Φυλογένεση. 5o εργαστήριο

Σχετικά έγγραφα
Λίγη εξέλιξη: οµολογία

Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση

Μέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης

Ταξινόµιση οργανισµών

ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ. Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων

Βιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο

Βιοπληροφορική. Ενότητα 16: Μεθοδολογίες (Ανα-) Κατασκευής, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

PSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)

Στοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)

Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)

ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚ Α ΔΕΝΤΡΑ

Βιοπληροφορική. Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο. Γρηγόρης Αµούτζιας

Μοριακή Εξέλιξη και Φυλογένεση

Εφαρµογές της Βιοπληροφορικής στη σύγχρονη Μικροβιολογία & Ιολογία

Λειτουργική γονιδιωµατική. 6ο εργαστήριο

Περιεχόμενα. 1 Η ιστορία της εξελικτικής βιολογίας: Εξέλιξη και Γενετική 2 Η Προέλευση της Μοριακής Βιολογίας 3 Αποδείξεις για την εξέλιξη 89

TreeTOPS. ένα εισαγωγικό παιχνίδι για τα φυλογενετικά δέντρα. Teacher s Guide. ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences

Βιοπληροφορική. Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015

ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 5 η : Φυλογενετική ανάλυση 2. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας

Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Blast

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 9: Φυλογενετική ανάλυση

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ

Μέθοδοι μελέτης εξέλιξης

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων

ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 4 η : Φυλογενετική ανάλυση 1. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1. Η ΠΡΟΕΛΕΥΣΗ ΚΑΙ Η ΕΠΙΔΡΑΣΗ ΤΗΣ ΕΞΕΛΙΚΤΙΚΗΣ ΣΚΕΨΗΣ

LALING/PLALING :

Εισαγωγή στη Γενετική και στη Γονιδιωματική Τι είναι η κληρονομικότητα, και πώς μεταβιβάζεται η πληροφορία από γενιά σε γενιά;

ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών

Δασική Γενετική Εισαγωγή: Βασικές έννοιες

Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική

Τα γεγονότα γονιδιωματικού αναδιπλασιασμού στην εξέλιξη. Whole genome

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

Βαρβάρα Τραχανά Επίκουρος Καθηγήτρια Κυτταρικής Βιολογίας

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις

Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών

Φάσμα group προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι.

DNA στα μιτοχόνδρια και τους χλωροπλάστες (1963)

ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 4 ΜΕΤΑΛΛΑΞΗ-ΜΕΤΑΝΑΣΤΕΥΣΗ

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Κιούπη Βασιλική Βιολόγος. Φύλλο εργασίας "Η εξέλιξη του μαμούθ και των σύγχρονων συγγενών του" Ονοματεπώνυμο:.. Ημερομηνία:.

(Μερος 2 ο ) Εισηγητής: Ν. Πουλακάκης

Πληθυσμιακή και Ποσοτική Γενετική. Εξέλιξη

ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΣΤΟ ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΟ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ. Β2. Σελ 136 σχ. βιβλίου: «Η κλωνοποίηση όμως... συγγενικό είδος ζώου.

Πληθυσμιακή και Εξελικτική Γενετική

Πρόβλημα. Σύνολο γνωστών αλληλουχιών

Κεφάλαιο 6 Φυλογενετική Ανάλυση

Βιολογία Προσανατολισμού Γ Λυκείου. Να επιλέξετε την φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις:

ΑΣΚΗΣΗ 2η Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές βάσεις δεδοµένων

Επιδίωρθωση Βλαβών στο DNA Πεφάνη Δάφνη Επίκουρη καθηγήτρια, Εργαστήριο Βιολογίας

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

Φάσμα. προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι.

ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ

ΑΠΑΝΤΗΣΗ ΤΗΣ ΣΥΝΔΥΑΣΤΙΚΗΣ ΑΣΚΗΣΗΣ

Βιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ 22 ΜΑΪΟΥ 2015 ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ

ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

ΘΕΜΑ Α Να επιλέξετε τη φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις:

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ

αμινοξύ. Η αλλαγή αυτή έχει ελάχιστη επίδραση στη στερεοδιάταξη και τη λειτουργικότητα της πρωτεϊνης. Επιβλαβής

ΕΞΕΛΙΚΤΙΚΗ ΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑ

ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I

Βιολογία ΘΕΜΑ Α ΘΕΜΑ B

ΚΡΙΤΗΡΙΟ ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗΣ ΣΤΗ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΕΞΕΤΑΣΤΕΑ ΥΛΗ: ΚΕΦΑΛΑΙΑ 1, 2, 4, 5

Πληθυσμιακή και Εξελικτική Γενετική

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΓΕΝΙΚΟ ΛΥΚΕΙΟ

ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ IΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ

ΕΙΔΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ

Σύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙΔΕΙΑΣ

ΘΕΩΡΗΤΙΚΟ ΦΡΟΝΤΙΣΤΗΡΙΟ

ΜΑΘΗΜΑ / ΤΑΞΗ : ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΕΙΡΑ: ΘΕΡΙΝΑ ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: 26/01/2014

KΕΦΑΛΑΙΟ 3: Εξέλιξη. Να βάλετε σε κύκλο το γράµµα που αντιστοιχεί στη σωστή απάντηση ή στη φράση που συµπληρώνει σωστά την πρόταση:

Πληθυσμιακή Γενετική

Αιμοσφαιρίνες. Αιμοσφαιρίνη Συμβολισμός Σύσταση A HbA α 2 β 2 F HbF α 2 γ 2 A 2 HbA 2 α 2 δ 2 s. Σύγκριση γονιδιακών και χρωμοσωμικών μεταλλάξεων

Τεχνικές εκτίμησης και μοντελοποίησης απόστασης οργανισμών με βάση δεδομένα σύγκρισης πρωτεϊνών

Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 4. Βασικές αρχές της μοριακής βιολογίας. Ακαδημαϊκές Εκδόσεις 2011 Το κύτταρο-μια Μοριακή Προσέγγιση 1

Κεφάλαιο 5: Μενδελική Κληρονομικότητα

ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ Ο.Ε.Φ.Ε ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ

ΒΙΟΛΟΓΙΑ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ 2007 ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (2/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Εξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά εδομένα

Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Σημειώσεις. Νίκος Τσουκιάς Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ

(Μέρος 1 ο ) Εισηγητής: Ν. Πουλακάκης

ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 6 η : Φυλογενετική ανάλυση 3. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 11: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων part II

Βιολογία. Δ ΚΥΚΛΟΣ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΤΙΚΩΝ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑΤΩΝ ΣΥΓΧΡΟΝΟ Προτεινόμενα Θέματα Γ ΓΕΛ. Μάρτιος προσανατολισμού ΘΕΜΑ Α

Βιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία)

ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ

ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΑΠΟΛΥΤΗΡΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΕΝΙΑΙΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΕΜΠΤΗ 1 ΙΟΥΛΙΟΥ 2004 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ

Ποικιλίες RhD - Σύγχρονη προσέγγιση κατά τις μεταγγίσεις. M. Ξημέρη, ειδικ. Αιματολογίας

ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Στοιχεία της ανθρώπινης Βιολογίας

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)

Transcript:

Φυλογένεση 5o εργαστήριο

Φυλογένεση οργανισµών Δείχνει την εξελικτική πορεία µιας οµάδας οργανισµών. Οι κόµβοι (nodes) στο δένδρο απεικονίζουν γεγονότα ειδογένεσης. H φυλογένεση µπορεί να γίνει από µια σειρά φαινοτυπικών χαρακτήρων Ένα γονίδιο µοριακό δείκτη (π.χ. 16S rrna) Μια σειρά γονιδίων Από την πλειοψηφία των γονιδίων του κάθε γενώµατος

Φυλογένεση οργανισµών Επιλέγουµε/βρίσκουµε το ορθόλογο γονίδιο-δείκτη στους οργανισµούς που µελετάµε και ακολουθεί φυλογένεση Το ποντίκι και ο αρουραίος είχαν λιγότερο χρόνο να εξελιχθούν ξεχωριστά, από ότι ο άνθρωπος σε σχέση µε το ποντίκι ή σε σχέση µε τον αρουραίο. Οι µεταλλάξεις που συσσωρεύτηκαν σε κάθε ορθόλογη ακολουθία πρέπει να είναι ανάλογες του χρόνου απόκλισης των οργανισµών.

