ΕΠΙΧΕΙΡΗΜΑΤΙΚΗ ΑΝΑΚΑΛΥΨΗ ΣΤΗ ΔΥΤΙΚΗ ΜΑΚΕΔΟΝΙΑ: ΘΕΜΑΤΙΚΗ ΗΜΕΡΙΔΑ ΤΟΥ ΚΛΑΔΟΥ ΤΗΣ ΟΙΝΟΠΟΙΙΑΣ Γενοτύπιση τοπικών ποικιλιών αμπέλου: ένα βήμα για την αξιοποίησή τους Δρ Γιώργος Μερκουρόπουλος Εξωτερικός Συνεργάτης στο Ινστιτούτο Γενετικής Βελτίωσης & Φυτογενετικών Πόρων, ΕΛΓΟ- ΔΗΜΗΤΡΑ Εξωτερικός Συνεργάτης στο Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών / Εθνικό Κέντρο Έρευνας & Τεχνολογικής Ανάπτυξης Άγιος Παντελεήμονας Δήμου Αμυνταίου 14 Νοεμβρίου 2015
DNA: Το «βαρετό» μόριο
Πυρήνας DNA: στον πυρήνα των κυττάρων Χρωμόσωμα Ριβοσωμάτια Μιτοχόνδριο Σύμπλεγμα Golgi Ενδοπλασματικό Δίκτυο
Αλληλούχιση Ανθρώπινου Γονιδιώματος 3χ10 9 bp ~23.000 γονίδια 97% junk DNA
Ψηφιακή μορφή DNA...TTAGCAACAACTTGTTTAGTTGCTATACCTTTTACTAATAATTCATCACGACAAATCGTGTTGTTACTATTAATAGAAAGAAAATTAAATTACACGACATATGTTAAAGTCATT GCTAACTTTATAATATTTAGCAATAATTTAATTTAGTTATTGTAATTAGTATCTTAAAAAATTAAATTTAACGTCTACAAATTAAATACTCATTTTTCTTGTAGTGTGTACGAGAAT AACCAATCATCTGCCGAGTTTAATGTCTTTGAAACAATGGCCAAAACTGTGAATTCTAATGTCAAAAGTTTCCATATGTTTTCATGCATAATTAAAGGGTCCACCCTAAATAAGAAA ACTAACATACATCATCATATAGGTTGTGGACATTTAACAGAAAAGGAAAGGCAGCGGTTTTCCACCATAAGAGGAGGGGGGGGGAGTTGCTGGTTTTGCAAATTGTTTAGCTGACAA AGACAATTCATCAATGCAGTAAGGTCCACTTCGGTTTTATTATAATGGGACACAAAACCAATAATATCTAAAATGTAGCGGAGAGCATTTTGACGCCATGTATTTCATCAATAATTT ATCCACTGCCATGTCCACCAGGGCGGCATGCATGCAGTTGAAACCAAGTTGATGAGTACTGAATGTTGTCTTCGTGGCTTGCACTTGTTTGAATTTTCCAAATCTGTGTTTTTCTCA TGGAAGCAATTTTCTGTATTGGAGAAGTTGCAGACAAGTCAAATGTGCAGAAGAAGACAAAGCATTAAAACCAAAAAGCTTATGTCTGTCTTTCGAAAGGTGACATTTAATAAGTTA GGGTTGGAATTGTTGGGTTTTCTAACACTTTTCTTCTATTAGCAAGTTTCCCTCCATTAACAAGTTACAATCCTTTCCTATATAAAAAGAAAAGGTTGTCTGATACAACAAGATGCA AGATCTTTGTTAGTGATTGACTGTTAAGGAAAAAAGTGGTTAATGGTATATTTAAGGACAAGGCTGTGCAGTTGAAAAGATGCTCATAATTGAATGTATTTGATCTGCTCTGATTTA TTGTTTTAAAATGGAGACTTTAAGAAGTGACAATATGTTTTTCTGTTTTGCTTTGGAATCATAAATTCGTCATCATTATGTAATAATCTGACCAATCTTTTGCTCTTATAATGAACA TCTAAAGGAGGCCGTAAGACAGTTTACAAGCTAATTGCAGATAATCAAAGAGTCAAGTACATGTCCTTAGATATATGCTTATTTTCGAAGTTTCTTCCAAGTAATATTGATTTCCTA TCCAAAAACAAACCAAAAATGGAGAAGACCTGACTCCATCCAGATAATTCGAAAATCAAAAGATACCTGGAGTTAATTTTATATAAAAAATGGATTGTCATAAAATTTTACCGTAGG ATTGGACGTACATTAAATCATTTCAAACCACCAAGTAGCCAGTGGAAGGCCCCGGTAGATAAGCACACCCGTGTATATACGGGCAAGCACGCGGTATCACATTAATGTTAAGTGTTA ACCACTATATAAACCAGTGTGTCCACAAAGAACAACTTCAGCCTAAAACTTACTTAGTTCTTTCTCACACAGTGCTTTATTATATGGAAGAAAAGAGCATGAAGAAAACTTATACAA