ΔΕΛΤΙΟ ΤΥΠΟΥ. Το ερχόμενο Σαββατοκύριακο, Νοεμβρίου, στη Λαμία, το 8 ο Πανελλήνιο Συνέδριο Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής

Transcript

1 ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΗ ΔΕΛΤΙΟ ΤΥΠΟΥ Το ερχόμενο Σαββατοκύριακο, Νοεμβρίου, στη Λαμία, το 8 ο Πανελλήνιο Συνέδριο Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής Το Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και η Ελληνική Εταιρία Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ) συνδιοργανώνουν φέτος το Πανελλήνιο Συνέδριο Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής, το 8 ο κατά σειρά ενός κύκλου Πανελληνίων Συνεδρίων που διεξάγονται κάθε χρόνο σε μεγάλες πόλεις με σχετικά Πανεπιστημιακά Τμήματα, και με αντικείμενο τις πιο πρόσφατες εφαρμογές της επιστήμης της Βιοπληροφορικής στην επίλυση Βιολογικών και Βιοϊατρικών ερωτημάτων. Το Συνέδριο θα πραγματοποιηθεί στο αμφιθέατρο της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, στη Λαμία, στις Νοεμβρίου. Αποτελεί σημαντικό γεγονός για το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας το ότι φέτος για πρώτη φορά το συνέδριο αυτό διεξάγεται στην έδρα του Τμήματος Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, του Τμήματος που κατεξοχήν παρέχει πτυχία με τη μεγαλύτερη συνάφεια προς τη Βιοπληροφορική. Το Συνέδριο σκοπό έχει τη συνεύρεση ερευνητών από σχετικούς τομείς από όλη την Ελλάδα και την Κύπρο και την προώθηση της έρευνας και τη δημιουργία επιστημονικών δικτύων και συνεργασιών μέσα από την παρουσίαση των εργασιών τους και τον γόνιμο διάλογο. Παράλληλα διοργανώνονται και δυο εργαστηριακά σεμινάρια (workshops) για νέους ερευνητές ώστε να ενημερωθούν σε σύγχρονες μεθοδολογίες που θα τους βοηθήσουν στην ολοκλήρωση της έρευνάς τους. Το συνέδριο είναι το μεγαλύτερο ετήσιο γεγονός της Ελληνικής Εταιρίας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ). Η ΕΕΥΒΒ ως επιστημονική εταιρεία είναι μέλος (affiliated) της αντίστοιχης διεθνούς ομοσπονδίας (International Society for Computational Biology). Στο συνέδριο αναμένεται να συζητηθούν και θέματα (συναφή με τη Βιοπληροφορική) εθνικής σημασίας όπως ο στρατηγικός σχεδιασμός των διαπραγματεύσεων ένταξης της Ελλάδας στο Διεθνές Πρόγραμμα ELIXIR (Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα Υλικοτεχνικής Υποδομής για τις Επιστήμες Ζωής και την Πληροφορική). Το συνέδριο θα φιλοξενήσει προσωπικότητες του κλάδου και προσκεκλημένοι ομιλητές θα είναι η καθηγήτρια Άρτεμις Χατζηγεωργίου (Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας), ο καθηγητής Χαράλαμπος Σαββάκης (Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης) καθώς και ο καθηγητής Ηλίας Ηλιόπουλος (Τμήμα Γεωπονικής Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου). Τέλος, η οργανωτική επιτροπή εκφράζει τις βαθιές της ευχαριστίες για την ευγενική υποστήριξη που της προσφέρθηκε από την Περιφέρεια Στερεάς Ελλάδας, το Δήμο Λαμιέων, το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, τις εταιρίες ΓΝΩΣΙΣ Computers, Next shop και Chipita, καθώς και το Επιστημονικό Περιοδικό Computational and Structural Biotechnology Journal. Χωρίς τη δική τους υποστήριξη δεν θα μπορούσε να υλοποιηθεί το ανωτέρω συνέδριο.

2 The 8th Conference of the Hellenic Society for Computational Biology and Bioinformatics November 2013, University of Thessaly, Department of Computer Science and Biomedical Informatics, Lamia, Greece Program

