Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)
|
|
- Ἀράχνη Ρέντης
- 7 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)
2 MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για: Δηµιουργία profiles/motifs που χαρακτηρίζουν µια επικράτεια (domain). Ανίχνευση συντηρηµένων DNA-binding sites σε προµότορες γονιδίων Φυλογένεση. Πρόβλεψη δευτεροταγούς και τριτοταγούς δοµής πρωτεϊνών. Σχεδιασµό εκφυλισµένων εκκινητών PCR
3 MSA
4 MSA Sum of pairs Σκοπός: η µεγιστοποίηση αυτού του score
5 MSA Πολλαπλή στοίχιση µε: Δυναµικό προγραµµατισµό (dynamic programming). Με ευρετικές µεθόδους (heuristics). Προοδευτική στοίχιση (progressive alignment) Στοίχιση µε διαδοχικές βελτιώσεις (iterative alignment) Στοίχιση βασισµένη σε blocks
6 MSA - δυναµικός προγραµµατισµός (DP) Για στοίχιση 2 ακολουθιών δηµιουργείται ένας πίνακας 2 διαστάσεων. Για στοίχιση 3 ακολουθιών δηµιουργείται πίνακας 3 διαστάσεων. Για στοίχιση Ν ακολουθιών δηµιουργείται πίνακας Ν διαστάσεων. Το υπολογιστικό κόστος αυξάνεται εκθετικά, για κάθε ακολουθία που πρέπει να ενταχθεί στην πολλαπλή στοίχιση. Πρακτικά, DP µπορεί να γίνει για λίγες µόνο ακολουθίες, µικρού µήκους.
7 MSA-ευρετικές µέθοδοι Προοδευτική στοίχιση (progressive) ClustalW Επαναλαµβανόµενη στοίχιση (Iterative) Block-based
8 ClustalW (i) Ολική στοίχιση (Needlman-Wunsch) κάθε πιθανού ζεύγους Πίνακας αποστάσεων (identities ή πίνακες Blossum/PAM). Μετατροπή των αποστάσεων σε εξελικτικές αποστάσεις. Δηµιουργία φυλογενετικού δένδρου - οδηγού (guide tree) (neighbor joining). Χαµηλότερης εµπιστοσύνης από ένα κανονικό φυλογενετικό δένδρο, ωστόσο καταδεικνύει ικανοποιητικά τις βασικές σχέσεις
9 ClustalW (ii) Οι 2 κοντινότερες ακολουθίες στοιχίζονται και δηµιουργείται µια ακολουθία συναίνεσης. Με βάση το δένδρο-οδηγό, η ακολουθία συναίνεσης στοιχίζεται (δυναµικός προγραµµατισµός) µε την επόµενη πιο κοντινή ακολουθία ή την επόµενη πιο κοντινή ακολουθία συναίνεσης. Η διαδικασία επαναλαµβάνεται έως ότου στοιχιθούν όλες οι ακολουθίες.
10 ClustalW (iii) Ανάλογα µε την απόσταση 2 ακολουθιών στο δένδρο-οδηγό, χρησιµοποιείται και ο κατάλληλος πίνακας αντικατάστασης (Blossum62, Blossum 45) για την ολική στοίχιση κατά ζεύγη. Οι ποινές των κενών προσαρµόζονται ανάλογα µε την παρατηρούµενη συντήρηση µιας περιοχής και ανάλογα µε την δευτεροταγή δοµή. Συντελεστής βαρύτητας ανάλογα µε την εξελικτική απόσταση 2 ακολουθιών
11 Προβλήµατα της προοδευτικής στοίχισης Δεν ενδείκνυται για ακολουθίες µε πολύ διαφορετικά µήκη (λόγω ολικής στοίχισης). Η τελική πολλαπλή στοίχιση εξαρτάται από τη σειρά µε την οποία θα γίνουν οι επιµέρους στοιχίσεις κατά ζεύγη. Ένα αρχικό λάθος θα επηρεάσει τα υπόλοιπα στάδια της πολλαπλής στοίχισης.
12 T-coffee Προοδευτική στοίχιση. Όταν στοιχίζει ένα ζεύγος ακολουθιών, δεν κάνει µόνο ολική στοίχιση, αλλά και τοπικές στοιχίσεις (δηµιουργείται µια βιβλιοθήκη στοιχίσεων). Υπολογίζεται ένα σκορ συµφωνίας (consistency score) από τις επιµέρους στοιχίσεις (ολική και τοπικές). Σε σχέση µε το Clustal: Πολύ καλύτερης ποιότητας πολλαπλές στοιχίσεις. Πολύ πιο αργός υπολογισµός.
