ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ ΑΠΟΣΤΟΛΟΣ ΒΑΝΤΑΡΑΚΗΣ ΕΠΙΚΟΥΡΟΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΥΓΙΕΙΝΗΣ ΙΑΤΡΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΠΑΤΡΩΝ Τηλ/Fax: +302610969875 e-mail: avanta@upatras.gr http://www.avantarakis.gr ~ΠΑΤΡΑ 2011~
ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ σελίδα 1. Συνοπτικό Βιογραφικό 3-6 2. Προσωπικά στοιχεία 7 3. Εκπαίδευση 8 4. Επαγγελματική Εμπειρία 9 5. Ερευνητικό έργο 10-12 6. Συγγραφικό έργο 13-33 α. Δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά (με σύστημα κριτών) 16 β. Δημοσιεύσεις σε ελληνικά περιοδικά (με σύστημα κριτών) 28 γ. Δημοσιεύσεις σε ελληνικά περιοδικά (χωρίς σύστημα κριτών) 30 δ. Υποβληθέντα άρθρα ή άρθρα υπό κρίση 31 ε. Παραπομπές (citations) 32 στ. Μονογραφίες-Σημειώσεις 33 7. Συνέδρια/Ημερίδες 34-45 A. Διοργάνωση 34 i. Διεθνή Συνέδρια 34 ii. Ελληνικά Συνέδρια 34 Β.Συμμετοχή/Ανακοινώσεις 35-45 i. Διεθνή Συνέδρια 35 ii. Διεθνείς Ομάδες Εργασίας 39 iii. Ελληνικά Συνέδρια 39 Γ.Διαλέξεις/Εισηγήσεις 44 8. Διδακτικό έργο 47-52 Α. Προπτυχιακό επίπεδο 47 Β. Μεταπτυχιακό επίπεδο 48 Γ. Επίβλεψη διπλωματικών εργασιών 49 Δ. Επίβλεψη διδακτορικών διατριβών 50 9. Σεμινάρια 52-53 10. Προκλινικό έργο 54 11. Διοικητικό έργο 56 12. Μέλος επιστημονικών Εταιρειών 57 13. Συντακτικό Έργο 57 13. Κοινωνιή Δράση 57 14. Υποτροφίες/Βραβεία 57 15. Άλλες δραστηριότητες 57 2
1.ΣΥΝΟΠΤΙΚΟ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ ΟΝΟΜΑΤΕΠΩΝΥΜΟ: Βανταράκης Απόστολος ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ ΓΕΝΝΗΣΗΣ: 24/3/1967 ΤΟΠΟΣ ΓΕΝΝΗΣΗΣ: Πάτρα, Ελλάδα ΔΙΕΥΘΥΝΣΗ ΚΑΤΟΙΚΙΑΣ: Ναυσικάς 41, 26442 Πάτρα ΕΙΔΙΚΟΤΗΤΑ: Βιολόγος, Υγιεινή ΣΗΜΕΡΙΝΗ ΘΕΣΗ: Επικ.Καθηγητής,Ιατρική Σχολή, Παν/μιο Πατρών Προσωπικά στοιχεία Α.ΣΤΡΑΤΙΩΤΙΚΗ ΘΗΤΕΙΑ 1994: Εκπλήρωση της στρατιωτικής θητείας στην Πολεμική Αεροπορία. Β. ΞΕΝΕΣ ΓΛΩΣΣΕΣ 1. ΑΓΓΛΙΚΑ (100%):Επάρκεια άριστης γνώσης από το Υπουργείο Παιδείας (Δ/νση Ξένων Γλωσσών) Lower Certificate, Toefl, Πολύ καλή γνώση βιολογικών και ιατρικών όρων λόγω απόκτησης Master από το University College of Swansea, U.K 2. ΙΤΑΛΙΚΑ (80%): Γραπτά και προφορικά Εκπαίδευση, μετεκπαίδευση, τίτλοι σπουδών 2010-2011: Diploma in Epidemiology (Distant learning), London School of Hygiene and Infectious Diseases, University of London, U.K 2006: Εξειδίκευση στην Επιδημιολογία από το European Education Programme in Epidemiology (EEPE), Firenze, Italy 1998-2001: Μεταδιδακτορική εμπειρία στη Μικροβιολογία τροφίμων, Εργαστήριο Υγιεινής, Παν/μιο Πατρών (υπό την επίβλεψη της κας Παπαπετροπούλου Μ., Ομ.Καθηγ.) 1994-1998: Διδακτορικό στην Υγιεινή, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Πατρών. 1990-1991: M.Sc in Genetics and its Applications, University College of Swansea, Wales, UK. 1985-1990: Πτυχίο Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Πατρών. Επαγγελματική Εμπειρία 2008-2011: Επίκουρος Καθηγητής Υγιεινής, στο Κλινικό Τομέα της Ιατρικής Σχολής, του Πανεπιστημίου Πατρών 2009-2012: Μέλος της Επιτροπής ΕΛΟΤ ΤΕ2/ΟΕ 4 για θέματα Μικροβιολογικής ποιότητας νερών και τροφίμων 2003-2008: Επίκουρος Καθηγητής Υγιεινής, στο Λειτουργικό και Κλινικό εργαστηριακό Τομέα του Ιατρικού Τμήματος, του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης όπου μονιμοποιήθηκε με την Α5777/5-4-2007 Πρυτανική πράξη στη θέση του Επίκ. Καθηγητή Υγιεινής στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, τον Απρίλιο 2007. 3
2006: Εκπρόσωπος του ΕΛΟΤ στην Τεχνική Επιτροπή CEN/TAG4/WG6 για θέματα προτυποποίησης μοριακών τεχνικών για την ανίχνευση ιών στα τρόφιμα. 2006-2010: Εκπρόσωπος της ΓΓΕΤ στο COST για το πρόγραμμα ENVIRONET. 2006-2011: Συνεργάζεται με την WHO/UNEP για θέματα ελέγχου ποιότητας θαλασσινού νερού που χρησιμοποιείται για την καλλιέργεια των οστρακοειδών 2002-2006: Εμπειρογνώμονας του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων σε συναντήσεις που οργανώνονται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και το CEFAS για θέματα ιολογικού ελέγχου και γενικά υγιεινής οστρακοειδών. 2002-2003: Ενιαίος Φορέας Ελέγχου Τροφίμων, Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, Τμήμα Εργαστηριακών Ελέγχων & Μετρήσεων. 2000-2002: Επιθεώρηση Εργασίας/Κέντρο Πρόληψης Επαγγελματικών Κινδύνων Δυτικής Ελλάδος σε θέματα Υγιεινής & Ασφάλειας εργαζομένων. 1993-2007: Επιστημονικός συνεργάτης του Εργαστηρίου Υγιεινής του Πανεπιστημίου Πατρών. Ερευνητικό Έργο 21 ερευνητικά προγράμματα έχει/είχε την επιστημονική ευθύνη (χρηματοδοτούμενα από διάφορους διεθνείς και ελληνικούς φορείς, π.χ. Ευρωπαϊκή Ένωση FP7, Υπουργεία, ΠΕΠ, Νομαρχίες, Δήμοι). 15 ερευνητικά προγράμματα σαν επιστημονικός συνεργάτης/ερευνητής (χρηματοδοτούμενα από διάφορους φορείς όπως ΠΕΝΕΔ, Υπουργείο Υγείας, ΥΠΕΧΩΔΕ, Ευρωπαϊκή Ένωση). 6 διδακτορικές διατριβές είναι/ήταν επιστημονικός υπεύθυνος 4 διπλωματικές εργασίες (σε μεταπτυχιακό επίπεδο) είναι/ήταν επιστημονικός υπεύθυνος 14 διπλωματικές εργασίες (σε προπτυχιακό επίπεδο) είναι/ήταν επιστημονικός υπεύθυνος Συγγραφικό Έργο 36 ερευνητικές εργασίες σε ξενόγλωσσα περιοδικά (κατόπιν κρίσης) 6 ερευνητικές εργασίες σε ελληνικά περιοδικά (κατόπιν κρίσης) 24 άρθρα σε ελληνικά περιοδικά/εφημερίδες (χωρίς κρίση). 43 ανακοινώσεις σε πρακτικά διεθνών συνεδρίων 47 ανακοινώσεις σε πρακτικά ελληνικών συνεδρίων. 34 διαλέξεις/εισηγήσεις σε διεθνή και ελληνικά συνέδρια και ημερίδες Διδακτικό Έργο Διδασκαλία σε Μεταπτυχιακό επίπεδο 2009-Σήμερα: Διδάσκων στο Μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Βασικές Ιατρικές Ειδικότητες» του Ιατρικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Πατρών, Κατεύθυνση Μοριακή Γενετική-Κυτταρογενετική 4
