Introduction to Bioinformatics

Transcript

1 Introduction to Bioinformatics September 2, 2005 Jonathan Pevsner, Ph.D.

2 bioinformatics medical informatics Tool-users public health informatics databases algorithms Tool-makers infrastructure

3 Three perspectives on bioinformatics The cell The organism The tree of life Page 4

4 Βασικό δόγμα της Μοριακής Βιολογίας Ροή της γενετικής πληροφορίας ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ TRANSCRIPTION (RNA SYNTHESIS) DNA RNA πρωτεϊνη φαινότυπος ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ REPLICATION (DNA SYNTHESIS) ΜΕΤΑΦΡΑΣΗ TRANSLATION (PROTEIN SYNTHESIS) Modified from Bioinformatics and Functional Genomics by J Pevsner (ISBN ). Copyright 2003 by Wiley.

5 Time of development Body region, physiology, pharmacology, pathology Page 5

6 Βασικό δόγμα της Μοριακής Βιολογίας Modified from Bioinformatics and Functional Genomics by J Pevsner (ISBN ). Copyright 2003 by Wiley. DNA RNA protein phenotype genome transcriptome proteome Central dogma of bioinformatics and genomics Βασικό δόγμα της Βιοπληροφορικής-Γενωμικής

7 After Pace NR (1997) Science 276:734 Page 6

8 There are three major public DNA databases EMBL Housed at EBI European Bioinformatics Institute GenBank Housed at NCBI National Center for Biotechnology Information DDBJ Housed in Japan Page 16

9 National Center for Biotechnology Information (NCBI) Page 24

10 Entrez integrates the scientific literature; DNA and protein sequence databases; 3D protein structure data; population study data sets; assemblies of complete genomes Page 24

11 Page 35

12 revised Fig. 2.7 Page 29

13 PubMed at NCBI to find literature information

14 Fig. 2.5 Page 25

15 PubMed is National Library of Medicine's search service 12 million citations in MEDLINE links to participating online journals PubMed tutorial (via Education on side bar) Page 24

16 PubMed is the NCBI gateway to MEDLINE. MEDLINE contains bibliographic citations and author abstracts from over 4,600 journals published in the United States and in 70 foreign countries. It has 12 million records dating back to Page 35

17 MeSH is the acronym for "Medical Subject Headings." MeSH is the list of the vocabulary terms used for subject analysis of biomedical literature at NLM. MeSH vocabulary is used for indexing journal articles for MEDLINE. The MeSH controlled vocabulary imposes uniformity and consistency to the indexing of biomedical literature. Page 35

18

19

20 PubMed search strategies Try the tutorial ( education on the left sidebar) Use boolean queries (capitalize AND, OR, NOT) lipocalin AND disease Try using limits Try Links to find Entrez information and external resources Obtain articles on-line via Welch Medical Library (and download pdf files): Page 35

21 1 AND lipocalin AND disease (60 results) 1 OR lipocalin OR disease (1,650,000 results) 1 NOT 2 8/ lipocalin NOT disease (530 results) Fig Page 34

22

23

24

25 cists Medscape Pharmacists

26 ExPASy to access protein and DNA sequences ExPASy sequence retrieval system (ExPASy = Expert Protein Analysis System) Visit

27 Από 01/01/2008 το Σύστημα Bιβλιοθηκών ΑΠΘ εξασφάλισε πρόσβαση και στις παρακάτω ιατρικές πηγές:

28 Ιατρική Πύλη με πρόσβαση στο πλήρες κείμενο - όπου το ίδρυμα διαθέτει συνδρομή. Προσφέρει περιεκτική, έγκαιρη πρόσβαση στη φαρμακολογική και βιοϊατρική βιβλιογραφία με διεθνή κάλυψη. Περιέχει πάνω από 18 εκατομμύρια περισσότερα

29 m/cgibin/mrwhome/ /home The Cochrane Library Η Cochrane Library είναι μια συλλογή βάσεων δεδομένων. Από τις βάσεις αυτές η Cochrane Reviews περιέχει περιστατικά πάνω στα οποία μπορούν να στηριχθούν ιατρικές αποφάσεις. Επίσης, εμπερι-έχονται βάσεις με αξιόπιστες πληροφορίες όπως τεχνολογικές αξιολογήσεις, οικονομία της Υγείας και μεμονωμένες κλινικές δοκιμές κ.ά

30 ( eweb/index.jsp BMJ Clinical Evidence Iατρικές πηγές που βοηθούν στη λήψη ιατρικών αποφάσεων θεραπείας και στη βελτίωση της περίθαλψης των ασθενών μέσω μιας βελτιωμένης, γρήγορης και εύκολης αναζήτησης της ιατρικής πληροφορίας. Είναι μία βάση που διαρκώς ενημερώνεται, καλύπτοντας περίπου 3000 κλινικές επεμβάσεις σε πάνω από 570 κλινικές περιπτώσεις.