ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ IΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ
|
|
- Νατάσα Ταμτάκος
- 7 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ IΙ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ Σελίδα 1
2 Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης Consensus sequences Patterns and regular expressions Position Specifc Scoring Matrices (PSSMs) Generalized Profiles Hidden Markov Models (HMMs) Στοίχιση νέων ακολουθιών Αναζήτηση σε βάσεις δεδομένων Σχολιασμός νέων ακολουθιών Σελίδα 2
3 Από την Ακολουθία στη Λειτουργία Σελίδα 3
4 Hidden Markov Models (HMMs) Markov Chain Model Σύνολο καταστάσεων Πιθανότητα μετάβασης από τη μία κατάσταση στην άλλη π.χ. μία ακολουθία DNA όπου η πιθανότητα εμφάνισης ενός νουκλεοτιδίου εξαρτάται μόνο από το προηγούμενο νουκλεοτίδιο P(x) = P(x 1 )P(x 2 x 1 ) P(x N x N-1 ) P(CGGT) = P(C) P(G C) P(G G) P(T G) Σελίδα 4
5 Hidden Markov Models (HMMs) Markov Chain Model transition matrix (πίνακας μεταβάσεων) Weather today Sunny Rainy Weather yesterday Sunny Rainy Σελίδα 5
6 Hidden Markov Models (HMMs) Σελίδα 6
7 M = (Σ, Q, θ) Hidden Markov Models (HMMs) Σ: Αλφάβητο συμβόλων = { b 1, b 2,, b M } Q: Σύνολο δυνατών καταστάσεων Q = { 1,..., K } θ: Σύνολο πιθανοτήτων Πιθανότητες Μετάβασης (Transition) από κατάσταση σε κατάσταση a ij : i j a i1 + + a ik = 1, i = 1 K Πιθανότητες Γεννήσεως (Emission) συμβόλων σε κάθε κατάσταση e i (b) = P( x i = b i = k) e i (b 1 ) + + e i (b M ) = 1, i = 1 K Σελίδα 7
8 Hidden Markov Models (HMMs) Όταν το HMM βρίσκεται σε μία δεδομένη κατάσταση, πρέπει να πάρει δύο αποφάσεις: Σε ποια κατάσταση θα μεταβεί; Κάθε χρονική στιγμή t, η επόμενη κατάσταση εξαρτάται μόνο από την τρέχουσα κατάσταση Ποιο σύμβολο του αλφάβητου θα "γεννήσει"; Ένα σύμβολο μπορεί να "γεννηθεί" από διαφορετικές καταστάσεις. Όταν παρατηρείται ένα σύμβολο, δεν είναι γνωστή η κατάσταση στην οποία βρίσκεται το HMM. Γνωστή σειρά συμβόλων / Άγνωστη σειρά καταστάσεων Σελίδα 8
9 Hidden Markov Models (HMMs) 1. Εκτίμηση (Evaluation) Δεδομένου ενός μοντέλου Μ και μιας ακολουθίας x, ποια είναι η πιθανότητα της ακολουθίας (forward algorithm) 2. Αποκωδικοποίηση (Decoding) Δεδομένου ενός μοντέλου Μ και μιας ακολουθίας x, ποια είναι η πιθανότερη ακολουθία καταστάσεων για τη μοντελοποίηση της ακολουθίας (viterbi algorithm) 3. Εκπαίδευση (Learning) Πως μπορούν να προσδιορισθούν οι παράμετροι ενός μοντέλου Μ (πιθανότητες μετάβασης / γεννήσεως) από μία ομάδα ακολουθιών (forward-backward algorithm, Baum-Welch expectation maximization) Σελίδα 9
10 Hidden Markov Models (HMMs) P(E I) P(E E) εξώνιο εσώνιο P(I I) P(A E) P(C E) P(G E) P(T E) P(I E) P(A I) P(C I) P(G I) P(T I) x = A A G T A G T A T C π = E E E I I I I I E E Σελίδα 10
11 Profile HMMs Hidden Markov Models (HMMs) δημιουργία μοντέλου βάσει μιας πολλαπλής στοίχισης
12 Καταστάσεις: Hidden Markov Models (HMMs) Match (γέννηση καταλοίπου βάσει της αντίστοιχης κατανομής) Insert (γέννηση καταλοίπου βάσει της κατανομής υποβάθρου) Delete Overfitting Στρεβλώσεις όταν οι συχνότητες υπολογίζονται από ένα μικρό αριθμό ακολουθιών Pseudocounts εξομαλύνουν την παρατηρούμενη συχνότητα χαρακτήρων π.χ. Dirichlet mixture Σελίδα 12
13 Profile HMMs Hidden Markov Models (HMMs) στοίχιση ακολουθίας με το μοντέλο (viterbi algorithm)
14 Hidden Markov Models (HMMs) Προγράμματα για τη δημιουργία και χρήση HMMs HMMER SAM Θεωρητικό υπόβαθρο Καλύτερη αντιμετώπιση των κενών Κατάλληλα για τη μοντελοποίηση domains Πιο ευαίσθητα για μακρινές ομολογίες Σελίδα 14
15 Hidden Markov Models (HMMs) Pfam Pfam-A στοιχίσεις / HMMs από εξειδικευμένους ερευνητές Pfam-B Clan εγγραφές που προέκυψαν αυτοματοποιημένα ομαδοποίηση των εγγραφών της Pfam-A βάσει ομοιοτήτων σε επίπεδο ακολουθίας, δομής, profile-hmm Εκτενής σχολιασμός Σελίδα 15
16 Hidden Markov Models (HMMs) SMART normal vs genomic TIGRFAMs J. Craig Venter Institute SUPERFAMILY collection of hidden Markov models, which represent structural protein domains at the SCOP superfamily level Σελίδα 16
17 InterPro ολοκλήρωση ΒΔ οικογενειών και domains Σελίδα 17
18 InterPro CATH/Gene3D at University College, London, UK PANTHER at University of Southern California, CA, USA PIRSF at the Protein Information Resource, Georgetown University Medical Centre, Washington DC, USA Pfam at the Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK PRINTS at the University of Manchester, UK ProDom at PRABI Villeurbanne, France PROSITE and HAMAP at the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Geneva, Switzerland SMART at EMBL, Heidelberg, Germany SUPERFAMILY at the University of Bristol, UK TIGRFAMs at the J. Craig Venter Institute, Rockville, MD, US Σελίδα 18