2008-Σήμερα: Διδάσκων στο Μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Κλινικές Ειδικότητες» του Ιατρικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Πατρών 2009-Σήμερα: Προσκεκλημένος διδάσκων στο Μ.Π.Σ που οργανώνεται από το Τμήμα Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος, Γεωπονικό Παν/μιο Θεσσαλίας. 2006-Σήμερα: Προσκεκλημένος διδάσκων στο Μ.Π.Σ στη Δημόσια Υγεία που οργανώνεται από το Ιατρικό Τμήμα στο Πανεπιστήμιο Λάρισας. 2005-2008: Μέλος της Διοικούσας Επιτροπής στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Υγιεινής και Ασφάλειας της Εργασίας, που οργανώνεται από το Ιατρικό Τμήμα του Δ.Π.Θ και το Τμήμα Δημόσιας Υγείας του ΑΤΕΙ Αθήνας 2005-2008: Διδάσκων στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Υγιεινής και Ασφάλειας της Εργασίας, που οργανώνεται από το Ιατρικό Τμήμα του Δ.Π.Θ και το Τμήμα Δημόσιας Υγείας του ΑΤΕΙ Αθήνας Διδασκαλία σε Προπτυχιακό επίπεδο 2007-Σήμερα: «Υγιεινή» στο Δ Εξάμηνο της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών. 2007-Σήμερα: «Προληπτική Ιατρική & Προαγωγή Υγείας και Ιατρική της Κοινότητας» στο Θ Εξάμηνο της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών. 2009-Σήμερα: «Μοριακή & Γενετική Επιδημιολογία» στο Ε Εξάμηνο της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών. 2008-Σήμερα: «Περιβαλλοντική Μικροβιολογία» στο Ζ εξάμηνο του Γεωλογικού Τμήματος 2003-2008: «Υγιεινή» στο Ε Εξάμηνο του Ιατρικού Τμήματος του Δ.Π.Θ 2003-2008: «Επιδημιολογία Λοιμωδών Νόσων» στο Στ Εξάμηνο του Ιατρικού Τμημ. του Δ.Π.Θ. 2006-2007: Προσκεκλημένος διδάσκων στο Polytechnic University of Valencia, Spain σε θέματα Περιβαλλοντικής Υγιεινής μέσω προγράμματος Socrates/Erasmus. Συμμετείχε σε 7 σεμινάρια ως διδάσκων Προκλινικό Έργο Από το Μάιο 2008 πραγματοποιούνται υπό την επιστημονική του ευθύνη, αναλύσεις πόσιμου νερού, εμφιαλωμένων νερών, τροφίμων και λυμάτων για τον έλεγχο της μικροβιολογικής και χημικής τους ποιότητας καθώς και της εκτίμησης κινδύνου για τη Δημόσια Υγεία στα πλαίσια των δραστηριοτήτων του Εργαστηρίου Υγιεινής στο Πανεπιστήμιο Πατρών. Είναι Υπεύθυνος Ποιότητας του διαπιστευμένου εργαστηρίου (Α.Π. 550). Επιπλέον είναι Τεχνικός Υπεύθυνος για τις διαπιστευμένες Μικροβιολογικές δοκιμές του Εργαστηρίου Υγιεινής. Μέχρι σήμερα έχουν διενεργηθεί υπό την επιστημονική του ευθύνη πάνω από 4000 περιβαλλοντικές αναλύσεις νερών και τροφίμων. Διοικητικό Έργο Ήταν μέλος και συμμετείχε στις συνεδριάσεις της Γενικής Συνέλευσης του Τμήματος, το ακαδημαϊκό έτη 2010-2011 και 2008-2009. Είναι μέλος της Επιτροπής Εκπαιδευτικών 5
εργαστηρίων του Τμήματος Ιατρικής για τη διετία 2009-2011. Είναι μέλος της Συντονιστικής Επιτροπής Υγείας και Ασφάλειας του Πανεπιστημίου Πατρών κατά τα έτη 2009-2011. Είναι μέλος της Επιτροπής για την αναμόρφωση-ανάπτυξη του ιστότοπου του Τμήματος Ιατρικής, 2009-2011. Συμμετείχε στις συνεδριάσεις της Γενικής Συνέλευσης του Τομέα Κλινικών εργαστηρίων από τις 30/5/2008 Μέλος Επιστημονικών εταιρειών 2010-2012: Εκλεγμένο Μέλος του Δ.Σ. της Πανελλήνιας Ένωσης Βιοεπιστημόνων 2009-2012: Πρόεδρος του Δ.Σ. «Εταιρείας Μελέτης Μικροβιολογικής Ποιότητας των υδάτων». 2002-2009: Μέλος του Δ.Σ.της «Εταιρείας Μελέτης Μικροβιολογικής Ποιότητας των υδάτων» 2005-2007: Εκλεγμένο μέλος του Δ.Σ. της Πανελλήνιας Ένωσης Βιοεπιστημόνων. 2008-Σήμερα: Μέλος του Ecocity 2004-Σήμερα: Μέλος των εταιρειών IWA και ASM. Συντακτικό Έργο Είναι μέλος του Συντακτικού Συμβουλίου του περιοδικού Food & Environmental Virology καθώς επίσης είναι κριτής σε πάνω από 10 περιοδικά όπως Water Science & Technology, Virology Journal, Journal of Virological Methods, Environmental Research Κοινωνική Δράση 2011-2013: Αντιδήμαρχος Δήμου Πατρέων σε θέματα Προγραμματισμού & Ανάπτυξης 2010-2014: Εκλεγμένος Δημοτικός Σύμβουλος του Δήμου Πατρέων 6
2. ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ Α.ΣΤΡΑΤΙΩΤΙΚΗ ΘΗΤΕΙΑ 1994: Εκπλήρωση της στρατιωτικής θητείας στην Πολεμική Αεροπορία. Β. ΞΕΝΕΣ ΓΛΩΣΣΕΣ 3. ΑΓΓΛΙΚΑ (100%):Επάρκεια άριστης γνώσης από το Υπουργείο Παιδείας (Δ/νση Ξένων Γλωσσών) Lower Certificate, Toefl, Πολύ καλή γνώση βιολογικών και ιατρικών όρων λόγω απόκτησης Master από το University College of Swansea, U.K 4. ΙΤΑΛΙΚΑ (80%): Γραπτά και προφορικά 7
3. ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ 10/2010-12/2011: Diploma in Epidemiology, London School of Hygiene and Infectious Diseases, University of London, U.K. 12-17/5/2009: Εκτίμηση κινδύνου (Risk assessment), RIVM, Bilthoven, Nederlands 14-18/10/2007: Λεγιονέλλα, Επιτήρηση, Επιδημιολογία & Ανάλυση Κινδύνου, οργανώθηκε από το Health Protection Agency, Colindale, U.K 1-2/10/2007: GIS technology, Εκπαίδευση σε GIS I, EMSI, Αθήνα, 24/6-14/7/2006: Θερινό Σχολείο στην Επιδημιολογία που οργανώθηκε από το European Education Programme in Epidemiology (EEPE), Firenze, Italy 1998-2003: Μεταδιδακτορική Ερευνητική εμπειρία στην Υγιεινή Τροφίμων, υπό την επίβλεψη της Κας Παπαπετροπούλου Μ. Ομ. Καθηγήτριας Παν/μιου Πατρών. 1999: Πτυχίο Μελετητή Α κατηγορίας στις κατηγορίες :α) 27: Περιβαλλοντικές μελέτες β) 26: Αλιευτικές μελέτες 1998: Διδακτορική Διατριβή στην Υγιεινή στο Εργαστήριο Υγιεινής, Ιατρικό Τμήμα, Παν/μιο Πατρών με θέμα: «Έλεγχος εντεροϊών & αδενοϊών στα παράκτια νερά του νομού Αχαΐας» Βαθμός διατριβής: Άριστα. Υπεύθυνη: Μ.Παπαπετροπούλου, Καθηγήτρια, Διευθύντρια Εργαστηρίου Υγιεινής. 1991: Πτυχίο Master στη Γενετική και Eφαρμογές της, University of Swansea, Wales, U.K, Διατριβή στη Γενετική Τοξικολογία με θέμα: «Investigation on the effects of antifungal substance (Econazole nitrate) in genetically engineered V79 cell lines». Βαθμός της διατριβής: Α. Υπεύθυνος: J. Parry, Professor. Πανεπιστημιακό Κολέγιο Swansea, Πανεπιστήμιο Ουαλίας, Μεγάλη Βρετανία, Σχολή Βιολογικών Επιστημών, Τμήμα Γενετικής Τοξικολογίας. Αναγνώριση από το ΔΙΚΑΤΣΑ 28/4/95. 1990: Πτυχίο Βιολογικού Τμήματος Πανεπιστημίου Πατρών. Βαθμός πτυχίου: "Καλώς". Διπλωματική Εργασία με θέμα: Μελέτη της εξάπλωσης του φυτού Centaurea των Compositae στον Ελλαδικό χώρο με γενετική χαρτογράφηση. Βαθμός: «Άριστα»:10 Υπεύθυνος: Καθ. Α. Γεωργιάδης. 1982: 1 ο Λύκειο Πατρών, 12 ος σε σειρά εισαγωγής στο Βιολογικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Πατρών με Πανελλαδικές εξετάσεις. 8
4. ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ 10. Μέλος της Ομάδας Εργασίας ΕΛΟΤ/ΤΕ 2/ΟΕ 4 «Μικροβιολογικοί Προσδιορισμοί νερού» από 1/1/2010 9.Επίκουρος Καθηγητής Υγιεινής, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Πατρών από 30/4/2008. 8.Εμπειρογνώμων του Εθνικού Συμβουλίου Διαπίστευσης (ΕΣΥΔ) για εργαστήρια Μικροβιολογικού Ελέγχου νερού και τροφίμων από 10/2007. 7.Επίκουρος Καθηγητής Υγιεινής στο Ιατρικό Τμήμα, Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης. Διάρκεια: 11/2003-30/5/2008 6. Εκπρόσωπος του ΕΛΟΤ στη πανευρωπαϊκή ομάδα εργασίας CEN/TC275/ WG6/TAG4, Διάρκεια: 2005-2010. 5. Επιθεωρητής ελέγχου Τροφίμων στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, ΕΦΕΤ-Περιφερειακή Διεύθυνση Πάτρας με αρμοδιότητα σε θέματα ελέγχου τροφίμων και εφαρμογής κανόνων HACCP. Προϊστάμενος τμήματος Εργαστηριακών Ελέγχων και δειγματοληψιών. Διάρκεια 3/2002-10/2003 4. Εμπειρογνώμων του Υπουργείου Γεωργίας σε θέματα ιολογικού ελέγχου των οστρακοειδών σε Ευρωπαϊκή Συνάντηση που οργανώθηκε στο Weymouth από το CRL, CEFAS. Διάρκεια: 2001-2006. 3. Επιθεωρητής του ΚΕΠΕΚ, ΣΕΠΕ Υπουργείου Εργασίας & Κοιν. Ασφαλίσεων με αρμοδιότητα σε θέματα Υγείας και Ασφάλειας Εργαζομένων- Πρόληψη Επαγγελματικών κινδύνων. Διάρκεια: 11/2001-3/2002 2. Επιστημονικός συνεργάτης/ερευνητής του Εργαστηρίου Υγιεινής, Ιατρικού Τμήματος, Πανεπιστημίου Πατρών, Διάρκεια: 1997-2007 1. Καθηγητής σε Φροντιστήριο Μ.Ε. διδάσκοντας Βιολογία Γ Λυκείου. Διάρκεια:1/1992-10/2003 9
5. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟ ΕΡΓΟ Α.Ευρωπαϊκά Προγράμματα/Προγράμματα Διεθνών Φορέων Επιστημονικός Υπεύθυνος 1. «Impact of climate change on the transport, fate, and Risk management of viral pathogens in water, Viroclime» χρηματοδοτούμενο από την Ευρωπαϊκή Ένωση FP7, Διάρκεια: 1/2010-12/2012 2. Integrated Monitoring and control of foodborne viruses in European food supply chains, Vital χρηματοδοτούμενο από την Ευρωπαϊκή Ένωση FP7. Διάρκεια: 4/2008-9/2011 3. European monitoring of excess mortality for public health action, MOMO χρηματοδοτούμενο από Public Health Agency (PHEA/EU). Διάρκεια: 2/2008-30/1/2011 Κύριος Ερευνητής 1. «Development of new techniques for the monitoring and control of human viral contamination in shellfish», χρηματοδοτούμενο από την Ε.Ε (FAIR Project), Διάρκεια: 11/1998-11/2001 2. «Changes of the antibiotic resistance (overtime) of stressed E.coli strains starved in seawater», χρηματοδοτούμενο από τη WHO/UNEP. Διάρκεια: 2/1996-2/1998 Β.Εθνικά Προγράμματα Επιστημονικός υπεύθυνος 1. Ανθρώπινα Δίκτυα: «Μελέτη Μικροβιολογικής ποιότητας υδατίνου περιβάλλοντος», χρηματοδοτούμενο από ΓΓΕΤ, Διάρκεια :6/2007-6/2008 2. «α) Ανάπτυξη μοριακών μεθόδων για τον άμεσο έλεγχο της ποιότητας του πόσιμου νερού β) Δημιουργία μοντέλου βελτιστοποίησης της ποιότητας του πόσιμου νερού» χρηματοδοτούμενο από το ΠΕΠ Αν. Μακεδονίας και Θράκης. Διάρκεια: 9/6/2006-30/5/2008. Κύριος Ερευνητής/Συνεργάτης 1. «Ανάπτυξη μοριακών τεχνικών για το μικροβιολογικό έλεγχο λυμάτων: α) Διάκριση πηγής προέλευσης στελεχών E.coli που απομονώνονται από λύματα β) Ποσοτικός προσδιορισμός των εντεροϊών, αδενοϊών και ιού της ηπατίτιδας Α σε συνθήκες βιολογικού καθαρισμού με εφαρμογή Real-Time PCR» χρηματοδοτούμενο από το πρόγραμμα Πυθαγόρας ΙΙ. Διάρκεια: 1/9/2005-30/12/2006 2. «α) Ανίχνευση Noroviruses στο νερό των κολυμβητικών δεξαμενών των ολυμπιακών κολυμβητηρίων καθώς και των κρουαζιεροπλοίων β) Ανίχνευση Noroviruses στα τρόφιμα των κρουαζιεροπλοίων», χρηματοδοτούμενο από τον Αθήνα 2004. 3. «Ανάπτυξη μοριακών μεθόδων α) για την ανίχνευση και τυποποίηση εντεροϊών, αδενοϊών και ροτα-ιών, β) διάκριση προέλευσης (ανθρώπινη-ζωική) της E.coli που απομονώνονται από ακατέργαστα λύματα» ΠΕΝΕΔ 2001: Χρηματοδοτούμενο από τη Γ.Γ.Ε.Τ. και την Ε.Υ.Δ.Α.Π. Διάρκεια: 9/2002-9/2005 10
4. «Έλεγχος Norwalk και ιού της Ηπατίτιδας Α σε οστρακοειδή που καλλιεργούνται στους Ν. Πιερίας και Ν. Θεσσαλονίκης» χρηματοδοτούμενο από το Υπουργείο Γεωργίας, Διάρκεια:7/2002-12/2004 5. «Αναζήτηση ιού της ηπατίτιδας Α στο πόσιμο νερό με τη βοήθεια μοριακών τεχνικών», χρηματοδοτούμενο από το Υπουργείο Υγείας. Διάρκεια: 9/1997-9/1998 6. «Έλεγχος της έκφρασης ήπιων μεταλλάξεων στο γονίδιο της β-σφαιρίνης», χρηματοδοτούμενο από το ΠΕΝΕΔ 1997 /ΓΓΕΤ. Διάρκεια: 3/1997-5/1998 7. «Ανίχνευση και ταυτοποίηση άτυπων μυκοβακτηριδίων σε εμφιαλωμένα νερά με τη βοήθεια μοριακών τεχνικών» χρηματοδοτούμενο από το ΠΕΝΕΔ 1995, Διάρκεια: 2/1996-2/1998 8. «Έλεγχος ποιότητας νερών κολύμβησης νομού Αχαΐας. Ανίχνευση εντεροϊών-αδενοϊών στο υδάτινο περιβάλλον με μοριακές τεχνικές (PCR)», χρηματοδοτούμενο από το Υ.ΠΕ.ΧΩ.Δ.Ε., Διάρκεια: 3/1994-1998 Γ. Προγράμματα Δημόσιων/Ιδιωτικών φορέων Επιστημονικός υπεύθυνος 1. «Ανίχνευση ιών και παρασίτων στο δίκτυο πόσιμου νερού του Δ. Θεσσαλονίκης και στον ποταμό Αλιάκμονα». Χρηματοδοτούμενο από την Ε.Υ.Α.Θ. Διάρκεια: 2/2009-2/2011. 2. «Ποιότητα νερών κολυμβητικής δεξαμενής ΠΕΑΚ» χρηματοδοτούμενο από το ΠΕΑΚ, Διάρκεια:1/2009-12/2011 3. «Παρακολούθηση Ποιότητας πόσιμου νερού Δ. Παραλίας», χρηματοδοτούμενο από Δ. Παραλίας, Διάρκεια: 10/2009-10/2010 4. «Μικροβιολογική και υγιεινολογική ποιότητα νερού και τροφίμων της Νομαρχίας Αχαΐας» Νομαρχία Αχαΐας, Διάρκεια:1/2009-12/2011 5. «Επιδημιολογική/Περιβαλλοντική μελέτη» στο Νομό Καβάλας χρηματοδοτούμενο από Νομαρχία Καβάλας. Διάρκεια: 1/6/2008-30/5/2009 6. «Αναδρομική μελέτη λοιμωδών Νοσημάτων» στη Νομαρχία Καβάλας χρηματοδοτούμενο από Νομαρχία Καβάλας. Διάρκεια: 1/6/2008-30/12/2008 7. EQUASE 2008, χρηματοδοτούμενο από διάφορους φορείς (ΔΕΥΑ & Ιδιώτες), Διάρκεια: 1/4/2008-30/3/2009 8. «Έλεγχος ποιότητας πόσιμου νερού Δήμου Κομοτηνής», χρηματοδοτούμενο από ΔΕΥΑΚ. Διάρκεια:1/10/2007-1/10/2008 9. «Έλεγχος μικροβιολογικής ποιότητας νερών και τροφίμων» χρηματοδοτούμενο από Ν.Δ. Ροδόπης. Διάρκεια: 1/2007-1/2008 10. «Έλεγχος μικροβιολογικής ποιότητας νερών και τροφίμων» χρηματοδοτούμενο από Ν.Δ. Καβάλας. Διάρκεια: 1/2007-1/2008 11. EQUASE 2007, χρηματοδοτούμενο από διάφορους φορείς (ΔΕΥΑ & Ιδιώτες), Διάρκεια: 3/2007-28/2/2008 11
12. «Ανίχνευση ιών και παρασίτων στο δίκτυο πόσιμου νερού της ΔΕΥΑ Ρόδου». Χρηματοδοτούμενο από την Δ.Ε.Υ.Α. Ρόδου. Διάρκεια: 9/2006-9/2007 13. «Ανίχνευση ιών και παρασίτων στο δίκτυο πόσιμου νερού του Δ. Θεσσαλονίκης και στον ποταμό Αλιάκμονα». Χρηματοδοτούμενο από την Ε.Υ.Α.Θ. Διάρκεια:3/2005-11/2007 14. «Ανίχνευση ιών και παρασίτων στο δίκτυο πόσιμου νερού του Δ. Φερών και στον ποταμό Αλιάκμονα». Χρηματοδοτούμενο από το Δήμο Φερών Διάρκεια:6/2005-11/2007 15. «Ανίχνευση ιών και παρασίτων στο δίκτυο πόσιμου νερού του Δ. Ξάνθης» Χρηματοδοτούμενο από την Δ.Ε.Υ.Α.Ξ. Διάρκεια: 3/2005-3/2007 16. «Έλεγχος μικροβιολογικής ποιότητας νερών και τροφίμων» χρηματοδοτούμενο από Ν.Δ. Έβρου. Διάρκεια: 1/2006-1/2007 Συνεργάτης 1. «Ιολογικός έλεγχος οστρακοειδών που καλλιεργούνται στους Ν. Πιερίας, Ν. Θεσσαλονίκης, Ημαθίας, Καβάλας» χρηματοδοτούμενο από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων. Διάρκεια:1/2005-31/12/2005 2. «Έλεγχος Κρυπτοσποριδίου και ιού της Ηπατίτιδας Α στο πόσιμο νερό του Δήμου Θεσσαλονίκης» χρηματοδοτούμενο από την ΕΥΑΘ: Διάρκεια: 7/2003-7/2004 3. «Έλεγχος Κρυπτοσποριδίου και ιού της Ηπατίτιδας Α στο πόσιμο νερό» χρηματοδοτούμενο από την ΕΥΔΑΠ. Διάρκεια: 2/2000-4/2001 4. «Λεπτομερής έλεγχος των εμφιαλωμένων νερών της Δυτ.Ελλάδος» χρηματοδοτούμενο από την εταιρεία 3Ε. Διάρκεια: 6/1995-6/1998 5. «Δείκτες ρύπανσης του Πατραϊκού κόλπου», χρηματοδοτούμενο από ιδιώτες. Διάρκεια: 10/1994-Σήμερα 12
