστοιχες εφαρμογές αναπτύχθηκαν με περισσότερα από πέντε συστήματα μηχανικής μάθησης. Ταυτόχρονα η ερευνητική προσπάθεια κατευθύνθηκε στην ανάπτυξη και στην ενίσχυση γενικών μεθόδων/τεχνικών/αλγορίθμων Μηχανικής Μάθησης. GAMES II: GENERAL ARCHITECTURES FOR MEDICAL EXPERT SYSTEMS Χρηματοδότηση: EU ΑΙΜ project. Ρόλος: Βασικός Ερευνητής Μεθοδολογική προσέγγιση στην ολοκλήρωση γενικών αρχιτεκτονικών και μεθόδων απόκτησης, αναπαράστασης και διαχείρισης γνωσιακών συστημάτων, με έμφαση στην ιατρική. Η ερευνητική μου προσπάθεια (στο πλαίσιο της ομάδας μηχανικής μάθησης του Ινστιτούτου Πληροφορικής, Ιδρυμα Τεχνολογίας και Ερευνας ΙΤΕ) εστιάστηκε στην ενσωμάτωση μεθόδων μηχανικής μάθησης σε γενικά μοντέλα επίλυσης προβλημάτων (problem solving) και ιδιαίτερα στo μοντέλο STM Selection and Test Model. FAPSY: AN INFORMATION SYSTEM PRESENTING STATISTICAL INFORMATION SPACES OF ECONOMIC DATA Χρηματοδότηση: EU ESPRIT ; Ρόλος: Βασικός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη ενός συστήματος πελάτη/ εξυπηρετητή (client server) για τη διαχείριση οικονομικών δεδομένων χρονοσειρών (time series) και ντοκουμέντων οικονομικού ενδιαφέροντος. Το σύστημα ενσωματώνει τις δυνατότητες ανάκλησης δεδομένων από κατανεμημένες βάσεις στατιστικών δεδομενων, με βάση συγκεκριμένες χρονοσειρές οι οποίες αναφέρονται σε περιοχές (ή/και χώρες), βιομηχανίες και οικονομικές μεταβλητές. H ερευνητική moy προσπάθεια (στο πλαίσιο της ομάδας μηχανικής μάθησης του Ινστιτούτου Πληροφορικής, Ιδρυμα Τεχνολογίας και Ερευνας ΙΤΕ) εστιάστηκε στην ανάπτυξη μεθόδων και ρουτινών ευρετηριαμού και διαχείρισης ντοκουμέντων οικονομικού ενδιaφέροντος, και οι οπoίες βασίζονται σε τεχνικές Διαχείρισης Πληροφοριών (Information Retrieval). KESO: KNOWLEDGE EXTRACTION FOR STATISTICAL OFFICES Χρηματοδότηση: EU ESPRIT ; Ρόλος: Βασικός Ερευνητής Σχεδίαση και ανάπτυξη ενός συστήματος ανακάλυψης και εξαγωγής γνώσεων από μεγάλες στατιστικές βάσεις δεδομένων. Η ερευνητική προσπάθεια εστιάζει στην ανάπτυξη, προσαρμογή και ολοκλήρωση τεχνικών εξόρυξης δεδομένων (data mining) και μηχανικής μάθησης, για την ανάλυση στατιστικών βάσεων δεδομένων και εξαγωγή πολύτιμων και κρυμμένων πληροφοριών και γνώσεων. Η ερευνητική μου προσπάθεια εστιάστηκε στην εφαρμογή καθώς και την ανάπτυξη τεχνικών και συστημάτων εξόρυξης δεδομένων από εστιασμένες πληθυσμιακές βάσεις δεδομένων. STAR: SEAMLESS TELEMATICS ACROSS REGIONS Χρηματοδότηση: FP4 Health Telematics Applications HC1045; Ρόλος: Βασικός Ερευνητής και Project manager H συγκεκριμένη ερευνητική και αναπτυξιακή προσπάθεια (R&D project) είχε σαν στόχο την ολοκλήρωση (integration) και πιστοποίηση τηλεματικών συστημάτων και κοινών υπηρεσιών για τη συνεχιζόμενη ιατρική φροντίδα ασθενών. Βασικές δια δυκτιακές (internet) τεχνολογίες δοκιμάστηκαν, και σχετικά συστήματα αναπτύχθηκαν, με σκοπό τη διασύνδεση απομακρυσμένων (distributed) πληροφοριακών συστημάτων. MLNET II: MACHINE LEARNING NETWORK OF EXCELLENCE IN MACHINE LEARNING AND RELATED FIELDS Χρηματοδότηση: FP4 ESPRIT ; Ρόλος: Εκπρόσωπος του Ινστιτούτου Πληροφορικής / ΙΤΕ. Tο Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ είναι κόμβος στο MLnet. Συμμετείχα στη προετοιμασία της σχετικής πρότασης και εκπροσωπώ το Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ στο δίκτυο. 15/27

