ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ Νικόλαος A. Παπανδρέου Ηµεροµηνία Γέννησης 14-4-1962 Διεύθυνση κατοικίας: Ασκληπιού 94, 114 71 Αθήνα, τηλ. 2106458507, 6976690267 Οικογενειακή κατάσταση: Έγγαµος µε δύο παιδιά. Ι.Δ.Α.Χ. στο Γεωπονικό Πανεπιστήµιο Αθήνας. Διεύθυνση εργασίας: Εργαστήριο Γενετικής, Γεωπονικό Πανεπιστήµιο Αθήνας, Ιερά Οδός 75, 118 55 Αθήνα. Τηλ. 2105294372, Φαξ 2105294322, Email papandre@aua.gr Διδάκτωρ στη Φυσική των Στερεών Ειδίκευση 1. Φυσική των Στερεών: Μέταλλα, Ηµιαγωγοί και Κεραµικά. Φαινόµενα µεταφοράς (ηλεκτρικές/µαγνητικές/θερµικές ιδιότητες). Λεπτά υµένια, ανοµοιογενή υλικά, µικροδοµή. 2. Φυσική Στερεών στα Βιοµόρια: Δοµή πρωτεϊνών, ανάλυση κρυσταλλογραφικών δεδοµένων, προσοµοιώσεις µοριακής δυναµικής. Πληροφορική Πληροφορική και διαδίκτυο σε περιβάλλοντα UNIX-like (Linux, MacOSX, Solaris) και Windows. Επιστηµονικός Προγραµµατισµός σε Fortran και C. Ανάπτυξη ιστοσελίδων για το διαδίκτυο. Διαχείριση εξυπηρετητών δικτύου Apache, Windows Server και CMS. Διδακτικό Έργο Συµµετοχή στη Διδασκαλία προπτυχιακών µαθηµάτων και εργαστηρίων στο Γεωπονικό Πανεπιστήµιο, καθώς και στο Π.Μ.Σ. «Βιοπληροφορική» του Πανεπιστηµίου Αθηνών. Διδασκαλία Εργαστηρίων Φυσικής στα Τ.Ε.Ι. Πειραιά και Αθήνας. Ανάπτυξη ιστοσελίδων Εκπαιδευτικού υλικού µέσω διαδικτύου (e-learning). ΣΠΟΥΔΕΣ 1980-1985: Πτυχίο Φυσικής στο Πανεπιστήµιο Αθηνών.
1985-1986: Μεταπτυχιακό Δίπλωµα D.E.A. Φυσικής των Στερεών στο Πανεπιστήµιο Paris 6 (Pierre et Marie Curie). 1986-1989: Διδακτορική Διατριβή στη Φυσική Στερεών, στο Πανεπιστήµιο Paris 11 (Orsay), µε υποτροφία του Γαλλικού Υπουργείου Έρευνας. Θέµα: Αλλαγή Φάσης Μετάλλου-Μονωτή σε µη οµογενή λεπτά υµένια Παλλαδίου. ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΚΗ ΠΡΟΫΠΗΡΕΣΙΑ 1986-1989: Υπότροφος του Γαλλικού Υπουργείου Έρευνας για εκπόνηση Διδακτορικού στο Πανεπιστήµιο Paris 11. 1988-1989: Διδάσκων στα µαθήµατα Μηχανικής και Ακουστικής στη Σχολή Εργονοµίας του Πανεπιστηµίου Paris 11. 1990-1991: Ερευνητής (θέση post-doc) στην Ecole Polytechnique στο Παρίσι, µε χρηµατοδότηση από την επιτροπή ατοµικής ενέργειας της Γαλλίας (CEA). 1995-1996: Ερευνητής (θέση post-doc) στο Πανεπιστήµιο Paris 6 µε υποτροφία του ΝΑΤΟ. 1997-1998: Ερευνητής µε σύµβαση Έργου στο Πανεπιστήµιο Ιωαννίνων. 1998-2001: Ερευνητής µε σύµβαση Έργου στο Γεωπονικό Πανεπιστήµιο Αθήνας. 2001-2002: Εργαστηριακός Συνεργάτης στο ΤΕΙ Πειραιά και το ΤΕΙ Αθήνας. 2002-Σήµερα: Εργαστηριακός Συνεργάτης στο ΤΕΙ Πειραιά. 2003-Σήµερα: Διδάσκων στο Π.Μ.Σ. «Βιοπληροφορική» του Πανεπιστηµίου Αθηνών. 