Τµήµα Φαρµακευτικής, Πανεπιστήµιο Πατρών, GR &

Μέγεθος: px
Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Τµήµα Φαρµακευτικής, Πανεπιστήµιο Πατρών, GR-26500 G.A.Spyroulias@upatras.gr & http://nmrlab.dynalias.com"

Transcript

1 Σχεδιασµός Ενώσεων Φαρµακευτικής Σηµασίας µέσω Φασµατοσκοπίας NMR Γεώργιος Α. Σπυρούλιας Τµήµα Φαρµακευτικής, Πανεπιστήµιο Πατρών, GR & Εισαγωγή Η φασµατοσκοπία NMR (Nuclear Magnetic Resonance) έχει εξελιχθεί σε µία σηµαντική τεχνική στην µελέτη της τρισδιάστατης δοµής βιο-µακροµορίων, στην αλληλεπίδραση µεταξύ τους, καθώς και στην αναγνώριση και τον σχεδιασµό µέσω της δοµής νέων βιοδραστικών ενώσεων. Στην συνέχεια, παραθέτονται οι βασικές αρχές της µεθόδου της Φασµατοσκοπίας NMR και παρουσιάζονται οι πιο πρόσφατες τεχνικές µε τις οποίες είναι δυνατόν να ταυτοποιηθούν ενώσεις που συνδέονται σε πρωτεϊνικούς στόχους. Η φασµατοσκοπία NMR ανακαλύφθηκε το 1946 από τους επιστήµονες Felix Bloch, Edward Purcell και τους συνεργάτες τους 1. Σε ένα µαγνητικό πεδίο, πυρήνες µε περιττό ατοµικό αριθµό, όπως 1 H, 13 C και 15 N, διαθέτουν µία φυσική ιδιότητα γνωστή ως µαγνήτιση και υιοθετούν καταστάσεις πυρηνικών spin διαφορετικού προσανατολισµού και διαφορετικής ενέργειας, των οποίων ο πληθυσµός διαταράσσεται µε εφαρµογή ραδιοσυχνότητας. Οι µαγνητικοί πυρήνες επηρεάζονται από το εφαρµοσµένο πεδίο και επηρεάζουν ο ένας τον άλλον είτε µέσω χηµικών δεσµών (spin-spin coupling) είτε λόγω της εγγύτητας τους στο χώρο (dipole-dipole coupling). Αξιοποιώντας τα παραπάνω είναι δυνατή η αποτίµηση των σηµάτων συντονισµού του συγκεκριµένου πυρήνα, των σηµάτων συντονισµού που προέρχονται από την συσχέτιση των πυρήνων µέσα σε ένα βιολογικό µόριο καθώς και η εξαγωγή δοµικών πληροφοριών (διατοµικές αποστάσεις, δίεδρες γωνίες, δεσµοί υδρογόνου, κ.λ.π.). Χηµική µετατόπιση. Η συχνότητα συντονισµού ενός συγκεκριµένου πυρήνα εξαρτάται από το χηµικό του περιβάλλον µέσω των τοπικών µαγνητικών πεδίων, τα οποία δηµιουργούνται από τα ηλεκτρόνια καθώς αυτά κινούνται γύρω από τους πυρήνες. Το µέτρο της εξάρτησής αυτής καλείται χηµική µετατόπιση: δ = ((w σήµατοςl -w αναφοράς )/w αναφοράς )x10 6 όπου δ σε ppm (parts per million), και w η συχνότητα συντονισµού του σήµατος ή του σήµατος αναφοράς. Nuclear Overhauser Effect (NOE). Το Πυρηνικό Φαινόµενο Overhauser (ΝΟΕ) 2, οφείλεται στην διπολική αλληλεπίδραση (διαµέσω χώρου) µεταξύ δύο διαφορετικών πυρήνων και η ένταση του είναι αντιστρόφως ανάλογη µε την έκτη δύναµη της απόστασης τους. Επιπλέον το ΝΟΕ φαινόµενο σχετίζεται ισχυρά µε την αποδιέγερση των spins. Η φύση και η έκταση του φαινοµένου εξαρτάται ισχυρά από το µέγεθος και την κίνηση του µορίου καθώς και από την απόσταση των υπό αλληλεπίδραση πυρήνων και είναι ευαίσθητο στις µικρής εµβέλειας ( Å) ενδοµοριακές και διαµοριακές αλληλεπιδράσεις µέσω χώρου. Στην φασµατοσκοπία NMR µακροµορίων 3, η εκµετάλλευση του φαινοµένου ΝΟΕ (NOESY) 4 αντιπροσωπεύει την βάση του προσδιορισµού της τρισδιάστατης δοµής του µακροµορίου. (Σχήµα 1Α-1Γ) 5. Οι ίδιες αρχές χρησιµοποιούνται και στον προσδιορισµό της γεωµετρίας των υποκαταστατών που είναι προσδεδεµένοι στον υποδοχέα υπολογίζοντας ενδοµοριακές ός ώ ώ ύ ς 1

2 αποστάσεις του υποκαταστάτη και αποστάσεις υποκαταστάτη-πρωτεΐνης, παρέχοντας δεδοµένα πρωταρχικού ενδιαφέροντος για τον δοµικό σχεδιασµό νέων φαρµάκων. Πυρηνική αποδιέγερση των spins. Η πληθυσµιακή διαφορά µεταξύ δύο ή περισσότερων ενεργειακών καταστάσεων του πυρηνικού spin εντός µαγνητικού πεδίου φθίνει εκθετικώς 6 µέσω του µηχανισµού αποδιέγερσης. Υπάρχουν δύο κύριοι µηχανισµοί αποδιέγερσης: (α) Αποδιέγερση spin-πλέγµατος (spin-lattice relaxation, Τ1), όπου πλέγµα είναι το µόριο και οι υπόλοιποι πέραν του εξεταζόµενου πυρήνες και (β) Αποδιέγερση spin-spin (spin-spin relaxation, Τ2), όπου ο εξεταζόµενος πυρήνας αποδιεγείρεται λόγω της σύζευξής του µε γειτονικούς πυρήνες, καθορίζοντας το εύρος του NMR σήµατος (line broadening). A Δ B Γ Σχήµα 1: NMR δοµές βιοµακροµορίων. (Α) Τα φάσµατα NOESY αποτελούν την κύρια πηγή εξαγωγής γεωµετρικών δεδοµένων (διαπρωτονιακών αποστάσεων) για τον υπολογισµό των τρισδιάστατων δοµών βιοµορίων σε διάλυµα. (Β) Η οικογένεια των 40 δοµών του κυτοχρώµατος c (cyt c) από καρδιά αλόγου, η οποία υπολογίσθηκε µε τα δεδοµένα τα οποία εξήχθησαν από το φάσµα NOESY5. (Γ) Η µέση NMR δοµή η οποία προέκυψε από την οικογένεια των 40 δοµών. (Δ) Η δοµή της ίδιας πρωτεΐνης (cyt c), όπως προσδιορίστηκε σε στερεά κατάσταση µέσω κρυσταλλογραφίας ακτίνων Χ. NMR & Σχεδιασμός βιοδραστικών Ενώσεων Γ.Α. Σπυρούλιας 2

3 Μελέτη της δοµής και της αλληλεπίδρασης βιοµορίων µέσω NMR Η τεχνική αυτή αποτελεί την µοναδική µέθοδο για τον προσδιορισµό της τρισδιάστατης δοµής ενός µακροµορίου σε διάλυµα σε υψηλή ανάλυση, σχεδόν εφάµιλλη µε αυτή µε την οποία προσδιορίζονται οι δοµές βιοµορίων σε στερεά κατάσταση µε κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ (Σχήµα 1Γ & 1Δ) 5. Υπάρχουν περισσότερες από 2000 NMR δοµές στην Protein Data Bank 7, ενώ το βιοµοριακό NMR αποτελεί σηµαντικό στοιχείο της τρέχουσας δοµικής και λειτουργικής γενωµικής σε Αµερική, Ιαπωνία και Ευρώπη 8. Το σηµαντικό όµως πλεονέκτηµα της Φασµατοσκοπίας NMR έναντι άλλων δοµικών εργαλείων είναι η δυνατότητα πειραµατικής µελέτης δυναµικών φαινοµένων ενός βιοµορίου το οποίο βρίσκεται σε διάλυµα, όπως: η ευκινησία του, η χηµική ανταλλαγή ανάµεσα σε δύο καταστάσεις και η αλληλεπίδρασή του µε άλλα βιοµόρια ή/και µε µικρά βιοδραστικά µόρια. Επιπλέον, διαθέτει την δυνατότητα ποσοτικοποίησης της ισχύος της αλληλεπίδρασης δύο µορίων µε υψηλή ευαισθησία, χωρίς καν να απαιτείται η γνώση της πρωτεϊνικής δοµής και λειτουργίας. Τέλος παρέχει την δυνατότητα συστηµατικής εξέτασης (screening) της δέσµευσης υποκαταστατών σε πρωτεϊνικούς στόχους. Αξιοποίηση δε των δοµικών πληροφοριών οι οποίες παρέχονται από το NMR τόσο για τον στόχο όσο και για τον υποκαταστάτη, καθιστά εφικτή την διαδοχική βελτιστοποίηση των δοµικών και φυσικοχηµικών παραγόντων, ενώσεων µε χαµηλή συγγένεια δέσµευσης καθιστώντας αυτές σε υψηλής χηµικής συγγένειας υποκαταστάτες. Η δυνατότητα αυτή του NMR αποτελεί τον θεµέλιο λίθο στην εφαρµογή της τεχνικής στην ανακάλυψη και τον σχεδιασµό ενώσεων µε υψηλή βιολογική αξία και προφανές φαρµακευτικό ενδιαφέρον. Τόσο για τις δοµικές µελέτες των πρωτεϊνών και των συµπλόκων τους όσο και για την µελέτη δυναµικών φαινόµενων όπως η κινητικότητά τους και η αλληλεπίδρασή τους απαιτείται η επισήµανση του µορίου στόχου (υποδοχέας, ένζυµο, κ.λ.π.) µε τα σταθερά ισότοπα 15 Ν ή/και 13 C (Πίνακας 1). Οι πυρήνες 15 Ν και 13 C είναι ενεργοί στην φασµατοσκοπία NMR και αξιοποιούνται για την συσχέτιση τους µε τους πυρήνες του πρωτονίου ( 1 Η). Τα σήµατα συντονισµού σε ένα οµο- ( 1 Η- 1 Η) ή έτερο- ( 1 Η- 13 C/ 15 N) πυρηνικό φάσµα NMR 2, 3, ή 4 διαστάσεων παρέχουν την δυνατότητα αναγνώρισης των δοµικών µονάδων του βιοπολυµερούς (αµινοξέα, βάσεις DNA/RNA) καθώς και την εξακρίβωση της θέσης των δοµικών αυτών µονάδων στην αλυσίδα του βιοπολυµερούς, µέσω της συσχέτισης των πυρήνων της προηγούµενης µε αυτούς της επόµενης δοµικής µονάδας. Επιπλέον, όµως λόγω της σχέσης της έντασης του ΝΟΕ µε την απόσταση των δύο πυρήνων που το προκαλούν (~ 1/r 6 ), είναι δυνατός ο υπολογισµός της σχετικής τους θέσης στον χώρο, είτε βρίσκονται σε γειτονικές είτε σε αποµακρυσµένες θέσεις στην αλληλουχία του βιοπολυµερούς (Σχήµα 1Α-1Γ). Όπως αναφέρθηκε, η συχνότητα συντονισµού ενός πυρήνα εξαρτάται ισχυρά από την χηµική δοµή του µορίου και από το µαγνητικό του περιβάλλον (γειτονικές οµάδες, όπως αρωµατικοί δακτύλιοι, δεσµοί-η, ηλεκτραρνητικά άτοµα, µονήρη ηλεκτρόνια, µεταλλικά κέντρα κ.α.). Όταν η διαµόρφωση του µορίου αλλάζει και η σχετική θέση των οµάδων/ατόµων/ηλεκτρονίων που βρίσκονται σε κοντινή απόσταση αναδιατάσσεται, τότε η συχνότητα συντονισµού ενός πυρήνα και η υφή των αντίστοιχου σήµατος NMR διαφοροποιείται, ακόµα κι όταν η χηµική σύσταση/δοµή του µορίου παραµένει η ίδια. Η διαφοροποίηση των συχνοτήτων συντονισµού ός ώ ώ ύ ς 3

