Πρότυπα τοπικής διασποράς του γονότυπου Α του HBV σε παγκόσμια κλίμακα

Μέγεθος: px

Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Πρότυπα τοπικής διασποράς του γονότυπου Α του HBV σε παγκόσμια κλίμακα"

Κλεοπάτρα Λόντος
7 χρόνια πριν
Προβολές:

Επιδημιολογίας και Ιατρικής Στατιστικής, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Αθηνών, Αθήνα, Ελλάδα ²Τμήμα Επιστημών

1 Πρότυπα τοπικής διασποράς του γονότυπου Α του HBV σε παγκόσμια κλίμακα Κωστάκη Ευαγγελία¹, Στεφάνου Γαρυφαλλιά¹, Σύψα Βάνα¹, Μαμάης Ιωάννης², Χατζάκης Άγγελος¹, Παρασκευής Δημήτριος¹ ¹Εργαστήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιατρικής Στατιστικής, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Αθηνών, Αθήνα, Ελλάδα ²Τμήμα Επιστημών Υγείας, Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου, Λευκωσία, Κύπρος Στοιχεία Επικοινωνίας:

2 Δείκτες μελέτης της ανθρώπινης προϊστορίας Aρχαιολογία Γενετική αρχαιολογία Γλωσσολογία HBV

3 Παγκόσμια διασπορά των γονότυπων του HBV A. Cassidy et al, Expert Review of Vaccines, 2011

4 Αναλύοντας όλες τις διαθέσιμες πλήρους μήκους αλληλουχίες γονότυπου A: Εκτίμηση τοπικής διασποράς του ιού (μονοφυλετικότητα) Διερεύνηση του τρόπου μετάδοσης του ιού μεταξύ διαφορετικών γεωγραφικών περιοχών Μονοφυλετικότητα: ποσοστό αλληλουχιών σε φυλογενετικές ομάδες με υψηλές τιμές φυλογενετικής αξιοπιστίας και δειγματοληψία σε μεγάλο ποσοστό από μία γεωγραφική περιοχή

5 Συγκεντρώθηκαν όλες οι νουκλεοτιδικές αλληλουχίες γονότυπου Α (N=731): Διαθέσιμες στην βάση HBVdb μέχρι τον Δεκέμβριο του 2015 Πλήρους γονιδιώματος (3.221 nt) Μη-ανασυνδυασμένες Με γνωστή χώρα δειγματοληψίας HBVdb: HBV database

6 Η διασπορά του ιού διερευνήθηκε εφαρμόζοντας φυλογενετική ανάλυση, η οποία πραγματοποιήθηκε με το πρόγραμμα RAxML v Εφαρμόστηκαν: Mέθοδος μέγιστης πιθανοφάνειας (ΜL) με bootstrap εκτιμήσεις αξιοπιστίας GTR μοντέλο νουκλεοτιδικής αντικατάστασης Γάμμα κατανομή για την διόρθωση του ρυθμού ανομοιογένειας μεταξύ των θέσεων του DNA GDB: Global Burden of Disease GTR: General Time Reversible

7 Μονοφυλετική ομάδα Kάθε ομάδα: αποτελούμενη τουλάχιστον από 5 αλληλουχίες με ποσοστό μεγαλύτερο από το 70% των αλληλουχιών να έχουν κοινή γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας τιμή αξιοπιστίας (bootstrap) μεγαλύτερη από 70%

2 ος Σχεδιασμός 1 ος Σχεδιασμός Χώρες (n=12)/ Γεωγραφικές Περιοχές (n=12) Υπ. Αφρική Λ. Αμερική Δ. Ευρώπη Ν. Α. Ασία Καραϊβική Β. Αμερική Κ. Ευρώπη Α. Ευρώπη Κ. Ασία Ν. Ασία Α. Ασία Β. Αφρική/Μ.