2002-Σήµερα: Ερευνητής µε σχέση Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου στο Γεωπονικό Πανεπιστήµιο Αθήνας. EΡEYNHTIKH ΕΜΠΕΙΡΙΑ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΕΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ Φυσική των Στερεών σε µεταλλικά λεπτά υµένια, ηµιαγωγούς και κεραµικά. Μελέτη φαινοµένων µεταφοράς (ηλεκτρική και θερµική αγωγιµότητα, µαγνητοαντίσταση), κρυογενία, ηλεκτρονική µικροσκοπία. Ηλεκτρικές µετρήσεις χαµηλού θορύβου. Εµφύτευση ιόντων σε στερεά. Αλληλεπίδραση ακτινοβολίας ύλης. Μεταβολές της µικροδοµής. Συσχέτιση φαινοµένων µεταφοράς µε τη δοµή και την αταξία σε ατοµικό και µεσοσκοπικό επίπεδο. Φυσική των Στερεών στα πρωτεϊνικά µόρια. Ανάλυση κρυσταλλογραφικών δεδοµένων τρισδιάστατης δοµής πρωτεϊνών. Προσοµοίωση της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών σε Η/Υ µε τεχνικές της Φυσικής των Στερεών (Ενεργειακά µονοπάτια, Monte-Carlo, Voronoi tesselation).
Εφαρµογή στην πρόβλεψη της τρισδιάστατης πρωτεϊνικής δοµής από την αµινοξική ακολουθία. Βάσεις δεδοµένων ενεργειακής σταθερότητας πρωτεϊνών σε µεταλλάξεις. ΔΙΔΑΚΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ 1988-1989: Διδασκαλία Μηχανικής και Ακουστικής (Θεωρία και Εργαστήριο) στη Σχολή Εργονοµίας του Πανεπιστηµίου Paris 11. 2001-2002: Διδασκαλία Εργαστηρίων Φυσικής στο Τ.Ε.Ι. Αθήνας. 2001-Σήµερα: Διδασκαλία Εργαστηρίων Φυσικής στο Τ.Ε.Ι. Πειραιά 2002: Διδασκαλία στο Θερινό Σχολείο του Ινστιτούτου Βιολογίας του Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. Δηµόκριτος. 2002 -Σήµερα: Διδασκαλία θεωρίας και εργαστηρίου στο µάθηµα Μοριακή Αναγνώριση στο Γεωπονικό Πανεπιστήµιο. 2003-σήµερα: Διδασκαλία στο Πρόγραµµα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Βιοπληροφορική» του Πανεπιστηµίου Αθηνών. Μαθήµατα: «Αρχές και Μέθοδοι Βιοπληροφορικής», «Υπολογιστική Ανάλυση Δοµών Βιοµακροµορίων», «Μοριακή Αναγνώριση, Μοριακές Ασθένειες, Δοµικός Σχεδιασµός Φαρµάκων». ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ (επιλογή) Δύο Ελληνο-Γαλλικά προγράµµατα ΠΛΑΤΩΝ (1998-2000, 2001-2003) µε αντικείµενο την εφαρµογή µεθοδολογιών της Φυσικής του Στερεού στην υπολογιστική ανάλυση πρωτεϊνικών δοµών. Ένα Ευρωπαϊκό πρόγραµµα LIFE (2001-2004): Συντονισµένη Δράση (Concerted Action) του Εργαστήριο Γενετικής του Γ.Π.Α. και άλλα 6 ευρωπαϊκά εργαστήρια. Τίτλος Protein Folding Fragments, αντικείµενο η πρόβλεψη πρωτεϊνικής δοµής. Ένα πρόγραµµα στα πλαίσια της Κοινωνίας της Πληροφορίας (2006-2007). Αξιοποίηση Υποδοµής Πλέγµατος Υπολογιστικών Συστηµάτων (GRID) για την Προσοµοίωση-Πρόβλεψη κρίσιµων αµινοξικών θέσεων στην πρωτεϊνική δοµή. Τρία προγράµµατα εκπαίδευσης από απόσταση στα πλαίσια των ευρωπαϊκών προγραµµάτων ΕΠΕΑΕΚ (1997-2000), Κοινωνία της Πληροφορίας (2002-2005) και EQUAL (2004-2008). Ανάπτυξη ιστοσελίδων εκπαιδευτικού περιεχοµένου µε µαθήµατα Βιοτεχνολογίας και Πληροφορικής.
ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ ΣΕ ΔΙΕΘΝΗ ΠΕΡΙΟΔΙΚΑ 1. Nikolaos Papandreou, Pierre Nédellec, Georges Rosenblatt, Medium-energy sputtering of thin films, the approach to percolation, Applied Physics Letters 54 : 537-539 (1989). 2. Nikolaos Papandreou, Pierre Nédellec, Georges Rosenblatt, Percolation-Localisation crossover in sputtered Pd films. Physica A 157: 171-176 (1989). 3. Nikolaos Papandreou, Pierre Nédellec, Modification of weak localisation in annealed Pd films, Physica B 165-166: 281-282 (1990). 4. Nikolaos Papandreou, Pierre Nédellec, Agnès Traverse, Rutherford backscattering experiments on percolating Palladium films, Solid State Communications 73: 285-287 (1990). 5. Libero Zuppiroli, Nikolaos Papandreou, René Kormann, The dielectric responseof Boron carbide due to hopping conduction, Journal of Applied Physics 70 : 246-252 (1991). 6. Nikolaos Papandreou, Pierre Nédellec, Interplay between microscopic and macroscopic disorder in percolating Pd films, Journal de Physique I 2: 707-724 (1992). 7. Nikolaos Papandreou, Makoto Kanehisa, Jacques Chomilier, Folding of the human protein FKBP : lattice Monte-Carlo Simulations. C.R. Acad. Sci. Paris, Sciences de la vie 321: 835-843 (1998). 8. Daniel B. de Oliveira, Elham Harfouch-Hammoud, Heike Otto, Nikolaos Papandreou, Lawrence J. Stern, Hélène Cohen, Berthold O. Boehm, Jean-Marie Bach, Sophie Caillat- Zucman, Tilman Walk, Gunter Jung, Elias Eliopoulos, George K. Papadopoulos, Jean- François Bach, Peter M. van Endert: Structural analysis of two HLA-DR presented autoantigenic epitopes: crucial role of peripheral but not central peptide residues for T-cell receptor recognition. Molecular Immunology 37:813-825 (2000). 9. Jacques Chomilier, Marc Lamarine, Jean-Paul Mornon, Jorge Hernandez Torres, Elias Eliopoulos, Nikolaos Papandreou : Analysis of fragments induced by simulated lattice protein folding. C.R. Biologies 327:431-443 (2004). 10. Nikolaos Papandreou, Igor Berezovsky, Anne Lopes, Elias Eliopoulos, Jacques Chomilier: Universal positions in globular proteins: observation to simulation : European Journal of Biochemistry, 271:4762-4768 (2004). 11. Dariusz Stepniak, L. Willemijn Vader, Yvonne Kooy, Peter A. van Veelen, Antonis Moustakas, Nikolaos A. Papandreou, Elias Eliopoulos, Jan Wouter Drijfhout, George K. Papadopoulos and Frits Koning: T-cell recognition of HLA-DQ2-bound gluten peptides can be influenced by an N-terminal proline at p-1 : Immunogenetics 57(1-2):8-15(2005). 12. M. Lonquety, J. Chomilier, N. Papandreou, Z. Lacroix: SPROUTS: a database for evaluation of the protein stability upon point mutation: Nucleic Acid Research, Database Issue, (2009), Vol.37, D374-D379. 13. J. Hernandez Torres, N. Papandreou, J. Chomilier: Sequence analysis reveal that a TPR-DP module, surrounded by recombinable flanking introns, could be at the origin of eukaryotic Hop and Hip TPR-DP domains and prokaryotic GerD proteins: Cell Stress & chaperons, (2009) 14:281 289 14. T. Thireou, V. Atlamazoglou, N. A. Papandreou, M. Lonquety, J.Chomilier and E. Eliopoulos: Quantitative Prediction of Critical Amino Acid Positions for Protein Folding: Protein & Peptide Letters, 2009, 16(11) Nov 2009. 15. M. Lonquety, J. Chomilier, N. Papandreou, Z. Lacroix: Prediction of stability upon point mutation in the context of the folding nucleus: OMICS 2010 Apr; 14(2):151-6.