13 Muscle l Προοδευτική στοίχιση. l Δύο υπολογισµοί δένδρουοδηγού (UPGMA) l Kmer l Kimura distance l Κυκλική λογική l Δένδρο-> πολλαπλή στοίχιση-> βελτιωµένο δένδρο -> βελτιωµένη στοίχιση Edgar R C Nucl. Acids Res. 2004;32:
14 Επαναλαµβανόµενη πολλαπλή στοίχιση (iterative) Αρχικά δηµιουργείται µια πολλαπλή στοίχιση χαµηλής ποιότητας. Η πολλαπλή στοίχιση βελτιώνεται σε επαναλαµβανόµενα στάδια. Ευρετική µέθοδος. Δεν επηρεάζεται από αρχικά λάθη. Προγράµµατα: PRRN
15 Block-based Ενδείκνυται για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών που έχουν αποκλείνει αρκετά και έχει αποµείνει συντηρηµένη µια µικρή περιοχή τους. Dialign
16 Πολλαπλή στοίχιση για DNA & πρωτεΐνες Revtrans Παίρνει πολλαπλή στοίχιση των ακολουθιών σε επιπέδο πρωτεϊνών και βάση αυτής, στοιχίζει τις ακολουθίες σε επίπεδο DNA
17 Χειροκίνητη τροποποίηση/βελτίωση πολλαπλής στοίχισης Τα προγράµµατα δεν παράγουν την βέλτιστη στοίχιση. Βελτίωση της στοίχισης χειροκίνητα alignment editors Seaview Bioedit
18 Alignment formats FASTA (.fa ή.fasta ή.fst) Clustal (.aln) Phylip (.phy ή.phylip) MSF (.msf) Mase (.mase) Nexus (.nxs) Συνήθως, τα alignment editors µπορούν να µετατρέψουν το ένα format σε άλλο. Readseq
19 Fasta format MSA
20 Clustal format MSA
21 Phylip format Χρησιµοποιείται στο πρόγραµµα phylip για φυλογένεση
22 Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών & profiles Ακολουθίες Χ ακολουθίες Ακολουθίες Χ profile Profile X profile
23 Χρήσεις πολλαπλής στοίχισης Δηµιουργία: Πινάκων θέσης (Position specific scoring matrices - PSSMs). Profiles. Μαρκοβιανών µοντέλων (Hidden markov models - HMMs). Είναι στατιστικά µοντέλα που δείχνουν τη συχνότητα εµφάνισης αµινοξέων/νουκλεοτιδίων για κάθε θέση µιας πολλαπλής στοίχισης. Επιπλέον, προβλέπουν τη συχνότητα χαρακτήρων που δεν παρατηρήθηκαν στην πολλαπλή στοίχιση. Χρησιµοποιούνται για την ανίχνευση µακρινών οµόλογων ακολουθιών µιας οικογένειας.
24 PSSMs Πολλαπλή στοίχιση χωρίς κενά Πίνακας συχνοτήτων για την κάθε θέση
25 PSSMs MSA Κανονικοποίηση του πίνακα συχνοτήτων. Μετατροπή των τιµών σε log2
26 PSSM Τιµή log-odd 1 για ένα χαρακτήρα Α στην θέση 1: 2 1 =2: Στην οικογένεια που µελετάµε, η συχνότητα του χαρακτήρα Α στην θέση 1 είναι 2 φορές µεγαλύτερη από την συχνότητα υποβάθρου. Τιµή log-odd -1 για ένα χαρακτήρα C στην θέση 1: 2-1 =1/2: Στην οικογένεια που µελετάµε, η συχνότητα του χαρακτήρα C στην θέση 1 είναι 2 φορές µικρότερη από την συχνότητα υποβάθρου. Τιµή log-odd 0 για ένα χαρακτήρα G στην θέση 1: 2 0 =1: Στην οικογένεια που µελετάµε, η συχνότητα του χαρακτήρα G στην θέση 1 είναι ίδια µε την συχνότητα υποβάθρου.
27 PSSM Χρησιµοποιείται για Αναζήτηση µακρινών οµόλογων σε βάση δεδοµένων. Να υπολογίσουµε πόσο καλά ταιριάζει µια ακολουθία στην οικογένεια. Στοίχιση µε ακολουθίες
28 PSSM Πόσο καλά ταιριάζει η ακολουθία AACTCG στον πίνακα θέσης; = 80 Πιθανότητα να ταιριάζει αυτή η ακολουθία στον πίνακα θέσης (οµόλογη) είναι 80 φορές µεγαλύτερη από ότι θα περιµέναµε από µια τυχαία ακολουθία
29 PSSM Στην πράξη, όταν υπολογίζουµε τις συχνότητες των χαρακτήρων χρησιµοποιούµε συντελεστή βαρύτητας που εξαρτάται από το πόσο όµοιες είναι οι ακολουθίες. Χαµηλός συντελεστής για πολύ όµοιες ακολουθίες. Υψηλός συντελεστής για αποµακρυσµένες ακολουθίες.
30 Profile Είναι PSSM που περιλαµβάνει και κενά.
31 Profile Hidden Markov Models (HMMs) Markov models αρχικά χρησιµοποιήθηκαν στην αναγνώριση φωνής. Παρόµοια µε τα PSSM/profiles. Πιο κατάλληλο σύστηµα βαθµολόγισης για τα κενά (εισδοχές/ απαλείψεις). Όχι ad hoc, αλλά βασισµένο στις πιθανότητες. Για µακρινές οµολογίες, είναι πιο ευαίσθητα από τα profiles.
