ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
|
|
- Έλλη Πολίτης
- 7 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ Σελίδα 1
2 κύρια αλυσίδα main chain πεπτιδικός δεσμός πλευρική αλυσίδα side chain αμινομάδα amino group α άνθρακας Σελίδα 2 καρβοξυλομάδα carboxyl group
3 Σελίδα 3
4 Ramachandran Plot Σελίδα 4
5 Δομή πρωτεϊνών Πρωτοταγής αμινοξική ακολουθία Δευτεροταγής τοπικές διαμορφώσεις της πολυπεπτιδικής αλυσίδας Τριτοταγής δίπλωμα της πολυπεπτιδικής αλυσίδας στο χώρο Τεταρτοταγής αλληλεπίδραση πολυπεπτιδικών αλυσίδων
6 α-έλικα αλληλεπιδράσεις μικρής εμβέλειας δεσμός υδρογόνου μεταξύ C=O του καταλοίπου n και NH του καταλοίπου n+4 Σελίδα 6
7 β-πτυχωτή επιφάνεια αλληλεπιδράσεις μακράς εμβέλειας Σελίδα 7
8 στροφές Turns and loops Coil helix, strand, turn Σελίδα 8
9 Τι καθορίζει τη δομή μιας πρωτεΐνης; αμινοξική ακολουθία (Anfinsen) αλληλεπιδράσεις ηλεκτροστατικές Van der Waals δεσμοί υδρογόνου υδρόφοβες σφαιρικές υδατοδιαλυτές πρωτεΐνες υδρόφοβος πυρήνας / πακετάρισμα ΣΔΔ στροφές κυρίως στο εξωτερικό Σελίδα 9
10 τριτοταγής δομή το πρόβλημα της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών δομικά αυτοτελείς περιοχές (domains) χαρακτηριστική ακολουθία και λειτουργία multidomain proteins σχέση δομής λειτουργίας Ακολουθία Δομή Λειτουργία Σελίδα 10
11 Μοριακή Οπτικοποίηση Δομική βιοπληροφορική Δομική Σύγκριση Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής Μακρομοριακές Προσομοιώσεις Σελίδα 11
12 Μοριακή Οπτικοποίηση Σελίδα 12
13 Μοριακή Οπτικοποίηση μελέτη αλληλεπιδράσεων προσδιορισμός στόχων για κατευθυνόμενη μεταλλαξιγένεση σύγκριση δομών τρόπος σύνδεσης (connectivity) των ατόμων εικονικό τρισδιάστατο περιβάλλον - αίσθηση του βάθους τυποποιημένες αναπαραστάσεις που αναδεικνύουν τη συνολική τοπολογία ή άλλες ιδιότητες των πρωτεϊνών εμφάνιση υποομάδας ατόμων επιλεγμένων από το χρήστη χρωματισμός των ατόμων βάσει κάποιας παραμέτρου Σελίδα 13
14 Μοριακή Οπτικοποίηση PyMOL RasMol VMD διεπαφή προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής DeepView - Swiss-PdbViewer υπέρθεση δομών, υπολογιστικές μεταλλάξεις κ.α. Jmol Σελίδα 14
15 Δομική Σύγκριση Η δομή είναι περισσότερο συντηρημένη από την ακολουθία. π.χ. λιποκαλίνες μελέτη εξελικτικών σχέσεων αναγνώριση σχέσεων δομής/λειτουργίας πρόβλεψη λειτουργίας ανάλυση στερεοδιαταξικών αλλαγών π.χ. κατά την πρόσδεση υποκαταστατών αξιολόγηση υπολογιστικά προσδιορισμένων δομών ταξινόμηση δομών Σελίδα 15
16 Δομική Σύγκριση Ολική Στοίχιση Τοπική Στοίχιση Σελίδα 16
17 Αναπαράσταση πρωτεϊνών Ενδομοριακές αποστάσεις Δομική Σύγκριση Στοιχεία δευτεροταγούς δομής Εντοπισμός κοινών περιοχών μεταξύ των δομών Βελτιστοποίηση της στοίχισης των δομών Σελίδα 17
18 Βαθμολόγηση της στοίχισης Δομική Σύγκριση RMSD 1 N N i 1 2 d i d i Εκτίμηση στατιστικής σημαντικότητας Z-score p-value Σελίδα 18
19 Δομική Σύγκριση DaliLite CE STRUCTAL VAST MAMMOTH-mult FATCAT MISTRAL Σελίδα 19
20 Ταξινόμηση Πρωτεϊνικών Δομών CATH Class βάσει στοιχείων δευτεροταγούς δομής mostly alpha, mostly beta, mixed alpha/beta Architecture προσανατολισμός των στοιχείων δευτεροταγούς δομής Topology (fold family) προσανατολισμός και διασύνδεση των στοιχείων δευτεροταγούς δομής Homologous superfamily κοινή εξελικτική καταγωγή Σελίδα 20
21 Ταξινόμηση Πρωτεϊνικών Δομών SCOP Class Fold βάσει στοιχείων δευτεροταγούς δομής all-α, all-β, α/β, α+β δομική ομοιότητα λόγω της φυσικοχημείας των πρωτεϊνών Superfamily πιθανή κοινή εξελικτική προέλευση Family ξεκάθαρη εξελικτική σχέση Σελίδα 21
22 Ταξινόμηση Πρωτεϊνικών Δομών SCOP2 Protein types soluble, membrane, fibrous, intrinsically disordered Evolutionary events Structural classes all alpha, all beta proteins, a/b, a+b, small proteins Protein relationships Evolutionary relationships, Structural relationships, 'Other' relationships Σελίδα 22
