Maxwell CSC DNA FFPE Kit

ΤΕΧΝΙΚΌ ΕΓΧΕΙΡΊΔΙΟ Maxwell CSC DNA FFPE Kit Οδηγίες χρήσης του προϊόντος AS1350 Προσοχή: Χειριστείτε τα φυσίγγια με προσοχή, τα άκρα σφράγισης ενδέχεται να είναι αιχμηρά. ΟΔΗΓΙΕΣ ΧΡΗΣΗΣ ΤΟΥ ΠΡΟΪΟΝΤΟΣ AS1350 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA MDSS GmbH Schiffgraben 41 30175 Hannover, Germany Αναθεώρηση 5/18 TM395

Maxwell CSC DNA FFPE Kit Όλη η τεχνική τεκμηρίωση είναι διαθέσιμη στη διεύθυνση: www.promega.com/protocols/ Επισκεφτείτε την ιστοσελίδα για να βεβαιωθείτε ότι χρησιμοποιείτε την πιο πρόσφατη έκδοση του παρόντος τεχνικού εγχειριδίου. Αν έχετε απορίες σχετικά με τη χρήση του παρόντος συστήματος, επικοινωνήστε με την τεχνική υπηρεσία της Promega μέσω e-mail στη διεύθυνση: techserv@promega.com 1. Περιγραφή... 1 2. Στοιχεία προϊόντος, συνθήκες αποθήκευσης και επεξηγήσεις συμβόλων... 2 3. Προοριζόμενη χρήση προϊόντος... 4 4. Περιορισμοί χρήσης προϊόντος... 4 5. Πριν ξεκινήσετε... 5 5.A. Προετοιμασία δειγμάτων FFPE... 5 5.B. Προετοιμασία φυσιγγίου Maxwell FFPE Cartridge... 6 6. Κύκλος λειτουργίας οργάνου... 7 7. Διαδικασία μετά τον καθαρισμό... 9 8. Αντιμετώπιση προβλημάτων... 10 9. Βιβλιογραφία... 11 10. Περίληψη αλλαγών... 11 Το Maxwell CSC DNA FFPE Kit είναι διαθέσιμο μόνο σε συγκεκριμένες χώρες. Το παρόν προϊόν πληροί τις βασικές απαιτήσεις της Οδηγίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης 98/79/ΕΚ για τα ιατροτεχνολογικά βοηθήματα που χρησιμοποιούνται στη διάγνωση in vitro. 1. Περιγραφή Το Maxwell CSC DNA FFPE Kit χρησιμοποιείται σε συνδυασμό με το όργανο Maxwell CSC και παρέχει μια εύκολη μέθοδο για αποτελεσματικό, αυτοματοποιημένο γονιδιωματικού DNA (gdna) από δείγματα ανθρώπινου ιστού μαστού, πνεύμονα ή κόλον FFPE (που έχει μονιμοποιηθεί σε φορμόλη και εγκλειστεί σε παραφίνη). Το όργανο Maxwell CSC παρέχεται με προπρογραμματισμένες μεθόδους καθαρισμού και έχει σχεδιαστεί για χρήση με τα προδιανεμημένα φυσίγγια αντιδραστηρίων και τα πρόσθετα αντιδραστήρια που παρέχονται με το κιτ, εξασφαλίζοντας απλές και εύκολες διαδικασίες. Το όργανο μπορεί να επεξεργαστεί έως 16 δείγματα σε λιγότερο από 60 λεπτά, και το κεκαθαρμένο DNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί απευθείας σε μια σειρά εφαρμογών που βασίζονται στην ενίσχυση, όπως το PCR. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 1 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18

Το Maxwell CSC DNA FFPE Kit εκτελεί καθαρισμό του νουκλεϊκού οξέος χρησιμοποιώντας παραμαγνητικά σωματίδια, που παρέχουν μια κινητή σταθερή φάση για τη βελτιστοποίηση της δέσμευσης δείγματος, πλύσης και καθαρισμού του gdna. Το όργανο Maxwell CSC είναι ένα όργανο χειρισμού μαγνητικών σωματιδίων. Αυτό το σύστημα επιτρέπει την ικανοποιητική δέσμευση του gdna στα παραμαγνητικά σωματίδια στο πρώτο βύθισμα ενός προγεμισμένου φυσιγγίου και μετακινεί το δείγμα μεταξύ των βυθισμάτων του φυσιγγίου, με ανάμιξη κατά την επεξεργασία. Αυτή η προσέγγιση μαγνητικής δέσμευσης αποφεύγει τα συνήθη προβλήματα όπως φραγμένα ακροφύσια ή μερική μεταφορά αντιδραστηρίου, που έχουν ως αποτέλεσμα τη μη βέλτιστη επεξεργασία καθαρισμού από άλλα αυτόματα συστήματα συχνής χρήσης. 