Κεφάλαιο 5-1 5 Μοριακή Αναγνώριση 5.1. Εισαγωγή Ένα από τα σηµαντικότερα χαρακτηριστικά των ζωντανών οργανισµών είναι ότι τα µακροµόρια που περιέχουν κάνουν πολύ εξειδικευµένες αλληλεπιδράσεις µε άλλα µόρια. Η φύση αυτών των αλληλεπιδράσεων και οι µηχανισµοί της επιλογής αποτελούν ένα τµήµα της µοριακής αναγνώρισης που θα ασχοληθούµε σε αυτό το κεφάλαιο. 5.2. Σταθερές σύνδεσης και αποχωρισµού. Η αναγνώριση ορίζεται σε µία βιοχηµική αντίδραση του τύπου; Α+Β ΑΒ Με την σταθερά σύνδεσης: και τη σταθερά αποχωρισµού: [ΑΒ] k i = ---------- [Α][Β] [A][B] k d = ----------- [AB] Εάν [Α]=1 και [Β] =1, [ΑΒ]=10 ( Ένα στα δέκα αποχωρίζεται) τότε k d =10-1, [ΑΒ]=10 3 ( Ένα στα χίλια αποχωρίζεται) τότε k d =10-3 (mμ), [AB]=10 6 ( Ένα στο εκατοµµύριο αποχ.) τότε k d =10-6 (µμ). Πολλές αλληλεπιδράσεις που δεν είναι πολύ εξειδικευµένες έχουν k d στην περιοχή των mm (π.χ. πολλές µη εξειδικευµένες αλληλεπιδράσεις πρωτεινών-dna) ενώ ένα φάρµακο χωρίς παρενέργειες θα έχει ως προς τον υποδοχέα που µπλοκάρει k d στην περιοχή των µμ.
5-2 5.3. Ενέργεια σύνδεσης Η ενέργεια σύνδεσης δίνεται από το τον τύπο G = - R T lnk όπου R= 8 Joule Κ -1 mol -1 Και Κ η σταθερά σύνδεσης. Eτσι για Τ=300 και Κ=10 6 G=-331 kjmol -1. G 310 kjmol -1 17.80 11.86 5.93 0-5.93-11.86-17.80 K 10-3 10-2 10-1 1 10 10 2 10 3 Για στοιχεία σύγκρισης: η θερµική ενέργεια 2.5 KJmol -1 αντιστοιχεί σε Κ=0.37 η ενέργεια ενός απλού δεσµού 400KJmol -1 αντιστοιχεί σε Κ=10 67 5.4. Παράδειγµα Μοριακής Αναγνώρισης Οι πρωτεάσες της σερίνης (τρυψίνη, χυµοτρυψίνη, ελαστάση κλπ. Είναι ένα χαρακτηριστικό παράδειγµα µοριακής αναγνώρισης. Εικόνα 5.1. Οι δοµικές ενότητες (κύλινδροι β-πτυχωτών επιφανειών) των πρωτεασών της σερίνης µε την καταλυτική τριάδα.
5-3 Εικόνα 5.2. Η πρόσδεση του υποστρώµατος (πολυπεπτιδίου) στις πρωτεάσες της σερίνης. Με κόκκινη γραµµοσκίαση υποδηλώνονται οι υδρογονικοί δεσµοί µεταξύ πρωτείνης και υποστρώµατος. Εικόνα 5.3. Το καταλυτικό κέντρο της χυµοτρυψίνης µε τις περιοχές µη εξειδικευµένης πρόσδεσης, ενεργό κέντρο, και εσοχή αναγνώρισης αµινοξέος.
5-4 Εικόνα 5.4. Η καταλυτική τριάδα των πρωτεασών της σερίνης. Εικόνα 5.5. Η εσοχή αναγνώρισης τριών πρωτεασών της σερίνης αναγνωρίζουν διαφορετικά αµινοξέα. Στην µοριακή αναγνώριση συµµετέχουν: 1. Υδρογονικοί εσµοί 2. Αλληλεπιδράσεις Van der Waals 3. Ηλεκτροστατικές Αλληλεπιδράσεις 4. Υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις.
