ΜΕΡΙΚΕΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΑΜΙΝΟΞΕΑ

ΓΕΝΙΚΗ ΔΟΜΗ ΕΝΟΣ ΑΜΙΝΟΞΕΟΣ

ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ Τα επιπρόσθετα άτομα C σε μια ομάδα R συνήθως ορίζονται ως β,γ,δ,ε κλπ., αρχίζοντας από το α άτομο C. Στα περισσότερα άλλα οργανικά μόρια, τα άτομα C απλώς αριθμούνται αρχίζοντας από το ένα άκρο και δίνοντας τη μεγαλύτερη προτεραιότητα (C-1) στο άτομο C με το υποκατάστατο που περιέχει το άτομο με τον υψηλότερο ατομικό αριθμό. Σύμφωνα με αυτό το σύστημα, το άτομο C του καρβοξυλίου σε ένα αμινοξύ θα ήταν το C-1, ενώ το α-άτομο C θα ήταν το C2. Μερικές φορές, όπως στην περίπτωση των αμινοξέων με ετεροκυκλικές ομάδες R, το σύστημα ονοματολογίας με Ελληνικά γράμματα προκαλεί σύγχυση και για αυτό χρησιμοποιείται το σύστημα ονοματολογίας με Αραβικούς αριθμούς.

ΙΔΙΟΤΗΤΕΣ ΚΑΙ ΣΥΜΒΟΛΙΣΜΟΙ ΤΩΝ ΚΟΙΝΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΚΑΙ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΣΤΕΡΕΟΪΟΣΟΜΕΡΕΙΑ ΣΤΑ α-αμινοξεα

ΣΤΕΡΕΟΤΑΞΙΚΗ ΣΧΕΣΗ ΤΩΝ ΣΤΕΡΕΟΪΣΟΜΕΡΩΝ

ΑΠΟΡΡΟΦΗΣΗ ΤΟΥ ΥΠΕΡΙΩΔΟΥΣ ΦΩΤΟΣ ΑΠΟ ΤΑ ΑΡΩΜΑΤΙΚΑ ΑΜΙΝΟΞΕΑ

ΑΝΤΙΣΤΡΕΠΤΟΣ ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΣ ΔΙΣΟΥΛΦΙΔΙΚΟΥ ΔΕΣΜΟΥ

ΑΠΟΡΡΟΦΗΣΗ ΦΩΤΟΣ ΑΠΟ ΤΑ ΜΟΡΙΑ: Ο ΝΟΜΟΣ ΤΟΥ LAMBERT-BEER

ΠΕΠΤΙΔΙΑ ΚΑΙ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

ΑΣΥΝΗΘΙΣΤΑ ΑΜΙΝΟΞΕΑ

ΜΗ ΙΟΝΤΙΚΗ ΚΑΙ ΑΜΦΙΠΟΛΙΚΗ ΙΟΝΤΙΚΗ ΜΟΡΦΗ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ

ΤΙΤΛΟΠΟΙΗΣΗ ΑΜΙΝΟΞΕΟΣ

Η ΕΠΙΔΡΑΣΗ ΤΟΥ ΧΗΜΙΚΟΥ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ ΣΤΗΝ pka

ΚΑΜΠΥΛΕΣ ΤΙΤΛΟΠΟΙΗΣΗΣ

ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΣ ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΥ ΔΕΣΜΟΥ

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΣ ΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ

ΜΕΣΟΜΕΡΕΙΑ ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΥ ΔΕΣΜΟΥ

ΑΛΑΝΙΝΟ-ΓΛΟΥΤΑΜΥΛΟ-ΓΛΥΚΥΛΟ-ΛΥΣΙΝΗ

ΜΟΡΙΑΚΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΓΙΑ ΟΡΙΣΜΕΝΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

ΣΥΣΤΑΣΗ ΣΕ ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΔΥΟ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ *Σε μερικές κοινές αναλύσεις, όπως η όξινη υδρόλυση, το Asp δεν διακρίνεται εύκολα από το Asn. Γι αυτό το λόγο και τα δύο αναφέρονται ως Asx (ή Β). Παρομοίως, όταν δεν μπορούν να διακριθούν τα Glu και Gln, και τα δύο αναφέρονται ως Glx (ή Ζ). Επίσης, η Trp καταστρέφεται. Για να εκτιμηθεί σωστά η περιεκτικότητα σε αμινοξέα απαιτούνται επιπρόσθετες δοκιμασίες.

ΣΥΖΕΥΓΜΕΝΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

ΔΟΜΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΠΡΩΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ

EΠΙΠΕΔΑ ΔΟΜΙΚΗΣ ΟΡΓΑΝΩΣΗΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΑ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΤΗΣ ΙΝΣΟΥΛΙΝΗΣ ΤΟΥ ΒΟΔΙΟΥ

Η ΤΡΙΣΔΙΑΣΤΑΤΗ ΔΟΜΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΧΥΜΟΘΡΥΨΙΝΗ

Η ΕΠΙΠΕΔΗ ΠΕΠΤΙΔΙΚΗ ΟΜΑΔΑ

Η ΔΕΥΤΕΡΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΜΟΝΤΕΛΑ α ΕΛΙΚΑΣ

ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΜΕΤΑΞΥ ΤΩΝ ΟΜΑΔΩΝ R

ΤΑΣΗ ΑΜΙΝΟΞΙΚΩΝ ΚΑΤΑΛΟΙΠΩΝ ΝΑ ΠΡΟΣΛΑΜΒΑΝΟΥΝ α-ελικοειδη ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΗ α ΔΔG o είναι η διαφορά στη μεταβολή της ελεύθερης ενέργειας, αντίστοιχη με εκέινη της αλανίνης, που απαιτείται ώστε ένα κατάλοιπο αμινοξέος να προσλάβει την α- ελικοειδή διαμόρφωση. Οι μεγαλύτεροι αριθμοί αντιπροσωπεύουν μεγαλύτερη δυσκολία επίτευξης της α-ελικοειδούς δομής. Τα δεδομένα προέρχονται από πολλαπλά πειράματα και πειραματικά συστήματα.

ΔΙΠΟΛΗ ΕΛΙΚΑ

ΔΙΑΤΑΞΗ α ΕΛΙΚΑΣ

Η β ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΗ ΤΩΝ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΩΝ ΑΛΥΣΙΔΩΝ

ΠΑΡΑΛΛΗΛΗ β ΠΤΥΧΩΤΗ ΕΠΙΦΑΝΕΙΑ

ΔΟΜΕΣ β ΣΤΡΟΦΩΝ

ΙΣΟΜΕΡΗ ΠΡΟΛΙΝΗΣ

ΠΙΘΑΝΟΤΗΤΑ ΥΠΑΡΞΗΣ ΑΜΙΝΟΞΕΟΣ ΣΤΟΥΣ ΤΡΕΙΣ ΤΥΠΟΥΣ ΤΗΣ ΔΕΥΤΕΡΟΤΑΓΟΥΣ ΔΟΜΗΣ

ΤΡΙΤΟΤΑΓΕΙΣ ΚΑΙ ΤΕΤΑΡΤΟΤΑΓΕΙΣ ΔΟΜΕΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΔΕΥΤΕΡΟΤΑΓΕΙΣ ΔΟΜΕΣ ΚΑΙ ΙΔΙΟΤΗΤΕΣ ΤΩΝ ΙΝΩΔΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΔΕΣΜΟΙ ΠΟΥ ΕΙΝΑΙ ΥΠΕΥΘΥΝΟΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΡΙΤΟΤΑΓΗ ΔΟΜΗ

