Το ανθρώπινο μικροβίωμα και ο ρόλος του στην υγεία και την πρόληψη νοσημάτων

Μέγεθος: px

Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "Το ανθρώπινο μικροβίωμα και ο ρόλος του στην υγεία και την πρόληψη νοσημάτων"

Πλειόνη Μαρκόπουλος
5 χρόνια πριν
Προβολές:

1 Το ανθρώπινο μικροβίωμα και ο ρόλος του στην υγεία και την πρόληψη νοσημάτων Γεωργία Γκιούλα Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Ιατρικής Μικροβιολογίας Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρικό Τμήμα, Α.Π.Θ.

3 Ανθρώπινο μικροβίωμα: το σύνολο των μικροοργανισμών που αποικίζουν το ανθρώπινο σώμα (ευκαρυωτικοί, αρχαία, βακτήρια και ιοί), η γενετική πληροφορία που φέρουν και το περιβάλλον στο οποίο αλληλεπιδρούν

4 Ο άνθρωπος φιλοξενούμενος στο σύμπαν των μικροβίων Άνθρωπος 90% των κυττάρων στο σώμα μας είναι βακτηριακά! Μικρόβια J Infect Dis 2002, 186:S254-S258

6 Αλληλούχηση γονιδίου 16S rrna Fierer et al.,pnas 105:17994 (2008)

9 Αναπνευστικό σύστημα

ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ ΙΑΤΡΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΔΙΕΥΘΥΝΤΡΙΑ: Καθηγήτρια Άννα Παπά-Κονιδάρη Διδακτορική διατριβή Μελέτη του μικροβιώματος του

12 ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ ΙΑΤΡΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΔΙΕΥΘΥΝΤΡΙΑ: Καθηγήτρια Άννα Παπά-Κονιδάρη Διδακτορική διατριβή Μελέτη του μικροβιώματος του ανωτέρου αναπνευστικού συστήματος σε υγιή πληθυσμό της Β. Ελλάδος και έλεγχος της μεταβολής αυτού σε αναπνευστικές λοιμώξεις Τριμελής επιτροπή: Γεωργία Γκιούλα Αγγελική Μελίδου Νικόλαος Μαλισιόβας

13 16S rrna Deep Sequencing for the Characterization of Healthy Human Pharyngeal Microbiome Georgia Gioula, Angeliki Melidou, Panayotis Siasios, Fani Minti, Nikolaos Malisiovas Microbiology Department, School of Medicine, Faculty of Health Science, Aristotle University of Thessaloniki, Thessaloniki, Greece Abstract Background: Deep sequencing methods have made possible the evaluation of the composition of the upper respiratory tract (URT) microbial ecosystem, enabling more accurate studies for the determination of its relationship to human health and disease. The aim of the present study is to characterize the composition and diversity of microbial communities of the pharynx in pharyngeal swabs samples of healthy individuals. Materials and Methods: Ten pharyngeal specimens were obtained from healthy volunteers, who were eligible to the selection criteria. DNA libraries were constructed using primers that selectively amplify the corresponding V2-V9 hypervariable regions of the bacterial 16S rrna. Sequencing was performed using the Ion Torrent PGM instrument. Results: Twelve phyla were identified in the study samples. The most abundant phyla detected, were Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes, followed by Actinobacteria and Fusobacteria. Moreover, 79 families, 79 genera and 137 species were identified. In total, 17 unique differentially abundant families, 30 unique differentially abundant genera and 24 unique differentially abundant species were detected among healthy subgroups with adjusted p-values < According to the genus level, from the 30 unique differentially abundant genera, Moraxella (Proteobacteria) and Gemella (Firmicutes) were present with a statistical significance in non-smokers (padj= 5.06E-10, and 6.64E-03 respectively). Bifidobacterium (Actinobacteria), Alloscardovia (Actinobacteria), Dialister (Firmicutes) and Filifactor (Firmicutes) were detected with a statistically significant difference mostly in smokers (padj=4.29e-04, 5.76E-04, 1.52E-02 and 5.06E-10 respectively). Conclusions: The URT microbiome varies greatly between individuals. Further studies are needed to better understand its dynamics, the intramicrobiota competition and its interactions with the host in health and disease. Keywords: pharyngeal microbiome, 16srRNA, healthy, sequencing (Under submission)

