BIOXHMEIA, TOMOΣ I ΠANEΠIΣTHMIAKEΣ EKΔOΣEIΣ KPHTHΣ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ ΜΟΡΙΑΚΑ ΜΟΝΤΕΛΑ 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING)
1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SPACE-FILLING) ΥΔΡΟΓΟΝΟ=ΑΣΠΡΟ ΑΝΘΡΑΚΑΣ= ΜΑΥΡΟ ΑΖΩΤΟ=ΜΠΛΕ ΟΞΥΓΟΝΟ=ΚΟΚΚΙΝΟ ΦΩΣΦΟΡΟΣ=ΠΟΡΦΥΡΟ ΘΕΙΟ=ΚΙΤΡΙΝΟ
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ 2: ΣΦΑΙΡΕΣ ΚΑΙ ΡΑΒΔΟΙ (BALL-AND-STICK MODEL) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ 2: ΣΦΑΙΡΕΣ ΚΑΙ ΡΑΒΔΟΙ
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΔΟΜΩΝ 3: ΣΚΕΛΕΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ (SKELETAL MODEL) 1: ΧΩΡΟΠΛΗΡΩΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ 2: ΣΦΑΙΡΕΣ ΚΑΙ ΡΑΒΔΟΙ 3: ΣΚΕΛΕΤΙΚΟ ΜΟΝΤΕΛΟ
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΜΑΚΡΟΜΟΡΙΩΝ (ΣΧΗΜΑΤΙΚΟΙ ΤΡΟΠΟΙ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗΣ) ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΤΗΣ ΜΥΟΣΦΑΙΡΙΝΗΣ (ΣΦΑΙΡΕΣ ΚΑΙ ΡΑΒΔΟΙ)
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΙΚΩΝ ΔΟΜΩΝ 4) ΔΙΑΓΡΑΜΜΑΤΑ ΚΟΡΔΕΛΛΑΣ (RIBBON DIAGRAM)
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΙΚΩΝ ΔΟΜΩΝ 4) ΔΙΑΓΡΑΜΜΑΤΑ ΚΟΡΔΕΛΛΑΣ (RIBBON DIAGRAM)
ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΙΚΩΝ ΔΟΜΩΝ 4: ΔΙΑΓΡΑΜΜΑ ΚΟΡΔΕΛΛΑΣ 5: ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΗ ΕΠΙΦΑΝΕΙΑΣ (SURFACE REPRESENTATION)
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Ενζυμα> Π.χ. πρωτεασες (υδρολυση πεπτιδικων δεσμων) Αμυλασες, λιπασες
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Δομικες πρωτεινες> κολλαγονο, ελαστινη, κερατινη
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεϊνες μεταφορας π.χ. αιμοσφαιρινη (μεταφορα οξυγονου στο αιμα) τρανσφερρινη (μεταφορα σιδηρου)
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεινικες «μηχανες» Παραδειγμα> μυοσινη, κινησινη
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεινες «αποθηκευσης» Φερριτινη (αποθηκευση σιδηρου) Αλβουμινη αυγου (πηγη αμινοξεων για το εμβρυο του πουλιου) Καζεϊνη γαλακτος (πηγη αμινοξεων για τα μικρα ζωα)
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεϊνες «σηματοδοτησης» Π.χ. ορμονες (ινσουλινη, αυξητικοι παραγοντες)
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεϊνικοι υποδοχεις (ροδοψινη, ανιχνευση του φωτος)
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεϊνες ρυθμισης γονιδιων Π.χ. καταβολεας της λακτοζης
Κατηγοριες, σημασια και ρολοι των πρωτεινων Πρωτεϊνες με ειδικες λειτουργιες Π.χ. κολλες μυδιων, αντιψυκτικες πρωτεϊνες αρκτικων οργανισμων