19 Επιλογή Ακολουθιών προς Στοίχιση Η χρήση πανομοιότυπων ακολουθιών στην πολλαπλή στοίχιση δεν προσφέρει πληροφορίες για τη σχέση απομακρυσμένων ομόλογων αλληλουχιών. Σελίδα 19
20 Επιλογή Ακολουθιών προς Στοίχιση Σελίδα 20
21 Επιλογή Ακολουθιών προς Στοίχιση ακολουθίες με διαφορετικό αριθμό επαναλήψεων αναγνώριση των επαναλήψεων (π.χ. dotplot) διαχωρισμός της στοίχισής τους Σελίδα 21
22 BAliBASE multiple alignment benchmark υψηλής ποιότητας στοιχίσεις βασισμένες στην υπέρθεση τρισδιάστατων δομών, που έχουν ελεγχθεί από εξειδικευμένους επιστήμονες Σελίδα 22
23 Επιλογή μεθόδου στοίχισης Σελίδα 23
24 Μορφοποίηση Πολλαπλής Στοίχισης Sequence Format Conversion Μετατροπή από το ένα format στο άλλο FASTA (.fa ή.fasta ή.fst) >IXI_234 TSPASIRPPAGPSSRPAMVSSRRTRPSPPGPRRPTGRPCCSAAPRRPQATGGWKTCSGTC TTSTSTRHRGRSGWSARTTTAACLRASRKSMRAACSRSAGSRPNRFAPTLMSSCITSTTG PPAWAGDRSHE >IXI_235 TSPASIRPPAGPSSR RPSPPGPRRPTGRPCCSAAPRRPQATGGWKTCSGTC TTSTSTRHRGRSGW RASRKSMRAACSRSAGSRPNRFAPTLMSSCITSTTG PPAWAGDRSHE >IXI_236 TSPASIRPPAGPSSRPAMVSSR--RPSPPPPRRPPGRPCCSAAPPRPQATGGWKTCSGTC TTSTSTRHRGRSGWSARTTTAACLRASRKSMRAACSR--GSRPPRFAPPLMSSCITSTTG PPPPAGDRSHE >IXI_237 TSPASLRPPAGPSSRPAMVSSRR-RPSPPGPRRPT----CSAAPRRPQATGGYKTCSGTC TTSTSTRHRGRSGYSARTTTAACLRASRKSMRAACSR--GSRPNRFAPTLMSSCLTSTTG PPAYAGDRSHE Σελίδα 24
25 Μορφοποίηση Πολλαπλής Στοίχισης Phylip (.phy ή.phylip) IXI_234 IXI_235 IXI_236 IXI_237 Clustal (.aln) IXI_234 IXI_235 IXI_236 IXI_237 TSPASIRPPA GPSSRPAMVS SRRTRPSPPG PRRPTGRPCC SAAPRRPQAT TSPASIRPPA GPSSR RPSPPG PRRPTGRPCC SAAPRRPQAT TSPASIRPPA GPSSRPAMVS SR--RPSPPP PRRPPGRPCC SAAPPRPQAT TSPASLRPPA GPSSRPAMVS SRR-RPSPPG PRRPT----C SAAPRRPQAT GGWKTCSGTC TTSTSTRHRG RSGWSARTTT AACLRASRKS MRAACSRSAG GGWKTCSGTC TTSTSTRHRG RSGW RASRKS MRAACSRSAG GGWKTCSGTC TTSTSTRHRG RSGWSARTTT AACLRASRKS MRAACSR--G GGYKTCSGTC TTSTSTRHRG RSGYSARTTT AACLRASRKS MRAACSR--G SRPNRFAPTL MSSCITSTTG PPAWAGDRSH E SRPNRFAPTL MSSCITSTTG PPAWAGDRSH E SRPPRFAPPL MSSCITSTTG PPPPAGDRSH E SRPNRFAPTL MSSCLTSTTG PPAYAGDRSH E TSPASIRPPAGPSSRPAMVSSRRTRPSPPGPRRPTGRPCCSAAPRRPQATGGWKTCSGTC TSPASIRPPAGPSSR RPSPPGPRRPTGRPCCSAAPRRPQATGGWKTCSGTC TSPASIRPPAGPSSRPAMVSSR--RPSPPPPRRPPGRPCCSAAPPRPQATGGWKTCSGTC TSPASLRPPAGPSSRPAMVSSRR-RPSPPGPRR----PTCSAAPRRPQATGGYKTCSGTC *****:********* ***** *** * ***** *******:******* IXI_234 IXI_235 IXI_236 IXI_237 IXI_234 IXI_235 IXI_236 IXI_237 TTSTSTRHRGRSGWSARTTTAACLRASRKSMRAACSRSAGSRPNRFAPTLMSSCITSTTG TTSTSTRHRGRSGWRA SRKSMRAACSRSAGSRPNRFAPTLMSSCITSTTG TTSTSTRHRGRSGWSARTTTAACLRASRKSMRAACSR--GSRPPRFAPPLMSSCITSTTG TTSTSTRHRGRSGYSARTTTAACLRASRKSMRAACSR--GSRPNRFAPTLMSSCLTSTTG *************: * *********** **** **** *****:***** PPAWAGDRSHE PPAWAGDRSHE PPPPAGDRSHE PPAYAGDRSHE ** ******* Σελίδα 25
26 Multiple alignment editors Έλεγχος και πιθανή τροποποίηση πολλαπλών στοιχίσεων Jalview SeaView Δημιουργία sequence logos WebLogo Σελίδα 26
27 Προγράμματα Πολλαπλής Στοίχισης Clustal Omega T-Coffee MAFFT MUSCLE Σελίδα 27
28 Φυλογενετική Ανάλυση μελέτη της εξελικτικής ιστορίας γονιδίων/πρωτεϊνών ή οργανισμών και απεικόνισή της με φυλογενετικά δέντρα έλεγχος εξελικτικών υποθέσεων επιδημιολογικές μελέτες μελέτες βιοποικιλότητας φαρμακευτική έρευνα Σελίδα 28
29 Φυλογενετική Ανάλυση Σελίδα 29
30 Δεδομένα για ανάλυση Αριθμητικά Δεδομένα Αποστάσεις Συνήθως από δεδομένα ακολουθιών Χαρακτήρες γενετικοί μορφολογικοί / δομικοί συμπεριφορά Σελίδα 30
31 Φυλογενετικά δέντρα Τερματικοί Κόμβοι (Φύλλα) Κλαδιά A Προγονικός Κόμβος ή ΡΙΖΑ Εσωτερικοί Κόμβοι ή Σημεία Απόκλισης (υποθετικοί πρόγονοι) B C D E Αναπαριστούν TAXA (ταξινομικές μονάδες όπως είδη, γονίδια, πληθυσμούς, κλπ) Η διαδρομή από τη ρίζα προς τα φύλλα περιγράφει το εξελικτικό μονοπάτι. Σελίδα 31
32 Φυλογενετικά δέντρα Με ρίζα Nr=(2n-3)!/[2 n-2 (n-2)!] n=10 => Nr = Χωρίς ρίζα Nu=(2n-5)!/[2 n-3 (n-3)!] n=10 => Nu= Δεν περιγράφουν εξελικτικό μονοπάτι Σελίδα 32
33 Φυλογενετικά δέντρα A B C D B C D Root Δέντρα με ρίζα A A B C D Δέντρο χωρίς ρίζα Root Σελίδα 33
34 Φυλογενετικά δέντρα Ένα δέντρο χωρίς ρίζα 4 ειδών μπορεί να μετατραπεί σε 5 διαφορετικά δέντρα με ρίζα, που αντιστοιχούν σε 5 διαφορετικά εξελικτικά μονοπάτια. Το δέντρο χωρίς ρίζα: A C B D d C D A B 4 c A B C D 3 e D C A B 5 b A B C D 2 a B A C D 1
35 Πως επιλέγεται η ρίζα; Φυλογενετικά δέντρα Στο μέσο των δύο πιο απομακρυσμένων κλαδιών Επιλογή out group out εξωομάδα group Σελίδα 35
36 Φυλογενετικά δέντρα Δεν αλλάζουν οι συσχετίσεις με την περιστροφή ενός κόμβου. Σελίδα 36
