Οδηγίες Χρήσης Παράλληλης Μηχανής 160 πυρήνων (rbs.marie.hellasgrid.gr)

Σχετικά έγγραφα
Οδηγίες Χρήσης Παράλληλης Μηχανής 160 πυρήνων (rbs.marie.hellasgrid.gr)

Οδηγίες Χρήσης Παράλληλης Μηχανής 160 πυρήνων (rbs.marie.hellasgrid.gr)

Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχ. και Μηχανικών Υπολογιστών. Οδηγίες εργαστηρίου. Συστήματα Παράλληλης Επεξεργασίας 9 ο Εξάμηνο

GRNET. ntell [at] grnet.gr

Οδηγι ες Χρη σης του MPICH στα Νέα LinuxXX.di.uoa.gr

Μανώλης Κιαγιάς, MSc. Aiolos Project. Αρχικές Ρυθμίσεις SSH και εγκατάσταση OpenMPI

ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΑ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ. Εργαστήριο Εγκατάσταση Ubuntu με VirtualBox Εγκατάσταση Ubuntu με Unetbootin Απομακρυσμένη πρόσβαση με Putty/WinSCP

Εισαγωγή στην Επιστήμη Υπολογιστών. Εισαγωγή στο Λ.Σ. UNIX

Συστήματα Παράλληλης και Κατανεμημένης Επεξεργασίας

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ Σύντομη εισαγωγή στο εργαστήριο

Εισαγωγή στην Επιστήμη της Πληροφορικής Εργαστήριο. UNIX Μέρος 1

Σύντομος Οδηγός Github Μηνάς Δασυγένης (

Οδηγίες για την εγκατάσταση του πακέτου Cygwin

Βασική εγκατάσταση Asterisk σε Linux

2.1. Οι λογαριασµοί χρηστών Σύνδεση (login) και αποσύνδεση (logout)

How to register an account with the Hellenic Community of Sheffield.

Δημιουργία Λογαριασμού Διαχείρισης Business Telephony Create a Management Account for Business Telephony

ΑΣΚΗΣΗ 1: TO ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΕΡΓΑΣΙΑΣ DEV-C++

Οδηγίες Εγγραφής στις Εξετάσεις για Ανεξάρτητους Υποψηφίους

ΔΗ Μ Ι Ο ΥΡ Γ Ι Α W I K I με τ η χρήση τ η ς υπ ηρεσίας h t t p : / id ot.com /

ΕΣΔ 232: ΟΡΓΑΝΩΣΗ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΣΤΗ ΚΟΙΝΩΝΙΑ ΤΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ. Ακαδημαϊκό Έτος , Εαρινό Εξάμηνο. Εργαστηριακή Άσκηση 1 17/01/2012

ΟΔΗΓΙΕΣ ΧΡΗΣΗΣ FORUM SITE

Management Classes Create Class Create Class Management Classes List of Classes

ΠΑΓΚΑΛΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ ΣΙΣΜΑΝΗΣ ΝΙΚΟΣ. File Transfer Protocol

Οδηγός Βήμα-Βήμα για να εγκαταστήσετε τα Windows 7 στον Η/Υ σας

Open eclass Πλατφόρμα Ασύγχρονης Τηλεκπαίδευσης

Λειτουργικά Συστήματα Ι - Εργαστήριο

VBA ΣΤΟ WORD. 1. Συχνά, όταν ήθελα να δώσω ένα φυλλάδιο εργασίας με ασκήσεις στους μαθητές έκανα το εξής: Version ΗΜΙΤΕΛΗΣ!!!!

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ 3: Προγραμματιστικά Περιβάλλοντα και το Πρώτο Πρόγραμμα C

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ 00Β

GRNET. ntell [at] grnet.gr

3ο Εργαστήριο Βασικές εντολές διαχείρισης αρχείων σε LINUX

ΜΕΤΑΦΟΡΑ ΑΡΧΕΙΩΝ FTP

Δίκτυα Η/Υ στην Επιχείρηση

ΗY335: Δίκτυα Υπολογιστών Χειμερινό Εξάμηνο Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών Πανεπιστήμιο Κρήτης Διδάσκουσα: Μαρία Παπαδοπούλη

