Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Blast

Μέγεθος: px
Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Blast"

Transcript

1 Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) & Blast

2 Στοίχιση κατά ζεύγη Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται για: Εντοπισµό µεταλλάξεων αναζήτηση οµόλογων γονιδίων/πρωτεϊνών σε βάσεις δεδοµένων

3 Στοίχιση κατά ζεύγη Τοποθετούνται οι αντίστοιχοι χαρακτήρες ο ένας κάτω από τον άλλο και µπορεί να γίνει χρήση κενών (gaps) Δύο χαρακτήρες µπορεί να είναι: Ίδιοι Παρόµοιοι (κοινές φυσικοχηµικές ιδιότητες, π.χ. Ισολευκίνη - βαλίνη) Διαφορετικοί

4 Λίγη εξέλιξη: οµολογία Οµόλογα γονίδια: κοινός εξελικτικός πρόγονος. Ορθόλογα γονίδια: προέρχονται από ειδογένεση. Ουσιαστικά, ένα γονίδιο α (µεταλλαγµένο) σε δύο διαφορετικούς οργανισµούς. Συχνά έχουν την ίδια λειτουργία Παράλογα γονίδια: προέρχονται από γονιδιακό διπλασιασµό. Ανήκουν στην ίδια οικογένεια Ξενόλογα γονίδια: από οριζόντια µεταφορά Παράδειγµα µε Πυρηνικούς υποδοχείς

5 Λίγη εξέλιξη: οµολογία (ιι)

6 Βασικότερα είδη µεταλλάξεων Μεταλλάξεις σηµείου (point mutations) Συνώνυµες (synonymous) Μη-συνώνυµες (non-synonymous) Αµινοξέα µε παρόµοιες φυσικοχηµικές ιδιότητες Αµινοξέα µε διαφορετικές φυσικοχηµικές ιδιότητες Κωδικόνια τερµατισµού

7 Μεταπτώσεις-µεταστροφές Μεταπτώσεις (Transitions) Δηµιουργούνται µε µεγαλύτερη συχνότητα Συνήθως οδηγούν σε συνώνυµες µεταλλάξεις Eίναι πιο συχνές στα SNPs

8 Κατηγοριοποίηση αµινοξέων

9 Βασικότερα είδη µεταλλάξεων Δοµικές Αναδιατάξεις Προσθήκες/απαλείψεις (insertions/deletions) Αναστροφές Διπλασιασµοί

10 Βασικότερα είδη µεταλλάξεων (ιι) Αναδιάταξη αυτόνοµων λειτουργικών περιοχών µιας πρωτεΐνης (domain rearrangements)

11 Όλες οι περιοχές µιας πρωτεΐνης δεν µεταλλάσονται µε τον ίδιο ρυθµό Αυτόνοµες λειτουργικές περιοχές (domains): πολύ συντηρηµένες Περιοχές ενδογενούς δοµικής αστάθειας (intrinsically disordered regions). Π.χ, ευέλικτες συνδετικές περιοχές (flexible linkers). Μεταβαλλόµενο µήκος και περιεκτικότητα αµινοξέων, µε παρόµοιες όµως φυσικοχηµικές ιδιότητες. Μεταλλάσονται γρήγορα. Το εξελικτικό σήµα µπορεί να χαθεί σύντοµα Συχνά δεν υπάρχει περιορισµός θέσης (π.χ φωσφορυλίωση)

12 Γλοβίνες πολύ συντηρηµένη τριτοταγής δοµή, λίγο συντηρηµένη πρωτοταγής δοµή (~10-20% οµοιότητα)

13 Είδη στοίχισης (ι) Ολική στοίχιση (global alignment) Προσπαθεί να στοιχίσει όσο το δυνατό περισσότερους χαρακτήρες σε ΟΛΟ το µήκος των δύο αλληλουχιών Για ακολουθίες που δεν έχουν αποκλείνει σε µεγάλο βαθµό και επίσης έχουν παρόµοιο µέγεθος Κλασσική µέθοδος: Needleman-Wunsch. Βασίζεται στον δυναµικό προγραµµατισµό

14 Eίδη στοίχισης (ιι) Τοπική στοίχιση (local alignment) Νησίδες στοίχισης. Για ακολουθίες που έχουν αποκλείνει αρκετά και έχουν αποµείνει συντηρηµένες µόνο κάποιες περιοχές (domains) Για αντιστοίχιση mrna µε γενωµικό DNA Κλασσικές µέθοδοι: Smith-Waterman (δυναµικός προγραµµατισµός) Blast (ευρετικές µέθοδοι-heuristics)

15 Eίδη στοίχισης (ιιι)

16 Δυναµικός προγραµµατισµός Δίνει την βέλτιστη στοίχιση (Μαθηµατικά αποδεδειγµένο). Και για ολικές και για τοπικές στοιχίσεις. Η στοίχιση εξαρτάται από το βαθµολογικό σύστηµα που εφαρµόζεται.

17 Δυναµικός προγραµµατισµός Το βαθµολογικό σύστηµα

18 Δυναµικός προγραµµατισµός Το βαθµολογικό σύστηµα πρέπει: Να δίνει βαθµούς για κάθε θέση που οι χαρακτήρες ταιριάζουν απόλυτα Να δίνει βαθµούς (λιγότερους) για κάθε θέση που οι χαρακτήρες έχουν παρόµοιες ιδιότητες Να µην δίνει βαθµούς για µια θέση που οι χαρακτήρες είναι τελείως διαφορετικοί Να βάζει ποινή για κάθε κενό που εισάγεται Να βάζει ποινή (µικρότερη) για κάθε κενό που επεκτείνεται

19 Δυναµικός προγραµµατισµός Ενδείκνυται για τοπική στοίχιση µακροµόρια διαφορετικού µεγέθους Συντηρηµένη µόνο µια µικρή περιοχή Στοίχιση ώριµου mrna µε το γονίδιό του 2 γονίδια µε συντηρηµένα εξόνια αλλά αποκλείνοντα ιντρόνια Αλγόριθµος Smith-Waterman (1981)

20 Δυναµικός προγραµµατισµός τοπική στοίχιση Αλγόριθµος παρόµοιος µε ολική στοίχιση Διαφορές: Οι ασυµφωνίες δίνουν αρνητική βαθµολογία. Όταν µια τιµή του πίνακα βγαίνει αρνητική, µηδενίζεται.

21 Πίνακες αντικατάστασης Στο παράδειγµα, όλες οι συµφωνίες/ασυµφωνίες είχαν το ίδιο σκορ. Στην πράξη, πιο περίπλοκα συστήµατα βαθµολόγισης. Μια ασυµφωνία µεταξύ δύο πουρινών δεν είναι το ίδιο µε µια ασυµφωνία µεταξύ πουρίνης-πυριµιδίνης. Διαφορετικές συχνότητες µεταλλάξεων. Το ίδιο και για τις πρωτεΐνες. Χρειαζόµαστε πίνακες που βασίζονται σε συγκεκριµµένα εξελικτικά µοντέλα και λαµβάνουν υπόψην την συχνότητα του κάθε χαρακτήρα

22 Πίνακες αντικατάστασης Για πρωτεΐνες: Για αµινοξέα µε παρόµοιες φυσικοχηµικές ιδιότητες, µεγαλύτερη πιθανότητα αντικατάστασης (συντηρητικές αντικαταστάσεις). Πίνακες PAM Πίνακες BLOSUM

23 Συχνότητα αµινοξέων από Swissprot

24 Πίνακες PAM Dayhoff et al., 1978 PAM -> Percent Accepted Mutations Βασίστηκε σε 1572 αποδεκτές αντικαταστάσεις από 71 groups εξελικτικά κοντινών οµόλογων ακολουθιών. 1 PAM -> µονάδα εξελικτικής απόκλισης, όπου 1% των αµινοξέων έχει αλλάξει. Ανοµοιογενής ρυθµός εξέλιξης για τις οικογένειες πρωτεϊνών. Άρα, 1 PAM σηµαίνει διαφορετικό χρόνο εξέλιξης για την κάθε οικογένεια. Για 250 µονάδες PAM, θα υπάρχει απόκλιση 100% µεταξύ δύο οµόλογων ακολουθιών;

25 Πίνακες PAM (ii) Όχι. Απόκλιση ~80%. Μερικές θέσεις µπορεί να έχουν υποστεί περισσότερες από µία αντικαταστάσεις, ή ακόµα και να έχουν επανέλθει στο αρχικό αµινοξύ! Το κάθε αµινοξύ θα έχει αποκλίνει σε διαφορετικό βαθµό. Π.χ. αµετάβλητες θα παραµείνουν 55% Trp, 6% Asn.

