artus EBV QS-RGQ Kit Χαρακτηριστικά απόδοσης Μάιος 2012 Sample & Assay Technologies Αναλυτική ευαισθησία πλάσμα

Transcript

1 artus EBV QS-RGQ Kit Χαρακτηριστικά απόδοσης artus EBV QS-RGQ Kit, Έκδοση 1, Ελέγξτε την διαθεσιμότητα νέων ηλεκτρονικών αναθεωρήσεων επισήμανσης στη διεύθυνση προτού εκτελέσετε τον έλεγχο. Η τρέχουσα κατάσταση αναθεώρησης υποδεικνύεται από την ημερομηνία έκδοσης (μορφή: μήνας/έτος). Αναλυτική ευαισθησία πλάσμα Το όριο ανίχνευσης της ανάλυσης όσον αφορά τον καθαρισμό (όριο ευαισθη-σίας) αξιολογήθηκε για το artus EBV QS-RGQ Kit με χρήση θετικών στον EBV κλινικών δειγμάτων σε συνδυασμό με την εκχύλιση στο όργανο QIAsymphony SP. Για το πλάσμα, η αναλυτική ευαισθησία όσον αφορά τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιορίσθηκε με χρήση μίας σειράς αραιώσεων του ιού της EBV από 3160 έως την ονομαστική τιμή 1 EBV αντίγραφου/ml με εμβο-λιασμό σε κλινικά δείγματα πλάσματος. Αυτά τα δείγματα υποβλήθηκαν σε εκχύλιση DNA με χρήση του QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο Cellfree1000 (όγκος εκχύλισης: 1 ml, όγκος έκλουσης: 60 µl). Καθε μιά από τις 10 αραιώσεις αναλύθηκε με το artus EBV QS-RGQ Kit σε 4 διαφορετικές ημέρες, σε 4 εκτελέσεις με 8 θυγα-τρικούς κλώνους έκαστη. Τα αποτελέσματα καθορίστηκαν μέσω ανάλυσης probit. Μία γραφική αναπαράσταση της ανάλυσης probit παρουσιάζεται στην Εικόνα 1. Το όριο ανίχνευσης της ανάλυσης για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit σε συνδυασμό με το Rotor-Gene Q, είναι 157 αντίγραφα/ml (p = 0,05). Αυτό συνεπάγεται ότι η πιθανότητα ανίχνευσης 157 αντιγράφων/ml, είναι 95%. Μάιος 2012 Sample & Assay Technologies

2 1.0 95% Αναλογίες Proportions ~ 157 copies/ml (95%) ( copies/ml) 2,20 ~ 157 αντίγραφα/ml (95%) ( αντίγραφα/ml) log log (δόση) (dose) Εικόνα 1. Ανάλυση probit: πλάσμα, EBV (Rotor-Gene Q). Αναλυτική ευαισθησία λαμβάνοντας υπόψη τον καθαρισμό (πλάσμα, με τη χρήση του QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit) του artus EBV QS-RGQ Kit στο όργανο Rotor-Gene Q. Ειδικότητα πλάσμα Η ειδικότητα του artus EBV RG PCR Kit εξασφαλίζεται κατά κύριο λόγο με την επιλογή των εκκινητών και των ανιχνευτών καθώς και με την επιλογή αυστη-ρών συνθηκών αντίδρασης. Οι εκκινητές και οι ανιχνευτές έχουν ελεγχθεί με βάση την ανάλυση σύγκρισης αλληλουχίας, όσον αφορά τυχόν ομολογίες με άλλες αλληλουχίες αναφερόμενες σε τράπεζες γονιδίων. Με αυτόν τον τρόπο έχει ελεγχθεί η ανιχνευσιμότητα όλων των σχετικών γονιδιοτύπων. Επιπλέον,η ειδικότητα αξιολογήθηκε με τη χρήση 30 διαφορετικών δειγμάτων πλάσματος τα οποία ήταν αρνητικά στον EBV. Αυτά δεν εμφάνισαν κανένα σήμα με τους ειδικούς για τον EBV εκκινητές και ανιχνευτές που περιέχονται στο EBV RG Master. Μία ενδεχόμενη διασταυρωμένη αντίδραση του artus EBV QS-RGQ Kit, εξετάστηκε με τη χρήση της ομάδας ελέγχου που αναφέρεται στον Πίνακα 1 (παρακάτω). Κανένας απο τους εξεταζόμενους παθογόνους παράγοντες δεν προκάλεσε αντίδραση. Καμμία διασταυρωμένη αντίδραση δεν εμφανίστηκε με μικτές λοιμώξεις. Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 2 από 8

