[ E] [ ] kinetika encimske pretvorbe. razpolovni čas. ln pretvorba encimov sledi kinetiki prvega reda

HTML
DOWNLOAD

Μέγεθος: px

Εμφάνιση ξεκινά από τη σελίδα:

Download "[ E] [ ] kinetika encimske pretvorbe. razpolovni čas. ln pretvorba encimov sledi kinetiki prvega reda"

Ἀβραάμ Κουταλιανός
6 χρόνια πριν
Προβολές:

1 kinetika encimske pretvorbe pretvorba encimov sledi kinetiki prvega reda sinteza encimov sledi kinetiki nultega reda v ravnotežju de = k E s kd dt [ ] ' ' [ Et ] k s ks ' ' [ E ] k [ E ] k [ E ] = 1 e 0 d 0 d 0 v= k [ E] de = 0 ks= kd[ E] dt ' kt d razpolovni čas ln t 1 = = 2 k k d d povečana encimska aktivnost čas (h) triptofan 2,3dioksigenaza t 1/2 =2.5 h piruvat kinaza t 1/2 =24 h ornitin dekarboksilaza t 1/2 =0.3 h 1

2 kapilare *aminoacil trna ribosomi + mrna *protein intravenozni vnos *aminokislin *aminokisline razredčene z aminokislinami v plazmi + trna +ATP *aminokisline razredčene z intracellularnimi aminokislinami specifična radioaktivnost nabora aminokislin specifična radioaktivnost k d mearitve specifična radioaktivnost encima čas (min) razpolovni čas encimov v jetrih podgan encim ornitindekarboksilaza 5aminolevulinat sintaza RNApolimeraza I tirozin aminotransferaza triptofan 2,3dioksigenaza timidinkinaza hidroksimetiglutarilcoa reduktaza serin dehidrataza fosfoenolpiruvatkarboksikinaza RNApolimeraza II glukoza6fosfatdehidrogenaza glukokinaza katalaza acetil CoAkarbokislaza gliceraldehid3fosfatdehidrogenaza piruvat kinaza arginaza fruktozabifosfataldolaza laktatdehidrogenaza 6fosfofruktokinaza Razpolovni čas (h)

3 razpolovni čas (v dnevih) encimov v različnih tkivih podgan encim jetra srce skeletne mišice ledvice možgani piruvatkinaza laktatdehidrogenaza ornitinaminotransferaza maščobne kisline sintaza signali za degradacijo PEST elementi območja bogata z Pro (P), Glu (E), Ser (S), Thr (T) pogosto vsebujejo tudi fosforilacijsko mesto potrebno pri razgradnji začetne stopnje se odvijajo preko protein kinaze, temu pa sledi prepoznavanje E3 ubikvitin ligaze Nzaporedje proteini s kratko življensko dobo ( 3min) posedujejo najverjetneje Arg, Lys, Phe, Leu ali Trp proteini z dolgo življensko dobo ( 30 ur) posedujejo najpogosteje Cys, Ala, Ser, Thr, Gly, Val ali Met Dpredel razgradnje (D=destruction) R(A/T)(A)L(G)X(D)(I/V)(G/T)(N) (R in L sta ednina nespremenljiva ak preostanka) prisotni pri ciklinih KFERQ za vnos v lizosom SSSTDSTP prisotni pri transkripcijskih faktorjih mehanizem proteinske razgradnje 1980 Avram Hershko konjugacija proteinov z ubikvitinom (selektivna razgradnja) 1980 Sherwin Wilk, Robert rlowski proteosom (neselektivna razgradnja) 3

mehanizem proteinske razgradnje citozolni proteini abnormalni proteini kratkoživeči proteini ERasocirani proteini dolgoživeči proteini endocitozirani proteini membranski proteini ekstracelularni

4 mehanizem proteinske razgradnje citozolni proteini abnormalni proteini kratkoživeči proteini ERasocirani proteini dolgoživeči proteini endocitozirani proteini membranski proteini ekstracelularni proteini dolgoživeči proteini ubikvitinproteosomska pot C () laktacistin MG132 lizosomska pot () E64 klorokin šibke baze antigenska presentacija razreda II aminokisline antigenska presentacija razreda I razgradnja v lizosomih N Cl H 3 C NH NH CH H 3 C CH 2 C(C 2 H 5 ) 2 H H CH 3 S CH 3 HN CH CH 3 klorokin laktacistin 4

ubikvitin ubiquitus=povsod Gly76 Ckonec Lys48 Lys29 Lys64 Nkonec diubikvitin izopeptidna vez Ckonec Gly76 Nkonec Nkonec Lys48 Ckonec vloga ubikvitina