17 Pr Pr Pr Pr Pr EVONET: THE NETWORK OF EXCELLENCE IN EVOLUTIONARY COMPUTING Χρηματοδότηση: FP4 ESPRIT ; Ρόλος: Εκπρόσωπος του Ινστιτούτου Πληροφορικής / ΙΤΕ. Tο Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ είναι κόμβος στο EvoNet. Συμμετείχα στη αρχική προετοιμασία της σχετικής πρότασης και εκπροσωπώ το Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ στο δίκτυο. INTERCARE: THE INTERWORKING AND INTEROPERABILITY OF NETWORKED SERVICES FOR HEALTHCARE USING INTERNET BASED TECHNOLOGY Χρηματοδότηση: FP5 Health Telematics Applications program HC4011; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος H συγκεκριμένη ερευνητική και αναπτυξιακή προσπάθεια (R&D project) συνδυάζει αποτελέσματα από τα πio σημαντικά προγράμματα Τηλεματικής στην Υγεία και τα οποία έχουν χρηματοδοτηθεί από την ΕΕ Cardlink 2, Hector, Star, Synapses and TrustHealth. Ο βασικός στόχος είναι η επίτευξη της σύγκλισης των αποτελεσμάτων και η επίδειξη και προώθηση της συνέργειας μεταξύ σχετικών προσπαθειών από διαφορετικές περιοχές Τηλεματικής στην Υγεία. IRAIA: GETTING ORIENTATION IN COMPLEX INFORMATION SPACES AS AN EMERGENT BEHAVIOUR OF AUTONOMOUS INFORMATION AGENTS Χρηματοδότηση: FP5 IST ; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος H συγκεκριμένη ερευνητική και αναπτυξιακή προσπάθεια (R&D project) αναφέρεται στην σχεδίαση αρχιτεκτονικών και υλοποίηση σχετικών τεχνικών και συστημάτων για την ομογενοποίηση και ολοκλήρωση ετερογενών και κατανεμημένων πληροφοριών (με έμφαση σε πληροφορίες στατιστικού περιεχομένου), καθώς και σε μεθόδους εμφάνισης (visualization) των πληροφοριών αυτών. Η βασική εμπλοκή του Ινστιτούτου Πληροφορικής το ΙΤΕ αναφέρεται στην χρήση, ανάπτυξη και υλοποίηση μηχανισμών Διαχείρισης Πληροφοριών, Text Mining, και Ανακάλυψη Γνώσεων. INFOBIOMED (NOE): STRUCTURING EUROPEAN BIOMEDICAL INFORMATICS TO SUPPORT INDIVIDUALIZED HEALTHCARE Network of Excellence; Χρηματοδότηση: FP IST Ρόλος: Επιστημονκός Υπεύθυνος Το INFOBIOMED αποτελεί ένα δίκτυο αριστείας (NoE: Network of Excellence) και βρίσκεται υπό εξέλιξη (άρχισε τον Ιανουάριο του 2004). Το INFOBIOMED αποβλέπει στη θεμελίωση μιας σταθερής και βιώσιμης δομής συνεργασίας και διασύνδεσης επιστημόνων, φορέων και δραστηριοτήτων από το χώρο της ιατρικής και της μοριακής βιολογίας. Στόχος είναι ο προσδιορισμός ενός περιβάλλοντος συνέργειας μεταξύ ιατρικής πληροφορικής (medical informatics) και βιοπληροφορικής (bioinformatics) με σκοπό την υποστήριξη της ταχύτητα αναδυόμενης ανάγκης για εξατομικευμένη ιατρική (individualized medicine). Τα βασικά αντικείμενα του INFOBIOMED είναι: (1) Ενίσχυση διαλειτουργικότητας (interoperability) κλινικών και γενομικών δεδομένων, (2) Ενίσχυση της διασύνδεσης (interfacing) και διαλειτουργικότητας σχετικών μεθόδων, τεχνικών, συστημάτων και υπηρεσιών μέσω της θεμελίωσης και πιστοποίησης σχετικών προτύπων (standards), (3) Σχεδίαση και ανάπτυξη πιλοτικών εφαρμογών (π,χ., γονιδιακή διάγνωση/πρόγνωση, σχεδίαση φαρμάκων κλπ), (4) Δημιουργία, υποστήριξη και πιστοποίηση της διασύνδεσης των φορέων της Βιο Ιατρικής Πληροφορικής (BMI: Bio Medical Informatics), (5) Διασπορά πληροφοριών, δεδομένων, αποτελεσμάτων κλπ, και (6) Υποστήριξη της εκπαιδευτικής διαδικασίας στη Βιο Ιατρική Πληροφορική. Στο έργο/δίκτυο INFOBIOMED η ερευνητική προσπάθεια και συνεισφορά μου εστιάζεται κυρίως στα (1) και (2). WS TALK: WEB SERVICES COMMUNICATING IN THE LANGUAGE OF THEIR USER COMMUNITY Χρηματοδότηση: FP6 DG COOP CT Ρόλος: Κύριος Ερευνητής Το