ΔΟΜΗ ΤΡΙΧΩΝ

ΔΟΜΗ ΤΟΥ ΚΟΛΛΑΓΟΝΟΥ

ΔΟΜΗ ΤΩΝ ΙΝΩΝ ΚΟΛΛΑΓΟΝΟΥ

ΔΟΜΗ ΤΟΥ ΜΕΤΑΞΙΟΥ

ΣΦΑΙΡΙΚΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΕΣ ΔΟΜΕΣ

ΑΣΚΟΡΒΙΚΟ ΟΞΥ

ΤΕΤΑΡΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ ΤΗΣ ΜΥΟΣΦΑΙΡΙΝΗΣ ΤΟΥ ΣΠΕΡΜΑΤΟΣ ΤΗΣ ΦΑΛΑΙΝΑΣ

Η ΟΜΑΔΑ ΤΗΣ ΑΙΜΗΣ

ΣΧΕΤΙΚΑ ΠΟΣΟΣΤΑ α- ΕΛΙΚΑΣ ΚΑΙ β- ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΗΣ ΣΕ ΜΕΡΙΚΕΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΜΕ ΜΙΑ ΜΟΝΟ ΑΛΥΣΙΔΑ Πρωτεΐνη (σύνολο καταλοίπων) Κατάλοιπα (%)* α- Έλικα β- Διαμόρφωση Χυμοθρυψίνη (247) 14 45 Ριβονουκλεάση (124) 26 35 Καρβοξυπεπτιδάση (307) 38 17 Κυτόχρωμα c (104) 39 0 Λυσοζύμη (129) 40 12 Μυοσφαιρίνη (153) 78 0 * Τα τμήματα των πολυπεπτιδικών αλυσίδων που δεν ανήκουν σε α έλικες ή β διαμορφώσεις αποτελούνται από στροφές κι ακανόνιστα σπειροειδείς ή εκτεταμένες περιοχές. Τα τμήματα α έλικας και β διαμόρφωσης μερικές φορές παρεκκλίνουν ελαφρώς από τις φυσιολογικές διαστάσεις και τη γεωμετρία τους

ΜΟΤΙΒΑ

ΤΡΙΣΔΙΑΣΤΑΤΕΣ ΔΟΜΕΣ ΜΕΡΙΚΩΝ ΜΙΚΡΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΔΟΜΙΚΕΣ ΠΕΡΙΟΧΕΣ ΣΤΟ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΟ ΤΗΣ ΤΡΟΠΟΝΙΝΗΣ C

ΣΤΑΘΕΡΑ ΠΡΟΤΥΠΑ ΠΤΥΧΩΣΗΣ ΣΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

ΔΗΜΙΟΥΡΓΙΑ ΜΕΓΑΛΩΝ ΜΟΤΙΒΩΝ ΑΠΟ ΜΙΚΡΟΤΕΡΑ

ΟΡΓΑΝΩΣΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΜΕ ΒΑΣΗ ΤΑ ΜΟΤΙΒΑ

ΤΕΤΑΡΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ ΤΗΣ ΔΕΟΞΥΑΙΜΟΣΦΑΙΡΙΝΗΣ

ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΚΑΙ ΠΤΥΧΩΣΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΜΟΝΟΠΑΤΙΑ ΠΟΥ ΣΥΝΕΙΣΦΕΡΟΥΝ ΣΤΗΝ ΠΡΩΤΕΟΛΥΣΗ

ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΕΠΑΝΑΔΙΑΤΑΞΗ ΤΗΣ ΡΙΒΟΝΟΥΚΛΕΑΣΗΣ

ΜΟΝΟΠΑΤΙ ΠΤΥΧΩΣΗΣ ΜΙΚΡΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ

ΠΟΡΕΙΑ ΠΤΥΧΩΣΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΘΕΡΜΟΔΥΝΑΜΙΚΗ ΤΗΣ ΠΤΥΧΩΣΗΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΘΕΡΜΟΔΥΝΑΜΙΚΗ ΠΤΥΧΩΣΗΣ