5-5 5.5.Τρόποι σταθεροποίησης εγκλεισµένων ιοντικών φορτίων Τρεις παράγοντες κατευθύνουν τις αλληλεπιδράσεις των εγκλεισµένων ιοντικών φορτίων: 1. Η ύπαρξη υδρογονικών δεσµών εφόσον δεν υπάρχουν αντισταθµιστικά φορτία, ιόντα ή µόρια νερού (εικ. 5.6, 5.8). 2. Οι υδρογονικοί δεσµοί δηµιουργούνται κυρίως µε C=O και ΝΗ των πεπτιδικών οµάδων. 3. Τα αλληλεπιδρώντα πεπτίδια συµµετέχουν σε οµάδες υδρογονικών δεσµών µε την ίδια κατεύθυνση (όπως αυτοί των α-ελίκων). Έτσι δηµιουργείται ένα µερικό αντισταθµιστικό φορτίο του εξουδετερώνει το ιοντικό φορτίο (εικ.5.7) Εικόνα 5.6 Ο εγκλεισµός του φορτίου της Αργ.151 της πρωτεΐνης που δεσµεύει αραβινόζη. Εικόνα 5.7 Ο εγκλεισµός της οµάδας SO 4 = από την πρωτεΐνη που την δεσµεύει χωρίς την χρήση ιοντικών φορτίων αλλά µε την χρήση επαγωγικών από 4 α-έλικες µε κατεύθυνση την περιοχή δέσµευσης.
5-6 Εικόνα 5.8 Η δέσµευση του επαµφοτερίζοντος ιόντος (zwitterion) λευκίνης από την πρωτεΐνη που την δεσµεύει µε την χρήση υδρογονικών δεσµών.
5-7 Παράδειγµα χρήσης ηλεκτροστατικών πεδίων. Η υπεροξιδάση του υδρογόνου (SOD) Εικόνα 5.9
Ο προτεινόµενος µηχανισµός δράσης της SOD Εικόνα 5.10
5-9 5.6. Εντροπικοί όροι στην δηµιουργία συµπλόκων 5.6.1. Εισαγωγή Αυτοί περιλαµβάνουν αλλαγές σε βαθµούς ελευθερίας µετατόπισης και περιστροφής, αλλαγές στην ευελιξία στερεοδοµής και σταθερές ταλάντωσης όπως και καταστάσεις τάξης-αταξίας στο περιβάλλον διαλύτη ( υδρόφοβη αλληλεπίδραση). Όταν δύο µόρια συνενώνονται για να δηµιουργήσουν ένα σύµπλοκο οι τρεις βαθµοί ελευθερίας µετατόπισης χάνονται. Αυτό είναι ισοδύναµο σε Τ S περίπου - 15Kcal/mol πού έρχεται σε αντίθεση µε την δηµιουργία του συµπλόκου. Νέες σταθερές ταλάντωσης στο σύµπλοκο µπορεί αντίθετα να προσφέρουν 1 Kcal/mol περίπου. Όταν δύο µη πολικές (υδρόφοβες) επιφάνειες µορίων έρχονται σε επαφή και διώχνουν το νερό (ή άλλο πολικό διαλύτη) που τους περιβάλλει, τα µόρια του νερού που αλληλεπιδρούσαν µε αυτές τις επιφάνειες είναι τώρα µέρος του γενικότερου διαλύτη και έχουν µεγαλύτερη αταξία. Έτσι η προσέγγιση δύο υδρόφοβων επιφανειών προσφέρει ένα θετικό εντροπικό όρο πού υπολογίζεται σε 20 cal/mole ανά τετραγωνικό Ε υδρόφοβης επιφάνειας που αποµακρύνεται από τον διαλύτη. Ένας αρωµατικός δακτύλιος έχει εµβαδόν περίπου 100 τετρ. Å ήτοι η αποµάκρυνση του από τον διαλύτη προσφέρει -2 kcal/mol. Εποµένως µία συνολική ελεύθερη ενέργεια σύνδεσης -5 kcal/mol µπορεί εύκολα να προέρχεται από τον συνδυασµό ενθαλπικών ( G) και εντροπικών (T S) όπως µε διαφορετικά πρόσηµα. 5.6.2. Η σηµασία της σωστής στερεοδοµής, τοποθέτησης και διεύθυνσης του υποστρώµατος. Λάβετε υπ' όψη σας την παρακάτω απλή περίπτωση από την οργανική χηµεία. Υπάρχει µια τεράστια διαφορά στον ρυθµό κυκλοποίησης µετξύ Α και Β (Κ Β /Κ Α =0.5x10 11 ). Αυτό συµβαίνει γιατί στο Β οι αντιδρούσες οµάδες που παρεµποδίζονται από τούς περιορισµούς στους βαθµούς ελευθερίας (περιστροφές γύρω από τους απλούς οµοιοπολικούς δεσµούς) έχουν ενεργειακά την καλλίτερη θέση κοντά στο σηµείο που γίνεται η κυκλοποίηση. Στην περίπτωση του Α οι θέσεις αυτές είναι ενεργειακά ισοδύναµες µε εκατοµµύρια άλλες. Μιά αντίστοιχη περίπτωση από την ενζυµική δράση της χυµοτρυψίνης και την διάσπαση του ακετυλιοµένου συµπλόκου.