3

4 Friday 22/11/ :00-14:00 Registration & Poster set up 14:00-16:00 Workshop: From gene expression to functional annotation using microarrays. (Ioannis Michalopoulos, Apostolos Malatras) 16:00-18:00 Workshop: Programming visual prototypes with Java and Processing.org (Georgios Pavlopoulos) 18:00-20:00 Session 1 (Chairs: Stavros Hamodrakas, Vasilis Promponas) 18:00-19:00 Opening Session (Welcome message by the president of the HSCBB, the academic authorities of the University of Thessaly and the local authorities) 19:00-20:00 Keynote Lecture: Elias Eliopoulos. Molecular Computational Biology: Past, Nobel and Future Dinner at "Look Up" Restaurant at Saint Loukas Saturday 23/11/ :00-11:15 Session 2 (Chairs: Ioannis Michalopoulos, Anastasis Oulas) 10:00-10:15 Foivos Gypas, Georgios Tsaousis and Stavros Hamodrakas. Functional disorder-to-order transition in membrane proteins and the mpmorfsdb database. 10:15-10:30 Nikolaos Louros, Vassiliki Iconomidou, Nektaria Petronikolou, Paraskevi Tsiolaki, Theodoros Karamanos and Stavros Hamodrakas. Teleostean egg chorion as a novel functional amyloid: Structural and computational studies of the ZPB protein family aggregation-prone peptide analogues 10:30-10:45 Nikolas Papanikolaou, Georgios Pavlopoulos, Reinhard Schneider, Venkata Satagopam and Ioannis Iliopoulos. Shifting from literature mining to bioinformatics analysis with BioTextQuest 10:45-11:00 Charalampos Moschopoulos, Sarah Elshal, Giet Laenen and Yves Moreau. Connecting drugs to phenotypes 11:00-11:15 Angeliki Kalamara, Ioannis Z. Emiris and Frédéric Cazals. Detecting Molecular Boundaries in Density Maps 11:15-12:30 Coffee break & Poster Session 12:30-13:45 Session 3 (Chairs: Ioannis Iliopoulos, Vassilis Kouvelis) 12:30-12:45 Katerina Nastou, Georgios Tsaousis, Kimon Kremizas, Zoi Litou and Stavros Hamodrakas. Visualization and analysis of the interactions of human plasma membrane proteins: The Human plasma membrane peripherome 12:45-13:00 Spyridoula Garavelou, Ioannis Michalopoulos and Stavros J. Hamodrakas. Annotation of the chorion protein genes in Manduca sexta genome 13:00-13:15 Maria Ntertilis, Ioannis Kirmitzoglou, Vasilis Promponas, Milton Typas and Vassili Kouvelis. MitoFun: a curated web-based database of complete mitochondrial genomes 13:15-13:30 Anastasis Oulas, Paraskevi N. Polymenakou, Manolis Mandalakis, Paraskevi Nomikou, Steven Carey, Christos Christakis, Georgios Kotoulas, Antonios

5 Magoulas, H.James Tripp, A. David Paez Espino, Natalia N. Ivanova and Nikos C. Kyrpides. Metagenomics of microbial communities inhabiting the Kolumbo volcano shallow-sea hydrothermal vent field and Santorini (caldera) 13:30-13:45 Apostolos Malatras and Ioannis Michalopoulos. ArrayAcademy: A repository of reprocessed Affymetrix GeneChip microarray data 13:45-16:00 Lunch Break 16:00-20:00 Session 4 ELIXIR (Chairs: Stavros Hamodrakas, Christos Ouzounis, Vasilis Promponas) 16:00-17:00 Christos Ouzounis. Policy: strategic priorities and recent accomplishments by the HSCBB 17:00-18:0 Keynote Lecture: Charalambos Savakis: ELIXIR: safeguarding the results of life science research in Europe 18:00-18:30 Coffee break 18:30-20:00 Round table discussion concerning the current status of ELIXIR and the involvement of the community, a HSCBB-led joint community research project, the participation of the HSCBB to bioinformatics training networks, regional activities and discussion of national priorities in the field 20:00-20:30 Concert by Philharmonic Orchestra of Municipality of Lamia Sunday 24/11/ :30-12:00 Session 5 (Chairs: Christoforos Nikolaou, Greta Braliou) 10:30-10:45 Panagiotis Chouvardas, Christoforos Nikolaou and George Kollias. Prediction of genes activated upon TNF induction in mouse embryonic fibroblasts based on their epigenetic profile 10:45-11:00 Nikolaos Kanellakis, Stavros Taraviras, Alexandra Patmanidi, Pinelopi Nikolopoulou, Zoi Lygerou, Ioannis Iliopoulos and Georgios Pavlopoulos. The role of Geminin in embryonic Neural Crest Cells a functional approach through bioinformatics analyses 11:00-11:15 Eleni Mavrogonatou, Vassilios Papadopoulos and Dimitris Kletsas. Transcriptomics analysis of bovine nucleus pulposus intervertebral disc cells after hyperosmotic treatment 11:15-11:30 Konstantinos Papadimitriou, Rania Anastasiou, Eleni Mavrogonatou, Jochen Blom, Nikos Papandreou, Stavros Hamodrakas, Stéphanie Ferreira, Philip Supply, Bruno Pot and Effie Tsakalidou. Assessing the adaptation to milk and the pathogenic potential of the dairy Streptococcus macedonicus ACA- DC 198 through comparative genomics 11:30-11:45 Maria Kazou, Georgia Zoumpopoulou, Stavroula Alexandraki, Petros A. Tarantilis, Moschos Polissiou, Effie Tsakalidou and Konstantinos Papadimitriou. Global cellular changes of Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 during exposure to different stress stimuli assessed with FT-IR spectroscopy 11:45-12:00 Vasiliki Peppa, Evgeniy Solenov, Rajesh Jagirdar, Zoi Arsenopoulou, Chrissi Hatzoglou, Paschalis-Adam Molyvdas, Konstantinos Gourgoulianis and Sotirios Zarogiannis. Gene expression profile of the ABCC family of