2. Στοιχεία προϊόντος, συνθήκες αποθήκευσης και επεξηγήσεις συμβόλων ΠΡΟΪΌΝ ΜΈΓΕΘΟΣ ΑΡ. ΚΑΤ. Maxwell CSC DNA FFPE Kit 48 preps AS1350 Για διαγνωστική χρήση in vitro. Μόνο για επαγγελματική χρήση. Επαρκεί για 48 αυτόματες απομονώσεις από δείγματα FFPE. Τα φυσίγγια Maxwell FFPE Cartridges προορίζονται για μία μόνο χρήση. 15 C 30 C 6010TB 48 Περιλαμβάνει: 25ml Mineral Oil 20ml Lysis Buffer 2 1ml Proteinase K (PK) 100µl Blue Dye 1ml RNase A 48 Maxwell FFPE Cartridges 50 CSC/RSC Plungers 50 Elution Tubes (0.5ml) 25ml Nuclease-Free Water Συνθήκες αποθήκευσης: Αποθηκεύστε το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit στους 15 30 C. Πληροφορίες ασφαλείας: Τα φυσίγγια αντιδραστηρίων περιέχουν αιθανόλη και ισοπροπανόλη. Αυτές οι ουσίες είναι δυνητικά εύφλεκτες, επιβλαβείς και ερεθιστικές. Τα φυσίγγια Maxwell FFPE Cartridges έχουν σχεδιαστεί για χρήση με δυνητικά μολυσματικές ουσίες. Χρησιμοποιήστε κατάλληλο προσωπικό προστατευτικό εξοπλισμό (π.χ. γυαλιά και γάντια) κατά το χειρισμό δυνητικά μολυσματικών ουσιών. Ακολουθήστε τις κατευθυντήριες οδηγίες του ιδρύματός σας σχετικά με το χειρισμό και την απόρριψη όλων των δυνητικά μολυσματικών ουσιών που χρησιμοποιήθηκαν με το σύστημα αυτό. 2 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 TM395 Αναθεώρηση 5/18 www.promega.com

Προσοχή: Χειριστείτε τα φυσίγγια με προσοχή, τα άκρα σφράγισης ενδέχεται να είναι αιχμηρά. Περισσότερες πληροφορίες: Τα στοιχεία του κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit είναι κατάλληλα και πιστοποιημένα μέσω ποιοτικού ελέγχου για την αλληλεπίδρασή τους. Δεν συνιστάται η ανάμιξη στοιχείων κιτ διαφορετικών παρτίδων. Χρησιμοποιείτε μόνο τα στοιχεία που παρέχονται σε κάθε κιτ. Επεξηγήσεις συμβόλων Σύμβολο Επεξήγηση Σύμβολο Επεξήγηση In vitro διαγνωστική ιατρική συσκευή Εξουσιοδοτημένος αντιπρόσωπος 15 C 30 C Αποθήκευση στους 15-30 C. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Κατασκευαστής Προσοχή Ερεθιστικό Καρκινογόνο Τα περιεχόμενα επαρκούν για «n» εξετάσεις Ευρωπαϊκή Συμμόρφωση Προειδοποίηση. Βιολογικός κίνδυνος. Προειδοποίηση. Κίνδυνος σύνθλιψης. Αριθμός καταλόγου Αριθμός παρτίδας Μην κάνετε επαναληπτική χρήση Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 3 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18

3. Προοριζόμενη χρήση προϊόντος Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit προορίζεται για χρήση, σε συνδυασμό με το όργανο Maxwell CSC και τη μέθοδο καθαρισμού Maxwell CSC DNA FFPE, ως μια ιατρική συσκευή για διάγνωση in vitro (IVD) για την εκτέλεση αυτόματης απομόνωσης DNA από ανθρώπινα δείγματα ιστού μαστού, πνεύμονα ή κόλον FFPE (που έχει μονιμοποιηθεί σε φορμόλη και εγκλειστεί σε παραφίνη). Το κεκαθαρμένο DNA είναι κατάλληλο για χρήση σε διαγνωστικές εξετάσεις in vitro που βασίζονται στην ενίσχυση. Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE kit προορίζεται για χρήση σε θερμοκρασία μεταξύ 15 C και 30 C. Η χρήση εκτός αυτού του εύρους θερμοκρασίας ενδέχεται να μην εμφανίσει τα βέλτιστα αποτελέσματα. Τα δείγματα FFPE που προετοιμάζονται χρησιμοποιώντας 10% φορμόλης ουδέτερου ρυθμιστικού διαλύματος μπορούν να χρησιμοποιηθούν με το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit δεν προορίζεται για χρήση στο πλαίσιο μιας συγκεκριμένης διαγνωστικής εξέτασης. Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit προορίζεται αποκλειστικά για επαγγελματική χρήση. Τα διαγνωστικά αποτελέσματα που προκύπτουν με τη χρήση κεκαθαρμένου DNA σε αυτό το σύστημα πρέπει να ερμηνεύονται σε συνδυασμό με άλλα κλινικά ή εργαστηριακά δεδομένα. 4. Περιορισμοί χρήσης προϊόντος Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit προορίζεται μόνο για χρήση με δείγματα ιστού FFPE που συλλέγονται από ανθρώπινο μαστό, πνεύμονα ή κόλον. Δεν προορίζεται για χρήση με δείγματα ιστού μη-ffpe, όπως φρέσκα ή κατεψυγμένα δείγματα ιστού, ή με δείγματα ιστού FFPE που δεν έχουν συλλεγεί από ανθρώπινο μαστό, πνεύμονα ή κόλον. Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit δεν προορίζεται για χρήση με άλλους τύπους δειγμάτων, συμπεριλαμβανομένων δειγμάτων μη ανθρώπινης προέλευσης, ή για τον καθαρισμό RNA. Το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit δεν προορίζεται για χρήση με δείγματα ιστού που έχουν προετοιμαστεί με άλλα στερεωτικά διαλύματα πλην της 10% φορμόλης ουδέτερου ρυθμιστικού διαλύματος. Η απόδοση του κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit έχει αξιολογηθεί με απομόνωση του DNA από δείγματα ιστού FFPE με εύρος μεγέθους από 0,1 mm 3 έως 2,0 mm 3. Δεν προορίζεται για χρήση με δείγματα εκτός αυτού του εύρους. Ο χειριστής είναι υπεύθυνος για τον καθορισμό των χαρακτηριστικών απόδοσης που απαιτούνται για την εκτέλεση διαγνωστικών εφαρμογών downstream. Κατάλληλοι οροί ελέγχου θα πρέπει να περιλαμβάνονται σε όλες τις διαγνωστικές εφαρμογές downstream χρησιμοποιώντας κεκαθαρμένο DNA χρησιμοποιώντας το κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit. 4 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 TM395 Αναθεώρηση 5/18 www.promega.com

5. Πριν ξεκινήσετε Υλικά που παρέχονται από το χειριστή μικροφυγοκέντρηση πιπέτες και ακροφύσια πιπετών για μεταφορά προεπεξεργασμένων δειγμάτων στα προγεμισμένα φυσίγγια αντιδραστηρίων σωλήνες 1,5 2,0 ml για επώαση δειγμάτων (π.χ. Microtube, 1,5 ml [Κατ. αρ. V1231]) θερμαντικές πλάκες στους 56 C και στους 80 C (Σημείωση: Η θερμαντική πλάκα θα πρέπει να ρυθμίζεται στην απαιτούμενη θερμοκρασία. Η πραγματική θερμοκρασία της θερμαντικής πλάκας θα πρέπει να μετράται σε θερμοκρασία εντός των προδιαγραφών βαθμονόμησης του θερμόμετρου που χρησιμοποιείται για τη μέτρηση.) Δείγματα FFPE με συνολικό όγκο ιστού από 0,1 έως 2,0 mm 3 (Σημείωση: Τα δείγματα θα πρέπει να αποθηκεύονται σε θερμοκρασία δωματίου [15 30 C].) λεπίδες ξυραφιού (Σημείωση: Να είστε προσεχτικοί κατά τη χρήση των λεπίδων για την απομάκρυνση δείγματος από το πλακίδιο.) 5.A. Προετοιμασία δειγμάτων FFPE Προεπεξεργασία δειγμάτων ενότητας 1. Τοποθετήστε την ενότητα σε σωλήνα μικροφυγοκέντρησης 1,5 ml. Αν χρησιμοποιείτε ενότητες ιστού σε πλακίδια, ξύστε την ενότητα από το πλακίδιο χρησιμοποιώντας μια καθαρή λεπίδα ξυραφιού. 