Αθήνα,

Transcript

1 Εθνικό και Καποδιζηριακό Πανεπιζηήμιο Αθηνών Ιαηρική Στολή Εργαζηήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιαηρικής Σηαηιζηικής ¹ Εργαζηήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιαηρικής Σηαηιζηικής, Ιαηρική Στολή, Πανεπιζηήμιο Αθηνών, Αθήνα ² Department of Clinical Microbiology, Instituto de Investigación IBS, Complejo Hospitalario Universitario Granada, Centro San Cecilio-PTS, Granada ³ Centro Nacional de Epidemiología, Universidad de Alcalá de Henares, Madrid Αθήνα,

2 Κατανομή των HIV-1 υπότυπων ςτην Ιςπανία Ν = 6,632 Paraskevis et al (under submission)

3 Επιπολαςμόσ του CRF02_AG ςτην Ιςπανία Ν = 6,632 Prevalence = 5.97% p < Paraskevis et al (under submission)

4 Φυλογζνεια του CRF02_AG Spain % αλληλοστιών ζε μονοθσλεηικές ομάδες: 61.7 Μονοθσλεηικές ομάδες: 81 Εύρος: 2-79 αλληλοστίες Ν = 3,693 Kostaki et al (under submission)

5 Σκοπόσ Η εκτίμθςθ των κφριων επιδθμιολογικϊν χαρακτθριςτικϊν τθσ μεγαλφτερθσ επιμζρουσ τοπικισ επιδθμίασ του CRF02_AG ςτθν Ιςπανία

6 Υλικό Αναλφκθκαν οι αλλθλουχίεσ που ςχθμάτιςαν τθν μεγαλφτερθ μονοφυλετικι ομάδα του CRF02_AG ςτθν Ιςπανία (Ν=79). Οι αλλθλουχίεσ: προιλκαν από δυο βάςεισ δεδομζνων: a) CoRIS ( ) b) Eastern Andalusia Resistance Cohort ( ) είχαν απομονωκεί από HIV(+) που διαγνϊςκθκαν το χρονικό διάςτθμα μεταξφ 2003 και 2013 ςτθν Ιςπανία ιταν διακζςιμεσ ςτο γονίδιο pol (PΤ/RT)

7 Μζθοδοι (1) Αναλφκθκαν με τθ μζκοδο μοριακοφ ρολογιοφ ςτο πρόγραμμα ΒEAST v1.8.0 όλεσ οι αλλθλουχίεσ που βρζκθκαν εντόσ τθσ μεγαλφτερθσ μονοφυλετικι ομάδασ και για τισ οποίεσ υπιρχε διακζςιμθ θμερομθνία δειγματολθψίασ (Ν=72). Η ανάλυςθ βαςίςτθκε ςε μεκόδουσ Μπεχηιανισ Συμπεραςματολογίασ: HKY μοντζλο νουκλεοτιδικισ αντικατάςταςθσ Γ κατανομι για τθ διόρκωςθ του ρυκμοφ ανομοιογζνειασ uncorrelated lognormal relaxed clock μοντζλο μοριακοφ ρολογιοφ μθ-παραμετρικι προςζγγιςθ για τθν εκτίμθςθ των δθμογραφικϊν δεδομζνων του πλθκυςμοφ (Bayesian skyline) ο MCMC αλγόρικμόσ ζτρεξε για 30 x 10⁶ επαναλιψεισ, με δειγματολθψία ανά 3,000 βιματα και το πρϊτο 10% των επαναλιψεων να ζχει οριςκεί ωσ burn-in HKY: Hasegawa, Kishino and Yano MCMC: Markov Chain Monte Carlo

8 Μζθοδοι (2) Η φυλογεωγραφικι ανάλυςθ πραγματοποιικθκε ςτο πρόγραμμα Mesquite v3.0.1: μζκοδο μζγιςτθσ φειδωλότθτασ χρονολογθμζνθ τοπολογία που εκτιμικθκε από τθν ανάλυςθ μοριακοφ ρολογιοφ

9 Αποτελέσματα

10 Αποτελζςματα (1) Γεωγραφική κατανομή αλληλουχιϊν που ςχημάτιςαν την μεγαλφτερη μονοφυλετική ομάδα του CRF02_AG ςτην Ιςπανία (επιμζρουσ τοπική επιδημία) Γεωγραφική περιοχή δειγματοληψίασ Αριθμόσ αλληλουχιϊν ανά γεωγραφική περιοχή (%) Χϊρα δειγματοληψίασ Αριθμόσ αλληλουχιϊν ανά χϊρα (%) Ιςπανία 57 (79.2) Δυτικι Ευρϊπθ 65 (90.2) Ελβετία 4 (5.6) Σουθδία 3 (4.2) Γερμανία 1 (1.2) Ανατολικι Αςία 7 (9.8) Ιαπωνία 7 (9.8) Σφνολο 72 (100) 72 (100)