32 HMMs Χρησιµοποιούνται για: Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε Β.Δ. Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών. Κατηγοριοποίηση σε οικογένειες γονιδίων/πρωτεϊνών. Πρόβλεψη γονιδίων (όρια εξονίων/ιντρονίων) Πρόβλεψη διαµεµβρανικών περιοχών πρωτεϊνών.
33 Profile HMMs Στοίχιση του µοντέλου µε την ακολουθία µέσω του αλγόριθµου Viterbi (σαν το δυναµικό προγραµµατισµό)
34 HMMs Regular expression
35 HMMs MSA
36 HMMs MSA
37 HMMs Null model: Θεωρεί ότι µια ακολουθία είναι τυχαία. Αν θεωρήσουµε ότι και τα 4 νουκλεοτίδια εµφανίζονται µε την ίδια συχνότητα (0.25), τότε η πιθανότητα µιας τυχαίας ακολουθίας µήκους L είναι 0.25 L. Υπολογίζουµε το log-odds της ακολουθίας:
38 HMMs MSA
39 HMMs Overfitting: όταν οι συχνότητες χαρακτήρων υπολογίζονται από ένα µικρό αριθµό ακολουθιών, οι παρατηρούµενες συχνότητες είναι στρεβλωµένες. Pseudocounts: Εξοµαλύνουν την παρατηρούµενη συχνότητα χαρακτήρων, µε βάση κάποια στατιστικά µοντέλα. Π.χ. Dirichlet mixture (από τις κατανοµές αµινοξέων σε domains)
40 PFAM Β.Δ. HMMs για domains (11912). PFAM-A: πολλαπλές στοιχίσεις γνωστών domains που ελέγχθηκαν από ειδικούς PFAM-B: βασίζεται σε συντηρηµένες περιοχές πρωτεϊνών που εντοπίστηκαν µε αυτόµατες µεθόδους και δεν γνωρίζουµε τη λειτουργία τους Clans: οµαδοποίηση HMMs (PFAM-A) για οµόλογα domains. Μπορούµε να δηµιουργήσουµε ένα HMM που θα χαρακτηρίζει όλη την οικογένεια, ή να δηµιουργήσουµε µια σειρά από HMMs, ένα για κάθε υπο-οικογένεια. Όλα µαζί αποτελούν ένα Clan.
41 PFAM MSA
42 PFAM Domain architectures trees
43 Motif - Domain Motifs: µικρές και συντηρηµένες περιοχές που επιτελούν µια συγκεκριµµένη λειτουργία. Domains: Συντηρηµένες περιοχές, µεγαλύτερες από motifs, συνήθως ώς αυτόνοµες λειτουργικές και δοµικές µονάδες. 40αα> domain >700aa µέσο µήκος ~100αα Συνήθως, οι πρωτεΐνες επιτελούν περισσότερες από µια λειτουργίες. Για κάθε µια είναι υπεύθυνο ένα motif ή domain. Άρα, πρέπει να εξετάζουµε τις επιµέρους βασικές λειτουργικές µονάδες (motifs/ domains), για να κατανοήσουµε όλες τις λειτουργίες µιας πρωτεΐνης.
44 Regular expressions Regular expression Σχετικά άκαµπτη µέθοδος. Λιγότερο ευαίσθητη από ένα στατιστικό µοντέλο. Exact matching: Πολλά ψευδώς αρνητικά αποτελέσµατα. Fuzzy matching: Επιτρέπει αµινοξέα µε παρόµοιες φυσικοχηµικές ιδιότητες, ακόµα και αν δεν παρατηρήθηκαν στην πολλαπλή στοίχιση. Αυξάνεται ο θόρυβος (ψευδώς θετικά).
45 Regular expression DBs. PROSITE: Η πρώτη Β.Δ. του είδους της. Τα regular expressions δηµιουργούνται από πολλαπλές στοιχίσεις συντηρηµένων περιοχών. Exact matches. Επίσης δηµιουργεί και profiles. Emotif: Πολλαπλές στοιχίσεις από τις ΒΔ BLOCKS & PRINTS. Μεγαλύτερη συλλογή πολλαπλών στοιχίσεων από την PROSITE. Fuzzy matching.
46 Στατιστικά µοντέλα PSSM (position specific scoring matrices). Profiles. HMMs (hidden markov models). Επιτρέπουν µερικό ταίριασµα. Pseudocounts.