3 Πίνακας 1. Ειδικός έλεγχος του κιτ με δυνητικά διασταυρωμένης αντίδρα-σης παθογόνους παράγοντες. Ομάδα ελέγχου EBV Green)) (Cycling Εσωτερικός μάρτυρας (Cycling Yellow)) Ανθρώπινος ερπητοϊός 1 (Ιός απλού έρπητα 1) + Ανθρώπινος ερπητοϊός 2 (Ιός απλού έρπητα 2) + Ανθρώπινος ερπητοϊός 3 (Ιός ανεμοβλογιάς-έρπητα ζωστήρα) + Ανθρώπινος ερπητοϊός 5 (Κυτταρομεγαλοϊός) + Ανθρώπινος ιός Τ-κυτταρικής λευχαιμίας 1 + Ανθρώπινος ιός Τ-κυτταρικής λευχαιμίας 2 + Γραμμικό εύρος πλάσμα Το γραμμικό εύρος για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιορί-σθηκε με ανάλυση μίας σειράς αραιώσεων υλικού ιού του EBV από 1,00 x 10 7 αντίγραφα/ml έως 1,00 x 10 2 αντίγραφα/ml. Ο καθαρισμός διεξήχθη σε θυγα-τρικούς κλώνους (n = 4 για συγκεντρώσεις 1,00 x 10 6 αντίγραφα/ml, n = 8 για συγκεντρώσεις <1,00 x 10 6 αντίγραφα/ml) με χρήση του QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο Cellfree1000 (όγκος εκχύλισης: 1 ml, όγκος έκλουσης: 60 µl). Καθένα από τα δείγματα αναλύθηκε με το artus EBV QS-RGQ Kit. Το γραμμικό εύρος για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιορίσθηκε ότι καλύπτει για το πλάσμα συγκεντρώσεις από 3,16 x 10 2 αντίγραφα/ml έως 1,00 x 10 7 αντίγραφα/ml (Εικόνα 2). Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 3 από 8

4 log10 υπολογιζόμενη συγκέντρωση log 10 estimated (αντίγραφα/ml) concentration (copies/ml) y = y 1,0528x = x 0, R 2 = 0,9991 R 2 = log 10 ονομαστική log 10 nominal συγκέντρωση concentration (αντίγραφα/ml) (copies/ml) Εικόνα 2. Γραμμικό εύρος του artus EBV QS-RGQ Kit (πλάσμα). Υπολογισμός του γραμμικού εύρους. Η ευθεία γραμμή προσδιορίσθηκε με γραμμική παλινδρόμηση των log 10 υπολογιζόμενων συγκεντρώσεων με τις log 10 ονομαστικές συγκεντρώσεις. Η εξίσωση της γραμμής παλινδρόμησης περιλαμβάνεται στην εικόνα. Ανθεκτικότητα πλάσμα Η επικύρωση της ανθεκτικότητας επιτρέπει τον καθορισμό του συνολικού ποσοστού αποτυχίας του artus EBV QS-RGQ Kit. Για την επικύρωση της ανθεκτικότητας εμβολιάσθηκαν 30 EBV αρνητικά δείγματα πλάσματος με 500 αντίγραφα/ml του EBV (περίπου τριπλάσια συγκέντρωση του αναλυτικού ορίου ανίχνευσης). Ύστερα από εκχύλιση με χρήση του QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο Cellfree1000_DSP για πλάσμα (όγκος εκχύλισης: 1 ml, όγκος έκλουσης: 60 µl), τα δείγματα αυτά αναλύθηκαν με το artus EBV QS- RGQ Kit. Επιπλέον, η ανθεκτικότητα του εσωτερικού μάρτυρα αξιολογήθηκε με καθαρισμό και ανάλυση των 30 εμβολιασμένων δειγμάτων πλάσματος. Δεν παρατηρήθηκαν αναστολές. Συνεπώς, η ανθεκτικότητα του artus EBV QS-RGQ Kit είναι 99%. Αναλυτική ευαισθησία ολικό αίμα Για το ολικό αίμα, η αναλυτική ευαισθησία όσον αφορά τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιορίσθηκε με χρήση μίας σειράς αραιώσεων του ιού της EBV από 3160 έως την ονομαστική τιμή 3,16 EBV αντιγράφων/ml με εμβολιασμό σε κλινικά δείγματα ολικού αίματος. Αυτά τα δείγματα υποβλήθη-καν σε εκχύλιση DNA με χρήση του QIAsymphony DNA Mini Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο VirusBlood200 (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl). Καθεμιά από τις 10 αραιώσεις αναλύθηκε με το artus EBV QS-RGQ Kit σε 3 διαφορετικές ημέρες, Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 4 από 8