4 συνεπάγεται διαφοροποίηση των χηµικών µετατοπίσεων των σηµάτων, ενώ η αλλαγή στην υφή των σηµάτων συνεπάγεται αλλαγή στην δυναµική του συστήµατος η οποία προκαλεί διαφοροποίηση του χρόνου αποδιέγερσης των πυρήνων (Τ 1 & Τ 2 χρόνοι αποδιέγερσης). Τέτοια φαινόµενα παρατηρούνται κατά την αλληλεπίδραση ενός βιοµορίου µε κάποιο άλλο µόριο η οποία επιφέρει διαµορφωτικές αλλαγές και κατ επέκταση διαφοροποίηση στις ιδιότητες των πυρήνων στην περιοχή αλληλεπίδρασης (βλ. Σχήµα 2) 9. Το αποτέλεσµα το οποίο καταγράφεται µε απλά πειράµατα NMR (κυρίως 2D φασµάτων συσχέτισης 1 H- 1 H, 15 Ν- 1 Η ή/και 13 C- 1 H), είναι η διαφοροποίηση των χηµικών µετατοπίσεων των πυρήνων (µετατόπιση των σηµάτων στην κλίµακα των ppm), που ανήκουν σε αυτήν. Σχήµα 2: Μελέτη της αλληλεπίδρασης δύο βιοµορίων µε Φασµατοσκοπία NMR. (Α) Χαρακτηριστικό φάσµα ετεροπυρηνικής συσχέτισης 1 Η- 15 Ν HSQC στο τέλος της τιτλοδότησης µεταξύ δύο πεπτιδίων 22 και 13 αµινοξέων 9. (Β) Παρακολούθηση της µετατόπισης των κορυφών συσχέτισης 1 Η- 15 Ν κατά την µελέτη της αλληλεπίδρασης δύο πεπτιδικών µορίων µέσω τιτλοδότησης και Φασµατοσκοπίας NMR. Η εµφάνιση µιας µόνο κορυφής συσχέτισης η οποία κατά την διαδικασία της τιτλοδότησης µετατοπίζεται ως συνάρτηση των γραµµοµοριακών όγκων των πεπτιδίων υποδεικνύει ασθενή αλληλεπίδραση. Φαινόµενα Ανταλλαγής. Η δυναµική φύση των φαινοµένων, όπως η δέσµευση ενός υποκαταστάτη σε ένα πρωτεϊνικό µόριο, επηρεάζει τη µορφή του φάσµατος NMR. Εάν η διαδικασία ανταλλαγής ενός µικρού µορίου (υποκαταστάτη) ανάµεσα στην ελεύθερη και την δεσµευµένη του κατάσταση σε ένα βιοµακροµόριο (µόριο-στόχος, βλ. Σχήµα 3Α) είναι αργή σε σύγκριση µε τη διαφοροποίηση της χηµικής µετατόπισης µεταξύ των δύο καταστάσεων (σε ός ώ ώ ύ ς 4

5 µονάδες συχνότητας) το φάσµα NMR των δύο µορίων θα χαρακτηρίζεται από δύο διακριτές σειρές σηµάτων συντονισµού, οι οποίες θα αντιστοιχούν στην ελεύθερη και την δεσµευµένη µορφή του υποκαταστάτη αντίστοιχα (Σχήµα 3Β). Αντίθετα εάν η διαδικασία είναι ταχεία τότε στο φάσµα θα παρατηρείται µία µοναδική σειρά κορυφών στη µέση τιµή της χηµικής µετατόπισης των σηµάτων του ελεύθερου και δεσµευµένου υποκαταστάτη (Σχήµα 3Γ). Οι υποκαταστάτες που συνδέονται ασθενώς σε ένα µόριο-στόχο και συνεπώς βρίσκονται σε ταχεία ανταλλαγή ανάµεσα στην ελεύθερη και στην δεσµευµένη τους κατάσταση θα παρουσιάζουν σταθερά αποδέσµευσης της τάξης K d <10-5 M και θα εµφανίζουν ασθενή δέσµευση στον µόριο-στόχο. Αντιθέτως, εκείνοι οι οποίοι εµφανίζουν ισχυρή δέσµευση στο µόριο-στόχο θα παραµένουν για µεγαλύτερο χρονικό διάστηµα στην δεσµευµένη κατάσταση και η ανταλλαγή τους ανάµεσα σε αυτήν και την ελεύθερη κατάσταση τους θα γίνεται αργά µε K d Υποκαταστάτες που συνδέονται µε K d ~ βρίσκονται στην ενδιάµεση περιοχή, µεταξύ αργής και γρήγορης, ανταλλαγής. Οι µεθοδολογίες NMR οι οποίες περιγράφονται παρακάτω αξιοποιούν τα συγκεκριµένα φαινόµενα ακόµα και για ενώσεις µε χαµηλή συγγένεια δέσµευσης και έχουν σχεδιαστεί για µελέτες τέτοιων υποκαταστατών οι οποίοι βρίσκονται κυρίως σε κατάσταση γρήγορης ανταλλαγής. Στην πράξη η αλληλεπίδραση δύο µορίων µελετάται µε πειράµατα τιτλοδότησης µέσω των οποίων είναι δυνατόν να µετρηθεί και να αποτιµηθεί ποσοτικά η µεταβολή της χηµικής µετατόπισης των σηµάτων ως συνάρτηση της συγκέντρωσης του υποκαταστάτη. Στην περίπτωση που η σταθερά ταχύτητας διάστασης του συµπλόκου βιοµορίου-υποκαταστάτη (k off ) βρίσκεται στην κλίµακα χρόνου της γρήγορης ανταλλαγής είναι εφικτός ο υπολογισµός της σταθεράς διάστασης (Κ d ). Σχήµα 3: NMR ιδιότητες των βιοµακροµορίων και των µικρών µορίων. Όταν ένα µικρό µόριο, προσδέτης (Π) δεσµεύεται σε ένα µακροµοριακό υποδοχέα (Υ), τότε οι ιδιότητες του Υ µεταφέρονται στο Π και συνεπώς αλλάζουν και οι NMR ιδιότητες του. K d : σταθερά διάστασης του Υ-Π συµπλόκου, K on :σταθερά σχηµατισµού του Υ-Π συµπλόκου, [Π] : συγκέντρωση του Π, NOE:nuclear Overhauser effect, [Υ]: συγκέντρωση του Υ. Οι µέθοδοι ανίχνευσης πρόσδεσης κατατάσσονται σε δύο κύριες κατηγορίες: (α) ανίχνευσης των µεταβολών των NMR σηµάτων των πρωτεϊνών (χαρτογράφηση χηµικών µετατοπίσεων), ός ώ ώ ύ ς 5

6 και (β) ανίχνευσης των µεταβολών των σηµάτων των υποκαταστατών. Στην δεύτερη περίπτωση αξιοποιείται η διαφοροποίηση των ιδιοτήτων των µικρών µορίων, καθώς ανάµεσα στις δύο καταστάσεις (ελεύθερη και υπό αλληλεπίδραση/σύµπλεξη) εµφανίζονται σηµαντικές διαφορές στον ρυθµό περιστροφικής και µεταφορικής κίνησης (Σχήµα 3A-Γ). Πειράµατα βασισµένα στην παρατήρηση των πιθανών υποκαταστατών έχουν το πλεονέκτηµα ότι απαιτούν µικρές σχετικά ποσότητες του µη επισηµασµένου µακροµοριακού στόχου (1-10 µμ σε 0,5 ml διαλύµατος), ενώ είναι δυνατή η µελέτη µείγµατος αρκετών ενώσεων. Οι τεχνικές NMR στην ανακάλυψη φαρµάκων SARbyNMR: Η τεχνική SARbyNMR (structure-activity relationship by nuclear magnetic resonance) βασίζεται στη συστηµατική µελέτη των χαµηλής συγγένειας υποκαταστατών µε χρήση των µεταβολών της χηµικής µετατόπισης της πρωτεΐνης και στην προσέγγιση της συγγένειας δέσµευσης µε χρήση των δοµικών πληροφοριών που συλλέγονται. Το πρωταρχικό στάδιο της SARbyNMR είναι η αποτίµηση (ταυτοποίηση) των 15 Ν και 1 H σηµάτων συντονισµού του σκελετού του πρωτεϊνικού στόχου, θέτοντας τη βάση για την συστηµατική εξέταση των ενώσεων και τη λήψη δοµικών πληροφοριών για τον τρόπο δέσµευσης του υποκαταστάτη. Η δέσµευση του υποκαταστάτη ανιχνεύεται µέσω χαρτογράφησης της χηµικής µετατόπισης, δηλαδή µε σύγκριση των δισδιάστατων φασµάτων [ 15 Ν- 1 Η]-HSQC του 15 Ν ενιαία επισηµασµένου πρωτεϊνικού στόχου, απουσία και παρουσία του υποκαταστάτη. Εξετάζονται συστηµατικά οµάδες έως δέκα ή και περισσοτέρων οργανικών µορίων ταυτόχρονα, µε συνέπεια την αναγνώριση αρχικά των οµάδων που περιέχουν ισχυρούς υποκαταστάτες και στην συνέχεια µέσω κατακερµατισµού των οµάδων και νέων ΝΜR πειραµάτων, την ανίχνευση του περισσότερο ισχυρού προσδέτη. Επιπροσθέτως, επειδή το µόριο-στόχος είναι δυνατόν να διαθέτει µια χαµηλότερης, αλλά σηµαντικής συγγένειας δευτερεύουσα θέση πρόσδεσης υποκαταστατών, επιχειρείται µε παρόµοιο τρόπο (ΝΜR πειραµάτων και παρατήρηση της διαφοροποίησης των χηµικών µετατοπίσεων) ανίχνευση νέων χαµηλής συγγένειας υποκαταστατών. Και για τα δύο είδη των υποκαταστατών που έχουν αναγνωρισθεί εφαρµόζεται διαδικασία βιολογικών δοκιµών και ορθολογιστικού σχεδιασµού για την βελτίωση της ικανότητας πρόσδεσης των υποκαταταστών αυτών και της εκλεκτικότητας τους, καθώς επίσης και ενίσχυσης της βιολογικής αξίας τους και των φαρµακευτικών τους ιδιοτήτων. Το επόµενο στάδιο εστιάζεται στην διαµορφωτική τους µελέτη και στην διαπίστωση του σχετικού τους προσανατολισµού όταν βρίσκονται προσδεδεµένα στο µόριο-στόχο (στο τριτοταγές σύµπλοκο), µέσω [ 1 Η- 1 Η]-NOESY πειραµάτων. Στη συνέχεια αυτή η πληροφορία αξιοποιείται κατευθύνοντας την χηµική σύνθεση του τελικού υποκαταστάτη, µέσω της σύνδεσης των δύο ανεξάρτητων ενώσεων που ανιχνεύθηκαν. Η νέα συνθετική, χηµική ένωση, αποτελεί έναν δι-δοντικό υποκαταστάτη ο οποίος διατηρεί τον χωροταξικό προσανατολισµό µεταξύ των δύο πρόδροµων υποκαταστατών σε σχέση µε τον πρωτεϊνικό στόχο, µε ενισχυµένη συγγένεια πρόσδεσης. Εφαρµογή της µεθόδου: Χαρακτηριστικό παράδειγµα αποτελεί η αναγνώριση και εξέλιξη µέσω της τεχνικής SARbyNMR ενός υποκαταστάτη ο οποίος προσδένεται στην καταλυτική ός ώ ώ ύ ς 6

