ΕΓΧΕΙΡΙΔΙΟ ΧΡΗΣΗΣ v1.0 Ηλεκτρονικό μάθημα και άσκηση ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ: Εισαγωγή (σύντομη εισαγωγή και πληροφορίες) Σελ. 2 e-μάθημα (αντίγραφα οθόνης) Σελ. 3 e-άσκηση (βοήθεια αντίγραφα οθόνης) Σελ. 16 Οδηγίες (εγκατάσταση, εργασία, παρατηρήσεις) Σελ. 21
Σελ. 2
Σελ. 3
Σελ. 4
Σελ. 5
Σελ. 6
Σελ. 7
Σελ. 8
Σελ. 9
Σελ. 10
Σελ. 11
Σελ. 12
Σελ. 13
Σελ. 14
Σελ. 15
Σελ. 16
Σελ. 17
Σελ. 18
Σελ. 19
Σελ. 20
1. ΕΓΚΑΤΑΣΤΑΣΗ 1.1 MS-Windows κανονική εγκατάσταση: SpectrJ_setup.exe Η εγκατάσταση συμπεριλαμβάνει το ImageJ 1.36 και Java JRE 1.5.0_06. Το αρχείο εγκατάστασης είναι το SpectrJ_setup.exe (about 40MB). Με την εκτέλεσή του εγκαθίσταται το SpectrJ και δημιουργείται συντόμευση εκτέλεσης SpectrJ στην επιφάνεια εργασίας. Αυτόματα εγκαθίσταται και το ImageJ ver. 1.36b, πρόγραμμα επεξεργασίας εικόνων σε Java από τον Wayne Rasband at the National Institute of Mental Health (δες http://rsb.info.nih.gov/ij), συμπεριλαμβανομένου του Java (JRE 1.5.0_06). Η απεγκατάσταση του SpectrJ θα καταργήσει και το ImageJ. 1.2 MS-Windows εγκατάσταση plugin: SpectrJplugin_setup.exe Συμπεριλαμβάνονται μόνο το SpectrJ plugin και το πρόγραμμα εκκίνησης SpectrJ.exe. Το αρχείο εγκατάστασης είναι το SpectrJplugin_setup.exe (~20MB). Πρέπει να έχετε ήδη εγκατεστημένο το ImageJ (version 1.34 ή νεότερο). Θα δημιουργηθεί ο υποκατάλογος SpectrJ κάτω από τον κατάλογο plugin με τα απαραίτητα και το πρόγραμμα εκκίνησης SpectrJ.exe. Μπορείτε να δημιουργήσετε στην επιφάνεια εργασίας μια συντόμευση προς το πρόγραμμα εκκίνησης. Η απεγκατάσταση του SpectrJ δε θα καταργήσει το ImageJ. 1.3 LINUX/UNIX εγκατάσταση plugin: SpectrJ.tar.gz Συμπεριλαμβάνει μόνο το SpectrJ plugin. Πρέπει να έχετε ήδη εγκατεστημένο το ImageJ (version 1.34 ή νεότερο) στο σύστημά σας (δες http://rsb.info.nih.gov/ij). Κάντε unzip και untar to SpectrJ.tar.gz στον υποκατάλογο plugin του ImageJ. Θα δημιουργηθεί ο υποκατάλογος SpectrJ κάτω από το plugin με τα απαραίτητα. Μπορείτε να εκτελείτε το SpectrJ ως plugin από το μενού Plugins του ImageJ. 2. ΕΚΤΕΛΕΣΗ 2.1 MS-Windows SpectrJ πρόγραμμα εκκίνησης Εκκινείτε το SpectrJ κάνοντας διπλό κλικ στο εικονίδιο της συντόμευσης του στην επιφάνεια εργασίας. Στιγμιαία εμφανίζεται το ImageJ και αυτόματα αντικαθίσταται από το κεντρικό μενού του SpectrJ. Έχετε την δυνατότητα επιλογής των λειτουργιών του SpectrJ (Εισαγωγή, e-μάθημα, Βοήθεια, e-άσκηση, Σχετικά, Γλώσσα, και ΈΞΟΔΟΣ). Με την έξοδο από το SpectrJ κλείνει το κεντρικό μενού, στιγμιαία επανεμφανίζεται το ImageJ και κλείνει αυτόματα (δεν έχετε δυνατότητα χρήσης του ImageJ). Αυτός ο τρόπος χρήσης είναι εφικτός ανεξάρτητα από τον τρόπο εγκατάστασης του SpectrJ στα MS-Windows. 2.2 MS-Windows ImageJ/SpectrJ εκτέλεση plugin Επίσης μπορείτε να εκκινήσετε το SpectrJ μέσα από το ImageJ. Εκκινήστε το ImageJ με διπλό κλικ στο εικονίδιο του. Κάντε κλικ στο Plugins στο μενού του ImageJ. Θα εμφανιστεί μια λίστα στην οποία θα επιλέξετε το SpectrJ και θα κάνετε κλικ στην επιλογή με το ίδιο όνομα που θα εμφανιστεί στα δεξιά της λίστας. Το ImageJ θα εξαφανιστεί και θα εμφανιστεί το κεντρικό μενού του SpectrJ. Εδώ, η έξοδος από το SpectrJ κλείνει μόνο το μενού του και επανεμφανίζει το ImageJ με δυνατότητα χρήσης του. Ο τρόπος εκτέλεσης plugin είναι εφικτός ανεξάρτητα από τον τρόπο εγκατάστασης του SpectrJ στα MS-Windows. 2.3 Linux/UNIX ImageJ/SpectrJ εκτέλεση plugin Είναι ακριβώς όπως και η εκτέλεση plugin στα MS-Windows. Όμως, δεν υπάρχει δυνατότητα προγράμματος εκκίνησης. Σελ. 21
