Τι προσφέρει το NCBI. Πληκτρολογούμε:

Transcript

1 PUBMED 1

2 Τι προσφέρει το NCBI Πληκτρολογούμε:

3

4 Τι προσφέρει το NCBI

5

6

7 Η Entrez είναι ένα εργαλείο για crosssearching βάσεων δεδομένων και περιέχει, μεταξύ άλλων: Επιστημονικά κείμενα Βάσεις Αλληλλουχιών DNA και πρωτεϊνών Δεδομένα

8 Blast: Basic local alignment search tool Εργαλείο έρευνας ομοιότητας αλληλουχιών, πρωτεινικών και νουκλεοτιδικών Πάνω από 80,000

9 ΟΜΙΜ: Online Mendelian Inheritance In Man Βάση που περιέχει ανθρώπινα γονίδια και γενετικές δυσλειτουργίες Παρουσιάζει ιδιαίτερο Ιατρικό ενδιαφέρον

10 Το Books είναι: online κατάλογος βιβλίων ό οποίος επιτρέπει την αναζήτηση σε αυτά με χρήση λέξεων-κλειδιών και την εμφάνιση πλήρους κειμένου..

11 Ο TaxBrowser είναι: Κατάλογος που περιέχει τις ταξινομικές κατηγοριοποιήσεις όλων των οργανισμών Ταξινομικά στοιχεία που περιλαμβάνουν και γενετικούς κώδικες Γονιδιώματα οργανισμών

12 Η Structure περιέχει, μεταξύ άλλων: Βάση με τρισδιάστατα (3-D) μοριακά μοντέλα Εργαλεία για την οπτικοποίηση των 3-D μοντέλων (όπως το πρόγραμμα Cn3D) Δεδομένα από την PDB (Protein

13 Η PubMed: Επιτρέπει το «ψάξιμο» στην Medline Ανανεώνεται καθημερινά Είναι προσβάσιμη μέσα από το διαδίκτυο

14 Τι είναι η Medline; Μια βάση δεδομένων με επιστημονικά άρθρα, με περισσότερες από 16Μ καταχωρήσεις (που ξεκινούν από την δεκαετία του 60) Περιέχει περιοδικά (που εκδίδονται σε περισσότερες από 70

15 PubMed Περιήγηση στην ιστοσελίδα της PubMed Πώς θέτουμε απλά ερωτήματα Πώς εκτελούμε πιο περίπλοκες αναζητήσεις Πληκτρολογούμε:

16 PubMed Αποτελ εί κομμάτι του ευρύτερ ου δικτύου αναζήτη σης της Entrez

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28 Abstract/Free Full Text icons

29

30

31

32

33

34

35

36

37 Αποθήκευση

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47 1 AND lipocalin AND disease (35 αποτελέσματα) 1 OR lipocalin OR disease (1,300,000 αποτελέσματα) 1 NOT lipocalin NOT disease (350 αποτελέσματα)

48

49

50

51

52

53

54

55

56

57

58

59 Stopwords

60

61

62

63

64 Limits (όρια) Περιορισμός της αναζήτησης κατά: Ηλικιακή κατηγορία Φύλο Άνθρωπο ή ζώο Γλώσσα δημοσίευσης Τύπο δημοσίευσης Ημερομηνία δημοσίευσης Θεματική Υποκατηγορία (π.χ. καρκίνος ή OLDMEDLINE)

65 Αναζήτησ η βάση ενός ή περισσότ ερων συγγραφέ ων Αναζήτησ η βάση ενός ή περισσότ ερων

66 Περιορισ μοί στον τύπο των κειμένων

67

68 Χρονικά όρια αναζητο ύμενων

69 Επιλογή μελετών σε ανθρώπους ή ζώα σε φύλο

70 Επιλογή μεταξύ των πιο διαδεδομένων γλωσσών. Επιλογή μέσα από συγκεκριμένε ς κατηγοριοπο ιήσεις (AIDS, Βιοηθική, Κλινικά περιδικά κ.λ.π.)

71 Επιλογή του είδους δημοσίευσης (review, κλινικές έρευνες κ.λ.π.) εύρος Ηλικιακό των ατόμων που συμμετέχουν στις μελέτες

72 Παράδειγμα αναζήτησης με όρια Να βρεθούν τα πρόσφατα reviews πάνω στον καρκίνο του νεφρού ανθρώπων μέσης ηλικίας.

73

74 Να βρεθούν οι πρόσφατες ανασκοπήσεις πάνω στον καρκίνο του νεφρού ανθρώπων μέσης ηλικίας.