7 περιοχή της ανθρώπινης στρωµαλυσίνης µε IC 50 της τάξης των 15 nμ 11. Επίσης, έχει αναφερθεί 12 η συστηµατική εξέταση της ικανότητας πρόσδεσης 1000 ενώσεων µοριακού βάρους µεταξύ 100 και 300 Da σε χρονικό διάστηµα της τάξης των µερικών ωρών, χρησιµοποιώντας συγκέντρωση πρωτεΐνης 300 µμ, και Φασµατογράφου NMR, εξοπλισµένου µε κρυογογονικά ψυχόµενα µέρη (τεχνολογία cryoprobe) και αυτοµατοποιηµένο σύστηµα µεταφοράς και εισαγωγής/εξαγωγής δείγµατος. Πίνακας 1: Η ποσότητα της πρωτεΐνης η οποία απαιτείται για τις διάφορες τεχνικές ανίχνευσης αλληλεπίδρασης βιοµορίων µέσω Φασµατοσκοπίας NMR. Πειράµατα* Ποσότητα πρωτεΐνης ανά δείγµα NMR Αναφορά βιβλιογραφίας STD, WaterLOGSY 5-10µg 19,21 15 N- 1 H χαρτογράφηση χηµικών µετατοπίσεων του σκελετού 500µg C 1 H 3 χαρτογράφηση των χηµικών µετατοπίσεων 250µg 3,20 *Οι τεχνικές STD και WaterLOGSY παρέχει αποκλειστικά πληροφορίες για την µελέτη δέσµευσης υποκαταστατών. Προσεγγίσεις χαρτογράφησης χηµικών µετατοπίσεων µας πληροφορεί επίσης και για τη θέση των ενεργών κέντρων στην τρισδιάστατη δοµή του υποδοχέα. Οι ποσότητες έχουν υπολογιστεί για πρωτεΐνες µοριακού βάρους 30kDa για µία κανονική NMR probe 5mm µε όγκο δείγµατος 500-µl. Συνήθως, µε ένα δείγµα NMR µελετώνται συστηµατικά 1-10 υποκαταστάτες. Mικρότερες ποσοτήτες πρωτεΐνης χρειάζονται, όταν χρησιµοποιούνται cryoprobes ή υποδοχείς δείγµατος NMR µικρότερου όγκου (π.χ. Shigemi tubes) SHAPES: Η βασική στρατηγική της συστηµατικής εξέτασης 13 SHAPES είναι η αποτίµηση της ικανότητας δέσµευσης µιας βιβλιοθήκης ενώσεων (της τάξης των 300 ενώσεων περίπου) χαµηλού µοριακού βάρους. Οι ενώσεις αυτές παρουσιάζουν µεγάλη ποικιλοµορφία στην χηµική τους δοµή (shapes) και σύσταση, και δοκιµάζονται έναντι του µορίου-στόχου, χρησιµοποιώντας τεχνικές οι οποίες βασίζονται στην παρακολούθηση του υποκαταστάτη. Οι υποκαταστάτες αυτοί προέρχονται κυρίως από ενώσεις µε χαρακτηριστικά δοµικά πλαίσια (scaffolds) και διαµορφώσεις που έχουν διαπιστωθεί σε ευρέως διαδεδοµένα φάρµακα 14. Τα αποτελέσµατα προκαταρκτικών δοκιµών όπου αναγνωρίζονται ενώσεις µε χαµηλή συγγένεια δέσµευσης (µε Κ d σε της τάξης των mm) αξιοποιούνται στην συνέχεια της στρατηγικής αναζήτησης βιοδραστικών ενώσεων µε υψηλή συγγένεια σύνδεσης. Για παράδειγµα, υποκαταστάτες µε συγκεκριµένα δοµικά πλαίσια οι οποίοι εµφανίζουν ασθενή δέσµευση, και ός ώ ώ ύ ς 7

8 πιθανότατα θα διέφευγαν της αναγνώρισης ως πιθανοί υποκαταστάτες εάν η διαδικασία αναζήτησης γινόταν µέσω βιολογικών δοκιµών, µε την στρατηγική SHAPES αναγνωρίζονται και αξιοποιούνται για την περαιτέρω αναζήτηση, µέσω υπολογιστικών συστηµάτων σε βάσεις δεδοµένων, παρόµοιων ενώσεων. Οι ενώσεις αυτές ( SHAPES hits ) συνιστούν µια νέα βιβλιοθήκη ενώσεων. Αυτές ελέγχονται µε υπολογιστικές προσεγγίσεις, µέσω της διαδικασίας του εικονικού ελέγχου (virtual screening) και της προσοµοίωσης σύµπλεξης (docking simulations), για την την συγγένεια δέσµευσης τους έναντι στο µόριο-στόχο και καθοδηγούν τον σχεδιασµό νέων ενώσεων µε υψηλότερη συγγένεια δέσµευσης. Εφαρµογή της µεθόδου: Χαρακτηριστικό παράδειγµα της αποτελεσµατικότητας της SHAPES στρατηγικής 13 αποτελεί η συστηµατική εξέταση δικυκλικών µορίων µε ιµιδαζολικό δακτύλιο η οποία οδήγησε στην δηµιουργία χηµικής βιβλιοθήκης αναλόγων του αρχικώς αναγνωρισµένου δοµικού τµήµατος. Η προσπάθεια αυτή απέδωσε αρχικά στην εξεύρεση ασθενών υποκαταστατών της πρωτεϊνικής κινάσης p38 οι οποίοι µε συνθετική τροποποίηση των SHAPES επιτυγχόντων υποκαταστατών προέκυψαν ισχυροί αναστολείς της p38. NMR-SOLVE: H NMR-SOLVE (Structurally Orientated Library Valency Engineering) 15 είναι µία τεχνική σχεδιασµού φαρµάκων, η οποία παρέχει πληροφορίες για την ανάπτυξη συγκεκριµένων βιβλιοθηκών χηµικών ενώσεων µε σκοπό την αξιοποίησή τους έναντι πολλών βιοµοριακών στόχων. Η υψηλή αποδοτικότητα της τεχνικής NMR-SOLVE οφείλεται στην εκλεκτική ισοτοπική επισήµανση και συνεπώς στην επιλεκτική ταυτοποίηση και παρακολούθηση ορισµένων µόνο πρωτονίων ή άλλων πυρήνων στη θέση δέσµευσης του µικρού µορίου-υποκαταστάτη ή του µεγάλου βιοµορίου (φυσικό υπόστρωµα). Με τον τρόπο αυτό, η τεχνική NMR-SOLVE παρέχει δοµικές πληροφορίες για πρωτεϊνικά µόρια ή βιοµοριακά σύµπλοκα µεγάλου µοριακού βάρους χωρίς να απαιτείται η ολοκληρωτική αποτίµηση πολύπλοκων 2D/3D ετεροπυρηνικών NMR φασµάτων που προκύπτουν από ενιαία 13 C και 15 Ν επισηµασµένων πρωτεϊνών. Μία τέτοια απλοποιηµένη προσέγγιση εµπεριέχει την εκλεκτική παρακολούθηση 13 C- 1 Η-επισηµασµένων µεθυλικών οµάδων σε δείγµατα ενιαία δευτεριωµένων πρωτεϊνών 15 ή αµιδικών 1 Η- 15 Ν οµάδων. Σε αυτά τα απλουστευµένα φάσµατα η NMR-SOLVE τεχνική παρέχει τα µέσα για την ταυτοποίηση των σηµάτων συντονισµού στη θέση δέσµευσης/αλληλεπίδρασης ενός βιοµορίου. Εφαρµογή της µεθόδου: Η NMR-SOLVE εφαρµόζεται σε οικογένειες πρωτεϊνών µε κοινό χαρακτηριστικό την θέση δέσµευσης, η οποία παρουσιάζει κοινά χαρακτηριστικά ανάµεσα στα µέλη της οικογένειας πρωτεϊνών και η οποία γειτνιάζει µε µία ευµετάβλητη θέση δέσµευσης. Μια τέτοια οικογένεια είναι οι δευδρογονάσες και η θέση δέσµευσης του NAD. Η µεθοδολογία έγκειται στην µελέτη, µίας µόνο διαθέσιµης πρωτεΐνης, στην οποία η κοινή θέση δέσµευσης για όλα τα µέλη της οικογένειας, χαρτογραφείται µέσω ταυτοποίησης και ανάλυσης ΝΟΕs µεταξύ οµάδων της θέσης αυτής και ενός καλά χαρακτηρισµένου υποκαταστάτη αναφοράς, όπως το συνένζυµο NADH Η επιβεβαίωση της αποτίµησης τέτοιων σηµάτων γίνεται επίσης µέσω µελέτης της επίδρασης των χηµικών µεταβολών στον υποκαταστάτη αναφοράς στα [ 1 Η, 15 Ν] ή [ 1 Η, 13 C] φάσµατα συσχέτισης της πρωτεΐνης. ός ώ ώ ύ ς 8