5-10 εδοµένα για το βήµα της διάσπασης του συµπλόκου για µερικά ανάλογα του υποστρώµατος µας δίνουν τους παρακάτω ρυθµούς διάσπασης. Η παρουσία µιας µεγάλης πλευρικής αλυσίδας αυξάνει τον ρυθµό 20 φορές. Η παρουσία ενός αµιδίου (ΝΗ) που σχηµατίζει υδρογονικό δεσµό µε την σερίνη 214 αυξάνει τον ρυθµό 10 φορές. Όταν και τα δύο υπάρχουν ο ρυθµός αυξάνεται 10000 φορές. Και οι δύο αλληλεπιδράσεις είναι εποµένως απαραίτητες για την σωστή τοποθέτηση του υποστρώµατος στην σωστή θέση και κατεύθυνση στις τρεις διαστάσεις. Σηµειώστε όµως ότι µια αύξηση στην ενέργεια σύνδεσης δεν αυξάνει οπωσδήποτε τον ρυθµό της αντίδρασης.
5-11 5.7. Βαθµοί Μοριακής Αναγνώρισης- Αναγνώριση Υψηλής Πιστότητας 5.7.1. Ένζυµα εξαιρετικά υψηλής πιστότητας. Οι πρωτεάσες της σερίνης είναι ένα παράδειγµα ενζύµων µε καλλίτερη από τον µέσο βαθµό αναγνώρισης σε σχέση µε άλλα ένζυµα. Ένα άλλο τέτοιο παράδειγµα είναι η αφυδρογονάση της αλκοόλης που δρα µόνο σε αλκοόλες µε προτίµηση την αιθανόλη αλλά µπορεί και να δρα σε άλλες αλκοόλες µε µεγαλύτερο µήκος αλλά µε χαµηλότερη απόδοση. Υπάρχουν όµως παραδείγµατα όπου απαιτείται πολύ υψηλότερη πιστότητα. Τέτοιες περιπτώσεις περιλαµβάνουν συστήµατα αλυσιδωτών αντιδράσεων µε ένζυµα όπως αυτό της πήξεως του αίµατος και των πεπτικών ενζύµων. Στην περίπτωση των τελευταίων η τρυψίνη ενεργοποιεί τα προένζυµα των άλλων πρωτεασών για την δηµιουσγία χυµοτρυψίνης, καρβοξυπεπτιδάσης, ελαστάσης και φωσφολιπάσης. Και η τρυψίνη όµως παράγεται σε µορφή προενζύµου του τρυψινογόνου. Ο ενεργοποιητής του τρυψινογόνου είναι η εντεροπεπτιδάση που βρίσκεται στην επιφανειακή µεµβράνη των επιθηλίων κυττάρων στο στοµάχι. Αυτό το ένζυµο δεν υδρολύει κάθε πεπτιδικό δεσµό παρά µόνο αυτούς που ακολουθούν την αµινοξική ακολουθία ασπαρτικό-ασπαρτικό-ασπαρτικό-ασπαρτικό-λυσίνη όπως τον πεπτιδικό δεσµό λυσίνη6-ισολευκίνη 7 το τρυψινογόνου. Επειδή η πιθανότητα του να παρατηρηθεί αυτή η ακολουθία είναι µικρότερη από 20 5 γίνεται αντιληπτή η πιστότητα της δράσης της εντεροπεπτιδάσης και της αλυσιδωτής αντίδρασης δηµιουργίας πεπτιδικών ενζύµων. Μια κοινή περίπτωση εξαιρετικά υψηλής εξειδίκευσης ενζύµου είναι αυτών που αναγνωρίζουν τα µόρια trna. Για κάθε αµινοξύ υπάρχει και ένα trna. Για να κατανοήσουµε το πρόβληµα της αναγνώρισης παίρνουµε το ένζυµο που αναγνωρίζει την αλανίνη. Η διαφορά µεταξύ αλανίνης και γλυκίνης είναι ένα µεθύλιο. Αυτό ενεργειακά σηµαίνει 15kJ περίπου ήτοι 100-200 διαφορά στην σταθερά σύνδεσης. Είναι ικανή αυτή η διαφορά για την σύνθεση πρωτεϊνών; Μία τυπική πρωτείνη του E.coli περιέχει περίπου 1000 αµινοξέα. Χωρίς έναν εξειδικευµένο µηχανισµό µε 100-200 διαφορά στην σταθερά σύνδεσης θα έχουµε 10 έως 100 λάθη ανά πρωτείνη στις 3000 πρωτείνες του βακτηρίου ανά γενεά όπου µία γλυκίνη θα αντικαθιστά µια αλανίνη, µία αλανίνη θα αντικαθιστά µια βαλίνη, µία σερίνη θα αντικαθιστά µία θρεονίνη, µία βαλίνη θα αντικαθιστά µια ισολευκίνη κ.ο.κ. Στην πραγµατικότητα όµως µόλις 1 στα 10.000 αµινοξέα είναι λάθος στην σύνθεση πρωτεϊνών. Αντίστοιχα στην µεταγραφή του DNA είναι γνωστός ένας ρυθµός λαθών της τάξεως 10 8-10 10 ενώ ενεργειακοί υπολογισµοί µας δίνουν µόλις 10 4-10 5.