6. ΣΥΓΓΡΑΦΙΚΟ ΕΡΓΟ Δημοσιεύσεις σε Διεθνή περιοδικά με σύστημα κριτών Δημοσιεύσεις σε Ελληνικά Περιοδικά με σύστημα κριτών Σύνολο: 36 1. Ήδη δημοσιευθείσες: 34 2. Δεκτές προς δημοσίευση: 2 3. Έχουν υποβληθεί προς δημοσίευση: 4 Θεματική Κατανομή 1. Υγιεινή: 24 2. Επιδημιολογία: 6 3. Περιβαλλοντική Μικροβιολογία: 6 Είδος δημοσίευσης 1. Πειραματικές/Εργαστηριακές: 33 2. Επιδημιολογικές: 3 3. Επιστολή προς τον εκδότη: - Σειρά Υποψηφίου μεταξύ συγγραφέων Τελευταίος (υπευθ.αλληλογραφίας) σε : 9 1 ος 2 ος σε : 11 σε : 6 Άλλη θέση σε : 10 Συντελεστής απήχησης (I.F) Συνολικός: 55.611 Μέσος Όρος: 1.544 Βιβλιογραφικές αναφορές Από ISI: 249 Από Scopus: 298 Αυτοαναφορές:- Αυτοαναφορές: - 51 Σύνολο: 249 Σύνολο: 349 Σύνολο: 7 1.Ήδη δημοσιευθείσες: 6 2. Δεκτές προς δημοσίευση: 1 3.Έχουν υποβληθεί προς δημοσίευση: - Είδος δημοσίευσης: Ανασκοπικές, Πειραματικές. Σειρά Υποψηφίου μεταξύ συγγραφέων Τελευταίος (υπ.αλληλογραφίας) σε : 1 1 ος 2 ος σε : 3 σε : 2 Άλλη θέση σε : - Αξιολόγηση εργασιών Συνολικό impact factor (2009) Συνολικό h-factor 55.611 9 13
Συνοπτικός Πίνακας δημοσιεύσεων με σύστημα κριτών (IF: 2009) A/A Έτος Περιοδικό Τίτλος I.F 36 2011 Virology Journal (under publication) Molecular detection of multiple viral targets in untreated urban sewage from Greece 3.042 35 2011 Anaerobe (under publication) Occurrence of microorganisms of public health and spoilage significance in fruit juices sold in retail markets of Greece 1.633 34 2010 EuroSurveillance. Oct 28; 15 (43). pii:19697 33 2010 Virology Journal 7: 235 32 2010 Haemoglobin34(4) p.333-342 31 2010 30 2010 29 2010 28 2010 Food and Environmental Virology Vol.2 (3):146 Food and Environmental Virology Vol.2 (2):89 Eurosurveillance, 4;15(5). pii: 19480. Water Science & Technology 2010; 61(1):67-76. The potential for a concerted system for the rapid monitoring of excess mortality throughout Europe. Molecular characterization of hepatitis A virus isolates from environmental and clinical samples in Greece Western Greece International Standardisation of a Method for Detection of Human Pathogenic Viruses in Molluscan Shellfish Molecular typing of enteroviruses, adenoviruses and hepatitis A viruses in untreated and treated sewage of a biological treatment plant in Greece Higher all-cause mortality in children during autumn 2009 compared with the three previous years: pooled results from eight European countries Equivalency testing of Lactose TTC agar (ISO9308-1:2000) with 5 culture media for the detection of E. coli in water samples in Greece - 3.042 2.2 - - - 1.094 27 2009 Epidemiol Infect. Nov 27:1-7. Outbreak of HAV in Roma population in NE Greece 2.365 Cytogenetic study in cultured human lymphocytes treated with three commonly 26 2008 Food Chem Toxicol. 46(7):2390-3. used preservatives 2.114 25 2008 24 2008 23 2007 22 2007 International Journal of Infectious Diseases 2008,12: E104-E105. International Journal of Infectious Diseases 2008, 12: E104-E104. Environ. Monitor. Assess :143(1-3): 43-50. International Journal of Antimicrobial Agents, Vol.29, P: S338-S339 Outbreak of Gastroenteritis Occurred in North-Eastern Greece Associated with Several Waterborne Strains of Noroviruses. Detection of Infectious Pathogenic Viruses in Untreated and Treated Wastewater Samples from an Urbanised Area. «Impact of intensive agricultural practices on drinking water quality in Evros Region (NE GREECE) by GIS analysis» Use of an AFLP technique for the discrimination of source (human or animal) of E.coli. 21 2007 Eurosurveillance 12(7) : 1 Outbreak of acute gastroenteritis in Greece during a school excursion, April 2007-2.167 2.167 1.356 3.032 20 2006 Wat.Sci.Tech.54(3): 219-223 19 2006 Lett.Appl.Microbiol.42, 71-77 18 2006 Int.J.Food Microb.107(1):68-72. 17 2005 J.Appl.Microbiology, 99: 1191-1203 Region-specific genetic heterogeneity of HBB mutation distribution in South- Appl.Environ.Microb.71(9):5244-16 2005 5253. Hybridization of F+RNA coliphages detected in shellfish samples with 1.094 oligonucleotide probes to assess the origin of microbiological pollution of shellfish Differentiation of faecal Escherichia coli from humans and animals by Multiple 1.64 Antibiotic Resistance Analysis (MAR) Microbiological evaluation of bottled non-carbonated still water from domestic 3.011 brands in Greece, Comparative typing of Pseudomonas species isolated from the aquatic 2.098 environment in Greece by SDS-PAGE and RAPD analysis Artificial Neural Network Prediction of Viruses in Shellfish 3.686 15 2005 J.Wat.Health, 3(4):371-80. Evaluation of microbiological quality of coastal waters of Greece 1.164 14 2004 Wat.Sci.Tech.50:1:193-198. Differentiation of fecal Escherichia coli from humans and animals by Random Amplified Polymorphic DNA-PCR (RAPD-PCR) 1.094 13 2004 Wat.Sci.Tech. 50(1): 125-129 Probing Norwalk-like virus presence in shellfish, using artificial neural networks 1.094 14
12 2004 Wat. Sci.Technol.50(1):253-257 App.Environ.Microb. 69(3): 1556-11 2003 1563 App.Environ. Microb. 68(12): 5990-10 2002 5998 9 2000 Lett.Appl.Microbiol. 31(2): 105-110 8 2000 J. of Chemotherapy 12(4): 267-273. Wat.Air Soil Poll.120 (3-4): 273-7 2000 282. 6 1999 Wat, Air Soil Pollut. 114:85-93. Evaluation of virological quality of sewage from four biological treatment plants by a nested PCR technique Evaluation of potential indicators of viral contamination in shellfish and their applicability to diverse geographical areas Distribution of human viral contamination in shellfish from different growing areas in Greece, Spain, Sweden and UK Development of a multiplex PCR detection of Salmonella spp. and Shigella spp. in mussels Multi-antibiotic resistance of Gram (-) bacteria isolated from drinking water samples in Southwestern Greece Environmental mycobacteria in drinking water before and after replacement of the water distribution network Detection of enteroviruses and adenoviruses and HAV in raw sewage and treated effluents by nested-pcr 1.094 3.686. 3.686 1.64 1.166 1.676 1.676 5 1998 Wat.Air Soil Pollut. 104: 331-337. «Non-tuberculosis Mycobacteria in hospital water supplies» 1.676 Water Res. Vol. 32 (8) pp.2365-4 1998 2372. 3 1998 J. of Infection 36(1):101-103 Detection of enteroviruses, adenoviruses in coastal waters of SW Greece by nested polymerase chain reaction Detection of adenovirus outbreak at a municipal swimming pool by nested-pcr amplification 4.355 3.06 2 1997 Can. J. Microbiology 43: 499-502. Environmental Mycobacteria in bottled table waters in Greece 1.262 1 1997 Med. Microb. Lett. vol. 5, Suppl.1 S21 Atypical Mycobacteria in hospital water supplies 3.767 Total Impact Factor 55.611 15