15 Composition of children pharyngeal microbiome by 16S rrna deep sequencing Georgia Gioula, Angeliki Melidou, Panayotis Siasios, Fani Minti, Nikolaos Malisiovas Microbiology Department, School of Medicine, Faculty of Health Science, Aristotle University of Thessaloniki, Thessaloniki, Greece Abstract The upper respiratory tract (URT) is colonised by a large variety of bacteria that constitute the respiratory microbiota. Most do not have a role and may even be protective. The aim of the present study was to analyse the microbiome and characterize the relative abundance of microbial communities of the pharynx by next generation sequencing of the 16S rrna gene of bacteria in healthy children and children with a respiratory infection. Ten phyla were identified in the 8 study subjects. The most abundant phyla detected, were Firmicutes, Proteobacteria and Bacteroidetes, while the relative abundance of each was highly variable across the subjects. At the family, genus and species level, 24 families, 19 genera and 71 species respectively were common both in patients and healthy subjects, while some (28 families and 24 genera) were identified only in healthy subjects and few (7 families, 8 genera and 9 species) were identified only in patients. No statistically significant differences were observed in relation to the age or gender of the subjects. Interestingly, the most abundant bacteria detected in healthy children were Streptococcus, Prevotella, Moraxella, Veillonella and Leptotrichia, while in young patients Moraxella was not detected among the most prevalent bacteria, supporting the notion that it may play a protective role in infection. Protective and pathogenic bacteria have been identified in healthy children and in patients. Such studies can form the basis for new approaches to fight diseases responding poorly to traditional interventions. (Under Submission)

17 Φλεγμονώδη νοσήματα του εντέρου Ho et al. BMC Immunology (2017)

18 Κακοήθη νοσήματα του γαστρεντερικού συστήματος Η μικροχλωρίδα του εντέρου επιδρά στον μηχανισμό της καρκινογένεσης είτε μέσω της δίαιτας, είτε μέσω της αντιφλεγμονώδους δράσης της στο βλεννογόνο του εντέρου Clostridium Bacteroides Bifidobacterium Βακτήρια που παράγουν γαλακτικό οξύ- Lactobacillus

19 Μικροβίωμα και νόσος: παχυσαρκία και μεταβολικό σύνδρομο Bacteroides/Firmicutes

20 Aλλεργικά νοσήματα Λιγότερο αποικισμένα με στελέχη Lactobacillus, Bifidobacterium και Clostridium κατά τον 2 ο μήνα της ζωής τους Υπόθεση της υγιεινής και της μικροχλωρίδας

Αξιοσημείωτη είναι η δράση ορισμένων μεταβολιτών και κυρίως των λιπαρών οξέων μικρής αλύσου που προέρχονται από το εντερικό μικροβίωμα, οι οποίοι δρώντας ως νευροδιαβιβαστές

21 Αξιοσημείωτη είναι η δράση ορισμένων μεταβολιτών και κυρίως των λιπαρών οξέων μικρής αλύσου που προέρχονται από το εντερικό μικροβίωμα, οι οποίοι δρώντας ως νευροδιαβιβαστές παίζουν κρίσιμο ρόλο στην εγκεφαλική λειτουργία. Ειδικά στον αιματοεγκεφαλικό φραγμό έχει προσδιοριστεί ένας τεράστιος αριθμός ειδικών υποδοχέων πρόσδεσης των λιπαρών οξέων.

22 ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ ΙΑΤΡΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΔΙΕΥΘΥΝΤΡΙΑ: Καθηγήτρια Άννα Παπά-Κονιδάρη Διδακτορική διατριβή Μελέτη του μικροβιώματος του εντερικού συτήματος του ανθρώπου σε παιδιά με διάχυτες αναπτυξιακές διαταραχές (αυτισμός) Τριμελής επιτροπή: Γεωργία Γκιούλα Ευθυμία Βαριάμη Νικόλαος Μαλισιόβας

23 ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΥΓΕΙΑΣ ΙΑΤΡΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΔΙΕΥΘΥΝΤΡΙΑ: Καθηγήτρια Άννα Παπά-Κονιδάρη Διδακτορική διατριβή Μελέτη του μικροβιώματος του εντερικού συτήματος του ανθρώπου σε άτομα με λοίμωξη από Clostridium difficile Τριμελής επιτροπή: Καχριμανίδου Μελανία Γκιούλα Γεωργία Μελίδου Αγγελική

Προοπτική τυχαιοποιημένη μελέτη της επίδρασης της αντιβιοτικής προφύλαξης στην ποικιλότητα του μικροβιώματος μετά από μεταμόσχευση αλλογενών

24 Προοπτική τυχαιοποιημένη μελέτη της επίδρασης της αντιβιοτικής προφύλαξης στην ποικιλότητα του μικροβιώματος μετά από μεταμόσχευση αλλογενών αιμοποιητικών κυττάρων Αιματολογική Κλινική- Μονάδα μεταμόσχευσης μυελού των οστών παιδιών κι ενηλίκων Γενικό Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης Γ. Παπανικολάου

25 Α Ψυχιατρική Κλινική Τμήμα Ιατρικής, ΑΠΘ

Σχετικά έγγραφα

Ανθρώπινο μικροβίωμα και νοσήματα. Γεωργία Γκιούλα Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Ιατρικής Μικροβιολογίας Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρικό Τμήμα, Α.Π.Θ.

Ανθρώπινο μικροβίωμα και νοσήματα Γεωργία Γκιούλα Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Ιατρικής Μικροβιολογίας Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρικό Τμήμα, Α.Π.Θ. Αλληλούχηση γονιδίου 16S rrna Fierer et al.,pnas 105:17994