9 Η τεχνική NMR-SOLVE χρησιµοποιείται επιπροσθέτως για να παρέχει πληροφορίες για την χηµική σύνθεση ενός ενιαίου µορίου µέσω σύνδεσης των διαφόρων οµάδων για τις οποίες διαπιστώθηκε ικανότητα σύνδεσης στην κοινή και στην γειτονική θέση δέσµευσης. Με τον τρόπο αυτό εξασφαλίζεται συγκεκριµένη δέσµευση των αναλόγων των νέων υποκαταστατών. ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ Η µεθοδολογία NMR παρέχει ουσιαστικές πληροφορίες στην µελέτη σε ατοµικό επίπεδο της δοµής και της δυναµικής πρωτεϊνών. Ταυτοχρόνως αποτελεί ένα εξαιρετικά χρήσιµο εργαλείο στην αναζήτηση και ανακάλυψη νέων δοµικών πλαισίων τα οποία µε την κατάλληλη τροποποίηση αποδίδουν ενώσεις µε υψηλό βιολογικό ενδιαφέρον και φαρµακευτική αξία. Τα τελευταία χρόνια έχουν αναφερθεί σηµαντικές εξελίξεις στην εφαρµογή του ΝΜR στον σχεδιασµό βιοδραστικών ενώσεων και σε αρκετές περιπτώσεις στην παρασκευή νέων φαρµακευτικών ενώσεων. Στο µέλλον αναµένεται σηµαντική εξέλιξη στην βελτιστοποίηση της µεθοδολογίας NMR για την ταχύτερη και αποτελεσµατικότερη ανίχνευση υποκαταστατών µέσα από χηµικές βιβλιοθήκες µεγάλου αριθµού ενώσεων 17. Τέλος, περαιτέρω συνδυασµός των επισηµασµένων µε ισότοπα πρωτεϊνών και περαιτέρω βελτιώσεις στην τεχνολογία των Φασµατογράφων NMR θα έχει ως αποτέλεσµα την διεύρυνση του µεγέθους και της πολυπλοκότητας των προσιτών για NMR µελέτη συστηµάτων υποδοχέων-υποκαταστατών 18. Βιβλιογραφία 1. Bloch F, Nuclear induction., Phys. Rev. 70, (1946). 2. Neuhaus D & Williamson MP, The Nuclear Overhauser Effect in Structural and Conformational Analysis, (Wiley VCH, New York, 2000). 3. Wüthrich K, NMR of Proteins and Nucleic Acids. (Wiley, New York, 1986). 4. Kumar A, Ernst, RR & Wüthrich K, A two-dimensional nuclear Overhauser enhancement (2D NOE) experiment for the elucidation of complete proton proton cross-relaxation networks in biological macromolecules, Biochem. Biophys. Res. Commun. 95, 1 6 (1980). 5. Banci L, Bertini I, Huber G, Spyroulias GA, Turano P Solution Structure of reduced horse heart cytochrome c, J. Biol. Inorg. Chem. 4, (1999). 6. Abragam A, Principles of Nuclear Magnetism (Oxford Univ. Press, New York, 1961). 7. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res. 28, (2000). 8. Structural genomics. Nature Struct. Biol. 7 (Suppl.) (2000). 9. Rizos AK, Tsikalas I, Krambovitis E, Sioumpara M, Morikis D, Galanakis P, Spyroulias GA Characterization of a V3 peptide representing the interaction interface of the HIV-1 coat glycoprotein gp120 and the amino terminal of the chemokine receptor CCR5 in aqueous solutions by Dynamic Light Scattering, J. Non-Cryst. Solid. 352, , (2006). 10. Shuker SB, Hajduk PJ, Meadows RP, Fesik SW Discovering high-affinity ligands for proteins: SAR by NMR, Science 274, (1996). 11. Hajduk PJ et al., Discovery of potent non-peptide inhibitors of stromelysin using SAR by NMR, J. Am. Chem. Soc. 119, (1997). ός ώ ώ ύ ς 9

10 12. Hajduk PJ et al., High-throughput nuclear magnetic resonance-based screening, J. Med. Chem. 42, (1999). 13. Fejzo J et al., The SHAPES strategy: an NMR-based approach for lead generation in drug discovery, Chem. Biol. 6, (1999). 14. Bemis GW & Murcko MA The properties of known drugs. 1. Molecular frameworks, J Med. Chem. 39, (1996). 15. Pellecchia M et al. NMR-based structural characterization of large protein ligand interactions, J. Biomol. NMR 22, (2002). 16. Jahnke W et al., Second-site NMR screening with a spin-labeled first ligand, J. Am. Chem. Soc. 122, (2000). 17. Meinecke R & Meyer B, Determination of the binding specificity of an integral membrane protein by saturation transfer difference NMR: RGD peptide ligands binding to integrin IIb3, J. Med. Chem. 44, (2001). 18. Serber Z, Ledwidge R, Miller SM & Dötsch V, Evaluation of parameters critical to observing proteins inside living Escherichia coli by in-cell NMR spectroscopy, J. Am. Chem. Soc. 123, (2001). 19. Mayer M & Meyer B, Characterization of ligand binding by saturation transfer difference NMR spectroscopy, Angew. Chem. Int. Edn Engl. 38, (1999). 20. Hajduk PJ et al., NMR-based screening of proteins containing 13 C-labeled methyl groups, J. Am. Chem. Soc. 122, (2000). 21. Dalvit C et al., Identification of compounds with binding affinity to proteins via magnetization transfer from bulk water, J. Biomol. NMR 18, (2000). ός ώ ώ ύ ς 10

Κεφάλαιο 18. Προσδιορισμός των πρωτεϊνικών δομών

Κεφάλαιο 18. Προσδιορισμός των πρωτεϊνικών δομών Κεφάλαιο 18 Προσδιορισμός των πρωτεϊνικών δομών Κεφάλαιο 18 Προσδιορισμός των Πρωτεϊνικών Δομών Κρυσταλλογραφία Ακτίνων-Χ & Φασματοσκοπία ΝΜR Πλεονεκτήματα - Μόρια, Μοριακά Σύμπλοκα ΜΒ>>100kDa!!! - Δεν

Διαβάστε περισσότερα

Βιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 3 η Διάλεξη

Βιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 3 η Διάλεξη Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 3 η Διάλεξη Από την προηγούμενη διάλεξη: Οι πρωτεΐνες εκτελούν τις περισσότερες βιολογικές λειτουργίες π.χ Ενζυμική κατάλυση (επιτάχυνση

Διαβάστε περισσότερα

ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗ κ. ΚΟΥΠΠΑΡΗ

ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗ κ. ΚΟΥΠΠΑΡΗ ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗ κ. ΚΟΥΠΠΑΡΗ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Σημειώσεις από τα μαθήματα Φαρμακευτικής Ανάλυσης του καθηγητή κ. Ιωάννη Κουντουρέλλη ΑΝΙΣΟΤΡΟΠΙΚΑ ΦΑΙΝΟΜΕΝΑ 12 13 Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΟΡΓΑΝΙΚΩΝ ΕΝΩΣΕΩΝ

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΟΡΓΑΝΙΚΩΝ ΕΝΩΣΕΩΝ ΑΘ.Π.ΒΑΛΑΒΑΝΙΔΗΣ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΟΡΓΑΝΙΚΩΝ ΕΝΩΣΕΩΝ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΥΠΕΡΥΘΡΟΥ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ ΦΑΣΜΑΤΟΜΕΤΡΙΑ ΜΑΖΩΝ ΥΠΕΡΙΩΔΟΥΣ-ΟΡΑΤΟΥ, RΑΜΑΝ, ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΟΥ ΠΑΡΑΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ Τμήμα Χημείας

Διαβάστε περισσότερα

Φασματοσκοπίας UV/ορατού Φασματοσκοπίας υπερύθρου Φασματοσκοπίας άπω υπερύθρου / μικροκυμάτων Φασματοσκοπίας φθορισμού Φασματοσκοπίας NMR

Φασματοσκοπίας UV/ορατού Φασματοσκοπίας υπερύθρου Φασματοσκοπίας άπω υπερύθρου / μικροκυμάτων Φασματοσκοπίας φθορισμού Φασματοσκοπίας NMR Φασματοσκοπία Ερμηνεία & εφαρμογές : Φασματοσκοπίας UV/ορατού Φασματοσκοπίας υπερύθρου Φασματοσκοπίας άπω υπερύθρου / μικροκυμάτων Φασματοσκοπίας φθορισμού Φασματοσκοπίας NMR Ποια φαινόμενα παράγουν τα

Διαβάστε περισσότερα

Βασικές αρχές της Φασµατοσκοπίας NMR

Βασικές αρχές της Φασµατοσκοπίας NMR Βασικές αρχές της Φασµατοσκοπίας NMR Φώτης Νταής Καθηγητής Πανεπιστηµίου Κρήτης, Τµήµα Χηµείας Φασµατοσκοπία NMR Ο Πυρηνικός µαγνητικός Συντονισµός (NMR) είναι ένα φαινόµενο που συµβαίνει όταν πυρήνες

Διαβάστε περισσότερα

Ενόργανη Ανάλυση Εργαστήριο. Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy, NMR. Πέτρος Α.

Ενόργανη Ανάλυση Εργαστήριο. Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy, NMR. Πέτρος Α. Ενόργανη Ανάλυση Εργαστήριο Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Πέτρος Α. Ταραντίλης 1 Βασικές αρχές Που βασίζεται; Στη μέτρηση της απορρόφησης της ακτινοβολίας στην περιοχή των ραδιοσυχνοτήτων

Διαβάστε περισσότερα

ρ. Κ. Γιαννακοπούλου

ρ. Κ. Γιαννακοπούλου ρ. Κ. Γιαννακοπούλου 1 Iστορικό 1945: Bloch, Hansen, Packard (Stanford U.), H 2 O 1945: Purcell, Torrey, Pound (Harvard U.), H 2 O, παραφίνη 1991: Richard Ernst παλµικό FT/MRI 2002: Fenn, Tanaka (MS),

Διαβάστε περισσότερα

Φάσµατα άνθρακα-13 ( 13 C NMR)

Φάσµατα άνθρακα-13 ( 13 C NMR) Φάσµατα άνθρακα-3 ( 3 NMR) I = ½ Φυσική αφθονία.% γ και µ Ευαισθησία Τ Χηµική µετατόπιση Ενταση κορυφών Φάσµατα ~ 4 φορές µικρότερα του πρωτονίου ~ 64 µικρότερη του πρωτονίου µεγαλύτερος από εκείνον του

Διαβάστε περισσότερα

Κεφάλαιο 13 Φασματοσκοπία

Κεφάλαιο 13 Φασματοσκοπία Κεφάλαιο 13 Φασματοσκοπία Φασματοσκοπία υπερύθρου Φασματοσκοπία ορατού-υπεριώδους Φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού Φασματοσκοπία μάζας 13.1 Οι αρχές της μοριακής φασματοσκοπίας: Ηλεκτρομαγνητική

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΡΜΑΚΩΝ WORKSHOP ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ

ΦΑΡΜΑΚΩΝ WORKSHOP ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ ΕΘΝΙΚΟ Ι ΡΥΜΑ ΕΡΕΥΝΩΝ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΟΡΓΑΝΙΚΗΣ & ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ WORKSHOP ΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ Βασικές στρατηγικές Στο σχεδιασµό νέων

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ ΦΑΣΜΑΤΑ 1 H-NMR. Επίκουρος καθηγητής Ν. Αλιγιάννης

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ ΦΑΣΜΑΤΑ 1 H-NMR. Επίκουρος καθηγητής Ν. Αλιγιάννης ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ ΦΑΣΜΑΤΑ 1 -NMR Επίκουρος καθηγητής Ν. Αλιγιάννης Εισαγωγή Η φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού NMR (Nuclear Magnetic Resonance) αποτελεί ένα είδος

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ IR/NMR

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ IR/NMR ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ IR/NMR ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΤΥΠΟΙ Φασματοσκοπία Μάζας (Ms) προσδιορισμός μεγέθους και μοριακού βάρους Φασματοσκοπία Υπερύθρου (UV) προσδιορισμός π συζυγιακού συστήματος Φασματοσκοπία Υπεριώδους

Διαβάστε περισσότερα

Αποσύζευξη πυρήνων. Πριν την αποσύζευξη. και ν Χ. Ακτινοβολούµε επιλεκτικά τον πυρήνα Χ µε ένα µαγνητικό πεδίο Β 2

Αποσύζευξη πυρήνων. Πριν την αποσύζευξη. και ν Χ. Ακτινοβολούµε επιλεκτικά τον πυρήνα Χ µε ένα µαγνητικό πεδίο Β 2 Αποσύζευξη πυρήνων Σε προηγούµενες διαλέξεις συζητήσαµε τη σύζευξη σπιν-σπιν και διαπιστώσαµε πως αυτή εκδηλώνεται στα φάσµατα NMR. Η σύζευξη σπιν-σπιν παρέχει σηµαντικές πληροφορίες για τη δοµή ενός µορίου,

Διαβάστε περισσότερα

Αλληλεπίδραση δίπόλο-δίπολο

Αλληλεπίδραση δίπόλο-δίπολο Αλληλεπίδραση δίπόλο-δίπολο δίπολο Εκτός από την αλληλεπίδραση µέσω των δεσµικών ηλεκτρονίων, τα πυρηνικά σπίν αλληλεπιδρούν και µέσω του χώρου. Αυτή η αλληλεπίδραση ονοµάζεται αλληλεπίδραση δίπολο-δίπολο.