Οδηγίες υποβολής αιτήματος πελάτη προς τμήμα υποστήριξης Orthology

Οδηγίες Ανάκτησης Password λογαριασμού URegister

Οδηγίες. Xρήση της Υπηρεσίας Φιλοξενίας Προσωπικών Ιστοσελίδων (Private Web hosting)

Εγχειρίδιο χρήσης συστήματος ηλεκτρονικής αλληλογραφίας της Ελληνικής Ομοσπονδίας Μπριτζ

Πλατφόρμα Ασύγχρονης Τηλεκπαίδευσης eclass 1.7. Οδηγίες Αναβάθμισης (Upgrade) Αθήνα, 16 Μαρτίου Εισαγωγή

εφαρμογών Συμπεριφορά απόδοσης εφαρμογών Benchmarks, Profiling GRNET ntell [at] grnet.gr Χρονοεπίδοση και αξιολόγηση απόδοσης εφαρμογών

Management School School Profile Save

ΚΕΦΑΛΑΙΟ Web Services

Οδηγίες εγκατάστασης και χρήσης Java σε προσωπικό υπολογιστή

GRNET. ntell [at] grnet.gr

PortSip Softphone. Ελληνικά Ι English 1/20

ΥΠΗΡΕΣΙΑ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΟΥ ΤΑΧΥΔΡΟΜΕΙΟΥ

Υλοποίηση Δικτυακών Υποδομών και Υπηρεσιών: Ρύθμιση Εξυπηρετητή Apache σε Ubuntu Linux

Αρχεία PowerPoint, ο δικτυακός τόπος Slideshare και το WordPress

Εγκατάσταση Joomla 1. Στο Π.Σ.Δ. ( 2. Τοπικά 3. Σε δωρεάν Server

Σενάριο Εστίασης Win XP:

Οδηγίες εγκατάστασης IBM SPSS Statistics 20

Ρύθμιση apache 2.0 web server σε Debian linux variations

Οδηγός Χρήσης Microsoft Office365 & OneDrive for Business Πανεπιστημίου Κύπρου

ΣΥΝΔΕΣΗ ΚΑΤΑΓΡΑΦΙΚΟΥ ΣΤΟ INTERNET

Διαχείριση Πληροφοριών στο Διαδίκτυο. Εργαστήριο 1

Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική

Ρυθµ θ ίσ ί ε σ ις ς e-mai a l i dsp s ei e ra r i a a.gr g

SOAP API. Table of Contents

MCSS Medical Center Support Systems. Setup Instructions

εφαρμογών Συμπεριφορά απόδοσης εφαρμογών Benchmarks, Profiling GRNET ntell [at] grnet.gr Χρονοεπίδοση και αξιολόγηση απόδοσης εφαρμογών

Barcode scanner Posiflex CD D. Motorola AP 5131 Wireless Access Point (Εγκατάσταση)

Hancock. Ζωγραφάκης Ιωάννης Εξαρχάκος Νικόλαος. ΕΠΛ 428 Προγραμματισμός Συστημάτων

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ 1: 1 Εισαγωγή, Χρήσιμες Εφαρμογές

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ FRONT PAGE 3

Ενημερωτικός οδηγός για τον εξυπηρετητή Ada

Εργαστήριο του Μαθήματος: ΕΠΛ003. Ενότητα 3 Εισαγωγή στο Microsoft Word

lab0: Εισαγωγή σε Linux

Μεταφορά Αρχείων µε χρήση της Υπηρεσίας FTP σελ. 1

Linux με τη χρήση κονσόλας

Ορισμός Νέου Κωδικού URegister

Οδηγίες Αγοράς Ηλεκτρονικού Βιβλίου Instructions for Buying an ebook

1 Αρχική Σελίδα 2. 2 Εγγραφή 3. 3 Προφίλ χρήστη 6. 4 Διαχείριση SSH κλειδιών 7. 5 Δημιουργία νέας εικονικής μηχανής 9. 6 View instance 14

Εργαστήριο του Μαθήματος: ΕΠΛ001

Hase οδηγίες χρήσης.