75

76 Οι 100 πιο πρόσφατες αναζητήσεις αποθηκεύονται. Μπορούν να χρησιμοποιηθ ούν για αναζήτηση

77 History (Ιστορικό Αναζήτησεων) Στο History περιλαμβάνονται: Αποθηκευμένες οι αναζητήσεις Σε χρονολογική σειρά Δυνατότητα επανασκόπησής τους

78 OMIM Online Mendelian Inheritance in Man 78

79 OMIM ΟΜΙΜ: Online Mendelian Inheritance In Man Βάση Δεδομένων που αποτελείται από ανθρώπινα γονίδια και γενετικές δυσλειτουργίες Σχεδόν καταχωρήσεις. Σχεδόν γονίδια γνωστής αλληλουχίας Περίπου αυτοσωμικά

80 Σε τι τύπου αναζητήσεις Ποια απαντάει; γονίδια συνδέονται με την υπέρταση; Σε ποια χρωμοσώματα βρίσκονται; Ποια γονίδια γνωρίζουμε στο Υ χρωμόσωμα; Τι πληροφορίες υπάρχουν για συγκεκριμένα αλληλόμορφα; Ανάσυρε τα δεδομένα της ΟΜΙΜ για τον CFTR παράγοντα της κυστικής ίνωσης και σύνδεσε με σχετικές πρωτεϊνικές αλληλουχίες από την Entrez.

81 Καταχωρήσεις στην ΟΜΙΜ: ΜΙΜ numbers Κάθε καταχώρηση είναι εξαψήφια. Το πρώτο ψηφίο σημαίνει: 1xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή φαινότυποι(εγγραφές πρότερες των 15 Μαΐου, 1994) 2xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή φαινότυποι (εγγραφές ύστερες των 15 Μαΐου, 1994) 3xxxxx X-linked loci or phenotypes 4xxxxx Y-linked loci or phenotypes 5xxxxx Μιτοχονδριακοί τόποι ή φαινότυποι 6xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή

82 Καταχωρήσεις στην ΟΜΙΜ: αλληλόμορφα Αλληλόμορφα: αριθμός ΜΙΜ+.+μοναδικός τετραψήφιος αλληλόμορφου Αλληλόμορφα (μεταλλαγές) του παράγοντα ΙΧ (Β αιμοροφιλία):

83 Καταχωρήσεις στην ΟΜΙΜ: σύμβολα Οι αριθμοί ΜΙΜ έπονται συμβόλων: * γονίδιο γνωστής αλληλουχίας # περιγραφική καταχώρηση, συνήθως φαινότυπος, δεν αντιπροσωπεύει μοναδική θέση + περιγραφή γονιδίου γνωστής αλληλουχίας και φαινοτύπου % περιγραφή γνωστού μεντελιανής κληρονομικότητας φαινοτύπου για τον οποίο η

84 OMIM 84

85

86 Απλή αναζήτηση

87 Απλή αναζήτηση

88 Απλή αναζήτηση

89 Απλή αναζήτηση: AND

90 Απλή αναζήτηση: OR

91 Απλή αναζήτηση: NOT

92 Σύνθετες αναζητήσεις με χρήση όρων BOOLE όρος1[πεδίο] BOOLE όρος2[πεδίο] BOOLE όρος3[πεδίο] Cancer, 17 (χρωμόσωμα), allerg*,

93 Σύνθετες αναζητήσεις με χρήση όρων BOOLE όρος1[πεδίο] BOOLE όρος2[πεδίο] BOOLE όρος3[πεδίο] Κενό: όλα τα πεδία [AV] ή [VAR]: Allelic variant [CH] ή [CHR]: Χρωμόσωμα π.χ. 11[CHR] [GN] ή [GENE]: όνομα γονιδίου [ID] ή [MIM]: αριθμός ΜΙΜ [TI]: όρος στον τίτλο

94 Σύνθετες αναζητήσεις με χρήση όρων BOOLE όρος1[πεδίο] BOOLE όρος2[πεδίο] BOOLE όρος3[πεδίο] AND, OR, NOT

95 Σύνθετες αναζητήσεις με χρήση όρων BOOLE όρος1[πεδίο] BOOLE όρος2[πεδίο] BOOLE όρος3[πεδίο] Παράδειγμα: deafness[ti] AND ( 11[CHR] OR 13[CHR] ) AND nonsyndromic

96 Προχωρημένη αναζήτηση: Index

97 Προχωρημένη αναζήτηση: Index

98 Προχωρημένη αναζήτηση: Limits

99 Προχωρημένη αναζήτηση: Limits

100 Προχωρημένη αναζήτηση: Limits

101 Προχωρημένη αναζήτηση: Limits allergy allergies allergic...

102 Προχωρημένη αναζήτηση: Limits

103

104

105

106

107

108

109

110

111

112 OMIM Gene Map Περιέχει τις θέσεις των γονιδίων που περιέχονται στην ΟΜΙΜ Αρχείο που ξεκινάει από το p τελομερές του χρωμοσώματος 1 μέχρι το q τελομερές του χρωμοσώματος 22 + Χ + Υ Η Διαδικτυακή έκδοση του μπορεί να ψαχθεί με σύμβολα γονιδίων ( SOD1 ), χρωμοσωμικές θέσεις ( 5, Xq ) ή με γενετική ανωμαλία

113

114

115