5-12 5.7.2. Σύνθεση πρωτεϊνών και µοριακή αναγνώριση. Το µόριο του trna έχει µία περιοχή του αναγνωρίζει τον κώδικα του mrna (το αντικωδικόνιο) και µία περιοχή που προσδένεται το αµινοξύ. Υπάρχει ένα trna για κάθε αµινοξύ. Αυτό που δεν πρέπει να συµβεί είναι το λάθος αµινοξύ να τοποθετηθεί στη πρωτεϊνική ακολουθία. για κάθε όµως αµινοξύ υπάρχει και ένα ένζυµο η αµινοξική trna συνθετάση που συνδέει το αµινοξύ στο trna. Ετσι η σύνδεση του αµινοξέος είναι µία αντίδραση δύο βηµάτων. E i + i + ATP ==> E i.i-amp + PP i E i.i-amp + trna i ==> i-trna i + AMP + E i Το ένζυµο θα συνδέσει και λάθος αµινοξέα σύµφωνα µε την αντίδραση E i + j + ATP ==> E i.j-amp + PP i αλλά η αντίδραση µε το trnai για την δηµιουργία του συµπλόκου jtrnai δεν σχηµατίζεται. E i.j-amp + trna i ==> j + trna i + AMP + E i Το ότι η τελευταία αντίδραση δεν πραγµατοποιείται οφείλεται στο ότι η σύνδεση του trna µε το ένζυµο αλλάζει την στερεοδοµή του ενζύµου ώστε η υδρόλυση του λάθους αµινοξέος γίνεται πολύ πιο εύκολα από αυτό του σωστού µε την χρήση στερικών αλληλεπιδράσεων. Εικόνα 5.11 Σχηµατική αναπαράσταση της αναγνώρισης των αµινοξέων από το trna δια µέσου της αµινοξικής trna συνθετάσης.
5-13 Το φαινόµενο αυτό τού διπλού ελέγχου αυξάνει την πιστότητα της πρωτεϊνοσύνθεσης στους ρυθµούς που αναφέρθηκαν προηγούµενα. Στην περίπτωση ισοστερικών αµινοξέων, όπως βαλίνης και θρεονίνης η δηµιουργία ενός υδρογονικού δεσµού αντικαθιστά τις στερικές αλληλεπιδράσεις και αυξάνει τον ρυθµό υδρόλυσης. 5.7.3. Επιλογή των πυρηνικών βάσεων στην δηµιουργία της διπλής αλυσίδας του DNA. Η ίδια πολυµεράση συµµετέχει στην δηµιουργία και των τεσσάρων ζευγών. Αναγνωρίζει την γενική µορφή του ζεύγους πυριµιδίνης-πουρίνης αλλά η διακριτικότητα οφείλεται στην συµπληρωµατικότητα των µελών του ζεύγους. Λάθη στα ζεύγη συµβαίνουν επειδή η ενολική µορφή της θυµίνης είναι παρόµοια µε την κετονική µορφή της κυτοσίνης και ή ίµιδο µορφή της κυτοσίνης είναι παρόµοια µε αυτήν της θυµίνης τουλάχιστον όσον αφορά την συµπληρωµατικότητα τους στον σχηµατισµό του ζεύγους. Υπάρχει άλλο ένα ένζυµο που διορθώνει τα λάθη. Αναγνωρίζει ποια βάση είναι η αταίριαστη στο ζευγάρι µια που η αρχική αλυσίδα είναι µεθυλιωµένη και η νέα συντιθέµενη είναι προσωρινά διαφορετική. 5.7.4. Εξέλιξη και µοριακή αναγνώριση. Για να υπάρχουν εξελικτικές διαδικασίες πρέπει να υπάρχει κάποιο λάθος στην µεταγραφή του DNA. Αν δεν υπήρχαν λάθη στην µεταγραφή ή ζωή θα ήταν ανύπαρκτη αφού δεν θα µπορούσε να προσαρµοστεί στο περιβάλλον. Εάν όµως υπήρχαν και πολλά λάθη πάλι η ζωή θα ήταν ανύπαρκτη γιατί µία πετυχηµένη µορφή ζωής δεν θα µπορούσε να µεταδοθεί.
