БИОМОЛЕКУЛИ АМИНОКИСЕЛИНИ, ПЕПТИДИ И ПРОТЕИНИ. IV ДЕЛ 2016 НАТАША РИСТОВСКА ИНСТИТУТ ПО ХЕМИЈА ПРИРОДНО-МАТЕМАТИЧКИ ФАКУЛТЕТ, СКОПЈЕ

Transcript

1 БИОМОЛЕКУЛИ АМИНОКИСЕЛИНИ, ПЕПТИДИ И ПРОТЕИНИ. IV ДЕЛ 2016 НАТАША РИСТОВСКА ИНСТИТУТ ПО ХЕМИЈА ПРИРОДНО-МАТЕМАТИЧКИ ФАКУЛТЕТ, СКОПЈЕ

2 ПРЕГЛЕД НА ПРОТЕИНСКАТА СТРУКТУРА

3 ТРИДИМЕНЗИОНАЛНА СТРУКТУРА НА ПРОТЕИН Секој протеин има специфична хемиска или структурна функција, според тоа секој протеин има единствена тридимензионална структура. 1. Тридимензионалната структура на протеинот е определена од неговата аминокиселинска секвенца. 2. Од структурата зависи функцијата на протеинот. 3. Еден изолиран протеин постои во една или неколку стабилни структурни форми. 4. Специфичната структура на еден протеин е стабилизирана од нековалентните интеракции. 5. Огромен број специфични протеински структури имаат неколку општи структурни мотиви кои помагаат во образување на тридимензионалните структури. Глобуларен протеин

4 СТАБИЛИЗАЦИЈА НА ПРОТЕИНСКАТА КОНФОРМАЦИЈА Поради можноста за слободна ротација околу голем број единечни врски од ковалентниот скелет на протеинот, може да се претпостави дека протеинот постои во значителен број конформации. Постојат термодинамички најстабилните конформации, со најмала вредност за Гибсовата енергија. Стабилност стремеж за одржување на нативната природа на протеинот (свиткана конформација). Хемиски интеракции кои ја стабилизираат природната конформација се: Ковалентни врски (дисулфидни врски) Нековалентни интеракции (водородни врски, хидрофобни и јонски интеракции). Хидрофобните аминокиселински остатоци се наоѓааат во внатрешноста на протеинот (растворлив во вода), а бројот на водородни врски и јонски врски е максимален.

5 ПЕПТИДНАТА ВРСКА Е ПЛАНАРНА И РИГИДНА Делумниот карактер на двојна врска (според должината и планарноста: атомите од пептидната група и двата С α атоми лежат во една рамина) кај пептидната група е причина за спречена ротација околу С-N врската. Ригидноста на пептидните врски ги ограничува можните конформации на полипептидната низа. Нацртајте ги резонантните структури кои го објаснуваат однесувањето на пептидната група! Каква е поларноста изразена преку диполен момент? Единствено можна е ротацијата околу единечните врски на С α атомот.

6 РОТАЦИЈА ОКОЛУ ЕДИНЕЧНИТЕ ВРСКИ НА С α АТОМОТ Торзиони агли се аглите помеѓу одделни рамнини околу пептидната група. Аголот околу C(α)-N врската се означува Φ (фи): C-N-Cα -C Аголот околу C(α)-C врската се означува Ψ (пси): N-Cα C-N Постојат различни типови на секундарна структура во зависност од вредноста на Φ и Ψ аглите

7 СЕКУНДАРНА СТРУКТУРА

8 КОНФОРМАЦИИ КОИ НЕ СЕ ВОЗМОЖНИ Конформации кои не се возможни заради стерните пречки меѓу атомите во полипептидниот скелет и страничните аминокиселински низи: ϕ = 0, ψ = 180 ; ϕ = 180, ψ = 0 и ϕ = 0, ψ = 0

9 РАМАЧАНДРАНОВ ГРАФИК Дозволените вредности за ϕ и ψ стануваат очигледни кога графички ќе се претстават во Рамачандранов график, кој го вовел Г. Н. Рамачандран (G. N. Ramachandran). Графиците помагаат да се процени типот на 2 o структура кај протеините.

