Ανάπτυξη Υπολογιστικών Εργαλείων για την Προσομο ίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε Υδατικό Διάλυμα

Μέγεθος: px

Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Ανάπτυξη Υπολογιστικών Εργαλείων για την Προσομο ίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε Υδατικό Διάλυμα"

Ζώσιμη Χατζηιωάννου
7 χρόνια πριν
Προβολές:

1 ΔΗΜΟΕΡΕΥΝΑ-06: Ανάπτυξη Υπολογιστικών Εργαλείων για την Προσομο ίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε Υδατικό Διάλυμα Μεταξία Βλάση Ινστιτούτο Βιολογίας Συνεργασία: Ι. Οικονόμου, ΙΦΧ

2 Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής Hμερίδα: «Αποτελέσματα Δημοέρευνας», ΕΚΕΦΕ «Δ», 1/12/2009

Η πρωτεϊνη Ssn6: 10 TPR επαναλήψεις Sc3T

3 Η πρωτεϊνη Ssn6: 10 TPR επαναλήψεις Sc3T (TPR1-3): περιοχή αλληλεπίδρασης με την Tup1 Η δομική ακεραιότητα του TPR1 είναι αναγκαία για την αλληλεπίδραση της Ssn6 με την Tup1 Gounalaki N, Tzamarias D, Vlassi M. (2000). FEBS Lett. 473(1):37-41

4 Η πρωτεϊνη Ssn6 TPR επαναλήψεις DATLQFN AYDATLQ Απουσία της Tup1, τo TPR1 δεν είναι πλήρως δομημένο (δομικά ευκίνητο)

5 Στόχος της εργασίας: Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής της Sc3T σε νερό με χρήση διαφόρων παραμέτρων Αξιολόγηση της αξιοπιστίας των προσομοιώσεων

6 Ανάπτυξη Υπολογιστικού Εργαλείου για την Προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε νερό (τροποποιημένο μοντέλο νερού)

7 Gromita Perl-Tk Cross platform Λειτουργεί σε παραθυρικό περιβάλλον Λειτουργεί σε διάφορα τύπου Unix λειτουργικά συστήματα

10 Προσομοιώσεις ΜΔ με χρήση του προγράμματος ΜΟΕ και explicit water (spc model) 2ns at 300K

11 Ανάλυση προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών Ανάπτυξη πακέτου Προγραμμάτων ΗelixMD: Παρακολούθηση της α-ελικοειδούς δομής πρωτεϊνών κατά τη διάρκεια προσομοιώσεων ΜΔ

12 ΗelixMD output: RName RNumber a-helix no-helix %helical SER 1 THR ALA GLU THR TRP LEU SER ILE ALA SER LEU ALA GLU THR LEU

13 Ανάλυση ΜΟΕ Προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος HelixMD Palaiomylitou, M., Tartas, A, Vlachakis, D., Tzamarias, D. and Vlassi, M. (2008) Proteins: Structure, Function & Bioinformatics 70(1), 72-82

14 Προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος Gromita (modified water model)

15 2 ns

16 Αξιολόγηση της Προσομοίωσης Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος Gromita (modified water model)

http://bio.demokritos.gr/gromita Sellis, D., Vlachakis, D.

17 Sellis, D., Vlachakis, D. and Vlassi, M. (2009) Bioinformatics & Biology Insights 2009:3,

18 Δημοσιεύσεις Palaiomylitou, M., Tartas, A, Vlachakis, D., Tzamarias, D., Vlassi, M. (2008) Investigating the structural stability of the Tup1 interaction domain of Ssn6: Evidence for a conformational change in the complex Proteins: Structure, Function & Bioinformatics 70(1), Sellis, D., Vlachakis, D., Vlassi, M. (2009) Gromita: A fully integrated graphical user interface to Gromacs 4. Bioinformatics & Biology Insights 2009:3, Vlachakis, D., A. Tartas, M. Vlassi (2007) Using molecular dynamics simulations to investigate the structural stability of a repeat containing protein. FEBS Journal 274:S1 2007, F1-203 (Proceedings of the 32nd FEBS (Federation of European Biochemical Societies) Congress, Molecular Machines, Vienna, Austria, July 7-12, 2007) Βλαχάκης, Δ., Σελλής, Δ., Τάρτας, Α., Νικολόπουλος, Γ., Οικονόμου, Ι., Βλάση, Μ. (2008) Αξιολόγηση προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής χρησιμοποιώντας τη γνωστή δομική συμπεριφορά μιας πρωτεϊνης επαναλήψεων 30ο Ετήσιο Επιστημονικό Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών, Θεσσαλονίκη Μαϊου Proceedings p.54 Tartas, A., Vlachakis, D., Vlassi, M. HelixMD: A Suite of Computer Programs for Monitoring Conformational Changes during Molecular Dynamics Simulations. Manuscript in preparation

19 Ευχαριστίες Ερευνητική ομάδα: Σελλής Διαμαντής, Msc Βλαχάκης Δημήτριος, PhD, Συνεργαζόμενος Ερευνητής ΕΚΕΦΕ «Δ» Τάρτας Αθανάσιος, PhD Νικολόπουλος Γεώργιος, PhD Ιωάννης Χατζής, Δικτυακός Υπεύθυνος ΙΒ Συνεργασία: Ι. Οικονόμου, ΙΦΧ Χρηματοδότηση: ΔΗΜΟΕΡΕΥΝΑ-06

Σχετικά έγγραφα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση