Εισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής
|
|
- Ἄδαμος Ελευθερίου
- 8 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1
2 Εισαγωγή στις πρωτεΐνες Δομή πρωτεϊνών Ταξινόμηση βάσει δομής Βάσεις με δομές πρωτεϊνών Ευθυγράμμιση δομών Πρόβλεψη 2D δομής Πρόβλεψη 3D δομής
3 Τι είναι η πρωτεΐνη Τι εννοούμε με δομή πρωτεϊνών Οικογένειες δομών Προγράμματα Viewers Δομών Μέθοδοι Ευθυγράμμιση Δομών Πρόβλεψη δισδιάστατης δομής Πρόβλεψης τρισδιάστατης δομής Διαγωνισμοί CASP
4 Η λειτουργίες της πρωτεΐνης καθορίζονται από την τρισδιάστατη δομή της Μπορούμε να προβλέψουμε την τρισδιάστατη δομή της πρωτεΐνης δεδομένου μόνο της ακολουθίας αμινοξέων; Γενικά, ΌΧΙ Αλλά υπάρχουν βοηθητικές μέθοδοι που μας δίνουν μια χρήσιμη μερική περιγραφή της τρισδιάστατης
5
6 Δομικές πρωτεΐνες: περίβλημα ιών, το εξωτερικό στρώμα του δέρματος, Καταλύτες: χημικών αντιδράσεων (ένζυμα) Μεταφορά και αποθήκευση (haemoglobins) Ρυθμιστικές πρωτεΐνες (ορμόνες, reception signal transduction) Αναγνώριση (cell adhesion και αντισώματα)
7 Οι πρωτεΐνες είναι μεγάλα μόρια πολυπεπτίδια Active region = η ενεργός περιοχή της πρωτεΐνης= η περιοχή που προσδιορίζει τη λειτουργία της η υπόλοιπη πρωτεΐνη έχει δομικό ρόλο Γνωρίζουμε τη δομή πρωτεϊνών (βάση PDB, Μαρτ. 2004) Μέθοδοι: κρυσταλλογραφία (ακτίνες Χ)/Nuclear Magnetic Resonance
8 Τα πολυπεπτίδια αποτελούνται από τα αμινοξέα που συνδέονται με πεπτικούς δεσμούς Κάθε αμινοξύ αποτελείται από Ομάδα αζώτου NH2 Ομάδα υδροξυλίου COOH a side chain Οι διαφορές στις side chains ξεχωρίζουν τα διαφορετικά αμινοξέα
9 amino group side chain carboxyl group
10 Γωνία ω=180 ή σπάνια 0 Γωνία Ψ... NH R C j 1 a C b O NH R C a j C b O Ομάδα αζώτου γωνία Φ Side chain, διαφέρει σε κάθε πρωτεΐνη Mainchain, ίδια για όλες τις πρωτεΐνες Ομάδα άνθρακα υδροξυλίου Τα R j προσδιορίζουν την πρωτεΐνη, αναφέρονται και ως redisidues
11 side chains διαφέρουν σε μέγεθος,σχήμα
12 a-helix b-sheet Loops: μεταξύ α-helices, b-sheets Διαφορετικά μήκη Στην επιφάνεια της πρωτεΐνης Coils
13 Γενικά η ακολουθία των αμινοξέων καθορίζει την 3D δομή [Anfinsen et al., 1950s] Αλλά υπάρχον και εξαιρέσεις Κάποια μόρια έχουν πολλές διατάξεις Κάποιες πρωτεΐνες διπλώνονται με βοήθεια άλλων ουσιών
14 Ποια φυσικά χαρακτηριστικά της πρωτεΐνης καθορίζουν τη δομή της; Στερεότητα του backbone Επιδράσεις ανάμεσα στα αμινοξέα, συμπεριλαμβανομένων Ηλεκτροστατικών αλληλεπιδράσεων Δυνάμεις van der Waals Δεσμούς υδρογόνου Επιδράσεις των αμινοξέων με το νερό
15 Δομή πρωτεΐνης περιγράφεται σε τέσσερα στάδια primary structure- πρωτεύουσα δομή (ακολουθία) secondary structure- δευτερεύουσα δομή tertiary structure- τρισδιάστατη δομή quaternary structure
16
17
18
19
20
21
22 Υδρόφοβα I: Isoleucine A: Alanine L: Leucine P: Proline F: Phenylamine Πολωμένα S: Serine Q: Glutamine C: Cysteine H: Histidine T: Treonine Φορτισμένα D: Aspartic Acid E: Glumatic Acid K: Lusine R: Arginine V: Valine Y: Tyrosine M: Methionine N: Aspargine W: Tryptophan G: Glycine
23 Οι φυσικοχημικές ιδιότητες της side chain δημιουργούν τις δομές των πρωτεϊνών Τα αμινοξέα ταξινομούνται βάσει της ομάδας R
24 Περιγράφει δυνατές δομές της κύριας αλυσίδας Oι επιτρεπόμενες τιμές για τις γωνίες φ, ψ, ω Με στίγματα απεικονίζονται τα α/a Τα περισσότερα είναι στις περιοχές β-sheets (πάνω αριστερά) α-helices (κάτω αριστερά)
25
26 Tι δίνει στις πρωτεΐνες την ευστάθειά τους; Tι δίνει στις πρωτεΐνες τη μοναδική δομή τους; Απαντήσεις μέσω μελέτης του denaturation denuaturation: η πρωτεΐνη σε συνθήκες διαφορετικές από τις φυσιολογικές Π.χ. Θερμότητα/ περιβάλλον ουρίας Συμπεράσματα: Πρωτεΐνες οριακά σταθερές
27 Δομή πρωτεΐνης ικανοποίηση παρακάτω κριτηρίων Για main και sidechains στερεοχημικά δυνατές δομές Μεταξύ Εμφωλιασμένων πολωμένων ατόμων δεσμοί υδρογόνου Η υδρόφοβη επιφάνεια πρέπει να είναι εμφωλιασμένη
28 Σε κατάλληλες συνθήκες (διαλύτης/ θερμοκρασία) 3διάστατη δομή.