ΚΕΦΑΛΑΙΑ ΒΙΒΛΙΩΝ Nikolaos Papandreou, Libero Zuppiroli, Low Temperature ac electrical properties of Boron carbide, p. 85-89 of «Boron-rich solids», editor David Emin, American Institute of Physics, New York 1991. (AIP Conf. Proc., July 1, 1991, Volume 231, pp. 85-89). ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΕΙΣ ΣΕ ΣΥΝΕΔΡΙΑ ΚΑΙ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΑ ΣΧΟΛΕΙΑ (επιλογή) 1. Pierre Nédellec, Nikolaos Papandreou, Propriétés de transport à basse température de films minces de Pd. Ηµερίδα «ανοµοιογενείς αγωγοί» Γαλλική Εταιρεία Ηλεκτρολόγων και Ηλεκτρονικών, Palais de la Découverte, Παρίσι 10/10/1990. 2. Nikolaos Papandreou, Elias Eliopoulos, Marc Lamarine, Jean-Paul Mornon, Jacques Chomilier, Multiple nuclei intermediate states revealed by lattice Monte-Carlo simulation of protein folding, p. 83-87 of Hellenic Society of Biochemistry and Molecular Biology Newsletter, Proceedings of the 52nd meeting, Thessaloniki 2000. 3. Nikolaos Papandreou, Makoto Kanehisa, Simulation sur réseau du repliement des protéines et de sa cinétique. 15 ο συνέδριο Γαλλικής Εταιρείας Βιοφυσικής, Saint Malo, 22-25/9/1996. 4. Jacques Chomilier, Jean-Paul Mornon, Elias Eliopoulos, Nikolaos Papandreou, Simulation du repliement protéique sur réseau, Ηµερίδα προσοµοίωση και πείραµα, Πανεπιστήµιο Paris 6, Παρίσι 5-7 Ιουνίου 2000. 5. Nikolaos Papandreou, Προσκεκληµένος Οµιλητής στο Επιστηµονικό Σχολείο The prediction and mechanism of protein folding: from topology to intermediate states, Cargèse, Κορσική, 20-26/5/2001. Τίτλος της οµιλίας: Folding Simulations on Cubic Lattices. 6. Nikolaos Papandreou, Προσκεκληµένος Οµιλητής στο 2 ο Συνέδριο της Ελληνικής Κρυσταλλογραφικής Εταιρείας, στο ΕΚΕΦΕ Δηµόκριτος, στις 15-16/10/2004. Τίτλος της οµιλίας Κρίσιµες αµινοξικές θέσεις στις πρωτεΐνες: από την δοµική ανάλυση στην προσοµοίωση. 7. Η. Ηλιόπουλος, Α. Χούντας, Γ. Αραβανής, Ν. Α. Παπανδρέου, Σ. Τζάρτος, Κ. Πουλάς, Μ. Ζουριδάκης, Γ. Θωµόπουλος, Μ. Κοκκινίδης και Α. Κανάρης. Παρουσίαση στο 27 ο Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστηµών (Ναύπλιο, Μάιος 2005). Σύστηµα Διαπανεπιστηµιακής Ηλεκτρονικής Εκπαίδευσης στις Βιολογικές Επιστήµες. 8. Παπανδρέου Ν. Προσκεκληµένος Οµιλητής στο θερινό σχολείο του Ινστιτούτου Βιολογίας του ΕΚΕΦΕ Δηµόκριτος, 2002. Τίτλος οµιλίας: «Πρωτεϊνικό Δίπλωµα». ΔΙΕΘΝΕΙΣ ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΕΣ Dr Jacques Chomilier, Institut de Minéralogie et de Physique des Milieux Condensés, IMPMC, Université Paris 6 Prof Zoé Lacroix, Arizona State University ΑΛΛΕΣ ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ Μέλος της Ελληνικής Κρυσταλλογραφικής Εταιρείας (EKE). Μέλος του Πανελληνίου Συλλόγου Διδακτόρων Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου στα Α.Ε.Ι.