11 Φυλοδυναμική ανάλυςη tmrca: 1998 (διάμεζη εκηίμηζη, 95% HPD Interval: ) tmrca: time to Most Recent Common Ancestor (χρόνοσ κατά τον οποίο ξεκίνηςαν οι μεταδόςεισ) 95% HPD Interval: 95% διάςτημα μζγιςτησ πυκνότητασ τησ εκ των υςτζρων πιθανότητασ Ne x T: ενεργόσ αριθμόσ λοιμϊξεων x χρόνοσ γενεάσ

12 Φυλογεωγραφική τοπολογία Ν=3, 4.2% Ν=7, 9.8% Χϊρα δειγματοληψίασ

13 Φυλογεωγραφική τοπολογία Ν=4 Ν=6 Ν=5 Ν=58 Εθνικότητα

14 Φυλογεωγραφική τοπολογία Μαδρίτη Ν=29, 56.9% Ιςπανική κοινότητα

15 Φυλογεωγραφική τοπολογία MSM Ν=37, 72.5% Ομάδα κινδφνου MSM: Men who have Sex with Men

16 Συμπεράςματα Η μελζτθ μασ ζδειξε ότι το πιο ενεργό ςθμείο τθσ μεγαλφτερθσ επιδθμίασ του CRF02_AG ςτθν Ιςπανία ιταν θ Μαδρίτθ, με μεταδόςεισ που ςχετίηονταν με MSM Η φπαρξθ επιμζρουσ επιδθμιϊν ςε διαφορετικζσ κοινότθτεσ υποδθλϊνει ότι ζγιναν μεταδόςεισ από τθ Μαδρίτθ προσ άλλεσ κοινότθτεσ Το γεγονόσ ότι οι αλλθλουχίεσ των Ιςπανόφωνων ομαδοποιικθκαν ξεχωριςτά υποδεικνφει ότι θ επιδθμία αυτι δεν ςυνδζεται με τισ επιμζρουσ τοπικζσ επιδθμίεσ Εν τζλει, θ γενετικι απόκλιςθ των μθ-ιςπανικϊν υποομάδων είναι ενδεικτικι του ότι θ υπό μελζτθ επιδθμία ζχει μθ-ιςπανικι προζλευςθ