Διαβάστε περισσότερα

Ασκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast

Ασκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά

Διαβάστε περισσότερα

Χηµική ισοδυναµία πυρήνων και µοριακή συµµετρία

Χηµική ισοδυναµία πυρήνων και µοριακή συµµετρία Χηµική ισοδυναµία πυρήνων και µοριακή συµµετρία Οι χηµικά µη ισοδύναµοι πυρήνες βρίσκονται σε διαφορετικό χηµικό περιβάλλον και όπως ήδη γνωρίζουµε, συντονίζονται σε διαφορετική συχνότητα (παρουσιάζουν

Διαβάστε περισσότερα

Άσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading

Άσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής

Διαβάστε περισσότερα

Εξερευνώντας τα Βιομόρια Ένζυμα: Βασικές Αρχές και Κινητική

Εξερευνώντας τα Βιομόρια Ένζυμα: Βασικές Αρχές και Κινητική Εξερευνώντας τα Βιομόρια Ένζυμα: Βασικές Αρχές και Κινητική Βιοχημεία Βιομορίων Αθήνα 2015 Γενικές Ιδιότητες Ένζυμα : Βιολογικοί Καταλύτες Τα ένζυμα είναι πρωτεϊνικά μόρια Μικρή ομάδα καταλυτικών RNA H

Διαβάστε περισσότερα

ΟΡΓΑΝΙΚΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΊΑ

ΟΡΓΑΝΙΚΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΊΑ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ (Nuclear Magnetic Resonance, ΝΜR) ΤµήµαΦαρµακευτικής, Πανεπιστήµιο Πατρών ΦΠ-322 ΟΡΓΑΝΙΚΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΊΑ ΓΕΩΡΓΙΟΣ Α. ΣΠΥΡΟΥΛΙΑΣ Εαρινό Εξάµηνο Σχέση οµής-

Διαβάστε περισσότερα

13.6 Η ερμηνεία των φασμάτων NMR πρωτονίου

13.6 Η ερμηνεία των φασμάτων NMR πρωτονίου 13.6 Η ερμηνεία των φασμάτων NMR πρωτονίου Η πληροφορία που περιέχεται σ ένα φάσμα NMR περιλαμβάνει: 1. Αριθμό σημάτων 2. Την έντασή τους (ως μετρούμενη επιφάνεια κάτω από την κορυφή) 3. Τύπος σχάσης (πολλαπλότητα)

Διαβάστε περισσότερα

Αξιοποίηση Φυσικών Αντιοξειδωτικών στην Εκτροφή των Αγροτικών

Αξιοποίηση Φυσικών Αντιοξειδωτικών στην Εκτροφή των Αγροτικών Ζώων για Παραγωγή Προϊόντων Ποιότητας» 1 Αξιοποίηση Φυσικών Αντιοξειδωτικών στην Εκτροφή των Αγροτικών Ζώων για Παραγωγή Προϊόντων Ποιότητας Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών Εργαστήριο Ζωοτεχνίας MIS 380231

Διαβάστε περισσότερα

υναµική ισορροπία Περιορισµένη περιστροφή Αναστροφή δακτυλίου Αναστροφή διάταξης Ταυτοµέρεια

υναµική ισορροπία Περιορισµένη περιστροφή Αναστροφή δακτυλίου Αναστροφή διάταξης Ταυτοµέρεια υναµική ισορροπία Η φασµατοσκοπία MR µπορεί να µελετήσει φυσικές και χηµικές διεργασίες, οι οποίες µεταβάλλονται µε το χρόνο. Μπορεί, για παράδειγµα, να µελετήσει την αλληλοµετατροπή δύο ή περισσότερων

Διαβάστε περισσότερα

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΦΑΡΜΑΚΩΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΕΘΝΙΚΟ Ι ΡΥΜΑ ΕΡΕΥΝΩΝ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΟΡΓΑΝΙΚΗΣ & ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ 3 ο εργαστήριο Φασµατοσκοπία MR στη ιαµορφωτική Ανάλυση Φασµατοσκοπία MR Εύρεση περιοριστικών

Διαβάστε περισσότερα

Οργανική Χημεία. Κεφάλαια 12 &13: Φασματοσκοπία μαζών και υπερύθρου

Οργανική Χημεία. Κεφάλαια 12 &13: Φασματοσκοπία μαζών και υπερύθρου Οργανική Χημεία Κεφάλαια 12 &13: Φασματοσκοπία μαζών και υπερύθρου 1. Γενικά Δυνατότητα προσδιορισμού δομών με σαφήνεια χρησιμοποιώντας τεχνικές φασματοσκοπίας Φασματοσκοπία μαζών Μέγεθος, μοριακός τύπος

Διαβάστε περισσότερα

Ερωτησεις στη Βιοφυσική & Νανοτεχνολογία. Χειμερινό Εξάμηνο 2012

Ερωτησεις στη Βιοφυσική & Νανοτεχνολογία. Χειμερινό Εξάμηνο 2012 Ερωτησεις στη Βιοφυσική & Νανοτεχνολογία. Χειμερινό Εξάμηνο 2012 1) Ποιο φυσικό φαινόμενο βοηθάει στην αυτοσυναρμολόγηση μοριακών συστημάτων? α) Η τοποθέτηση μοριων με χρήση μικροσκοπίου σάρωσης δείγματος

Διαβάστε περισσότερα

ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου

ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure

Διαβάστε περισσότερα

Φασματοσκοπία SIMS (secondary ion mass spectrometry) Φασματοσκοπία μάζης δευτερογενών ιόντων

Φασματοσκοπία SIMS (secondary ion mass spectrometry) Φασματοσκοπία μάζης δευτερογενών ιόντων Φασματοσκοπία SIMS (secondary ion mass spectrometry) Φασματοσκοπία μάζης δευτερογενών ιόντων Ιόντα με υψηλές ενέργειες (συνήθως Ar +, O ή Cs + ) βομβαρδίζουν την επιφάνεια του δείγματος sputtering ουδετέρων

Διαβάστε περισσότερα

Βιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 1 η Διάλεξη

Βιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 1 η Διάλεξη Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 1 η Διάλεξη Δύο άλλα παραδείγματα βιολογικής δράσης (και σύγκρισή τους σε ατομικό επίπεδο) Φωτοσύνθεση Επιδιόρθωση του DNA από τη DNA

Διαβάστε περισσότερα

Φυσικές µέθοδοι µελέτης βιολογικών φαινοµένων

Φυσικές µέθοδοι µελέτης βιολογικών φαινοµένων Φυσικές µέθοδοι µελέτης βιολογικών φαινοµένων Υπερφυγοκέντρηση Η υπερφυγοκέντρηση χρησιµοποιείται πλατιά για το διαχωρισµό ή την µελέτη µακροµορίων, συµβάλλοντας κύρια στη γνώση της µορφής και του µοριακού

Διαβάστε περισσότερα

Clayden, J.; Greeves, N.; Warren, S. Organic Chemistry; Oxford University Press, Oxford, UK, 2012.

Clayden, J.; Greeves, N.; Warren, S. Organic Chemistry; Oxford University Press, Oxford, UK, 2012. Παρακάτω παρατίθενται διάφορα τμήματα από αγγλόφωνα συγγράμματα προχωρημένης οργανικής χημείας και μία ελληνόφωνη διδακτορική διατριβή. Τα εν λόγω τμήματα αναφέρονται σε όσα συζητούνται στις παραδόσεις

Διαβάστε περισσότερα

Σύζευξη σπιν-σπιν J = 0 J 0

Σύζευξη σπιν-σπιν J = 0 J 0 Σύζευξη σπιν-σπιν Ας υποθέσουµε ότι έχουµε δύο πυρήνες Α και Χ, οι οποίοι είτε συνδέονται απ ευθείας µε έναν δεσµό είτε η σύνδεσή γίνεται µε περισσότερους δεσµούς. A X J = 0 J 0 Α Χ Α Χ Το σπάσιµο των

Διαβάστε περισσότερα

ΦΥΣΙΚΕΣ ΜΕΘΟΔΟΙ ΣΤΗΝ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

ΦΥΣΙΚΕΣ ΜΕΘΟΔΟΙ ΣΤΗΝ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΦΥΣΙΚΕΣ ΜΕΘΟΔΟΙ ΣΤΗΝ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ Φωτοηλεκτρονιακή φασματοσκοπία ΠΕΡΙΚΛΗΣ ΑΚΡΙΒΟΣ Τμήμα Χημείας Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό

Διαβάστε περισσότερα

Φασµατοσκοπία NMR. Απόστολος Σπύρος Γ-207, ισόγειο κτιρίου Χηµείας. Τηλ

Φασµατοσκοπία NMR. Απόστολος Σπύρος Γ-207, ισόγειο κτιρίου Χηµείας. Τηλ Φασµατοσκοπία NMR Απόστολος Σπύρος Γ-207, ισόγειο κτιρίου Χηµείας Τηλ.. 2810 545085 aspyros@chemistry.uoc.gr http://www.chemistry.uoc.gr/aspyros F. Bloch, W. W. Hansen, Martin Packard. Nuclear Induction.