26 Πίνακες PAM (iii) Θετική τιµή στον πίνακα, µεταξύ δύο αµινοξέων -> πιο πιθανό να συναντήσουµε αυτό το ζεύγος σε µια στοίχιση µεταξύ οµόλογων ακολουθιών Αρνητική τιµή στον πίνακα, µεταξύ δύο αµινοξέων -> πιο απίθανο να συναντήσουµε αυτό το ζεύγος σε µια στοίχιση µεταξύ οµόλογων ακολουθιών Αµινοξέα µε παρόµοιες ιδιότητες έχουν θετικές τιµές log-odds

27 Πίνακες PAM (iv) Στις στοιχίσεις χρησιµοποιήθηκαν ακολουθίες που είχαν αποκλείνει πολύ λίγο µεταξύ τους (απόσταση 1 PAM). Αναγωγή σε απόσταση 250 PAM (Πίνακας PAM250). Πολλαπλασιάστηκε ο PAM1 Χ 250 φορές µε τον εαυτό του Σειρά πινάκων. Εµπειρικά προτάθηκε για γενική χρήση ο PAM250 Όσο µεγαλώνει το νούµερο, µεγαλώνει και η εξελικτική απόσταση. Για στοίχιση ακολουθιών µε µικρή εξελικτική απόσταση, χρησιµοποιούµε πίνακες PAM µε µικρά νούµερα. Οι πίνακες PAM δηµιουργήθηκαν από ακολουθίες µε µικρή εξελικτική απόσταση και εποµένως είναι προτιµότερο να χρησιµοποιούνται για στοίχιση κοντινών ακολουθιών

28 Πίνακες PAM (iv) Εγγενείς ατέλειες: Δεν λαµβάνεται υπόψην ο διαφορετικός βαθµός συντήρησης των περιοχών µιας πρωτεΐνης. Κάθε αντικατάσταση θεωρείται: ανεξάρτητη από προηγούµενες αντικαταστάσεις στην ίδια θέση. Ανεξάρτητη από τα γειτονικά αµινοξέα

29 Πίνακες BLOSUM BLOcks SUbstitution Matrix Henikoff & Henikoff, Χρησιµοποίησαν τοπικές πολλαπλές στοιχίσεις από συντηρηµένες περιοχές εξελικτικά αποµακρυσµένων ακολουθιών (Β.Δ BLOCKS). Και εδώ σειρά πινάκων µε διαφορετικά νούµερα. BLOSUM62 : Ακολουθίες µε οµοιότητα 62% και παραπάνω οµαδοποιούνται. Δεν κάνουν αναγωγές στην εξελικτική απόσταση σε αντίθεση µε τις PAM.

30 Βασικές διαφορές µεταξύ PAM-BLOSUM Ο κάθε πίνακας BLOSUM δηµιουργείται από πραγµατικά δεδοµένα και όχι από αναγωγή ενός αρχικού πίνακα. Οι PAM δηµιουργήθηκαν από ολική στοίχιση, ενώ οι BLOSUM από τοπική στοίχιση καλά συντηρηµένων περιοχών.

31 Βαθµολόγιση Κενών Γραµµική ποινή για τα κενά (affine gap penalty) Μια πολύ υψηλή τιµή για την εισαγωγή ενός κενού και χαµηλότερη τιµή για την επέκταση του κενού Επιλογή παραµέτρων εµπειρική! Θεωρείται σπάνιο γεγονός η εισαγωγή κενού, όταν όµως συµβαίνει, η επεκτασή του δεν είναι τόσο σπάνια Π.χ. Για BLOSUM62: εισαγωγή κενού -> Ποινή Επέκταση κενού -> ποινή 1-2

32 Βαθµολόγιση µιας στοίχισης µε πίνακα αντικατάστασης και affine gap penalty

33 Στατιστική σηµαντικότητα µιας στοίχισης κατά ζεύγη Περισσότερες πληροφορίες στο: Στατιστική σηµαντικότητα µιας στοίχισης σηµαίνει ότι οι δύο ακολουθίες είναι οµόλογες (κοινή εξελικτική προέλευση)

34 Στατιστική σηµαντικότητα ολικής στοίχισης (i) Δεν µπορούµε να γνωρίζουµε την κατανοµή τυχαίων τιµών µιας ολικής στοίχισης τυχαία επιλεγµένων (µη οµόλογων) ακολουθιών. Για κάθε στοίχιση, µπορούµε να πάρουµε την µια ακολουθία και να την ανακατέψουµε πολλές φορές (προσοµοίωση). Έτσι διατηρείται η συχνότητα των αµινοξέων στην ακολουθία. Για το κάθε ανακάτεµα, υπολογίζουµε τη βαθµολογία της στοίχισης του τυχαίου ζεύγους. Θα ήταν λάθος να υποθέσουµε ότι η υπολογισµένη µε προσοµοιώσεις κατανοµή τυχαίων τιµών είναι κανονική. Ζ-score δεν µπορεί να µετατραπεί σε P-value

35 Στατιστική σηµαντικότητα ολικής στοίχισης (ii) Αν πραγµατοποιηθεί το ανακάτεµα 100 φορές και η µέγιστη βαθµολογία στοίχισης δεν υπερβαίνει την βαθµολογία που παρατηρήσαµε για την στοίχιση των 2 πραγµατικών ακολουθιών, τότε η στοίχιση είναι στατιστικά σηµαντική σε επίπεδο P-value < 0.01 Μεγάλο υπολογιστικό κόστος Χρησιµοποιείται για ολικές στοιχίσεις,εντούτοις δεν ενδείκνυται η ολική στοίχιση για να αποφασίσουµε αν δύο ακολουθίες είναι οµόλογες

36 Στατιστική σηµαντικότητα τοπικής στοίχισης (i) Για τοπικές στοιχίσεις χωρίς κενά: αναλυτική µαθηµατική θεωρία κατανοµής τυχαίων βαθµολογιών. Κατανοµή ακραίων τιµών (Extreme value distribution - Gumbel). Γιατί όχι κανονική κατανοµή; Γιατί σε µια οµοπαράθεση δύο ακολουθιών χρησιµοποιούµε µόνο την βέλτιστη από όλες τις δυνατές στοιχίσεις

37 Στατιστική σηµαντικότητα τοπικής στοίχισης (iii) Για µια δεδοµένη τοπική στοίχιση (χωρίς κενά) δύο ακολουθιών µε score S, πόσες τυχαίες στοιχίσεις θα µπορούσαν να δώσουν το ίδιο score; E = Kmne -λs (E-value) m,n µήκη των ακολουθιών S score στοίχισης Κ, λ εξαρτώνται από τη συχνότητα νουκλεοτιδίων/αµινοξέων και το σύστηµα βαθµολόγισης. Τι σηµαίνει για µια στοίχιση, E-value = 1; Συνήθως η σηµαντικότητα ορίζεται: E-value < 10e-4

38 Στατιστική σηµαντικότητα τοπικής στοίχισης (iv) Το raw score µιας τοπικής στοίχισης εξαρτάται από το βαθµολογικό σύστηµα που χρησιµοποιήθηκε. Χρειάζεται να κανονικοποιηθεί (normalization). Είναι σαν να µιλάµε για απόσταση χωρίς να διευκρινίζουµε αν είναι σε µέτρα ή πόδια. Bit score S είναι το κανονικοποιηµένο raw score. To E-value για το κανονικοποιηµένο score (bit score)

39 Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες ακολουθίες στην βάση δεδοµένων (subject sequences). 1 ακολουθία Χ Β.Δ Ν ακολουθίες Χ Β.Δ Αναζήτηση µε δυναµικό προγραµµατισµό: Smith-Waterman, SSearch Ευρετικοί αλγόριθµοι για ανίχνευση οµόλογων ακολουθιών. FASTA BLAST 50 φορές γρηγορότεροι από δυναµικό προγραµµατισµό, αλλά ενδέχεται να µην εντοπίσουν κάποιες αποµακρυσµένες οµόλογες ακολουθίες.