Μοριακοί δείκτες για φυλογένεση οργανισµών DNA ή πρωτεΐνη, ανάλογα µε την εξελικτική απόσταση των οργανισµών. Για πολύ κοντινούς οργανισµούς: Περιοχές του DNA που εξελίσονται γρήγορα. Π.χ. Για άτοµα ενός ή περισσότερων πληθυσµών του ίδιου είδους, χρησιµοποιείται mtdna που δεν κωδικοποιεί πρωτεΐνες. Για µέτρια αποκλίνοντες οργανισµούς: rrna ή πρωτεΐνες. Mt-rRNA 10-100 ΜΥ Nuc-rRNA 100-800 MY Για βαθιά αποκλείνοντες οργανισµούς: Βαθιά συντηρηµµένες πρωτεΐνες.

Διαφορετικά γονίδια για διαφορετικά ερωτήµατα Μοριακό χρονόµετρο Μοριακή κλεψύδρα Βαθύτερη ρίζα: 35 mya (µε mtrna) 600 mya (µε πυρηνικό rrna)

Φυλογένεση σπονδυλωτών

Ταξινόµιση οργανισµών Ιεραρχική κατηγοριοποίηση/ οµαδοποίηση οργανισµών. Linnaeus (1707-1778) οµαδοποίησε οργανισµούς µε βάση κοινούς χαρακτήρες. Αργότερα, η ταξινόµιση προσαρµόστηκε στην εξελικτική θεωρία του Δαρβίνου, ώστε να οµαδοποιούνται οι οργανισµοί µε βάση την κοινή τους προέλευση.

NCBI taxonomy

Uniprot taxonomy http://www.uniprot.org/taxonomy/

Tree of life http://tolweb.org/

Timetree

Timetree

Ιστότοποι/ΒΔ για βιοποικιλότητα http://www.timetree.org/resources.php

Φυλογένεση γονιδίων Βρίσκουµε τις οµόλογες ακολουθίες στους οργανισµούς που µας ενδιαφέρουν και ακολουθεί φυλογένεση, για να καταλάβουµε πότε συνέβησαν οι γονιδιακοί διπλασιασµοί, και ποιά οµόλογα είναι πιο κοντινά µεταξύ τους. Πρέπει να γνωρίζουµε τις εξελικτικές σχέσεις των οργανισµών

Φυλογένεση γονιδίων Απώλεια αντίγραφου

Φυλογένεση γονιδίων Δειγµατοληψία ορθόλογων από πιο αποµακρυσµένους οργανισµούς, µέχρι να εντοπιστεί ο χρόνος που συνέβη ο διπλασιασµός. Απολιθώµατα βοηθούν στην χρονολόγιση

Υπολογισµός της απόστασης µεταξύ δύο ακολουθιών Παρατηρούµενη απόσταση: από την στοίχιση, µπορούµε να δούµε σε ποιές θέσεις δεν ταιριάζουν οι χαρακτήρες. Η παρατηρούµενη απόσταση δεν συµπίπτει µε την πραγµατική (εξελικτική) απόσταση, λόγω πολλαπλών αντικαταστάσεων στην ίδια θέση. Όσο µεγαλύτερη η απόσταση, τόσο πιο πολλές αντικαταστάσεις συνέβησαν στην ίδια θέση.

Υπολογισµός της απόστασης µεταξύ δύο ακολουθιών

Διόρθωση της απόστασης µεταξύ 2 ακολουθιών

Μοντέλα αντικατάστασης Στατιστικά µοντέλα που λαµβάνουν υπόψην τις πολλαπλές αντικαταστάσεις (για την ίδια θέση) και διορθώνουν την παρατηρούµενη απόσταση, µετατρέποντας την σε εξελικτική. Αν η απόσταση είναι πολύ µεγάλη, τότε έχει επέλθει κορεσµός και δεν είναι δυνατόν να γίνει σωστή διόρθωση.