29 Η υδροφοβική ιδιότητα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για πρόβλεψη θέσεων turns και άλλων τριδιάστατων δομών Κατασκευάζεται αρχικά το υδροφοβικό προφίλ (γράφημα) της πρωτεΐνης Τα ελάχιστα του γραφήματος δηλώνουν πιθανές θέσεις υδρόφιλων καταλοίπων. Είναι πιθανότατα στην επιφάνεια
30 Ελάχιστα στις θέσεις 17,44, 70, 93, 117
31
32 Primary structure: ακολουθία α/α Secondary structure: helices, sheets (ουσιαστικά αλληλεπιδράσεις μεταξύ C=0 και ΝΗ) Tertiary structure: σύνθεση από helices, sheets Quaternary structure: πρωτεΐνες που αποτελούνται από πολλές υπομονάδες, κάθε μία έχει μία tertiary structure
33
34 1. Βάσει Δομής 2. Βάσει Ομοιότητας ακολουθίας (ευθυγραμμίσεις κτλ.)
35 Δομική ομοιότητα ισχυρή ένδειξη ομολογίας Ταξινόμηση σε διάφορα επίπεδα Παρόμοια διπλώματα πρωτεϊνών (χωρίς οι δομές να σχετίζονται απαραίτητα) Ταξινόμηση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την εύρεση της εξελικτικής σχέσης και πιθανώς της λειτουργίας (ρόλου) Μπορεί να ψάξει τη βάση, βάσει δομής
36 SCOP (Structural Classification of Proteins) CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily) FSSP/DDD (Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins/Dali Domain Director CE (The combinatorial Extension Model)
37 Ιεραρχική Ταξινόμιση: Ταξινομεί βάσει 1. εξελικτικής προέλευσης 2. Δομικής ομοιότητας Κατηγορίες, από το ειδικό στο γενικό a. Domains b. Families c. Supefamilies d. Folds e. Class
38 Λειτουργικός ρόλος:ένα domain, είναι ένας ανεξάρτητος δομικός λίθος που απαντάται σε πολλές πρωτεΐνες. Φυσικοχημικός ρόλος: Κάθε domain έχει ένα υδρόφοβο πυρήνα. Τοπολογικός: οι αποστάσεις των ατόμων στο ίδιο domain είναι ελάχιστες. Οι αποστάσεις μεταξύ ατόμων διαφορετικών domains είναι μέγιστες Πρωτεΐνες: Mία πρωτεΐνη μπορεί να αποτελείται από πολλά domains. To ίδιο domain απαντάται σε πολλές πρωτεΐνες
39 Κοινή εξελικτική προέλευση=τουλάχιστον 50% ομοιότητα
40 Μικρή ομοιότητα στην primary structure Δομές και λειτουργία υποδεικνύουν κοινή εξελικτική προέλευση, Πιθανότητα να μην σχετίζονται ακολουθίες του ίδιου superfamily < 10-6
41 Ίδιες κύριες δευτερογενείς δομές Στην ίδια διάταξη E.g. rossman fold=εναλλασσόμενα α helices και β-sheets Τα folds υποδιαιρούνται σε classes α-helices β-sheets α/β α+β Multi domain proteins Membrane and cell surface proteins Small proteins
42 1. Root: SCOP 2. Class: Alpha and beta proteins (α/β) 3. Fold: Flavodoxin-like 1. 3 layers, α/β/α parallel β sheet of 5 strands, 4. Superfamily: Flavoproteins 5. Family: Flavodoxin-related binds FMN 6. Protein: Flavodoxin
43 Class 1.65 release PDB Entries (1 August 2003) Domains. Number of folds Number of superfamilies Number of families All alpha proteins All beta proteins Alpha and beta proteins (a/b) Alpha and beta proteins (a+b) Multi-domain proteins Membrane and cell surface proteins Small proteins Total
44
45 hepatitis C Virus Ns3 Proteinase 1a1q
46 ATOM 1 CA PRO A C ATOM 2 CA ILE A C ATOM 3 CA THR A C ATOM 4 CA ALA A C ATOM 5 CA TYR A C ATOM 6 CA SER A C ATOM 7 CA GLN A C ATOM 8 CA GLN A C. ATOM 532 CA GLU C C ATOM 533 CA THR C C ATOM 534 CA THR C C
47
48
49
Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων
Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ Σελίδα 1 κύρια αλυσίδα main chain πεπτιδικός δεσμός πλευρική αλυσίδα side chain αμινομάδα amino group α άνθρακας Σελίδα 2 καρβοξυλομάδα carboxyl group Σελίδα 3 Ramachandran Plot Σελίδα 4
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 1. Οι δομικοί λίθοι
Κεφάλαιο 1 Οι δομικοί λίθοι Κεφάλαιο 1 Οι Δομικοί Λίθοι των Πρωτεϊνών Εικόνα 1.1 Η αμινοξική αλληλουχία μιας πρωτεϊνικής πολυπεπτιδικής αλυσίδας ονομάζεται πρωτοταγής δομή. Διαφορετικές περιοχές της αλληλουχίας
Διαβάστε περισσότεραBIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση
Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως
Διαβάστε περισσότεραΣύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών
Σύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 17: Δομή Πρωτεϊνών, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των βασικών στοιχείων των πρωτεϊνικών δομών. συσχέτιση ακολουθίας δομής λειτουργίας.