2. Προσθέστε 300 µl ορυκτέλαιου στους σωλήνες δείγματος. Αναδεύστε για 10 δευτερόλεπτα. 3. Θερμάνετε τα δείγματα στους 80 C για 2 λεπτά. Τοποθετήστε τα δείγματα σε θερμοκρασία δωματίου κατά την προετοιμασία του κύριου μίγματος. 4. Προετοιμάστε ένα κύριο μίγμα ρυθμιστικού διαλύματος λύσης, πρωτεϊνάσης K και μπλε χρώσης όπως εμφανίζεται παρακάτω. Αντιδραστήριο Ποσότητα/Αντίδραση Αντιδράσεις (Αριθμός προς εκτέλεση + 1) Ολικό Ρυθμιστικό διάλυμα λύσης 224 µl n + 1 224 (n + 1) µl Πρωτεϊνάση K 25 µl n + 1 25 (n + 1) µl Μπλε χρώση 1 µl n + 1 1 (n + 1) µl 5. Προσθέστε 250 µl κύριου μίγματος σε κάθε σωλήνα δείγματος και αναδεύστε για 5 δευτερόλεπτα. 6. Εκτελέστε φυγοκέντρηση στα 10.000 g για 20 δευτερόλεπτα για διαχωρισμό των στρωμάτων. Αν υπάρχει καθίζημα στο υδατικό στρώμα (χαμηλότερο, μπλε στρώμα), αναμίξτε απαλά την υδατική φάση με μια πιπέτα. 7. Μεταφέρετε τους σωλήνες δείγματος σε θερμαντική πλάκα στους 56 C και εκτελέστε επώαση για 30 λεπτά. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 5 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18

8. Μεταφέρετε τους σωλήνες δείγματος σε θερμαντική πλάκα στους 80 C και εκτελέστε επώαση για 4 ώρες. 9. Μεταφέρετε τους σωλήνες δείγματος στον πάγκο εργασίας και αφήστε το δείγμα να κρυώσει σε θερμοκρασία δωματίου για 5 λεπτά. 10. Προσθέστε 10 µl RNase A σε κάθε σωλήνα δείγματος. Αναμίξτε με πιπέτα. 11. Εκτελέστε επώαση για 5 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου (15 30 C). 12. Εκτελέστε φυγοκέντρηση με μέγιστη ταχύτητα σε μικροφυγοκέντρηση για 5 λεπτά. 13. Μεταφέρετε αμέσως μπλε, υδατική φάση που περιέχει το DNA στο βύθισμα αρ.1 του φυσιγγίου Maxwell FFPE πριν την Ενότητα 6, Βήμα 5. 5.B. Προετοιμασία φυσιγγίου Maxwell FFPE Cartridge 1. Αλλάξτε γάντια πριν το χειρισμό των φυσιγγίων Maxwell FFPE, των εμβόλων CSC/RSC και των σωλήνων έκπλυσης. Τα φυσίγγια είναι τοποθετημένα στο δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC Deck Tray έξω από το όργανο και ο δίσκος πλατφόρμας που περιλαμβάνει τα φυσίγγια και τα δείγματα μεταφέρεται στο όργανο για καθαρισμό. Τοποθετήστε τα φυσίγγια που θα χρησιμοποιηθούν στο δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC Deck Tray (Εικόνα 2). Τοποθετήστε κάθε φυσίγγιο στο δίσκο πλατφόρμας με βύθισμα αρ.1 (το βαθύτερο βύθισμα στο φυσίγγιο) όσο πιο μακρυά γίνεται από τους σωλήνες έκπλυσης. Πιέστε το φυσίγγιο προς τα κάτω για να ασφαλίσει στη θέση του. Βεβαιωθείτε ότι και τα δύο άκρα του φυσιγγίου έχουν τοποθετηθεί σωστά στο δίσκο πλατφόρμας. Αφαιρέστε προσεκτικά τη σφράγιση, μέχρι να αφαιρεθεί ολόκληρη η πλαστική σφράγιση από το πάνω μέρος του φυσιγγίου. Πριν από την τοποθέτηση των φυσιγγίων στο δίσκο πλατφόρμας, βεβαιωθείτε ότι έχει αφαιρεθεί όλη η ταινία σφράγισης και τυχόν υπολείμματα κολλώδους ουσίας. Προσοχή: Χειριστείτε τα φυσίγγια με προσοχή. Τα άκρα σφράγισης ενδέχεται να είναι αιχμηρά. 