23 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure gap Ο αριθμός των πειραματικά προσδιορισμένων δομών είναι πολύ μικρότερος του αριθμού των πρωτεϊνικών ακολουθιών. Σελίδα 23
24 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής Σελίδα 24
25 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής σχεδιασμός πειραμάτων για εύρεση λειτουργίας κατανόηση μηχανισμών λειτουργίας / επίδρασης μεταλλάξεων / γενετικών ασθενειών πρόβλεψη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σχεδιασμός φαρμάκων μελέτη τρόπου αναδίπλωσης πρωτεϊνών / κατανόηση των αρχών της πρωτεϊνικής αρχιτεκτονικής σχεδιασμός πρωτεϊνών με προκαθορισμένες ιδιότητες / λειτουργία (protein design - protein engineering) Σελίδα 25
26 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής secondary structure (δευτεροταγής δομή) solvent accessibility (προσβασιμότητα του διαλύτη) disorder prediction transmembrane segments (διαμεμβρανικά τμήματα) inter-residue/strand contacts (επαφές μεταξύ καταλοίπων) homology or comparative modeling (προτυποποίηση πρωτεϊνών με ομολογία) fold recognition (αναγνώριση διπλώματος) ab initio prediction (απ αρχής πρόγνωση) 3D Σελίδα 26
27 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής βελτίωση στοίχισης ακολουθιών χρήσιμη στην αναγνώριση διπλώματος διαχωρισμός στροφών / πυρήνα πρωτεϊνών ανάθεση στοιχείων δευτεροταγούς δομής (ΣΔΔ) σε πειραματικά προσδιορισμένες δομές DSSP δεσμοί υδρογόνου STRIDE δεσμοί υδρογόνου και γωνίες της κύριας αλυσίδας Σελίδα 27
28 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Εκτίμηση Ακρίβειας Πρόγνωσης Εφαρμογή των μεθόδων σε πειραματικά λυμένες δομές Σύγκριση των αποτελεσμάτων της πρόγνωσης με τα ΣΔΔ Qindex: (Qhelix, Qstrand, Qloop, Q3) Matthews Correlation Coefficient (MCC) Segment Overlap (SOV) Σελίδα 28
29 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Εκτίμηση Ακρίβειας Πρόγνωσης Qindex: (Qhelix, Qstrand, Qloop, Q3) ποσοστό σωστά προβλεφθέντων καταλοίπων π.χ. ΣΔΔ L H H H H H H H H H H L πρόβλεψη L H H H L H H H L H H L Q3 = (10/12)*100% = 83.3% Σελίδα 29
30 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Εκτίμηση Ακρίβειας Πρόγνωσης Segment Overlap (SOV) Είδος και θέση στοιχείων δευτεροταγούς δομής vs ανάθεση διαμόρφωσης ανά κατάλοιπο Φυσική μεταβλητότητα των ορίων των ΣΔΔ σε οικογένειες ομόλογων πρωτεϊνών Ασάφεια στον προσδιορισμό των άκρων των ΣΔΔ λόγω διαφοροποιήσεων στα κριτήρια ανάθεσής τους ΣΔΔ πρόβλεψη Σελίδα 30
31 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Εκτίμηση Ακρίβειας Πρόγνωσης Segment Overlap (SOV) Σελίδα 31
32 1 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Name P(H) P(E) P(t urn) f(i) f(i+ 1) f(i+ 2) f(i+ 3) Alanine Arginine Aspartic Acid Asparagine Cysteine Glutamic Acid Glutamine Glycine Histidine Isoleucine Leucine Lysine Methionine Phenylalanine Proline Serine Threonine Tryptophan Tyrosine Valine Σελίδα 32
33 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής 1 ης γενεάς: Q3 = 50-55% Καταγραφή πιθανοτήτων εύρεσης κάθε αμινοξέος σε συγκεκριμένο ΣΔΔ σε πειραματικά λυμένες δομές Δημιουργία κανόνων πρόγνωσης Ακρίβεια μεθόδου π.χ. αριθμός και ποιότητα των πειραματικά λυμένων δομών ποιότητα κανόνων Chou and Fasman, 1974 GOR-1: Garnier, Osguthorpe, and Robson, 1978 Σελίδα 33
34 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής 2 ης γενεάς Χρήση ενός κυλιόμενου παραθύρου κατά μήκος της ακολουθίας και πρόγνωση του ΣΔΔ στο οποίο βρίσκεται το κεντρικό κατάλοιπο του παραθύρου κυλιόμενο παράθυρο κεντρικό κατάλοιπο T K C Y A V S ακολουθία μήκος παραθύρου Σελίδα 34
35 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα μάθηση βάσει εμπειρίας μεταβολή της ισχύος των συνάψεων προσθήκη / διαγραφή συνάψεων Σελίδα 35