Διαβάστε περισσότερα4 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ. Γ ε ν ε τ ι κ ή
4 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ Γ ε ν ε τ ι κ ή 1. Κύκλος της ζωής του κυττάρου 3ο Γελ. Ηλιούπολης επιμέλεια: Αργύρης Γιάννης 2 2. Μοριακή Γενετική i). Ροή της γενετικής πληροφορίας DNA RNA πρωτεΐνες νουκλεΐκά οξέα ή πρωτεΐνες
Διαβάστε περισσότεραΔομή και λειτουργία πρωτεϊνών. Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο
Δομή και λειτουργία πρωτεϊνών Το κύριο δομικό συστατικό των κυττάρων. Το κύριο λειτουργικό μόριο Πρωτεΐνες Κύριο συστατικό κυττάρου Δομικοί λίθοι αλλά και επιτελεστές λειτουργίας κυττάρου ένζυμα, μεταφορά,
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure
Διαβάστε περισσότεραΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΣΗΜΑΤΟ ΟΤΗΣΗ
ΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙ ΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΣΗΜΑΤΟ ΟΤΗΣΗ ρ. Α. ΓΑΛΑΝΗΣ agalanis@mbg.duth.gr Figure 6.1 The Biology of Cancer ( Garland Science 2007) Figure
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Πρωτεϊνικό δίπλωμα Oι στόχοι μιας πρωτεΐνης όταν διπλωθεί είναι: 1. H xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. Να επιτευχθούν υδρογονικοί δεσμοί από πολικά αμινοξέα
Διαβάστε περισσότεραΑρχές οµικής Βιοπληροφορικής. Πρωτεΐνες. Αµινοξέα. (Υδρόφοβα)
Αρχές οµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεΐνες Αµινοξέα (Υδρόφοβα) Αµινοξέα Αµινοξέα (πολικά) Αµινοξέα φορτισµένα πολικά Αµινοξέα (φορτισµένα) Αµινοξέα Αµινοξέα Αµινοξέα Τί µένει; Σπάνια αµινοξέα πρωτεϊνών (π.χ.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 19: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (1/3), 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της αναγκαιότητας και των εφαρμογών της υπολογιστικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast
Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΔιάλεξη 5. Μπράλιου Γεωργία, PhD, Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Διάλεξη 5 Δομή μεμβρανών (πάχος 5nm, 50 άτομα) Μεμβρανική μεταφορά Φραγμοί Μεμβρανικές πρωτεΐνες Λειτουργίες μεμβρανικών πρωτεϊνών Δίαυλοι-μεταφορείς-δυναμικό της μεμβράνης G protein coupled receptors
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΔΡΑΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΠPΩTEINEΣ Οι πρωτεΐνες παίζουν σημαντικό ρόλο σε όλες σχεδόν τις βιολογικές διεργασίες. H σημασία τους φαίνεται στις παρακάτω περιπτώσεις: 1. Κατάλυση (πχ. ένζυμα) 2. Μεταφορά
Διαβάστε περισσότεραΥπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Υπερδευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Δομικά μοτίβα Τα μοτίβα ακολουθιών (sequence motifs) είναι τοπικά διατηρημένες ακολουθίες που σχετίζονται (ή όχι) με μια συγκεκριμένη λειτουργία (βλ. τη βάση δεδομένων PROSITE)
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής
ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Φατούρος Ιωάννης Αναπληρωτής Καθηγητής Θέματα Διάλεξης Δομή, αριθμός και διαχωρισμός των αμινοξέων Ένωση αμινοξέων με τον πεπτιδικό δεσμό για τη δημιουργία πρωτεΐνης Λειτουργίες των πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών
Δευτεροταγής Δομή Πρωτεϊνών Πρωτεϊνικό δίπλωμα Η κινητήρια δύναμη για την αναδίπλωση μιας πρωτεΐνης είναι η επίτευξη των εξής: 1. xαμηλή ενέργεια διαμόρφωσης του κάθε αμινοξέος 2. δημιουργία μιας συμπαγούς
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες δομούνται από ένα σύνολο αμινοξέων. 1/10/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας
αμινοξέα Οι πρωτεΐνες δομούνται από ένα σύνολο αμινοξέων Λυσίνη CORN Ισομερές L Ισομερές D R = πλευρική αλυσίδα (side chain) Τα περισσότερα αμινοξέα είναι ασύμμετρα Όλα τα αμινοξέα που βρίσκονται στις
Διαβάστε περισσότεραΦυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες
Φυσική Στερεών στις Πρωτεΐνες Νίκος Απ. Παπανδρέου Τ.Ε.Ι. Πειραιά Φεβρουάριος 2010 Ένα ελικοϊδές μονοπάτι Χημική δομή μίας πρωτεΐνης Μήκος αλυσίδας ~30 έως ~1000 αµινοξέα Συνολικός αριθµός ατόµων έως ~
Διαβάστε περισσότεραΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ
ΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ φ φ Ccarbonyl n Ccarbonyl n N Cα n Ccarbonyl n-1 Cα n N φ Ccarbonyl n-1 ΜΕΤΡΗΣΗ ΤΗΣ ΓΩΝΙΑΣ ψ φ ψ Ccarbonyl n N (Ca
Διαβάστε περισσότεραΔομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής
Δομή πρωτεϊνών: Τριτοταγής διαμόρφωση της δομής - Αναφέρεται στην αναδίπλωση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας πάνω στον εαυτό της και στο τελικό σχήμα που θα πάρει στο χώρο -Σ αυτή τη διαμόρφωση σημαντικό ρόλο