8 2 ος Σχεδιασμός 1 ος Σχεδιασμός Χώρες (n=12)/ Γεωγραφικές Περιοχές (n=12) Υπ. Αφρική Λ. Αμερική Δ. Ευρώπη Ν. Α. Ασία Καραϊβική Β. Αμερική Κ. Ευρώπη Α. Ευρώπη Κ. Ασία Ν. Ασία Α. Ασία Β. Αφρική/Μ. Ανατολή Ινδία ΗΠΑ Βέλγιο Ν. Αφρική Ιαπωνία Αϊτή Πολωνία Βραζιλία Αργεντινή Γαλλία Παναμάς Καμερούν Γεωγραφικές Περιοχές (n=13) Υπ. Αφρική Λ. Αμερική Δ. Ευρώπη Ν. Α. Ασία Καραϊβική Β. Αμερική Κ. Ευρώπη Α. Ευρώπη Α. Ασία Κ. Ασία Ασία/Ειρηνικός Ν. Ασία Β. Αφρική/Μ. Ανατολή Οι αλληλουχίες ομαδοποιήθηκαν σύμφωνα με τη γεωγραφική περιοχή που συλλέχτηκαν (γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας τους) Οι γεωγραφικές περιοχές ορίστηκαν σύμφωνα με: 1. Κριτήρια του GDB 2. Επιδημιολογικά δεδομένα που αφορούν την παγκόσμια διασπορά του γονότυπου A 3. Διαθεσιμότητα των αλληλουχιών ανά χώρα της μελέτης GDB: Global Burden of Disease

10 ΓΕΩΓΡΑΦΙΚΗ ΚΑΤΑΝΟΜΗ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΩΝ ΓΟΝΟΤΥΠΟΥ A ΤΟΥ HBV ΑΝΑ ΧΩΡΑ ΔΕΓΜΑΤΟΛΗΨΙΑΣ Βέλγιο Ν. Αφρική 53 Ιαπωνία 60% του συνολικού αριθμού αλληλουχιών γονότυπου Α ΗΠΑ

12 Γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας Αριθμός χωρών Αριθμός αλληλουχιών Ποσοστό (%) Βόρεια Αμερική Υποσαχάρια Αφρική Δυτική Ευρώπη Λατινική Αμερική Ασία-Ειρηνικός Καραϊβική Κεντρική Ευρώπη Νότια Ασία Ανατολική Ευρώπη Νότιο Ανατολική Ασία Ανατολική Ασία Βόρεια Αφρική/Μέση Ανατολή Κεντρική Ασία Σύνολο

13 Περιοχές δειγματοληψίας Αριθμός αλληλουχιών Αριθμός αλληλουχιών που ομαδοποιήθηκαν Αριθμός μονοφυλετικών ομάδων¹ Ποσοστό μονοφυλετικότητας (%) Βόρεια Αμερική Νότια Ασία Καραϊβική Λατινική Αμερική Υποσαχάρια Αφρική Δυτική Ευρώπη Ασία-Ειρηνικός Κεντρική Ευρώπη Ανατολική Ευρώπη Νότια Ανατολική Ασία Ανατολική Ασία Βόρεια Αφρική/Μέση Ανατολή Κεντρική Ασία Σύνολο ¹ Μονοφυλετική ομάδα: τουλάχιστον 5 αλληλουχίες με ποσοστό > 70% των αλληλουχιών να έχουν κοινή γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας.

14 Bootstrap τιμή > 70%

15 Χώρα δειγματοληψίας Αριθμός αλληλουχιών Αριθμός αλληλουχιών που ομαδοποιήθηκαν Αριθμός μονοφυλετικών ομάδων Ποσοστό μονοφυλετικότητας (%) ΗΠΑ Αϊτή Βραζιλία Παναμάς Νότια Αφρική Καμερούν Βέλγιο Αργεντινή Ιαπωνία Πολωνία Ινδία Γαλλία Γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας Δυτική Ευρώπη Ανατολική Ευρώπη Νότια Ανατολική Ασία Υποσαχάρια Αφρική Καραϊβική Νότια Ασία Ανατολική Ασία Κεντρική Ευρώπη Βόρεια Αμερική Λατινική Αμερική Κεντρική Ασία Βόρεια Αφρική/Μέση Ανατολή Σύνολο

