Α και Β Εργαστήρια Μικροβιολογίας Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ. Άννα Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μικροβιολογίας

Transcript

1 Α και Β Εργαστήρια Μικροβιολογίας Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ Άννα Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μικροβιολογίας

2 Μέλη ΔΕΠ Α και Β Εργαστηρίων Μικροβιολογίας Λ. Σκούρα* Αν. Καθηγήτρια Τ. Βυζαντιάδης Αν. Καθηγητής Μ. Εξηντάρη Αν. Καθηγήτρια Γ. Γκιούλα Αν. Καθηγήτρια Α. Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Δ. Χατζηδημητρίου Επ. Καθηγητής Μ. Καχριμανίδου Επ. Καθηγήτρια Ε. Πρωτονοταρίου* Επ. Καθηγήτρια Α. Μελίδου Επ. Καθηγήτρια

3 Τ. Βυζαντιάδης Αν. Καθηγητής Το Εργαστήριο Διάγνωσης και Παρακολούθησης Μυκητιακών Λοιμώξεων παρέχει όλες τις προτεινόμενες (σύμφωνα με τις διεθνείς συστάσεις και οδηγίες) εξετάσεις που είναι απαραίτητες για τη διάγνωση και παρακολούθηση των διεισδυτικών και των επιφανειακών μυκητιάσεων. Καλύπτει εξειδικευμένα, τουλάχιστον όλο τον ευρύτερο βορειοελλαδικό χώρο, τόσο στο επίπεδο των νοσηλευόμενων ασθενών όσο και της κοινότητας. Σε διαγνωστικό και ερευνητικό επίπεδο πραγματοποιούνται καλλιέργειες, έλεγχοι ευαισθησίας, ορολογικές και μοριακές εξετάσεις, φαινοτυπικές και μοριακές ταυτοποιήσεις, καθώς και προσδιορισμοί επιπέδων αντιμυκητιακών φαρμάκων.

4 Διαγνωστική προσέγγιση λοίμωξης με C. difficile Μ. Καχριμανίδου Επ. Καθηγήτρια Μια συχνά αδιάγνωστη λοίμωξη Απαιτείται η χρήση Διαγνωστικού Αλγόριθμου

5 Εθνικό Κέντρο Αναφοράς AIDS/HIV Β. Ελλάδος Δ. Χατζηδημητρίου Επ. Καθηγητής Εργαστηριακός έλεγχος ατόμων για πιθανή λοίμωξη από τον HIV Επιβεβαίωση της λοίμωξης από τον HIV Παρακολούθηση ατόμων που έχουν μολυνθεί από τον HIV (παρακολούθηση 1500 ατόμων από τη ΜΕΛ του Π.Γ.Ν. ΑΧΕΠΑ, του Π.Γ.Ν. Ηρακλείου, του Γ.Ν. Αλεξανδρούπολης) Εργαστηριακός έλεγχος για σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα

6 Εξετάσεις που πραγματοποιούνται στο Εθνικό Κέντρο Αναφοράς AIDS Διάγνωση Ανοσολογικές τεχνικές ELISA (Screening) Western Blot (Επιβεβαιωτικές δοκιμασίες) Παρακολούθηση Μέτρηση CD4 Μέτρηση CD8 (προαιρετικά) Προσδιορισμός HIV RNA (ιικό φορτίο) Έλεγχος γονοτυπικής αντοχής και καθορισμός υποτύπου Έλεγχος τροπισμού Έλεγχος HLA B*57:01

7 Next Generation Sequncing, NGS Τον Σεπτέμβριο του 2017 το ΕΚΑΑΒΕ ενισχύθηκε με αναλυτή Νέας Γενιάς Αλληλούχησης (NGS), ότι πιο σύγχρονο στον τομέα της αλληλούχησης γονιδιώματος. Υπάρχει πλέον η δυνατότητα μαζικής παράλληλης αλληλούχησης τμημάτων DNA που οδηγεί σε μεγάλο αριθμό δεδομένων. Έπιπλέον γίνεται ταχεία αλληλούχηση ολόκληρων γονιδιωμάτων και πολλών δειγμάτων ταυτόχρονα. Illumina s MiniSeq Sequencing System