36 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα Σελίδα 36
37 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα αρχιτεκτονική πλήθος νευρώνων / διασυνδέσεις μεταξύ τους οργάνωση νευρώνων κατά στρώματα τρόπος διάδοσης σήματος Σελίδα 37
38 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Μάθηση υπό Εποπτεία (Supervised Learning) ΤΝΔ καθορισμένης αρχιτεκτονικής σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης γνωστής τιμής εξόδου (training set) προσαρμογή των συναπτικών βαρών ώστε για συγκεκριμένη είσοδο, η απόκριση του δικτύου να ταυτίζεται με τη γνωστή τιμή εξόδου στόχος: γενίκευση σε σύνολο δεδομένων άγνωστης τιμής εξόδου Σελίδα 38
39 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Κωδικοποίηση Δεδομένων Εισόδου 1-out-of-21 (20 αμινοξέα και 1 τέλος ακολουθίας) π.χ. LVA$ ($ = τέλος ακολουθίας) A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y $ L V A $ Σελίδα 39
40 2 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Σελίδα 40
41 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής 2 ης γενεάς: Q3 < 70% GORIII COMBINE Σελίδα 41
42 3 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Κωδικοποίηση Δεδομένων Εισόδου βάσει πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών Η δομή είναι καλύτερα συντηρημένη από την ακολουθία. Για ένα σύνολο ομόλογων ακολουθιών Μεταλλάξεις αμινοξέων Συντήρηση στοιχείων δευτεροταγούς δομής Κωδικοποίηση αμινοξέων βάσει της συχνότητας εμφάνισής τους στο προφίλ της πολλαπλής στοίχισης. Σελίδα 42
43 3 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής βήματα Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδομένων PSI-BLAST, SAM-T2K Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και κωδικοποίηση δεδομένων PSSMs, HMM models Πρόγνωση δευτεροταγούς δομής βάσει της πολλαπλής στοίχισης Single methods Consensus methods Σελίδα 43
44 3 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής PHD (Rost et. al.): Q3 = % L N D L E K Y Sequence to Structure Net α α α β α α α α α α α α α α Structure to Structure Net Σελίδα 44
45 3 ης γενεάς Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής JPRED: Consensus Prediction (Συναινετική Πρόβλεψη) Σελίδα 45
46 Πρόγνωση Δευτεροταγούς Δομής Q3 = 72-77% ± 11 % PredictProtein Jpred PSIPRED SOPMA Σελίδα 46
47 Πλήθος διαμορφώσεων Έλλειψη σταθερών ΣΔΔ disorder prediction Μεγάλη επιφάνεια επαφής με άλλες πρωτεΐνες Δέσμευση πολλών μικρών μορίων Εύκολη ρύθμιση της συγκέντρωσης της πρωτεΐνης Ρύθμιση της μεταγραφής και της μετάφρασης Μεταγωγή σήματος Έλεγχος κυτταρικού κύκλου Σελίδα 47
48 disorder prediction πρόβλεψη αναγνώριση λειτουργικών περιοχών προσδιορισμός περιοχών που εμποδίζουν την κρυστάλλωση των πρωτεϊνών Database of Protein Disorder (DisProt) PONDR DISOPRED2 RONN metaprdos Σελίδα 48
49 Διαμεμβρανικές Πρωτεΐνες Στους παθογόνους μικροοργανισμούς μόρια στόχοι για την αναστολή της θρέψης διαμεσολαβητές πρόσληψης φαρμάκων Στα θηλαστικά σχετίζονται με σοβαρές γενετικές ασθένειες καθορίζουν την αποδοτικότητα διαφόρων φαρμάκων
50 Διαμεμβρανικές Πρωτεΐνες μεγάλο ποσοστό υδρόφοβων αμινοξέων δυσκολίες στον πειραματικό προσδιορισμό των διαμεμβρανικών δομών Nobel Prize in Chemistry 2003: Peter Agre & Roderick MacKinnon for discoveries concerning channels in cell membranes έμμεσοι τρόποι δομικών μελετών Γενετική, Βιοχημεία, Μοριακή Βιολογία πρόβλεψη διαμεμβρανικών περιοχών Σελίδα 50
51 Διαμεμβρανικές Πρωτεΐνες διαμεμβρανικές α-έλικες διαμεμβρανικά β-βαρέλια Σελίδα 51
52 Διαμεμβρανικές Πρωτεΐνες TMHMM MetaTM TMBpro Σελίδα 52
Βιοπληροφορική. Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της αναγκαιότητας και των εφαρμογών της υπολογιστικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των βασικών στοιχείων των πρωτεϊνικών δομών. συσχέτιση ακολουθίας δομής λειτουργίας.