2.4 SpectrJ επανεκκίνηση Είτε έχετε εκτελέσει μερικώς είτε έχετε ολοκληρώσει την ηλεκτρονική άσκηση, κατά την επανεκκίνηση θα εμφανιστεί το στάδιο στο οποίο είχατε φθάσει, αρκεί να χρησιμοποιήσετε τον ίδιο κωδικό (παράγραφος 4). 3. ΠΑΡΑΜΕΤΡΟΙ (προαιρετικοί, επηρεάζουν μόνο την e-άσκηση) Υπάρχουν τέσσερεις προαιρετικοί παράμετροι που επηρεάζουν την e-άσκηση. Προβλέπονται ως τρόπος επιτάχυνσης της διαδραστικής εκτέλεσης εάν αυτό είναι επιθυμητό. Οι παράμετροι βρίσκονται στο αρχείο SpectrJ.properties στον υποκατάλογο plugins\spectrj (απλό αρχείο κειμένου). Συμπεριλαμβάνει γραμμές εξήγησης (με το # στην αρχή της γραμμής) and γραμμές με παραμέτρους (όνομα = τιμή). Μην αλλάξετε τις παραμέτρους spjtitle και spjversion. Οι υπόλοιπες τέσσερεις παράμετροι είναι για την e-άσκηση και επηρεάζουν μόνο την διαθεσιμότητα επιλογής του ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ για μια αυτόματη εκτέλεση της συγκεκριμένης διεργασίας (Εντοπισμός, Εξαγωγή και Ταξινόμηση, δες την Βοήθεια) παρουσιάζοντας μόνο τα διαδοχικά βήματα της εκτέλεσης της. mintasks = 4 Κατόπιν ολοκλήρωσης (100%) αυτόν τον αριθμό διεργασιών ενός τύπου, η ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ είναι πάντα διαθέσιμη για αυτή τη διεργασία (π.χ., μετά από την εκτέλεση του Εντοπισμού για τα AF, AS, BF, BS, πεδία η ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ είναι πάντα διαθέσιμη για την εργασία Εντοπισμού για τα υπόλοιπα πεδία CF και CS), ανεξάρτητα από τις παραμέτρους πιο κάτω mindetect = 5 Μετά από τον εντοπισμό αυτού του αριθμού φασμάτων η ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ είναι πάντα διαθέσιμη για την συγκεκριμένη εργασία ΕΝΤΟΠΙΣΜΟΣ minextract = 3 Μετά από την εξαγωγή αυτού του αριθμού φασμάτων η ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ είναι πάντα διαθέσιμη για την συγκεκριμένη εργασία ΕΞΑΓΩΓΗ minclassify = 6 Μετά από την ταξινόμηση αυτού του αριθμού φασμάτων η ΟΛΟΚΛΗΡΩΣΗ είναι πάντα διαθέσιμη για την συγκεκριμένη εργασία ΤΑΞΗΝΟΜΗΣΗ 4. ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΤΟΥ ΧΡΗΣΤΗ Με την πρώτη εκτέλεση της, η e-άσκηση δημιουργεί υποκατάλογο εργασίας στο τοπικό κατάλογο του χρήστη (π.χ., στο C:\Documents and Settings\χρήστης σε σύστημα MS Windows XP Pro). Το όνομα του υποκαταλόγου εργασίας επιλέγεται με την εκκίνησης της άσκησης στο πεδίο διαλόγου "Κωδικός Άσκησης". Ο κατάλογος αυτός δεν καταργείτε από το SpectrJ. Καταγράφει την κατάσταση εκτέλεσης της άσκησης για το ενδεχόμενο προσωρινής διακοπής της και την επαναφορά στην επόμενη επανεκκίνηση της στην κατάσταση προ της διακοπής. Μπορείτε να καταργήσετε τον κατάλογο αυτόν μετά την ολοκλήρωση της άσκησης. Σε περίπτωση που διαφορετικά πρόσωπα εκτελούν την άσκηση με το ίδιο όνομα χρήστη στο συγκεκριμένο υπολογιστή, θα πρέπει να επιλέξουν διαφορετικό κώδικα άσκησης (δες τη Βοήθεια για την e-άσκηση). 5. ΤΟ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑ ΤΗΣ ΑΣΚΗΣΗΣ Το τελικό αποτέλεσμα μετά την ολοκλήρωση της άσκησης είναι πάντα ένα και το ίδιο. Αυτό έχει να κάνει με το γεγονός ότι δεν επιτρέπεται ο χρήστης να παραβλέπει ή να κάνει λάθος στον εντοπισμό, ούτε να ταξινομήσει εσφαλμένα τα προεπιλεγμένα φάσματα, έτσι η τελική στατιστική, απ όπου και το αποτέλεσμα, είναι πάντα ίδια. Σελ. 22