2. Τοποθετήστε ένα έμβολο στο βύθισμα αρ.8 σε κάθε φυσίγγιο. Σημείωση: Χρησιμοποιείτε μόνο τα έμβολα που παρέχονται στο κιτ Maxwell CSC FFPE Kit. Τα έμβολα για τα κιτ Maxwell 16 LEV και SEV Kits δεν είναι συμβατά με το όργανο Maxwell CSC. 3. Τοποθετήστε ένα κενό σωλήνα έκπλυσης στη θέση σωλήνα έκπλυσης για κάθε φυσίγγιο στο δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC Deck Tray. Σημείωση: Χρησιμοποιείτε μόνο τους σωλήνες έκπλυσης που παρέχονται στο κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Άλλοι σωλήνες έκπλυσης ενδέχεται να μην είναι συμβατοί με το όργανο Maxwell CSC και ενδέχεται να επηρεάσουν την απόδοση καθαρισμού DNA. 4. Προσθέστε 50 µl νερού χωρίς νουκλεάσες στον πυθμένα κάθε σωλήνα έκπλυσης. Σημείωση: Χρησιμοποιείτε μόνο νερό χωρίς νουκλεάσες που παρέχεται στο κιτ Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Η χρήση άλλων ρυθμιστικών διαλυμάτων έκπλυσης ενδέχεται να επηρεάσουν τον καθαρισμό DNA. Σημειώσεις προετοιμασίας φυσιγγίου Maxwell FFPE Cartridge 1. Εάν επεξεργάζεστε λιγότερα από 16 δείγματα, τοποθετήστε τα φυσίγγια στο κέντρο του δίσκου πλατφόρμας. 6 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 TM395 Αναθεώρηση 5/18 www.promega.com

2. Καθαρίστε διαρροές δείγματος ή αντιδραστηρίου σε οποιοδήποτε σημείο του Maxwell CSC Deck Tray όπως υποδεικνύεται στο εγχειρίδιο λειτουργίας του οργάνου Maxwell CSC. Μη χρησιμοποιείτε λευκαντικό σε κανένα μέρος του οργάνου. 11339TC 1 2 3 4 5 6 7 8 1. Ρυθμιστικό Binding Buffer διάλυμα δέσμευσης 2. Μαγνητικά Magnetic Particles σωματίδια 3. Ρυθμιστικό Wash Solution διάλυμα πλύσης 4. Ρυθμιστικό Wash Solution διάλυμα πλύσης 5. Ρυθμιστικό Wash Solution διάλυμα πλύσης 6. Ρυθμιστικό Wash Solution διάλυμα πλύσης 7. Empty 7. Κενό 8. Empty 8. Κενό Well Content User Adds: Προσθήκες 1. Preprocessed χειριστή sample περιεχομένου βυθίσματος: 1. 8. Προεπεξεργασμένο CSC/RSC Plunger δείγμα 8. Έμβολο CSC/RSC Εικόνα 1. Φυσίγγιο Maxwell FFPE Cartridge. Αυτή η εικόνα εμφανίζει τα περιεχόμενα ενός φυσιγγίου. Το προεπεξεργασμένο δείγμα FFPE προστίθεται στο βύθισμα αρ.1 και ένα έμβολο προστίθεται στο βύθισμα αρ.8. 10828TB Εικόνα 2. Ρυθμίσεις και διαμόρφωση του δίσκου πλατφόρμας Maxwell CSC Deck Tray. Νερό χωρίς νουκλεάσες προστίθεται στους σωλήνες έκπλυσης όπως υποδεικνύεται. 6. Κύκλος λειτουργίας οργάνου Η μέθοδος Maxwell CSC FFPE Method μπορεί να ληφθεί σε τοπικό δίσκο από τον ιστότοπο της Promega, μεταβαίνοντας στη διεύθυνση: www.promega.com/resources/tools/maxwellcscmethod. Για πιο λεπτομερείς πληροφορίες, ανατρέξτε στο τεχνικό εγχειρίδιο Maxwell CSC Methods Installation #TM401. 1. Ενεργοποιήστε το όργανο Maxwell CSC και το Tablet PC. Η διεπαφή χρήστη του οργάνου ξεκινάει αυτόματα και το όργανο εκτελεί αυτοδιαγνωστικό έλεγχο και μετακίνηση όλων των κινούμενων μερών στην αρχική τους θέση. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 7 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18

