ΕΠΑΝΑΛΗΨΗ. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου

Σχετικά έγγραφα
ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ ΑΝΑ ΖΕΥΓΗ

Στοίχιση Ακολουθιών. Μέθοδοι σύγκρισης ακολουθιών. Είδος στοίχισης. match. gap. mismatch

ΑΣΚΗΣΗ 3η Στοίχιση ακολουθιών βιολογικών µακροµορίων

Βιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών,(2/2) 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Σύστημα βαθμολόγησης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

ΠΟΛΛΑΠΛΗ ΣΤΟΙΧΙΣΗ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ I

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών

Βιοπληροφορική. Ενότητα 13: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (1/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών

LALING/PLALING :

Εισαγωγή στους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής. Στοίχιση αλληλουχιών

Βιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Κατα ζέυγη στοίχιση και στατιστική σημαντικότητα αυτής

ΑΡΧΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΜΗΧΑΝΙΚΗΣ

Πρόβλημα. Σύνολο γνωστών αλληλουχιών

Πίνακες αντικατάστασης PAM και BLOSUM και εναλλακτικές προσεγγίσεις

Βιοπληροφορική. Ενότητα 7: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη Τεχνικές Στοίχισης Ακολουθιών, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Περιοχές με ακραία σύσταση / χαμηλή πολυπλοκότητα

Στοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ Ε ΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής

Βιοπληροφορική. Πίνακες Αντικατάστασης BLOSUM & Οπτική Σύγκριση Αλληλουχιών. Αλέξανδρος Τζάλλας

Κατά ζεύγη στοίχιση ακολουθιών Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών Patterns. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου

Βιοπληροφορική. Blast/PSI-Blast 3o εργαστήριο

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ΟΜΟΙΟΤΗΤΩΝ ΣΕ ΒΑΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΑΚΟΛΟΥΘΙΩΝ

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική

PSI-Blast: τι είναι. Position specific scoring matrices (PSSMs) (Πίνακες αντικατάστασης θέσης)

Κεφάλαιο 5 ο : Αλγόριθµοι Σύγκρισης Ακολουθιών Βιολογικών εδοµένων

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών (Προοδευτικές μέθοδοι)

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙ: Ευριστικές μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων

Βιοπληροφορική. Ενότητα 8: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε Βάσεις Δεδομένων Ακολουθιών, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος Αναπληρωτής Καθηγητής. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Λαμία, 2015

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 7: Σύγκριση αλληλουχιών Part II

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική

Ασκήσεις 1 & 2. Βάσεις Δεδομένων. Εργαλεία Αναζήτησης ClustalW & Blast

ΒΙΟ230 - Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία Πρακτικό Εργαστήριο: Basic Local Alignment Search Tool BLAST

Μέθοδοι μελέτης εξέλιξης

Βιοπληροφορική. Ενότητα 12: Μέθοδοι Πολλαπλής Στοίχισης, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής

Υπολογιστικά Φύλλα Microsoft Excel 2016 Level I

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ

ΔΟΜΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ II. Σελίδα 1 ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ. Τ. Θηραίου

Στοίχιση ανά ζεύγη Εισαγωγή

Περιεχόμενα. Δομές δεδομένων. Τεχνικές σχεδίασης αλγορίθμων. Εισαγωγή στον προγραμματισμό. Υποπρογράμματα. Επαναληπτικά κριτήρια αξιολόγησης

Βιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

BIOTECH - GO. Μία συνδυασμένη μέθοδος εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική - Το μέσο των μικρομεσαίων επιχειρήσεων για τις βιοτεχνολογικές καινοτομίες

Βιοπληροφορική. Ενότητα 14: Μοντέλα Πολλαπλής Στοίχισης (2/2), 1.5ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Βιοπληροφορική. Ενότητα 20: Υπολογιστικός Προσδιορισμός Δομής (2/3), 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

Αλληλοεπικαλυπτόμενα επιστημονικά πεδία Υπολογιστικής Βιολογίας

Πολλαπλή στοίχιση multiple sequence alignment (MSA)

Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας. Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών. Βιοπληροφορική. Ενότητα 6: Σύγκριση αλληλουχιών Part I

Microsoft EXCEL ΛΟΓΙΣΤΙΚΑ ΦΥΛΛΑ ECDL. Περιεχόμενα. Απόκτησε τώρα το δίπλωμα. για να θεωρείσαι Επαγγελματίας! 1 Χρήση της Εφαρμογής.