Distributed computing Grid & HPC AUTH

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ 1: Εισαγωγή, Χρήσιμες Εφαρμογές

Special edition of the Technical Chamber of Greece on Video Conference Services on the Internet, 2000 NUTWBCAM

Οδηγίες εγκατάστασης και λειτουργίας ERPeshop

Πλατφόρµα Ασύγχρονης Τηλεκπαίδευσης eclass 2.0. Οδηγίες Αναβάθµισης (Upgrade) Αθήνα, 1 Ιουνίου Εισαγωγή

Computing and Information Systems Service. ιαχείριση Αρχείων

Υπηρεσία διαμοιρασμού αρχείων

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ #1. Το Λειτουργικό Σύστηµα Unix

databases linux - terminal (linux / windows terminal)

ΚΥΠΡΙΑΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ CYPRUS COMPUTER SOCIETY ΠΑΓΚΥΠΡΙΟΣ ΜΑΘΗΤΙΚΟΣ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΟΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 24/3/2007

[11] Υπολογιστικά συστήματα: Στρώματα. Περιεχόμενα. Εισαγωγή. επικοινωνία εφαρμογές λειτουργικό σύστημα προγράμματα υλικό

Special edition of the Technical Chamber of Greece on Video Conference Services on the Internet, 2000 WEBPHONE

Οδηγός Χρήσης της Υπηρεσίας Τηλεομοιότυπου (RightFax Fax Service) Web Utility. (διαδικτυακή εφαρμογή)

Μερικές άλλες χρήσιμες εντολές

ΕΠΛ 003: ΕΠΙΣΤΗΜΗ ΤΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΚΑΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΚΑ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ. Εισαγωγή στο Unix

ΕΓΚΑΤΑΣΤΑΣΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΓΙΑ ΠΡΟΣΩΠΙΚΟ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΗ (MS WINDOWS, LINUX, MACOS)

Συνοπτικός Οδηγός Χρήσης του Moodle για τον Καθηγητή

Οδηγίες. Εγκατάσταση Προσωπικού Πιστοποιητικού

Οδηγός Χρήσης Microsoft Office365 & OneDrive for Business Πανεπιστημίου Κύπρου

ΚΥΠΡΙΑΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ CYPRUS COMPUTER SOCIETY ΠΑΓΚΥΠΡΙΟΣ ΜΑΘΗΤΙΚΟΣ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΟΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 19/5/2007

Εγχειρίδιο Χρήσης για Φοιτητές

ARIS GRNET. ntell [at] grnet.gr Μοντέλα Παράλληλης Χρήσης ARIS. Εργαλεία και βέλτιστες πρακτικές. Δρ. Δημήτρης Ντελλής. Σύστημα. Environment Modules

Πανεπιστήμιο Κρήτης, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών ΗΥ463 Συστήματα Ανάκτησης Πληροφοριών Χειμερινό Εξάμηνο

Παρακάτω θα βρείτε τις βασικές οδηγίες για την δημιουργία μεγάλων αρχείων τηλεφωνικών καταλόγων στο Bulk sms system:

Απομακρυσμένη Πρόσβαση και Εντολές Ελέγχου και Υποστήριξης

Transcript:

Οδηγίες Χρήσης Παράλληλης Μηχανής 160 πυρήνων (rbs.marie.hellasgrid.gr) Φάση 1 η : Δημιουργία Κλειδιού RSA Η πιστοποίηση χρηστών γίνεται με τοv κρυπταλγο ριθμο ασύμμετρου κλειδιού RSA. Θα χρειαστεί να δημιουργήστε ένα RSA κλειδί σε linux ή windows. Συνιστάται σε linux. α. Σε linux με την εντολή ssh-keygen -t rsa 1. Ζητάει ο νομα αρχείου για την αποθήκευση του κλειδιού. Πατήστε enter (default). 2. Ζητάει να ορίσετε ένα passphrase, εισάγετε ένα string, (αλλά ο χι τον κωδικο σας) και 3. στην ερώτηση επιβεβαίωσης εισάγετε πάλι το string που δώσατε πριν. 4. Σημειώστε το string, θα το χρειαστείτε ως τον κωδικο προ σβασης στην παράλληλη μηχανή. 5. Στον φάκελο ~/.ssh θα έχουν δημιουργηθούν τα αρχεία id_rsa (το ιδιωτικο σας κλειδί), id_rsa.pub (το δημο σιο κλειδί) και (ίσως) known_hosts. β. Σε Windows χρησιμοποιήστε το puttygen, μέρος του putty. Για οδηγίες χρήσης δείτε στο https://docs.oracle.com/en/cloud/paas/event-hub-cloud/admin-guide/generatessh-key-pair-using-puttygen.html Θα δημιουργηθούν τα αρχεία id_rsa (το ιδιωτικο σας κλειδί), id_rsa.pub (το δημο σιο κλειδί). Θα σας ζητήσει passphrase, σημειώστε το string, θα το χρειαστείτε ως τον κωδικο προ σβασης στην παράλληλη μηχανή. Φάση 2 η : Πιστοποίηση Χρήστη (Authorization) 1. Με Browser connect to Web Address https://rbs.marie.hellasgrid.gr 2. Επιλογή (Not a Member) Register 3. Στην επο μενη οθο νη εισάγετε τα στοιχεία σας Full Name (ονοματεπώνυμο), User Name (για το μελλοντικο σας login), email, Password+Confirmation, CAPTCHA. 4. Σημειώστε το Password που βάλατε 5. Πατήστε Register 6. Άμεσα λαμβάνετε email απο Resources Booking System - Registration Confirmation (it@iasa.gr) με οδηγίες ενεργοποίησης του λογαριασμού. Οι ανωτέρω φάσεις 1, 2 απαιτούνται να γίνουν μο νο μια φορά, εκτο ς αν θέλετε να αλλάξετε το κλειδί, κλπ.