6. Κύκλος λειτουργίας οργάνου (συνέχεια) 2. Επιλέξτε «Εναρξη» στην αρχική οθόνη. 3. Σαρώστε ή εισάγετε το γραμμοκώδικα μεθόδου στην ετικέτα Maxwell CSC DNA FFPE Kit για αυτόματη επιλογή της μεθόδου προς εκτέλεση (Εικόνα 3). Σημείωση: Ο γραμμοκώδικας μεθόδου Maxwell CSC DNA FFPE Kit απαιτείται για τον καθαρισμό DNA στο όργανο Maxwell CSC. Η ετικέτα κιτ περιλαμβάνει δύο γραμμοκώδικες. Ο γραμμοκώδικας μεθόδου υποδεικνύεται στην Εικόνα 3 παρακάτω. Αν ο γραμμοκώδικας δεν μπορεί να σαρωθεί, επικοινωνήστε με την τεχνική υπηρεσία της Promega. Εικόνα 3. Η ετικέτα κιτ που υποδεικνύει το γραμμοκώδικα μεθόδου για σάρωση. Το κόκκινο πλαίσιο υποδεικνύει το γραμμοκώδικα μεθόδου για σάρωση στην ετικέτα κιτ για έναρξη του κύκλου λειτουργίας καθαρισμού. 11588TA 4. Επιλέξτε τις θέσεις φυσιγγίου για κύκλο λειτουργίας (βλέπε εγχειρίδιο λειτουργίας οργάνου Maxwell CSC) και σαρώστε ή εισάγετε χειροκίνητα τις απαιτούμενες πληροφορίες παρακολούθησης δείγματος. Αποεπιλέξτε τις θέσεις που δεν χρησιμοποιούνται. Επιλέξτε «Συνέχεια» όταν είστε έτοιμοι. 5. Βεβαιωθείτε ότι τα δείγματα έχουν προστεθεί στο βύθισμα αρ.1 των φυσιγγίων (όπως υποδεικνύεται στην Ενότητα 5.Α), ότι τα φυσίγγια είναι τοποθετημένα στο όργανο, ότι οι σωλήνες έκπλυσης που περιέχουν 50 µl νερού χωρίς νουκλεάσες υπάρχουν και ότι τα έμβολα είναι τοποθετημένα στο βύθισμα αρ.8. 6. Μεταφέρετε το δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC που περιλαμβάνει τα προετοιμασμένα φυσίγγια στην πλατφόρμα του οργάνου Maxwell CSC. Βεβαιωθείτε ότι ο δίσκος πλατφόρμας είναι τοποθετημένος στο όργανο Maxwell CSC με τους σωλήνες έκπλυσης σε μικρή απόσταση από τη θύρα. Η τοποθέτηση του δίσκου πλατφόρμας στο όργανο είναι δυνατή μόνο σε αυτόν τον προσανατολισμό. Αν συναντάτε δυσκολία κατά την τοποθέτηση του δίσκου πλατφόρμας στην πλατφόρμα, επιβεβαιώστε το σωστό προσανατολισμό. Βεβαιωθείτε ότι ο δίσκος πλατφόρμας βρίσκεται σε απόλυτα οριζόντια θέση στην πλατφόρμα οργάνου. Σημείωση: Κρατήστε το δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC Deck Tray από τις πλευρές του για αποφυγή απόσπασης των φυσιγγίων από τον υποδοχέα. Προειδοποίηση: Κίνδυνος σύνθλιψης. 8 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 TM395 Αναθεώρηση 5/18 www.promega.com

7. Βεβαιωθείτε ότι όλες οι διαδικασίες προεπεξεργασίας που υποδεικνύονται έχουν εκτελεστεί, και πατήστε στο «Εναρξη» για κλείσιμο της θύρας οργάνου και την έναρξη της επεξεργασίας. 8. Ο κύκλος λειτουργίας καθαρισμού στο όργανο Maxwell CSC ξεκινάει άμεσα. Η οθόνη εμφανίζει τα βήματα που εκτελούνται καθώς και τον χρόνο που υπολείπεται, κατά προσέγγιση, για την ολοκλήρωση του κύκλου λειτουργίας. Σημείωση: Αν ο κύκλος λειτουργίας ακυρωθεί πριν την ολοκλήρωσή του, το όργανο εκτελεί έκπλυση των σωματιδίων από τα έμβολα και τα έμβολα εξωθούνται στο βύθισμα αρ. 8 του φυσιγγίου. Τα δείγματα χάνονται. Μην επιχειρήσετε να εκτελέσετε εκ νέου καθαρισμό των δειγμάτων από κύκλο λειτουργίας οργάνου που έχει ακυρωθεί. 9. Όταν ολοκληρωθεί ο αυτοματοποιημένος κύκλος λειτουργίας καθαρισμού, η οθόνη Tablet PC εμφανίζει ένα μήνυμα που ενημερώνει ότι η μέθοδος ολοκληρώθηκε. «Τέλος κύκλου λειτουργίας». Τέλος κύκλου λειτουργίας 10. Μετά την εφαρμογή της μεθόδου, ακολουθήστε τις οδηγίες που εμφανίζονται στην οθόνη για να ανοίξετε τη θύρα. Βεβαιωθείτε ότι τα έμβολα βρίσκονται στο βύθισμα αρ.8 του φυσιγγίου κατά την ολοκλήρωση του κύκλου λειτουργίας. Αφαιρέστε το δίσκο πλατφόρμας από το όργανο και αφαιρέστε τα δείγματα έκπλυσης από το δίσκο πλατφόρμας. Αν όλα τα έμβολα δεν έχουν αφαιρεθεί από τη ράβδο εμβόλων: Ακολουθήστε τις ερωτήσεις στην οθόνη για εκτέλεση της μεθόδου καθαρισμού για ένα κύκλο λειτουργίας που ακυρώθηκε. Εναλλακτικά, επιλέξτε τη μέθοδο καθαρισμού από την οθόνη ρυθμίσεων για ένα κύκλο λειτουργίας που ολοκληρώθηκε με επιτυχία για απομάκρυνση των υπόλοιπων εμβόλων. 