ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΑΓΝΩΡΙΗ. Δηζαγσγή

Transcript

1 ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΑΓΝΩΡΙΗ Δηζαγσγή

2 Δηζαγσγή H H Η2N - C - COOH H2N - C - COOH CH2 CH2 CH2 O NH NH C=NH C=NH2 NH2 NH2 Αργινίνη Καναβανίνη Σα θπηά ρξεζηκνπνηνύλ πνιινύο ηξόπνπο ρεκηθνύ πνιέκνπ θαηά ησλ ερζξώλ ηνπο. Έλαο από απηνύο είλαη ε ζύλζεζε "κε θπζηθώλ" ακηλνμέσλ, ηνπιάρηζηνλ γηα ηνλ ερζξό, αιιά όρη επηθίλδπλσλ γηα ην θπηό. Γηα παξάδεηγκα έλα είδνο θαζνιηάο, ε jack bean (Canavalia Ensiformis), πεξηέρεη έλα κε θπζηθό ακηλνμύ πνπ ιέγεηαη καναβανίνη, πνπ κνηάδεη κε ην θπζηθό ακηλνμύ αξγηλίλε εθηόο από ηελ παξνπζία ελόο επηπιένλ αηόκνπ νμπγόλνπ ζηελ πιεπξηθή αιπζίδα. Οηαλ ε θαλαβαλίλε εηζέιζεη ζηνλ νξγαληζκό ηνπ εληόκνπ θαη δηα κέζνπ ηεο πέςεο πξνζηεζεί ζην πξσηετληθό πιηθό ηνπ εληόκνπ, ε πξσηείλε πνπ ην πεξηέρεη δελ κπνξεί λα πάξεη ηελ ζσζηή ζηεξενδνκή ηεο θαη δελ ιεηηνπξγεί κε απνηέιεζκα ηνλ ζάλαην ηνπ εληόκνπ. Γελ είλαη γλσζηό γηαηί ε θαλαβαλίλε δελ είλαη ηνμηθή γηα ην θπηό.

3 Μνξηαθή Αλαγλώξηζε

4 ηεξενδνκή Βηνκνξίσλ Γηαζηάζεηο θαη Πεξηβάιινλ

5

6 Επιζκόπηζη μαθήμαηος Γνκηθά ζηνηρεία βηνκνξίσλ Γνκηθέο θαηεγνξίεο πξσηετλώλ Σύπνη αιιειεπηδξάζεσλ πνπ ζπκκεηέρνπλ ζηελ αλαγλώξηζε Θεξκνδπλακηθά ζηνηρεία ηεο κνξηαθήο αλαγλώξηζεο Παξαδείγκαηα (έλδπκα, εηδηθέο θαη κε εηδηθέο αιιειεπηδξάζεηο) Μνξηαθή πξνζνκνίσζε Αλαδίπισζε πξσηετλώλ Βηνινγηθέο κεκβξάλεο Μεκβξαληθνί ππνδνρείο Κπηηαξηθή κεηαηόπηζε ρεδηαζκόο θαξκάθσλ Βηνρεκηθή δξάζε παξαζηηνθηόλσλ Πξόβιεςε θαη δεκηνπξγία πξνηύπσλ ηξηζδηάζηαηεο δνκήο Μνξηαθή αλαγλώξηζε ζην αλνζνπνηεηηθό ζύζηεκα Βηνρεκηθή δξάζε παξαζηηνθηόλσλ Υεκηθή κεηαβίβαζε ζήκαηνο κεηαμύ θπηηάξσλ

7 Σν πδξόθηιν πεξηβάιινλ

8 Σν πδξόθνβν ή ιηπόθηιν πεξηβάιινλ

9 Οη δνκηθνί ιίζνη ησλ πξσηετλώλ Α. Η θύξηα αιπζίδα

10 Ο πεπηηδηθόο δεζκόο ζε αξηζκνύο

11 Ιδηόηεηεο πεπηηδηθνύ δεζκνύ

12 Η πεξίπησζε ηεο πξνιίλεο

13 Η θύξηα αιπζίδα Οη γσλίεο πεξηζηξνθήο

14 Οη πιεπξηθέο αιπζίδεο ησλ ακηλνμέσλ

15 Οη ηδηόηεηεο ησλ ακηλνμέσλ Υδροθοβικόηηηα-Πολικόηηηα-Ήλ.Φορηίο

16 Οη ηδηόηεηεο ησλ ακηλνμέσλ

17 Μεηαβνιή ειεύζεξεο ελέξγεηαο θαηά ηε κεηαθνξά από πδξόθνβν ζε πδξόθηιν πεξηβάιινλ

