Ιστορικό αναθεώρησης εγγράφου. Ιούνιος 2015 Πάνελ RespiFast RG: Χαρακτηριστικά απόδοσης

Transcript

1 Ιούνιος 2015 Πάνελ RespiFast RG: Χαρακτηριστικά απόδοσης Αυτό το έγγραφο είναι το Πάνελ RespiFast RG: Χαρακτηριστικά απόδοσης, R1, για κιτ έκδοσης 1 Ιστορικό αναθεώρησης εγγράφου Αναθεώρηση Ημερομηνία αναθεώρησης Αλλαγές 001 Ιούνιος 2015 Πρώτη αναθεώρηση

2 Πάνελ RespiFast RG, Ελέγξτε την διαθεσιμότητα νέων ηλεκτρονικών αναθεωρήσεων επισήμανσης στη διεύθυνση Panel-CE προτού εκτελέσετε τον έλεγχο. Η τρέχουσα κατάσταση αναθεώρησης υποδεικνύεται από την ημερομηνία έκδοσης (μορφή: μήνας/έτος). Όριο ανίχνευσης (LOD) Το όριο ανίχνευσης (LOD) όσον αφορά τον καθαρισμό (όριο ευαισθησίας) αξιολογήθηκε για το πάνελ RespiFast RG με χρήση ολικών ιικών και βακτηριακών δειγμάτων σε μέσο μεταφοράς γενικής χρήσης (Universal Transport Medium, UTM) σε συνδυασμό με εκχύλιση με το κιτ QIAamp MinElute Virus Spin και εκχύλιση με το QIAsymphony. Το όριο ανίχνευσης όσον αφορά τον καθαρισμό του πάνελ RespiFast RG προσδιορίστηκε με χρήση μιας σειράς αραιώσεων ιικών και βακτηριακών στελεχών (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) σε UTM. Αυτά υποβλήθηκαν σε εκχύλιση RNA/DNA με χρήση του κιτ QIAamp MinElute Virus Spin (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl) ή εκχύλιση με το QIAsymphony (όγκος εκχύλισης 200 µl, όγκος έκλουσης: 90 µl, κιτ DSP Virus/Pathogen Mini και πρωτόκολλο Complex 200 DSP). Καθεμία από τις 4 αραιώσεις με συγκεντρώσεις γύρω από το αναμενόμενο LOD εκχυλίστηκε (με τον IC) και καθένα από τα εκχυλίσματα νουκλεϊκών οξέων εξετάστηκε εις τετραπλούν με το πάνελ RespiFast RG. Για κάθε στόχο, η αραίωση με τη χαμηλότερη συγκέντρωση που ανιχνεύθηκε με ποσοστό επιτυχίας 100% καθορίστηκε ως η αραίωση προκαταρκτικού LOD. Το προκαταρκτικό LOD επιβεβαιώθηκε εξετάζοντας 20 θυγατρικούς κλώνους με το πάνελ RespiFast RG. Τα αποτελέσματα προσδιορίστηκαν μέσω του ποσοστού επιτυχίας ( 95% ποσοστό επιτυχίας καθορίστηκε ως το όριο ανίχνευσης της ανάλυσης για το αντίστοιχο παθογόνο). Μια επισκόπηση του ορίου ανίχνευσης για όλα τα παθογόνα που εξετάστηκαν παρουσιάζεται στον Πίνακας. Το όριο ανίχνευσης υπολογίστηκε με χρήση πρωτογενών συγκεντρώσεων που δίνονται από τον προμηθευτή (, CEID 50, CFU, fg) αλλά δίνονται επίσης ως απόλυτοι αριθμοί αντιγράφων που λαμβάνονται μέσω εσωτερικής ποσοτικοποίησης πρωτογενών διαλυμάτων με χρήση QX200 Droplet Digital PCR.