Α. Κατάλογος Δημοσιεύσεων σε Διεθνή Περιοδικά (με σύστημα κριτών) 36. P.A.Kokkinos, P.G.Ziros, Α.Mpalasopoulou, A.Galanis, A.Vantarakis Molecular detection of multiple viral targets in untreated urban sewage from Greece accepted for publication in Virology Journal, Provisional date: 2011, 8:195 Background: Urban sewage virological analysis may produce important information about the strains that cause clinical and subclinical infections in the population, thus supporting epidemiological studies. Methods: In the present study, a twenty one-month survey (November 2007 to July 2009) was conducted in order to evaluate the presence of human adenoviruses (hadv), hepatitis A viruses (HAV), hepatitis E viruses (HEV), Noroviruses (NoV), and human Polyomaviruses (hpyv) in untreated sewage samples collected from the inlet of Patras municipal biological wastewater treatment plant, located in southwestern Greece. Nucleic acid amplification techniques were applied for viral nucleic acid detection. Positive samples were confirmed by sequencing and comparative phylogenetic analysis was performed on the isolated viral strains. Results: In total, viruses were detected in 87.5% (42/48) of sewage samples. AdVs, PyVs, HAV, and NoVs were detected in 45.8% (22/48), 68.8% (33/48), 8.3% (4/48), and 6.3% (3/48) of the samples collected from the plant s inlet, while HEV was not detected at all. Adenovirus types 8 (Ad8), 40 (Ad40) and 41 (Ad41) were recognized, while JC and BK polyomaviruses were recorded. Noroviruses were identified as GII.4. HAV was typed as genotype IA. Conclusions: Our study demonstrates the advantages of environmental surveillance as a tool to elucidate the molecular epidemiology of community circulating viruses. We underline the need of environmental surveillance programs in countries such as Greece with inadequate and problematic epidemiological surveillance system and no environmental surveillance system currently in action. Θεματολογία: Υγιεινή- Μοριακή Περιβαλλοντική Μικροβιολογία Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 3.042 35. Vantarakis A., Affifi M., Kokkinos P., Tsibouxi M., Papapetropoulou M. Occurrence of microorganisms of public health and spoilage significance in fruit juices sold in retail markets of Greece, accepted for publication in Anaerobe Fruit juices are an important part of the modern diet in many countries. However, few data are available concerning the microbiological quality of the foods sold in Greece, and particularly fruit juices. Using standard microbiological procedures, we conducted a bacteriological survey of commercially sold, pasteurized shelf-stable fruit juices from retail markets. A total of 120 samples of fruit juices sold in various retail markets were examined for their bacteriological quality. The ph of the tested juices was 2.4-4.8. Bacteria were isolated from 60 samples (50%) and fungi from 88 samples (73%). Escherichia coli O157:H7 was detected in four of the analyzed samples (3.34%), and Staphylococcus aureus was detected in four different cases (3.34%). In 11 samples (9.1%), the total number of microorganisms detected was as high as 125 colony-forming units (cfu). Acidophilic bacteria were isolated from 15 samples (12.5%) and acidophilic fungi from 6 other samples (5%). Blastomyces was detected in 77 samples (64.17%). All samples were negative for Lactobacillus, Clostridium perfrigens, Salmonella spp., Bacillus cereus, total coliforms, Escherichia coli, and Listeria monocytogenes. Many of the microorganisms detected may cause disease in humans; thus, a number of the tested samples did not meet the Greek guidelines for the microbiological quality of juices. Use of a Hazard Analysis Critical Control Point (HACCP) system should be generally introduced into the food industry sector to improve the quality of fruit juices, as well as other manufactured foods. Θεματολογία: Υγιεινή- Μικροβιολογία Τροφίμων Μεθοδολογία: Καλλιεργητικές-Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 1.633 34. M. Kanieff, G.Rago, G.Minelli, T.Lamagni, O.Sadicova, J Šelb, A.Vantarakis, S Conti, The potential for a concerted system for the rapid monitoring of excess mortality throughout Europe, Eurosurveillance, Volume 15, Issue 43, 28/10/2010 We present the results of a survey conducted in the context of the project European Monitoring of Excess Mortality for Public Health Action (EuroMOMO), which is being conducted to develop a routine public health mortality monitoring system for the timely detection of excess deaths related to public health threats in Europe. The survey was conducted in 32 European countries using two questionnaires on: i) the existing and planned mortality monitoring systems, and ii) the routine collection of mortality data. Nine existing mortality monitoring systems were identified in seven countries (Belgium, Germany, France (two systems), Italy (two systems), Portugal, Spain, and Switzerland), as well as several systems that were in a pilot or planning state. Each system is described in detail. The results will be used for the subsequent phases of EuroMOMO, in particular for identifying the minimum requirements for the planned European system and for selecting countries to be included in the project s pilot phase. 16