18 Από ηελ αιιεινπρία ζε δηαγξάκκαηα πδξνθνβηθόηεηαο

19 Η επηθάλεηα ελόο πξσηετληθνύ κνξίνπ

20 Η πξσηνηαγήο δνκή ησλ πξσηετλώλ

21 Αμηνπνίεζε ηεο πξσηνηαγνύο δνκήο πξσηετλώλ Τπνζέζεηο γηα ιεηηνπξγία Αλάιπζε ζρέζεο δνκήο-ιεηηνπξγίαο κέζσ κεηαιιάμεσλ Έθθξαζε πξσηετλώλ κε θαηλνύξγηεο ηδηόηεηεο Μνξηαθή παζνινγία (κεηαιιάμεηο πνπ δεκηνπξγνύλ αζζέλεηεο Δμειηθηηθέο κειέηεο (θνηλέο αιιεινπρίεο θνηλόο πξόγνλνο)

22 Η δεπηεξνηαγήο δνκή ησλ πξσηετλώλ Η α-έλικα Άιιεο έιηθεο 310 : Η-δεζκνί κεηαμύ i i+4 Η-δεζκνί κεηαμύ i i+3

23 Η δεπηεξνηαγήο δνκή ησλ πξσηετλώλ Η β-πηστωηή επιθάνεια

24 Η δεπηεξνηαγήο δνκή ησλ πξσηετλώλ Η β-πηστωηή επιθάνεια

25 Γνκέο β-barrel

26 πρλόηεηεο εκθάληζεο ακηλνμέσλ ζε ζηνηρεία δεπηεξνηαγνύο δνκήο

27 αιιεινπρίαvdllkn 1ΜΙ7 5CFH

28 Αλαπαξαζηάζεηο ηεο κπνζθαηξίλεο

29 Η δεπηεξνηαγήο δνκή ησλ πξσηετλώλ Σα κνηίβα

30 Σα κνηίβα

31 Πξνηεηλόκελνο κεραληζκόο δεκηνπξγίαο «ειιεληθνύ θιεηδηνύ»

32 Η ηξηηνηαγήο δνκή Οη δνκηθέο ελόηεηεο- Σνπνινγηθά δηαγξάκκαηα

33 Η ηξηηνηαγήο δνκή Οη δνκηθέο ελόηεηεο- Σνπνινγηθά δηαγξάκκαηα

34 Η ηξηηνηαγήο δνκή

35 Η ηεηαξηνηαγήο δνκή

36

37 Η ηεηαξηνηαγήο δνκή ησλ βηνκνξίσλ

38 Η δνκή ησλ ππξεληθώλ νμέσλ

39 Η δνκή ησλ ππξεληθώλ νμέσλ

40 Η ζηεξενδνκή ησλ ππξεληθώλ νμέσλ

41 Ο άμνλαο ηεο έιηθαο δηέξρεηαη από δηαθνξεηηθό ζεκείν ηνπ επηπέδνπ GC

42 A-form B-form Z-form Helix sense right-handed right-handed left-handed Repeating unit 1 bp 1 bp 2 bp Rotation/bp /2 Mean bp/turn Inclination of bp to axis Rise/bp along axis 2.6 Å (0.26 nm) 3.4 Å (0.34 nm) 3.7 Å (0.37 nm) Rise/turn of helix 28.6 Å (2.86 nm) 35.7 Å (3.57 nm) 45.6 Å (4.56 nm)

43 Οη θαηεγνξίεο ησλ πξσηετλώλ αλάινγα κε ηελ ζηεξενδνκή ηνπο Όλο α-πρωηεΐνες: Οι δέζμες α-ελίκων

44 Όιν α- πξσηεΐλεο: Οη ζθαηξίλεο Γσλίεο κεηαμύ ησλ ειίθσλ ~50 ν

45 Όιν βήηα πξσηεΐλεο Σα βήηα ζάληνπτηο

46 Οη βήηα πξσηεΐλεο: Άιιεο ππνθαηεγνξίεο Οη αληηπαξάιιειεο- Σα ειιεληθά θιεηδηά (καίαλδξνη)

47 Οη α/β πξσηεΐλεο

48 Οη α/β πξσηεΐλεο