5 ubikvitin ubiquitus=povsod Gly76 Ckonec Lys48 Lys29 Lys64 Nkonec diubikvitin izopeptidna vez Ckonec Gly76 Nkonec Nkonec Lys48 Ckonec vloga ubikvitina kontrola celičnega cikla razgradnja onkoproteinov apoptoza regulacija transkripcije odgovor na stres vzdrževanje strukture kromatina popravljanje DNA Agprezentacija 5

ubikvitinproteosomska pot E 2 E 3 mono ubikvitinacija substrat regulacija procesov E 1 E2 E 3 E 2 E1 aktivirajoč encim E2 konjugirajoč encim E3 protein ligaza razgradnja substrat 26S

tvori tioestersko vez s Cys encima E1 samo en E1 encim obstoja, ki katalizira aktivacijo CH ATP E 1 SH AMP + PPi aktivirajoč encim E1 SC E SC 1 E 2 SH konjugirajoč encim E2 konjugirajoč

6 ubikvitinproteosomska pot E 2 E 3 mono ubikvitinacija substrat regulacija procesov E 1 E2 E 3 E 2 E1 aktivirajoč encim E2 konjugirajoč encim E3 protein ligaza razgradnja substrat 26S proteosom poli ubikvitinacija CH ATP AMP + PPi E 1 E 1 SH ubikvitin aktivirajoč encim aktivacija ubikvitina z encimom E1 (a) se aktivira za konjugacijo s tarčnim proteinom Gly s Ckonca tvori tioestersko vez s Cys encima E1 samo en E1 encim obstoja, ki katalizira aktivacijo CH ATP E 1 SH AMP + PPi aktivirajoč encim E1 SC E SC 1 E 2 SH konjugirajoč encim E2 konjugirajoč encim E2 (c) transesterifikacija na Cys E2 poznanih preko 30 E2 encimov močno ohranjena domena 130 ak, kjer se nahaja aktivni Cys edinstven N in Ckonec, ki izkazujeta specifičnost E 2 SC + E 1 SH 6

E 2 SC substrat E3 NH 2 substrat E3 NH 2 E 2 SC RING HECT domena substrat substrat E3 E 2 E 3 E 2 SH NHC SC ligaza, encim E3 (l) NH 2 poznanih stotine E3 encimov, ki prepoznajo motive na substratu

7 E 2 SC substrat E3 NH 2 substrat E3 NH 2 E 2 SC RING HECT domena substrat substrat E3 E 2 E 3 E 2 SH NHC SC ligaza, encim E3 (l) NH 2 poznanih stotine E3 encimov, ki prepoznajo motive na substratu olajša interakcijo med E2 in substratom dve družini E3 ligaz RING (Really Interesting New Gene) HECT domena RING omogoča direkten prenos na substrat HECT domena služi kot intermediat za prenos (E2 E3 substrat) je kovalentno vezan na substrat preko εnh 2 skupine na Lys substrat E3 NHC E 1 ATP E 1 E 2 E 2 E 1 E 3 substrat peptidi 26S proteosom deubikvitinirajoči encimi UCH UBP 19S Cterminalna hidrolaza (30 kda) G76 α ali ε povezava PA700 izopeptidaza (3537 kda) G76 K6/11/48 ApUCH UBPY G76 Cys G76 UCH Izopeptidaza T G76 α ali ε povezava G76 K48 CH so tiolne proteaze UCH ( Cterminalne hidrolaze) cepijo Gly76 od manjših peptidov UBP ( specifični encimi) odstranjujejo z večjih proteinov in razstavljajo poli verige 7

proteosom osrednji del je cilindrične oblike (CP)

neaktivna (αpodenote) notranja obroča sta

arhej ena vrsta αpodenot ena vrsta βpodenot 20S

vrst βpodenot 20S regulatorna enota (vsaj 17

8 proteosom osrednji del je cilindrične oblike (CP) štirje heptamerni obroči zunanja obroča sta neaktivna (αpodenote) notranja obroča sta proteolizno aktivna (βpodenote) α β β α proteosom arhej ena vrsta αpodenot ena vrsta βpodenot 20S euvkariontski proteosom sedem vrst αpodenot sedem vrst βpodenot 20S regulatorna enota (vsaj 17 podenot) 19S 26S Thermoplasma proteoesom Rhodococcus proteoesom Sacharomyces proteoesom 8

9 kimotriptična aktivnost (Arg, Lys) triptična aktivnost (Tyr, Phe) postglutamilna aktivnost (Glu) proteosom/šaperonin 9

10 PA700 regulatorna enota 19S 20S 19S SUM1 SUM1 ubikvitin 11S regulatorna enota proteasom brez 11S regulatorne enote proteasom z 11S regulatorno enoto 10

11 bakterijski proteasom? HsIUV (HsIV + HsIU) Lon FtsH ClpAP, ClpXP 11

Σχετικά έγγραφα

ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ

ΜΙΝΟΠΕΤΡΟΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ ΦΥΣΙΚΟΣ - Ρ/Η ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΥΠΕΥΘΥΝΟΣ ΣΕΦΕ 2 ου ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΕΡΑΜΑΤΟΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ ΚΑΙ ΕΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