40 Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (ii) Για κάθε στοίχιση µιας ακολουθίας Α µε ακολουθίες από την Β.Δ., υπολογίζεται µια βαθµολογία S και κανονικοποιείται (bit score). Για µια αναζήτηση σε Β.Δ. γίνονται πολλές στοιχίσεις. Αυτό πρέπει να ληφθεί υπόψην στον υπολογισµό της στατιστικής σηµαντικότητας (multiple testing correction). Διορθωµένο E-value = E-value X N (N=αριθµός ακολουθιών στην Β.Δ.) Υπάρχουν παραλλαγές του τρόπου υπολογισµού της στατιστικής σηµαντικότητας, για το κάθε πρόγραµµα. Διαφορετικός υπολογισµός µεταξύ FASTA - BLAST.

41 Αλγόριθµος BLAST words: λέξεις µήκους W που δεν απαιτείται να ταιριάζουν απόλυτα µεταξύ των πρωτεϊνικών ακολουθιών πρέπει να ταιριάζουν απόλυτα µεταξύ των νουκλεοτιδικών ακολουθιών. Πρωτεΐνες: w=3 Νουκλεϊκά οξέα: w=11 E-value Default: 10 (για να µη χαθούν οµόλογες ακολουθίες) Συνήθως E-value < 1e-3 (για να αποµείνουν οµόλογες ακολουθίες υψηλής εµπιστοσύνης)

42 PQG 20 X 20 X 20 = words PQG X words PQG X PEG = =15 Όριο τιµής Τ Αλγόριθµος BLAST

43 Αλγόριθµος BLAST

44 Περιοχές χαµηλής πολυπλοκότητας Low complexity regions Επαναλήψεις: poly-a tails Poly-proline tracts Tandem repeats: KTPKTPKTPKTPKTP Interspersed repeats: KTPAKTPKTPKTP (i) Προκύπτουν από λάθη: Στην µιτωτική αντιγραφή (mitotic replication slippage) Στον µειωτικό ανασυνδυασµό

45 Περιοχές χαµηλής πολυπλοκότητας (ii) 2 µη οµόλογες ακολουθίες. Μεταλλάξεις στην ακολουθία 1. Μεταλλάξεις στην ακολουθία 2. Αν δεν φιλτραριστούν οι περιοχές χαµηλής πολυπλοκότητας: Η στοίχιση θα δείξει οµολογία

46 Φιλτράρισµα περιοχών χαµηλής πολυπλοκότητας Φιλτράρισµα (masking) Και για BLAST και για FASTA. Φιλτράρεται η ακολουθία επερώτησης µόνο. Χ για πρωτεΐνες και Ν για νουκλεϊκά οξέα Άλλες ακολουθίες που φιλτράρονται: Επαναλήψεις Alu Φορείς κλωνοποίησης Φίλτρα του Blast: Dust: νουκλεοτίδια Seg: πρωτεΐνες

47 Blast Blast

48 Blastn / MegaBlast Blastn Νουκλεοτίδια Χ νουκλεοτίδια Για στοίχιση trna, rrna, mrna, γενωµικό DNA MegaBlast 10Χ ταχύτερο από Blastn Για στοίχιση ακολουθιών που διαφέρουν πολύ λίγο µεταξύ τους Κυρίως για στοίχιση mrna µε ολόκληρο το γενωµικό DNA

49 Blastn Παράδειγµα: Έλεγχος εξειδίκευσης ζεύγους εκκινητών (primers)

50 Blastn Παράδειγµα: Eντοπισµός SNPs σε ακολουθίες του ιού HIV-1 για ανθεκτικότητα σε φάρµακα

51 Blastp Πρωτεΐνη Χ πρωτεΐνες Παράδειγµα: Πρόβλεψη λειτουργίας µιας άγνωστης πρωτεΐνης. Εντοπισµός ορθόλογης πρωτεΐνης σε άλλα είδη. Εντοπισµός όλων των µελών της πρωτεϊνικής οικογένειας στο ίδιο ή σε άλλα είδη

52 Translated Blast Η νουκλεοτιδική ακολουθία ενός γονιδίου εµφανίζεται λιγότερο συντηρηµένη από την αµινοξική ακολουθία της πρωτεΐνης του. Πιο ευαίσθητες µέθοδοι από Blastn για ανίχνευση οµόλογων περιοχών (για περιοχές που κωδικοποιούν πρωτεΐνες). Μετάφραση µε συγκεκριµµένο γενετικό κώδικα ακολουθίας επερώτησης (query sequence) ακολουθιών στην Β.Δ. και των δύο ταυτόχρονα

53 tblastn Πρωτεΐνη (query) X Β.Δ. νουκλεοτιδικών ακολουθιών µεταφρασµένων και στα 6 αναγνωστικά πλαίσια. Η Β.Δ. περιέχει νουκλεοτιδικές ακολουθίες µε άγνωστη λειτουργία. Π.χ. Η Β.Δ. µπορεί να είναι µια συλλογή ESTs ή αµορφοποίητα δεδοµένα από την αλληλούχιση ενός γενώµατος (draft genome records) Αντιµετωπίζει το πρόβληµα λαθών στην αλληλούχιση, που θα µπορούσε να καταστρέψει το αναγνωστικό πλαίσιο.

54 Blastx Νουκλεοτιδική ακολουθία επερώτησης (query) που µεταφράζεται στα 6 αναγνωστικά πλαίσια και συγκρίνεται µε Β.Δ. πρωτεϊνικών ακολουθιών. Παράδειγµα: εντοπισµός µετάλλαξης που αλλάζει το αναγνωστικό πλαίσιο.

55 tblastx Νουκλεοτιδική ακολουθία επερώτησης (query) που µεταφράζεται στα 6 αναγνωστικά πλαίσια και συγκρίνεται µε Β.Δ. νουκλεοτιδικών ακολουθιών µεταφρασµένων και στα 6 αναγνωστικά πλαίσια. 6X6 blastp Αναζήτηση (διαειδική) για γονίδια που δεν έχουν εντοπιστεί µε τις κλασσικές µεθόδους ή για γονίδια που οι πρωτεΐνες τους δεν υπάρχουν στην B.Δ.

56 Blast και φυλογένεση

57 PSI-Blast

58 PSI-Blast PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., Η αναζήτηση µακρινών οµολόγων σε Β.Δ. είναι πιο ευαίσθητη µε τη χρήση αυτών των πινάκων. Για οµόλογες ακολουθίες το PSI-Blast βρίσκει µέχρι και 3 φορές περισσότερες µακρινές οµόλογες ακολουθίες (οµοιότητα < 30%) σε σχέση µε το Blastp.

59 PSI-Blast Σε µια ακολουθία οι διάφορες θέσεις δεν είναι το ίδιο συντηρηµένες/ευέλικτες λόγω δοµικών/λειτουργικών περιορισµών. Χρησιµοποιώντας οµόλογες ακολουθίες από τον ίδιο ή άλλους οργανισµούς κατανοούµε την ευελιξία κάθε θέσης µιας ακολουθίας. Π.χ. Σε µια ακολουθία Α, στην θέση 123 (ενεργό κέντρο ενζύµου) βλέπουµε ένα µόνο αµινοξύ. Σε µια πολλαπλή στοίχιση της Α µε οµόλογες ακολουθίες βλέπουµε για την ίδια θέση (123) ποιά άλλα αµινοξέα επιτρέπονται και σε τί συχνότητες. Το PSSM χρησιµοποιεί αυτή την πληροφορία για να αναζητήσει µακρινά οµόλογα σε µια Β.Δ.