Διαβάστε περισσότερα

Μεταφορά µαγνήτισης. ιαφορά πληθυσµών 1,2 3,4 1,3 2,4. αντανακλά την αναλογία 1 προς 4. πυρήνων 13 C και 1 H. των ενεργειακών σταθµών

Μεταφορά µαγνήτισης. ιαφορά πληθυσµών 1,2 3,4 1,3 2,4. αντανακλά την αναλογία 1 προς 4. πυρήνων 13 C και 1 H. των ενεργειακών σταθµών Μεταφορά µαγνήτισης Μεταφορά µαγνήτισης Ένας άλλος τρόπος αύξησης της ευαισθησίας ενός πειράµατος NMR είναι η λεγόµενη µεταφορά µαγνήτισης από έναν ευαίσθητο πυρήνα ( 1 Η) προς λιγότερο ευαίσθητους πυρήνες

Διαβάστε περισσότερα

Δελτίο μαθήματος (Syllabus): ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Δελτίο μαθήματος (Syllabus): ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ Δελτίο μαθήματος (Syllabus): ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ Κωδικός μαθήματος: ΝΠ-01 Κύκλος/Επίπεδο σπουδών: Προπτυχιακό Εξάμηνο σπουδών: Πρώτο (1 ο ) Τύπος μαθήματος Χ Υποβάθρου / Γενικών Γνώσεων Επιστημονικής

Διαβάστε περισσότερα

Μοριακός Χαρακτηρισμός

Μοριακός Χαρακτηρισμός Μοριακός Χαρακτηρισμός Φασματοσκοπία Υπερύθρου Φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού συντονισμού Φασματοσκοπία Ορατού Υπεριώδους 1 Αλληλεπίδραση Ακτινοβολίας -Ύλης I o I Δομή της Ύλης Η απορρόφηση ηλεκτρομαγνητικής

Διαβάστε περισσότερα

ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΠΥΡΗΝΙΚΗ ΦΥΣΙΚΗ & ΤΑ ΣΤΟΙΧΕΙΩΔΗ ΣΩΜΑΤΙΑ

ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΠΥΡΗΝΙΚΗ ΦΥΣΙΚΗ & ΤΑ ΣΤΟΙΧΕΙΩΔΗ ΣΩΜΑΤΙΑ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΠΥΡΗΝΙΚΗ ΦΥΣΙΚΗ & ΤΑ ΣΤΟΙΧΕΙΩΔΗ ΣΩΜΑΤΙΑ Ν. Γιόκαρης,, (Κ.Ν.( Παπανικόλας) & Ε. Στυλιάρης ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΑΘΗΝΩΝ,, 2016 Φλοιώδης Δομή των Πυρήνων Η σύζευξη Spin Τροχιάς (L S)( Διέγερση και Αποδιέγερση

Διαβάστε περισσότερα

Προσδιορισμός της Δομής Οργανικών Μορίων

Προσδιορισμός της Δομής Οργανικών Μορίων Προσδιορισμός της Δομής Οργανικών Μορίων Φασματοσκοπία - Φασματοσκοπικές τεχνικές ανάλυσης Πέτρος Ταραντίλης Αναπληρωτής Καθηγητής Φασματοσκοπικές τεχνικές. Υπεριώδους-ορατού (Ultraviolet-Visible UV-Vis)

Διαβάστε περισσότερα

Σταθερά προστασίας. , αυτά προστατεύουν (αντίθετη κατεύθυνση ως προς το Β 0

Σταθερά προστασίας. , αυτά προστατεύουν (αντίθετη κατεύθυνση ως προς το Β 0 Σταθερά προστασίας Όπως αναφέραµε προηγουµένως, η χηµική µετατόπιση διαφόρων πυρήνων σ ένα µόριο οφείλεται στο χηµικό περιβάλλον των πυρήνων, το οποίο δηµιουργεί τοπικά µαγνητικά πεδία. Ανάλογα µε τον

Διαβάστε περισσότερα

Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων

Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών

Διαβάστε περισσότερα

ΥΒΡΙΔΙΚΑ ΜΟΡΙΑ ΚΙΝΟΛΙΝΟΝΩΝ-ΦΑΙΝΟΛΙΚΩΝ ΟΞΕΩΝ ΜΕ ΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΗ ΑΝΤΙΟΞΕΙΔΩΤΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΤΙΦΛΕΓΜΟΝΩΔΗ ΔΡΑΣΗ

ΥΒΡΙΔΙΚΑ ΜΟΡΙΑ ΚΙΝΟΛΙΝΟΝΩΝ-ΦΑΙΝΟΛΙΚΩΝ ΟΞΕΩΝ ΜΕ ΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΗ ΑΝΤΙΟΞΕΙΔΩΤΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΤΙΦΛΕΓΜΟΝΩΔΗ ΔΡΑΣΗ ΥΒΡΙΔΙΚΑ ΜΟΡΙΑ ΚΙΝΟΛΙΝΟΝΩΝ-ΦΑΙΝΟΛΙΚΩΝ ΟΞΕΩΝ ΜΕ ΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΗ ΑΝΤΙΟΞΕΙΔΩΤΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΤΙΦΛΕΓΜΟΝΩΔΗ ΔΡΑΣΗ Π. Γενναίου, Μ. Ρουσσάκη, Α. Δέτση Εργαστήριο Οργανικής Χημείας, Σχολή Χημικών Μηχανικών, Ε.Μ.Π., Ηρώων

Διαβάστε περισσότερα

Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες

Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Νίκος Απ. Παπανδρέου Τ.Ε.Ι. Πειραιά Φεβρουάριος 2010 Ένα ελικοϊδές μονοπάτι Χημική δομή μίας πρωτεΐνης Μήκος αλυσίδας ~30 έως ~1000 αµινοξέα Συνολικός αριθµός ατόµων έως ~

Διαβάστε περισσότερα

ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής

ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής Θέματα Διάλεξης Δομή, αριθμός και διαχωρισμός των αμινοξέων Ένωση αμινοξέων με τον πεπτιδικό δεσμό για τη δημιουργία πρωτεΐνης Λειτουργίες των πρωτεϊνών

Διαβάστε περισσότερα

Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών Μοριακή Αναγνώριση Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών 1 Μοριακή Αναγνώριση Με τον όρο μοριακή αναγνώριση περιγράφουμε την αλληλεπίδραση μεταξύ δύο

Διαβάστε περισσότερα

Δx

Δx Ποια είναι η ελάχιστη αβεβαιότητα της ταχύτητας ενός φορτηγού μάζας 2 τόνων που περιμένει σε ένα κόκκινο φανάρι (η η μέγιστη δυνατή ταχύτητά του) όταν η θέση του μετράται με αβεβαιότητα 1 x 10-10 m. Δx

Διαβάστε περισσότερα

Διδάσκων: Καθηγητής Εμμανουήλ Μ. Παπαμιχαήλ

Διδάσκων: Καθηγητής Εμμανουήλ Μ. Παπαμιχαήλ Τίτλος Μαθήματος: Ενζυμολογία Ενότητα: Εισαγωγή Διδάσκων: Καθηγητής Εμμανουήλ Μ. Παπαμιχαήλ Τμήμα: Χημείας 8 1. EIΣAΓΩΓH Tα ένζυμα είναι οι καταλύτες της ζώσης ύλης. Καταλύουν τις χημικές αντιδράσεις,

Διαβάστε περισσότερα

Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων

Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Τα βιομόρια ως φυσικά συστήματα πρωτεΐνες, DNA, πεπτίδια, μικρά μόρια (ligands, φάρμακα) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ατόμων + επίδραση του περιβάλλοντος νερού σταθεροποίηση

Διαβάστε περισσότερα

Χαρακτηρισμός υλικών με ιόντα

Χαρακτηρισμός υλικών με ιόντα Χαρακτηρισμός υλικών με ιόντα 1. Secondary ion mass spectroscopy (SIMS) Φασματοσκοπία μάζας δευτερογενών ιόντων. Rutherford backscattering (RBS) Φασματοσκοπία οπισθοσκέδασης κατά Rutherford Secondary ion

Διαβάστε περισσότερα

Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7

Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες

Διαβάστε περισσότερα

πρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια

πρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια πρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια Περιγραφή μαθήματος Επανάληψη σημαντικών εννοιών από την Οργανική Χημεία Χημική σύσταση των κυττάρων Μονοσακχαρίτες Αμινοξέα Νουκλεοτίδια

Διαβάστε περισσότερα

Μάθημα 20 ο. Το σχήμα των μορίων

Μάθημα 20 ο. Το σχήμα των μορίων Μάθημα 20 ο Το σχήμα των μορίων Tα μόρια Μπορεί να είναι μη πολικά έστω και άν οι δεσμοί μεταξύ των ατόμων τους είναι πολωμένοι Δεν είναι επίπεδα (έχουν τρισδιάστατη διάταξη στο χώρο) Γενική και Ανόργανη

Διαβάστε περισσότερα

BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 8: ΕΝΖΥΜΑ: ΒΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΚΑΙ ΚΙΝΗΤΙΚΗ

BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 8: ΕΝΖΥΜΑ: ΒΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΚΑΙ ΚΙΝΗΤΙΚΗ BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 8: ΕΝΖΥΜΑ: ΒΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΚΑΙ ΚΙΝΗΤΙΚΗ Η ΕΝΝΟΙΑ ΤΗΣ ΚΑΤΑΛΥΣΗΣ ΣΤΗΝ ΧΗΜΕΙΑ ΚΑΙ ΤΗΝ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παράδειγμα: η αναγωγή του αζώτου σε αμμωνία Ν 2 + 3Η

Διαβάστε περισσότερα

Νέα Οπτικά Μικροσκόπια

Νέα Οπτικά Μικροσκόπια Νέα Οπτικά Μικροσκόπια Αντίθεση εικόνας (contrast) Αντίθεση πλάτους Αντίθεση φάσης Αντίθεση εικόνας =100 x (Ι υποβ -Ι δειγμα )/ Ι υποβ Μικροσκοπία φθορισμού (Χρησιμοποιεί φθορίζουσες χρωστικές για το

Διαβάστε περισσότερα

ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ, ΣΥΝΘΕΣΗ ΚΑΙ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΣ ΔΟΜΗΣ ΝΕΩΝ ΧΑΛΚΟΝΩΝ ΚΑΙ ΩΡΟΝΩΝ ΩΣ ΑΝΑΣΤΟΛΕΩΝ ΤΟΥ ΕΝΖΥΜΟΥ ΤΥΡΟΣΙΝΑΣΗ

ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ, ΣΥΝΘΕΣΗ ΚΑΙ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΣ ΔΟΜΗΣ ΝΕΩΝ ΧΑΛΚΟΝΩΝ ΚΑΙ ΩΡΟΝΩΝ ΩΣ ΑΝΑΣΤΟΛΕΩΝ ΤΟΥ ΕΝΖΥΜΟΥ ΤΥΡΟΣΙΝΑΣΗ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΣ, ΣΥΝΘΕΣΗ ΚΑΙ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΣ ΔΟΜΗΣ ΝΕΩΝ ΧΑΛΚΟΝΩΝ ΚΑΙ ΩΡΟΝΩΝ ΩΣ ΑΝΑΣΤΟΛΕΩΝ ΤΟΥ ΕΝΖΥΜΟΥ ΤΥΡΟΣΙΝΑΣΗ Α. Ο. Χατζηβασιλείου, Μ. Ρουσσάκη, Α. Δέτση Σχολή Χημικών Μηχανικών, Ε.Μ.Π., Ηρώων Πολυτεχνείου

Διαβάστε περισσότερα

Βιοϋλικά. Ενότητα 5: Πρωτεΐνες, Κύτταρα, Ιστοί Αλληλεπίδραση με Βιοϋλικά. Ελευθέριος Αμανατίδης Πολυτεχνική Σχολή Τμήμα Χημικών Μηχανικών

Βιοϋλικά. Ενότητα 5: Πρωτεΐνες, Κύτταρα, Ιστοί Αλληλεπίδραση με Βιοϋλικά. Ελευθέριος Αμανατίδης Πολυτεχνική Σχολή Τμήμα Χημικών Μηχανικών Βιοϋλικά Ενότητα 5: Πρωτεΐνες, Κύτταρα, Ιστοί Αλληλεπίδραση με Βιοϋλικά Ελευθέριος Αμανατίδης Πολυτεχνική Σχολή Τμήμα Χημικών Μηχανικών Περιεχόμενα ενότητας Πρωτεΐνες Δομή και είδη Λειτουργίες πρωτεϊνών

Διαβάστε περισσότερα

Φασματομετρία μαζών. Αρχή Οργανολογία Τεχνικές Ομολυτική ετερολυτική σχάση Εφαρμογές GC/MS, LC/MS ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΩΝ ΟΡΙΣΜΟΙ

Φασματομετρία μαζών. Αρχή Οργανολογία Τεχνικές Ομολυτική ετερολυτική σχάση Εφαρμογές GC/MS, LC/MS ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΩΝ ΟΡΙΣΜΟΙ Φασματομετρία μαζών Αρχή Οργανολογία Τεχνικές Ομολυτική ετερολυτική σχάση Εφαρμογές GC/MS, LC/MS ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΩΝ ΟΡΙΣΜΟΙ 2 Εφαρμογές 1) Επαλήθευση ή διερεύνηση οργανικών ενώσεων κατά τη συνθετική τους

Διαβάστε περισσότερα

ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ

ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΕΝΟΤΗΤΑ: ΕΝΖΥΜΑ ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ: ΠΑΤΗΡ ΑΝΑΣΤΑΣΙΟΣ ΙΣΑΑΚ 1. Να εξηγήσετε γιατί πολλές βιταμίνες, παρά τη μικρή συγκέντρωσή τους στον οργανισμό, είναι πολύ σημαντικές για

Διαβάστε περισσότερα

1 Απο την πρωτεΐνη στο πρωτεινωµα στις µοριακες µηχανες. Τασος Οικονόµου

1 Απο την πρωτεΐνη στο πρωτεινωµα στις µοριακες µηχανες. Τασος Οικονόµου 1 Απο την πρωτεΐνη στο πρωτεινωµα στις µοριακες µηχανες Τασος Οικονόµου Τι θα πούµε 1. Βασική πρωτεινική Βιοχηµεία 2. Πρωτεινες στο κυτταρικό περιβάλλον 3. Απο τις µεµονωµένες πρωτείνες στο πρωτεινωµικό

Διαβάστε περισσότερα

Σημαντική Ανακοίνωση: 1η Ημερίδα Παρουσίασης Μονάδας Φαρμακο-Πληροφορικής

Σημαντική Ανακοίνωση: 1η Ημερίδα Παρουσίασης Μονάδας Φαρμακο-Πληροφορικής Σημαντική Ανακοίνωση: 1η Ημερίδα Παρουσίασης Μονάδας Φαρμακο-Πληροφορικής Η Μονάδα καλύπτει όλο το υπολογιστικό έργο που απαιτείται κατά τα στάδια της ανακάλυψης-ανάπτυξης και της εφαρμογής των φαρμάκων

Διαβάστε περισσότερα

Σύζευξη µακράς εµβέλειας

Σύζευξη µακράς εµβέλειας Σύζευξη µακράς εµβέλειας Ως σύζευξη µακράς εµβέλειας θεωρούµε τη σύζευξη µεταξύ πυρήνων (σπιν), οι οποίοι βρίσκονται σε απόσταση τεσσάρων ή περισσότερων δεσµών. n J (n 4) Επειδή η αλληλεπίδραση των σπιν

Διαβάστε περισσότερα

ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ

ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2015-2016 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1)Πώς το φαινόμενο Bohr επηρεάζει την πρόσδεση οξυγόνου στην αιμοσφαιρίνη; Που συνδέονται τα ιόντα

Διαβάστε περισσότερα

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Χημεία Βιοχημεία Τεχνολογικής Κατεύθυνσης. Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Χημεία Βιοχημεία Τεχνολογικής Κατεύθυνσης. Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014 Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων Εξεταζόμενο Μάθημα: Χημεία Βιοχημεία Τεχνολογικής Κατεύθυνσης Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014 Απαντήσεις Θεμάτων ΘΕΜΑ Α Α1. γ Α2. δ Α3. α. Σ β. Λ γ. Λ 𝐻! 𝚨𝟒. 𝛂)

Διαβάστε περισσότερα

Κυκλικός διχρωισµός, Circular Dichroism (CD)

Κυκλικός διχρωισµός, Circular Dichroism (CD) Κυκλικός διχρωισµός, Circular Dichroism (CD) Κυκλικός διχρωισµός Προβλήµατα που µπορούν να διερευνηθούν µε CD: Στοιχεία δευτεροταγούς δοµής. Αλλαγές στη διαµόρφωση πρωτεϊνών που οφείλονται σε µεταβολές

Διαβάστε περισσότερα

Διάλεξη 2: Πυρηνική Σταθερότητα, σπιν & μαγνητική ροπή

Διάλεξη 2: Πυρηνική Σταθερότητα, σπιν & μαγνητική ροπή Διάλεξη 2: Πυρηνική Σταθερότητα, σπιν & μαγνητική ροπή Πυρηνική Σταθερότητα Ο πυρήνας αποτελείται από πρωτόνια και νετρόνια τα οποία βρίσκονται συγκεντρωμένα σε έναν πάρα πολύ μικρό χώρο. Εύκολα καταλαβαίνουμε

Διαβάστε περισσότερα

Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών Σχεδιασμός Φαρμάκων Ηλίας Ηλιόπουλος Εργαστήριο Γενετικής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών 1 Εισαγωγή Η σύνθεση ουσιών με θεραπευτικές ιδιότητες είναι μία διαδικασία με προϊστορία πολλών

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΑΚΤΙΝΩΝ Χ

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΑΚΤΙΝΩΝ Χ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΑΚΤΙΝΩΝ Χ Ορισµός ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΑΚΤΙΝΩΝ Χ - Οι ακτίνες Χ είναι ηλεκτροµαγνητική ακτινοβολία µικρού µήκους κύµατος (10-5 - 100 Å) - Συνήθως χρησιµοποιούνται ακτίνες Χ µε µήκος κύµατος 0.1-25

Διαβάστε περισσότερα

Εθνικόν και Καποδιστριακόν Πανεπιστήμιον Αθηνών ΤΜΗΜΑ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας. Ιωάννης Ντότσικας. Επικ.

Εθνικόν και Καποδιστριακόν Πανεπιστήμιον Αθηνών ΤΜΗΜΑ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας. Ιωάννης Ντότσικας. Επικ. Εθνικόν και Καποδιστριακόν Πανεπιστήμιον Αθηνών ΤΜΗΜΑ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας Ιωάννης Ντότσικας Επικ. Καθηγητής 1 Οι κυκλοδεξτρίνες (Cyclodextrins, CDs) είναι κυκλικοί ολιγοσακχαρίτες

Διαβάστε περισσότερα

Κεφάλαια 8 ο Ένζυμα και κατάλυση

Κεφάλαια 8 ο Ένζυμα και κατάλυση Κεφάλαια 8 ο Ένζυμα και κατάλυση Τα ένζυμα είναι βιομόρια που μεσολαβούν στους χημικούς μετασχηματισμούς και στη μετατροπή της ενέργειας Κύρια χαρακτηριστικά τους η ισχύς και η εξειδίκευση Πλέον θα τα

Διαβάστε περισσότερα

ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΤΗΣ ΔΟΜΗΣ. Φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού, NMR

ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΤΗΣ ΔΟΜΗΣ. Φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού, NMR ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΤΗΣ ΔΟΜΗΣ Φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού, NMR Πολλά είδη πυρήνων συμπεριφέρονται σαν μικροσκοπικοί μαγνήτες και κατά συνέπεια αλληλεπιδρούνμεένα λ εξωτερικό μαγνητικό πεδίο

Διαβάστε περισσότερα

Πανεπιστήμιο Ιωαωίυων Σχολή Θετικών Επιστημών Τμήμα Χημείας

Πανεπιστήμιο Ιωαωίυων Σχολή Θετικών Επιστημών Τμήμα Χημείας '~ Πανεπιστήμιο Ιωαωίυων Σχολή Θετικών Επιστημών Τμήμα Χημείας ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΑΣΗ ΤΩΝ ΙΟΝΤΩΝ ΝΙ(ΙΙ) ΚΑΙ Cu(ΙΙ) ΜΕ ΙΙΕΙΙΤΙΔΙΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ ΤΗΣ ΙΣΤΟΝΗΣ Η2Β Μελέτη των Μηχανισμών Τοξικότητας κατ Καρκτνογενεσης που

Διαβάστε περισσότερα

Ε. Μαλαμίδου Ξενικάκη

Ε. Μαλαμίδου Ξενικάκη Ε. Μαλαμίδου Ξενικάκη Θεσσαλονίκη 2012 Προσδιορισμός της δομής με φασματοσκοπία NMR Το περιστρεφόμενο πρωτόνιο δημιουργεί μαγνητικό πεδίο Χωρίς εξωτερικό μαγνητικό πεδίο: τυχαίος προσανατολισμός Σε εξωτερικό

Διαβάστε περισσότερα

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΑΝΟΡΓΑΝΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΜΕΝΕΛΑΟΥ ΜΕΛΙΤΑ. Διπλωματούχου Χημικού Μηχανικού

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΑΝΟΡΓΑΝΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΜΕΝΕΛΑΟΥ ΜΕΛΙΤΑ. Διπλωματούχου Χημικού Μηχανικού ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΑΝΟΡΓΑΝΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΜΕΝΕΛΑΟΥ ΜΕΛΙΤΑ Διπλωματούχου Χημικού Μηχανικού Μελέτη της δομικής ειδογένεσης και των φθορισμομετρικών ιδιοτήτων

Διαβάστε περισσότερα

H φασματοσκοπία μάζας: αναλυτική τεχνική αναγνώρισης αγνώστων ενώσεων, ποσοτικοποίησης γνωστών και διευκρίνισης της δομής.

H φασματοσκοπία μάζας: αναλυτική τεχνική αναγνώρισης αγνώστων ενώσεων, ποσοτικοποίησης γνωστών και διευκρίνισης της δομής. ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΑΣ (mass spectrometry) H φασματοσκοπία μάζας: αναλυτική τεχνική αναγνώρισης αγνώστων ενώσεων, ποσοτικοποίησης γνωστών και διευκρίνισης της δομής. Βασίζεται στην αρχή ότι τα κινούμενα ιόντα

Διαβάστε περισσότερα

Σχεδιασµός Φαρµάκων µε τη βοήθεια Ηλεκτρονικού Υπολογιστή

Σχεδιασµός Φαρµάκων µε τη βοήθεια Ηλεκτρονικού Υπολογιστή Σχεδιασµός Φαρµάκων µε τη βοήθεια Ηλεκτρονικού Υπολογιστή Ο σχεδιασµός φαρµακευτικών ουσιών µε τη βοήθεια ηλεκτρονικού υπολογιστή αποτελεί µια από τις βασικές µεθόδους ανακάλυψης νέων φαρµακοφόρων ουσιών.

