ΔΗΜΟΕΡΕΥΝΑ-06: Ανάπτυξη Υπολογιστικών Εργαλείων για την Προσομο ίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε Υδατικό Διάλυμα Μεταξία Βλάση Ινστιτούτο Βιολογίας Συνεργασία: Ι. Οικονόμου, ΙΦΧ
Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής Hμερίδα: «Αποτελέσματα Δημοέρευνας», ΕΚΕΦΕ «Δ», 1/12/2009
Η πρωτεϊνη Ssn6: 10 TPR επαναλήψεις Sc3T (TPR1-3): περιοχή αλληλεπίδρασης με την Tup1 Η δομική ακεραιότητα του TPR1 είναι αναγκαία για την αλληλεπίδραση της Ssn6 με την Tup1 Gounalaki N, Tzamarias D, Vlassi M. (2000). FEBS Lett. 473(1):37-41
Η πρωτεϊνη Ssn6 TPR επαναλήψεις DATLQFN AYDATLQ Απουσία της Tup1, τo TPR1 δεν είναι πλήρως δομημένο (δομικά ευκίνητο)
Στόχος της εργασίας: Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής της Sc3T σε νερό με χρήση διαφόρων παραμέτρων Αξιολόγηση της αξιοπιστίας των προσομοιώσεων
Ανάπτυξη Υπολογιστικού Εργαλείου για την Προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών σε νερό (τροποποιημένο μοντέλο νερού)
Gromita Perl-Tk Cross platform Λειτουργεί σε παραθυρικό περιβάλλον Λειτουργεί σε διάφορα τύπου Unix λειτουργικά συστήματα
Προσομοιώσεις ΜΔ με χρήση του προγράμματος ΜΟΕ και explicit water (spc model) 2ns at 300K
Ανάλυση προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής Πρωτεϊνών Ανάπτυξη πακέτου Προγραμμάτων ΗelixMD: Παρακολούθηση της α-ελικοειδούς δομής πρωτεϊνών κατά τη διάρκεια προσομοιώσεων ΜΔ
ΗelixMD output: RName RNumber a-helix no-helix %helical SER 1 THR 2 741 259 74.1 ALA 3 556 444 55.6 GLU 4 752 248 75.2 THR 5 820 180 82 TRP 6 834 166 83.4 LEU 7 926 74 92.6 SER 8 878 122 87.8 ILE 9 584 416 58.4 ALA 10 867 133 86.7 SER 11 474 526 47.4 LEU 12 158 842 15.8 ALA 13 733 267 73.3 GLU 14 240 760 24 THR 15 931 69 93.1 LEU 16 965 35 96.5
Ανάλυση ΜΟΕ Προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος HelixMD Palaiomylitou, M., Tartas, A, Vlachakis, D., Tzamarias, D. and Vlassi, M. (2008) Proteins: Structure, Function & Bioinformatics 70(1), 72-82
Προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος Gromita (modified water model)
2 ns
Αξιολόγηση της Προσομοίωσης Μοριακής Δυναμικής της Sc3T με χρήση του προγράμματος Gromita (modified water model)
http://bio.demokritos.gr/gromita Sellis, D., Vlachakis, D. and Vlassi, M. (2009) Bioinformatics & Biology Insights 2009:3, 99-102.
Δημοσιεύσεις Palaiomylitou, M., Tartas, A, Vlachakis, D., Tzamarias, D., Vlassi, M. (2008) Investigating the structural stability of the Tup1 interaction domain of Ssn6: Evidence for a conformational change in the complex Proteins: Structure, Function & Bioinformatics 70(1), 72-82 Sellis, D., Vlachakis, D., Vlassi, M. (2009) Gromita: A fully integrated graphical user interface to Gromacs 4. Bioinformatics & Biology Insights 2009:3, 99-102. Vlachakis, D., A. Tartas, M. Vlassi (2007) Using molecular dynamics simulations to investigate the structural stability of a repeat containing protein. FEBS Journal 274:S1 2007, F1-203 (Proceedings of the 32nd FEBS (Federation of European Biochemical Societies) Congress, Molecular Machines, Vienna, Austria, July 7-12, 2007) Βλαχάκης, Δ., Σελλής, Δ., Τάρτας, Α., Νικολόπουλος, Γ., Οικονόμου, Ι., Βλάση, Μ. (2008) Αξιολόγηση προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής χρησιμοποιώντας τη γνωστή δομική συμπεριφορά μιας πρωτεϊνης επαναλήψεων 30ο Ετήσιο Επιστημονικό Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών, Θεσσαλονίκη 22-24 Μαϊου 2008. Proceedings p.54 Tartas, A., Vlachakis, D., Vlassi, M. HelixMD: A Suite of Computer Programs for Monitoring Conformational Changes during Molecular Dynamics Simulations. Manuscript in preparation
Ευχαριστίες Ερευνητική ομάδα: Σελλής Διαμαντής, Msc Βλαχάκης Δημήτριος, PhD, Συνεργαζόμενος Ερευνητής ΕΚΕΦΕ «Δ» Τάρτας Αθανάσιος, PhD Νικολόπουλος Γεώργιος, PhD Ιωάννης Χατζής, Δικτυακός Υπεύθυνος ΙΒ Συνεργασία: Ι. Οικονόμου, ΙΦΧ Χρηματοδότηση: ΔΗΜΟΕΡΕΥΝΑ-06