Ο ΡΟΛΟΣ ΤΩΝ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΣΥΝΟΔΩΝ

ΑΠΟΔΙΑΤΑΞΗ ΚΑΙ ΑΥΘΟΡΜΗΤΗ ΑΝΑΔΙΑΤΑΞΗ ΤΗΣ ΠΑΓΚΡΕΑΤΙΚΗΣ ΡΙΒΟΝΟΥΚΛΕΑΣΗΣ

ΑΝΗΓΜΕΝΟ ΓΛΟΥΤΑΘΕΙΟ

ΝΟΣΗΜΑΤΑ ΑΠΟ PRION

Η ΔΟΜΗ ΤΗΣ ΣΦΑΙΡΙΚΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ PrP

ΔΗΜΙΟΥΡΓΙΑ ΙΝΙΔΙΩΝ ΑΜΥΛΟΕΙΔΟΥΣ ΠΟΥ ΠΡΟΚΑΛΟΥΝ ΝΟΣΟ

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΧΡΩΜΑΤΟΓΡΑΦΙΑ ΣΤΗΛΗΣ

ΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗ

ΕΚΤΙΜΗΣΗ ΤΟΥ ΜΟΡΙΑΚΟΥ ΒΑΡΟΥΣ ΜΙΑΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ

ΙΣΟΗΛΕΚΤΡΙΚΗ ΕΣΤΙΑΣΗ

ΙΣΟΗΛΕΚΤΡΙΚΑ ΣΗΜΕΙΑ ΜΕΡΙΚΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΔΙΣΔΙΑΣΤΑΤΗ ΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗ

ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΑΣ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ

ΑΜΕΣΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΑΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΚΑΤΑ FRED SANGER

ΑΝΤΙΔΡΑΣΤΗΡΙΑ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΡΟΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΗΣ α-αμινομαδασ ΣΤΟ ΑΜΙΝΟΤΕΛΙΚΟ ΑΚΡΟ

Η ΧΗΜΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΑΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ KATA PEHR EDMAN

ΦΑΣΜΑΤΟΜΕΤΡΙΑ ΜΑΖΑΣ ΔΙΑΣΠΑΣΗ ΤΩΝ ΔΙΣΟΥΛΦΥΔΡΥΛΙΚΩΝ ΔΕΣΜΩΝ ΣΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

Η ΕΙΔΙΚΟΤΗΤΑ ΟΡΙΣΜΕΝΩΝ ΚΟΙΝΩΝ ΜΕΘΟΔΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΤΑΤΜΗΣΗ ΤΩΝ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΩΝ ΑΛΥΣΙΔΩΝ *Όλα τα αντιδραστήρια, εκτός από το βρωμιούχο κυάνιο είναι πρωτεάσες. Όλα διατίθενται στο εμπόριο. ** Αμινοξέα που αποτελούν το κύριο σημείο αναγνώρισης για την πρωτεάση ή το αντιδραστήριο. Η κοπή του πεπτιδικού δεσμού συμβαίνει είτε στην καρβονυλική (C) είτε στην αμινική (Ν) πλευρά των αναφερόμενων αμινοξέων

ΑΝΤΙΔΡΑΣΤΗΡΙΑ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΡΟΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΣΟΥΛΦΥΔΡΥΛΙΚΩΝ ΟΜΑΔΩΝ ΤΩΝ ΚΑΤΑΛΟΙΠΩΝ Cys

ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΑΣ

ΔΙΑΔΟΧΙΚΗ ΦΑΣΜΑΤΟΣΚΟΠΙΑ ΜΑΖΩΝ

ΧΗΜΙΚΗ ΣΥΝΘΕΣΗ ΠΕΠΤΙΔΙΟΥ ΣΕ ΑΔΙΑΛΥΤΟ ΠΟΛΥΜΕΡΕΣ