Διαβάστε περισσότερα

ΤΣΟΛΕΡΙ ΗΣΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ. Γιαπερισσότερηύλησχετικάµετη φασµατοσκοπία NMR στον ιστότοπο

ΤΣΟΛΕΡΙ ΗΣΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ. Γιαπερισσότερηύλησχετικάµετη φασµατοσκοπία NMR στον ιστότοπο ΤΣΟΛΕΡΙ ΗΣΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ Γιαπερισσότερηύλησχετικάµετη φασµατοσκοπία NMR στον ιστότοπο tsolerid@chem.auth.gr 10-9 Πυρηνικός µαγνητικός συντονισµός άνθρακα-13 Το NMRτουάνθρακααξιοποιείέναισότοποµεµικρήφυσικήαφθονία:

Διαβάστε περισσότερα

Μεταβολικές ανάγκες ανοσοκυττάρων

Μεταβολικές ανάγκες ανοσοκυττάρων Μεταβολικές ανάγκες ανοσοκυττάρων Στέργιος Κατσιουγιάννης PhD Μεταδιδακτορικός συνεργάτης Χαροκόπειο Πανεπιστήµιο Τµήµα Επιστήµης ιαιτολογίας και ιατροφής Μεταβολισµός και Ανοσολογία Ιστορικά το καλύτερο

Διαβάστε περισσότερα

Οργανική Χημεία. Πέτρος Ταραντίλης Επίκουρος Καθηγητής Εργαστήριο Χημείας, Γενικό Τμήμα, Τηλ.: , Fax:

Οργανική Χημεία. Πέτρος Ταραντίλης Επίκουρος Καθηγητής Εργαστήριο Χημείας, Γενικό Τμήμα,   Τηλ.: , Fax: Πέτρος Ταραντίλης Επίκουρος Καθηγητής Εργαστήριο Χημείας, Γενικό Τμήμα, Ιερά Οδός 75, 118 55 Αθήνα, e-mail: ptara@aua.gr, Τηλ.: 210 529 4262, Fax: 210 529 4265 Θεωρία -Ύλη μαθήματος Ανθρακας-ταξινόμηση

Διαβάστε περισσότερα

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ (NMR) ΤΣΟΛΕΡΙΔΗΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ (NMR) ΤΣΟΛΕΡΙΔΗΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΠΥΡΗΝΙΚΟΥ ΜΑΓΝΗΤΙΚΟΥ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΥ (NMR) ΤΣΟΛΕΡΙΔΗΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ 1 ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΤΗΣ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑΣ NMR ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ - ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΕ NMR (IMAGING) 15.1 Πρόσφατες Εφαρμογές της Φασματοσκοπίας NMR

Διαβάστε περισσότερα

Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση

Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση Κεφάλαιο 6 Εισαγωγή στη Μοριακή Προσοµοίωση 6.1. Μοριακή Μηχανική 6.1.1. Εισαγωγή στη µεθοδολογία του «απ αρχής» διπλώµατος της πρωτείνης. Η ενέργεια κάθε µορίου µπορεί θεωρητικά να υπολογιστεί µε την

Διαβάστε περισσότερα

ΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) 4 ΙΟΥΝΙΟΥ 2014 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ÓÕÃ ÑÏÍÏ

ΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) 4 ΙΟΥΝΙΟΥ 2014 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ÓÕÃ ÑÏÍÏ Θέµα Α ΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) 4 ΙΟΥΝΙΟΥ 2014 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ Στις προτάσεις Α1 και Α2 να γράψετε στο τετράδιό σας τον αριθµό της πρότασης και, δίπλα,

Διαβάστε περισσότερα

Θέµατα ιάλεξης ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. ιαχωρισµός Αµινοξέων

Θέµατα ιάλεξης ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. ιαχωρισµός Αµινοξέων MANAGING AUTHORITY OF THE OPERATIONAL PROGRAMME EDUCATION AND INITIAL VOCATIONAL TRAINING ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ Θέµατα ιάλεξης οµή, αριθµός και διαχωρισµός των αµινοξέων Ένωση αµινοξέων µε τον πεπτιδικό δεσµό

Διαβάστε περισσότερα

Φαρμακολογία Τμήμα Ιατρικής Α.Π.Θ.

Φαρμακολογία Τμήμα Ιατρικής Α.Π.Θ. ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΧΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Α.Π.Θ. Ενότητα 3: Φαρμακοδυναμική Μαρία Μυρωνίδου-Τζουβελέκη Α.Π.Θ. Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης

Διαβάστε περισσότερα

Φυσικοί Νόμοι διέπουν Το Περιβάλλον

Φυσικοί Νόμοι διέπουν Το Περιβάλλον Φυσικοί Νόμοι διέπουν Το Περιβάλλον Απαρχές Σύμπαντος Ύλη - Ενέργεια E = mc 2 Θεμελιώδεις καταστάσεις ύλης Στερεά Υγρή Αέριος Χημικές μορφές ύλης Χημικά στοιχεία Χημικές ενώσεις Χημικά στοιχεία 92 στη

Διαβάστε περισσότερα

ΥΠΕΡΥΘΡΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ (IR)

ΥΠΕΡΥΘΡΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ (IR) ΥΠΕΡΥΘΡΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ (IR) ΥΠΕΡΥΘΡΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ (IR) Χαρακτηρίζεται ως φασματοσκοπική τεχνική μοριακής δόμησης (ή περιστροφής), καθώς η ακτινοβολία προκαλεί διέγερση των μορίων σε υψηλότερες στάθμες

Διαβάστε περισσότερα

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΣΧΕ ΙΑΣΜΟΥ ΕΘΝΙΚΟ Ι ΡΥΜΑ ΕΡΕΥΝΩΝ ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΟ ΟΡΓΑΝΙΚΗΣ & ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ 1 ο εργαστήριο (Α µέρος) Βασικές αρχές Μοριακής Μοντελοποίησης Μοριακά µοντέλα Συστήµατα

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία

Βιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία Βιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία Φραγκίσκος Κολίσης Καθηγητής Βιοτεχνολογίας, Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ, Διευθυντής Ινστιτούτου Βιολογικών Ερευνών και Βιοτεχνολογίας, EIE

Διαβάστε περισσότερα

Επίλυση γεωµετρικών περιορισµών σε µικρά µόρια µε αλγεβρικές µεθόδους

Επίλυση γεωµετρικών περιορισµών σε µικρά µόρια µε αλγεβρικές µεθόδους Επίλυση γεωµετρικών περιορισµών σε µικρά µόρια µε αλγεβρικές µεθόδους Επαµεινώνδας. Φριτζίλας Μ Ε Βιοπληροφορικής Τµήµα Βιολογίας ΕΚΠΑ 17 Φεβρουαρίου 2005 Τί σηµαίνει ο τίτλος ; γεωµετρικός περιορισµός:

Διαβάστε περισσότερα

ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΤΗ ΓΕΝΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ ΘΕΜΑΤΑ

ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΤΗ ΓΕΝΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ ΘΕΜΑΤΑ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΤΗ ΓΕΝΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ ΘΕΜΑΤΑ 1. Ο άργυρος εμφανίζεται στη φύση υπό τη μορφή δύο ισοτόπων τα οποία έχουν ατομικές μάζες 106,905 amu και 108,905 amu. (α) Γράψτε το σύμβολο για καθένα ισότοπο του αργύρου

Διαβάστε περισσότερα

BΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑ ΚΑΙ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΚΥΤΤΑΡΩΝ

BΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑ ΚΑΙ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΚΥΤΤΑΡΩΝ BΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑ ΚΑΙ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΚΥΤΤΑΡΩΝ 1. ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΚΥΤΤΑΡΩΝ 2. BΑΣΙΚΕΣ ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ Ι. ΑΤΟΜΑ ΚΑΙ ΜΟΡΙΑ ΙΙ. ΧΗΜΙΚΟΙ ΔΕΣΜΟΙ ΙΙΙ. ΜΑΚΡΟΜΟΡΙΑ ΣΤΑ ΚΥΤΤΑΡΑ

Διαβάστε περισσότερα

ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ Καταβολισμός Αναβολισμός

ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ Καταβολισμός Αναβολισμός Η Βιοενεργητική έχει ως αντικείμενο της τη μελέτη του τρόπου με τον οποίο οι οργανισμοί χρησιμοποιούν την ενέργεια, για να υλοποιούν τις δραστηριότητες της ζωής. ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ Το σύνολο των φυσικοχημικών

Διαβάστε περισσότερα

Δρ. Αικατερίνη Αργυροπούλου R&D Manager

Δρ. Αικατερίνη Αργυροπούλου R&D Manager Δρ. Αικατερίνη Αργυροπούλου R&D Manager Η PharmaGnose ιδρύθηκε το 2013 Είναι μία εταιρεία «τεχνοβλαστός» ή αλλιώς «spin off» του Πανεπιστημίου Αθηνών Η ενθάρρυνση της δημιουργίας και της ανάπτυξης νέων

Διαβάστε περισσότερα

και χρειάζεται μέσα στο ρύθμιση εναρμόνιση των διαφόρων ενζυμικών δραστηριοτήτων. ενζύμων κύτταρο τρόπους

και χρειάζεται μέσα στο ρύθμιση εναρμόνιση των διαφόρων ενζυμικών δραστηριοτήτων. ενζύμων κύτταρο τρόπους Για να εξασφαλιστεί η σωστή και αρμονική έκφραση των ενζύμων μέσα στο κύτταρο χρειάζεται ρύθμιση εναρμόνιση των διαφόρων ενζυμικών δραστηριοτήτων. και Η εναρμόνιση αυτή επιτυγχάνεται με διάφορους τρόπους

Διαβάστε περισσότερα

Ραδιοεπισηµασµένα Πεπτίδια στην Ογκολογία

Ραδιοεπισηµασµένα Πεπτίδια στην Ογκολογία Ραδιοεπισηµασµένα Πεπτίδια στην Ογκολογία Θεοδοσία Μάϊνα Berthold ock Εργαστήριο Ραδιοφαρµάκων Ινστιτούτο Ραδιοϊσοτόπων - Ραδιοδιαγνωστικών Προϊόντων, ΕΚΕΦΕ «ηµόκριτος», Αθήνα Στόχευση µε ραδιοπεπτίδια

Διαβάστε περισσότερα

ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ

ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2016-2017 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1) Δίνονται τα αμινοξέα σερίνη, αλανίνη, γλουταμικό, κυστεΐνη, λυσίνη, αργινίνη, διαχωρίστε τα

Διαβάστε περισσότερα

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΦΥΣΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΤΜΗΜΑΤΟΣ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΦΥΣΙΚΗΣ ΧΗΜΕΙΑΣ ΤΜΗΜΑΤΟΣ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΗΣ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΤΜΗΜΑ ΧΗΜΕΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΦΥΣΙΚΟΧΗΜΕΙΑΣ Γραφείο 211 Επίκουρος Καθηγητής: Δ. Τσιπλακίδης Τηλ.: 2310 997766 e mail: dtsiplak@chem.auth.gr url:

Διαβάστε περισσότερα

Λύσεις 3 ης Γραπτής Εργασίας (Φασματοσκοπία)

Λύσεις 3 ης Γραπτής Εργασίας (Φασματοσκοπία) Ακαδημαϊκό έτος 014-15 Θέμα 1. α) Υπολογίστε το μήκος κύματος, τον κυματάριθμο και την ενέργεια των εκπεμπόμενων κυμάτων ενός ραδιοφωνικού σταθμού που εκπέμπει στα 88.8 MHz στην μπάντα των FM. β) Συγκρίνετε

Διαβάστε περισσότερα

Spin του πυρήνα Μαγνητική διπολική ροπή Ηλεκτρική τετραπολική ροπή. Τάσος Λιόλιος Μάθημα Πυρηνικής Φυσικής

Spin του πυρήνα Μαγνητική διπολική ροπή Ηλεκτρική τετραπολική ροπή. Τάσος Λιόλιος Μάθημα Πυρηνικής Φυσικής Spin του πυρήνα Μαγνητική διπολική ροπή Ηλεκτρική τετραπολική ροπή Τάσος Λιόλιος Μάθημα Πυρηνικής Φυσικής Εξάρτηση του πυρηνικού δυναμικού από άλλους παράγοντες (πλην της απόστασης) Η συνάρτηση του δυναμικού

Διαβάστε περισσότερα

ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ

ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΣΧΟΛΗ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΩΝ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΩΝ ΚΑΙ ΦΥΣΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΟΥ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΡΟΕΣ ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ του Γεωργίου Π. Νίνη «Η Θεωρία Ομάδων και

Διαβάστε περισσότερα

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη

Διαβάστε περισσότερα