60 PSSM Αρχικά γίνεται πολλαπλή στοίχιση των ακολουθιών Στη συνέχεια, για ακολουθία µήκους L δηµιουργείται πίνακας: L X 4 (nucleotides) L X 20 (proteins)

61 PSSM Γίνεται καταµέτρηση των συχνοτήτων των χαρακτήρων για την κάθε θέση.

62 PSSM Ακολουθεί µια σειρά µετασχηµατισµών Συντελεστής βαρύτητας της κάθε ακολουθίας µε βάση την οµοιότητά της µε άλλες. Pseudocounts Λαµβάνεται υπόψην η συχνότητα υποβάθρου του κάθε χαρακτήρα Υπολογισµός των odds (παρατηρούµενη συχνότητα / συχνότητα υποβάθρου). Log-odds Ο πίνακας αυτός χρησιµοποιείται για τοπική στοίχιση µε ακολουθίες σε µια Β.Δ. (αντικαθιστά την ακολουθία επερώτησης).

63 PSI-Blast Πρώτο στάδιο: Blast µε την ακολουθία επερώτησης σε µια Β.Δ. (Ε<0.001 default). Οι τοπικές στοιχίσεις που βρέθηκαν (E-value < cutoff) χρησιµοποιούνται για τη δηµιουργία µιας πολλαπλής στοίχισης M µε σηµείο αναφοράς την ακολουθία επερώτησης (L θέσεις). Δεν επιτρέπονται κενά στην ακολουθία επερώτησης. Αυτή η πολλαπλή στοίχιση (ακολουθία - σηµείο αναφοράς) διαφέρει από τις τυπικές πολλαπλές στοιχίσεις Απαλοιφή ακολουθιών µε πολύ µεγάλη οµοιότητα. Δηµιουργία PSSM.

64 PSI-Blast Δεύτερο στάδιο: Νέα αναζήτηση στη Β.Δ. µε το PSSM αντί της αρχικής ακολουθίας επερώτησης. Οι νέες ακολουθίες που βρέθηκαν και ξεπερνούν το κατώφλι E-value ανανεώνουν την πολλαπλή στοίχιση και δηµιουργείται ένα νέο PSSM. Η διαδικασία επαναλαµβάνεται µέχρι να µη βρεθούν νέες ακολουθίες µε Evalue < τιµή κατωφλίου (convergence). Συνήθως, 3-5 κύκλοι αρκούν για να βρεθούν τα περισσότερα µακρινά οµόλογα.

65 PSI-Blast

66 PSI-Blast

67 PSI-Blast Πριν κάνουµε PSI-Blast πρέπει να ξέρουµε τι αναζητάµε!!! Κάποιες περιοχές/επικράτειες συναντώνται σε πολλές πρωτεΐνες. Προσοχή στην αναζήτηση όταν υπάρχουν τέτοιες περιοχές Αν ξεκινήσουµε µε άλλη οµόλογη ακολουθία επερώτησης δεν είναι σίγουρο ότι θα φτάσουµε στο ίδιο αποτέλεσµα! Προσοχή ποιές ακολουθίες συµπεριλαµβάνουµε στο PSSM. Αν εισέλθουν λάθος ακολουθίες, το λάθος θα ανατροφοδοτείται σε κάθε κύκλο (profile drift)

68 Επικράτειες (Domains) Κάποιες επικράτειες συνδυάζονται πολύ συχνά µε άλλες, στην ίδια πρωτεΐνη. content/18/3/449.full

69 Επικράτειες και αναζήτηση σε Β.Δ.

70 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast

71 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast

72 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast

73 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast

74 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast Πράσινο σφαιρίδιο για ακολουθίες που είχαν βρεθεί σε προηγούµενο γύρο αναζήτησης. Μπορούµε να επιλέξουµε τον αποκλεισµό κάποιων ακολουθιών

75 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast

76 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast Αν περιλαµβάνονταν οι 2 µεθυλ-τρανσφεράσες

77 Χρησιµοποιώντας το PSI-Blast Αποθήκευση αποτελεσµάτων

78 Άσκηση Μέρος 1ο

79 Blast (1a) Βρείτε την ακολουθία του Estrogen receptor alpha (σε µορφή FASTA) ως: mrna από την EMBL bank (accesion number: X03635). ως πρωτεΐνη από την Uniprot (accesion number: P03372).

80 Blast (1a) Τα προγράµµατα του Blast θα τα βρείτε στο: Θέλετε να βρείτε τις οµόλογες πρωτεΐνες του ανθρώπινου estrogen receptor alpha (πρωτεΐνη) στη µύγα Drosophila melanogaster, χρησιµοποιώντας τη ΒΔ Swissprot. Ποιό πρόγραµµα του Blast πρέπει να χρησιµοποιήσετε; Οι παράµετροι της αναζήτησης: ΒΔ Swissprot οργανισµός: Drosophila melanogaster Expect threshold: 1e-5 Low-complexity filtering

81 Blast (1a) Δείτε τα συντηρηµένα domains. Ποιά είναι; Ποιό είναι το καλύτερο blast hit; µε ποιό score & Evalue; Τι πρωτεΐνη είναι; Για το καλύτερο blast hit, δείτε στην τοπική στοίχιση: Identities Positives Low complexity regions

82 Blast (1a) Βρείτε την πρωτεϊνική ακολουθία (σε µορφή FASTA) του καλύτερου blast hit και µε αυτή κάνετε την αντίστροφη διαδικασία. Δηλαδή, blast έναντι της ΒΔ Swissprot, για τον οργανισµό Homo sapiens, χρησιµοποιώντας ως ακολουθία επερώτησης (query sequence) το προηγούµενο καλύτερο Blast hit. Όλες οι προηγούµενες παράµετροι του blast παραµένουν ίδιες. Βρίσκετε ως νέο καλύτερο blast hit το estrogen receptor alpha; Είναι ανταποδοτικό το blast; Τι σηµαίνει αυτό για τις εξελικτικές σχέσεις µεταξύ των δύο ακολουθιών;

83 Blast (1b) Χρησιµοποιώντας ως ακολουθία επερώτησης το mrna του estrogen receptor alpha από τον άνθρωπο (EMBL-bank accession: Χ03635), βρείτε αν υπάρχουν οµόλογες νουκλεοτιδικές ακολουθίες στη Drosophila melanogaster, χρησιµοποιώντας τη νουκλεοτιδική ΒΔ nucleotide collection (nr/nt). Ποιό πρόγραµµα του Blast πρέπει να χρησιµοποιήσετε; Παράµετροι του blast που θα κάνετε: νουκλεοτιδική ΒΔ nucleotide collection (nr/nt) Οργανισµό Drosophila melanogaster Optimize for somewhat similar sequences Expect threshold 1e-5 Filter low-complexity regions Βρέθηκαν οµόλογες νουκλεοτιδικές ακολουθίες στη Drosophila; Γιατί;

84 Blast (1c) Ποιό άλλο πρόγραµµα του Blast πρέπει να χρησιµοποιήσετε, για να δείτε αν υπάρχουν οµόλογες πρωτεΐνες για το mrna σας, στη Drosophila melanogaster; Παράµετροι του Blast. Genetic code standard Database: non-redundant protein sequences (nr) Οργανισµός: Drosophila melanogaster Expectation threshold 1e-5 Low complexity regions filtering Τι βρίσκετε;

85 Άσκηση Μέρος 2ο

86 Άσκηση (2) Βρείτε την πρωτεϊνική ακολουθία του human estrogen receptor alpha (Uniprot id: P03372) σε µορφή FASTA. Με την ακολουθία αυτή (P03372), βρείτε τις οµόλογες πρωτεϊνικές ακολουθίες της, στη Drosophila melanogaster και στον άνθρωπο ταυτόχρονα, µε τη βοήθεια του PSI-BLAST. Κάνετε το PSI-Blast στην ιστοσελίδα του NCBI, χρησιµοποιώντας την Swissprot, expectation value 1e-10 και low-complexity filtering. Επαναλάβετε τους κύκλους του PSI-blast µέχρι να συγκλίνει ο αλγόριθµος. Αποθηκεύεστε σε ένα αρχείο (µε όνοµα sequences.fasta) µε µορφή FASTA τις ακολουθίες από την παραπάνω αναζήτηση.