47 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων PRINTS: motifs/domains Fingerprints: περιοχές της πολλαπλής στοίχισης, βαθειά συντηρηµένες και χωρίς κενά. PSSMs (δίχως συντελεστή βαρύτητας) για τα fingerprints. Ένα motif αποτελείται από >1 fingerprints (δεν υπάρχει αλληλεπικάλυψη). Το motif θεωρείται υπάρχων σε µια πρωτεΐνη όταν η πλειοψηφία των fingerprints που το απαρτίζουν έχει ανιχνευθεί. Ορισµός των fingerprints & motifs γίνεται από βιοεπιστήµονες/βιοπληροφορικούς. Σχετικά µικρός αριθµός motifs στη ΒΔ.
48 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων BLOCKS: motifs/domains Αυτοµατοποιηµένη πολλαπλή στοίχιση πρωτεϊνικών οικογενειών, όπου χρησιµοποιούνται οι πιο συντηρηµένες περιοχές, δίχως κενά (blocks). Για κάθε block δηµιουργείται PSSM (µε συντελεστή βαρύτητας) και εφαρµόζονται pseudocounts. Οι πίνακες αντικατάστασης BLOSSUM υπολογίζονται από τη ΒΔ BLOCKS.
49 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων ProDom: motifs/domains Δηµιουργεί domains εφαρµόζοντας PSI-Blast σε ακολουθίες από την SWISSPROT & TrEMBL. Η λειτουργία των domains µπορεί να είναι άγνωστη.
50 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων SMART: motifs/domains Profile HMMs που δηµιουργήθηκαν από πολλαπλές στοιχίσεις, ελεγµένες από ειδικούς. Οι στοιχίσεις είτε βασίζονται σε τρισδιάστατες δοµές είτε σε profiles που δηµιουργεί το PSI-Blast. Και οι στοιχίσεις και ο σχολιασµός των profile HMMs γίνεται από ειδικούς. Συµπληρωµατικότητα µε την PFAM.
51 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων motifs/domains INTERPRO: Λόγω ανοµοιογένειας στις µεθοδολογίες και στις ακολουθίες που χρησιµοποιούνται, υπάρχει µερική αλληλοεπικάλυψη αλλά και συµπληρωµατικότητα µεταξύ των επιµέρους ΒΔ motifs/domains. H INTERPRO ενσωµατώνει αλληλοεπικαλυπτόµενα motifs/ domains που βρίσκονται ταυτόχρονα και στις 5 παρακάτω ΒΔ: PROSITE PFAM PRINTS ProDOM SMART
52 ΒΔ πολλαπλών στοιχίσεων motifs/domains Reverse-Blast (RPS-Blast): Συλλογή profiles που δηµιουργήθηκαν από PSI-Blast. CDART: Τµήµα του BLAST. ενσωµατώνει τις RPS-Blast PFAM SMART
53 Γραφική απεικόνιση motifs/ Weblogo profiles: LOGOs
Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση
Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για: Δηµιουργία profiles/motifs
Διαβάστε περισσότεραΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I
ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I Σελίδα 1 Πολλαπλή στοίχιση αποκαλύπτει συντηρημένες περιοχές αντιστοίχιση καταλοίπων με κριτήρια ομοιότητας σε επίπεδο δομής εξέλιξης λειτουργίας ακολουθίας Σελίδα 2 Πολλαπλή
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραPSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)
PSI-Blast PSI-Blast PSI-Blast: τι είναι PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., 1997 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146917/pdf/253389.pdf
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο
Βιοπληροφορική Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης
Μέθοδοι Φυλογένεσης Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης Μέθοδοι που βασίζονται σε χαρακτήρες Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές
Διαβάστε περισσότεραΦυλογένεση. 5o εργαστήριο
Φυλογένεση 5o εργαστήριο Φυλογένεση οργανισµών Δείχνει την εξελικτική πορεία µιας οµάδας οργανισµών. Οι κόµβοι (nodes) στο δένδρο απεικονίζουν γεγονότα ειδογένεσης. H φυλογένεση µπορεί να γίνει από µια
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών
ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών (database similarity searching) αποτελεί µια από τις συχνότερα χρησιµοποιούµενες
Διαβάστε περισσότεραLALING/PLALING :
1. Άρθρα- δημοσιεύσεις Scopus DBLP Pubmed Google Scholar 2. Αναζήτηση νουκλεοτιδίου- πρωτεΐνης Entrez : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ Uniprot (πρωτεΐνης): http://www.uniprot.org/ Blast : http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi
Διαβάστε περισσότεραΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ IΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ
ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ IΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ Σελίδα 1 Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης Consensus sequences Patterns and regular expressions Position Specifc Scoring Matrices (PSSMs) Generalized Profiles
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 12: Μέθοδοι Πολλαπλής Στοίχισης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 12: Μέθοδοι Πολλαπλής Στοίχισης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση των μεθόδων πολλαπλής στοίχισης. Ανάδειξη των πλεονεκτημάτων και
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και φυλογενετικά δέντρα 2 Πολλαπλή στοίχιση Αναφέρεται στην ταυτόχρονη
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγείς βάσεις δεδομένων (Secondary databases)
Δευτεροταγείς βάσεις δεδομένων (Secondary databases) Οι δευτεροταγείς (pattern) βάσεις δεδομένων (ΒΔ) περιέχουν τα αποτελέσματα από τις αναλύσεις των αλληλουχιών που βρίσκονται στις πρωτοταγείς πηγές πληροφόρησης.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 11: Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών, 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 11: Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών, 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της έννοιας και των εφαρμογών της πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών.