CAAGGAACAACGATAAACATAGCATGGAGAAGCCAAACGGCTTGCATGAAGCAGCTGCAGTGAGTAAAAAATCTCCGAGAAACAGTTATGATATTGAAGTTCATCCAATCTCCTTTC ATGGGTGTTCAGTGTTGTGGGATTCTGATTCAGATTTAGGAAGTAAAAGTAGGGAGAAGAAAGCTTATCCATTGCCACAGCCTTCAGCTTCTTCATGTAGGGCATCAATGGAGTCCC ATCAAAGGGGTTCAAGTTTTGGTTCAGAAAGGGTGTCAGTTTTTACCTCAAATGAATCTTCTGATGATGATGATGATGATGATGATATTCATGGGGATTTCAGTTCCTTCAGGTTTG TAGCTTATATTCTCAAGTTCCTTAAAAAACTTGTTTCATCTTCTGTTTTGCTCATGAAGATCAAATAATAACTATCTGATACAGATTTTAGTGAAAATTCCATAAATTTCCACTCAA TACTGGTTTGATTTTCAGAAAACTTCACCCTCTTTGTTTTATATTTCTTTATCAAATTATATACAGCATTAAAAAATAATGAAAATATTGAATTATTATAAAATTAAATTATATTTA ACTTTTAAGTAAATTTAGGCATTTTAAACTAAAAAGAAATTGATTAAAAATTAAAGAAAAAATGATAAAATGAATTGCTTCAATGTTACAGTAAACAATCGAGTATATTTAGCATAA AAAATTATTAACAAAAACAAAAAAGTAAAATAGAAGATATAATTATCATTTATGACAAATTATTTAACATATAATTTATAATTTAAGTGCCTGAAAAGCTATGTGCAGAAATGTGTC GGTTATCATCTACCAAACTTGTAATACTAATTAATGTATTTTCTTTTGCCTTAATGAGGAAAAAGCAAATATAATAGCTGGATATTTTATACAGGTCATCTGGTGGTTCCCCTGTTG TTAACATCATTAAAGCTACGGTGCTCACATGATTCTTTTAGAAAATATTAATATAAAAACTCTGATATATAAGCGACATAGTTTATGATTTGGTTGCAGAGTATATGAAGAAAATAA CAGCAACTTATGGTCAAAAGGCTCAAATTCAGGATCAAAAGCTTCGTATATGCATCAATCACCTCGATATCTGTCACCATGGGATGCCACTTTAGAGTCCCCAACTGAGAAACATCC ATGTCATCGTCTTCCCCTTCCTCCTCCTACTTCACCTAATAAACCTCCAAAGAAATCTCCATCTAAATGGAAGAAAGGGAAGCTTCTAGGAAGAGGGACATTTGGACATGTTTTTGC TGGTTTTAATAGGTAAAATATTTGATATAATTTCATTGCCCTTTCATATGAATGAATTCAAAAGAAAAAGCTTTATATGTTACTTTTTCCAACAGTGAAAATGGAACAATGTGTGCA GTGAAGGAAGTTAAGGTCATTAAAGATGATCAAACATCAAAAGAATGTCTCAAACAACTGAACCAGGTTGGTCTGGTTTTTACAAAATCTCAGTGTCTTAAAACATCTGTTTCTTTC ACGGCAATGTTTGGGGGTTATTGATTTAGACTCTCTTTCTTCTAATGCAAAACAGGAGATATCCTTGCTTAGTGAGTTGTCTCATCCAAACATTGTCCAATATTATGGGAGTGAAAT GGTTAGGCTTGGCAACCTTTACATGTCTATTAATCCAATTTGTTTACAAGGTTGGTCAATAAGTTGAAACAATCCAAGTTTAATTTATGCAGGGATCAGACAAGCTTTCGGTTTACT TGGAATACGCTTCAGGGGGTTCAGTCCACAAATTACTAGGTGAATATGGACCTTTCAAGGAACCTGTTATCCGAAGTTACACAAGGCAAATACTCAGTGGCTTGGCTTACTTACACG CAAGGAATACAGTACATAGGGATATCAAAGGAGCCAACATACTTGTAGATCCTAATGGTGAAATCAAGCTTGCTGATTTTGGAATGGCTAAACATGTACGGACTTATCCATTAACAT TGTGTTTTTAGTAAGGGAAGATGTTTCTGATGAATTTGTGTTTTAAAATCCAGATGACATCTTGTTCTTCAATGCTTTCTTTTAAAGGAAGCCCTTATTGGATGGCACCAGAGGTAC CTATTTTTCCATATCTATTTTATACTATTTTTTCTCCCATGTTTTAGAAGTTGTTTGATCTTAACATCCACTGATCTTTCCAGGTTATCATGAATGCTCATGGATATAGCTTAGCTG TTGACATTTGGAGCCTAGGGTGTACAGTTCTTGAGATGGCCACATCAAAACCTCCGTGGAGCCAGTACGAAGGGGTACGAGCGCCGTTATCACCGATATTTATTGTAATTGATCATG ATGACATCCATTGCAATTATAACCAAGACCCCTAAATTTTGTTTATGTTGTTTTTAAACCAGGTTGCAGCCATATTTAAGATAGCAAACAGTAAGGGTTTTCCAGAAATCCCTAATA