Φάση 3 η : Challenge Request 1. Μετά την ενεργοποίηση μπορείτε να κάνετε login στην Web Page rbs.marie.hellasgrid.gr (username+password) 2. Την πρώτη φορά subscribe to challenges 3. Βγαίνει User::Info με οδηγίες 4. Upload Public key (copy paste all contents of public key file - text) and submit 5. Click subscriptions section 6. Make request to Subscribe to available challenges (εμφανίζονται δυο, 4-6/10 και 17-30/11) 7. Θα λάβετε email ο ταν εγκριθεί το αίτημα (request) σας.. 8. Μετά απο Request Granted, σας δίδεται λογαριασμο ς για login στο front-end μηχάνημα parallel machine (160 cores). Η Φάση 3 γίνεται στην αρχή κάθε challenge (περίοδο που οι 20 μηχανές θα είναι διαθέσιμες), δηλαδή μο νο μια φορά ανά challenge. Προβλέπεται να έχουμε 4 challenges 4-6/10 (ουσιαστικά για δικές μου δοκιμές και για ο σους απο σας είναι γρήγοροι και ενθουσιώδεις), 17-30/11 (ανοικτο εργαστήριο για ο λους), και δυο περιο δους που θα κάνετε μετρήσεις για την εργασία που παραδώσετε μια εβδομάδα αργο τερα, α) 25/02-10/3 Παράδοση εργασίας 17/3 και β) 26/9-8/10 παράδοση εργασίας 15/10. Προσοχή 2 εβδομάδες μετά από κάθε challenge κλείνει ο λογαριασμός και καταστρέφονται όλα τα αρχεία. Να μεταφέρετε όποια αρχεία χρειάζεστε σε δικό σας χώρο μετά την λήξη του challenge. Είναι σημαντικό, ιδιαίτερα αν έχετε δημιουργήσει δικά σας scripts, έχετε αναπτύξει εν μέρει το πρόγραμμά σας, έχετε αρχεία μετρήσεων, profiling, κλπ σημαντικά για την εργασία σας. Στην αρχή κάθε challenge σας δίδεται νέος λογαριασμός, όπου θα πρέπει να μεταφέρετε τα αρχεία της Φάσης 4 ή/και άλλα δικά σας από προηγούμενο challenge. Οι λογαριασμοί θα διατηρούνται μόνο για 2 εβδομάδες μετά το τέλος του challenge. ΠΡΟΣΟΧΗ ΜΗΝ ΧΑΣΕΤΕ ΤΗΝ ΔΟΥΛΕΙΑ ΠΟΥ ΕΧΕΤΕ ΚΑΝΕΙ.