5-14 5.8. Αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών και νουκλεϊνικών οξέων. 5.8.1. Το είδος των αλληλεπιδράσεων µεταξύ πρωτείνης και DNA. Η επιφάνεια διεπαφής του συµπλόκου DNA-πρωτείνης σταθεροποιείται από τις εκατέρωθεν αλληλεπιδράσεις των επιµέρους χηµικών οµάδων. Πολλές πλευρικές αλυσίδες αλληλεπιδρούν µε συγκεκριµένα ζευγάρια βάσεων και συχνά µε περισσότερα από ένα ζευγάρια βάσεων µε δίκτυα υδρογονικών δεσµών. Εικόνα 5.12 (α) υδρόφοβες, (b) ηλεκτροστατικές και (c) πολικές αλληλεπιδράσεις αµινοξέων µε νουκλεϊνικά οξέα. Επίσης µόρια νερού συµµετέχουν σε αλληλεπιδράσεις µεταξύ πρωτείνης και DNA και επίσης καταλαµβάνουν τον κενό χώρο από την ατελή διεπαφή των δύο µορίων. Συχνά τα νερά αυτά θεωρούνται µη οµοιοπολική επέκταση του ενός ή του άλλου µορίου και η παρουσία τους είναι απαραίτητη στην αναγνώριση των νουκλεοτιδικών βάσεων. Ένα χαρακτηριστικό παράδειγµα είναι το µόριο νερού που παρατηρείται στην επαφή του µοτίφ α-έλικα--στροφή--α-έλικα και των βάσεων του χειριστού (operator) εικόνα 5... Τα µόρια νερού συµµετέχουν ενεργά στην εξειδίκευση και την συγγένεια των συµπλόκων DNA-πρωτείνης.
5-15 Εικόνα 5.13 Η συµµετοχή των µορίων νερού στις αλληλεπιδράσεις αµινοξέων µε νουκλεϊνικά οξέα. Όταν η πρωτεΐνη και το DNA σχηµατίζει ένα σύµπλοκο, µέρος της επιφάνειας της πρωτείνης καλύπτεται από την συµπληρωµατική επιφάνεια του DNA και γίνεται µη προσιτό στο διαλύτη. Το εµβαδόν της επιφάνειας που καλύπτεται ποικίλει από 1000 µέχρι και 3000 Å. Η κάλυψη αυτής της επιφάνειας συνεισφέρει ενεργειακά στην σταθερότητα του συµπλόκου είτε µε την κάλυψη υδρόφοβων τµηµάτων των πλευρικών αλυσίδων είτε µε την απελευθέρωση επιφανειακών µορίων νερού και την αύξηση της εντροπίας. Οι ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις επίσης συνεισφέρουν στην δηµιουργία των συµπλόκων DNA-πρωτείνης. Μεγάλης απόστασης ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις επιδρούν στην κατανοµή φορτίου της επιφάνειας πρόσδεσης και δηµιουργούν κατάλληλες συνθήκες για την δηµιουργία του συµπλόκου. Μέτριας απόστασης ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις µπορούν να προκαλέσουν την παραµόρφωση του DNA ή µε την παρουσία διπολικής ροπής λόγω α-έλικας προς την φωσφορική οµάδα της κύριας αλυσίδας του DNA (εικόνα 5.14,5.15).να προσανατολίσουν την πρωτείνη προς το ακριβές σηµείο αναγνώρισης.