3 Πίνακας 1. Όριο ευαισθησίας όσον αφορά τον καθαρισμό (κιτ QIAamp MinElute Virus Spin και QIAsymphony) του πάνελ RespiFast RG Panel. Όταν το LOD που λαμβάνεται με το QIAsymphony παρεκκλίνει από το LOD που λαμβάνεται με το κιτ QIAamp MinElute Spin, αναγράφεται με πλάγιους χαρακτήρες Παθογόνος οργανισμός Υποτύπος/στέλεχος Προέλευση Αρ. Mat Τίτλος LOD/ml Αντίγραφα LOD/ml Αντίγραφα LOD/rx Ιοί Αδενοϊός B3 ATCC* VR-3 15, Μποκαϊός δ/εφαρμ. (ανασυνδυασμένο πλασμίδιο) Εσωτερικό δ/εφαρμ. 5 fg 25 fg Κορωναϊός 229E ATCC VR-740 1,4x Κορωναϊός OC43 ATCC VR , Κορωναϊός NL63 Zepto-Metrix CF 7x10-3 Κορωναϊός HKU1 (εκχύλισμα RNA από ιική καλλιέργεια) CHU Caen, Γαλλία 3,5x δ/εφαρμ. 2 fg Ιός Coxsackie A9 ATCC VR , hmpv B3 Zepto-Metrix CF 4, Γρίπη Α Η3Ν2 Βικτόρια ATCC VR-822 7,9 CEID CEID 50 Γρίπη Α H1N1 pdm09 ATCC VR , Γρίπη B Maryland ATCC VR CEID Παραγρίπη 1 ATCC VR-94 2,8x10-3 1,1x10-2 Παραγρίπη 2 ATCC VR-92 0, Παραγρίπη 3 ATCC VR-93 1, Παραγρίπη 4a ATCC VR , Ρινοϊός 16 ATCC VR-283 7, RSV-A 2 ATCC VR , RSV-B ATCC VR ,8 Βακτήρια B. pertussis δ/εφαρμ. ATCC BAA x10-5 CFU 5x10-4 CFU L. pneumophila δ/εφαρμ. ATCC ,1 CFU M. pneumoniae δ/εφαρμ. ATCC ,01 CFU C. pneumonia δ/εφαρμ. ATCC VR , * American Type Culture Collection, Η.Π.Α. δ/εφαρμ.: δεν εφαρμόζεται.

4 Ειδικότητα Η ειδικότητα του πάνελ RespiFast RG διασφαλίζεται κατά κύριο λόγο από την επιλογή των εκκινητών, καθώς και από την τήρηση αυστηρών συνθηκών για την αντίδραση. Οι εκκινητές ελέγχθηκαν ως προς πιθανές ομολογίες με όλες τις δημοσιευμένες αλληλουχίες σε τράπεζες γονιδίων μέσω ανάλυσης σύγκρισης αλληλουχιών. Η ανιχνευσιμότητα όλων των σχετικών γονότυπων διασφαλίστηκε έτσι μέσω εκτελέσεων του πάνελ RespiFast RG σε ένα όργανο Rotor-Gene Q MDx με τους ακόλουθους γονότυπους (βλ. Πίνακας ). Πίνακας 2. Εξέταση της ειδικότητας σχετικών στελεχών Παθογόνος οργανισμός Προέλευση FAM /ROX FAM/Cy 5 Αδενοϊός B7 ATCC* + + Αδενοϊός B11 ATCC + + Αδενοϊός B14 ATCC + + Αδενοϊός C1 ATCC + + Αδενοϊός C5 ATCC + + Αδενοϊός C6 ATCC + + Αδενοϊός E4 ATCC + + Ιός Coxsackie A10 ATCC + + Ιός Coxsackie A24 ATCC + + Ιός Coxsackie B1 ATCC + + Ιός Coxsackie B2 ATCC + + Ιός Coxsackie B3 ATCC + + Ιός Coxsackie B5 ATCC + + Ιός echo 4 ATCC + + Ιός echo 11 ATCC + + Ιός echo 30 ATCC + + Γρίπη A H1N1 New Jersey ATCC + + Παραγρίπη 4b ATCC + + Ρινοϊός 1A ATCC + + Ρινοϊός 1B ATCC + + Ρινοϊός 2 ATCC + + Ρινοϊός 30 ATCC + + Ρινοϊός 39 ATCC + + Ρινοϊός 60 ATCC + + RSV-A long ATCC + + RSV-B WV ATCC + + Εσωτερικός μάρτυρας (FAM/BHQ 1) * American Type Culture Collection, Η.Π.Α.