Φάση 4 η : Login to Front-End of Parallel Machine Σας έχει δοθεί λογαριασμο ς (username) της μορφής psdixxx, έστω psdi199 με τον οποίο κάνετε login στο front-end της παράλληλης μηχανής απο κονσο λα του υπολογιστή σας a. Απο κονσο λα linux υπολογιστή με την εντολή ssh -i [path_to_your_private_key] psdi199@rbs.marie.hellasgrid.gr b. Απο κονσο λα Windows (ανοίγει με cmd) με την εντολή putty.exe ssh i [path_to_your_private_key] psdi199@rbs.marie.hellasgrid.gr Ανοίγει κονσο λα στον front-end, αναγνωρίζει το username και ζητάει το Passphrase. Δημιουργήστε ένα directory Demo (mkdir Demo), μετακινηθείτε σε αυτο ν (cd Demo) και αντιγράψτε 1. Το αρχείο Commands.txt αρχείο απο ο που μπορείτε να κάνετε copy-paste τις εντολές που ακολουθούν (για την ευκολία σας), https://eclass.uoa.gr/modules/document/file.php/d36/instructionsiasa/commands.txt 2. Demo MPI program ring.c χρήσιμος στην φάση 5 της μεταγλώττισης του: https://eclass.uoa.gr/modules/document/file.php/d36/instructionsiasa/ring.c 3. Ένα script χρήσιμο στην φάση 6 για την εκτέλεση του μεταγλωττισμένου ring.c : https://eclass.uoa.gr/modules/document/file.php/d36/instructionsiasa/mypbsscript.txt 4. As I cannot upload *.sh αρχεία, έχω βάλει κατάληξη.txt, μετονομάζετε mv mypbsscript.txt mypbsscript.sh {Πληροφορίες για το wget (δεν είναι απαραίτητo) στο https://www.computerhope.com/unix/wget.htm}

Φάση 5 η : Compiling MPI Programs Activate modules for openmpi 3.0.0 (η βιβλιοθήκη) and mpip (profiler): module load openmpi mpip (or just module load openmpi) Compile yourprog εδώ ring.c με ή χωρίς profiling a. Compile an MPI program : mpicc -O3 ring.c -o ring.x b. Compile MPI with mpip for profiling : mpicc -O3 -g ring.c -L$MPIPROOT/lib -lmpip -lbfd -lunwind -o ringp.x Για υβριδικά προγράμματα MPI+OpenMp χρειάζεται flag -fopenmp Φάση 6 η : Running MPI Programs Έχετε ήδη κατεβάσει και μετονομάσει το scipt mypbsscript.sh. Μπορείτε να δείτε τι περιέχει με more, less, cat, κλπ. Το αρχείο περιέχει εξηγήσεις, που θα αναλύσουμε περισσο τερο αργο τερα. 1. Submit this script file : qsub mypbsscript.sh Θα σας δώσει το jobid (int) ή μήνυμα λάθους στο script, πχ. Εάν ppn>8. 2. Examine queue and status: qstat (δείτε τον jobid στη ουρά). Αν δεν υπάρχει, η εργασία έχει τελειώσει (για μικρά προγράμματα είναι πολύ συνηθισμένο) 3. Για διαγραφή qdel <id> Σε περίπτωση που θέλετε να ακυρώσετε την εκτέλεση Όταν η εκτέλεση τελειώσει θα δείτε στο home dir δυο αρχεία της μορφής output myjob.o<id> (για το output) και myjob.e<id> ( για τα λάθη εκτέλεσης). Οποιοδήποτε άλλο αρχείο, πχ.έξοδος του Any other. mpip, θα εμφανιστεί στον κατάλογο απο τον οποίο εκτελέσατε το qsub.

Η Δομή του mypbsscript.sh Με πράσινο bold οι τιμές που μπορείτε να αλλάξετε κατά περίπτωση #!/bin/bash #Max VM size #PBS -l pvmem=2g # Max Wall time #PBS -l walltime=0:01:00 #2GByte per node Max # Example, 1 minute # How many nodes and MPI tasks per node #PBS -l nodes=2:ppn=8 # 2 nodes with 8 tasks/node => 16 tasks #Which Queue #PBS -q parsys #PBS -N myjob # This is the only accessible queue for rbs # Jobname - it gives the stdout/err filenames ### Merge std[out err] #PBS -k oe #Change Working directory to SUBMIT directory cd $PBS_O_WORKDIR # THIS IS MANDATORY, PBS Starts everything from $HOME, one should change to submit directory #OpenMP Threads export OMP_NUM_THREADS=1 # OMP_NUM_THREADS is the default number of threads in openmp # Having modules mpip and openmpi loaded module load mpip openmpi mpirun ring.x # That was compiled on front-end