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση
Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής
Εισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής Τι είναι η πρωτεΐνη Τι εννοούμε με δομή πρωτεϊνών Οικογένειες
Διαβάστε περισσότεραΒάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων
Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών
Διαβάστε περισσότεραΣύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών
Σύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΠρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι) Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678, Λευκωσία ΚΥΠΡΟΣ
Διαβάστε περισσότεραΑρχές οµικής Βιοπληροφορικής. Πρωτεΐνες. Αµινοξέα. (Υδρόφοβα)
Αρχές οµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεΐνες Αµινοξέα (Υδρόφοβα) Αµινοξέα Αµινοξέα (πολικά) Αµινοξέα φορτισµένα πολικά Αµινοξέα (φορτισµένα) Αµινοξέα Αµινοξέα Αµινοξέα Τί µένει; Σπάνια αµινοξέα πρωτεϊνών (π.χ.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλεψη δομής πρωτεϊνών
Πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών (Prediction of Protein Structure) http://www.youtube.com/watch?v=ms_ehuvvkkk&feature=player_detailpage http://lectures.molgen.mpg.de/proteinstructure/comparativemodelling/ Ενώ
Διαβάστε περισσότεραΑρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών
Αρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών (σε
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των μεθόδων αναγνώρισης διπλώματος και απ αρχής πρόγνωσης
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 1. Οι δομικοί λίθοι
Κεφάλαιο 1 Οι δομικοί λίθοι Κεφάλαιο 1 Οι Δομικοί Λίθοι των Πρωτεϊνών Εικόνα 1.1 Η αμινοξική αλληλουχία μιας πρωτεϊνικής πολυπεπτιδικής αλυσίδας ονομάζεται πρωτοταγής δομή. Διαφορετικές περιοχές της αλληλουχίας
Διαβάστε περισσότεραΑρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών
Αρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast
Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΠρογνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες
Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγή Πρόγνωση της δομής πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΔομή και λειτουργία πρωτεϊνών. Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο
Δομή και λειτουργία πρωτεϊνών Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο Πρωτεΐνες Κύριο συστατικό κυττάρου Δομικοί λίθοι αλλά και επιτελεστές λειτουργίας κυττάρου ένζυμα, μεταφορά,
Διαβάστε περισσότεραΆσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading
Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραΜικρά αμινοξέα. Βιοχημεία Ι Β-3
Βιοχημεία Ι Β-2 Μικρά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-3 Aλειφατικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-4 Ιμινοξύ Βιοχημεία Ι Β-5 Αρωματικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-6 Βιοχημεία Ι Β-7 Η Tyr και η Trp απορροφούν στα 280nm-έτσι μετράται
Διαβάστε περισσότεραΒιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 3 η Διάλεξη
Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 3 η Διάλεξη Από την προηγούμενη διάλεξη: Οι πρωτεΐνες εκτελούν τις περισσότερες βιολογικές λειτουργίες π.χ Ενζυμική κατάλυση (επιτάχυνση
Διαβάστε περισσότεραΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ
ΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ φ φ Ccarbonyl n Ccarbonyl n N Cα n Ccarbonyl n-1 Cα n N φ Ccarbonyl n-1 ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ ψ φ ψ Ccarbonyl n N (Ca
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΠΟΛΥΤΕΧΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΜΗΜΑ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΩΝ ΚΑΙ ΔΙΚΤΥΩΝ Πρόβλεψη δομικών στοιχείων σφαιρικών πρωτεϊνών με προσομοίωση Monte Carlo σε διακριτό χώρο.
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή. 1. Δομή πρωτεϊνών. Βιοπληροφορική ΙΙ «Ανάλυση Δομής Πρωτεϊνών» Παναγούλιας Ιωάννης, MSc,PhD
Εισαγωγή Η κατανόηση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν την ζωή απαιτεί την αποκωδικοποίηση των λειτουργιών και της δομής των πρωτεϊνών σε έναν οργανισμό. Δεκάδες χιλιάδες πρωτεΐνες έχουν μελετηθεί τα
Διαβάστε περισσότεραΦυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες
Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Νίκος Απ. Παπανδρέου Τ.Ε.Ι. Πειραιά Φεβρουάριος 2010 Ένα ελικοϊδές μονοπάτι Χημική δομή μίας πρωτεΐνης Μήκος αλυσίδας ~30 έως ~1000 αµινοξέα Συνολικός αριθµός ατόµων έως ~
Διαβάστε περισσότεραΣυγκριτική Γονιδιωματική
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΠPΩTEINEΣ Οι πρωτεΐνες παίζουν σημαντικό ρόλο σε όλες σχεδόν τις βιολογικές διεργασίες. H σημασία τους φαίνεται στις παρακάτω περιπτώσεις: 1. Κατάλυση (πχ. ένζυμα) 2. Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 5& 6. Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR. Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων
Ασκήσεις 5& 6 Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Κρυσταλλογραφία Ακτίνων-Χ & Φασματοσκοπία ΝΜR Πλεονεκτήματα -
Διαβάστε περισσότεραΕνεργειακή ανάλυση βιομορίων
Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Τα βιομόρια ως φυσικά συστήματα πρωτεΐνες, DNA, πεπτίδια, μικρά μόρια (ligands, φάρμακα) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ατόμων + επίδραση του περιβάλλοντος νερού σταθεροποίηση
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.
