Βιοχημεία Ι Β-2
Μικρά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-3
Aλειφατικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-4
Ιμινοξύ Βιοχημεία Ι Β-5
Αρωματικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-6
Βιοχημεία Ι Β-7 Η Tyr και η Trp απορροφούν στα 280nm-έτσι μετράται η συγκέντρωση πρωτεϊνικών διαλυμάτων
Υδροξυ- αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-8
Βιοχημεία Ι Β-9 Σουλφυδρυλικό αμινοξύ
Βιοχημεία Ι Β-10 Βασικά αμινοξέα
Καρβοξυλικά αμινοξέα Καρβοξαμιδικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-11
Κάποια αμινοξέα τροποποιούνται χημικάμετά τη μετάφρασημετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις αμινοξέων Βιοχημεία Ι Β-13
L D
Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από αμινοξέα-οπτικά ισομερή Βιοχημεία Ι Β-16
CORN Βιοχημεία Ι Β-17
Τιτλοδότηση α-καρβοξυλίου και α-αμινομάδας αμινοξέων pi: ph όπου το συνολικό φορτίο είναι μηδενικό Βιοχημεία Ι Β-21
Βιοχημεία Ι Β-26
Μερικά αμινοξέα είναι πιο «ογκώδη» από άλλα με μεγαλύτερες ακτίνες van der Waals βασικό χαρακτηριστικό που συχνά καθορίζει πόσο συμπαγής είναι μια πρωτεΐνη Βιοχημεία Ι Β-27
Οι πρωτεΐνες είναι γραμμικά πολυμερή Η υδρόλυση του πεπτιδικού δεσμού είναι αυθόρμητη διαδικασία, αλλά... η κινητική της πολύ βραδεία >1000 χρόνια
Η πολυπεπτιδική αλυσίδα έχει συγκεκριμένη φορά Βιοχημεία Ι Β-30
Πολυπεπτιδική αλυσίδα: Ομοειδείς ομάδες στον κορμό και μεταβλητές πλευρικές αλυσίδες, τα χαρακτηριστικά των οποίων καθορίζουν τις φυσικοχημικές ιδιότητες (π.χ. pi) και τη λειτουργικότητα των πρωτεϊνών Βιοχημεία Ι Β-31
Η πολυπεπτιδική αλυσίδα συχνά περιέχει δισουλφιδικές γέφυρες Βιοχημεία Ι Β-32
Ο πρώτος προσδιορισμός πρωτοταγούς δομής πρωτεΐνης: Bovine insulin - Sanger, 1953 Βιοχημεία Ι Β-33
Διαστάσεις πεπτιδικού δεσμού Βιοχημεία Ι Β-34 Δομές συντονισμού
Ο πεπτιδικός δεσμός ορίζει ένα επίπεδο Ca, C, O, N, H στο ίδιο επίπεδο Β-35
Ο πεπτιδικός δεσμός έχει trans διάταξη (Cα διαδοχικών αμινοξέων σε αντίθετες πλευρές του πεπτιδικού δεσμού) λόγω στερεοχημικής παρεμπόδισης, αλλά Cα Cα σε δεσμούς X-Pro οι ενέργειες cis και trans είναι πλησιέστερα και απαντώνται και οι δύο Βιοχημεία Ι Β-36
Συνοπτικά, ο πεπτιδικός δεσμός: Είναι συνήθως trans Έχει εν μέρει (40%) χαρακτήρα διπλού δεσμού Έχει μήκος 0.133 nm βραχύτερος από απλό δεσμό, μακρύτερος από διπλό δεσμό Λόγω του χαρακτήρα διπλού δεσμού, τα 6 άτομα που συμμετέχουν στη δημιουργία του πεπτιδικού δεσμού βρίσκονται στο ίδιο επίπεδο! Το N φέρει μερικό θετικό φορτίο- το O μερικά αρνητικό Βιοχημεία Ι Β-37
Τα αμινοξέα, τα πεπτίδια, οι πρωτεΐνες «αναπνέουν»
Γλυκοζυλίωση αιμοσφαιρίνης
Οι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες
Η ιεραρχία στην πρωτεϊνική δομή Πρωτοταγής Δευτεροταγής Τριτοταγής Τεταρτοταγής Βιοχημεία Ι Β-47
Δευτεροταγής δομή πρωτεϊνών Η δευτεροταγής δομή αναφέρεται στην τοπική διαμόρφωση τμήματος της πολυπεπτιδικής αλυσίδας που σχηματίζεται από υδρογονοδεσμούς μεταξύ ατόμων του πολυπεπτιδικού σκελετού (C=O και N-H) Οι πιο κοινοί τύποι κανονικής δευτεροταγούς δομής: 1. α-έλικα 2. β-πτυχωτή επιφάνεια 3. β-στροφές
Δευτεροταγής δομή: α-έλικα Προτάθηκε από Pauling (Βραβείο Nobel 1954) Βιοχημεία Ι Β-49
Υδρογονοδεσμοί στην α-έλικα Υδρογονοδεσμός μεταξύ C=O του αμινοξέος i και N- H του i+4 Υδρογονοδεσμός μεταξύ C=O του αμινοξέος i και N-H του i+4 Βιοχημεία Ι Β-51
Οι πλευρικές αλυσιδες στην α-έλικα: Στρέφονται προς το εξωτερικό της α-έλικας, γειτονεύουν ανά 3 ή 4 αμινοξέα και μπορεί να απωθούνται ή να οδηγούν σε στερεοχημική παρεμπόδιση Julie Newd oll "Rise of the Alpha Helix" (2003) Βιοχημεία Ι Β-52
Τα β-πτυχωτά φύλλα αποτελούνται από β-κλώνους β-κλώνος C N β-πτυχωτό φύλλο Βιοχημεία Ι Β-54
β-στροφές ή θηλειές αλλάζουν την κατεύθυνση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας και συνδέουν α-έλικες ή β-κλώνους ή α-έλικα με β-κλώνο Σχεδόν 30% κατά μέσο όρο των αμινοξέων βρίσκονται σε β- στροφές Pro και Gly κυριαρχούν στις β- στροφές Βιοχημεία Ι Β-55
Tριτοταγής δομή Στο σχηματισμό της τριτοταγούς δομής βασικό ρόλο (επιπλέον των υδρογονοδεσμών που καθορίζουν τη δευτεροταγή δομή) παίζουν οι μεγάλου βεληνεκούς αλληλεπιδράσεις μεταξύ πλευρικών ομάδων γειτονικών και απομακρυσμένων στην αμινοξική αλληλουχία αμινοξέων Βιοχημεία Ι Β-56
Η flavodoxin είναι α/β πρωτεΐνη
Η φερριτίνη, αποθήκη σιδήρου, αποτελείται από α-έλικεςα-πρωτεΐνη Βιοχημεία Ι Β-59
Τεταρτοταγής δομή Οι πρωτεΐνες μπορεί να περιέχουν περισσότερες από μια πολυπεπτιδικές αλυσίδες (υπομονάδες) Μια πολυπεπτιδική αλυσίδα μονομερής πρωτεΐνη Περισσότερες από μια πολυπεπτιδικές αλυσίδες (υπομονάδες) πολυμερής πρωτεΐνη Ομοπολυμερής 2 ή περισσότερα αντίτυπα της ίδιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας Ετεροπολυμερής 2 ή περισσότερα είδη πολυπεπτιδικής αλυσίδας Βιοχημεία Ι Β-60
Ribonuclease- Anfinsen, 1950 Ανενεργή- Αποδιπλωμένη Ενεργή- Αναδιπλωμένη Βιοχημεία Ι Β-63