Introduction to Bioinformatics 260.602.01 September 2, 2005 Jonathan Pevsner, Ph.D. pevsner@jhmi.edu
bioinformatics medical informatics Tool-users public health informatics databases algorithms Tool-makers infrastructure
Three perspectives on bioinformatics The cell The organism The tree of life Page 4
Βασικό δόγμα της Μοριακής Βιολογίας Ροή της γενετικής πληροφορίας ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ TRANSCRIPTION (RNA SYNTHESIS) DNA RNA πρωτεϊνη φαινότυπος ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ REPLICATION (DNA SYNTHESIS) ΜΕΤΑΦΡΑΣΗ TRANSLATION (PROTEIN SYNTHESIS) Modified from Bioinformatics and Functional Genomics by J Pevsner (ISBN 0-471-21004-8). Copyright 2003 by Wiley.
Time of development Body region, physiology, pharmacology, pathology Page 5
Βασικό δόγμα της Μοριακής Βιολογίας Modified from Bioinformatics and Functional Genomics by J Pevsner (ISBN 0-471-21004-8). Copyright 2003 by Wiley. DNA RNA protein phenotype genome transcriptome proteome Central dogma of bioinformatics and genomics Βασικό δόγμα της Βιοπληροφορικής-Γενωμικής
After Pace NR (1997) Science 276:734 Page 6
There are three major public DNA databases EMBL Housed at EBI European Bioinformatics Institute GenBank Housed at NCBI National Center for Biotechnology Information DDBJ Housed in Japan Page 16
National Center for Biotechnology Information (NCBI) www.ncbi.nlm.nih.gov Page 24
Entrez integrates the scientific literature; DNA and protein sequence databases; 3D protein structure data; population study data sets; assemblies of complete genomes Page 24
Page 35
revised Fig. 2.7 Page 29
PubMed at NCBI to find literature information
Fig. 2.5 Page 25
PubMed is National Library of Medicine's search service 12 million citations in MEDLINE links to participating online journals PubMed tutorial (via Education on side bar) Page 24
PubMed is the NCBI gateway to MEDLINE. MEDLINE contains bibliographic citations and author abstracts from over 4,600 journals published in the United States and in 70 foreign countries. It has 12 million records dating back to 1966. Page 35
MeSH is the acronym for "Medical Subject Headings." MeSH is the list of the vocabulary terms used for subject analysis of biomedical literature at NLM. MeSH vocabulary is used for indexing journal articles for MEDLINE. The MeSH controlled vocabulary imposes uniformity and consistency to the indexing of biomedical literature. Page 35
PubMed search strategies Try the tutorial ( education on the left sidebar) Use boolean queries (capitalize AND, OR, NOT) lipocalin AND disease Try using limits Try Links to find Entrez information and external resources Obtain articles on-line via Welch Medical Library (and download pdf files): http://www.welch.jhu.edu/ Page 35
1 AND 2 1 2 lipocalin AND disease (60 results) 1 OR 2 1 2 lipocalin OR disease (1,650,000 results) 1 NOT 2 8/04 1 2 lipocalin NOT disease (530 results) Fig. 2.12 Page 34
http://www.medscape.com/pharma cists Medscape Pharmacists [Medscape_Pharma@mp.medscape.com]
ExPASy to access protein and DNA sequences ExPASy sequence retrieval system (ExPASy = Expert Protein Analysis System) Visit http://www.expasy.ch/
http://www.lib.auth.gr Από 01/01/2008 το Σύστημα Bιβλιοθηκών ΑΠΘ http://www.lib.auth.gr εξασφάλισε πρόσβαση και στις παρακάτω ιατρικές πηγές:
http://www.embase.com/ Ιατρική Πύλη με πρόσβαση στο πλήρες κείμενο - όπου το ίδρυμα διαθέτει συνδρομή. Προσφέρει περιεκτική, έγκαιρη πρόσβαση στη φαρμακολογική και βιοϊατρική βιβλιογραφία με διεθνή κάλυψη. Περιέχει πάνω από 18 εκατομμύρια περισσότερα
http://www3.interscience.wiley.co m/cgibin/mrwhome/106568753/home The Cochrane Library Η Cochrane Library είναι μια συλλογή βάσεων δεδομένων. Από τις βάσεις αυτές η Cochrane Reviews περιέχει περιστατικά πάνω στα οποία μπορούν να στηριχθούν ιατρικές αποφάσεις. Επίσης, εμπερι-έχονται βάσεις με αξιόπιστες πληροφορίες όπως τεχνολογικές αξιολογήσεις, οικονομία της Υγείας και μεμονωμένες κλινικές δοκιμές κ.ά
(http://clinicalevidence.bmj.com/c eweb/index.jsp BMJ Clinical Evidence Iατρικές πηγές που βοηθούν στη λήψη ιατρικών αποφάσεων θεραπείας και στη βελτίωση της περίθαλψης των ασθενών μέσω μιας βελτιωμένης, γρήγορης και εύκολης αναζήτησης της ιατρικής πληροφορίας. Είναι μία βάση που διαρκώς ενημερώνεται, καλύπτοντας περίπου 3000 κλινικές επεμβάσεις σε πάνω από 570 κλινικές περιπτώσεις.