Διαβάστε περισσότεραΔομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής
Δομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής - Αναφέρεται στην αναδίπλωση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας πάνω στον εαυτό της και στο τελικό σχήμα που θα πάρει στο χώρο -Σ αυτή τη διαμόρφωση σημαντικό ρόλο
Διαβάστε περισσότεραΜεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες
Μεταγωγή σήματος και βιολογικές μεμβράνες ΜΕΜΒΡΑΝΙΚΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΕΜΒΡΑΝΩΝ Ορισμός / Μονάδες Δομές (πρωτοταγής κλπ) Ταξινόμηση με βάση τις λειτουργίες Απεικόνιση - Μοντέλα (συρμάτων
Διαβάστε περισσότερα4 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ. Γ ε ν ε τ ι κ ή
4 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ Γ ε ν ε τ ι κ ή 1. Κύκλος της ζωής του κυττάρου 3ο Γελ. Ηλιούπολης επιμέλεια: Αργύρης Γιάννης 2 2. Μοριακή Γενετική i). Ροή της γενετικής πληροφορίας DNA RNA πρωτεΐνες νουκλεΐκά οξέα ή πρωτεΐνες
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων
ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ένας από τους πρωταρχικούς στόχους της σύγκρισης των ακολουθιών δύο µακροµορίων είναι η εκτίµηση της οµοιότητάς τους και η εξαγωγή συµπερασµάτων
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Σελίδα 1 Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές ΒΔ Αναζήτηση δεδομένων στην UniProt Καταγράψτε το μήκος της αμινοξικής ακολουθίας (Sequence length), τη λειτουργία (Function)
Διαβάστε περισσότερααποτελούν το 96% κ.β Ποικιλία λειτουργιών
ΧΗΜΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΠΟΥ ΣΥΝΘΕΤΟΥΝ ΤΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥΣ 92 στοιχεία στο φλοιό της Γης 27 απαραίτητα για τη ζωή H, Ο, Ν, C αποτελούν το 96% κ.β S, Ca, P, Cl, K, Na, Mg αποτελούν το 4% κ.β. Fe, I Ιχνοστοιχεία αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραΒιολογικές Μεμβράνες και Μεταγωγή Σήματος
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Βιολογικές Μεμβράνες και Μεταγωγή Σήματος Πρωτεΐνες Διδάσκουσα: Καθ. Μαρία - Ελένη Ε. Λέκκα Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Πρωτεϊνικό δίπλωμα Oι στόχοι μιας πρωτεΐνης όταν διπλωθεί είναι: 1. H xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. Να επιτευχθούν υδρογονικοί δεσμοί από πολικά αμινοξέα
Διαβάστε περισσότεραΒιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου
Απρίλιος Μάιος 12 Βιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου Βιολογία Γενικής Παιδείας Β Λυκείου (Ερωτήσεις που παρουσιάζουν ενδιαφέρον) 1. Τι είναι τα βιομόρια και ποια είναι τα βασικά χαρακτηριστικά τους; Βιομόρια
Διαβάστε περισσότεραΥπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Υπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Δομικά μοτίβα Τα μοτίβα ακολουθιών (sequence motifs) είναι τοπικά διατηρημένες ακολουθίες που σχετίζονται (ή όχι) με μια συγκεκριμένη λειτουργία (βλ. τη βάση δεδομένων PROSITE)
Διαβάστε περισσότεραΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές
Διαβάστε περισσότεραΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ
ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2017-2018 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1. Σε ποια μορφή της αιμοσφαιρίνης συνδέεται το 2,3, BPG, ποιο είναι το ηλεκτρικό του φορτίο, με
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι μελέτης εξέλιξης
H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 3. Δομές τάξης α
Κεφάλαιο 3 Δομές τάξης α Κεφάλαιο 3 Δομές Τάξης α: Σπειρωμένα Σπειράματα Εικόνα 3.1 Σχηματικό διάγραμμα της δομής ενός σπειρωμένου σπειράματος α-ελίκων. Δύο α-έλικες συμπλέκονται και σταδιακά τυλίγονται
Διαβάστε περισσότεραΣτοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής
Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Β. Φαδούλογλου 2008 Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Πρωτεϊνικό δίπλωμα Η κινητήρια δύναμη για την αναδίπλωση μιας πρωτεΐνης είναι η επίτευξη των εξής: 1. xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. δημιουργία μιας συμπαγούς
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες
Οι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες Γένωμα vs Πρωτέωμα Όλη η αλληλουχία βάσεων στο DNA Τι είναι δυνατόν Συγκεκριμένο Στατικό Οι πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από το γένωμα Τι είναι
Διαβάστε περισσότερατα βιβλία των επιτυχιών
Τα βιβλία των Εκδόσεων Πουκαμισάς συμπυκνώνουν την πολύχρονη διδακτική εμπειρία των συγγραφέων μας και αποτελούν το βασικό εκπαιδευτικό υλικό που χρησιμοποιούν οι μαθητές των φροντιστηρίων μας. Μέσα από