WS TALK αναφέρεται σε ένα στρώμα διεπαφών (interfaces) που συνδυάζει τεχνολογικές λύσεις επεξεργασίας φυσικής γλώσσας στο πλαίσιο του Web, με σκοπό να παράσχει εργαλεία διεπικοινωνίας και διασύνδεσης και ανταλλαγής πληροφοριών μεταξύ κοινοτήτων του διαδικτύου. Ο στόχος είναι η παροχή βοήθειας σε χρήστες και υπεύθυνους για την ανάπτυξη Web υπηρεσιών μέσω της δημιουργίας επαναχρησιμοποιήσιμων και εύκαμπτων συστατικών λογισμικού (software components). Στο πλαίσιο του συγκεκριμένου έργου η εμπλοκή του ICS 16/27

18 FORTH εντοπίζεται και εστιάζεται σε τεχνολογικές λύσεις εξόρυξης δεδομένων (data mining) και ανακάλυψης γνώσης (knowledge discovery) από κατανεμημένες και ετερογενείς πηγές δομημένων και ημι δομημένων δεδομένων και πληροφοριών (π.χ., ανακάλυψη γνώσης από κείμενα text mining). Στόχος είναι η ανάπτυξη μεθοδολογιών και εργαλείων για τη διεπικοινωνία μεταξύ συνεργαζόμενων Web κοινοτήτων μέσω του εντοπισμού κοινών ενδιαφερόντων και εντοπισμού των σχετικών πηγών πληροφοριών. Pr running Pr running ACGT ADVANCING CLINICO GENOMIC TRIALS ON CANCER Integrated Project; Xρηματοδοτηση: FP IST ; Ρόλος: Κύριος Ερευνητής The completion of the Human Genome Project sparked the development of many new tools for today s biomedical researcher to use in finding the mechanism behind disease. While the goal is clear, the path to such discoveries has been fraught with roadblocks in terms of technical, scientific, and sociological challenges. ACGT brings together internationally recognised leaders in their respective fields, with the aim to deliver to the cancer research community an integrated Clinico Genomic ICT environment enabled by a powerful GRID infrastructure. In achieving this objective ACGT has formulated a coherent, integrated workplan for the design, development, integration and validation of all technologically challenging areas of work. Namely: (a) GRID: delivery of a European Biomedical GRID infrastructure offering seamless mediation services for sharing data and data processing methods and tools, and advanced security; (b) Integration: semantic, ontology based integration of clinical and genomic/proteomic data taking into account standard clinical and genomic ontologies and metadata; (c) Knowledge Discovery: Delivery of data mining GRID services in order to support and improve complex knowledge discovery processes. The technological platform will be validated in concrete setting of advanced clinical trials on Cancer. Pilot trials have been selected based on the presence of clear research objectives, raising the need to integrate data at all levels of the human being. ACGT promotes the principle of open source and open access, thus enabling the gradual creation of a European Biomedical Grid on Cancer. Hence, the project plans to introduce additional clinical trials during its lifecycle. It is in line with EU priorities and the objectives of the IST program. It targets the fulfilment of urgent needs of the cancer research community, a key area of societal importance and with a view to strengthening the integration of the European Research Area. LOCCANDIA: LAB ON CHIP BASED PROTEIN PROFILING FOR CANCER DIAGNOSIS STREP; Xρηματοδοτηση: FP IST ; Ρόλος: Κύριος Ερευνητής The human plasma proteome holds the promise of a revolution in disease diagnosis and therapy. One major breakthrough should come from the