ΠΕΡΙΓΡΑΜΜΑ 3.1 ΟΙ ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΔΟΜΟΥΝΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑ ΣΥΝΟΛΟ 20 ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ 3.2 ΠΡΩΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ 3.3 ΔΕΥΤΕΡΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ 3.4 ΤΡΙΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ 3.5 ΤΕΤΑΡΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ 3.6 Η ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΑ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΙΑΣ ΠΡΩΤΕΙΝΗΣ ΚΑΘΟΡΙΖΕΙ ΤΗΝ ΤΡΙΔΙΑΣΤΑΤΗ ΔΟΜΗ ΤΗΣ
ΠΕΡΙΓΡΑΜΜΑ 3.1 ΟΙ ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΔΟΜΟΥΝΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑ ΣΥΝΟΛΟ 20 ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ: ΔΟΜΙΚΟΙ ΛΙΘΟΙ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ
ΙΣΟΜΕΡΗ ΤΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΟΝΟ L AMΙΝΟΞΕΑ ΑΠΑΝΤΟΥΝ ΣΤΙΣ ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ
ΜΝΗΜΟΤΕΧΝΙΚΟΣ ΚΑΝΟΝΑΣ ΓΙΑ ΤΗΝ L ΜΟΡΦΗ: ΚΥΤΤΑΖΟΝΤΑΣ ΑΠΌ ΤΟ ΑΤΟΜΟ ΤΟΥ ΥΔΡΟΓΟΝΟΥ ΠΡΟΣ ΤΑ ΚΑΤΩ, ΣΧΗΜΑΤΙΖΕΤΑΙ Η ΛΕΞΗ CORN ΚΑΤΑ ΤΗΝ ΦΟΡΑ ΤΩΝ ΔΕΙΚΤΩΝ ΤΟΥ ΡΟΛΟΓΙΟΥ
ΣΥΜΠΕΡΙΦΟΡΑ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΣΕ ΥΔΑΤΙΚΟ ΔΙΑΛΥΜΑ ΣΕ ΟΥΔΕΤΕΡΟ ph, ΣΥΜΠΕΡΙΦΕΡΟΝΤΑΙ ΣΑΝ ΔΙΠΟΛΑ (Η ΑΜΦΟΤΕΡΙΚΑ) ΙΟΝΤΑ ZWITTERIONS
ΤΟ ΑΠΛΟΥΣΤΕΡΟ ΑΜΙΝΟΞΥ: ΓΛΥΚΙΝΗ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΡΩΜΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΡΩΜΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΡΩΜΑΤΙΚΕΣ ΠΛΕΥΡΙΚΕΣ ΑΛΥΣΙΔΕΣ
ΦΑΣΜΑΤΑ ΑΠΟΡΡΟΦΗΣΗΣ ΑΡΩΜΑΤΙΚΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΥΔΡΟΞΥΛΙΚΕΣ ΟΜΑΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΑΛΕΙΦΑΤΙΚΕΣ ΥΔΡΟΞΥΛΙΚΕΣ ΟΜΑΔΕΣ
ΗΚΥΣΤΕΪΝΗ
ΣΕ ΟΞΕΙΔΩΤΙΚΕΣ ΣΥΝΘΗΚΕΣ, ΟΙ ΚΥΣΤΕΙΝΕΣ ΣΧΗΜΑΤΙΖΟΥΝ ΔΙΣΟΥΛΦΙΔΙΚΟΥΣ ΔΕΣΜΟΥΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΒΑΣΙΚΕΣ ΟΜΑΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΒΑΣΙΚΕΣ ΟΜΑΔΕΣ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΒΑΣΙΚΕΣ ΟΜΑΔΕΣ
pk του Ιμιδαζολιου: γυρω στο 6 αρα μπορει να βρισκεται σε φορτισμένη η αφόρτιστη μορφή κοντα σε ph 7, ανάλογα με το περιβάλλον ηιστιδίνηπαίζεισημαντικόρόλο Σταενεργάκέντρατωνενζύμων, σαν δότης η δέκτης πρωτονίων
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΚΑΡΒΟΞΥΛΙΑ ΚΑΙ ΚΑΡΒΟΞΥΛΑΜΙΔΙΑ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΚΑΡΒΟΟΞΥΛΙΑ ΚΑΙ ΚΑΡΒΟΞΥΛΑΜΙΔΙΑ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΚΑΡΒΟΞΥΛΙΑ ΚΑΙ ΚΑΡΒΟΞΥΛΑΜΙΔΙΑ
ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΜΕ ΚΑΡΒΟΞΥΛΙΑ ΚΑΙ ΚΑΡΒΟΞΥΛΑΜΙΔΙΑ
Η ΠΡΟΛΙΝΗ: ΈΝΑ ΙΔΙΑΙΤΕΡΟ ΑΜΙΝΟΞΥ (η πλευρική αλυσίδα συνδέεται και με το Άτομο του α-ανθρακα και με την αμινοομάδα)