6 transporters and correlations of the gene expression patterns of the differentially expressed members in malignant pleural mesothelioma. 12:00-12:30 Coffee break 12:30-13:30 Session 6 (Chairs: Pantelis Bagos, Georgios Pavlopoulos) Keynote Lecture: Artemis Hatzigeorgiou.The dark side of the genome: Elucidating the function of non-coding genes 13:30-14:00 Lunch break HSCBB General assembly and elections Coffee break & Poster Session 17:30-17:45 Dimitrios Tsamis, Efthimios Farmakis, Georgios Koukas. City SDK- Development Toolkit for City Services 17: Best Student Poster Award Closing Remarks

7 Posters no Authors Title P1 Vassia Chondrou, Anastasia Kalavritinou, Theodora Serdari, Margarita Theodoropoulou and Stavros Hamodrakas Analysis of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in human G- protein coupled receptors (GPCRs) with pathogenic and non-pathogenic P2 P3 P4 P5 P6 P7 P8 P9 P10 Maria Katsantoni, Margarita Theodoropoulou and Stavros Hamodrakas Panagiota Kontou, Niki Dimou and Pantelis Bagos Georgia Braliou, Athina-Maria Grigoriadou, Panagiota Kontou and Pantelis Bagos Niki Dimou, Maria Adam and Pantelis Bagos Ilias Spyros, Konstantinos Delibasis and Pantelis Bagos Paraskevi Dimoragka, Apostolos Malatras, Dafni Poula, Eleni Skourti, Ioannis Michalopoulos and Vassilios Zoumpourlis Christoforos Nikolaou, Panagiotis Chouvardas, Evangelos Ntougkos, Vasiliki Koliaraki and George Kollias Zoi Ioannidou, Margarita Theodoropoulou, Nikolaos C. Papandreou and Stavros Hamodrakas Vasiliki Grimanelli and Stavros Hamodrakas phenotypes. Exploring SNPs distribution and associations with disease: a study of human, class A GPCRs Network analysis of genes and their association with diseases The Role of Genetic Polymorphisms of Renin-Angiotensin System in Renal Diseases: A Meta-analysis A Multivariate Method for Meta- Analysis and Comparison of Diagnostic Tests An image processing-based computational tool for the Metaanalysis of survival studies using the Kaplan-Meier graphs microrna microarray analysis of the multistage mouse skin carcinogenesis model Large-scale epigenetic regulation of gene expression in synovial fibroblasts from a mouse TNF-driven model of Rheumatoid Arthritis Computational studies of structural cuticular proteins from arthropods: development of characteristic profile hidden Markov models, and application to insect proteomes IMPROVING THE SOLUBILITY OF THE THERAPEUTIC MONOCLONAL ANTIBODY Rituximab P11 Vicky Tsirkone and Sergei Strelkov Structural studies on Transportin-SR2, the nuclear import factor of HIV integrase P12 Trias Thireou, Georgia Kythreoti, Kostas Koussis, Panagiota Tsitoura, Katerina Tsitsanou, Christina Drakou, Spyros STRUCTURE BASED DESIGN FOR NOVEL MOSQUITO REPELLENTS: Correlating ligand affinities for

8 Zografos, Elias Eliopoulos, Thomas Krober, Anopheles gambiae odorant binding Patrick Guerin and Kostas Iatrou proteins with in vivo behavioral responses for rationalised discovery of P13 P14 P15 Theocharis Giannakouras, Nikos Papandreou, Vassiliki Iconomidou and Stavros Hamodrakas Fereniki Perperopoulou, Fotini Pouliou, Trias Thireou, Petros Tsoungas, Vangelis Rinotas, Elias Eliopoulos, Eleni Douni, Nikolaos Lambrou and Yannis Clonis Athanasios Mantes, Paraskevi Tsiolaki, Georgios Tsaousis, Nikolaos Papandreou, Vassiliki Iconomidou and Stavros Hamodrakas mosquito repellents. Computational studies of the Tweedle family cuticular proteins: analysis of putative structure and interactions with chitin filaments In silico design of 2,2'- dihydroxybenzophenones and xanthone analogues to inhibit human glutathione transferase's (hgsts) involvement in Multiple Drug Resistance. Relations of aggregation-prone peptides and crystal contacts in crystallographically determined structures of twelve (12) proteins related to amyloidoses P16 Stella Tamana and Vasilis Promponas Issues in Computing the Plasmodial Pangenome