detection of multiprotein disease markers including isoforms. We propose to integrate a full proteomics analysis chain, from blood sample to the diagnosis information, combining bio, nano, and information related technologies. It includes an innovative patented lab on chip developed at CEA. The clinical application is early pancreatic cancer diagnosis. The project is based on a panel of 3 identified proteins, a protein isolation protocol, an optimised chromatographic electrospray lab on chip, an Integrated Clinico Proteomics Environment including a Proteomic Information Management System, a Clinical Information System, and modules for preprocessing, reconstruction, visualisation, protein identification, data mining and knowledge discovery. The clinical validation is applied to a cohort of 92 patients. Our targeted performance is to get at least the sensitivity of an orthogonal ELISA approach, to operate the analysis chain in less than 12 hours, and to demonstrate the interest The main research outcomes will be an optimised chromatographicelectrospray lab on chip, a software environment supporting the integrated device, a proof ofconcept of their application to protein profiling for cancer diagnosis and an exploitation plan. The roadmap of this 36 months project is defined according to three main milestones: 1) at month 12, a first protein profile using a first version of the lab on chip on artificial samples is available, 2) at month 24, all the final versions of the sub systems are The consortium partnership involves partners over 5 countries, combining basic and applied research (CEA, FORTH, SIB, WWU), 1 large company (ATOS) and 2 SMEs (BVN, GB), including clinicians and endusers (WWU, BVN). 17/27

19 Pr running Pr running GEN2PHEN: GENOTYPE TO PHENOTYPE DATABASES: A HOLISTIC SOLUTION Integrated Project; Xρηματοδοτηση: FP HEALTH ; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος The GEN2PHEN project has the overall ambition of unifying human and model organism genetic variation databases, and doing this in such a way that the resulting holistic view of G2P data can be blended with all other biomedical database domains via one or more central genome browsers. The project will put in place the main building blocks needed to move substantially from today s G2P database situation towards the ultimate future of a complete biomedical knowledge environment. The project will then utilise these building blocks to construct a firstgeneration version of a G2P knowledge environment by the project s end. This will consist of a European centred but globally networked hierarchy of bioinformatics GRID linked databases, tools and standards, all tied into the Ensembl genome browser. ACTION Grid SSA; Xρηματοδοτηση: FP7 ICT ; Ρόλος: Επιστημονικός Υπεύθυνος ACTION Grid is a Specific International Cooperation Project on healthcare information systems based on Grid capabilities and Biomedical Informatics (BMI) between Latin America, the Western Balkans and the European Union (EU). ACTION Grid will act as a multiplier of previous outcomes in Grid and BMI and will disseminate these outcomes Objectives: (1) To survey Gridbased and BMI initiatives in Europe, Latin America, the Western Balkans and North Africa. These results will be combined with data from an inventory of Grid/Nano/BMI methods and services, developed by