16 Στην παρούσα ανάλυση μελετήθηκαν για πρώτη φορά τα παγκόσμια πρότυπα διασποράς του γονότυπου Α του HBV, στο μεγαλύτερο δείγμα αλληλουχιών πλήρους μήκους που θα μπορούσε να συγκεντρωθεί και να αναλυθεί στον χρόνο που πραγματοποιήθηκε η μελέτη Τα ευρήματα της ανάλυσης ανέδειξαν σημαντικά στοιχεία και διαφορές στα πρότυπα διασποράς του γονότυπου Α ανά τον υφήλιο που μέχρι σήμερα παρέμεναν σε μεγάλο βαθμό άγνωστα Η ανάλυση μας έδειξε ότι η επιδημία του γονότυπου Α προήλθε από την Υποσαχάρια Αφρική και εξαπλώθηκε σε Ευρώπη, Ασία και Αμερική σε διαφορετικές χρονικές περιόδους Τα πρότυπα διασποράς του γονότυπου Α αντανακλούν σε μεγάλο βαθμό τις διαχρονικές μετακινήσεις των πληθυσμών του ανθρώπου από την Αφρική στον υπόλοιπο κόσμο

17 Για το γονότυπο Α βρέθηκε έντονη τοπική διασπορά υποδεικνύοντας ότι οι μεταδόσεις του ιού μεταξύ διαφορετικών γεωγραφικών περιοχών ήταν περιορισμένες Ένα μειονέκτημα της μελέτης ενδεχομένως αποτελεί η μη-ομοιόμορφη διαθεσιμότητα αλληλουχιών μεταξύ των γεωγραφικών περιοχών

18 Ευχαριστίες Ελληνική Επιστημονική Εταιρεία Έρευνας AΙDS & Σεξουαλικώς Μεταδιδόμενων Νοσημάτων Στοιχεία Επικοινωνίας:

20 Χώρα δειγματοληψίας Αριθμός χωρών Αριθμός αλληλουχιών ΗΠΑ Βέλγιο Ν. Αφρική Ιαπωνία Αϊτή Πολωνία Βραζιλία Αργεντινή Ινδία Γαλλία Παναμάς Καμερούν Ποσοστό (%) Γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίας Υποσαχάρια Αφρική Δυτική Ευρώπη Ανατολική Ευρώπη Νότιο Ανατολική Ασία Νότια Ασία Καραϊβική Ανατολική Ασία Κεντρική Ευρώπη Λατινική Αμερική Βόρεια Αφρική/Μέση Ανατολή Βόρεια Αμερική Κεντρική Ασία Σύνολο

Σχετικά έγγραφα

Α1 ΚΑΙ Β ΣΟΤ HIV-1 ΣΗΝ ΕΛΛΑΔΑ: ΕΚΣΙΜΗΗ ΣΟΠΙΚΨΝ ΔΙΚΣΤΨΝ ΚΑΙ ΦΑΡΑΚΣΗΡΙΜΟ ΣΟΤ

AA22 ΜΕΛΕΣΗ ΔΙΑΠΟΡΑ ΣΨΝ ΤΠΟΣΤΠΨΝ Α1 ΚΑΙ Β ΣΟΤ HIV-1 ΣΗΝ ΕΛΛΑΔΑ: ΕΚΣΙΜΗΗ ΣΟΠΙΚΨΝ ΔΙΚΣΤΨΝ ΚΑΙ ΦΑΡΑΚΣΗΡΙΜΟ ΣΟΤ *Γκόβα Μαρία* (1), Κωστάκη Ευαγγελία (1), Γαργαλιάνος Παναγιώτης (2), Ξυλωμένος Γεώργιος (2),