ACCTTTCAAAGGATGCTCAGAATTTCATAAAGCTTTGCTTGCAAAGGGAACCAACTGCACGCCCTACAGCACTGCAACTGCTTCAGCATCCCTTTGTCCAAGACCAATCTATGGTGG AACGCATCCCTTTGTCCAAGACCAATCTATGGTGGAACCAACAAAATTCAATTTGGTTGATGATAGAAGAAGACCTTCAAAGGGCTCATGGTAACTGCTAAACATCTCATGATCTTG TCCTTGTCCGTACTTATAGTTGTCCCACAAAAAGCGTCTCACAAGCAGAAGAGTAAATTCATCTAACTTTGAAATCTTGTCATTGATTGCAGGGATGAAATATCACTTGCTTCTTCT TTACCCGAATCACCTTGCTGGAACTCGACTCATCGTTCATCTTATCAAACATCTTATTAGTTGGTTTCATTCAGCATCAATGTAGAAATCCCCTGGGATCCCACACGTTATGTAAGT AAAGTAGAGGCATTATGTTTGAAATTTTCCAGAGAGGTGAGAAGCAAGAAATGAGGTGATAGATTGGCTTGTGAATGTCAACTTTGAAGATGTAAAGTAGATTGCTTGTACATATTA GGAGGTTTTGTATTTGTTAATATAATTATTTGTTTTCGGAAATGAATTATATGCATCAAAATAAGTAAATTTATGAATCAAAGTTTATGCTATTGGGATTAGCTAGGAGTCAAA...
Γενετικά, μοιάζουμε κατά 99,9%
... επομένως, διαφέρουμε κατά 0,1%... άρα, η μοναδικότητα του καθενός μας βρίσκεται σε αυτό το 0,1%
CAC GTG GAC TGA GGA CTC CTG GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG Val His Leu Thr Pro Glu Glu Η αξία του ενός CAC GTG GAC TGA GGA CAC CTG GTG CAC CTG ACT CCT GTG GAG Val His Leu Thr Pro Val Glu
Παρακαταθήκη Ι: Βιοπληροφορική Βάσεις Δεδομένων Σύστημα Διαχείρισης Βάσης Δεδομένων Ανάλυση και επεξεργασία δεδομένων Πρόσβαση και χρήση
Παρακαταθήκη ΙI: Γονιδιωματική Τεχνολογία http://bigthink.com/ideas/26394
Αλληλούχιση του γονιδιώματος της αμπέλου
Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης (PCR) Το 1984, ανακοινώθηκε στην επιστημονική κοινότητα μία νέα μέθοδος για τον επιλεκτικό και εξειδικευμένο πολλαπλασιασμό (ενίσχυση) ενός περιορισμένου τμήματος (αλληλουχία-στόχος) ενός μορίου DNA. Η νέα μέθοδος έγινε γρήγορα αποδεκτή από την επιστημονική κοινότητα, καταλήγοντας σήμερα να αποτελεί μέρος της καθημερινής ρουτίνας σε όλα τα εργαστήρια μοριακής βιολογίας. Η μέθοδος ονομάστηκε Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης (Polymerase Chain Reaction- PCR), ενώ το 1993 απονεμήθηκε το Βραβείο Nobel στον εμπνευστή της, Karry Mullis. Karry Mullis Στα πλεονεκτήματα της μεθόδου σημειώνονται η ταχύτητα και η ευαισθησία, ενώ στα μειονεκτήματα η αυξημένη δυνατότητα επιμόλυνσης και η αναγκαιότητα της γνώσης μέρους της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας της αλληλουχίας-στόχου. Εκτός από την επιλεκτική ενίσχυση της αλληλουχίας-στόχου, η PCR χρησιμοποιείται επίσης για την ανίχνευση κάποιας αλληλουχίας DNA μέσα σε ένα δείγμα DNA.