5-16 5.8.2. Μη εξειδικευµένες αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών και νουκλεϊνικών οξέων. Η συγγένεια µεταξύ DNA και πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν µε αυτό δεν προσδιορίζεται από συγκεκριµένες αλληλεπιδράσεις µεταξύ ζευγαριών βάσεων και αµινοξικών πλευρικών αλυσίδων αλλά από την δυνατότητα του DNA να αλλάζει την στερεοδοµή του ώστε να δηµιουργούνται συµπληρωµατικές επιφάνειες µεταξύ πρωτεϊνών και DNA (εικόνα 5.14). Εικόνα 5.14 Μη εξειδικευµένες αλληλεπιδράσεις µεταξύ πρωτεϊνών και νουκλεϊνικών οξέων. Οι αλληλεπιδράσεις µεταξύ της φωσφοσακχαρικής αλυσίδας και της πρωτείνης συµβάλλουν στην δηµιουργία στερεοδοµικών αλλαγών και την προσέγγιση των δευτεροταγών δοµών εξειδικευµένης αναγνώρισης προς την µείζονα κοιλότητα του DNA. Στην περίπτωση των προκαρυωτικών καταστολέων µε µοτίφ α-έλικα στροφή α-έλικα είναι τα αµίδια της κύριας αλυσίδας των αµινοξέων της στροφής µετά την έλικα αναγνώρισης που σχηµατίζουν υδρογονικούς δεσµούς µε τις φωσφορικές οµάδες του DNA στην ελάσσονα κοιλότητα (εικόνα 5.15). Ταυτόχρονα µία θετικά φορτισµένη πλευρική αλυσίδα (π.χ. αργινίνη, λυσίνη) εισάγει ένα θετικό φορτίο µεταξύ των αρνητικά φορτισµένων φωσφορικών οµάδων της αντίθετης πλευράς προκαλώντας την συµπίεση της δοµής του DNA. Εικόνα 5.15 Οι αλληλεπιδράσεις µεταξύ της φωσφοσακχαρικής αλυσίδας και της κυρίας αλυσίδας της πρωτείνης
5-17 5.8.3 Εξειδικευµένες αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών και νουκλεϊνικών οξέων.. Η εξειδικευµένη αναγνώριση των περιοχών του DNA από τα µοτίφ αναγνώρισης των πρωτεϊνών (π.χ. έλικα-στροφή-έλικα) (εικόνα 5.16) γίνεται από αλληλεπιδράσεις µεταξύ πλευρικών αλυσίδων των αµινοξέων της περιοχής αναγνώρισης και βάσεων της µείζονος εσοχής του DNA )εικόνα 5.17, 5.18) (υδρογονικοί δεσµοί, ηλεκτροστατικές έλξεις, υδρόφοβη συγγένεια), αλλά και από αλληλεπιδράσεις συµπληρωµατικών περιοχών των δύο βιοµορίων (5.20). Στις τελευταίες συµµετέχουν υδρογονικοί δεσµοί της κύριας αλυσίδας της πρωτείνης και αλληλεπιδράσεις µε την µεσολάβηση µορίων νερού (5.19, 5.20). Εικόνα 5.16. Η περιοχή αναγνώρισης του DNA από τρεις δακτύλους ψευδαργύρου της πρωτείνης. Εικόνα 5.17. Οι αλληλεπιδράσεις των πλευρικών αλυσίδων των στροφών των δακτύλων ψευδαργύρου µε τις συγκεκριµένες βάσεις του DNA.
5-18 Εικόνα 5.18. Λεπτοµέρεια των αλληλεπιδράσεων της εικόνας 5.17. Εικόνα 5.19. Η σύγκριση των επαφών των βάσεων µε τους υποδοχέα του οιστρογόνου και του γλυκοκορτικοειδούς υποδοχέα. Η διαφορά στην αναγνώριση των µεσαίων ζευγών των βάσεων γίνεται µε την διαφοροποίηση των Κ25,Κ32 για τον πρώτο και V462 για τον δεύτερο.
5-19 Εικόνα 5.20. Σύγκριση των εξειδικευµένης και µη εξειδικευµένης αναγνώρισης του DNA από την έλικα του γλυκοκορτικοειδούς υποδοχέα. Στην περίπτωση της µη εξειδικευµένης αναγνώρισης η απόσταση της έλικας από τις βάσεις του DNA είναι µεγαλύτερη (λιγότερες αλληλεπιδράσεις της πρωτεΐνης µε τις βάσεις).