Συγκριτική Γονιδιωματική

Μέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης

Σηµειώσεις Βιοπληροφορικής

Πρόγνωση δομής πρωτεϊνών (Μέρος Ι)

i 1 Όσο i <> 100 επανάλαβε i i + 2 Γράψε A[i] Τέλος_επανάληψης

Παρακάτω προτείνεται μια αλληλουχία ενεργειών την οποία ο χρήστης πρέπει να ακολουθήσει για να αξιοποιήσει τις δυνατότητες της εφαρμογής.

ECDL Module 4 Υπολογιστικά Φύλλα Εξεταστέα Ύλη, έκδοση 5.0 (Syllabus Version 5.0)

Outline. 6 Edit Distance

Αλγόριθμοι Εύρεσης Ομοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σημαντικότητας

Βιοπληροφορική. Ενότητα 11: Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών, 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ

Βιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (2/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΙ. Δυναμικός Προγραμματισμός. Παντελής Μπάγκος

Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Blast

ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΕΙΣ ΒΑΣΕΙΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΩΝ. Δρ. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου

Βιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ

ΑΡΧΗ 1ης ΣΕΛΙΔΑΣ ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ : ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΣΕ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΤΑΞΗ : Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΠΟΥΔΕΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΑΣ & ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

Φυσική Β Λυκείου Γενικής

ΕΙΔΙΚΟΤΗΤΑ: ΤΕΧΝΙΚΟΣ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΜΑΘΗΜΑ: ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Κεφάλαιο 4 Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ ΕΣΠΕΡΙΝΩΝ

Μάθημα 8 ο. Ανίχνευση Ακμών ΤΜΗΥΠ / ΕΕΣΤ 1

ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΣΕ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΟ ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΣΧΟΛΙΚΟΥ ΕΤΟΥΣ

Μάθημα 8 ο. Ανίχνευση Ακμών ΤΜΗΥΠ / ΕΕΣΤ 1

ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ : ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΣΕ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΤΑΞΗ : Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΠΟΥΔΕΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΑΣ & ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

ΑΡΧΗ 1ΗΣ ΣΕΛΙ ΑΣ Γ ΗΜΕΡΗΣΙΩΝ

Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Α5. Να γράψετε στο τετράδιό σας τους αριθμούς της στήλης Α και δίπλα το γράμμα της στήλης Β που αντιστοιχεί σωστά. 1. χαρακτήρες α.

Κεφάλαιο 3 Αλγόριθμοι Στοίχισης Αλληλουχιών

Αλγόριθµοι Εύρεσης Οµοιοτήτων Ακολουθιών Μέρος ΙΙΙ: Έλεγχος στατιστικής σηµαντικότητας. Πίνακες αντικατάστασης για σύγκριση ακολουθιών

Ενδεικτικές Ερωτήσεις Θεωρίας

Πρόβλημα Αποθήκευση Προγραμμάτων

Πανεπιστήµιο Θεσσαλίας Σχολή Τεχνολογικών Επιστηµών Τµήµα Μηχανολόγων Μηχανικών Βιοµηχανίας

Ασκήσεις 3& 4. Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική. Πλατφόρμες Πρόβλεψης & Προσομοίωσης 2ταγούς Δομής. Μοριακή Απεικόνιση

ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ : ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΣΕ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΤΑΞΗ : Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΠΟΥΔΕΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΑΣ & ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ : ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ ΣΕ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ ΤΑΞΗ : Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΠΟΥΔΕΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΑΣ & ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΤΜΗΜΑ: Γ2

Αντικείμενα 2 ου εργαστηρίου

ΔΙΑΝΥΣΜΑΤΑ. Ακολουθίες. Στην ενότητα αυτή θα μάθουμε: Να ορίζουμε το διάνυσμα.