87 Αποθήκευση ακολουθιών από το Blast Select all Get selected sequences

88 Αποθήκευση ακολουθιών από το Blast Send to -> File -> Format: FASTA -> Creat file

Βιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο

Βιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Βιοπληροφορική Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες

Διαβάστε περισσότερα

PSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)

PSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) PSI-Blast PSI-Blast PSI-Blast: τι είναι PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., 1997 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146917/pdf/253389.pdf

Διαβάστε περισσότερα

Στοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)

Στοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται

Διαβάστε περισσότερα

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Αναζήτηση οµοιοτήτων ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 εδοµένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση εδοµένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναµικού

Διαβάστε περισσότερα

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 Αναζήτηση ομοιοτήτων Δεδομένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση Δεδομένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναμικού

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης

Διαβάστε περισσότερα

Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων

Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων Σε αυτό το κεφάλαιο παρουσιάζουµε 2 βασικούς αλγορίθµους σύγκρισης ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων τους BLAST & FASTA. Οι δυο αλγόριθµοι

Διαβάστε περισσότερα

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 12: Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων με τη χρήση ευρετικών αλγορίθμων Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr

Διαβάστε περισσότερα

Φυλογένεση. 5o εργαστήριο

Φυλογένεση. 5o εργαστήριο Φυλογένεση 5o εργαστήριο Φυλογένεση οργανισµών Δείχνει την εξελικτική πορεία µιας οµάδας οργανισµών. Οι κόµβοι (nodes) στο δένδρο απεικονίζουν γεγονότα ειδογένεσης. H φυλογένεση µπορεί να γίνει από µια

Διαβάστε περισσότερα

ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ

ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ Σελίδα 1 Ομολογία Σελίδα 2 Ομολογία Ομολογία κοινή εξελικτική καταγωγή Ορθόλογα γονίδια ειδογένεση συνήθως, ίδια βιολογική λειτουργία Παράλογα γονίδια γονιδιακός διπλασιασμός

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης

Διαβάστε περισσότερα

LALING/PLALING :

LALING/PLALING : 1. Άρθρα- δημοσιεύσεις Scopus DBLP Pubmed Google Scholar 2. Αναζήτηση νουκλεοτιδίου- πρωτεΐνης Entrez : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ Uniprot (πρωτεΐνης): http://www.uniprot.org/ Blast : http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών

Διαβάστε περισσότερα

Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις

Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου

Διαβάστε περισσότερα

Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)

Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA) Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA) MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για:

Διαβάστε περισσότερα

Μέθοδοι μελέτης εξέλιξης

Μέθοδοι μελέτης εξέλιξης H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων

Διαβάστε περισσότερα

Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα

Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Βασικές έννοιες XNU SEG LCRs και αναζητήσεις

Διαβάστε περισσότερα

Μέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης

Μέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης Μέθοδοι Φυλογένεσης Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης Μέθοδοι που βασίζονται σε χαρακτήρες Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum

Διαβάστε περισσότερα

Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση

Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για: Δηµιουργία profiles/motifs

Διαβάστε περισσότερα

Λίγη εξέλιξη: οµολογία

Λίγη εξέλιξη: οµολογία Φυλογένεση Η εκτίµηση της εξελικτικής ιστορίας γονιδίων/πρωτεϊνών ή οργανισµών. Η απεικόνιση αυτής της ιστορίας γίνεται µε φυλογράµµατα/ κλαδογράµµατα Λίγη εξέλιξη: οµολογία Οµόλογα γονίδια: κοινός εξελικτικός

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων

Διαβάστε περισσότερα

Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας. Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών

Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας. Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of

Διαβάστε περισσότερα

Στοίχιση Ακολουθιών. Μέθοδοι σύγκρισης ακολουθιών. Είδος στοίχισης. match. gap. mismatch

Στοίχιση Ακολουθιών. Μέθοδοι σύγκρισης ακολουθιών. Είδος στοίχισης. match. gap. mismatch Οµολογία ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ Σελίδα 1 Σελίδα 2 Οµολογία Οµολογία Οµολογία κοινή εξελικτική καταγωγή Ορθόλογα γονίδια ειδογένεση συνήθως, ίδια βιολογική λειτουργία Παράλογα γονίδια γονιδιακός

Διαβάστε περισσότερα

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of

Διαβάστε περισσότερα

Λειτουργική γονιδιωµατική. 6ο εργαστήριο

Λειτουργική γονιδιωµατική. 6ο εργαστήριο Λειτουργική γονιδιωµατική 6ο εργαστήριο Λειτουργική γονιδιωµατική Προσπαθεί να κατανοήσει τις λειτουργίες των βιολογικών µορίων, σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώµατος. Γίνονται µετρήσεις για το σύνολο

Διαβάστε περισσότερα

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ

Διαβάστε περισσότερα

Ασκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast

Ασκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά

Διαβάστε περισσότερα

Συγκριτική Γονιδιωματική

Συγκριτική Γονιδιωματική ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά

Διαβάστε περισσότερα

ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I

ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I Σελίδα 1 Πολλαπλή στοίχιση αποκαλύπτει συντηρημένες περιοχές αντιστοίχιση καταλοίπων με κριτήρια ομοιότητας σε επίπεδο δομής εξέλιξης λειτουργίας ακολουθίας Σελίδα 2 Πολλαπλή

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Στοίχιση αλληλουχιών 2 Τρόποι μελέτης των ακολουθιών Global information Η ακολουθία αναπαρίσταται από ένα διάνυσμα

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο. Γρηγόρης Αµούτζιας

Βιοπληροφορική. Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο. Γρηγόρης Αµούτζιας Βιοπληροφορική Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο Γρηγόρης Αµούτζιας Χρησιµοποιούνται για: Oργάνωση Αποθήκευση Επεξεργασία Αναζήτηση/επαναπόκτηση της βιολογικής πληροφορίας Βάσεις Δεδοµένων: Εισαγωγή Βάσεις

Διαβάστε περισσότερα

Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική

Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική Δραστηριότητες 1. Εύρεση γονιδίων/πρωτεϊνών από βάσεις δεδομένων 2. Ευθυγράμμιση και σύγκριση γονιδίων/πρωτεϊνών 3. Δημιουργία

Διαβάστε περισσότερα

της φοιτήτριας του Τµήµατος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Τεχνολογίας Υπολογιστών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστηµίου Πατρών

της φοιτήτριας του Τµήµατος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Τεχνολογίας Υπολογιστών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστηµίου Πατρών ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΠΑΤΡΩΝ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ: ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΩΝ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΕΝΣΥΡΜΑΤΗΣ ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΑΣ ιπλωµατική Εργασία της φοιτήτριας

Διαβάστε περισσότερα

Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου

Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Από τα πιο σημαντικά προβλήματα στην Υπολογιστική Βιολογία Ιδιαίτερα πλούσια βιβλιογραφία για πάνω από 30

Διαβάστε περισσότερα

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161

Διαβάστε περισσότερα

Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7

Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες

Διαβάστε περισσότερα

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 2 η : Ανάλυση ακολουθίας Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 2 η : Ανάλυση ακολουθίας Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Ενότητα 2 η : Ανάλυση ακολουθίας Ηλίας Καππάς Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons. Για

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (2/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (2/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (2/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη

Διαβάστε περισσότερα

ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ

ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ Εργαστήριο Βιοπληροφορικής 7 ο εξάμηνο Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών ΕΜΠ Διδάσκων: Λεωνίδας Αλεξόπουλος Fritz Kahn (1888 1968) 1 Περιεχόμενα Ομοιότητα πρωτεϊνών Σύγκριση αλληλουχιών

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Βιοπληροφορική Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών

Διαβάστε περισσότερα

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 5 Profile Hidden Markov Models και Transformational Grammars 2 Profile HMM Ένα ΗΜΜ με left-to-right

Διαβάστε περισσότερα

Δοµή και ιδιότητες του DNA. 09/04/ Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς

Δοµή και ιδιότητες του DNA. 09/04/ Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς Δοµή και ιδιότητες του DNA 09/04/2014 1 09/04/2014 2 Τόσο τα νεκρά (µε θερµική επεξεργασία) βακτήρια S όσο και τα ζωντανά βακτήρια R δεν µπορούν να θανατώσουν ποντικούς. Όµως, η ταυτόχρονη µόλυνση µε αυτά

Διαβάστε περισσότερα

Βιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία)

Βιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία) Βιοτεχνολογία Φυτών ΔΠΘ / Τμήμα Αγροτικής Ανάπτυξης ΠΜΣ Αειφορικά Συστήματα Παραγωγής και Περιβάλλον στη Γεωργία Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία) Αριστοτέλης Χ. Παπαγεωργίου Εργαστήριο

Διαβάστε περισσότερα

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Πρόγραμμα Δια Βίου Μάθησης.