5 Ελέγχθηκε μία πιθανή διασταυρούμενη αντιδραστικότητα του πάνελ RespiFast RG με χρήση της ομάδας μαρτύρων που παρατίθεται στον Πίνακας. Κανένα από τα παθογόνα που ελέγχθηκαν δεν ήταν αντιδραστικό. Πίνακας 3. Έλεγχος της ειδικότητας του κιτ με δυνητικώς διασταυρούμενα αντιδρώντα παθογόνα Παθογόνος οργανισμός FAM/ROX FAM/Cy5 Εσωτερικός μάρτυρας (FAM/BHQ1) Ιοί Κυτταρομεγαλοϊός + Ιός Epstein-Barr + Ιός του απλού έρπητα + Ιός της ανεμευλογιάςζωστήρα Βακτήρια + A. baumannii + E. cloacae + E. coli + H. influenzae + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Μύκητες A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + Συνυπάρχουσες λοιμώξεις Το πάνελ RespiFast RG επικυρώθηκε για πολλαπλές λοιμώξεις για την επιβεβαίωση της ανίχνευσης σχετικών συνυπαρχουσών λοιμώξεων. Όπως φαίνεται στον Πίνακας, συνυπάρχουσες λοιμώξεις γρίπης A, γρίπης B, RSV-A, ή RSV-B με αδενοϊό, κορωναϊό OC43, ρινοϊό ή μποκαϊό ελέγχθηκαν σε διαφορετικές συγκεντρώσεις και των δύο παθογόνων. Οι πρωτογενείς λοιμώξεις ελέγχθηκαν στα χαμηλότερα ιικά φορτία όπως αναφέρονται στη βιβλιογραφία, τα παθογόνα των συνυπαρχουσών λοιμώξεων ελέγχθηκαν σε συγκεντρώσεις παρόμοιες με το μέσο όρο και μέσο όρο συν 1 log των ιικών φορτίων που αναφέρονται στη

6 βιβλιογραφία. Στελέχη αναφοράς όπως δηλώνονται στον Πίνακας 1 χρησιμοποιήθηκαν για την παραγωγή δειγμάτων μιμούμενων συνυπάρχουσα λοίμωξη. Ανιχνεύθηκαν όλες οι συνυπάρχουσες λοιμώξεις. Πίνακας 4. Έλεγχος της ειδικότητας του κιτ με λοιμώξεις multiplex Πρωτογενής λοίμωξη Ιικό φορτίο (αντίγραφα γονιδιώματος/ml) Συνυπάρχουσα λοίμωξη Ιικό φορτίο (αντίγραφα γονιδιώματος/ml) Αποτέλεσμα πάνελ RespiFast RG Γρίπη Α 10 4 Αδενοϊός 10 4 Γρίπη A + αδενοϊός 10 5 Γρίπη A + αδενοϊός CoV OC ,5 Γρίπη A + κορωναϊός OC ,5 Γρίπη A + κορωναϊός OC43 Μποκαϊός 10 4,5 Γρίπη A + μποκαϊός 10 5,5 Γρίπη A + μποκαϊός Ρινοϊός 10 5,5 Γρίπη A + ρινοϊός 10 6,5 Γρίπη A + ρινοϊός Γρίπη B 10 4 Αδενοϊός 10 4 Γρίπη Β + αδενοϊός 10 5 Γρίπη Β + αδενοϊός CoV OC ,5 Γρίπη Β + κορωναϊός OC ,5 Γρίπη Β + κορωναϊός OC43 Μποκαϊός 10 4,5 Γρίπη Β + μποκαϊός 10 5,5 Γρίπη Β + μποκαϊός Ρινοϊός 10 5,5 Γρίπη Β + ρινοϊός 10 6,5 Γρίπη Β + ρινοϊός RSV A 10 3,5 Αδενοϊός 10 4 RSV A + αδενοϊός 10 5 RSV A + αδενοϊός CoV OC ,5 RSV A + κορωναϊός OC ,5 RSV A + κορωναϊός OC43 Μποκαϊός 10 4,5 RSV A + μποκαϊός 10 5,5 RSV A + μποκαϊός Ρινοϊός 10 5,5 RSV A + ρινοϊός 10 6,5 RSV A + ρινοϊός RSV B 10 3,5 Αδενοϊός 10 4 RSV B + αδενοϊός 10 5 RSV B + αδενοϊός CoV OC ,5 RSV B + κορωναϊός OC ,5 RSV B + κορωναϊός OC43 Μποκαϊός 10 4,5 RSV B + μποκαϊός 10 5,5 RSV B + μποκαϊός Ρινοϊός 10 5,5 RSV B + ρινοϊός 10 6,5 RSV B + ρινοϊός