Θεματολογία: Υγιεινή- Επιδημιολογία Μεθοδολογία: Συγχρονικές-Αναδρομικές μελέτες Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): - 33.P.Kokkinos, P.Ziros, S.Filippidou, I.Mpampounakis and A.Vantarakis, Molecular characterization of hepatitis A virus isolates from environmental and clinical samples in Greece Virology, 2010, 7: 235 Hepatitis A virus (HAV) strains detected in environmental and clinical samples were analysed to characterize the genotypes of HAV circulating in Greece. Fifty (50) sewage samples were collected from Patras (South-Western Greece) and Alexandroupolis (North-Eastern Greece) from 2007 until 2009, accordingly. The clinical samples derived from a HAV outbreak involved populations from three neighbouring prefectures of North-Eastern Greece (Xanthi, Rodopi, and Evros). HAV particles were detected by nested RT PCR, using a previously validated set of primers to amplify a 290-bp fragment encompassing the 5 -NTR. Positive HAV samples were confirmed by sequencing of the PCR product. To determine the relatedness between the different isolated sequences, a phylogenetic tree was constructed. Results showed a 100% prevalence of genotype I, and particularly subgenotype IA. The analyzed HAV strains were closely related between them with the percentage of nucleotide identity ranging between 96% and 100%. The study revealed the major prevalence of circulating strains of IA genotype in Greece and underlined the usefulness of molecular methods for the detection and typing of viruses in both environmental and clinical samples. The present study is, to our knowledge, the first one in Greece, depicting the simultaneous molecular characterization of HAV strains isolated from both clinical and environmental samples. Θεματολογία: Υγιεινή- Μικροβιολογία Περιβάλλοντος Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 3.042 32. A.Papachatzopoulou, A.Kourakli, E.F.Stavrou, E.Fragou, A.Vantarakis, G.P.Patrinos, A.Athanassiadou Region-specific genetic heterogeneity of HBB mutation distribution in South- Western Greece 2010, Haemoglobin 34 (4), pp. 333-342 β-thalassemia is caused by reduced or absent synthesis of β-globin chains resulting in globin chains imbalance, haemolysis and impaired erythropoiesis. It is the commonest single gene defect disease in Greece, with heterozygote rate reaching, on average, 8% in the general population. Although the HBB gene mutation frequencies are well characterized for the Greek population, little is known on their regional distribution in various parts of the country. Here, we performed molecular analysis of 199 unrelated, transfusion-dependent β-thalassemia and compound β- thalassemia/sickle cell anemia patients, of which 157 originating from three prefectures of South-Western Greece, namely Achaia, Ilia and Etoloakarnania were statistically analyzed. Our results indicate that the frequency of specific HBB gene mutations, namely the HBB:c.118C>T, HBB:c.92+6T>C and HBB:c.20A>T, present distinct distribution patterns in the Achaia and Ilia prefectures (p<0.001, p<0,003 and p<0.002, respectively). This detailed analysis of the distribution of the HBB gene mutations is useful for genetic counseling in the region and illustrates that the identification of the HBB gene mutation spectrum in this region is necessary for population carrier screening and for efficient provision of prenatal diagnosis. Θεματολογία: Υγιεινή- Επιδημιολογία Μεθοδολογία: Επιδημιολογία-Στατιστική ανάλυση-χρήση GIS Αναφορές: ISI: 2 Scopus : 2 Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 2.2 31. Lees.D.N. and CEN WG6 TAG4 group (Apostolos Vantarakis, Member of CENWG6 TAG4). International Standardisation of a Method for Detection of Human Pathogenic Viruses in Molluscan Shellfish. Food and Environmental Virology: Vol.2, Issue 3 (2010), P.146. The viruses primarily associated with shellfish-borne illness are norovirus, causing gastroenteritis and hepatitis A virus (HAV). Recent years have seen a proliferation of publications on methods for detection of these viruses in shellfish using polymerase chain reaction (PCR). However, currently no standard harmonized procedures have been published. Standardisation is necessary before virus methods can be considered for adoption within a regulatory framework. A European standardization working group is developing a two-part (quantitative and qualitative) standard method for virus detection in foodstuffs, including shellfish, which has the potential to be incorporated into EU legislation as a reference method. This article describes the development of the standard method and outlines the key methodology principles adopted, the controls and other quality assurance measures supporting the method and future necessary developments in the area. Θεματολογία: Μεθοδολογία: Υγιεινή- Μικροβιολογία Περιβάλλοντος Μοριακές τεχνικές 17
Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): - 30. Kokkinos P., S. Filippidou, K.Karlou and A.Vantarakis. 2010. Molecular typing of enteroviruses, adenoviruses and hepatitis A viruses in untreated and treated sewage of a biological treatment plant in Greece, Food and Environmental Virology,Vol.2 (2):89 The sewage treatment plant effluents may contain infectious human viruses representing a major public health issue. In the present study, a six months survey was conducted in order to evaluate the presence of enteroviruses (EV), adenoviruses (AdV), and hepatitis A viruses (HAV) in raw and treated sewage samples collected from a primary treatment wastewater plant, located at Alexandroupoli, in the North-Eastern Greece. Reverse transcriptasepolymerase chain reaction (RT-PCR) and nested polymerase chain reaction techniques have been applied for viral nucleic acid detection. Positive samples were confirmed by sequencing, and comparative phylogenetic analysis was performed on the isolated viral strains. EVs, AdVs, and HAV have been detected in 40% (10/25), 40% (10/25), 4% (1/25) of the samples collected from the inlet, and in 12% (3/25), 44% (11/25), 0% (0/25) of the samples collected from the outlet. Adenovirus types 3 (Ad3), 10 (Ad10) and 41 (Ad41), and hepatitis A virus type H2 have been recognized, while for enteroviruses Coxsackie type A2 and Echovirus types 27 and 30 have been recorded. The results reveal that treated sewage may still contain human viruses and thereby represent a potential health hazard. Moreover, this study shows the usefulness of molecular methods for virus detection, typing and virological quality analysis of sewage treatment plants. Θεματολογία: Υγιεινή- Μικροβιολογία Περιβάλλοντος Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): - 29. Mazick A, Gergonne B, Wuillaume F, Danis K, Vantarakis A, Uphoff H, Spiteri G, van 't Klooster T, Junker C, Holmberg M, Molbak K. Higher all-cause mortality in children during autumn 2009 compared with the three previous years: pooled results from eight European countries.eurosurveillance 2010 Feb 4;15(5). pii: 19480. The paper describes weekly fluctuations of all-cause mortality observed in eight European countries during the period between week 27 and 51, 2009, in comparison with three previous years. Our preliminary data show that the mortality reported during the 2009 influenza pandemic did not reach levels normally seen during seasonal influenza epidemics. However, there was a cumulative excess mortality of 77 cases (1 per 100,000 population) in 5-14-year-olds, and possibly also among 0-4 year-olds. Θεματολογία: Υγιεινή-Επιδημιολογία Μεθοδολογία: Στατιστική ανάλυση-αναδρομικές επιδημιολογικές μελέτες Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): - 28. Mavridou A., E. Smeti, G. Mandilara, P. Boufa, M. Vagiona-Arvanitidou, A. Vantarakis, G.Vassilantonopoulou, O. Pappa, V. Roussia, A. Tzouanopoulos, M. Livadara, I Aisopou, V. Maraka, E. Nikolaou. «Equivalency testing of Lactose TTC agar (ISO9308-1:2000) with 5 culture media for the detection of E. coli in water samples in Greece», Water Science and Technology, Water Sci. Technol. 