37 Φυλογενετικά δέντρα Το μήκος των κλαδιών Δεν έχει νόημα (κλαδόγραμμα) είναι ανάλογο της γενετικής απόκλισης (φυλόγραμμα) είναι ανάλογο του χρόνου (ultrametric tree) Σελίδα 37
38 Newick format Φυλογενετικά δέντρα Σελίδα 38
39 Φυλογενετική ανάλυση γονιδίων Εξελικτική ιστορία γονιδίων Διαφορετικός ρυθμός αλλαγής πολύ αργός (ιστόνες) πολύ γρήγορος (ανοσοσφαιρίνες) Διαφορετική εξέλιξη Οριζόντια μεταφορά Η εξελικτική ιστορία των γονιδίων δεν ταυτίζεται κατ ανάγκη με την εξελικτική ιστορία των οργανισμών. Σελίδα 39
40 Φυλογενετική ανάλυση οργανισμών Δεδομένα φαινοτυπικοί χαρακτήρες ένα γονίδιο μοριακό δείκτη (π.χ. ss-rrna) μια σειρά γονιδίων πλειοψηφία των γονιδίων κάθε οργανισμού Εξελικτικά "κοντινοί" οργανισμοί ακολουθίες DNA που εξελίσσονται γρήγορα Βαθειά αποκλίνοντες οργανισμοί Πολύ καλά συντηρημένες πρωτεΐνες Σελίδα 40
41 Μεθοδολογίες (Ανα-)Κατασκευής Σελίδα 41
42 Μεθοδολογίες (Ανα-)Κατασκευής Βάσει αποστάσεων UPGMA (Unweighted pair group method with Arithmetic Mean) Neighbor joining Fitch-Margoliash Minimal Evolution Βάσει χαρακτήρων Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) Μέγιστη πιθανοφάνεια (Maximum Likelihood) Σελίδα 42
43 Μεθοδολογία Αποστάσεων Δημιουργία πίνακα αποστάσεων πίνακας M όπου M ij είναι η απόσταση μεταξύ των ακολουθιών i και j και M ij >=0 Δημιουργία ενός δένδρου όπου κάθε φύλλο του αντιστοιχεί σε ένα αντικείμενο του M, έτσι ώστε η απόσταση μεταξύ των φύλλων i και j να είναι M ij A B A B C D E A E C D E B 3 C D
44 Ομαδοποίηση Μεθοδολογία Αποστάσεων αρχίζοντας από τις κοντινότερες ακολουθίες, σταδιακά ενσωματώνονται και οι πιο απομακρυσμένες UPGMA, Neighbor joining Βελτιστοποίηση σύγκριση των πιθανών τοπολογιών και επιλογή αυτής όπου οι αποστάσεις πάνω στο δένδρο ταιριάζουν καλύτερα με τα δεδομένα του πίνακα αποστάσεων Fitch-Margoliash, Minimal Evolution Σελίδα 44
45 Μεθοδολογία Αποστάσεων Η παρατηρούμενη απόσταση διαφέρει από την εξελικτική απόσταση Πολλαπλές αντικαταστάσεις Κορεσμός όταν η εξελικτική απόσταση είναι πολύ μεγάλη Απαραίτητη η χρήση μοντέλων αντικατάστασης για τη διόρθωση της παρατηρούμενης απόστασης Σελίδα 45
46 Μεθοδολογία Αποστάσεων Δεν είναι δυνατή η ανακατασκευή μιας προγονικής ακολουθίας μέθοδοι βελτιστοποίησης καλύτερα αποτελέσματα μέθοδοι ομαδοποίησης πιο γρήγορες προτιμότερες όταν τα δεδομένα είναι πολλά Σελίδα 46
47 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) Principle of Occam s Razor When you have two competing theories that make exactly the same predictions, the simpler one is the better. Επιλογή του δένδρου που ελαχιστοποιεί το πλήθος των εξελικτικών βημάτων που απαιτούνται για την επεξήγηση των δεδομένων. Σελίδα 47
48 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) Μέθοδος Πολλαπλή στοίχιση των ακολουθιών. Για κάθε θέση/στήλη i και για κάθε δέντρο Τ μετράμε το πλήθος των εξελικτικών βημάτων που απαιτούνται για να εξηγήσει το Τ τα δεδομένα της i. "Βέλτιστο" φυλογενετικό δέντρο το Τ με τις λιγότερες αλλαγές για όλες τις θέσεις. Σελίδα 48
49 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) non informative sites θέσεις της πολλαπλής στοίχισης που δεν δίνουν πληροφορίες για την επιλογή του δέντρου informative sites θέσεις της πολλαπλής στοίχισης που περιέχουν τουλάχιστον δύο διαφορετικούς χαρακτήρες σε τουλάχιστον δύο ακολουθίες ο καθένας Σελίδα 49
50 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony)
51 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony)
52 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) Σελίδα 52
53 Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum Parsimony) Επιτρέπει την ανακατασκευή προγονικών ακολουθιών. Δημιουργία δέντρου συναίνεσης, όταν υπάρχουν περισσότερα από ένα βέλτιστα δέντρα. Δεν λαμβάνει υπόψη τις πολλαπλές αντικαταστάσεις. Είναι προτιμότερη η χρήση της για κοντινές εξελικτικά ακολουθίες. Υψηλό υπολογιστικό κόστος Παράγει όλα τα δέντρα μέχρι να καταλήξει στο βέλτιστο. Δημιουργία αλγορίθμων που αναγνωρίζουν το καλύτερο δέντρο χωρίς να βαθμολογούν όλα τα εναλλακτικά. Σελίδα 53
54 Μέγιστη πιθανοφάνεια (Maximum Likelihood) Με βάση κάποιο εξελικτικό μοντέλο αναζητά το δένδρο που έχει τη μεγαλύτερη πιθανότητα να περιγράφει τα δεδομένα. Υψηλό υπολογιστικό κόστος Παράγει όλα τα δυνατά δέντρα μέχρι να καταλήξει στο βέλτιστο. Σελίδα 54
55 Μέγιστη πιθανοφάνεια (Maximum Likelihood) I A C G C G T T G G G {A,C,G,T} II A C G C G T T G G G III A C G C A A T G A A {A,C,G,T} {A,C,G,T} IV A C A C A G G G A A T T A G 4 4 4=64 δυνατοί συνδυασμοί Τ "εξελικτικά" δέντρα A Τ G Τ A T T A G P(T->T) 3 P(T->G)P(G->A)P(G->G) T T A G P(A->A) 2 P(A->T)P(T->T) 2 P(A->G) Σελίδα 55