7 Ανθεκτικότητα Η επαλήθευση της ανθεκτικότητας επιτρέπει τον καθορισμό του συνολικού ποσοστού αποτυχίας του εσωτερικού μάρτυρα και των μαρτύρων ενίσχυσης του πάνελ RespiFast RG. Για την επαλήθευση της ανθεκτικότητας, ελέγχθηκαν 30 αρνητικά δείγματα ρινοφαρυγγικού επιχρίσματος σε μέσο μεταφοράς γενικής χρήσης (Universal Transport Medium, UTM) με το πάνελ RespiFast RG. Μετά την εκχύλιση με χρήση του κιτ QIAamp MinElute Virus Spin (όγκος εκχύλισης: 200 µl, εσωτερικός μάρτυρας: 5 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl) ή του QIAsymphony (όγκος εκχύλισης 200 µl, εσωτερικός μάρτυρας 7,5 µl, όγκος έκλουσης: 90 µl, κιτ DSP Virus/Pathogen Mini και πρωτόκολλο Complex 200 DSP), αυτά τα δείγματα αναλύθηκαν με το πάνελ RespiFast RG. Σε όλα τα δείγματα, ο εσωτερικός μάρτυρας και οι δύο μάρτυρες ενίσχυσης ανιχνεύθηκαν και ήταν έγκυροι. Ως εκ τούτου, το πάνελ RespiFast RG θεωρείται ότι είναι ανθεκτικό. Παρεμβαλλόμενες ουσίες Το πάνελ RespiFast RG ελέγχθηκε για την παρεμβολή ανθρώπινου γονιδιωματικού DNA. Είναι πολύ πιθανό ότι το υλικό δείγματος που πρόκειται να χρησιμοποιηθεί για ανάλυση με το πάνελ RespiFast RG το οποίο λαμβάνεται με ρινικό επίχρισμα περιέχει ανθρώπινο γονιδιωματικό DNA από επιθηλιακά κύτταρα από τη μύτη. Όλα τα παθογόνα που παρατίθενται στον Πίνακας (σελ. 3) ελέγχθηκαν σε συγκέντρωση 3x LOD υπό την παρουσία 300 ng ανθρώπινου DNA ανά δείγμα. Τα σωστά παθογόνα ανιχνεύθηκαν σε όλα τα δείγματα που περιείχαν πρόσθετο ανθρώπινο DNA, και ο εσωτερικός μάρτυρας ανιχνεύθηκε στα δείγματα αρνητικού μάρτυρα, καταδεικνύοντας απουσία παρεμβολής του ανθρώπινου DNA στην απόδοση του πάνελ RespiFast RG. Για τις τρέχουσες πληροφορίες άδειας και αποποιήσεις σχετικά με συγκεκριμένα προϊόντα, ανατρέξτε στο σχετικό εγχειρίδιο ή οδηγίες χρήσης του κιτ QIAGEN. Οι οδηγίες ή τα εγχειρίδια χρήσης των κιτ QIAGEN είναι διαθέσιμα στο ή μπορούν να ζητηθούν από τις τεχνικές υπηρεσίες της QIAGEN ή από τον τοπικό σας διανομέα. Εμπορικά σήματα: QIAGEN, Sample to Insight, QIAamp, QIAsymphony, MinElute, Rotor-Gene (Όμιλος QIAGEN) ATCC (American Type Culture Collection) BHQ (Biosearch Technologies, Inc.) Cy (GE Healthcare) FAM, ROX (Life Technologies Corporation) Zeptometrix (Zeptometrix Corp.) QX200 Droplet Digital (Bio-Rad Laboratories, Inc.). Οι καταχωρημένες ονομασίες, τα εμπορικά σήματα κ.λ.π. που χρησιμοποιούνται σε αυτό το έγγραφο, δεν θα πρέπει να θεωρούνται ως μη προστατευμένα από το νόμο, ακόμη και αν δεν επισημαίνονται ειδικά ως τέτοια. HB-1957-D QIAGEN, με την επιφύλαξη κάθε δικαιώματος.

8

9 Παραγγελίες Τεχνική υποστήριξη support.qiagen.com Δικτυακός τόπος