5 σε 3 εκτελέσεις με 11 θυγατρικούς κλώνους έκαστη. Τα αποτελέσματα καθορίστηκαν μέσω ανάλυσης probit. Μία γραφική αναπαράσταση της ανάλυσης probit παρουσιάζεται στην Εικόνα 3. Το όριο ανίχνευσης της ανάλυσης για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit σε συνδυασμό με το Rotor-Gene Q, είναι 288,42 αντίγραφα/ml (p = 0,05). Αυτό συνεπάγεται ότι η πιθανότητα ανίχνευσης 288,42 αντιγράφων/ml, είναι 95% % 0.8 Proportions ναλογίες ,46002 ~ 288,42 αντίγραφα/ml (95%) ~ copies/ml (95%) 169,53 710,95 αντίγραφα/ml) ( copies/ml) log (δόση) log (dose) Εικόνα 3. Ανάλυση probit: Ολικό αίμα, EBV (Rotor-Gene Q). Αναλυτική ευαισθησία λαμβάνοντας υπόψη τον καθαρισμό (ολικό αίμα, με τη χρήση του QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit) του artus EBV QS-RGQ Kit στο όργανο Rotor-Gene Q. Ειδικότητα ολικό αίμα Η ειδικότητα του artus EBV QS-RGQ Kit εξασφαλίζεται κατά κύριο λόγο με την επιλογή των εκκινητών και των ανιχνευτών καθώς και με την επιλογή αυστη-ρών συνθηκών αντίδρασης. Οι εκκινητές και οι ανιχνευτές έχουν ελεγχθεί με βάση την ανάλυση σύγκρισης αλληλουχίας, όσον αφορά τυχόν ομολογίες με άλλες αλληλουχίες αναφερόμενες σε τράπεζες γονιδίων. Με αυτόν τον τρόπο έχει ελεγχθεί η ανιχνευσιμότητα όλων των σχετικών γονιδιοτύπων. Επιπλέον,η ειδικότητα αξιολογήθηκε με τη χρήση 30 διαφορετικών δειγμάτων ολικού αίματος τα οποία ήταν αρνητικά στον EBV. Αυτά δεν εμφάνισαν κανένα σήμα με τους ειδικούς για τον EBV εκκινητές και ανιχνευτές που περιέχονται στο EBV RG Master. Μία ενδεχόμενη διασταυρωμένη αντίδραση του artus EBV QS-RGQ Kit, εξε-τάστηκε με τη χρήση της ομάδας ελέγχου που αναφέρεται στον Πίνακα 1 (βλέπε σελίδα 3). Κανένας απο τους εξεταζόμενους παθογόνους παράγοντες δεν προκάλεσε αντίδραση. Καμμία διασταυρωμένη αντίδραση δεν εμφανίστηκε με μικτές λοιμώξεις. Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 5 από 8