56 Αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων Σελίδα 56
57 Αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων Επανάληψη Δειγματοληψία στηλών της πολλαπλής στοίχισης Bootstrap (με επανάθεση) Jackknife (χωρίς επανάθεση) Ανακατασκευή φυλογενετικού δέντρου Προσδιορισμός του ποσοστού εμφάνισης ενός συγκεκριμένου κόμβου στα νέα φυλογενετικά δέντρα Σελίδα 57
58 long branch attraction Ομοπλασία Ομοιότητα που οφείλεται σε διαφορετικά εξελικτικά γεγονότα long branch attraction Μακριά κλαδιά περισσότερες γενετικές αλλαγές μεγαλύτερη πιθανότητα κάποιες θέσεις να έχουν ταυτόσημους χαρακτήρες
59 Προγράμματα φυλογενετικής ανάλυσης Phylogeny.fr PHYLIP AWTY Σελίδα 59
Βιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 11: Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών, 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 11: Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών, 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι κατανόηση της έννοιας και των εφαρμογών της πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 16: Μεθοδολογίες (Ανα-) Κατασκευής, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 16: Μεθοδολογίες (Ανα-) Κατασκευής, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Επεξήγηση των μεθόδων (ανα-)κατασκευής φυλογενετικών δέντρων. Παρουσίαση
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση και ανάδειξη της σημασίας της φυλογενετικής ανάλυσης. παρουσίαση των
Διαβάστε περισσότεραΠολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)
Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA) MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για:
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης
Μέθοδοι Φυλογένεσης Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης Μέθοδοι που βασίζονται σε χαρακτήρες Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum
Διαβάστε περισσότεραΦυλογένεση. 5o εργαστήριο
Φυλογένεση 5o εργαστήριο Φυλογένεση οργανισµών Δείχνει την εξελικτική πορεία µιας οµάδας οργανισµών. Οι κόµβοι (nodes) στο δένδρο απεικονίζουν γεγονότα ειδογένεσης. H φυλογένεση µπορεί να γίνει από µια
Διαβάστε περισσότεραΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I
ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I Σελίδα 1 Πολλαπλή στοίχιση αποκαλύπτει συντηρημένες περιοχές αντιστοίχιση καταλοίπων με κριτήρια ομοιότητας σε επίπεδο δομής εξέλιξης λειτουργίας ακολουθίας Σελίδα 2 Πολλαπλή
Διαβάστε περισσότεραΠολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση
Πολλαπλή στοίχιση Φυλογένεση MSA: Τι είναι Στοίχιση για 3 ή περισσότερες ακολουθίες. Αποκαλύπτονται οι συντηρηµένες περιοχές µεταξύ των ακολουθιών µιας οικογένειας. Χρειάζεται για: Δηµιουργία profiles/motifs
Διαβάστε περισσότεραΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Βάσεις δεδομένων οικογενειών Οι πρωτεΐνες αποτελούνται από μία ή περισσότερες διακριτές λειτουργικές περιοχές (domains), οι οποίες πολλές
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Δυναμικός Προγραμματισμός Παντελής Μπάγκος Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση (τοπική-ολική) RNA secondary structure prediction Διαμεμβρανικά τμήματα Hidden Markov Models Άλλες εφαρμογές
Διαβάστε περισσότεραΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ. Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων
ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων Φυλογένεση Η φυλογένεσης αφορά την ανεύρεση των συνδετικών εκείνων κρίκων που συνδέουν τα διάφορα είδη µεταξύ τους εξελικτικά, σε µονοφυλετικές
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Σελίδα 1 Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές ΒΔ Αναζήτηση δεδομένων στην UniProt Καταγράψτε το μήκος της αμινοξικής ακολουθίας (Sequence length), τη λειτουργία (Function)
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης. κατανόηση των εφαρμογών
Διαβάστε περισσότεραΛίγη εξέλιξη: οµολογία
Φυλογένεση Η εκτίµηση της εξελικτικής ιστορίας γονιδίων/πρωτεϊνών ή οργανισµών. Η απεικόνιση αυτής της ιστορίας γίνεται µε φυλογράµµατα/ κλαδογράµµατα Λίγη εξέλιξη: οµολογία Οµόλογα γονίδια: κοινός εξελικτικός
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο
Βιοπληροφορική Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο Αναζήτηση οµόλογων ακολουθιών σε βάσεις δεδοµένων (i) Οµόλογες ακολουθίες πιθανόν να έχουν παρόµοιες λειτουργίες. Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Υποκείµενες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 4 Hidden Markov Models (HMMs) 2 Μαρκοβιανά μοντέλα εξάρτησης Η πιθανότητα εμφάνισης ενός νουκλεοτιδίου
