ΑΣΚΗΣΗ 1η Αναζήτηση πληροφορίας σε Βιβλιογραφικές Βάσεις εδοµένων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση και µελέτη της επιστηµονικής βιβλιογραφίας αποτελεί βασική προϋπόθεση για την επίλυση ερευνητικών προβληµάτων. Η βιβλιογραφική αναζήτηση γίνεται µέσω διαδικτυακά προσβάσιµων βάσεων δεδοµένων µε τη χρήση κατάλληλων λέξεων κλειδιών. Το πλήθος και η συνάφεια των άρθρων που εντοπίζονται εξαρτώνται από την επιλογή και τον αριθµό των λέξεων κλειδιών, αλλά και τη θέση στο άρθρο όπου γίνεται η αναζήτησή τους (στον τίτλο, στην περίληψη ή στο πλήρες κείµενο). Στις περισσότερες βάσεις υπάρχει και η δυνατότητα εφαρµογής φίλτρων προκειµένου να περιοριστούν τα αποτελέσµατα της αναζήτησης βάσει διαφόρων κριτηρίων όπως η ηµεροµηνία δηµοσίευσης, οι συγγραφείς κ.ο.κ. Μέσω της βιβλιοθήκης του Γ.Π.Α. (http://library.aua.gr/) και της κοινοπραξίας των ελληνικών ακαδηµαϊκών βιβλιοθηκών HEAL-Link (http://www.heal-link.gr/) είναι δυνατή η πρόσβαση στο πλήρες κείµενο 7500 επιστηµονικών περιοδικών, σε βιβλιογραφικές βάσεις, ηλεκτρονικά βιβλία και λεξικά. Η πρόσβαση είναι εφικτή από ηλεκτρονικούς υπολογιστές που είναι συνδεδεµένοι στο δίκτυο του Πανεπιστηµίου ή από υπολογιστές που χρησιµοποιούν την υπηρεσία VPN του Πανεπιστηµίου. Σχήµα 1. ιεπαφή αναζήτησης της PubMed. 1
Η PubMed περιλαµβάνει περισσότερες από 21 10 6 βιβλιογραφικές αναφορές από την MEDLINE (βιβλιογραφική βάση δεδοµένων της U.S. National Library of Medicine, NLM), από περιοδικά επιστηµών υγείας, χηµείας και βιοτεχνολογίας, καθώς και βιβλία. ηµιουργήθηκε και παρέχεται δωρεάν από το National Center for Biotechnology Information (NCBI). Οι εγγραφές περιλαµβάνουν τις περιλήψεις των άρθρων, αλλά και συνδέσµους στο πλήρες κείµενο των άρθρων, στους ιστότοπους των εκδοτών και σε άλλες βάσεις µοριακών δεδοµένων του NCBI. Το περιεχόµενο των άρθρων περιγράφεται από τα MeSH Terms, ένα ελεγχόµενο λεξιλόγιο βιοϊατρικών όρων της NLM. Ο χρήστης της PubMed έχει τη δυνατότητα να επιλέξει τον τρόπο εµφάνισης των αποτελεσµάτων, να εφαρµόσει φίλτρα προκειµένου να περιορίσει τα αποτελέσµατα της αναζήτησης και να ανακτήσει σχετικές πληροφορίες από άλλες βάσεις δεδοµένων (σχήµα 1). Παράλληλα, χρησιµοποιώντας την επιλογή advanced search, µπορεί να συνδυάσει ποικίλα κριτήρια ώστε να προβεί σε σύνθετες αναζητήσεις. Σχήµα 2. ιεπαφή αναζήτησης του ScienceDirect. Το ScienceDirect είναι µία βάση δεδοµένων επιστηµονικών άρθρων από 2500 περιοδικά και 11000 βιβλία. Αποτελεί τµήµα του εκδοτικού οίκου Elsevier, που δραστηριοποιείται στους τοµείς της επιστήµης, της τεχνολογίας και της ιατρικής. Ο Elsevier έχει ψηφιοποιήσει πληθώρα περιοδικών που είχαν εκδοθεί πριν το 1995, επιτρέποντας πρόσβαση µέσω του Η/Υ σε άρθρα από το 1823 (The Lancet). Το ScienceDirect παρέχει τη δυνατότητα απλής και σύνθετης αναζήτησης µε χρήση λογικών τελεστών (σχήµα 2), την εµφάνιση των άρθρων µε τις περισσότερες αναφορές, τη µαζική 2
ανάκτηση πολλών άρθρων, την ανάκτηση συµπληρωµατικού υλικού όπως αρχείων ήχου και video, καθώς και την πρόσβαση στο πλήρες κείµενο από µη πιστοποιηµένες διευθύνσεις µε τη χρήση κωδικών πρόσβασης. Οι εκδόσεις Oxford Journals αποτελούν τµήµα του Oxford University Press. Εκδίδουν πάνω από 230 επιστηµονικά περιοδικά, τα περισσότερα εκ των οποίων σε συνεργασία µε διεθνείς επιστηµονικές εταιρείες. Στην ιστοσελίδα των Oxford Journals (σχήµα 3) είναι δυνατή η εύρεση συγκεκριµένης βιβλιογραφικής αναφοράς ή η χρήση λέξεων κλειδιών για την αναζήτηση άρθρων που έχουν δηµοσιευθεί σε συγκεκριµένα περιοδικά. Σχήµα 3. ιεπαφή αναζήτησης των Oxford Journals. ΠΕΡΙΓΡΑΦΗ ΤΗΣ ΑΣΚΗΣΗΣ Α. Αναζήτηση στην PubMed. Επισκεφθείτε την ιστοσελίδα του NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Στο πεδίο All Databases επιλέξτε MeSH, αναζητείστε και καταγράψτε τον ορισµό για τις πρωτεΐνες odorant receptors. Στο Related information, επιλέξτε PubMed ώστε να µεταβείτε στην σελίδα της PubMed που περιλαµβάνει βιβλιογραφία σχετική µε τις πρωτεΐνες odorant receptors. Πόσα άρθρα βρήκατε; Χρησιµοποιώντας τις επιλογές Items per page και Sort by από το Display Settings (σχήµα 1.1) εµφανίστε στην οθόνη 50 αποτελέσµατα ταξινοµηµένα κατά ηµεροµηνία δηµοσίευσης (Pub Date). Περιορίστε τα αποτελέσµατα της αναζήτησης σε όσα άρθρα έχουν ελεύθερα προσβάσιµο το πλήρες κείµενό τους (Free full text available) κάνοντας χρήση του αντίστοιχου φίλτρου (σχήµα 1.2). 3
Πόσα άρθρα βρήκατε; Καταγράψτε τις 5 πρώτες βιβλιογραφικές αναφορές (συγγραφείς, τίτλο, περιοδικό, έτος, σελίδες). Στο πάνω τµήµα της σελίδας επιλέξτε Advanced, ώστε να προβείτε σε µία σύνθετη αναζήτηση. ιαγράψτε τα φίλτρα που έχετε εφαρµόσει (clear all). Αναζητείστε άρθρα που έχουν στον τίτλο ή στην περίληψή τους (Title/Abstract) τις λέξεις - κλειδιά odorant receptors και anopheles και έχουν δηµοσιευθεί από το 2000 και µετά (Date - Publication). Πόσα άρθρα βρήκατε; Στο πεδίο Find related data (σχήµα 1.3) επιλέξτε Nucleotide, ώστε να αναζητήσετε εγγραφές της βάσης δεδοµένων GenBank που αναφέρονται στα άρθρα που βρήκατε. Καταγράψτε τα Accession Numbers των 5 πρώτων εγγραφών και αποθηκεύστε τις ακολουθίες τους σε µορφή FASTA. Επιστρέψτε στην προηγούµενη σελίδα και περιορίστε τα αποτελέσµατα της αναζήτησης σε όσα άρθρα έχουν ελεύθερα προσβάσιµο το πλήρες κείµενό τους (Free full text available) κάνοντας χρήση του αντίστοιχου φίλτρου (σχήµα 1.2). Επιλέξτε ένα από τα άρθρα και ακολουθώντας τους συνδέσµους µεταβείτε στο πλήρες κείµενο. Καταγράψτε τη βιβλιογραφική αναφορά και την πρώτη πρόταση του κυρίως κειµένου. Β. Αναζήτηση στο ScienceDirect. Επισκεφθείτε την ιστοσελίδα του ScienceDirect (http://www.sciencedirect.com/) και αναζητήστε εγγραφές που σχετίζονται µε την πρωτεΐνη Green Fluorescent Protein (σχήµα 2.1). Πόσες εγγραφές βρήκατε; Πόσα άρθρα έχουν δηµοσιευθεί το 2010 (Year Limit to); Καταγράψτε τις βιβλιογραφικές αναφορές δύο άρθρων που έχουν ελεύθερα προσβάσιµο το πλήρες κείµενό τους (Full-text available). Επιλέξτε Advanced search Expert search (σχήµα 2.2). Αναζητήστε άρθρα που έχουν στον τίτλο ή στην περίληψή τους τις λέξεις κλειδιά Green Fluorescent Protein και Drosophila melanogaster και έχουν δηµοσιευθεί µετά το 2000 σε επιστηµονικά περιοδικά των θεµατικών περιοχών Agricultural and Biological Sciences και Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, χρησιµοποιώντας την έκφραση title-abstr-key (Green Fluorescent Protein AND Drosophila melanogaster) Πόσα αποτελέσµατα βρήκατε; Επιλέξτε ένα από αυτά και καταγράψτε τον αριθµό των άρθρων που κάνουν αναφορά σ αυτό καθώς και τον αριθµό των άρθρων που σχετίζονται µε αυτό (Citing and recommended articles). Γ. Αναζήτηση στις Oxford Journals. Μεταβείτε στην ιστοσελίδα των Oxford Journals (http://www.oxfordjournals.org/) και επιλέξτε advanced search. Αναζητήστε άρθρα που έχουν στον τίτλο ή την περίληψή τους τη φράση 4
transcription factor (Abstract Title, phrase) και έχουν δηµοσιευθεί στα περιοδικά Bioinformatics ή Nucleic Acids Research (σχήµα 3). Πόσα αποτελέσµατα βρήκατε; Επιλέξτε ένα από τα αποτελέσµατα της αναζήτησης και µεταβείτε στο πλήρες κείµενό του. Ποιος είναι ο πρώτος συγγραφέας; Πόσα άρθρα έχει γράψει (χρησιµοποιήστε τους συνδέσµους της PubMed στα δεξιά της οθόνης). Καταγράψτε τα στοιχεία ενός άρθρου που κάνει αναφορά στο άρθρο που έχετε επιλέξει (Articles citing this article). 5