the consortium (2) ACTION Grid will foster training and mobility in Grid and BMI; (3) To develop a White Paper, in collaboration with a panel of recognized experts. This document will be delivered to the EC to establish a future agenda covering the Grid/Nano/Bio/Medical Informatics; (4) To disseminate ACTION Grid, by means of: (a) An international symposium on Grid and BMI. This conference will be carried out in Europe, with two satellite conferences (b) Scientific publications, (c) Dissemination strategies, such as a Website, Newsletters, Press releases, etc. 18/27

20 9. ΔΗΜΟΣΙΕΥΜΕΝΟ ΕΡΓΟ Διδακτορική Διατριβή (PhD) Ποταμιάς Γ. (1992). Eνα Σύστημα Εμπειρογνώμονας για την Επιλογή Χημικών Καταλυτών ESCAT: Expert Systems in Catalysis: Μια Μελέτη στην Απόκτηση, Αναπαράσταση και Διαχείριση Γνώσεων. Τμήμα Μαθηματικών, Σχολή Θετικών Επιστημών, Πανεπιστήμιο Πατρών Πρακτικά Διεθνών Συνεδρίων & Συναντήσεων και Βιβλία (κεφάλαια) B.1. G. Potamias and V. Moustakis (eds) BMMINT: Biomedical Informatics and Intelligent Methods in the Support of Genomic Medicine, AIAI 2009 workshop, April 24, Thessaloniki, Greece; CEUR Proceedings, vol B.2. L. Koumakis, G. Potamias, V. Moustakis. Web Services Automation. In M.M. Cunha, E. Oliveira, A. Tavares and L. Ferreira (eds) Handbook of Research on Social Dimensions of Semantic Technologies and Web Services, Chapter XIII. B.3. G. Antoniou, G. Potamias, D. Plexousakis, C. Spyropoulos (eds). (2006). Advances in Artificial Intelligence. Proceedings 4th Hellenic Conference on Artificial Intelligence, May 18 20, 2006, Heraklion, Crete. Lecture Notes in Artificial Intelligence, 3955, Springer Verlag. B.4. G. Potamias, V. Moustakis, M. van Someren (eds) (2000). Machine Learning in the New Information Age (MLNIA), ECML/MLNet workshop, Barcelona, Spain. B.5. Metakides G., and Nerode, A. (1996). Principles of Logic and Logic Programming. With contributions by A. Sinachopoulos and George Potamias. Studies in Computer Science and Artificial Intelligence, 13, North Holland Publishing Co., Amsterdam. B.6. Γ. Μητακίδης. (1992). Από τη Λογική στο Λογικό Προγραμματισμό. Συνεισφορά Γ. Ποταμιά στη συγγραφή και επιμέλεια του αυτοτελούς κεφαλαίου Prolog, Εκδόσεις Καρδαμίτσα, Αθήνα, Ελλάδα. Διεθνή Περιοδικά & Περιοδικές Εκδόσεις Peer reviewed; Indexed by: ISI, SCOPUS (SC) or GoogleScholar (GS) [IF/ISI: ISI journal Impact Factor] [SC/h index: SCOPUS journal h index] [ISI: ISI #citations] [SC: SCOPUS #citations] [GS: GoogleScholar Citations] J.1. Sfakianakis, S., Blazantonakis, M., Dimou, I., Zervakis, M., Tsiknakis, M., Potamias, G., Kafetzopoulos, D., and Lowe, D. (2009). Decision support based on genomics: integration of data and knowledge driven reasoning. International Journal of Biomedical Engineering and Technology (to appear). J.2. Kern J., Fister K., Petrovecki M., Polasek O., Stevanovic R., Vuletic S., Maojo V., Martin Sanchez F., Potamias G., de Quiros F.G.B., Gonzalez D., Legre L., and Moustakis V. (2008). Action grid: International Networking in Grid Computing and Biomedical Informatics. Acta Informatica Medica (AIM) 16(3): J.3. Kanterakis, A., Kafetzopoulos, D., Moustakis, D., and Potamias, G. (2008). Mining Gene Expression Profiles and Gene Regulatory Networks: Identification of Phenotype Specific Molecular Mechanisms. Lecture Notes in Artificial Intelligence, 5138: [SC/h: 43] 19/27