Διαβάστε περισσότεραΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚ Α ΔΕΝΤΡΑ
ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΑ ΔΕΝΤΡΑ Χαρακτηριστική πτυχή της ζωής είναι η απεριόριστη ποικιλότητα της. Δεν υπάρχουν δύο ίδια άτομα σε έναν πληθυσμό, δύο ίδιοι πληθυσμοί σε ένα είδος, δύο ίδια είδη, κ. ο. κ. Παντού, υπάρχει
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ Μπέλλου Σοφία e-mail: sbellou@uowm.gr
Διαβάστε περισσότεραΠίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις
Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.
Διαβάστε περισσότεραΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 5 η : Φυλογενετική ανάλυση 2. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Ενότητα 5 η : Φυλογενετική ανάλυση 2 Ηλίας Καππάς Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons.
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών
ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών (database similarity searching) αποτελεί µια από τις συχνότερα χρησιµοποιούµενες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Φυλογενετικές σχέσεις Χρησιμοποιούνται οι ομοιότητες και οι διαφορές των μελετούμενων οργανισμών Τα χαρακτηριστικά
Διαβάστε περισσότεραΠολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι)
Πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι) Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Σύνοψη Εισαγωγή Πολλαπλή στοίχιση και
Διαβάστε περισσότεραPSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)
PSI-Blast PSI-Blast PSI-Blast: τι είναι PSI-Blast: Position-specific iterated Blast Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης) Altschul et al., 1997 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146917/pdf/253389.pdf
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων
ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Ένας από τους πρωταρχικούς στόχους της σύγκρισης των ακολουθιών δύο µακροµορίων είναι η εκτίµηση της οµοιότητάς τους και η εξαγωγή συµπερασµάτων
Διαβάστε περισσότεραLALING/PLALING :
1. Άρθρα- δημοσιεύσεις Scopus DBLP Pubmed Google Scholar 2. Αναζήτηση νουκλεοτιδίου- πρωτεΐνης Entrez : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ Uniprot (πρωτεΐνης): http://www.uniprot.org/ Blast : http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 2η Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές βάσεις δεδοµένων
ΑΣΚΗΣΗ 2η Αναζήτηση πληροφορίας σε βιολογικές βάσεις δεδοµένων ΕΙΣΑΓΩΓΗ Μια βιολογική βάση δεδοµένων (ΒΒ ) χρησιµοποιείται για την οργάνωση, αποθήκευση, επεξεργασία, αναζήτηση και ανάκτηση της βιολογικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 12: Μέθοδοι Πολλαπλής Στοίχισης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 12: Μέθοδοι Πολλαπλής Στοίχισης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση των μεθόδων πολλαπλής στοίχισης. Ανάδειξη των πλεονεκτημάτων και
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο. Γρηγόρης Αµούτζιας
Βιοπληροφορική Βάσεις Δεδοµένων 1ο εργαστήριο Γρηγόρης Αµούτζιας Χρησιµοποιούνται για: Oργάνωση Αποθήκευση Επεξεργασία Αναζήτηση/επαναπόκτηση της βιολογικής πληροφορίας Βάσεις Δεδοµένων: Εισαγωγή Βάσεις
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Διάλεξη 5 Profile Hidden Markov Models και Transformational Grammars 2 Profile HMM Ένα ΗΜΜ με left-to-right
Διαβάστε περισσότεραTreeTOPS. ένα εισαγωγικό παιχνίδι για τα φυλογενετικά δέντρα. Teacher s Guide. ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences
TreeTOPS ένα εισαγωγικό παιχνίδι για τα φυλογενετικά δέντρα Teacher s Guide ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences 1 Γενικός σκοπός Το συγκεκριμένο παιχνίδι έχει ως στόχο να εισάγει τους
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 9: Φυλογενετική ανάλυση
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Φυλογενετική ανάλυση Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ Μπέλλου Σοφία e-mail: sbellou@uowm.gr Τμήμα
Διαβάστε περισσότεραΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 4 η : Φυλογενετική ανάλυση 1. Ηλίας Καππάς Τμήμα Βιολογίας
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Ενότητα 4 η : Φυλογενετική ανάλυση 1 Ηλίας Καππάς Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης reative ommons.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών
Διαβάστε περισσότεραΔευτεροταγείς βάσεις δεδομένων (Secondary databases)
Δευτεροταγείς βάσεις δεδομένων (Secondary databases) Οι δευτεροταγείς (pattern) βάσεις δεδομένων (ΒΔ) περιέχουν τα αποτελέσματα από τις αναλύσεις των αλληλουχιών που βρίσκονται στις πρωτοταγείς πηγές πληροφόρησης.