Διαβάστε περισσότεραΔιαλέξεις Χημείας Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων
Διαλέξεις Χημείας -2014 Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων 1. Κατάταξη 2. Λειτουργίες 1. Πεπτιδικές ορμόνες 3. Πεπτιδικός δεσμός 1. Χαρακτηριστικά
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Ν. ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ ( Ε.Κ.Φ.Ε ) ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Θέμα: ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ (άσκηση 7 του εργαστηριακού οδηγού) Μέσος χρόνος πειράματος: 45 λεπτά Α. ΑΝΑΛΩΣΙΜΑ Εργαλεία
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΪΝΕΣ: Δομή και λειτουργία. (Διδακτική προσέγγιση με πειράματα και αναλογίες)
ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ: Δομή και λειτουργία (Διδακτική προσέγγιση με πειράματα και αναλογίες) Η αλληλεπίδραση δομής-λειτουργίας αποτελεί βασικό θέμα της βιολογίας. Ένα σημαντικό παράδειγμα αυτής της αλληλεπίδρασης
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση
Κεφάλαιο 6 Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση 6.1. Μοριακή Μηχανική 6.1.1. Εισαγωγή στη µεθοδολογία του «απ αρχής» διπλώµατος της πρωτείνης. Η ενέργεια κάθε µορίου µπορεί θεωρητικά να υπολογιστεί µε την
Διαβάστε περισσότεραπρωτεΐνες πολυμερείς ουσίες δομούν λειτουργούν λευκώματα 1.Απλές πρωτεΐνες 2.Σύνθετες πρωτεΐνες πρωτεΐδια μη πρωτεϊνικό μεταλλοπρωτεΐνες
ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ Οι πρωτεΐνες είναι πολυμερείς ουσίες με κυρίαρχο και πρωταρχικό ρόλο στη ζωή. Πρωτεΐνες είναι οι ουσίες που κυρίως δομούν και λειτουργούν τους οργανισμούς. Λέγονται και λευκώματα λόγω του λευκού
Διαβάστε περισσότεραΔομικές κατηγορίες πρωτεϊνών
3-1 Κεφάλαι ο Δομικές κατηγορίες πρωτεϊνών 3.1. α-δομές πρωτεϊνών Οι α-έλικες είναι δομικά στοιχεία που μπορούν να σχηματίσουν πολλές κατηγορίες στερεοδομών και με πολλές διαφορετικές λειτουργίες. Εκτός
Διαβάστε περισσότεραΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ ΓΙΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΔΟΜΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ της ΝΤΑΓΙΟΥ ΑΝΝΑΣ ΕΠΙΒΛΕΠΟΝΤΕΣ ΚΑΘΗΓΗΤΕΣ Αγγελίδης Παντελής Τσίπουρας Μ
ΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ ΓΙΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΔΟΜΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ της ΝΤΑΓΙΟΥ ΑΝΝΑΣ ΕΠΙΒΛΕΠΟΝΤΕΣ ΚΑΘΗΓΗΤΕΣ Αγγελίδης Παντελής Τσίπουρας Μάρκος Κοζανη, Ιούλιος 2017 ΧΡΗΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΑΚΩΝ ΠΡΟΤΥΠΩΝ
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών
Διαβάστε περισσότεραΕξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7
Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ. Fibrous - extended shape, insoluble (e.g. keratin, collagen, elastin) Globular
ΔΟΜΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ Fibrous - extended shape, insoluble (e.g. keratin, collagen, elastin) Globular - compact shape, water soluble (e.g. myoglobin, trypsin) Membranous - often multidomain one lipid soluble
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος Ι: Στοιχίσεις ακολουθιών κατά ζεύγη Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης
Διαβάστε περισσότεραΠΕΡΙΛΗΨΗ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΩΝ ΤΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ (SPC) (AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes)
ΠΕΡΙΛΗΨΗ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΩΝ ΤΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ (SPC) (AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes) 1. ΕΜΠΟΡΙΚΗ ΟΝΟΜΑΣΙΑ ΤΟΥ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ: AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes 2. ΠΟΙΟΤΙΚΗ ΚΑΙ ΠΟΣΟΤΙΚΗ ΣΥΝΘΕΣΗ
Διαβάστε περισσότεραΑπομόνωση Καζεΐνης ΆΣΚΗΣΗ 6 Η ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΧΗΜΕΙΑΣ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ
Απομόνωση Καζεΐνης ΆΣΚΗΣΗ 6 Η ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΧΗΜΕΙΑΣ & ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ Θεωρητικό μέρος ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΚΑΖΕΪΝΗ Πρωτεΐνες Είναι μεγάλα σύνθετα βιομόρια. Έχουν μοριακό βάρος από 10.000 μέχρι πάνω από 1 εκατομμύριο.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραDNA RNA ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ. Όσα αφορούν τη δομή του DNA δόθηκαν στο κεφάλαιο οργανικές ουσίες
ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ DNA RNA Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας (DNA), σελ. 293 320 μέχρι και την πρώτη παράγραφο. (εκτός ύλης: Ο μηχανισμός της ημισυντηρητικής αντιγραφής του DNA, σελ. 297-301, Από το 14.4