10 ВИДОВИ НА СЕКУНДАРНА СТРУКТУРА Секундарна структура на протеини претставува просторен распоред на атомите од пептидните врски меѓусебно поврзани преку Сα атомите, во еден дел на полипептидна низа. Кај протеините најчесто се среќаваат повеќе типови на структури, од кои најзастапени правилни секундарни структури се: α-хеликсот, β-конформацијата и β-свиоците. Секундарната структура на полипептидниот сегмент може целосно да се дефинира доколку се познати вредностите за ϕ и ψ аглите на сите аминокиселински остатоци во тој сегмент.

11 АЛФА ХЕЛИКС Многу раширена структура кај протеините. Структурата на десна алфа спирала е предложена од Линус Полинг (Linus Pauling) и Роберт Кори (Robert Corey) во Стабилизирана е со водородни врски и др. слаби интеракции.

12 КАРАКТЕРИСТИКИ НА ИДЕАЛНИОТ МОДЕЛ НА АЛФА ХЕЛИКС Аминокиселински остатоци во еден свиок: 3,6 Од на еден остаток: 1,5 Å Од за еден свиок (pitch): 3,6 x 1.5 Å = 5, 4 Å Скелетот во еден свиок содржи 13 атоми Φ = -57 О, Ψ = -47 О Структурата е стабилизирана со водородна врска меѓу Н атом поврзан за електронегативниот N атом од пептидната група и електронегативниот карбонилен O атом од пептидната врска на четвртата аминокиселина. Секоја пептидна група (освен оние кои се непосредно на краевите од хеликсот) учествува во водородно сврзување од овој тип. 3,6 остатоци

13 РАЗЛИЧНИ МОДЕЛИ ЗА ПРЕТСТАВУВАЊЕ НА ДЕСНАТА АЛФА СПИРАЛА

14 ТИПОВИ НА СПИРАЛИ α јаглероден атом од аминокиселинскиот остаток n=5 прстен n=4 десен хеликс n=3 десен хеликс n=2 истегнат хеликс n=3 лев хеликс Правило за определување на типот на спиралата

15 ФАКТОРИ КОИ ВЛИЈААТ ВРЗ СТАБИЛНОСТА НА ХЕЛИКСОТ (1) внатрешната склоност на еден аминокиселински остаток да гради α-хеликс (Аla покажува најголема склоност кон формирање на алфа хеликс), (2) интеракциите помеѓу R-групите, особено меѓу оние коишто се меѓусебно оддалечени за три (или четири) остатоци долж низата, (3) големината (волуминозноста) на соседните R-групи, (4) застапеноста на Pro (пептидниот азот е дел од ригиден прстен и нема водороден атом кој би учествувал во стабилизација преку водородно сврзување) и Gly остатоци (голема конформациона флексибилност и образување на свиткани структури - завои), како и (5) интеракциите помеѓу аминокиселинските остатоци на краевите од еден спирален сегмент и електричниот дипол на α-хеликсот. Може да се заклучи дека склоноста на еден дел од полипептидната низа да гради α-хеликс зависи од идентитетот и секвенцата од аминокиселинските остатоци во сегментот.

16 ВЛИЈАНИЕ НА СТРАНИЧНИТЕ НИЗИ ВРЗ СТАБИЛНОСТА НА ХЕЛИКСОТ Страничните низи се ориентирани кон надворешноста на хеликсот. Алфа хеликсот е стабилизиран со нековалентни интеракции меѓу страничните низи на амиокиселинските остатоци: Ван дер Валс (0,4-4 kj/mol), водорoдни врски (12-30 kj/mol), јонски врски (20 kj/mol) и хидрофобни интеракции (<40 kj/mol). Не доаѓа до градење на α-хеликс доколку има многу соседни Lys и/или Arg остатоци (со позитивно наелектризирани R-групи при ph 7,0), како и Glu остатоци (негативно наелектризирани карбоксилни групи) поради нивното меѓусебно одбивање. Волуминозни остатоци се поретки во овој тип низи со оваа структура. Глицинот и пролинот ја прекинуваат спиралната структура и се гради свиок, завој.

17 ДИПОЛЕН МОМЕНТ НА АЛФА ХЕЛИКСОТ Во секоја пептидна група се појавува мал електричен дипол. Овие локални диполи се ориентирани долж водородните врски на хеликсот. Хеликсот има диполен момент, кој е ориентиран долж оската на спиралата. Со растење на должината на хеликсот се зголемува вкупниот диполен момент. Четири аминокиселински остатоци на двата краја од хеликсот не се целосно вклучени во формирањето на водородните врски на хеликсот.