2010; 61(1):67-76. In this study ten laboratories in Greece compared the performance of reference method TTC Tergitol 7 Agar (with the additional test of beta-glucuronidase production) with five alternative methods, to detect E. coli in water, in line with European Water Directive recommendations. The samples were prepared by spiking drinking water with sewage effluent following a standard protocol. Chlorinated and non-chlorinated samples were used. The statistical analysis was based on the mean relative difference of confirmed counts and was performed in line with ISO 17994. The results showed that in total, three of the alternative methods (Chromocult Coliform agar, Membrane Lauryl Sulfate agar and Trypton Bilex-glucuronidase medium) were not different from TTC Tergitol 7 agar (TTC Tergitol 7 agar vs Chromocult Coliform agar, 294 samples, mean RD% 5.55; vs MLSA, 302 samples, mean RD% 1; vs TBX, 297 samples, mean RD% -2.78). The other two alternative methods (Membrane Faecal coliform medium and Colilert 18/ Quantitray) gave significantly higher counts than TTC Tergitol 7 agar (TTC Tergitol 7 agar vs MFc, 303 samples, mean RD% 8.81; vs Colilert-18/Quantitray, 76 samples, mean RD% 18.91). In other words, the alternative methods generated performance that was as reliable as, or even better than, the reference method. This study will help laboratories in Greece overcome culture and counting problems deriving from the EU reference method for E. coli counts in water samples. Θεματολογία: Υγιεινή-Μοριακή Περιβαλλοντική Μικροβιολογία Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : 1 Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 1.094 18
27. Vantarakis A, Nearxou A, Pagonidis D, Melegos F, Seretidis J, Kokkinos P, Zarkadis I, Parasidis T, Alamanos Y. An outbreak of hepatitis A in Roma populations living in three prefectures in Greece. Epidemiol Infect. 2010:138(7):1025-1031. An outbreak of hepatitis A virus (HAV) infection affected Roma populations living in three prefectures of northeastern Greece. Between July and November 2007, 124 cases were reported. We carried out investigations to characterize the pathogen, to identify the source of infection and the route of transmission. Using the RT-PCR technique, HAV strains of the same genotype were detected in all sera from a subset of patients with acute disease. These showed more than 99.8% identity, suggesting a common source. A questionnaire was also completed to collect clinical and epidemiological information. The outbreak affected mainly Roma children aged <10 years. An inspection of Roma settlements showed that poor sanitary conditions were associated with the HAV outbreak. Θεματολογία: Υγιεινή-Επιδημιολογία Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές-συγχρονική Μελέτη Αναφορές: ISI: - Scopus : 1 Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 2.365 26. Mpountoukas P., A. Vantarakis, E. Sivridis and T. Lialiaris. «Cytogenetic study in cultured human lymphocytes treated with three commonly used preservatives», Food Chem Toxicol. 2008 Jul;46(7):2390-3. Potassium sorbate, sodium benzoate and potassium nitrate have been tested for their genotoxic, cytostatic and cytotoxic potential in human peripheral blood cells in vitro. Potassium nitrate has shown no activity in the test system. When potassium sorbate and sodium benzoate were used at concentrations of 2.0, 0.2 and 0.02 mm no cytostatic activity was detected. However, concentrations of 4 and 8 mm have shown a weak cytostaticity. Additionally, a genotoxic activity using the SCE methodology has been observed at 8 mm of sodium benzoate and at 4 and 8 mm of potassium sorbate. No cytotoxic activity has been induced by the three preservatives. Data demonstrate that the preservatives at low concentrations can be considered as non genotoxic under conditions tested. Θεματολογία: Υγιεινή τροφίμων-εκτίμηση κινδύνου Μεθοδολογία: Μοριακές και κυτταρογενετικές αναλύσεις Αναφορές: ISI: 15 Scopus : 15 Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 2.114 25.T.Parasidis, E. Vorou, Mellou, G. Theodoropoulou-Rodiou, G. Katsantridou, G. Stamatopoulou, A.Vantarakis Outbreak of Gastroenteritis Occurred in North-Eastern Greece Associated with Several Waterborne Strains of Noroviruses. International Journal of Infectious Diseases 2008, 12: E104-E105 Background: Noroviruses (NLVs) are recognized as a worldwide cause of nonbacterial gastroenteritis. In Europe,a study on viral gastroenteritis showed that NLVs are responsible for >85% of all non bacterial outbreaks of gastroenteritisreported from 1995 2000. NLVs can be classified into 5 genogroups, GI - V. The present study focused on reported increase of gastroenteritis cases during May, June, July and August 2006 in a prefecture of NE Greece. An epidemiologica study was performed to study the cause of epidemics. Method: Laboratory investigation. Fecal samples from patients with gastroenteritis who visited the hospital with characteristic symptoms of acute gastroenteritis (diarrhea, vomiting, nausea, fever) were received for further bacteriological analysis (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Enteropathogenic E. coli O157:H7, Yersinia), parasitologic (including Cryptosporidium) and virological analysis (Rota-viruses, Adenoviruses and Noroviruses). For the bacteriological and parasitological analysis standard culture techniques were performed. For the detection of the presence of Noro-viruses (genotypes I and II) nested RT-PCR was used. Positive samples were confirmed by sequencing. In parallel, water samples were analyzed. Outbreak investigation: A questionnaire was developed to gather information on patient s gender, age, symptoms, dates of onset symptoms, laboratory tests and hospitalization for the performance of epidemiological analysis. Results: Of the patients, 92% had diarrhea, 48% vomiting, 40% nausea and 50% fever. 