17 Juan Berenguer, Julia del Amo, Federico García, Félix Gutiérrez, Pablo Labarga, Santiago Moreno y María Ángeles Muñoz. Field work, data management and analysis: Paz Sobrino Vegas, Victoria Hernando Sebastián, Belén Alejos Ferreras, Débora Álvarez, Susana Monge, Inma Jarrín, Santiago Pérez Cachafeiro. BioBank: M Ángeles Muñoz-Fernández, Isabel García-Merino, Coral Gómez Rico, Jorge Gallego de la Fuente y Almudena García Torre. Participating Centres: Hospital Universitario de Canarias (Santa Cruz de Tenerife): Juan Luis Gómez Sirvent, Patricia Rodríguez Fortúnez, María Remedios Alemán Valls, María del Mar Alonso Socas, María Inmaculada Hernández Hernández, Felicitas Díaz-Flores, Dácil García Rosado y Ricardo Pelazas González. Hospital Carlos III (Málaga): Jesús Santos González, Manuel Márquez Solero, Isabel Viciana Ramos, Rosario Palacios Muñoz. Vispo, Carmen Solera, Carmen de Mendoza, Ana Treviño, Eva Poveda, Gustavo Manuzza, Lourdes Anta. Hospital Clinic IDIBAPS, universidad de Barcelona (Barcelona): José M. Miró, Christian Manzardo, Laura Zamora, Iñaki Pérez, Mª Teresa García, Carmen Ligero, José Luis Blanco, Felipe García-Alcaide, Esteban Martínez, Josep Mallolas, José M. Gatell. Hospital Doce de Octubre (Madrid): Rafael Rubio, Federico Pulido, Silvana Fiorante, Jara Llenas, Violeta Rodríguez, Mariano Matarranz, Rafael Delgado. Hospital Donostia (San Sebastián): José Antonio Iribarren, Julio Arrizabalaga, María José Aramburu, Xabier Camino, Francisco Rodríguez-Arrondo, Miguel Ángel von Wichmann, Lidia Pascual Tomé, Miguel Ángel Goenaga, Mª Jesús Bustinduy, Harkaitz Azkune Galparsoro. Hospital General Universitario de Elche (Elche): Félix Gutiérrez, Mar Masiá, Sergio Padilla, Cristina López, Juan Carlso Rodríguez, Andrés Navarro, Fernando Montolio, Catalina Robledano García, Rafael Pascual. Hospital Gregorio Marañón (Madrid): Juan Berenguer, Juan Carlos López Bernaldo de Quirós, Pilar Miralles, Jaime Cosín Ochaíta, Matilde Sánchez Conde, Isabel Gutiérrez Cuellar, Margarita Ramírez Schacke, Belén Padilla Ortega, Paloma Gijón Vidaurreta. Hospital Universitario La Paz (Madrid): Juan González García, Ignacio Bernardino de la Serna, José Ramón Arribas López, María Luisa Montes Ramírez, Jose Mª Peña, Blanca Arribas, Juan Miguel Castro, Francisco Javier Zamora Vargas, Ignacio Pérez Valero, Miriam Estébanez, Silvia García Bujalance, Natalia Stella y Jesús Mingorance. Hospital de la Princesa (Madrid): Ignacio de los Santos, Jesús Sanz Sanz, Ana Salas Aparicio, Cristina Sarriá Cepeda. Hospital San Pedro-CIBIR (Logroño): José Antonio Oteo, José Ramón Blanco, Valvanera Ibarra, Luis Metola, Mercedes Sanz, Laura Pérez-Martínez. Hospital Universitario Mutua de Terrassa (Terrassa): David Dalmau, Angels Jaén Manzanera, Mireia Cairó Llobell, Daniel Irigoyen Puig, Laura Ibáñez, Queralt Jordano Montañez, Mariona Xercavins Valls, Javier Martinez-Lacasa, Pablo Velli, Roser Font. Hospital de Navarra (Pamplona): María Rivero, Itziar Casado, Jorge Díaz, Javier Uriz, Jesús Repáraz, Carmen Irigoyen, María Jesús Arraiza. Hospital Parc Taulí (Sabadell): Ferrán Segura, María José Amengual, Eva Penelo, Gemma Navarro, Montserrat Sala, Manuel Cervantes, Valentín Pineda. Hospital Ramón y Cajal (Madrid): Santiago Moreno, José Luis Casado, Fernando Dronda, Ana Moreno, María Jesús Pérez Elías, Dolores López, Carolina Gutiérrez, Beatriz Hernández, María Pumares, Paloma Martí. Hospital San Cecilio (Granada): Federico García García, José Hernández Quero, Alejandro Peña Monje, Leopoldo Muñoz Medina, Jorge Parra Ruiz, Vicente Guillot, Marta Alvarez y Natalia Chueca. Centro Sanitario Sandoval (Madrid): Jorge Del Romero Guerrero, Carmen Rodríguez Martín, Teresa Puerta López, Juan Carlos Carrió Montiel, Paloma Raposo,Mar Vera García y Juan Ballesteros Martín. Hospital Son Espases (Palma de Mallorca): Melchor Riera, Javier Murillas, Maria Peñaranda, Maria Leyes, Mª Angels Ribas, Antoni Campins, Concepcion Villalonga, Carmen Vidal. Hospital Universitario de Valme (Sevilla): Juan Antonio Pineda, Eva Recio Sánchez, Fernando Lozano de León, Juan Macías, José Carlos Palomares, Manuel Parra, Jesús Gómez-Mateos. Hospital Virgen de la Victoria (Málaga): Jesús Santos González, Manuel Márquez Solero, Isabel Viciana Ramos, Rosario Palacios Muñoz. Hospital Universitario Virgen del Rocío (Sevilla): Pompeyo Viciana, Manuel Leal, Luis Fernando López- Cortés, Mónica Trastoy,, Pilar Pérez Romero. Hospital Universitario La Fé (Valencia): José López Aldeguer, Juan Cordoba Cortijo, José Miguel Molina, Marta Montero Alonso, Marino Blanes Juliá, Miguel Salavert Lletí, José Lacruz Rodrigo. Hospital Universitario de Santiago (Santiago: Antonio Antela López y Antonio Aguilera Ortiz. Centro Colaborador: Centro Nacional de Microbiología (Majadahonda): Lucía Pérez Álvarez, Miguel Thomson Okatsu, Elena Delgado Blanco, Yolanda Vega Rocha. Ευχαριςτίεσ