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων
ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ένας από τους πρωταρχικούς στόχους της σύγκρισης των ακολουθιών δύο µακροµορίων είναι η εκτίµηση της οµοιότητάς τους και η εξαγωγή συµπερασµάτων
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Σελίδα 1 Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές ΒΔ Αναζήτηση δεδομένων στην UniProt Καταγράψτε το μήκος της αμινοξικής ακολουθίας (Sequence length), τη λειτουργία (Function)
Διαβάστε περισσότεραΠολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι)
Πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι) Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Εισαγωγή Πολλαπλή στοίχιση και
Διαβάστε περισσότεραΠίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις
Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΨΗ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΕΠΑΝΑΛΗΨΗ Σελίδα 1 τεχνική σύγκρισης ακολουθιών υπολογισµός ενός µέτρου οµοιότητας αναζήτηση ομολογίας S-S match S1 HFCGGSLINEQWVVSAGHC HFCG S NE AGHC S2 HFCGASIYNENYA-TAGHC gap mismatch Σελίδα 2 ολική
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων
Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων Σε αυτό το κεφάλαιο παρουσιάζουµε 2 βασικούς αλγορίθµους σύγκρισης ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων τους BLAST & FASTA. Οι δυο αλγόριθµοι
Διαβάστε περισσότεραΚατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Από τα πιο σημαντικά προβλήματα στην Υπολογιστική Βιολογία Ιδιαίτερα πλούσια βιβλιογραφία για πάνω από 30
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast
Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΣυγκριτική Γονιδιωματική
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά
Διαβάστε περισσότεραΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ. Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων
ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων Φυλογένεση Η φυλογένεσης αφορά την ανεύρεση των συνδετικών εκείνων κρίκων που συνδέουν τα διάφορα είδη µεταξύ τους εξελικτικά, σε µονοφυλετικές
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 4 Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών
Κεφάλαιο 4 Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών Σύνοψη Η πολλαπλή στοίχιση είναι μια διαδικασία με κεντρική σημασία στη σύγχρονη βιοπληροφορική. Πολλαπλές στοιχίσεις χρησιμοποιούνται για να εντοπιστούν τα συντηρημένα
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Blast
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) & Blast Στοίχιση κατά ζεύγη Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραΛειτουργική γονιδιωµατική. 6ο εργαστήριο
Λειτουργική γονιδιωµατική 6ο εργαστήριο Λειτουργική γονιδιωµατική Προσπαθεί να κατανοήσει τις λειτουργίες των βιολογικών µορίων, σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώµατος. Γίνονται µετρήσεις για το σύνολο
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 5 Profile Hidden Markov Models και Transformational Grammars 2 Profile HMM Ένα ΗΜΜ με left-to-right
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο. Γρηγόρης Αµούτζιας
Βιοπληροφορική Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο Γρηγόρης Αµούτζιας Χρησιµοποιούνται για: Oργάνωση Αποθήκευση Επεξεργασία Αναζήτηση/επαναπόκτηση της βιολογικής πληροφορίας Βάσεις Δεδοµένων: Εισαγωγή Βάσεις
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι μελέτης εξέλιξης
H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες
Διαβάστε περισσότεραΛίγη εξέλιξη: οµολογία
Φυλογένεση Η εκτίµηση της εξελικτικής ιστορίας γονιδίων/πρωτεϊνών ή οργανισµών. Η απεικόνιση αυτής της ιστορίας γίνεται µε φυλογράµµατα/ κλαδογράµµατα Λίγη εξέλιξη: οµολογία Οµόλογα γονίδια: κοινός εξελικτικός
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 2η Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές βάσεις δεδοµένων
ΑΣΚΗΣΗ 2η Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές βάσεις δεδοµένων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Μια βιολογική βάση δεδοµένων (ΒΒ ) χρησιµοποιείται για την οργάνωση, αποθήκευση, επεξεργασία, αναζήτηση και ανάκτηση της βιολογικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών
Διαβάστε περισσότεραΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ
ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ Σελίδα 1 Ομολογία Σελίδα 2 Ομολογία Ομολογία κοινή εξελικτική καταγωγή Ορθόλογα γονίδια ειδογένεση συνήθως, ίδια βιολογική λειτουργία Παράλογα γονίδια γονιδιακός διπλασιασμός
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 12: Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων με τη χρήση ευρετικών αλγορίθμων Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 16: Μεθοδολογίες (Ανα-) Κατασκευής, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 16: Μεθοδολογίες (Ανα-) Κατασκευής, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Επεξήγηση των μεθόδων (ανα-)κατασκευής φυλογενετικών δέντρων. Παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Δυναμικός Προγραμματισμός Παντελής Μπάγκος Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση (τοπική-ολική) RNA secondary structure prediction Διαμεμβρανικά τμήματα Hidden Markov Models Άλλες εφαρμογές
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Περιεχόμενα Παρουσίασης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της Βιοπληροφορικής Ερευνητικές περιοχές Πηγές πληροφοριών Τι είναι η Βιοπληροφορική Βιο Πληροφορική μοριακή
Διαβάστε περισσότεραΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ
ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 Αναζήτηση ομοιοτήτων Δεδομένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση Δεδομένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναμικού
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλημα. Σύνολο γνωστών αλληλουχιών
BLAST Πρόβλημα Άγνωστη αλληλουχία Σύνολο γνωστών αλληλουχιών Η χρήση ενός υπολογιστή κι ενός αλγόριθμου είναι απαραίτητη για την ανακάλυψη της σχέσης μιας αλληλουχίας με τις γνωστές υπάρχουσες Τί είναι
Διαβάστε περισσότεραΚατα ζέυγη στοίχιση και στατιστική σημαντικότητα αυτής
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Κατα ζέυγη στοίχιση και στατιστική σημαντικότητα αυτής Παντελής Μπάγκος 1 Διάλεξη 2 Αναζήτηση ομοιότητας και κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών 2 Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Από τα πιο
Διαβάστε περισσότεραΠρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι) Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678, Λευκωσία ΚΥΠΡΟΣ
Διαβάστε περισσότεραΜΕΛΕΤΗ ΜΕ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ GEMININB
ΣΧΟΛΗ ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΖΩΗΣ ΜΕΛΕΤΗ ΜΕ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΕΡΓΑΛΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΗΣ GEMININB ΔΡΙΤΣΟΠΟΥΛΟΥ ΕΛΕΝΗ Α.Μ. 1003 ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ 2
Διαβάστε περισσότεραΕξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7
Εξερευνώντας την Εξέλιξη Κεφάλαιο 7 Εξερευνώντας την Εξέλιξη Σχέση μεταξύ αλληλουχίας αμινοξέων, δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών Καταγωγή από έναν κοινό πρόγονο Εξελικτική Συγγένεια/Προέλευση Δύο ομάδες
Διαβάστε περισσότεραΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ
Αναζήτηση οµοιοτήτων ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 εδοµένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση εδοµένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναµικού
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 4 Hidden Markov Models (HMMs) 2 Μαρκοβιανά μοντέλα εξάρτησης Η πιθανότητα εμφάνισης ενός νουκλεοτιδίου
Διαβάστε περισσότεραBMI/CS 776 Lecture #14: Multiple Alignment - MUSCLE. Colin Dewey
BMI/CS 776 Lecture #14: Multiple Alignment - MUSCLE Colin Dewey 2007.03.08 1 Importance of protein multiple alignment Phylogenetic tree estimation Prediction of protein secondary structure Critical residue
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 The modular nature of proteins SGIRIIVVALYDYEAIHHEDLSFQKGDQMVVLEESGEWWKARSLATRKEGYIPSNYVARV DSLETEEWFFKGISRKDAERQLLAPGNMLGSFMIRDSETTKGSYSLSVRDYDPRQGDTVK
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης
Διαβάστε περισσότεραΠρογνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες
Προγνωστικές μέθοδοι με βάση αμινοξικές αλληλουχίες Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus ΣΥΝΟΨΗ Εισαγωγή Πρόγνωση της δομής πρωτεϊνών
Διαβάστε περισσότεραΆσκηση 7. Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω. Ομολογίας & Threading
Άσκηση 7 Προσομοίωση 3D Δομών Βιομορίων μέσω Ομολογίας & Threading Προσομοίωση 2ταγούς δομής πρωτεϊνών Δευτεροταγής Δομή: Η 2ταγής δομή των πρωτεϊνών είναι σταθερή τοπική διαμόρφωση της πολυπεπτιδικής
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών
Στοίχιση αλληλουχιών Σύνοψη Καθολική στοίχιση Μήτρες βαθμολόγησης Τοπική στοίχιση Στοίχιση με ποινές εισαγωγής κενών Από την LCS στη στοίχιση: αλλαγές στη βαθμολόγηση Το πρόβλημα της Μεγαλύτερης Κοινής
Διαβάστε περισσότεραΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 3 η : Πολλαπλή ευθυγράμμιση. Σ. Γκέλης Τμήμα Βιολογίας
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Ενότητα 3 η : Πολλαπλή ευθυγράμμιση Σ. Γκέλης Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons. Για
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση και ανάδειξη της σημασίας της φυλογενετικής ανάλυσης. παρουσίαση των
Διαβάστε περισσότεραΜΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ
ΜΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ Σελίδα 1 Μελέτη του γονιδιώματος Ποια είναι τα γονίδια και που βρίσκονται; Ποιοι μηχανισμοί ρυθμίζουν την έκφραση κάθε γονιδίου; Σε τι επίπεδα εκφράζονται τα γονίδια υπό διαφορετικές
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ BIO 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Πρόγραμμα Δια Βίου Μάθησης.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων
Διαβάστε περισσότεραΜέτρα της οργάνωσης και της ποιότητας για τον Self-Organizing Hidden Markov Model Map (SOHMMM)
Μέτρα της οργάνωσης και της ποιότητας για τον Self-Organizing Hidden Markov Model Map (SOHMMM) Γενική περιγραφή του SOHMMM Ένα υβριδικό νευρωνικό δίκτυο, σύζευξη δύο πολύ επιτυχημένων μοντέλων: -Self-Organizing
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΕφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική
Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική Δραστηριότητες 1. Εύρεση γονιδίων/πρωτεϊνών από βάσεις δεδομένων 2. Ευθυγράμμιση και σύγκριση γονιδίων/πρωτεϊνών 3. Δημιουργία
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Παντελής Γ. Μπάγκος. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
2015 Βιοπληροφορική Παντελής Γ. Μπάγκος Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Αφιερωμένο στην Κωνσταντίνα, την Φωτεινή και τον Γιώργο Πίνακας περιεχομένων Πρόλογος...1 Κεφάλαιο 1: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική...7
Διαβάστε περισσότεραChalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών.