Διαβάστε περισσότεραΕφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική
Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Εργαστηριακή Άσκηση Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική Δραστηριότητες 1. Εύρεση γονιδίων/πρωτεϊνών από βάσεις δεδομένων 2. Ευθυγράμμιση και σύγκριση γονιδίων/πρωτεϊνών 3. Δημιουργία
Διαβάστε περισσότεραΠανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 11: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων part II
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών Βιοπληροφορική Ενότητα 11: Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων part II Αν. καθηγητής Αγγελίδης Παντελής e-mail: paggelidis@uowm.gr ΕΕΔΙΠ Μπέλλου Σοφία e-mail:
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων
Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων Σε αυτό το κεφάλαιο παρουσιάζουµε 2 βασικούς αλγορίθµους σύγκρισης ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων τους BLAST & FASTA. Οι δυο αλγόριθµοι
Διαβάστε περισσότερα(Μερος 2 ο ) Εισηγητής: Ν. Πουλακάκης
Ταξινομικοί χαρακτήρες και Φυλογενετική ανασύσταση. Σχολές ταξινόμησης. Θεωρίες για την Ταξινομική. Φυλογενετική ανάλυση: Μοριακή συστηματική. Οι κύριες διαιρέσεις της Ζωής. (Μερος 2 ο ) Εισηγητής: Ν.
Διαβάστε περισσότεραΚατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου
Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Από τα πιο σημαντικά προβλήματα στην Υπολογιστική Βιολογία Ιδιαίτερα πλούσια βιβλιογραφία για πάνω από 30
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Περιεχόμενα Παρουσίασης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της Βιοπληροφορικής Ερευνητικές περιοχές Πηγές πληροφοριών Τι είναι η Βιοπληροφορική Βιο Πληροφορική μοριακή
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας. Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών
Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Εισαγωγή. Αλέξανδρος Τζάλλας Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ.
Βιοπληροφορική Αλέξανδρος Τζάλλας e-mail: tzallas@teiep.gr ΤΕΙ Ηπείρου Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ Περιεχόμενα Διάλεξης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της
Διαβάστε περισσότεραΕιδικά Θέματα Βιοπληροφορικής
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015 1 Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και φυλογενετικά δέντρα 2 Πολλαπλή στοίχιση Αναφέρεται στην ταυτόχρονη
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι μελέτης εξέλιξης
H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότερα(Μέρος 1 ο ) Εισηγητής: Ν. Πουλακάκης
Ταξινομικοί χαρακτήρες και Φυλογενετική ανασύσταση. Σχολές ταξινόμησης. Θεωρίες για την Ταξινομική. Φυλογενετική ανάλυση: Μοριακή συστηματική. Οι κύριες διαιρέσεις της Ζωής. (Μέρος 1 ο ) Εισηγητής: Ν.
Διαβάστε περισσότεραΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ
ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 Αναζήτηση ομοιοτήτων Δεδομένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση Δεδομένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναμικού
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα και Πέμπτη
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 650) Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΨΗ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου
ΕΠΑΝΑΛΗΨΗ Σελίδα 1 τεχνική σύγκρισης ακολουθιών υπολογισµός ενός µέτρου οµοιότητας αναζήτηση ομολογίας S-S match S1 HFCGGSLINEQWVVSAGHC HFCG S NE AGHC S2 HFCGASIYNENYA-TAGHC gap mismatch Σελίδα 2 ολική
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη
Διαβάστε περισσότεραΜοριακή Εξέλιξη και Φυλογένεση
Μοριακή Εξέλιξη και Φυλογένεση Το δένδρο της Ζωής Γιατί είναι σηµαντική η Φυλογένεση; Για την κατανόηση και την κατάταξη της ποικιλότητας της ζωής στη Γη Για τον έλεγχο εξελικτικών υποθέσεων: - εξέλιξη
Διαβάστε περισσότεραΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ
Αναζήτηση οµοιοτήτων ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ Σελίδα 1 εδοµένα Ακολουθία επερώτησης (query sequence) Ακολουθίες στη Βάση εδοµένων (subject sequences) Αναζήτηση Μέθοδοι δυναµικού
Διαβάστε περισσότεραΕισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών
Στοίχιση αλληλουχιών Σύνοψη Καθολική στοίχιση Μήτρες βαθμολόγησης Τοπική στοίχιση Στοίχιση με ποινές εισαγωγής κενών Από την LCS στη στοίχιση: αλλαγές στη βαθμολόγηση Το πρόβλημα της Μεγαλύτερης Κοινής
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Πρόγραμμα Δια Βίου Μάθησης.