18 РАСПРЕДЕЛБА НА ПОЛНЕЖОТ КАЈ АЛФА ХЕЛИКСОТ Парцијалните позитивни и негативни полнежи од диполот во хеликсот се наоѓаат на амино и карбонилната група од пептидната врска, блиску до амино и карбоксилните краеви на спиралата. (аминокиселиниските остатоци не се вклучени во стабилизација со водородни врски) Во близина на амино крајот од спиралниот сегмент се наоѓаат негативно наелектризираните аминокиселини, кои ја стабилизираат структурата при интеракција со позитивниот полнеж од диполот на хеликсот. Позитивно наелектризираните аминокиселини на амино крајот на низата вршат нејзина дестабилизација. Обратното важи за аминокиселините кои се наоѓаат на карбоксилниот крај од спиралниот сегмент. N - крај Полнеж од карбонилна група Водородни врски С - крај Полнеж од амино група

19 ВЛИЈАНИЕ НА АМИНОКИСЕЛИНСКАТА СЕКВЕНЦА ВРЗ СТРУКТУРАТА НА ПРОТЕИНОТ Примарната структура на протеините ги содржи сите информации за начинот на свивање на низите во нативната структура на молекулата. α-хеликс β-конформација β-завој

20 БЕТА КОНФОРМАЦИЈА Според Полинг (Pauling )и Кори (Corey), 1951: Кај β-конформацијата, скелетот на полипептидната низа е во издолжена цикцак структура. Повеќе полипептидни низи се поставени паралелно едни покрај други и градат слоеви кои наликуваат на набор (плисе): β набрана структура или β плоча. Слоевите се изградени од 2-15 низи β- низите се поврзани меѓусебно со водородни врски или взаимодејствуаат со хидрофобни интеракции. Страничните низи R се ориентирани под и над овие слоеви

21 КАРАКТЕРИСТИКИ НА БЕТА СТРУКТУРИТЕ Низите во слоевите може да бидат паралелни:

22 КАРАКТЕРИСТИКИ НА БЕТА СТРУКТУРИТЕ Низите во слоевите може да бидат антипаралелни.

23 КАРАКТЕРИСТИКИ НА БЕТА СТРУКТУРИТЕ Бета слоевите со антипаралелни низи или влакна, (нишки) се постабилни. Поглед од горе Поглед од страна

24 КАРАКТЕРИСТИКИ НА БЕТА СТРУКТУРИТЕ Секоја низа во бета структурите може да се претстави како истегната цикцак спирала со два аминокиселински остатоци на еден свиок. Од на еден остаток: 3,47 Å во антипаралелни низи 3,25 Å во паралелни низи Од на еден свиок: 6,5 Å во паралелни низи, наспроти 7 Å за антипаралелната конформација. ϕ = -119 и ψ = +113 за паралелната и ϕ = -139 и ψ = +135 за антипаралелната структура. β-плочите се карактеристични за β-кератините (фиброин од свилата, од пајаковите мрежи). Полипепидните низи се наоѓаат блиску една до друга, поради што R-групите од соседните аминокиселински остатоци мора да бидат со многу мали димензии (имаат многу висока содржина на Gly и Ala остатоци).

25 БЕТА СВИОЦИ Аминокиселинските остатоци се наоѓаат во завои или јамки каде што полипептидната низа ја менува насоката на протегање. Овие свиоци претставуваат елементи за сврзување на последователните структури на α- хеликсот или β-конформацијата. Најчесто застапени се β-свиоците кои ги поврзуваат краевите од два соседни сегменти на една антипаралелна β набрана структура.

26 БЕТА СВИОЦИ Аминокиселинските остатоци на глицин и пролин, најчесто се среќаваат кај β-завоите. Gly - затоа што е мал и флексибилен. Pro - пептидните врски кои го вклучуваат азотниот атом од имино групата на пролинот лесно заземаат цис конфигурација.

27 ТИПОВИ НА БЕТА СВИОЦИ Најчесто застапени типови на β-завои кај протеините, каде што пептидните групи од двата централни аминокиселински остатоци во завојот можат да градат водородни врски со водата. Најмалку е застапен γ завојот. Тој претставува завој со три остатоци и водородна врска помеѓу првиот и третиот остаток.

28 ТИПОВИ ВРСКИ И ИНТЕРАКЦИИ КАЈ СЕКУНДАРНИТЕ СТРУКТУРИ Хидрофобна интеракција Електростатска интеракција S-S врска Водородна врска Спирала β-структура Координација на метален јон