Μοντέλο αντικατάστασης Jukes - Cantor Είναι το απλούστερο µοντέλο για ακολουθίες DNA. κάθε νουκλεοτίδιο εµφανίζεται µε την ίδια συχνότητα έχει την ίδια πιθανότητα να µεταλλαχθεί σε ένα από τα υπόλοιπα 3 νουκλεοτίδια

Διόρθωση των παρατηρούµενων αποστάσεων για πρωτεΐνες

Διόρθωση των παρατηρούµενων αποστάσεων για πρωτεΐνες Διόρθωση µε πίνακες αντικατάστασης: PAM JTT (Jones-Taylor-Thornton) Διόρθωση µε αντίστοιχες µεθόδους Jukes-Cantor ή Kimura, προσαρµοσµένες για πρωτεΐνες.

Υπολογίζοντας την απόσταση 2 ακολουθιών πάνω στο δένδρο

Μέθοδοι κατασκευής δένδρων Μέθοδοι αποστάσεων Ένωση γειτόνων (neighbor joining) UPGMA (unweighted pair group method using arithmetic averages) Λιγότερων τετραγώνων (least squares) Ελάχιστης εξέλιξης (minimum evolution)

UPGMA

UPGMA

UPGMA

Άσκηση Δείτε την ταξινόµιση του ανθρώπου (human) και του χιµπατζή (chimpanzee) στο NCBI taxonomy και στην Uniprot. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ http://www.uniprot.org/taxonomy/ Στο ταξινοµικό group Homininae, ποιά 3 γένη συναντώνται; Στο tree of life (http://tolweb.org/), ξεκινήστε από την ρίζα του δένδρου και βρείτε τον άνθρωπο. Σε κάθε στάδιο υπάρχει µια περιγραφή των βασικών χαρακτήρων που ορίζουν το φυλογενετικό group. Βρείτε το χρόνο απόκλισης µεταξύ τον 3 αυτών οργανισµών (homininae) στο timetree http://www.timetree.org/ Ποιοί είναι οι πιο κοντινοί µεταξύ τους συγγενείς;

Άσκηση Παράδειγµα UPGMA Δίνεται ο πίνακας παρατηρούµενων αποστάσεων για 4 πρωτεϊνικές ακολουθίες. Κάνετε την διόρθωση αποστάσεων µε την µέθοδο Kimura (µε τη βοήθεια του Excel) Σχεδιάστε το δένδρο UPGMA για το διορθωµένο πίνακα αποστάσεων. Υπολογίστε τις αποστάσεις ξανά από το δένδρο UPGMA. Δείτε πως διαφέρουν από τις αρχικές.

Παράδειγµα UPGMA

Άσκηση φυλογένεσης - Εργασία Χρησιµοποιώντας το ανθρώπινο estrogen receptor alpha, µε το PSI- Blast βρείτε τις οµόλογες ακολουθίες στον άνθρωπο και στην Drosophila melanogaster. Με τη βοήθεια της Β.Δ. PFAM κρατείστε µόνο εκείνες τις ακολουθίες που έχουν το DNA-binding domain & ligand-binding domain. Με αυτές τις ακολουθίες κάνετε πολλαπλή στοίχιση (muscle) και στην συνέχεια κρατείστε τις περιοχές των ακολουθιών που αντιστοιχούν στα παραπάνω 2 domains (DBD + LBD). Με την παραπάνω πολλαπλή στοίχιση κάνετε φυλογενετικό δένδρο (distance method, poisson) & bootstrap 100. Στην εργασία αναφέρετε τις ακολουθίες που βρήκατε µε το PSI-Blast, ποιές κρατήσατε για πολλαπλή στοίχιση και δείξτε το φυλογενετικό δένδρο (µε τις τιµές boostraps). Εξηγείστε γιατί δεν είχατε ανταποδοτικό blast µεταξύ του ανθρώπινου estrogen receptor alpha και του 7up στην Drosophila.