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΔΙΑΤΜΗΜΑΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ «ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ»
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΔΙΑΤΜΗΜΑΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ «ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ» Hidden Markov Model (HMM) και επεκτάσεις τους στην Βιοπληροφορική Hidden
Διαβάστε περισσότεραΕΞΕΛΙΚΤΙΚΗ ΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑ
ΕΘΝΙΚΟ ΚΑΙ ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΚΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΑΘΗΝΩΝ ΤΜΗΜΑ ΓΕΩΛΟΓΙΑΣ ΚΑΙ ΓΕΩΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ ΤΟΜΕΑΣ ΙΣΤΟΡΙΚΗΣ ΓΕΩΛΟΓΙΑΣ-ΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑΣ ΕΞΕΛΙΚΤΙΚΗ ΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑ ΤΙ ΕΙΝΑΙ Η ΦΥΛΟΓΕΝΕΣΗ ΤΙ ΜΑΣ ΛΕΝΕ ΤΑ ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΑ
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης
Διαβάστε περισσότεραΒασικές αρχές φυλογένεσης
Βασικές αρχές φυλογένεσης Οποιαδήποτε ομάδα οργανισμών προέρχεται από έναν κοινό πρόγονο μέσω της εξέλιξης Υπάρχει διχαλωτό πρότυπο στην εξέλιξη Αλλαγή στα χαρακτηριστικά εμφανίζεται μετά το πέρασμα πολλών
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλημα 1: Αναζήτηση Ελάχιστης/Μέγιστης Τιμής
Πρόβλημα 1: Αναζήτηση Ελάχιστης/Μέγιστης Τιμής Να γραφεί πρόγραμμα το οποίο δέχεται ως είσοδο μια ακολουθία S από n (n 40) ακέραιους αριθμούς και επιστρέφει ως έξοδο δύο ακολουθίες από θετικούς ακέραιους
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast
Ασκήσεις 1 & 2 Βάσεις Δεδομένων Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast Μοριακή Προσομοίωση Εισαγωγή: Δομική Βάση Βιολογικών Φαινομένων Η αξιοποίηση του πλήθους των δομικών στοιχείων για την εξαγωγή βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΒάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων
Βάσεις δομικών δεδομένων βιολογικών μακρομορίων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus Εισαγωγή Βασικές αρχές δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊκών
Διαβάστε περισσότεραΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ. Βιοπληροφορική. Ενότητα 3 η : Πολλαπλή ευθυγράμμιση. Σ. Γκέλης Τμήμα Βιολογίας
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Ενότητα 3 η : Πολλαπλή ευθυγράμμιση Σ. Γκέλης Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons. Για
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 6 Φυλογενετική Ανάλυση
Κεφάλαιο 6 Φυλογενετική Ανάλυση Σύνοψη Στο κεφάλαιο αυτό εξετάζονται οι υπολογιστικές όψεις της φυλογενετικής ανάλυσης, δηλαδή, της διαδικασίας εκτίμησης των εξελικτικών σχέσεων των οργανισμών, μέσα από
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωματική Συγκριτική γονιδιωματική[4] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος. Μεζίτη Αλεξάνδρα
Γονιδιωματική Συγκριτική γονιδιωματική[4] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος Μεζίτη Αλεξάνδρα Μέγεθος και οργάνωση γονιδιωμάτων Μελετάμε τα γονιδιώματα για να καταλάβουμε πως λειτουργεί
Διαβάστε περισσότεραΣκορπιός Χειλόποδο Διπλόποδο Ορθόπτερο Ημίπτερο Υμενόπτερο Κολεόπτερο. Φυλογενετικό δέντρο
Σχολές Συστηματικής Σκορπιός Χειλόποδο Διπλόποδο Ορθόπτερο Ημίπτερο Υμενόπτερο Κολεόπτερο Φυλογενετικό δέντρο Σκορπιός Χειλόποδο Διπλόποδο Ορθόπτερο Ημίπτερο Υμενόπτερο Κολεόπτερο 14 12 11 7 Φαινόγραμμα
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων
Διαβάστε περισσότεραΠιθανοτικός Συμπερασμός: Πού βρίσκομαι στο πλέγμα; [ΠΛΗ 513] Αυτόνομοι πράκτορες - Project Εξαμήνου ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Πιθανοτικός Συμπερασμός: Πού βρίσκομαι στο πλέγμα; [ΠΛΗ 513] Αυτόνομοι πράκτορες - Project Εξαμήνου Γεωργαρά Αθηνά (A.M. 2011030065) ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ & ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ
Διαβάστε περισσότεραΠεριεχόμενα. 1 Η ιστορία της εξελικτικής βιολογίας: Εξέλιξη και Γενετική 2 Η Προέλευση της Μοριακής Βιολογίας 3 Αποδείξεις για την εξέλιξη 89
Περιεχόμενα Οι Συγγραφείς Πρόλογος της Ελληνικής Έκδοσης Πρόλογος της Αμερικανικής Έκδοσης Σκοπός και Αντικείμενο του Βιβλίου ΜΕΡΟΣ Ι ΜΙΑ ΕΠΙΣΚΟΠΗΣΗ ΤΗΣ ΕΞΕΛΙΚΤΙΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ 1 Η ιστορία της εξελικτικής
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικών αλγορίθμων
Διαβάστε περισσότεραΤαξινόµιση οργανισµών
Ταξινόµιση οργανισµών Ιεραρχική κατηγοριοποίηση/ οµαδοποίηση οργανισµών. Linnaeus (1707-1778) οµαδοποίησε οργανισµούς µε βάση κοινούς χαρακτήρες. Αργότερα, η ταξινόµιση προσαρµόστηκε στην εξελικτική θεωρία
Διαβάστε περισσότεραΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ
ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ Σελίδα 1 Ομολογία Σελίδα 2 Ομολογία Ομολογία κοινή εξελικτική καταγωγή Ορθόλογα γονίδια ειδογένεση συνήθως, ίδια βιολογική λειτουργία Παράλογα γονίδια γονιδιακός διπλασιασμός
Διαβάστε περισσότεραΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Στοιχεία της ανθρώπινης Βιολογίας
ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Διαλέξη:7η 14/10/2015 Ε. Δ. Βαλάκος Στοιχεία της ανθρώπινης Βιολογίας Ταξινόµηση των ειδών Η θέση των ανθρώπων στη φύση Μέθοδοι ταξινόµησης Ταξινοµικές προσεγγίσεις Βιβλιογραφία Ταξινομηση
Διαβάστε περισσότεραΑσκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση
Ασκήσεις 3& 4 Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής Μοριακή Απεικόνιση Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική: Η τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης και πως
Διαβάστε περισσότεραΣύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών
Σύγκριση και κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών δομών Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678,
Διαβάστε περισσότεραBMI/CS 776 Lecture #14: Multiple Alignment - MUSCLE. Colin Dewey
BMI/CS 776 Lecture #14: Multiple Alignment - MUSCLE Colin Dewey 2007.03.08 1 Importance of protein multiple alignment Phylogenetic tree estimation Prediction of protein secondary structure Critical residue
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Παντελής Γ. Μπάγκος. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
2015 Βιοπληροφορική Παντελής Γ. Μπάγκος Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Αφιερωμένο στην Κωνσταντίνα, την Φωτεινή και τον Γιώργο Πίνακας περιεχομένων Πρόλογος...1 Κεφάλαιο 1: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική...7
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων. Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων
Βιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων Η επιστήμη της Βιολογίας έχει μετατραπεί τα τελευταία χρόνια σε μια υπερπλούσια σε πληροφορίες επιστήμη.