6 Γραμμικό εύρος ολικό αίμα Το γραμμικό εύρος για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιο-ρίσθηκε με ανάλυση μίας σειράς αραιώσεων υλικού ιού του EBV από 5,00 x 10 7 έως 1,00 x 10 2 αντίγραφα/ml στο ολικό αίμα. Ο καθαρισμός διε-ξήχθη σε θυγατρικούς κλώνους (n = 4 για συγκεντρώσεις 1,00 x 10 7 αντίγραφα/ml, n = 8 για συγκεντρώσεις <1,00 x 10 7 αντίγραφα/ml) με χρήση του QIAsymphony DNA Mini Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο VirusBlood200 (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl). Καθένα από τα δείγματα αναλύθηκε με το artus EBV QS-RGQ Kit. Το γραμμικό εύρος για τον καθαρισμό του artus EBV QS-RGQ Kit προσδιορίσθηκε ότι καλύπτει συγ-κεντρώσεις από 1,00 x 10 3 αντίγραφα/ml έως 5,00 x 10 7 αντίγραφα/ml για το ολικό αίμα (Εικόνα 4). 10 log10 υπολογιζόμενη συγκέντρωση log 10 estimated (αντίγραφα/ml) concentration (copies/ml) 8 6 y y = = 1,0261x x 0, R 2 = 0,9993 R 2 = log 10 ονομαστική log 10 συγκέντρωση nominal concentration (αντίγραφα/ml) (copies/ml) Εικόνα 4. Γραμμικό εύρος του artus EBV QS-RGQ Kit (ολικό αίμα). Υπολογισμός του γραμμικού εύρους. Η ευθεία γραμμή προσδιορίσθηκε με γραμμική παλινδρόμηση των log 10 υπολογιζόμενων συγκεντρώσεων με τις log 10 ονομαστικές συγκεντρώσεις. Η εξίσωση της γραμμής παλινδρόμησης περιλαμβάνεται στην εικόνα. Ανθεκτικότητα ολικό αίμα Η επικύρωση της ανθεκτικότητας επιτρέπει τον καθορισμό του συνολικού ποσοστού αποτυχίας του artus EBV QS-RGQ Kit. Για την επικύρωση της ανθεκτικότητας εμβολιάσθηκαν 30 EBV αρνητικά δείγματα ολικού αίματος με 750 αντίγραφα/ml του EBV (περίπου τριπλάσια συγκέντρωση του αναλυτικού ορίου ανίχνευσης). Ύστερα από εκχύλιση με χρήση του QIAsymphony DNA Mini Kit σε συνδυασμό με το πρωτόκολλο VirusBlood200 (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl), τα δείγματα αυτά αναλύθηκαν με το artus EBV QS-RGQ Kit. Επιπλέον, η ανθεκτικότητα του εσωτερικού μάρτυρα αξιολογήθηκε με καθαρισμό και ανάλυση των Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 6 από 8

7 30 εμβολιασμένων δειγμάτων ολικού αίματος. Δεν παρατηρήθηκαν αναστολές. Συνεπώς, η ανθεκτικότητα του artus EBV QS-RGQ Kit είναι 99%. Αναπαραγωγιμότητα Τα δεδομένα αναπαραγωγιμότητας παρέχουν τη δυνατότητα τακτικής αξιολόγησης της απόδοσης του artus EBV QS-RGQ Kit καθώς και μία σύγκριση της αποτελεσματικότητας με άλλα προϊόντα. Αυτά τα δεδομένα αποκτώνται από τη συμμετοχή σε καθιερωμένα προγράμματα επάρκειας. Διασταυρούμενη επιμόλυνση Η απουσία διασταυρούμενης επιμόλυνσης μεταξύ δειγμάτων για τη συνολική ροή εργασίας αποδείχθηκε με την ενδεδειγμένη ανίχνευση όλων των γνωστών θετικών και αρνητικών δειγμάτων σε εναλλάξ θέσεις (διάταξη τύπου σκακιέ-ρας) για επιλεγμένο σύστημα artus QS-RGQ. Χαρακτηριστικά απόδοσης: artus EBV QS-RGQ Kit σελίδα 7 από 8

8 Για τις τρέχουσες πληροφορίες άδειας και αποποιήσεις σχετικά με συγκεκριμένα προϊόντα, ανατρέξτε στο σχετικό εγχειρίδιο ή οδηγίες χρήσης του κιτ QIAGEN. Τα εγχειρίδια ή οι οδηγίες χρήσης των κιτ QIAGEN είναι διαθέσιμα στη διεύθυνση Μπορείτε επίσης να τα ζητήσετε από το Τμήμα τεχνικής εξυπηρέτησης της QIAGEN ή τον τοπικό σας αντιπρόσωπο. Εμπορικά σήματα: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). Μάιος QIAGEN, με τη διατήρηση κάθε δικαιώματος. France The Netherlands Australia Austria 0800/ Belgium Canada China Denmark Finland Germany Hong Kong Ireland Italy Japan Korea (South) Luxembourg Norway Singapore Spain Sweden Switzerland UK USA Sample & Assay Technologies