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής
ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής Θέματα Διάλεξης Δομή, αριθμός και διαχωρισμός των αμινοξέων Ένωση αμινοξέων με τον πεπτιδικό δεσμό για τη δημιουργία πρωτεΐνης Λειτουργίες των πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών
ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών (database similarity searching) αποτελεί µια από τις συχνότερα χρησιµοποιούµενες
Διαβάστε περισσότεραDNA RNA ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ. Όσα αφορούν τη δομή του DNA δόθηκαν στο κεφάλαιο οργανικές ουσίες
Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας (DNA), σελ. 293 320 μέχρι και την πρώτη παράγραφο. (εκτός ύλης: Ο μηχανισμός της ημισυντηρητικής αντιγραφής του DNA, σελ. 297-301, Από το 14.4 ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΙΣ, Σύνδρομο Down
Διαβάστε περισσότεραΜ.Δ.Ε. ''ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ''
ΑΡΧΕΣ & ΜΕΘΟΔΟΙ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ (16:00-19:00) 17/10/2005 Εισαγωγή (Ι) 24/10/2005 Εισαγωγή (ΙΙ) 31/10/2005 Βάσεις Δεδομένων Ζωή Λίτου 7/11/2005 14/11/2005 21/11/2005 28/11/2005 5/12/2005 12/12/2005 19/12/2005
Διαβάστε περισσότεραΑναδιατασσόμενη Λογική, για Επιτάχυνση Υπολογισμών Δευτεροταγούς Δομής Πρωτεϊνών με τον Αλγόριθμο Predator"
ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ & ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΕΠΕΞΕΡΓΑΣΤΩΝ ΚΑΙ ΥΛΙΚΟΥ "Εξειδικευμένη Αρχιτεκτονική, βασισμένη σε Αναδιατασσόμενη Λογική, για Επιτάχυνση Υπολογισμών
Διαβάστε περισσότεραοµή και Αναδίπλωση πρωτεϊνών
οµή και Αναδίπλωση πρωτεϊνών Νηφόρου Κατερίνα Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια, Οµάδα Μοριακής Καρκινογένεσης, Εργ/ριο Ιστολογίας-Εµβρυολογίας, Ιατρική Σχολή Αθηνών Σηµασία των πρωτεϊνών Ενζυµική κατάλυση Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραLALING/PLALING :
1. Άρθρα- δημοσιεύσεις Scopus DBLP Pubmed Google Scholar 2. Αναζήτηση νουκλεοτιδίου- πρωτεΐνης Entrez : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ Uniprot (πρωτεΐνης): http://www.uniprot.org/ Blast : http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΣΗΜΑΤΟ ΟΤΗΣΗ
ΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΣΗΜΑΤΟ ΟΤΗΣΗ ρ. Α. ΓΑΛΑΝΗΣ agalanis@mbg.duth.gr Figure 6.1 The Biology of Cancer ( Garland Science 2007) Figure
Διαβάστε περισσότεραΒιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία)
Βιοτεχνολογία Φυτών ΔΠΘ / Τμήμα Αγροτικής Ανάπτυξης ΠΜΣ Αειφορικά Συστήματα Παραγωγής και Περιβάλλον στη Γεωργία Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία) Αριστοτέλης Χ. Παπαγεωργίου Εργαστήριο
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο
Βιοπληροφορική Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες
Διαβάστε περισσότεραΔιάλεξη 5. Μπράλιου Γεωργία, PhD, Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Διάλεξη 5 Δομή μεμβρανών (πάχος 5nm, 50 άτομα) Μεμβρανική μεταφορά Φραγμοί Μεμβρανικές πρωτεΐνες Λειτουργίες μεμβρανικών πρωτεϊνών Δίαυλοι-μεταφορείς-δυναμικό της μεμβράνης G protein coupled receptors
Διαβάστε περισσότεραΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ
ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΒΛΙΟ ΜΟΥ (YΠΟ ΕΚ ΟΣΗ): ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙ ΕΙΑΣ Β ΛΥΚΕΙΟΥ (Περιέχει 67 ερωτήσεις θεωρίας µε απαντήσεις, 116 ασκήσεις ανοικτού- κλειστού τύπου µε µ
Διαβάστε περισσότεραΠεριοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα
Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Βασικές έννοιες XNU SEG LCRs και αναζητήσεις
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες
Κεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες Σύνοψη Οι πρωτεΐνες είναι μακρομόρια που προκύπτουν από την ένωση α-αμινοξέων. Τα α-αμινοξέα είναι οργανικές ενώσεις που έχουν μία αμινομάδα (ΝΗ 2 ) και καρβοξύλιο (COOH) συνδεδεμένα
Διαβάστε περισσότεραΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ
ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΣΧΟΛΗ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΜΕΤΑ ΟΣΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΥΛΙΚΩΝ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΣΥΣΤΗΜΑΤΟΣ ΠΡΟΒΛΕΨΗΣ ΕΥΤΕΡΟΤΑΓΟΥΣ ΟΜΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ
Διαβάστε περισσότεραΘέµατα ιάλεξης ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. ιαχωρισµός Αµινοξέων
MANAGING AUTHORITY OF THE OPERATIONAL PROGRAMME EDUCATION AND INITIAL VOCATIONAL TRAINING ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ Θέµατα ιάλεξης οµή, αριθµός και διαχωρισµός των αµινοξέων Ένωση αµινοξέων µε τον πεπτιδικό δεσµό