Συνήθεις εφαρμογές της PCR
Authentication of wine origin με SSRs
Μοσχάτο ή όχι; H απάντηση σε 1 ώρα
Γιατί μας ενδιαφέρουν οι τοπικές ποικλίες; Αναχαίτηση της γενετικής διάβρωσης Διατήρηση της υπάρχουσας γενετικής βιοποικιλότητας Προσαρμογή στα τοπικά μικροπεριβάλλοντα συστήματα μειωμένων εισροών. Γενετική Βελτίωση βιοποικιλότητα σε επίπεδο γονιδίων Παγκόσμια Αγορά- παραγωγή προϊόντος (ή προϊόντων) με διαφορετικά γνωρίσματα μοναδική ταυτότητα αναγνωρισιμότητα Διατήρηση της γενετικής και πολιτισμικής μας κληρονομιάς
... μέρος της πολιτισμικής μας ταυτότητας
Μέθοδοι Συλλογή γενετικού υλικού Εκχύλιση γενωμικού DNA PCRs: 20 ng DNA + SSRs Διαχωρισμός των προϊόντων PCR Ανίχνευση γενετικής συγγένειας
Τράπεζα Διατήρησης Γενετικού Υλικού
Συλλογή δειγμάτων από τη Βόρεια Ελλάδα Ονομασία Ποικιλίας Αλεποουρά- Aleponoura Αλπίτσα Βελβενδού- Alpitsa Velvendou Απευθείας παραγωγά- Paragoga Βαλάντοβο- Valandovo Βάψα- Vapsa Βεροιώτικο- Veriotiko Βουλγάρικο- Voulgariko Εφτάνθη- Eftanthi Ζαλοβίτικο- Zalovitiko Κοκκινούσκες- Kokkinouskes Κολοκυθάκος- Kolokithakos Κορίθια- Korithia Κοσταραζνό- Kostarazno Κρουστάλια- Kroustalia Μοσχομαύρα- Moschomavro Μοσχοστάφυλο- Moschostafilo (Λευκό Μοσχάτο) Νεροντέπινα- Nerodebina Νιγρικιώτικα- Nigriotiko Ντόγκος- Dogos Ξινόμαυρο- Xinomavro (Ξινοστάφυλο ή Κρασοστάφυλο) Ροδίτης- Roditis Πιτσιάρικο- Pitsiariko (Πιτσιάρα Βελβενδού) Σκλήθρο Σιάτιστας- Sklithro Siatistas (Νεύρο Πελεκάνου) Σταυρωτό- Stavroto Τσαούσι- Tsaousi Τσαπουρνάκος- Tsabournakos Χαβούζαλι- Havouzali Χονδρόμαυρα- Chondromavro
Δενδρόγραμμα: Πρόδρομα αποτελέσματα
Όλοι γύρω από το ίδιο τραπέζι, κάτω από την ίδια ομπρέλα Γενετιστές
Ευχαριστίες Δρ. Φωτεινή Μυλωνά- Τράπεζα Διατήρησης Γενετικού Υλικού Ινστιτούτο Γενετικής Βελτίωσης & Φυτογενετικών Πόρων ΕΛΓΟ- «ΔΗΜΗΤΡΑ» Ευθύμιος Μπατιάνης- Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας, Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας Δρ. Αναγνώστης Αργυρίου- Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών Εθνικό Κέντρο Έρευνας & Τεχνολογικής Ανάπτυξης Καθ. Νικόλαος Νικολάου- Εργαστήριο Αμπελουργίας, Τμήμα Γεωπονίας, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης Άγωστο αμπελοκαλλιεργητή- οινοπαραγωγό ΕΛΓΟ- «ΔΗΜΗΤΡΑ»- ΑγροΕΤΑΚ
Σας ευχαριστώ για την προσοχή σας