11. Τοποθετήστε ένα πώμα και αφαιρέστε τους σωλήνες έκπλυσης που περιέχουν DNA αμέσως μετά τον κύκλο λειτουργίας για την αποφυγή εξάτμισης των προϊόντων έκπλυσης. Αφαιρέστε το δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC από το όργανο. Σημείωση: Μετά την αυτοματοποιημένη διαδικασία καθαρισμού, ο δίσκος πλατφόρμας Maxwell CSC ενδέχεται να είναι ζεστός. Για να αφαιρέσετε τον υποδοχέα από την πλατφόρμα οργάνου, κρατήστε τον υποδοχέα από τις πλευρές του. Βεβαιωθείτε ότι έχετε αφαιρέσει τα δείγματα από το όργανο πριν εκτελέσετε αποστείρωση με ακτινοβολία UV, ώστε να αποφευχθεί τυχόν αλλοίωση του κεκαθαρμένου νουκλεϊκού οξέος. 12. Αφαιρέστε τα φυσίγγια και τα έμβολα από το δίσκο πλατφόρμας Maxwell CSC και απορρίψτε τα ως επικίνδυνα απορρίμματα, σύμφωνα με τις διαδικασίες του ιδρύματός σας. Τα φυσίγγια, τα έμβολα και οι σωλήνες έκπλυσης προορίζονται για μία μόνο χρήση. Μην επαναχρησιμοποιείτε τα φυσίγγια Maxwell FFPE, τα έμβολα CSC/RSC ή τους σωλήνες έκπλυσης. 7. Διαδικασία μετά τον καθαρισμό Βεβαιωθείτε ότι η απόδοση του δείγματος κεκαθαρμένου DNA και καθαρότητας πληρούν τις απαιτήσεις εισαγωγής για την κατάλληλη διαγνωστική ανάλυση downstream πριν τη χρήση σε αυτή την ανάλυση. Η απόδοση του κιτ αξιολογήθηκε με βάση τον καθαρισμό του ενισχυμένου DNA. Άλλοι τρόποι ποσοτικοποίησης, συμπεριλαμβανομένων της απορρόφησης ή της δέσμευσης φθορίζουσας χρώσης, ενδέχεται να μην σχετίζονται με την ενίσχυση (1). Οι ενδείξεις απορρόφησης για τα δείγματα FFPE ενδέχεται να υπερεκτιμούν την απόδοση. Συνιστάται η χρήση άλλων μεθόδων για τον καθορισμό της απόδοσης (1). Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 9 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18

8. Αντιμετώπιση προβλημάτων Για τυχόν ερωτήσεις που δεν περιλαμβάνονται στο παρόν, επικοινωνήστε με το τοπικό υποκατάστημα ή αντιπρόσωπο της Promega. Πληροφορίες επικοινωνίας διατίθενται στη διεύθυνση: www.promega.com. E-mail: techserv@promega.com Πρόβλημα Συγκέντρωση DNA χαμηλότερη από την αναμενόμενη σε προϊόν έκπλυσης Μια τυπική ενότητα FFPE θα πρέπει να έχει απόδοση ενισχυμένου DNA ανάλογα με το μέγεθος του ιστού, την κυτταρικότητα, τη συνθήκη στερεωτικού φορμόλης και το χειρισμό. Αίτια και σχόλια Η απόδοση του κιτ έχει αξιολογηθεί με απομόνωση του DNA από δείγματα ιστού FFPE με εύρος μεγέθους από 0,1 mm 3 έως 2,0 mm 3. Δεν έχει σχεδιαστεί για χρήση με δείγματα εκτός αυτού του εύρους. Χρησιμοποιήστε ενότητες που εμπίπτουν σε αυτό το εύρος. Το κιτ έχει σχεδιαστεί μόνο για χρήση με δείγματα ιστού FFPE που συλλέγονται από ανθρώπινο μαστό, πνεύμονα ή κόλον. Δεν έχει σχεδιαστεί για χρήση με δείγματα ιστού μη-ffpe, όπως φρέσκα ή κατεψυγμένα δείγματα ιστού, ή με δείγματα ιστού FFPE που δεν έχουν συλλεγεί από ανθρώπινο μαστό, πνεύμονα ή κόλον. Οι χρόνοι επώασης και οι θερμοκρασίες έχουν δοκιμαστεί μόνο για ανθρώπινο μαστό, πνεύμονα