ΜΝΗΜΟΤΕΧΝΙΚΟΙ ΚΑΝΟΝΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΣΥΜΒΟΛΙΣΜΟ ΤΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΕ ΚΩΔΙΚΟ ΕΝΌΣ ΓΡΑΜΜΑΤΟΣ 1) ΕΆΝ ΜΟΝΟ ΈΝΑ ΑΜΙΝΟΞΥ ΑΡΧΙΖΕΙ ΜΕ ΕΝΑ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΕΝΟ ΓΡΑΜΜΑ, ΤΟΤΕ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΙΤΑΙ ΑΥΤΌ ΤΟ ΓΡΑΜΜΑ C = CYS = CYSTEINE H = HIS = HISTIDINE I = ILE = ISOLEUCINE M = MET = METHIONINE S = SER= SERINE V = VAL = VALINE
ΜΝΗΜΟΤΕΧΝΙΚΟΙ ΚΑΝΟΝΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΣΥΜΒΟΛΙΣΜΟ ΤΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΕ ΚΩΔΙΚΟ ΕΝΌΣ ΓΡΑΜΜΑΤΟΣ 2) EAN ΠΕΡΙΣΣΟΤΕΡΑ ΑΠΌ ΈΝΑ ΑΜΙΝΟΞΕΑ ΑΡΧΙΖΟΥΝ ΑΠΌ ΤΟ ΙΔΙΟ ΓΡΑΜΜΑ, ΑΥΤΌ ΤΟ ΓΡΑΜΜΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΙΤΑΙ ΓΙΑ ΤΟ ΑΜΙΝΟΞΥ ΠΟΥ ΑΠΑΝΤΑΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΜΕΓΑΛΥΤΕΡΗ ΣΥΧΝΟΤΗΤΑ Α = ΑLA = ALANINE G = GLY = GLYCINE L = LEU = LEUCINE P = PRO = PROLINE T = THR = THREONINE
ΜΝΗΜΟΤΕΧΝΙΚΟΙ ΚΑΝΟΝΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΣΥΜΒΟΛΙΣΜΟ ΤΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΕ ΚΩΔΙΚΟ ΕΝΌΣ ΓΡΑΜΜΑΤΟΣ 3) ΦΩΝΗΤΙΚΟΙ ΚΑΝΟΝΕΣ: F = PHE = PHENYLALANINE R = ARG = ARGININE Y = TYR = TYROSINE W = TRP = TRYPTOPHANE (DOUBLE RING)
ΜΝΗΜΟΤΕΧΝΙΚΟΙ ΚΑΝΟΝΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΣΥΜΒΟΛΙΣΜΟ ΤΩΝ ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ ΜΕ ΚΩΔΙΚΟ ΕΝΌΣ ΓΡΑΜΜΑΤΟΣ 4) ΓΙΑΤΑΥΠΟΛΟΙΠΑΑΜΙΝΟΞΕΑ, ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΓΡΑΜΜΑΤΑ ΚΟΝΤΑ ΣΤΟ ΑΡΧΙΚΟ ΤΟΥΣ ΑΜΙΔΙΑ = ΓΡΑΜΜΑΤΑ ΣΤΟ ΜΕΣΟ ΤΟΥ ΑΛΦΑΒΗΤΟΥ ΚΑΡΒΟΞΥΛΙΑ = ΓΡΑΜΜΑΤΑ ΣΤΗ ΑΡΧΗ ΤΟΥ ΑΛΦΑΒΗΤΟΥ ΤΑ ΜΙΚΡΟΤΕΡΑ ΜΟΡΙΑ ΕΊΝΑΙ ΠΙΟ ΝΩΡΙΣ ΣΤΟ ΑΛΦΑΒΗΤΟ ΑΠΌ ΤΑ ΜΕΓΑΛΥΤΕΡΑ D = ASP = ASPARTATE (NEAR A) E = GLU = GLUTAMATE (NEAR G) N = ASN = ASPARAGINE (CONTAINS N) Q = GLN = GLUTAMINE ( Q -TAMINE ) K = LYS = LYSINE (NEAR L)
ΠΕΡΙΓΡΑΜΜΑ 3.1 ΟΙ ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΔΟΜΟΥΝΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑ ΣΥΝΟΛΟ 20 ΑΜΙΝΟΞΕΩΝ 3.2 ΠΡΩΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ
ΠΡΩΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ- Ο ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΣ ΔΕΣΜΟΣ
ΠΡΩΤΟΤΑΓΗΣ ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ H ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗ ΑΛΥΣΙΔΑ
ΤΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ ΤΟΥ ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΥ ΔΕΣΜΟΥ 1) ΕΠΙΠΕΔΟΣ (ΤΑ ΕΞΙ ΑΤΟΜΑ ΒΡΙΣΚΟΝΤΑΙ ΣΤΟ ΙΔΙΟ ΕΠΙΠΕΔΟ) 2) ΕΧΕΙ ΕΝ ΜΕΡΕΙ ΧΑΡΑΚΤΗΡΑ ΔΙΠΛΟΥ ΔΕΣΜΟΥ
ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΙ ΔΕΣΜΟΙ TRANS ΚΑΙ CIS
ΠΕΠΤΙΔΙΚΟΙ ΔΕΣΜΟΙ X-PRO TRANS ΚΑΙ CIS
ΓΩΝΙΕΣ φ, ψ ΚΑΙ ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΟΛΥΠΕΠΤΙΔΙΚΗΣ ΑΛΥΣΙΔΑΣ
ΕΠΙΤΡΕΠΤΕΣ ΔΙΑΜΟΡΦΩΣΕΙΣ ΚΑΙ ΔΙΑΓΡΑΜΜΑ RAMACHANDRAN