Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR. Nama Primer Sekuen (5 3 )

45 Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR Nama Primer Sekuen (5 3 ) 1 FR 0783 2 FR 0779 3 FR 3663 4 FR 3745 F: 5 - GAATGTGGCTGTAAATGCTGAGTG -3 R: 5 - AAGCCGCATGGACAACTCTAGTAA -3 F: 5 - AATGCAGACCAAGCTAATCATATAC -3 R: 5 - GTTCAGGTGATGGTGACTCAGATAG -3 F: 5 -AAGCAATATAGGTCAGTG-3 R: 5 -TCATTTCTAATTCAATAC-3 F: 5 - GGAAGTCTTGATGTTGAAAG -3 R: 5 - ATCAAGCAGTCGCATAATAC -3

46 Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak 5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Tris HCl 1 M ph 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram. Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai ph mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml. Tris HCl 1 M ph 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai ph mencapai 7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml. EDTA O.5 M ph 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai ph mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

47 NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml. **Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.

48 Lampiran 3. Pembuatan Larutan Buffer Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl 5 M, 4 ml EDTA 0.5 M ph 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M ph 8.0 dan 20.8 ml aquades. Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M ph 7.4, 5.7 ml Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml. Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml aquades. Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5 M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades. Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2 ml Isoamilalkohol. Etanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.

49 Lampiran 4. Alur Penelitian Pengambilan Sampel DNA Klon Kelapa Sawit Isolasi DNA Uji Kualitas Uji Kuantitas Amplifikasi PCR-SSR Analisis Hasil Amplifikasi PCR-SSR Elektroforesis

50 Lampiran 5. Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo No. Kode Sampel Klon 1 1 459 2 2 458 3 3 457 4 4 456 5 5 455 6 6 454 7 7 453 8 8 444 9 9 445 10 10 446 11 11 447 12 12 448 13 13 449 14 14 450 15 15 451 16 16 452 17 17 437 18 18 436 19 19 435 20 20 434 21 21 433 22 22 432 23 23 431 24 24 430 25 25 429 26 26 425 27 27 427 28 28 426 29 29 423 30 30 420

51 Lampiran 6. Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60 Kode Sampel Absorbansi ( Å260 /280) Konsentrasi (μl/mg) 1 2,03 41,5 2 1,16 12,8 3 2,53 7,9 4 1,60 134,1 5 1,34 116,4 6 2,40 46,9 7 1,66 52,2 8 1,36 105,5 9 1,33 34,4 10 2,01 19,2 11 1,98 31,2 12 1,12 3,1 13 1,48 41,1 14 2,50 16,0 15 1,48 40,4 16 3,15 27,0 17 1,37 86,4 18 1,57 45,7 19 1,05 69,7 20 1,98 58,7 21 2,03 37,1 22 1,26 41,7 23 1,80 12,4 24 1,58 15,2 25 1,62 104,7 26 1,37 40,6 27 1,67 32,5 28 2,23 25,6 29 1,62 33,3 30 3,32 23,7 x ± Sd 1.79 ± 0.56 45.23 ± 33.39 x ± 2Sd 1.79 ± 1.12 45.23 ± 66.79

52 Lampiran 7. Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo sampel 1 sampel 2 sampel 3 sampel 4 sampel 5 sampel 6 sampel 7 sampel 8 sampel 9 sampel 10

53 sampel 11 sampel 12 sampel 13 sampel 14 sampel 15 sampel 16 sampel 17 sampel 18 sampel 19 sampel 20

54 sampel 21 sampel 22 sampel 23 sampel 24 sampel 25 sampel 26 sampel 27 sampel 28 sampel 29 sampel 30

55 Lampiran 8. Analisis faktorial dengan menggunakan DARwin 6.0 Factorial analysis on dissimilarity Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis Dissimilarity calculated from data file: KLON BTC 60.var (type:'allelic') User selection Units: 30/30 and Loci: 4/4 Dissimilarity index: Simple matching Missing data options: No missing data 1000 bootstraps ---------------------------- Imported Allelic data Ploidy = 2... 30 selected units on 30 Selected unit list: Number Unit No. Sampel 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 5 5 5 6 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 9 10 10 10 11 11 11 12 12 12 13 13 13 14 14 14 15 15 15 16 16 16 17 17 17 18 18 18 19 19 19 20 20 20 21 21 21 22 22 22 23 23 23 24 24 24 25 25 25 26 26 26 27 27 27 28 28 28 29 29 29 30 30 30 Warning: At least one negative eigenvalue. (smallest eigenvalue: -0.000369145417916822) Non Euclidean dissimilarity Axis Eigenvalue Inertia% Axis Eigenvalue Inertia% 1 0.00438 80.29 2 0.00071 12.95 3 0 0 4 0 0 5 0 0

56 There is only 2 axes with positive eigenvalue (user selection was 5 axes) Unit coordinates on factorial axes WARNING: negative eigenvalue => cosinus² may be negative or greater than one! 1st column = coordinate 2nd column = cosinus² x 1000 Axis 1 Axis 2 Coord. Cos² Coord. Cos² 1-0.0024-0.0004 2-0.0024-0.0004 3-0.0024-0.0004 4-0.0024-0.0004 5-0.0024-0.0004 6-0.0024-0.0004 7-0.0024-0.0004 8-0.0024-0.0004 9-0.0024-0.0004 10 0.2395 926 0.0830 111 11-0.0024-0.0004 12-0.0024-0.0004 13-0.0024-0.0004 14-0.0024-0.0004 15-0.0024-0.0004 16-0.0024-0.0004 17-0.0024-0.0004 18 0.0833 431-0.1126 787 19-0.0024-0.0004 20-0.0024-0.0004 21-0.0024-0.0004 22-0.0024-0.0004 23-0.0024-0.0004 24-0.0024-0.0004 25-0.0024-0.0004 26-0.0024-0.0004 27-0.0024-0.0004 28-0.0024-0.0004 29-0.2590 0.0406 26 30-0.0024-0.0004