και κόλον. Το κιτ δεν έχει σχεδιαστεί για χρήση με δείγματα ιστού που έχουν προετοιμαστεί με άλλα στερεωτικά διαλύματα πλην της 10% φορμόλης ουδέτερου ρυθμιστικού διαλύματος. Συμβουλευτείτε το εργαστήριο παθολογίας ή τον προμηθευτή για να διασφαλίσετε ότι δεν έχει χρησιμοποιηθεί εναλλακτικό στερεωτικό διάλυμα. Δεν υπάρχουν αξιώσεις για χρωσμένα πλακίδια ή ενότητες. Επαναλάβετε τον καθαρισμό με μη χρωσμένο πλακίδιο ή ενότητα. Η απόδοση του κιτ αξιολογήθηκε με βάση τον καθαρισμό του ενισχυμένου DNA. Άλλοι τρόποι ποσοτικοποίησης, συμπεριλαμβανομένων της απορρόφησης ή της δέσμευσης φθορίζουσας χρώσης, ενδέχεται να μην σχετίζονται με την ενίσχυση. Χρησιμοποιήστε μια ποσοτικοποίηση ενίσχυσης για αξιολόγηση του καθαρισμού. 10 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 TM395 Αναθεώρηση 5/18 www.promega.com

Πρόβλημα Ποιότητα χαμηλότερη από την αναμενόμενη Το προϊόν έκπλυσης περιέχει κατακερματισμένο DNA ή αναστολείς αναλύσεων downstream. Αίτια και σχόλια Η ενότητα ιστού που χρησιμοποιείται για τον καθαρισμό ενδέχεται να περιλαμβάνει κατακερματισμένο DNA λόγω των συνθηκών στερέωσης φορμόλης ή του χειρισμού. Αν το DNA έχει κατακερματιστεί πριν την εξαγωγή/καθαρισμό, το κατακερματισμένο DNA θα καθαριστεί με αυτό το κιτ. Επαναλάβετε με μια παρακείμενη ενότητα για να αξιολογήσετε αν υπάρχει πρόβλημα με την ενότητα ή με τη διαδικασία. Μερικές αναλύσεις με βάση ενίσχυσης είναι εξαιρετικά ευαίσθητες στην παρουσία αναστολέων. Οροί ελέγχου αναλύσεων downstream θα πρέπει να αναγνωρίζουν την παρουσία ενός αναστολέα ενίσχυσης στο προϊόν έκπλυσης. Ο χειριστής είναι υπεύθυνος για τον έλεγχο συμβατότητας του προϊόντος με τις αναλύσεις downstream. 9. Βιβλιογραφία 1. Bonin, S. et al. (2010) Multicentre validation study of nucleic acids extraction from FFPE tissues. Virchows Arch. 457, 309 17. 10. Περίληψη αλλαγών Η παρακάτω αλλαγή έχει γίνει στην αναθεώρηση 5/18 του παρόντος εγγράφου: 1. Ενημερώθηκε για συμπερίληψη των απαιτήσεων της Οδηγίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης IVD (98/79/ΕΚ). a) Αρ. διπλώματος ευρεσιτεχνίας Η.Π.Α. 6027945, 6368800 και 6673631, Αρ. διπλώματος ευρεσιτεχνίας στην Ευρώπη 0895546, 1367137 και 1204741, Αρ. διπλώματος ευρεσιτεχνίας στην Ιαπωνία 3253638 και 4425513. 2013 5, 2018 Promega Corporation. Με την επιφύλαξη παντός δικαιώματος. Η ονομασία Maxwell είναι κατοχυρωμένο εμπορικό σήμα της Promega Corporation. Τα προϊόντα ενδέχεται να καλύπτονται από διπλώματα ευρεσιτεχνίας που εκκρεμούν ή έχουν εκδοθεί ή ενδέχεται να έχουν συγκεκριμένους περιορισμούς. Για περισσότερες πληροφορίες, επισκεφτείτε την ιστοσελίδα μας. Όλες οι τιμές και οι προδιαγραφές υπόκεινται σε αλλαγές χωρίς προηγούμενη ειδοποίηση. Αξιώσεις που αφορούν το προϊόν υπόκεινται σε αλλαγές. Για τις πιο πρόσφατες πληροφορίες σχετικά με τα προϊόντα της Promega, επικοινωνήστε με την τεχνική υπηρεσία της Promega ή επισκεφτείτε τον κατάλογο της Promega στο διαδίκτυο. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Αριθμός χωρίς χρέωση στις Η.Π.Α. 800-356-9526 Τηλέφωνο 608-274-4330 Φαξ 608-277-2516 11 www.promega.com TM395 Αναθεώρηση 5/18