ΣΟΜΕΑ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ Νερά, Σρόφιμα, Περιβαλλοντικά δείγματα ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕ ΤΠΗΡΕΙΕ Π.Ε.Δ.Τ. ΚΡΗΣΗ Είδοσ Δείγματοσ Εξεταηόμενθ παράμετροσ Μζκοδοσ Πρότυπο 1. Νερά ανκρϊπινθσ κατανάλωςθσ, φυςικά μεταλλικά νερά, επιφανειακά νερά, νερά κολυμβθτικϊν δεξαμενϊν και νερά αναψυχισ 2. Νερά ανκρϊπινθσ κατανάλωςθσ, φυςικά μεταλλικά νερά, επιφανειακά νερά, καλαςςινά νερά, νερά κολυμβθτικϊν δεξαμενϊν και νερά αναψυχισ 3. Νερά ανκρϊπινθσ κατανάλωςθσ και επιφανειακά νερά που προορίηονται για ανκρϊπινθ κατανάλωςθ 4. Νερά ανκρϊπινθσ κατανάλωςθσ, νερά κολυμβθτικϊν δεξαμενϊν, νερά αναψυχισ και άλλα είδθ νερϊν 5. Νερό αιμοδιάλυςθσ και ςχετικϊν κεραπειϊν 6. Τγρό αιμοδιάλυςθσ και ςχετικϊν κεραπειϊν 7. Σρόφιμα 1. Καταμζτρθςθ καλλιεργιςιμων μικροοργανιςμών-μζτρθςθ αποικιών με εμβολιαςμό ςε κρεπτικό υλικό agar ςτουσ 22 2 ο C και ςτουσ 36 2 ο C 2. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ Pseudomonas aeruginosa 1. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ κολοβακτθριοειδών και E. coli 2. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ εντεροκόκκων εντερικισ προζλευςθσ Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ Clostridium perfringens ςυμπεριλαμβανομζνων των ςπορίων 1. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ των spp. 2. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ των spp. - Μζροσ 2: για νερά με χαμθλζσ βακτθριακζσ μετριςεισ Καταμζτρθςθ καλλιεργιςιμων μικροοργανιςμών Καταμζτρθςθ καλλιεργιςιμων μικροοργανιςμών Ενςωμάτωςθσ ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 6222:2000 Μζκοδοσ άμεςθσ διικθςθσ δια μεμβράνθσ ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 16266:2009 ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 9308.01: 2001(technical corrigentum 1:2007) ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 7899.02: 2001 Παράρτθμα ΙΙΙ τθσ ΚΤΑ Τ2/2600/2001 όπωσ τροποποιικθκε και ιςχφει ISO 11731:1998 ISO 11731-2: 2004 1 Ενςωμάτωςθσ ISO 13959:2009 Ενςωμάτωςθσ και 1. Ανίχνευςθ Salmonella spp. Προεμπλουτιςμοφ 2. Ανίχνευςθ και απαρίκμθςθ τθσ Listeria monocytogenes 3. Καταμζτρθςθ ολικών κολοβακτθριοειδών και B- glucuronidase E coli με χρωμογόνα μζςα 4. Καταμζτρθςθ ταφυλοκόκκων κετικών ςτθν κοαγκουλάςθ (χρυςίηων ςταφυλόκοκκοσ και άλλα είδθ) 5. Ανίχνευςθ Campylobacter spp. 6. Καταμζτρθςθ κειαναγωγικών κλωςτθριδίων 7. Enterobacter sakazakii απομόνωςθ καταμζτρθςθ Προεμπλουτιςμοφ Καταμζτρθςθ απομόνωςθ ςε ειδικά κρεπτικά Επίςτρωςθσ Προεμπλουτιςμοί και καλλιζργεια ςε ειδικά κρεπτικά ςτερεά Καταμζτρθςθ απομόνωςθ ςε ειδικά κρεπτικά Καταμζτρθςθ απομόνωςθ ςε ειδικά κρεπτικά ISO 11663:2009 ΕΛΟΣ ΕΝ 6579: 2003 ELISA/vidas ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 11290.01: 1997/Amd1:2004, ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 11290.02: 1999/Amd1:2004 ELISA/vidas ISO 4832: 2006, ISO 16140: 2003/Amd1 (ζναντι του ISO 16649-2: 2001) ΕΛΟΣ ΕΝ ISO 6888.01: 1999/ Αmd1:2004 ISO 17995:2005 ISO 7937:2004 ISO/TS/22964 IDF RM 210.2006
Είδοσ Δείγματοσ Εξεταηόμενθ παράμετροσ Μζκοδοσ Πρότυπο 8. Λφματα 9. Περιβαλλοντικά και κλινικά δείγματα 1. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ E.coli 2. Ανίχνευςθ και καταμζτρθςθ εντεροκόκκων εντερικισ προζλευςθσ Σαυτοποίθςθ μικροοργανιςμών Φαςματομετρία μάηασ, Real Time PCR ΕΛΟΣ EN ISO 9308-1:2001 ΕΛΟΣ EN ISO 7899-2:2001 Εςωτερικι μζκοδοσ Εργαςτθρίου βαςιςμζνθ ςτον Καταςκευαςτι Biotyper Microflex LT 2
ΤΟΜΕΑΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Ανθρώπινα δείγματα Πακογόνο Είδοσ εξζταςθσ Μζκοδοσ Είδοσ δείγματοσ Αναπλάςματα phagocytophilum Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA αίμα, μυελόσ οςτών phagocytophilum Καλλιζργεια κυτταροκαλλιζργεια αίμα, μυελόσ οςτών phagocytophilum Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, μυελόσ οςτών phagocytophilum spp Συποποίθςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, μυελόσ οςτών spp Καλλιζργεια κυτταροκαλλιζργεια αίμα, μυελόσ οςτών spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, μυελόσ οςτών spp Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, μυελόσ οςτών Μπαμπζςιεσ Babesia spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR αίμα Babesia spp Συποποίθςθ PCR, αίμα Μπαρτονζλλεσ alsatica Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό alsatica Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό alsatica Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό alsatica Παραγωγι αντιγόνου Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό Παραγωγι αντιγόνου henselae Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό henselae Παραγωγι αντιγόνου henselae henselae Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό henselae Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό henselae Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό quintana Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό quintana quintana Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό quintana Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό quintana Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, λεμφαδζνασ, ιςτόσ, δερματικό υλικό quintana Παραγωγι αντιγόνου Μπορζλλιεσ Borrelia burgdorferi ELISA Borrelia burgdorferi western blot Borrelia spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, δερματικό υλικό Borrelia spp Συποποίθςθ PCR, Real-time PCR, αίμα, δερματικό υλικό 3
Πακογόνο Είδοσ εξζταςθσ Μζκοδοσ Είδοσ δείγματοσ Brucella abortus Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella abortus Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella abortus Συποποίθςθ PCR, αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella abortus Παραγωγι αντιγόνου Brucella abortus MIC ςε τρυβλίο Brucella melitensis Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella melitensis Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella melitensis Συποποίθςθ PCR, αίμα, δείγμα ιςτοφ Rose-Bengal, SAT, DTT, Coombs, Brucella spp. Brucella Capt Brucella spp. ELISA (IgM,IgG, IgA) Brucella spp. ςφνδεςθ ςυμπλθρώματοσ (CF) ΑΝΆΣΡΟΦΗ Brucella spp. ΑΝΟΟΗΛΕΚΣΡΟΦΟΡΗΗ (CIEP) Brucella spp. ΑΝΟΟΔΙΑΧΤΗ Ε ΑΓΑΡ (ID) Brucella spp. Ακτινωτι ανοςοδιάχυςθ (RID) Brucella suis Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella suis Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, δείγμα ιςτοφ Brucella suis Συποποίθςθ PCR, αίμα, δείγμα ιςτοφ Χλαμφδια Chlamydia pneumoniae Chlamydia trachomatis Chlamydophilla psittaci Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR πτφελα, φαρυγγικό επίχριςμα, βρογχικό ζκπλυμα Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR ουρθκρικό ζκκριμα, κολπικό επίχριςμα, τραχθλικό Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR πτφελα, φαρυγγικό επίχριςμα, βρογχικό ζκπλυμα Καλλιζργεια Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR, nested PCR Συποποίθςθ PCR-MLVA, φάςθ I φάςθ II/Ι Εντερόκοκκοι Παραγωγι αντιγόνου κυτταροκαλλιζργεια/renographin gradient MIC ςε κυτταροκαλλιζργεια Enterococcus spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Κόπρανα Enterococcus spp Συποποίθςθ Κόπρανα Enterococcus spp MIC ςε τρυβλίο Escherichia coli Escherichia coli Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Κόπρανα Escherichia coli Συποποίθςθ Κόπρανα Φρανςιςζλλεσ Fransicella spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, δερματικό υλικό 4