57 Lampiran 9. Analisis Kluster Metode UnWeighted Neighbor-Joining dengan Menggunakan DARwin 6.0 Tree construction Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis Tree file : KLON BTC 60.arb Method: UnWeighted Neighbor-Joining Dissimilarity min value = 0.125 Dissimilarity max value = 0.5 30 selected units on 30 Selected unit list: Number Unit No. Sampel 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 5 5 5 6 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 9 10 10 10 11 11 11 12 12 12 13 13 13 14 14 14 15 15 15 16 16 16 17 17 17 18 18 18 19 19 19 20 20 20 21 21 21 22 22 22 23 23 23 24 24 24 25 25 25 26 26 26 27 27 27 28 28 28 29 29 29 30 30 30 Iteration: 1 - Maximum level = 4500 10 -- 31 18 -- 31 Iteration: 2 - Maximum level = 624 1 -- 32 2 -- 32 Iteration: 3 - Maximum level = 624 32 -- 33 29 -- 33 Iteration: 4 - Maximum level = 124 33 -- 34 28 -- 34 Iteration: 5 - Maximum level = 124 34 -- 35

58 27 -- 35 Iteration: 6 - Maximum level = 124 35 -- 36 26 -- 36 Iteration: 7 - Maximum level = 124 36 -- 37 25 -- 37 Iteration: 8 - Maximum level = 124 37 -- 38 24 -- 38 Iteration: 9 - Maximum level = 124 38 -- 39 23 -- 39 Iteration: 10 - Maximum level = 124 39 -- 40 22 -- 40 Iteration: 11 - Maximum level = 124 40 -- 41 21 -- 41 Iteration: 12 - Maximum level = 124 41 -- 42 20 -- 42 Iteration: 13 - Maximum level = 124 42 -- 43 19 -- 43 Iteration: 14 - Maximum level = 124 43 -- 44 30 -- 44 Iteration: 15 - Maximum level = 124 44 -- 45 17 -- 45 Iteration: 16 - Maximum level = 124 45 -- 46 16 -- 46 Iteration: 17 - Maximum level = 124 46 -- 47 15 -- 47 Iteration: 18 - Maximum level = 124 47 -- 48 14 -- 48 Iteration: 19 - Maximum level = 124 48 -- 49 13 -- 49 Iteration: 20 - Maximum level = 124 49 -- 50 12 -- 50 Iteration: 21 - Maximum level = 124 50 -- 51

59 11 -- 51 Iteration: 22 - Maximum level = 124 51 -- 52 31 -- 52 Iteration: 23 - Maximum level = 0 52 -- 53 9 -- 53 Iteration: 24 - Maximum level = 0 53 -- 54 8 -- 54 Iteration: 25 - Maximum level = 0 54 -- 55 7 -- 55 Iteration: 26 - Maximum level = 0 55 -- 56 6 -- 56 Iteration: 27 - Maximum level = 0 56 -- 57 5 -- 57 Last grouping 57 -- 58 4 -- 58 3 -- 58 Edges and lengths 1 -- 32 : 0 2 -- 32 : 0 3 -- 58 : 0 4 -- 58 : 0 5 -- 57 : 0 6 -- 56 : 0 7 -- 55 : 0 8 -- 54 : 0 9 -- 53 : 0 10 -- 31 : 0.188 11 -- 51 : 0 12 -- 50 : 0 13 -- 49 : 0 14 -- 48 : 0 15 -- 47 : 0 16 -- 46 : 0 17 -- 45 : 0 18 -- 31 : 0.062 19 -- 43 : 0 20 -- 42 : 0 21 -- 41 : 0 22 -- 40 : 0 23 -- 39 : 0 24 -- 38 : 0 25 -- 37 : 0 26 -- 36 : 0 27 -- 35 : 0 28 -- 34 : 0 29 -- 33 : 0.25 30 -- 44 : 0 31 -- 52 : 0.062

60 32 -- 33 : 0 33 -- 34 : 0 34 -- 35 : 0 35 -- 36 : 0 36 -- 37 : 0 37 -- 38 : 0 38 -- 39 : 0 39 -- 40 : 0 40 -- 41 : 0 41 -- 42 : 0 42 -- 43 : 0 43 -- 44 : 0 44 -- 45 : 0 45 -- 46 : 0 46 -- 47 : 0 47 -- 48 : 0 48 -- 49 : 0 49 -- 50 : 0 50 -- 51 : 0 51 -- 52 : 0 52 -- 53 : 0 53 -- 54 : 0 54 -- 55 : 0 55 -- 56 : 0 56 -- 57 : 0 57 -- 58 : 0 Edge length sum = 0.562 Edge bootstrap values (%) 31 -- 52 : 68 Average 'edge' distance between initial tree and bootstrapped trees: 0.975 5-percentile: 0.963 95-percentile: 1

61 Lampiran 10. Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR Units 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 2 0.000 3 0.000 0.000 4 0.000 0.000 0.000 5 0.000 0.000 0.000 0.000 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 8 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 11 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 12 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 13 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 15 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 18 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.250 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 0.124 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 29 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.500 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.374 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 0.250 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.0000.250