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Περιεχόμενα Παρουσίασης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της Βιοπληροφορικής Ερευνητικές περιοχές Πηγές πληροφοριών Τι είναι η Βιοπληροφορική Βιο Πληροφορική μοριακή
Διαβάστε περισσότεραΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ
ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ Σελίδα 1 Ομολογία Σελίδα 2 Ομολογία Ομολογία κοινή εξελικτική καταγωγή Ορθόλογα γονίδια ειδογένεση συνήθως, ίδια βιολογική λειτουργία Παράλογα γονίδια γονιδιακός διπλασιασμός
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙΔΕΙΑΣ
ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΗΡΙΑ ΣΥΓΧΡΟΝΗ ΠΑΙΔΕΙΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Β ΛΥΚΕΙΟΥ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙΔΕΙΑΣ ΕΠΙΜΕΛΕΙΑ:Ν.ΠΑΠΑΓΙΑΝΝΗΣ 2 Η ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΖΩΗΣ 3 1. Ποια είναι τα επίπεδα οργάνωσης της ζωής και ποια τα χημικά χαρακτηριστικά της; Στην
Διαβάστε περισσότεραRoom Temperature Ionic Liquids from 20 Natural Amino Acids. Kenta Fukumoto, Masahiro Yoshizawa, and Hiroyuki Ohno
S1 Room Temperature Ionic Liquids from 20 Natural Amino Acids Kenta Fukumoto, Masahiro Yoshizawa, and Hiroyuki Ohno 1-Ethyl-3-methylimidazolium L-α-aminopropionic acid salt ([emim][ala]). From 1.0g (5.2mmol)
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΟΥ. Τα χημικά μόρια που οικοδομούν τους οργανισμούς
ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΟΥ Τα χημικά μόρια που οικοδομούν τους οργανισμούς Μελέτη φαινομένου της ζωής o Η μελέτη του φαινομένου της ζωής ξεκινά από το μοριακό επίπεδο δηλαδή από τα χημικά μόρια που οικοδομούν
Διαβάστε περισσότεραΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΓΕΩΠΟΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΟΜΕΑΣ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΜΑΡΙΑΣ ΦΩΤΙΟΥ ΠΤΥΧΙΟΥΧΟΥ ΓΕΩΠΟΝΟΥ
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΓΕΩΠΟΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΟΜΕΑΣ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΜΑΡΙΑΣ ΦΩΤΙΟΥ ΠΤΥΧΙΟΥΧΟΥ ΓΕΩΠΟΝΟΥ Συγκέντρωση των ελεύθερων αµινοξέων στο αµνιακό υγρό σε σχέση µε την εβδοµάδα
Διαβάστε περισσότεραΗ ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΖΩΗΣ. Καρβουντζή Ηλιάνα Βιολόγος
Η ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΖΩΗΣ Χημικά στοιχεία που συνθέτουν τους οργανισμούς Ο C, το H 2, το O 2 και το N 2 είναι τα επικρατέστερα στους οργανισμούς σε ποσοστό 96% κ.β. Γιατί; Συμμετέχουν σε σημαντικό βαθμό στη σύνθεση
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 5 Profile Hidden Markov Models και Transformational Grammars 2 Profile HMM Ένα ΗΜΜ με left-to-right
Διαβάστε περισσότεραPSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)
PSI-Blast PSI-Blast PSI-Blast: τι είναι PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., 1997 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146917/pdf/253389.pdf
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραImproved Peptide and Protein Torsional Energetics with the OPLS-AA Force Field
Improved Peptide and Protein Torsional Energetics with the OPLS-AA Force Field Supplementary Information Michael J. Robertson, Julian Tirado-Rives, and William L. Jorgensen* Department of Chemistry, Yale
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παύλος Αντωνίου Με μια ματιά: Εισαγωγή στη Βιολογία Ευθυγράμμιση Ακολουθιών Αναζήτηση ομοίων ακολουθιών από βάσεις δεδομενων Φυλογενετική πρόβλεψη Πρόβλεψη
Διαβάστε περισσότεραKυτταρική Bιολογία ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΔIAΛEΞΗ 3 (7/3/2012) Δρ. Xρήστος Παναγιωτίδης, Τμήμα Φαρμακευτικής Α.Π.Θ.
Kυτταρική Bιολογία ΔIAΛEΞΗ 3 (7/3/2012) ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ AΣ ΘYMHΘOYME Στην προηγούμενη διάλεξη μιλήσαμε για τη χημική σύσταση των κυττάρων και για τα βιολογικά πολυμερή που αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραΚυκλικός διχρωισµός, Circular Dichroism (CD)
Κυκλικός διχρωισµός, Circular Dichroism (CD) Κυκλικός διχρωισµός Προβλήµατα που µπορούν να διερευνηθούν µε CD: Στοιχεία δευτεροταγούς δοµής. Αλλαγές στη διαµόρφωση πρωτεϊνών που οφείλονται σε µεταβολές
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016
Βιοπληροφορική Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016 Βιοπληροφορική Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία, Γενωμική και Βιοπληροφορική. Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων. Ακολουθίες Πρωτεϊνών και
Διαβάστε περισσότερα