8 Εθνικό Κέντρο Αναφοράς Γρίπης Β. Ελλάδος Μ. Εξηντάρη Αν. Καθηγήτρια Γ. Γκιούλα Αν. Καθηγήτρια Α. Μελίδου Επ. Καθηγήτρια Εργαστηριακή διάγνωση και επιτήρηση γρίπης 1. Μοριακή διάγνωση ιών γρίπης Α και Β με real time RT-PCR (ISO15189:2007) 2. Υποτυποποίηση ιών γρίπης Α (Η1Ν1pdm09 και Η3Ν2) και Β (Yamagata και Victoria) (ISO15189:2007) 3. Μοριακή ανίχνευση ανθεκτικότητας σε αντι-ιικά φάρμακα (ISO15189:2007) 4. Καλλιέργεια σε κύτταρα και εβρυοφόρα αβγά όρνιθας - Αιμοσυγκόλληση 5. Γενετικός χαρακτηρισμός ιών γρίπης με αλληλούχηση κατά Sanger 6. Αντιγονικός χαρακτηρισμός ιών γρίπης με αναστολή αιμοσυγκόλλησης 7. Συμβολή στο Vaccine Composition Meeting του WHO με αποστολή δειγμάτων και αναφορών

9 Αλληλούχηση Νέας Γενιάς Next Generation Sequencing Ion Torrent Personal Genome Machine Life Technologies Από το 2014 Εφαρμογές στην ιολογία, βακτηριολογία, γενετική ανθρώπου Whole Genome Sequencing ιών Σε αδιάγνωστα περιστατικά Αλληλούχηση ολόκληρων γονιδιωμάτων ιών (CCHFV, Norov, West Nile v. κτλ) PCR-based (amplicon) sequencing Ανίχνευση, τυποποίηση, ταυτοποίηση ιών και βακτηρίων Αλληλούχηση ολόκληρων γονιδιωμάτων (ENA) Μελέτες μικροβιώματος σε ασθενείς: Με λοιμώξεις του αναπνευστικού Με πέμφιγα Με αυτισμό Με κίρρωση του ήπατος Σε αδιάγνωστα περιστατικά

10 Εθνικό Κέντρο Αναφοράς Αρμποϊών και Αιμορραγικών Πυρετών Α. Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Αρμποϊοί Ιός Δυτικού Νείλου Ιός κροτωγενούς εγκεφαλίτιδας Φλεβοϊοί Ιοί Δάγκειου Ιός Ζίκα Ιός Chikungunya Ιός κίτρινου πυρετού Εργαστηριακή διάγνωση λοιμώξεων Ιοί αιμορραγικών πυρετών Χανταϊοί (αιμ. πυρετός με νεφρικό σύνδρομο) Ιός αιμορ. πυρετού Κριμαίας-Κογκό Ιός Lassa Αρεναϊοί Νέου Κόσμου Ιοί Ebola Marburg και «εισαγόμενα» περιστατικά CCHFV

11 BSL3 lab

12 1. Ορολογικές (ELISA, IFA) Eργαστηριακές Μέθοδοι στο ΕΚΑΑΑΠ 2. Μοριακές (PCR, RT-PCR, real-time PCR) + Sanger sequencing 3. Απομόνωση των ιών σε κυτταροκαλλιέργειες 4. Γενετικός χαρακτηρισμός των στελεχών των ιών και φυλογενετική ανάλυση 5. Next generation sequencing (NGS) για αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος των ιών (Ion torrent, Illumina). 6. Μελέτη ανοσιακής απάντησης με μέτρηση επιπέδων κυτταροκινών

13 Τρέχοντα Ευρωπαϊκά Προγράμματα και Δίκτυα Aim of COMPARE is the rapid identification, containment and mitigation of emerging infectious diseases and food borne outbreaks through the use of new genome technology Efficient response to highly dangerous and emerging pathogens at EU level (Networking, rapid detection, training, EQAs) Support of surveillance activities of human influenza in Europe Training Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network (Networking, rapid detection, training, EQAs)

14 Μέλη ΔΕΠ Εργαστηρίων Μικροβιολογίας Τ. Βυζαντιάδης Αν. Καθηγητής Μ. Εξηντάρη Αν. Καθηγήτρια Α. Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μ. Καχριμανίδου Επ. Καθηγήτρια Ε. Πρωτονοταρίου* Επ. Καθηγήτρια Μέλη ΕΔΙΠ, ΕΤΕΠ, Διοικητικοί, Ερευνητές