Διαβάστε περισσότεραΠρόβλημα. Σύνολο γνωστών αλληλουχιών
BLAST Πρόβλημα Άγνωστη αλληλουχία Σύνολο γνωστών αλληλουχιών Η χρήση ενός υπολογιστή κι ενός αλγόριθμου είναι απαραίτητη για την ανακάλυψη της σχέσης μιας αλληλουχίας με τις γνωστές υπάρχουσες Τί είναι
Διαβάστε περισσότεραΜέτρα της οργάνωσης και της ποιότητας για τον Self-Organizing Hidden Markov Model Map (SOHMMM)
Μέτρα της οργάνωσης και της ποιότητας για τον Self-Organizing Hidden Markov Model Map (SOHMMM) Γενική περιγραφή του SOHMMM Ένα υβριδικό νευρωνικό δίκτυο, σύζευξη δύο πολύ επιτυχημένων μοντέλων: -Self-Organizing
Διαβάστε περισσότεραΑλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών
Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος Ι: Στοιχίσεις ακολουθιών κατά ζεύγη Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο
Διαβάστε περισσότεραΠρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)
Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι) Βασίλης Προμπονάς, PhD Ερευνητικό Εργαστήριο Βιοπληροφορικής Τμήμα Βιολογικών Επιστημών Νέα Παν/πολη, Γραφείο B161 Πανεπιστήμιο Κύπρου Ταχ.Κιβ. 20537 1678, Λευκωσία ΚΥΠΡΟΣ
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ BIO 230 Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Δευτέρα
Διαβάστε περισσότεραΕφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Σημειώσεις. Νίκος Τσουκιάς Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ
Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία Σημειώσεις Νίκος Τσουκιάς Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ Γενωμική και Συστημική Βιολογία [Ch 8.5] Genomics is a discipline in genetics that applies recombinant DNA, DNA sequencing
Διαβάστε περισσότεραΜελετάμε την περίπτωση όπου αποθηκεύουμε ένα (δυναμικό) σύνολο στοιχειών. Ένα στοιχείο γράφεται ως, όπου κάθε.
Ψηφιακά Δένδρα Μελετάμε την περίπτωση όπου αποθηκεύουμε ένα (δυναμικό) σύνολο στοιχειών τα οποία είναι ακολουθίες συμβάλλων από ένα πεπερασμένο αλφάβητο Ένα στοιχείο γράφεται ως, όπου κάθε. Μπορούμε να
Διαβάστε περισσότεραΣυστήματα Ανάκτησης Πληροφοριών ΗΥ-463
ΤΜΗΜΑ ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ COMPUTER SCIENCE DEPARTMENT UNIVERSITY OF CRETE Συστήματα Ανάκτησης Πληροφοριών ΗΥ-463 4 η Σειρά Ασκήσεων Ψαράκη Μαρία-Γεωργία ΜΕΤ 556 psaraki@csd.uoc.gr Εαρινό Εξάμηνο 2008-2009
Διαβάστε περισσότεραΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑ ΣΠΟΝΔΥΛΩΤΩΝ. Μάθημα 3ο: Η ταξινόμηση των όντων Λινναία Ταξινόμηση Συστηματική
ΠΑΛΑΙΟΝΤΟΛΟΓΙΑ ΣΠΟΝΔΥΛΩΤΩΝ Μάθημα 3ο: Η ταξινόμηση των όντων Λινναία Ταξινόμηση Συστηματική Γιατί και πώς κατατάσσουμε τα είδη? Κάθε κατάταξη εμπεριέχει την παραδοχή ότι σχηματοποιεί μία γενική αλήθεια
Διαβάστε περισσότεραEM Baum-Welch. Step by Step the Baum-Welch Algorithm and its Application 2. HMM Baum-Welch. Baum-Welch. Baum-Welch Baum-Welch.
Baum-Welch Step by Step the Baum-Welch Algorithm and its Application Jin ichi MURAKAMI EM EM EM Baum-Welch Baum-Welch Baum-Welch Baum-Welch, EM 1. EM 2. HMM EM (Expectationmaximization algorithm) 1 3.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016
Βιοπληροφορική Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016 Βιοπληροφορική Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία, Γενωμική και Βιοπληροφορική. Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων. Ακολουθίες Πρωτεϊνών και
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 6. Φυλογενετική Ανάλυση
Σύνοψη Στο κεφάλαιο αυτό θα επιστρέψουμε σε προβλήματα που αφορούν τη σύγκριση αλληλουχιών με το ενδιαφέρον να επικεντρώνεται τώρα όχι στο βαθμός ομοιότητας αλλά στο τι συμπεράσματα μπορούμε να εξάγουμε
Διαβάστε περισσότεραΧΡΥΣΟΥΛΑ ΚΟΛΛΙ Α ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ Ε ΟΜΕΝΩΝ Ι ΑΚΤΟΡΙΚΗ ΙΑΤΡΙΒΗ
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗ ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧ/ΚΩΝ & ΜΗΧ/ΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥ ΩΝ ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΠΑΝΕΠ. ΕΤΟΣ 2007-08 Αριθµ.
Διαβάστε περισσότεραΣυγκριτική Γονιδιωματική
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Συγκριτική Γονιδιωματική Παντελής Μπάγκος 1 2 Μέθοδοι Ανάλυσης Μέθοδοι βασισμένες στην ομοιότητα ακολουθιών Τοπική ομοιότητα Ολική ομοιότητα Προγνωστικές μέθοδοι Δευτεροταγής δομή Διαμεμβρανικά
Διαβάστε περισσότεραΤεχνικές εκτίμησης και μοντελοποίησης απόστασης οργανισμών με βάση δεδομένα σύγκρισης πρωτεϊνών
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης Πολυτεχνική Σχολή Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών Τομέας Ηλεκτρονικής και Υπολογιστών Εργαστήριο Επεξεργασίας Πληροφορίας και Υπολογισμών Διπλωματική
Διαβάστε περισσότεραΚατα ζέυγη στοίχιση και στατιστική σημαντικότητα αυτής
ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ Κατα ζέυγη στοίχιση και στατιστική σημαντικότητα αυτής Παντελής Μπάγκος 1 Διάλεξη 2 Αναζήτηση ομοιότητας και κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών 2 Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Από τα πιο
Διαβάστε περισσότερα