Πληροφορική της Υγείας 2014 Chalkou I. C. [PROJECT] Ανάθεση εργασιών. Περιεχόμενα 1. Ομάδα Γ... 3 1.1 Σαψάκη Δ. - Σαψάκη Π.... 3 1.2 Βλάχου - Γεωργοπούλου... 3 1.3 Μπέρτσου - Τσάμη... 4 1.4 Καραγιάννη
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 4 ο : Αλγόριθµοι προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης συµβολοσειρών.
Κεφάλαιο 4 ο : Αλγόριθµοι προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης. Στα πλαίσια αυτού του κεφαλαίου παρουσιάζουµε τους βασικούς αλγορίθµους προσεγγιστικής εύρεσης προτύπου και στοίχισης. Όπως ήδη
Διαβάστε περισσότεραΣηµειώσεις Βιοπληροφορικής
Σηµειώσεις Βιοπληροφορικής Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών Βασικές Έννοιες Γενίκευση των Αλγορίθµων Στοίχισης Κατά Ζεύγη Προοδευτική Πολλαπλή Στοίχιση CLUSTALW Πρακτικά Ζητήµατα ΒΑΣΙΛΗΣ ΠΡΟΜΠΟΝΑΣ ΑΘΗΝΑ 2004-2005,
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Εισαγωγή. Αλέξανδρος Τζάλλας Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ.
Βιοπληροφορική Αλέξανδρος Τζάλλας e-mail: tzallas@teiep.gr ΤΕΙ Ηπείρου Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ Περιεχόμενα Διάλεξης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της
Διαβάστε περισσότεραΜεθοδολογίες παρεµβολής σε DTM.
Μάθηµα : Αλγοριθµικές Βάσεις στη Γεωπληροφορική ιδάσκων : Συµεών Κατσουγιαννόπουλος Μεθοδολογίες παρεµβολής σε DTM.. Μέθοδοι παρεµβολής. Η παρεµβολή σε ψηφιακό µοντέλο εδάφους (DTM) είναι η διαδικασία
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ BIO 331 - Αρχές και Μέθοδοι Βιοπληροφορικής I Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ Τ Μ Η Μ Α Π Λ Η Ρ Ο Φ Ο Ρ Ι Κ Η Σ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ Τ Μ Η Μ Α Π Λ Η Ρ Ο Φ Ο Ρ Ι Κ Η Σ ΕΠΛ 035 - ΔΟΜΕΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΚΑΙ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΙ ΓΙΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΟΥΣ ΜΗΧΑΝΙΚΟΥΣ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΟΥΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ Ακαδηµαϊκό έτος 2017-2018 Υπεύθυνος εργαστηρίου: Γεώργιος
Διαβάστε περισσότεραΗΥ562 Προχωρημένα Θέματα Βάσεων Δεδομένων Efficient Query Evaluation over Temporally Correlated Probabilistic Streams
ΗΥ562 Προχωρημένα Θέματα Βάσεων Δεδομένων Efficient Query Evaluation over Temporally Correlated Probabilistic Streams Αλέκα Σεληνιωτάκη Ηράκλειο, 26/06/12 aseliniotaki@csd.uoc.gr ΑΜ: 703 1. Περίληψη Συνεισφοράς
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Πίνακες Αντικατάστασης BLOSUM & Οπτική Σύγκριση Αλληλουχιών. Αλέξανδρος Τζάλλας
Βιοπληροφορική Πίνακες Αντικατάστασης BLOSUM & Οπτική Σύγκριση Αλληλουχιών Αλέξανδρος Τζάλλας e-mail: tzallas@teiep.gr ΤΕΙ Ηπείρου Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ Copyright
Διαβάστε περισσότεραΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II Σελίδα 1 Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής πειραματικός προσδιορισμός δομών κρυσταλλογραφία ακτίνων X πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός (NMR) χρόνος / κόστος / περιορισμοί sequence - structure
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας. Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών
Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of
Διαβάστε περισσότεραΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ
ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ Εργαστήριο Βιοπληροφορικής 7 ο εξάμηνο Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών ΕΜΠ Διδάσκων: Λεωνίδας Αλεξόπουλος Fritz Kahn (1888 1968) 1 Περιεχόμενα Ομοιότητα πρωτεϊνών Σύγκριση αλληλουχιών