50% of the patients was hospitalized in pathology and paediatrician unit of general Hospital for 1 or 2 days. From 98 fecal samples analyzed in six, S. typhimurium was detected, in two 2, S. enteritidis, in four,c. jejuni, in one rota-viruses. In eight Noro-viruses type 1 and in 25 Noro-viruses type 2 were detected. 38% of the cases were from Xanthi city with wide presence. 39.7% of the patients were under 4 years old, 32,3% was from 5 up to 24 years old, 11,3% was from 25 up to 44 years old, 8,1% was between 45 and 64 years old, 8,5% was > to 65 years old. Water analysis although showed E.coli contamination,no noroviruses was detected. Conclusions: During epidemiological investigation of the increased number of cases, all criteria for Noro epidemics, were confirmed. Θεματολογία: Μεθοδολογία: Υγιεινή-Μοριακή Περιβαλλοντική Μικροβιολογία Μοριακές τεχνικές 19
Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 2.167 24. Filipidou, A,Parasidis, T,Alexandropoulou, I,Stavrou, E,Karlou, K, Vantarakis, A. Detection of Infectious Pathogenic Viruses in Untreated and Treated Wastewater Samples from an Urbanised Area. International Journal of Infectious Diseases 2008, 12: E104-E104 Background: Processed sewage waste often contain residual pathogenic viruses, bacteria, cysts of protozoa but most sewage-related disease outbreaks have been attributed to re-use of raw sewage waste water, raw sludge, or night soils on food crops consumed raw, to contamination of drinking water from septic tanks, to consumption of raw shellfish from sewage-polluted waters or to use of contaminated recreational water. Regardless of the improvement in sanitary conditions in urbanised areas, infectious diseases caused by pathogenic viruses in water have been reported from year to year. In this study, infectious enteroviruses, adenoviruses and HAV in untreated and treated wastewater samples from an urbanised area were investigated. Methods: Fifty treated and untreated sewage samples were collected weekly for six months from the inlet and outlet of a major urban sewage treatment plant and investigated for the presence of enteroviruses, adenoviruses and Hepatitis A viruses. For the detection of these viruses, RTPCR and nested PCR were used. Positive PCR products were sequenced in order to identify the virus types circulating in the community. Results: Fifty samples of untreated and treated sewage samples were processed. All types of viruses were detected in inlet and outlet samples. Pathogenic viruses were detected in 60% of the raw sewage samples and in 52% of the treated wastewater. Enteroviruses, adenoviruses and HAV were detected in ten, ten and one sample from the inlet wastewater accordingly. In outlet treated wastewater, eleven samples were found positive for adenoviruses and three samples were found positive for enteroviruses. Also, in one case, there was no detection of virus in the inlet but there was detection in the outlet sample. Adenoviruses type 3, type 10 and type 41 were identified. For enteroviruses, coxsackie A2, echovirus type 27 and 30 were detected. For HAV, strain H2 was isolated. Conclusion: It was the first time to screen the virological quality of the treated wastewater in Greece. The presence of high amount of pathogenic viruses in sewage and their possible survival after the sewage treatment is a possible problem for public health. Θεματολογία: Υγιεινή-Μοριακή Περιβαλλοντική Μικροβιολογία Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: - Scopus : - Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 2.167 23. Nikolaidis C., P.Mandalos and A.Vantarakis «Impact of intensive agricultural practices on drinking water quality in Evros Region (NE GREECE) by GIS analysis». Environ. Monitor. Assess. 2008 Aug:143(1-3):43-50. Chemical fertilizers are used extensively in modern agriculture, in order to improve yield and productivity of agricultural products. However, nutrient leaching from agricultural soil into groundwater resources poses a major environmental and public health concern. The Evros region is one of the largest agricultural areas in Northern Greece, extending over 1.5 million acres of cultivated land. Many of its drinking water resources are of groundwater origin and lie directly inside agricultural territories. In order to assess the impact of agricultural fertilizers on drinking water quality in this region, tap-water samples from 64 different locations were collected and analyzed for the presence of nitrates (NO - 3 ), nitrites (NO - 2 ), ammonium (NH + 4 ), sulfate (SO -2 4 ) and phosphate (PO -3 4 ). These chemicals were selected based on the information that ammonium nitrate, ammonium sulfate and inorganic phosphate were the primary fertilizers used in local crop production. NO - 3, SO -2 4 and PO -3 4 levels exceeding accepted values were recorded in 6.25%, 4.70% and - + 9.38% of all sampling points, respectively. NO 2 and NH 4 concentrations, on the other hand, were inside the permitted range. The generated data were introduced into a geographic information system (GIS) program for computer analysis and projection maps representing afflicted areas were created. Our results indicate a profound geographic correlation in the surface distribution of primary contaminants in areas of intensified agricultural production. Thus, drinking water pollution in these areas can be attributed to excessive fertilizer use from agricultural sources. Θεματολογία: Υγιεινή Περιβάλλοντος-Εκτίμηση κινδύνου Μεθοδολογία: Μοριακές τεχνικές Αναφορές: ISI: 2 Scopus : 4 Συντ. απήχησης (Impact Factor 2009): 1.356 22. A.Vantarakis, M. Chondrou, M. Efstratiou, M. Papapetropoulou, Use of an AFLP technique for the discrimination of source (human or animal) of E.coli. International Journal of Antimicrobial Agents, Volume 29, Pages S338 - S339 Objectives: The development and evaluation of a molecular method Amplified Fragment Length Polymorphism technique to fingerprint and differentiate the source of E. coli was the original scope of this study. Methods: 50 samples of human and 50 samples of animal E. coli were used for the development of the method. The method for the AFLP was adapted by Gibson et al. (1998) with minor modifications. DNA extraction of the E. coli 20