Διαβάστε περισσότερα

ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου

ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές

Διαβάστε περισσότερα

ΑΝΟΙΧΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Ενότητα 1 η : Εισαγωγή. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας

ΑΝΟΙΧΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Ενότητα 1 η : Εισαγωγή. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΧΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Ενότητα 1 η : Εισαγωγή Ηλίας Καππάς Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons.

Διαβάστε περισσότερα

ΜΕΛΕΤΗ ΜΕ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ GEMININB

ΜΕΛΕΤΗ ΜΕ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ GEMININB ΣΧΟΛΗ ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΖΩΗΣ ΜΕΛΕΤΗ ΜΕ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ GEMININB ΔΡΙΤΣΟΠΟΥΛΟΥ ΕΛΕΝΗ Α.Μ. 1003 ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 2

Διαβάστε περισσότερα

ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. γ Α3. δ Α4. γ Α5. β

ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. γ Α3. δ Α4. γ Α5. β ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. γ Α3. δ Α4. γ Α5. β 1 ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΤΟΥ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟΥ ΚΑΙ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΥΠΑΛΛΗΛΩΝ ΣΤΟ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟ ΤΕΤΑΡΤΗ 10 ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2014 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ:

Διαβάστε περισσότερα

Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων

Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών

Διαβάστε περισσότερα

Εισαγωγή στη Γενετική και στη Γονιδιωματική Τι είναι η κληρονομικότητα, και πώς μεταβιβάζεται η πληροφορία από γενιά σε γενιά;

Εισαγωγή στη Γενετική και στη Γονιδιωματική Τι είναι η κληρονομικότητα, και πώς μεταβιβάζεται η πληροφορία από γενιά σε γενιά; ΒΙΟΛΟΓΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ 12 26/10/2016 Κεφάλαιο 3 Α μέρος Εισαγωγή στη Γενετική και στη Γονιδιωματική Τι είναι η κληρονομικότητα, και πώς μεταβιβάζεται η πληροφορία από γενιά σε γενιά; Ποια είναι η δομή

Διαβάστε περισσότερα

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη

Διαβάστε περισσότερα

Σηµειώσεις Βιοπληροφορικής

Σηµειώσεις Βιοπληροφορικής Σηµειώσεις Βιοπληροφορικής Αναζήτηση Οµοιοτήτων σε Βάσεις εδοµένων Ακολουθιών Βάσεις εδοµένων Βιολογικών Ακολουθιών - Πρακτικά Ζητήµατα Προσεγγιστικοί Ευριστικοί Αλγόριθµοι Στατιστική Σηµαντικότητα Εφαρµογές

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών

Διαβάστε περισσότερα

ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ, ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ

ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ, ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΕΙΚΟΝΑ 2.4 ΣΤΑΔΙΑ ΜΕΤΑΦΡΑΣΗΣ σ ε λ ί δ α 1 ΕΙΚΟΝΑ 4.2β ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ 1. Να συμπληρώσετε τα κενά πλαίσια της εικόνας με την κατάλληλη λέξη ή φράση 2. Να γράψετε τον προσανατολισμό της μετακίνησης του ριβοσώματος

Διαβάστε περισσότερα

Μέθοδοι Προσπέλασης για την Επεξεργασία Μεγάλων Βιολογικών Βάσεων Δεδομένων. Ανδρουλάκης Ανδρέας

Μέθοδοι Προσπέλασης για την Επεξεργασία Μεγάλων Βιολογικών Βάσεων Δεδομένων. Ανδρουλάκης Ανδρέας ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΕ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ Μέθοδοι Προσπέλασης για την Επεξεργασία Μεγάλων Βιολογικών Βάσεων Δεδομένων Ανδρουλάκης Ανδρέας ΠΤΥΧΙΑΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ Υπεύθυνος Βασιλακόπουλος

Διαβάστε περισσότερα

ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ

ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΣΧΟΛΗ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ Τεχνικές κατασκευής δένδρων επιθεµάτων πολύ µεγάλου µεγέθους και χρήσης

Διαβάστε περισσότερα

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Δυναμικός Προγραμματισμός Παντελής Μπάγκος Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση (τοπική-ολική) RNA secondary structure prediction Διαμεμβρανικά τμήματα Hidden Markov Models Άλλες εφαρμογές

Διαβάστε περισσότερα

Δοµή και ιδιότητες του DNA. 23/02/ Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς

Δοµή και ιδιότητες του DNA. 23/02/ Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς Δοµή και ιδιότητες του DNA 23/02/2014 1 23/02/2014 2 Τόσο τα νεκρά (µε θερµική επεξεργασία) βακτήρια S όσο και τα ζωντανά βακτήρια R δεν µπορούν να θανατώσουν ποντικούς. Όµως, η ταυτόχρονη µόλυνση µε αυτά

Διαβάστε περισσότερα

Φάσμα. προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι.

Φάσμα. προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι. σύγχρονο Φάσμα προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι. μαθητικό φροντιστήριο 25ης Μαρτίου 111 - ΠΕΤΡΟΥΠΟΛΗ - 210 50 20 990-210 50 27 990 25ης Μαρτίου 74 - ΠΕΤΡΟΥΠΟΛΗ - 210 50 50 658-210 50 60 845 Γραβιάς 85 -

Διαβάστε περισσότερα

Ποιος είναι ο ρόλος των πρωτεϊνών στα κύτταρα και ποιες είναι οι δομικές τους μονάδες;

Ποιος είναι ο ρόλος των πρωτεϊνών στα κύτταρα και ποιες είναι οι δομικές τους μονάδες; Ποιος είναι ο ρόλος των πρωτεϊνών στα κύτταρα και ποιες είναι οι δομικές τους μονάδες; Οι πρωτεΐνες αποτελούν δομικά ή λειτουργικά συστατικά των κυττάρων και δομούνται από απλούστερες ενώσεις, τα αμινοξέα.

Διαβάστε περισσότερα

Γ' ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ÏÅÖÅ

Γ' ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ÏÅÖÅ 1 Γ' ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΜΑ 1 o 1 Β 2 3 Γ 4 5 Β. ΘΕΜΑ 2 o ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ Α. Όπως στο σχολικό, σελίδα 20: «Κάθε φυσιολογικό µεταφασικό ως προς τη θέση του κεντροµεριδίου» και σελίδα «Κατά

Διαβάστε περισσότερα

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014. Απαντήσεις Θεμάτων

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014. Απαντήσεις Θεμάτων Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014 Απαντήσεις Θεμάτων ΘΕΜΑ Α A1. Τα πλασμίδια είναι: δ. κυκλικά δίκλωνα μόρια DNA

Διαβάστε περισσότερα

ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΟΜΑΔΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ

ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΟΜΑΔΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΟΜΑΔΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ Επιμέλεια: Βουδούρη Καλλιρρόη Ριζηνίας 69 & Λασαίας 21 τηλ.2810313170 www.kmathisi.com ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΟΝΟΜΑ:..

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Βιοπληροφορική Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση της μεθόδου κατασκευής και

Διαβάστε περισσότερα

Νικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ»

Νικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ» Νικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ» DNA RNA: ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ, ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ, ΜΕΤΑΦΡΑΣΗ DNA RNA: Βασικά Χαρακτηριστικά Ρόλος Κεντικό Δόγμα της Βιολογίας:

Διαβάστε περισσότερα

Βιοπληροφορική. Εισαγωγή. Αλέξανδρος Τζάλλας Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ.

