Διαδικτυακό Εργαλείο Εικονικής Ανίχνευσης για την έρευνα στον τομέα της Χημειοπροφύλαξης κατά του Καρκίνου (Web-based Virtual Screening Tool for Cancer Chemoprevention Research) 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου @ Λάρνακα
Περιεχόμενα Τι είναι το Granatum? Ρόλος του Πανεπιστημίου Κύπρου Εικονική Ανίχνευση Διαδικτυακό Εργαλείο Εικονικής Ανίχνευσης για την έρευνα στον τομέα της Χημείο-προφύλαξης κατά του Καρκίνου. 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 2
Τι είναι το Granatum? Έργο μερικώς χρηματοδοτουμενο από την Ευρωπαική Επιτροπή στο 7 ο Προγραμμα Πλαίσιο, στον τομέα του Virtual Physiological Human (ICT-2009.5.3) Κοινωνικος χωρος συνεργασιας που διασυνδεει σημασιολογικα, ερευνητές βιοϊατρικής, τη γνώση και τα δεδομένα για σχεδιασμό και εκτέλεση υπολογιστικών μοντέλων και πειραμάτων στον τομέα της χημειοπροφύλαξης κατά του καρκίνου. http://www.granatum.org/ 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 3
Αναπαράσταση του Granatum 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 4
Πόροι πληροφοριών και δεδομένων 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 5
Ρόλος του Πανεπιστημίου Κύπρου Σχεδιασμός και υλοποίηση Διαδικτυακού Εργαλείου Εικονικής Ανίχνευσης για την έρευνα στον τομέα της Χημείο-προφύλαξης κατά του Καρκίνου. Χρήση του εργαλείου. Επαλήθευση και αξιολόγηση των λειτουργιών και των αποτελεσμάτων που προκύπτουν από την χρήση του εργαλείου. 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 6
Παράδειγμα Εικονικής Ανίχνευσης 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 7
Πρότυπο Εικονικής Ανίχνευσης Input Linked Biomedical Space Databases Files Pre-processing Standardization Descriptor Calculation Fragmentation File format transformations Processing Attribute filter Similarity search Substructure Search Docking Predictive Models Post-processing Cleaning Formatting Output Storage Visualization 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 8
Υπολογιστικά Μοντέλα Μοριακής Πρόσδεσης http://vina.scripps.edu/ 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 9
Σχεδιασμός Υπολογιστικών Μοντέλων Πρόβλεψης 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 10
Εικονική Ανίχνευση (Virtual Screening) www.accelrys.com 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 11
Διαδικτυακό Εργαλείο Εικονικής Ανίχνευσης Διαδικτυακό περιβάλλον. Σχεδιασμός ακολουθειών εικονικής ανίχνευσης. Διασύνδεση με τα αλλα εργαλεία του εργου. Κοινωνικός χώρος συνεργασίας. Χώρος σημασιολογικά διασυνδεδεμένων βιοϊατρικών δεδομένων. Σχεδιασμός υπολογιστικών μοντέλων πρόβλεψης ειδικά για την χρήση στην έρευνα για την χημειοπροφύλαξη κατά του καρκίνου. 11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 12
11 ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 13
BACKGROUND SLIDES 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 14
Όραμα του έργου Να γεφυρώσει το χάσμα της πληροφορίας, της γνώσης και της συνεργασίας μεταξύ των ερευνητών βιοϊατρικής στην Ευρώπη. Να διασφαλίσει οτι η βιοϊατρική επιστημονική κοινώτητα έχει ομογενοποιημένη και ολοκληρωμένη πρόσβαση στους παγκοσμίως διαθέσιμους πόρους πληροφοριών και δεδομένων που απαιτούνται για την εκτέλεση πολύπλοκων πειραμάτων για την χημειοπροφύλαξη κατά του καρκίνου. 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 15
Στόχοι και Προσδοκώμενα Αποτελέσματα Να κατασκευαστεί ενας νέας γενίας χώρος συνεργασίας με σημασιολογικά εμπλουτισμένη και διασυνδεδεμένη βιοϊατρική πληροφορία σχετικά με την χημειοπροφύλαξη κατά του καρκίνου. Να ενισχύσει τη συμβολή και τη συμμετοχή της πανευρωπαϊκής βιοϊατρικής ερευνητικής κοινότητας προς την κατεύθυνση του ενιαίου χώρου συνεργασίας για την χημειοπροφύλαξη κατά του καρκίνου. Υποστήριξη της λήψης ορθών αποφάσεων προς την αποτελεσματική οργάνωση και επιλογή προτεραιοτήτων για το συνδιασμό των ουσιών χημειοπροφύλαξης που θα αναπτυχθούν και θα αξιολογηθούν σε κλινικές δοκιμές. Επικύρωση και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων του έργου με την ανάπτυξη σεναρίων συνεργασίας στην έρευνα για την χημειοπροφύλαξη κατά του καρκίνου. 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 16
WP4 Objectives Identify and apply existing in-silico models and VPH tools for cancer prevention research at several biomedical research labs; Design a scientific algorithmic workflow for the development of in silico chemoprevention models and the discovery of the structural features responsible for the results obtained by a biological screening experiment; Implement the aforementioned workflow including the development of new and customization of existing chemo- and bio- informatics software tools and Rational Drug Design (RDD) methods for the selection and design of promising chemopreventive agents; Test the performance of the implemented workflow and upgrade based on feedback provided; and Develop innovative ways of connecting these scientific workflows and custom in-silico models and algorithms for compound selection to other datasets, hypotheses and evidence included in the Linked Biomedical Data Space, based on semantic technologies. 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 17
GRANATUM Key Architectural and Technological Concepts 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 18
Timing and Relationships of GRANATUM Work-Packages 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 19
Consortium Participants and Their Role 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 20
WP4 Conceptual Modeling and Architecture 11ο Συνέδριο Μαριάννας Λόρδου 21