Διαβάστε περισσότεραΑρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών
Αρχές Δοµικής Βιοπληροφορικής Πρωτεϊνών (σε
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 5& 6. Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR. Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων
Ασκήσεις 5& 6 Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Σύγκριση & Ανάλυση Δομών Βιομορίων Διαμόρφωση Βιομορίων μέσω Φασματοσκοπίας NMR Κρυσταλλογραφία Ακτίνων-Χ & Φασματοσκοπία ΝΜR Πλεονεκτήματα -
Διαβάστε περισσότεραΠΕΡΙΛΗΨΗ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΩΝ ΤΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ (SPC) (AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes)
ΠΕΡΙΛΗΨΗ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΩΝ ΤΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ (SPC) (AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes) 1. ΕΜΠΟΡΙΚΗ ΟΝΟΜΑΣΙΑ ΤΟΥ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΟΥ ΠΡΟΙΟΝΤΟΣ: AMINOVEN 3.5% Glucose / Electrolytes 2. ΠΟΙΟΤΙΚΗ ΚΑΙ ΠΟΣΟΤΙΚΗ ΣΥΝΘΕΣΗ
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 2ο. Αντιγραφή, έκφραση και ρύθμιση της γενετικής πληροφορίας
Κεφάλαιο 2ο Αντιγραφή, έκφραση και ρύθμιση της γενετικής πληροφορίας 1. Το DNA αυτοδιπλασιάζεται 3ο ε.λ. Ηλιούπολης επιμέλεια: Αργύρης Γιάννης 3 Ο μηχανισμός της αντιγραφής του DNA Ο μηχανισμός αυτοδιπλασιασμού
Διαβάστε περισσότεραΜικρά αμινοξέα. Βιοχημεία Ι Β-3
Βιοχημεία Ι Β-2 Μικρά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-3 Aλειφατικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-4 Ιμινοξύ Βιοχημεία Ι Β-5 Αρωματικά αμινοξέα Βιοχημεία Ι Β-6 Βιοχημεία Ι Β-7 Η Tyr και η Trp απορροφούν στα 280nm-έτσι μετράται
Διαβάστε περισσότεραΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων Νουκλεοτιδικές Αλληλουχίες: GENBANK (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html) EMBL ΕΝΑ (http://www.ebi.ac.uk/ena)
Διαβάστε περισσότεραΑρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών
Αρχιτεκτονική της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραImproved Peptide and Protein Torsional Energetics with the OPLS-AA Force Field
Improved Peptide and Protein Torsional Energetics with the OPLS-AA Force Field Supplementary Information Michael J. Robertson, Julian Tirado-Rives, and William L. Jorgensen* Department of Chemistry, Yale
Διαβάστε περισσότεραΟι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες
Οι πρωτεΐνες συμμετέχουν σε όλες τις κυτταρικές λειτουργίες Γένωμα vs Πρωτέωμα Όλη η αλληλουχία βάσεων στο DNA Τι είναι δυνατόν Συγκεκριμένο Στατικό Οι πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από το γένωμα Τι είναι
Διαβάστε περισσότεραΘέµατα ιάλεξης ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ. ιαχωρισµός Αµινοξέων
MANAGING AUTHORITY OF THE OPERATIONAL PROGRAMME EDUCATION AND INITIAL VOCATIONAL TRAINING ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ - ΕΝΖΥΜΑ Θέµατα ιάλεξης οµή, αριθµός και διαχωρισµός των αµινοξέων Ένωση αµινοξέων µε τον πεπτιδικό δεσµό
Διαβάστε περισσότεραMAΘΗΜΑ 4 ο AMINOΞΕΑ-ΠΕΠΤΙ ΙΑ-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ
MAΘΗΜΑ 4 ο AMIΞΕΑ-ΠΕΠΤΙ ΙΑ-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Αλανίνη (Αla) Αλανυλοσερίνη (Αla-Ser) Αλβουµίνη ρα. Κουκουλίτσα Αικατερίνη Χηµικός Εργαστηριακός Συνεργάτης Τ.Ε.Ι Αθήνας ckoukoul@teiath.gr AMIΞΕΑ 2 λειτουργικές οµάδες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 21: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (3/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι επισκόπηση των μεθόδων αναγνώρισης διπλώματος και απ αρχής πρόγνωσης
Διαβάστε περισσότεραΠρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι) Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678, Λευκωσία ΚΥΠΡΟΣ
Διαβάστε περισσότεραΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές
Διαβάστε περισσότεραΔιαλέξεις Χημείας Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων
Διαλέξεις Χημείας -2014 Αγγελική Μαγκλάρα, PhD Εργαστήριο Κλινικής Χημείας Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων 1. Κατάταξη 2. Λειτουργίες 1. Πεπτιδικές ορμόνες 3. Πεπτιδικός δεσμός 1. Χαρακτηριστικά
Διαβάστε περισσότεραΚΕΦΑΛΑΙΟ 1. Οργάνωση της ζωής βιολογικά συστήματα
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1 Οργάνωση της ζωής βιολογικά συστήματα 1.1 Τα μόρια της ζωής Καινούριες γνώσεις Ποια μόρια συμμετέχουν στη δομή και στις λειτουργίες των οργανισμών. Ποια είναι η σημασία του νερού για τη ζωή
Διαβάστε περισσότεραΆσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading
Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλεψη δομής πρωτεϊνών
Πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών (Prediction of Protein Structure) http://www.youtube.com/watch?v=ms_ehuvvkkk&feature=player_detailpage http://lectures.molgen.mpg.de/proteinstructure/comparativemodelling/ Ενώ
Διαβάστε περισσότεραπρωτεΐνες πολυμερείς ουσίες δομούν λειτουργούν λευκώματα 1.Απλές πρωτεΐνες 2.Σύνθετες πρωτεΐνες πρωτεΐδια μη πρωτεϊνικό μεταλλοπρωτεΐνες
ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ Οι πρωτεΐνες είναι πολυμερείς ουσίες με κυρίαρχο και πρωταρχικό ρόλο στη ζωή. Πρωτεΐνες είναι οι ουσίες που κυρίως δομούν και λειτουργούν τους οργανισμούς. Λέγονται και λευκώματα λόγω του λευκού
Διαβάστε περισσότερααποτελούν το 96% κ.β Ποικιλία λειτουργιών
ΧΗΜΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΠΟΥ ΣΥΝΘΕΤΟΥΝ ΤΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥΣ 92 στοιχεία στο φλοιό της Γης 27 απαραίτητα για τη ζωή H, Ο, Ν, C αποτελούν το 96% κ.β S, Ca, P, Cl, K, Na, Mg αποτελούν το 4% κ.β. Fe, I Ιχνοστοιχεία αποτελούν
Διαβάστε περισσότεραΠοια είναι κατά τη γνώμη σας τα 30 μικρομόρια που συνιστούν τα πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων; Πώς μπορούν να ταξινομηθούν;
Ποια είναι κατά τη γνώμη σας τα 30 μικρομόρια που συνιστούν τα πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων; Πώς μπορούν να ταξινομηθούν; Γενικά Για να προσδιορίσουμε τα 30 πρόδρομα μόρια των βιομακρομορίων θα πρέπει
Διαβάστε περισσότεραΕνεργειακή ανάλυση βιομορίων
Ενεργειακή ανάλυση βιομορίων Τα βιομόρια ως φυσικά συστήματα πρωτεΐνες, DNA, πεπτίδια, μικρά μόρια (ligands, φάρμακα) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ατόμων + επίδραση του περιβάλλοντος νερού σταθεροποίηση
Διαβάστε περισσότεραΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ
ΙΑΤΡΙΚΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ (ΕΚΠΑ) ΚΑΤΑΤΑΚΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΑΚ.ΕΤΟΥΣ 2017-2018 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΧΗΜΕΙΑ 1. Σε ποια μορφή της αιμοσφαιρίνης συνδέεται το 2,3, BPG, ποιο είναι το ηλεκτρικό του φορτίο, με
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Πίνακες Αντικατάστασης & Οπτική Σύγκριση Αλληλουχιών. Αλέξανδρος Τζάλλας
Βιοπληροφορική Πίνακες Αντικατάστασης & Οπτική Σύγκριση Αλληλουχιών Αλέξανδρος Τζάλλας e-mail: tzallas@teiep.gr ΤΕΙ Ηπείρου Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ Copyright Πανεπιστήμιο
Διαβάστε περισσότεραΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙΔΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΙΚΗ ΣΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ
ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΓΟΝΙΔΙΑΚΗ ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΙΚΗ ΣΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ Δρ. Α. ΓΑΛΑΝΗΣ agalanis@mbg.duth.gr Figure 6.1 The Biology of Cancer ( Garland Science
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗ ΒΙΟΜΟΡΙΩΝ
ΔΟΜΗ ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΣΗ ΒΙΟΜΟΡΙΩΝ Διδάσκοντες: Δ.Δ. Λεωνίδας, Α.-Μ. Ψαρρά Κωδικός e-class: SEYC194 28/9/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας 28/9/2015 Δ.Δ. Λεωνίδας Βιοχημεία είναι η Χημεία που εμφανίζεται μέσα στους ζώντες οργανισμούς
Διαβάστε περισσότεραΣτοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής
Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Β. Φαδούλογλου 2008 Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία Φυσικοχηµείας και Βιοφυσικής Εργαστήρια Βιβλίο Εξετάσεις Ύλη Στοιχεία
Διαβάστε περισσότεραΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΡΥΘΜΙΣΗ ΚΥΤΤΑΡΙΚΗΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΑΣ
ΔΗΜΟΚΡΙΤΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΡΑΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΡΥΘΜΙΣΗ ΚΥΤΤΑΡΙΚΗΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΑΣ Δρ. Α. ΓΑΛΑΝΗΣ agalanis@mbg.duth.gr 2018 Figure 6.1 The Biology of Cancer ( Garland Science 2007)
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παραδόσεις του μαθήματος γενικής παιδείας (Β λυκείου) Επιμέλεια: ΑΡΓΥΡΗΣ ΙΩΑΝΝΗΣ Βιολόγος M.Sc. Καθηγητής 3 ου λυκ.
ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παραδόσεις του μαθήματος γενικής παιδείας (Β λυκείου) Επιμέλεια: ΑΡΓΥΡΗΣ ΙΩΑΝΝΗΣ Βιολόγος M.Sc. Καθηγητής 3 ου λυκ. Ηλιούπολης Κεφάλαιο 1ο ΒΙΟΛΟΓΙΚΑ ΜΑΚΡΟΜΟΡΙΑ Η ΙΕΡΑΡΧΙΑ ΤΩΝ ΒΙΟΜΟΡΙΩΝ ΠΡΟΔΡΟΜΕΣ
Διαβάστε περισσότεραΤα χημικά στοιχεία που είναι επικρατέστερα στους οργανισμούς είναι: i..
ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΤΟ 1 ο ΚΕΦΑΛΑΙΟ «XHMIKH ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΟΥ» ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΚΑΙ Η ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΖΩΗΣ Α. ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ ΜΕΣΑ ΣΤΗΝ ΤΑΞΗ 1. Όταν αναφερόμαστε στον όρο «Χημική Σύσταση του Κυττάρου», τί νομίζετε ότι
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΧΗΜΕΙΑ Ι. ΚΕΦΑΛΑΙΟ 2 ο Βιοχημική εξέλιξη
ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ Ι ΚΕΦΑΛΑΙΟ 2 ο Βιοχημική εξέλιξη ΣΥΝΔΕΣΗ ΜΕ ΤΑ ΠΡΟΗΓΟΥΜΕΝΑ Τι είναι ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ DNA ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΑΛΛΑ ΣΥΝΔΕΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΧΗΜΕΙΑΣ (Δεσμοί, ενέργεια, δομή) ΕΞΕΛΙΞΗ ΤΗΣ ΖΩΗΣ Υπάρχει μια συνεχή εξελικτική
Διαβάστε περισσότερα1 ΕΠΙΣΤΗΜΗ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΪΟΝΤΩΝ (ΤΡΟΦΙΜΑ-ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ) Περιεχόµενο - Σκοπός του Μαθήµατος 6 ο ΕΞΑΜΗΝΟ ΧΗΜΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ Ο ΗΓΙΕΣ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ Το µάθηµα Επιστήµη και Μηχανική Βιολογικών
Διαβάστε περισσότερατα βιβλία των επιτυχιών
Τα βιβλία των Εκδόσεων Πουκαμισάς συμπυκνώνουν την πολύχρονη διδακτική εμπειρία των συγγραφέων μας και αποτελούν το βασικό εκπαιδευτικό υλικό που χρησιμοποιούν οι μαθητές των φροντιστηρίων μας. Μέσα από
Διαβάστε περισσότεραDNA RNA ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ. Όσα αφορούν τη δομή του DNA δόθηκαν στο κεφάλαιο οργανικές ουσίες
ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ DNA RNA Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας (DNA), σελ. 293 320 μέχρι και την πρώτη παράγραφο. (εκτός ύλης: Ο μηχανισμός της ημισυντηρητικής αντιγραφής του DNA, σελ. 297-301, Από το 14.4
Διαβάστε περισσότεραΜοριακά πρότυπα. Σε τι διαφέρουν από τα μεταλλικά συστήματα; Παραδείγματα τύπων ατόμων. Η έννοια του τύπου ατόμου
Τεχνικές προσομοίωσης και σχεδιασμού υλικών σε ΗΥ Σε τι διαφέρουν από τα μεταλλικά συστήματα; Μοριακά πρότυπα Στα μοριακά συστήματα: Η φύση του δεσμού είναι διαφορετική (ομοιοπολικός δεσμός). Υπάρχει συγκεκριμένη
Διαβάστε περισσότεραΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΓΕΩΠΟΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΟΜΕΑΣ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΜΑΡΙΑΣ ΦΩΤΙΟΥ ΠΤΥΧΙΟΥΧΟΥ ΓΕΩΠΟΝΟΥ
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΓΕΩΠΟΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΟΜΕΑΣ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΜΑΡΙΑΣ ΦΩΤΙΟΥ ΠΤΥΧΙΟΥΧΟΥ ΓΕΩΠΟΝΟΥ Συγκέντρωση των ελεύθερων αµινοξέων στο αµνιακό υγρό σε σχέση µε την εβδοµάδα
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών
Στοίχιση αλληλουχιών Σύνοψη Καθολική στοίχιση Μήτρες βαθμολόγησης Τοπική στοίχιση Στοίχιση με ποινές εισαγωγής κενών Από την LCS στη στοίχιση: αλλαγές στη βαθμολόγηση Το πρόβλημα της Μεγαλύτερης Κοινής
Διαβάστε περισσότεραDNA RNA ΝΟΥΚΛΕΙΝΙΚΑ ΟΞΕΑ. Όσα αφορούν τη δομή του DNA δόθηκαν στο κεφάλαιο οργανικές ουσίες
Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας (DNA), σελ. 293 320 μέχρι και την πρώτη παράγραφο. (εκτός ύλης: Ο μηχανισμός της ημισυντηρητικής αντιγραφής του DNA, σελ. 297-301, Από το 14.4 ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΙΣ, Σύνδρομο Down
Διαβάστε περισσότεραΒιοφυσική. ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο ) 3 η Διάλεξη
Βιοφυσική ΦΥΣ 415 Διδάσκων Σ. Σκούρτης (χειμερινό εξάμηνο 2009-10) 3 η Διάλεξη Από την προηγούμενη διάλεξη: Οι πρωτεΐνες εκτελούν τις περισσότερες βιολογικές λειτουργίες π.χ Ενζυμική κατάλυση (επιτάχυνση
Διαβάστε περισσότεραΚεφ. 4 DNA, RNA και η ροή των γενετικών πληροφοριών
Κεφ. 4 DNA, RNA και η ροή των γενετικών πληροφοριών Η οικογενειακή ομοιότητα, οφείλεται στα κοινά γονίδια. Τα γονίδια πρέπει να εκφραστούν για να έχουν αποτέλεσμα, και η έκφραση αυτή ρυθμίζεται από πρωτεΐνες.
Διαβάστε περισσότεραΠρο- & μετα-αγωνιςτικό γεφμα Για ακλθτι βάρουσ 75kg. Μαρία Χολζβα, τελειόφοιτθ τμιματοσ Επιςτιμθσ Διαιτολογίασ & Διατροφισ Χαροκοπείου Πανεπιςτθμίου
Προ- & μετα-αγωνιςτικό γεφμα Για ακλθτι βάρουσ 75kg Μαρία Χολζβα, τελειόφοιτθ τμιματοσ Επιςτιμθσ Διαιτολογίασ & Διατροφισ Χαροκοπείου Πανεπιςτθμίου Προ-αγωνιςτικό γεφμα: ςυςτάςεισ 3-4 ϊρεσ πριν Υδατάνκρακεσ
Διαβάστε περισσότεραΑπό τις χημικές ενώσεις στο κύτταρο: πως γεννήθηκε η Ζωή
Από τις χημικές ενώσεις στο κύτταρο: πως γεννήθηκε η Ζωή Γιώργος Ανωγειανάκις Καθηγητής Φυσιολογίας Της Ιατρικής Σχολής του Α.Π.Θ. «Πως δουλεύει το σώμα μας: μια εισαγωγή στη φυσιολογία του ανθρώπου» Τη
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων
ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ένας από τους πρωταρχικούς στόχους της σύγκρισης των ακολουθιών δύο µακροµορίων είναι η εκτίµηση της οµοιότητάς τους και η εξαγωγή συµπερασµάτων
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΗ
ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΗ Σεπτέμβριος 2015 Αντωνία Ματάλα Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο Τι είναι οι πρωτεΐνες Βασικά σημεία Οργανικά μεγαλομόρια που αποτελούνται από αμινοξέα (περιέχουν C, H, O & Ν) Απαραίτητες
Διαβάστε περισσότεραRoom Temperature Ionic Liquids from 20 Natural Amino Acids. Kenta Fukumoto, Masahiro Yoshizawa, and Hiroyuki Ohno
S1 Room Temperature Ionic Liquids from 20 Natural Amino Acids Kenta Fukumoto, Masahiro Yoshizawa, and Hiroyuki Ohno 1-Ethyl-3-methylimidazolium L-α-aminopropionic acid salt ([emim][ala]). From 1.0g (5.2mmol)
Διαβάστε περισσότεραπρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια
πρωτεϊνες νουκλεϊκά οξέα Βιολογικά Μακρομόρια υδατάνθρακες λιπίδια Περιγραφή μαθήματος Επανάληψη σημαντικών εννοιών από την Οργανική Χημεία Χημική σύσταση των κυττάρων Μονοσακχαρίτες Αμινοξέα Νουκλεοτίδια
Διαβάστε περισσότεραΣτάδια Πρωτεινοσύνθεσης
Στάδια Πρωτεινοσύνθεσης Ενεργοποίση του αμινοξέος Αμινοξέα, t-rna, RNA,Αμινο ακυλο trna συνθετάση,ατρ ΑΤΡ,Mg Εναρξη Σύνθεσης Πολυπεπτιδικής Αλυσίδας Εναρκτηριο αμινοακυλο t-rna,mrna,gtp,παράγοντες εναρξης
Διαβάστε περισσότεραΤάξη. Γνωστικό αντικείµενο: Ειδικοί διδακτικοί στόχοι
Αµινοξέα και πεπτίδια Τάξη Μάθηµα Γνωστικό αντικείµενο: ιδακτική ενότητα Απαιτούµενος χρόνος Χηµεία,Βιοχηµεία. Αµινοξέα και πεπτίδια 2 διδακτικές ώρες Ειδικοί διδακτικοί στόχοι Οι διδακτικοί στόχοι αυτών
Διαβάστε περισσότεραΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΗ
ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΗ Σεπτέμβριος 2016 Αντωνία Ματάλα Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο Βασικά στοιχεία Πρωτεΐνες και διατροφή Οργανικά μεγαλομόρια τα οποία αποτελούνται από αμινοξέα (περιέχουν C, H, O & Ν) Απαραίτητες
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΟΡΙΩΝ. Στοιχείο O C H N Ca P K S Na Mg περιεκτικότητα % ,5 1 0,35 0,25 0,15 0,05
ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ Βιοχημεία: είναι η επιστήμη που ασχολείται με τη μελέτη των οργανικών ενώσεων που συναντώνται στον οργανισμό, καθώς και με τον μεταβολισμό τους. ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΟΡΙΩΝ 108 στοιχεία
Διαβάστε περισσότεραΚΕΦΑΛΑΙΟ 9 ο ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΕΣ ΚΑΤΑΛΥΣΗΣ
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 9 ο ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΕΣ ΚΑΤΑΛΥΣΗΣ Είδαμε τους μηχανισμούς με τους οποίους καταλύονται οι χημικές/βιολογικές αντιδράσεις (θα επανέλθουμε αν έχουμε χρόνο) Θα εξετάσουμε δύο παραδείγματα ενζύμων και του
Διαβάστε περισσότεραΕπίδραση και άλλων παραγόντων στην Αλλοστερική συμπεριφορά της Αιμοσφαιρίνης
Επίδραση και άλλων παραγόντων στην Αλλοστερική συμπεριφορά της Αιμοσφαιρίνης Καθώς το οξυγόνο χρησιμοποιείται στους ιστούς παράγεται CO2 το οποίο πρέπει να μεταφερθεί πίσω στους πνεύμονες ή τα βράγχια
Διαβάστε περισσότεραΕΚΛΟΓΙΚΗ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΑ ΕΒΡΟΥ
ΕΚΛΟΓΙΚΗ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΑ ΕΒΡΟΥ ΑΣΗΜΑΚΟΠΟΥΛΟΣ ΣΠΥΡΙΔΩΝ του ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ ΚΑΛΑΪΤΖΙΔΟΥ ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΗ του ΜΙΧΑΗΛ ΚΟΖΑΡΗΣ ΚΥΡΙΑΚΟΣ του ΧΡΗΣΤΟΥ ΜΑΛΚΟΥΚΗΣ ΒΑΣΙΛΕΙΟΣ του ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ ΜΟΡΑΛΗΣ ΖΗΣΗΣ του ΙΩΑΝΝΗ ΕΚΛΟΓΙΚΗ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΑ
Διαβάστε περισσότεραΑΠΑΡΑΙΤΗΤΕΣ ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΕΣ ΕΝΝΟΙΕΣ
ΑΠΑΡΑΙΤΗΤΕΣ ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΕΣ ΕΝΝΟΙΕΣ Στο φλοιό της Γης απαντώνται 92 χημικά στοιχεία, από τα οποία 27 μόνο είναι απαραίτητα για τη ζωή. ΠΟΣΟΣΤΟ ΣΤΟΙΧΕΙΑ 96% ο άνθρακας (C), το υδρογόνο (H), το οξυγόνο (O) και
Διαβάστε περισσότεραΣυγκριτική Γονιδιωματική
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά
Διαβάστε περισσότεραΤο ένζυμο Καρβοξυπεπτιδάση Α έχει τα εξής χαρακτηριστικά
Το ένζυμο Καρβοξυπεπτιδάση Α έχει τα εξής χαρακτηριστικά Είναι απλή πολυπεπτιδική αλυσίδα 307 αμινοξέων Είναι συμπαγής και έχει σχήμα ελλειψοειδές διαστάσεων 50 x 42 x 38 A Περιέχει περιοχές α-έλικος 38%
Διαβάστε περισσότεραΣεμινάριο στα ειδικά βιοχημείας
Σεμινάριο στα ειδικά βιοχημείας Noncoded amino acids in protein engineering: Structure activity relationship studies of hirudin thrombin interaction Ομάδα 13: Ψαρρά Μαρίνα Α.Μ:1113201400169 Κουκούλη Ολγα