Βιοπληροφορική. Εισαγωγή. Αλέξανδρος Τζάλλας   Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ. Βιοπληροφορική Αλέξανδρος Τζάλλας e-mail: tzallas@teiep.gr ΤΕΙ Ηπείρου Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ Περιεχόμενα Διάλεξης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της

Διαβάστε περισσότερα

Ασκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση

Ασκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως

Διαβάστε περισσότερα

ΑΠΟΛΥΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΤΡΙΤΗ 5 ΙΟΥΝΙΟΥ 2001 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑΤΩΝ

ΑΠΟΛΥΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΤΡΙΤΗ 5 ΙΟΥΝΙΟΥ 2001 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑΤΩΝ ΑΠΟΛΥΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΤΡΙΤΗ 5 ΙΟΥΝΙΟΥ 2001 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑΤΩΝ ΘΕΜΑ 1 ο Α. Σωστό το γ ιότι ο φαινότυπος που εµφανίζεται στους απογόνους

Διαβάστε περισσότερα

Για το χρώµα σπέρµατος επικρατής είναι η ιδιότητα κίτρινο και η υπολειπόµενη το πράσινο. Συµβολίζουµε: Κ:Κίτρινο κ: Πράσινο Κ>κ

Για το χρώµα σπέρµατος επικρατής είναι η ιδιότητα κίτρινο και η υπολειπόµενη το πράσινο. Συµβολίζουµε: Κ:Κίτρινο κ: Πράσινο Κ>κ Απαντήσεις Βιολογία Κατεύθυνσης 2011 ΘΕΜΑ Α Α1 α Α2 δ Α3 γ Α4 β Α5 β ΘΕΜΑ Β Β1 Σελ. 13 «Το 1928 γίνεται αυτό» Β2 Σελ 101 «βλάβες στους επιδιορθωτικά ένζυµα» (Χωρίς να απαιτείται θα θεωρηθεί σωστό να γίνει

Διαβάστε περισσότερα

ΘΕΜΑ Α Να επιλέξετε τη φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις:

ΘΕΜΑ Α Να επιλέξετε τη φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις: ΜΑΘΗΜΑ / ΤΑΞΗ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΟΠ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ (ΘΕΡΙΝΑ) ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: 22/01/2017 ΕΠΙΜΕΛΕΙΑ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑΤΟΣ: ΝΟΤΑ ΛΑΖΑΡΑΚΗ ΘΕΜΑ Α Να επιλέξετε τη φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις: 1. Από

Διαβάστε περισσότερα

Κεφάλαιο 4 ο : Αλγόριθµοι προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης συµβολοσειρών.

Κεφάλαιο 4 ο : Αλγόριθµοι προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης συµβολοσειρών. Κεφάλαιο 4 ο : Αλγόριθµοι προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης. Στα πλαίσια αυτού του κεφαλαίου παρουσιάζουµε τους βασικούς αλγορίθµους προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης. Όπως ήδη

Διαβάστε περισσότερα

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΙ ΕΠΑΛ (ΟΜΑΔΑ Β ) TETAPTH 4 IOYNIOY 2014 - ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΣΥΝΟΛΟ ΣΕΛΙΔΩΝ: ΠΕΝΤΕ

Διαβάστε περισσότερα

ΜΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ

ΜΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ ΜΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ Σελίδα 1 Μελέτη του γονιδιώματος Ποια είναι τα γονίδια και που βρίσκονται; Ποιοι μηχανισμοί ρυθμίζουν την έκφραση κάθε γονιδίου; Σε τι επίπεδα εκφράζονται τα γονίδια υπό διαφορετικές

Διαβάστε περισσότερα

Η µελέτη της ρύθµισης της πρωτεινοσύνθεσης στο επίπεδο του Ριβοσώµατος εντοπίζεται σε τρία επίπεδα

Η µελέτη της ρύθµισης της πρωτεινοσύνθεσης στο επίπεδο του Ριβοσώµατος εντοπίζεται σε τρία επίπεδα Η µελέτη της ρύθµισης της πρωτεινοσύνθεσης στο επίπεδο του Ριβοσώµατος εντοπίζεται σε τρία επίπεδα ΣτονΣτον ρόλο των διαφόρων οµάδων των ριβοσωµικών πρωτεινών. Κατά πόσο δηλαδή υπάρχει ετερογένεια στις

Διαβάστε περισσότερα

Γ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ. Ημερομηνία: Κυριακή 23 Οκτωβρίου 2016 Διάρκεια Εξέτασης: 3 ώρες ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ

Γ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ. Ημερομηνία: Κυριακή 23 Οκτωβρίου 2016 Διάρκεια Εξέτασης: 3 ώρες ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ΤΑΞΗ: ΜΑΘΗΜΑ: Γ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΘΕΤΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ Ημερομηνία: Κυριακή 23 Οκτωβρίου 2016 Διάρκεια Εξέτασης: 3 ώρες ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ Α Στις ημιτελείς προτάσεις Α1 Α4 να γράψετε στο

Διαβάστε περισσότερα

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παύλος Αντωνίου Με μια ματιά: Εισαγωγή στη Βιολογία Ευθυγράμμιση Ακολουθιών Αναζήτηση ομοίων ακολουθιών από βάσεις δεδομενων Φυλογενετική πρόβλεψη Πρόβλεψη

Διαβάστε περισσότερα

ΘΕΜΑ Α ΘΕΜΑ Β ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. Α1. β. Α2. γ. Α3. δ. Α4. γ. Α5. β Β1. 5, 4, 2, 1, 3. Β2. Τα δομικά μέρη του οπερονίου της λακτόζης είναι κατά σειρά τα εξής:

ΘΕΜΑ Α ΘΕΜΑ Β ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. Α1. β. Α2. γ. Α3. δ. Α4. γ. Α5. β Β1. 5, 4, 2, 1, 3. Β2. Τα δομικά μέρη του οπερονίου της λακτόζης είναι κατά σειρά τα εξής: ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΤΟΥ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟΥ ΚΑΙ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΥΠΑΛΛΗΛΩΝ ΣΤΟ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟ ΔΕΥΤΕΡΑ 10 ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2014 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. γ Α3. δ Α4. γ Α5. β ΘΕΜΑ

Διαβάστε περισσότερα

Τρίτη, 27 Μαΐου 2008 Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ

Τρίτη, 27 Μαΐου 2008 Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Τρίτη, 27 Μαΐου 2008 Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΜΑ 1o Να γράψετε στο τετράδιο σας τον αριθµό καθεµιάς από τις παρακάτω ηµιτελείς προτάσεις 1 έως 5 και δίπλα το γράµµα που αντιστοιχεί στη λέξη ή τη

Διαβάστε περισσότερα

Δασική Γενετική Εισαγωγή: Βασικές έννοιες

Δασική Γενετική Εισαγωγή: Βασικές έννοιες Δασική Γενετική Εισαγωγή: Βασικές έννοιες Χειμερινό εξάμηνο 2014-2015 Γενετική Πειραματική επιστήμη της κληρονομικότητας Προέκυψε από την ανάγκη κατανόησης της κληρονόμησης οικονομικά σημαντικών χαρακτηριστικών

Διαβάστε περισσότερα

Λειτουργική Περιοχή της GTP-ασης

Λειτουργική Περιοχή της GTP-ασης Λειτουργική Περιοχή της GTP-ασης Οι πρωτεΐνες πού φαίνεται να εµπλέκονται στην περιοχή είναι οι πρωτεΐνες L7/L12. Οι πρωτεΐνες αυτές φαίνεται να είναι απαραίτητες για την ενεργότητα του ριβοσώµατος και

Διαβάστε περισσότερα

Βιολογία ομάδας προσανατολισμού θετικών σπουδών. Πανελλαδικές εξετάσεις

Βιολογία ομάδας προσανατολισμού θετικών σπουδών. Πανελλαδικές εξετάσεις Βιολογία ομάδας προσανατολισμού θετικών σπουδών Πανελλαδικές εξετάσεις 2015-2016 ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. β Α3. δ Α4. γ Α5. γ ΘΕΜΑ Β Β1. 1 Α 2 Γ 3 Α 4 Β 5 Α 6 Α 7 Γ Β2. Καρυότυπος ονομάζεται η απεικόνιση των μεταφασικών