Πακογόνο Είδοσ εξζταςθσ Μζκοδοσ Είδοσ δείγματοσ Fransicella spp Συποποίθςθ PCR, αίμα, δερματικό υλικό Λεγιωνζλλεσ spp spp Καλλιζργεια Καλλιζργεια ςε τρυβλία spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR spp Συποποίθςθ Οροτυποποίθςθ Σαυτοποίθςθ ορότυπου Παραγωγι αντιγόνου Καλλιζργεια Γονοτυπικι ανίχνευςθ Συποποίθςθ Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA MIC ςε τρυβλίο Καλλιζργεια ςε τρυβλία PCR, Real-Time PCR spp MIC ςε τρυβλίο Λεϊςμάνιεσ Leishmania infantum Leismania spp Καλλιζργεια κυτταροκαλλιζργεια αίμα, μυελόσ οςτών Leismania spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, μυελόσ οςτών Leismania spp Συποποίθςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, μυελόσ οςτών Leismania spp MIC ςε κυτταροκαλλιζργεια Leismania spp Παραγωγι αντιγόνου Λεπτόςπειρεσ Leptospira interrogans Leptospira interrogans Haemaglutination Leptospira ELISA interrogans Leptospira spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-time PCR αίμα, οφρα Leptospira spp Συποποίθςθ PCR, nested PCR αίμα, οφρα Λιςτζριεσ Listeria monocytogenes Listeria monocytogenes Μυκοπλάςματα Mycoplasma hominis Mycoplasma pneumoniae Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Κόπρανα Συποποίθςθ PCR, PFGE, ριβοτυπία, Κόπρανα Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR ουρθκρικό ζκκριμα, ςπζρμα Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR πτφελα, φαρυγγικό επίχριςμα, βρογχικό ζκπλυμα Mycoplasma spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR πτφελα, φαρυγγικό/τραχθλικό/κολπικό/βρογχικό/ουρθκρικό επίχριςμα 5
Πακογόνο Είδοσ εξζταςθσ Μζκοδοσ Είδοσ δείγματοσ Ρικζτςιεσ Rickettsia conorii Rickettsia conorii Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia conorii Καλλιζργεια αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia conorii Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia conorii Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia conorii Παραγωγι αντιγόνου κυτταροκαλλιζργεια/renographin gradient Rickettsia conorii MIC ςε κυτταροκαλλιζργεια Rickettsia typhi Rickettsia typhi Άμεςοσ ανοςοφκοριςμόσ DFA αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia typhi Καλλιζργεια αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia typhi Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia typhi Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia typhi Παραγωγι αντιγόνου κυτταροκαλλιζργεια/renographin gradient Rickettsia typhi MIC ςε κυτταροκαλλιζργεια Rickettsia felis Rickettsia mongolotimonae Rickettsia slovaca Rickettsia spp Καλλιζργεια αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR, Real-Time PCR αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό Rickettsia spp Συποποίθςθ PCR-RFLP, αίμα, δερματικό υλικό, περικαρδιακό υγρό αλμονζλλεσ Salmonella spp Οροτυποποίθςθ Σαυτοποίθςθ ορότυπου Salmonella spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Κόπρανα Salmonella spp Συποποίθςθ Κόπρανα STDs sexually transmitted Γονοτυπικι ανίχνευςθ πολλαπλό PCR ουρθκρικό ζκκριμα, κολπικό επίχριςμα, τραχθλικό pathogens ταφυλόκοκκοι Staphylococcus spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Αίμα, πφον Staphylococcus spp Συποποίθςθ Αίμα, πφον Staphylococcus spp MIC ςε τρυβλίο τρεπτόκοκκοι Streptococcus spp Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR Αίμα, πφον Streptococcus spp Συποποίθςθ Αίμα, πφον Tropheryma whipplei Tropheryma whipplei Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR αίμα, δωδεκαδακτυλικό υγρό, εντερικό υγρό, ΕΝΤ Tropheryma whipplei Συποποίθςθ PCR, αίμα, δωδεκαδακτυλικό υγρό, εντερικό υγρό, ΕΝΤ 6
Παθογόνο Είδοσ εξζταςθσ Μζκοδοσ Είδοσ δείγματοσ Ουρεάπλαςμα Ureaplasma urealyticum Γονοτυπικι ανίχνευςθ PCR ουρθκρικό ζκκριμα, κολπικό επίχριςμα, τραχθλικό Ιοί Ιοί Γονοτυπικι ανίχνευςθ Real-Time PCR Ιόσ Δυτικοφ Νείλου ELISA Ελονοςία Plasmodium Γονοτυπικι ανίχνευςθ Real-Time PCR αίμα falciparum Plasmodium vivax Γονοτυπικι ανίχνευςθ Real-Time PCR αίμα Plasmodium Γονοτυπικι ανίχνευςθ Real-Time PCR αίμα malariae Plasmodium ovale Γονοτυπικι ανίχνευςθ Real-Time PCR αίμα 7