Διαβάστε περισσότεραΔιπλωματική Εργασία: «Συγκριτική Μελέτη Μηχανισμών Εκτίμησης Ελλιπούς Πληροφορίας σε Ασύρματα Δίκτυα Αισθητήρων»
Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Διπλωματική Εργασία: «Συγκριτική Μελέτη Μηχανισμών Εκτίμησης Ελλιπούς Πληροφορίας σε Ασύρματα Δίκτυα Αισθητήρων» Αργυροπούλου Αιμιλία
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση της μεθόδου κατασκευής και
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 5 Αναζήτηση προτύπων σε αλληλουχίες
Κεφάλαιο 5 Αναζήτηση προτύπων σε αλληλουχίες Σύνοψη Στο κεφάλαιο αυτό θα μελετήσουμε τα πρότυπα αλληλουχιών και θα εξετάσουμε τη χρησιμότητά τους. Θα δούμε τον τρόπο ορισμού των προτύπων της PROSITE και
Διαβάστε περισσότεραΑρχιτεκτονική και Υλο οίηση σε Αναδιατασσόµενη Λογική του Αλγορίθµου T-Coffee για συνένωση κοµµατιών DNA
Αρχιτεκτονική και Υλο οίηση σε Αναδιατασσόµενη Λογική του Αλγορίθµου T-Coffee για συνένωση κοµµατιών DNA Λάκκα Ματίνα ιπλωµατική Εργασία Πολυτεχνείο Κρήτης Τµήµα Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Ηλεκτρονικών
Διαβάστε περισσότεραBIOTECH - GO. Μία συνδυασμένη μέθοδος εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική - Το μέσο των μικρομεσαίων επιχειρήσεων για τις βιοτεχνολογικές καινοτομίες
BIOTECH - GO Μία συνδυασμένη μέθοδος εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική - Το μέσο των μικρομεσαίων επιχειρήσεων για τις βιοτεχνολογικές καινοτομίες Η πληροφορία είναι η γνώση και η Σημερινή οικονομία είναι
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΚΑΙ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΚΑΙ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ Ανίχνευση μικροβιακών t-rna συνθετασών με μεθόδους Βιοπληροφορικής Διπλωματική Εργασία Χαλιώτη Ανάργυρου Λάρισα 2012 1 ΤΡΙΜΕΛΗΣ ΕΞΕΤΑΣΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ:
Διαβάστε περισσότεραΠεριοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα
Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Βασικές έννοιες XNU SEG LCRs και αναζητήσεις
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παύλος Αντωνίου Με μια ματιά: Εισαγωγή στη Βιολογία Ευθυγράμμιση Ακολουθιών Αναζήτηση ομοίων ακολουθιών από βάσεις δεδομενων Φυλογενετική πρόβλεψη Πρόβλεψη
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση της μεθόδου κατασκευής και
Διαβάστε περισσότεραΠοσοτικές Μέθοδοι στη Διοίκηση Επιχειρήσεων ΙΙ Σύνολο- Περιεχόμενο Μαθήματος
Ποσοτικές Μέθοδοι στη Διοίκηση Επιχειρήσεων ΙΙ Σύνολο- Περιεχόμενο Μαθήματος Χιωτίδης Γεώργιος Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της μεθόδου προτυποποίησης πρωτεϊνών με ομολογία. παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραA sequence alignment algorithm using the transition quantity
1 1 1 MTRAP A sequence alignment algorithm using the transition quantity Toshihide Hara, 1 Keiko Sato 1 and Masanori Ohya 1 We have been developed a sequence alignment algorithm using the transition quantity.
Διαβάστε περισσότεραΤαξινόµιση οργανισµών
Ταξινόµιση οργανισµών Ιεραρχική κατηγοριοποίηση/ οµαδοποίηση οργανισµών. Linnaeus (1707-1778) οµαδοποίησε οργανισµούς µε βάση κοινούς χαρακτήρες. Αργότερα, η ταξινόµιση προσαρµόστηκε στην εξελικτική θεωρία
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑΣ ΚΑΙ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΤΣΙΜΠΙΔΗΣ ΜΙΧΑΗΛ ΛΑΡΙΣΑ 2016 1 T-RECs: Ένα εργαλείο για γρήγορο και μεγάλης κλίμακας εντοπισμό ανασυνδυασμών ανάμεσα
Διαβάστε περισσότερα