Διαβάστε περισσότερα

Άσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading

Άσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής

Διαβάστε περισσότερα

ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΑΤΑΝΟΗΣΗΣ

ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΑΤΑΝΟΗΣΗΣ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΑΤΑΝΟΗΣΗΣ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 2 ο 1. Με ποιο μηχανισμό αντιγράφεται το DNA σύμφωνα με τους Watson και Crick; 2. Ένα κύτταρο που περιέχει ένα μόνο χρωμόσωμα τοποθετείται σε θρεπτικό υλικό που περιέχει ραδιενεργό

Διαβάστε περισσότερα

Εισαγωγή στη θεωρία ακραίων τιμών

Εισαγωγή στη θεωρία ακραίων τιμών Εισαγωγή στη θεωρία ακραίων τιμών Αντικείμενο της θεωρίας ακραίων τιμών αποτελεί: Η ανάπτυξη και μελέτη στοχαστικών μοντέλων με σκοπό την επίλυση προβλημάτων που σχετίζονται με την εμφάνιση «πολύ μεγάλων»

Διαβάστε περισσότερα

Ενδεικτικές απαντήσεις βιολογίας κατεύθυνσης 2014

Ενδεικτικές απαντήσεις βιολογίας κατεύθυνσης 2014 Θέμα Α Α1. δ Α2. γ Α3. β Α4. γ Α5. β Θέμα Β ΑΓ.ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΥ 11 -- ΠΕΙΡΑΙΑΣ -- 18532 -- ΤΗΛ. 210-4224752, 4223687 Ενδεικτικές απαντήσεις βιολογίας κατεύθυνσης 2014 Β1. 4 2 1 6 3 5 Β2. α. DNA πολυμεράση

Διαβάστε περισσότερα

Στατιστική για Πολιτικούς Μηχανικούς Λυμένες ασκήσεις μέρους Β

Στατιστική για Πολιτικούς Μηχανικούς Λυμένες ασκήσεις μέρους Β Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης Στατιστική για Πολιτικούς Μηχανικούς Λυμένες ασκήσεις μέρους Β Κουγιουμτζής Δημήτρης Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Α.Π.Θ. Θεσσαλονίκη, Μάρτιος 4 Άδειες Χρήσης Το παρόν

Διαβάστε περισσότερα

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014. Απαντήσεις Θεμάτων

Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων. Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014. Απαντήσεις Θεμάτων Πανελλήνιες Εξετάσεις Ημερήσιων Γενικών Λυκείων Εξεταζόμενο Μάθημα: Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης, Ημ/νία: 04 Ιουνίου 2014 Απαντήσεις Θεμάτων ΘΕΜΑ Α A1. Τα πλασμίδια είναι: δ. κυκλικά δίκλωνα μόρια DNA

Διαβάστε περισσότερα

Βαρβάρα Τραχανά Επίκουρος Καθηγήτρια Κυτταρικής Βιολογίας

Βαρβάρα Τραχανά Επίκουρος Καθηγήτρια Κυτταρικής Βιολογίας Διαλέξεις Βιολογίας ΙI 2014-20152015 Τμήμα Ιατρικής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Βαρβάρα Τραχανά Επίκουρος Καθηγήτρια Κυτταρικής Βιολογίας Κυτταρική Βιολογία Είναι η ακαδημαϊκή περιοχή που μελετά τα κύτταρα

Διαβάστε περισσότερα

ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΤΩΝ ΕΡΩΤΗΣΕΩΝ-ΑΣΚΗΣΕΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΩΝ ΤΟΥ ΒΙΒΛΙΟΥ ΤΟΥ ΜΑΘΗΤΗ

ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΤΩΝ ΕΡΩΤΗΣΕΩΝ-ΑΣΚΗΣΕΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΩΝ ΤΟΥ ΒΙΒΛΙΟΥ ΤΟΥ ΜΑΘΗΤΗ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΤΩΝ ΕΡΩΤΗΣΕΩΝ-ΑΣΚΗΣΕΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΩΝ ΤΟΥ ΒΙΒΛΙΟΥ ΤΟΥ ΜΑΘΗΤΗ Υποενότητες 4.1 και 4.2 1. Το αντικωδικόνιο που βρίσκεται στο trna συνδέεται (βάλτε σε κύκλο το σωστό): α. Με το αμινοξύ β. Με το

Διαβάστε περισσότερα

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΙ ΕΠΑΛ (ΟΜΑΔΑ Β ) TETAPTH 4 IOYNIOY 2014 - ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΣΥΝΟΛΟ ΣΕΛΙΔΩΝ: ΠΕΝΤΕ

Διαβάστε περισσότερα

Μελέτη και Υλοποίηση Αλγορίθμων για Βιολογικές Εφαρμογές σε MapReduce Περιβάλλον

Μελέτη και Υλοποίηση Αλγορίθμων για Βιολογικές Εφαρμογές σε MapReduce Περιβάλλον Μελέτη και Υλοποίηση Αλγορίθμων για Βιολογικές Εφαρμογές σε MapReduce Περιβάλλον Δανάη Κούτρα Eργαστήριο Συστημάτων Βάσεων Γνώσεων και Δεδομένων Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο Θέματα Σκοπός της διπλωματικής

Διαβάστε περισσότερα

KΕΦΑΛΑΙΟ 1ο Χημική σύσταση του κυττάρου. Να απαντήσετε σε καθεμιά από τις παρακάτω ερωτήσεις με μια πρόταση:

KΕΦΑΛΑΙΟ 1ο Χημική σύσταση του κυττάρου. Να απαντήσετε σε καθεμιά από τις παρακάτω ερωτήσεις με μια πρόταση: KΕΦΑΛΑΙΟ 1ο Χημική σύσταση του κυττάρου Ενότητα 1.1: Χημεία της ζωής Ενότητα 2.1: Μακρομόρια Να απαντήσετε σε καθεμιά από τις παρακάτω ερωτήσεις με μια πρόταση: 1. Για ποιο λόγο θεωρείται αναγκαία η σταθερότητα

Διαβάστε περισσότερα

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ 11 Ιουνίου 2015 ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Απαντήσεις Θεμάτων Επαναληπτικών Πανελληνίων Εξετάσεων Ημερησίων & Εσπερινών Γενικών Λυκείων ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. γ Α3. α Α4. γ Α5. δ ΘΕΜΑ B Β1. 1. Β 2. Γ 3. Α

Διαβάστε περισσότερα

ΥΠΟΔΕΙΓΜΑΤΙΚΑ ΛΥΜΕΝΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΚΕΦ. 2ο

ΥΠΟΔΕΙΓΜΑΤΙΚΑ ΛΥΜΕΝΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΚΕΦ. 2ο ΥΠΟΔΕΙΓΜΑΤΙΚΑ ΛΥΜΕΝΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΚΕΦ. 2ο 1. Δύο μόρια DΝΑ αποτελούνται το καθένα από 10.000 ζεύγη αζωτούχων βάσεων με 14 Ν. Τα μόρια μεταφέρονται σε περιβάλλον με ραδιενεργά νουκλεοτίδια που περιέχουν 15

Διαβάστε περισσότερα

ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ. 11η ΙΑΛΕΞΗ

ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ. 11η ΙΑΛΕΞΗ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΦΥΤΩΝ 11η ΙΑΛΕΞΗ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΜΕ ΜΕΤΑΛΛΑΓΕΣ Μεταλλαγή ή Μετάλλαξη Οποιαδήποτε αλλαγή του γενετικού υλικού που δεν οφείλεται σε ανασυνδυασµό ή σε διάσχιση των γονιδίων και η οποία

Διαβάστε περισσότερα

ΒΙΟΛΟΓΙΑ. 1 ο ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ 1 o

ΒΙΟΛΟΓΙΑ. 1 ο ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ 1 o ΘΕΜΑ 1 o Γ ΛΥΚΕΙΟΥ-ΘΕΤΙΚΗ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ 1 ο ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ Α. Γιατί τα βακτήρια μπορούν να χρησιμοποιηθούν σαν «εργοστάσια παραγωγής ανθρώπινων πρωτεϊνών»; Β. Σε ένα βακτήριο εισάγεται με τη μέθοδο του ανασυνδυασμένου

Διαβάστε περισσότερα