Διαβάστε περισσότερα1.1. Να γράψετε στο τετράδιό σας το γράµµα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση:
ΘΕΜΑ 1o 1.1. Να γράψετε στο τετράδιό σας το γράµµα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση: Η σταθερά Κ w στους 25 ο C έχει τιµή 10-14 : α. µόνο στο καθαρό νερό β. σε οποιοδήποτε υδατικό διάλυµα γ. µόνο σε
Διαβάστε περισσότεραAnalysis on the Ratio of Flesh Content and Nutritional. Quality of Esox lucius
Chinese Journal of Zoology 2009,44 (3) :7075 3 ( 830000) : 6 ( Esox lucius), :6418 %,1911 %114 %,17 17138 %,7 8114 %,6136 % 45173 %,,WHOΠFAO 76135,,,,, : ; ; ; ; :Q955 :A :025023263 (2009) 03270206 Analysis
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Σελίδα 1 Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές ΒΔ Αναζήτηση δεδομένων στην UniProt Καταγράψτε το μήκος της αμινοξικής ακολουθίας (Sequence length), τη λειτουργία (Function)
Διαβάστε περισσότεραΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
ΜΙΝΟΠΕΤΡΟΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΦΥΣΙΚΟΣ - Ρ/Η ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΥΠΕΥΘΥΝΟΣ ΣΕΦΕ 2 ου ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΕΡΑΜΑΤΟΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΠΟΛΥΤΕΧΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΜΗΜΑ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΩΝ ΚΑΙ ΔΙΚΤΥΩΝ Πρόβλεψη δομικών στοιχείων σφαιρικών πρωτεϊνών με προσομοίωση Monte Carlo σε διακριτό χώρο.
Διαβάστε περισσότεραΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΗΣ & ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ Μέθοδοι Στοίχισης Ακολουθιών Σύγκριση Αλγορίθµων Στοίχισης Ακολουθιών σε
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΟ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
ΘΕΜΑ Α ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΟ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Να γράψετε στο τετράδιο σας τον αριθμό καθεμιάς από τις παρακάτω ημιτελείς προτάσεις Α1 έως Α5 και δίπλα το γράμμα που αντιστοιχεί
Διαβάστε περισσότεραΔομικές κατηγορίες πρωτεϊνών
3-1 Κεφάλαι ο Δομικές κατηγορίες πρωτεϊνών 3.1. α-δομές πρωτεϊνών Οι α-έλικες είναι δομικά στοιχεία που μπορούν να σχηματίσουν πολλές κατηγορίες στερεοδομών και με πολλές διαφορετικές λειτουργίες. Εκτός
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 3. Δομές τάξης α
Κεφάλαιο 3 Δομές τάξης α Κεφάλαιο 3 Δομές Τάξης α: Σπειρωμένα Σπειράματα Εικόνα 3.1 Σχηματικό διάγραμμα της δομής ενός σπειρωμένου σπειράματος α-ελίκων. Δύο α-έλικες συμπλέκονται και σταδιακά τυλίγονται
Διαβάστε περισσότεραPSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)
PSI-Blast PSI-Blast PSI-Blast: τι είναι PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., 1997 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146917/pdf/253389.pdf
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες
Κεφάλαιο 22 Πρωτεΐνες Σύνοψη Οι πρωτεΐνες είναι μακρομόρια που προκύπτουν από την ένωση α-αμινοξέων. Τα α-αμινοξέα είναι οργανικές ενώσεις που έχουν μία αμινομάδα (ΝΗ 2 ) και καρβοξύλιο (COOH) συνδεδεμένα
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ. Fibrous - extended shape, insoluble (e.g. keratin, collagen, elastin) Globular
ΔΟΜΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ Fibrous - extended shape, insoluble (e.g. keratin, collagen, elastin) Globular - compact shape, water soluble (e.g. myoglobin, trypsin) Membranous - often multidomain one lipid soluble
Διαβάστε περισσότεραΘΕΜΑ 1 ο 1.1. Να γράψετε στο τετράδιό σας το γράμμα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση:
ΑΠΟΛΥΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΤΡΙΤΗ 5 ΙΟΥΝΙΟΥ 2001 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (ΚΥΚΛΟΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ) : ΧΗΜΕΙΑ - ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ ΘΕΜΑ 1 ο 1.1. Να γράψετε στο τετράδιό
Διαβάστε περισσότεραMέρος Α : Δομή ατόμων και χημικός δεσμός
Mέρος Α : Δομή ατόμων και χημικός δεσμός Άσκηση 1 (10 μονάδες) Να γράψετε την ηλεκτρονιακή δομή των παρακάτω ατόμων ή ιόντων: 1. Cu 1s 2 2s 2 2p 6 3s 2 3p 6 4s 2 3d 9 1s 2 2s 2 2p 6 3s 2 3p 6 3d 10 4s
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στη Δομή Βιομορίων
Εισαγωγή στη Δομή Βιομορίων Μαρία Παυλάκη mpavlaki@alex.duth.gr Oργάνωση μαθήματος (εξετάσεις) Tο μάθημα έχει συντελεστή 70% του τελικού βαθμού Tο εργαστήριο 30% Θα πρέπει να πάρετε 5 στο μάθημα και ο
Διαβάστε περισσότεραChalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.
Πληροφορική της Υγείας 2014 Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών. Περιεχόμενα 1. Ομάδα Δ... 3 1.1 Σκιαδά Σαϊσανά Σιδέρη- Γεωργίου... 3 1.2 ΜΗΤΡΟΥ - ΜΠΑΡΑ... 3 1.3 ΜΠΟΧΑΤΖΙΑΡ Α.- ΜΠΟΧΑΤΖΙΑΡ Φ. - ΠΛΕΥΡΙΑ...
Διαβάστε περισσότερα