1. Δυναμική Ενέργεια και Διατηρητικές Δυνάμεις

ΚΕΦΑΛΑΙΑ 3 & 9 (ΠΙΝΑΚΕΣ)

Περιεχόμενα. Περιεχόμενα

ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ: ΔΥΝΑΜΕΙΣ ΚΑΙ ΡΟΠΕΣ

Αλληλουχίες βιολογικών µακροµορίων Δοµή, λειτουργία, εξέλιξη

Ερώτημα 1. Μας δίνεται μια συλλογή από k ακολοθίες, k >=2 και αναζητούμε το πρότυπο Ρ, μεγέθους n.

Transcript:

ΕΠΑΝΑΛΗΨΗ Σελίδα 1

τεχνική σύγκρισης ακολουθιών υπολογισµός ενός µέτρου οµοιότητας αναζήτηση ομολογίας S-S match S1 HFCGGSLINEQWVVSAGHC HFCG S NE AGHC S2 HFCGASIYNENYA-TAGHC gap mismatch Σελίδα 2

ολική ή τοπική στοίχιση πίνακες αντικατάστασης Στοίχιση Ακολουθιών διαφορετικά scores ομοιότητας για την αντιστοίχιση διαφορετικών ζευγών αμινοξέων μοντέλα βαθμολόγησης των κενών gap penalty: linear vs affine τεχνικές στοίχισης ακολουθιών dot plots δυναμικός προγραμματισμός ευριστικοί αλγόριθμοι Σελίδα 3

Blosum 62 Σελίδα 4

Μοντέλα βαθμολόγησης των κενών κενό μήκους k καταλοίπων Linear gap penalty gap penalty a gp(k) = ak Affine gap penalty gap-opening penalty b (ποινή για το άνοιγμα κενού) gap-extension penalty a (ποινή για την επέκταση κενού) gp(k) = b + ak, ( b > a ) Σελίδα 5

Υπολογίστε το score για την ακόλουθη στοίχιση χρησιμοποιώντας τον πίνακα BLOSUM62 και για τη βαθμολόγηση των κενών: (α) το μοντέλο affine gap με gap opening penalty = -11 και gap extension penalty = -1 (β) το μοντέλο linear gap με gap penalty = -8 Κ L V A H G K K K - - K H - V T Σελίδα 6

Κ L V A H G K K K - - K H - V T BLOSUM62, affine gap, gap opening = -11, gap extension = -1 S(Κ,K)+S(A,K)+S(H,H)+S(K,V)+S(K,T) = 5 + (-1) + 8 + (-2) + (-1) = 9-11 - 2 1-11 - 1 1 = -25 score = 9 25 = -16 BLOSUM62, linear gap, gap penalty = -8 S(Κ,K)+S(A,K)+S(H,H)+S(K,V)+S(K,T) = 5 + (-1) + 8 + (-2) + (-1) = 9-3 8 = -24 score = 9 24 = -15 Σελίδα 7

Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση Ακολουθιών Ολική Στοίχιση Τοπική Στοίχιση Y 1 Y 2 Y 3 X 1 X 2 X 3 X 4 0-1 d -2 d -3 d -4 d -1 d -2 d -3 d X 1 X 2 X 3 X 4 0 0 0 0 0 Y 1 0 Y 2 0 Y 3 0 d = gap Σελίδα 8

Δυναμικός Προγραμματισμός Στοίχιση Ακολουθιών Ολική Στοίχιση A G T A 0-1 -2-3 -4 A -1 1 0-1 -2 στοίχιση A G T A A -- T A T -2 0 0 1 0 A -3-1 -1 0 2 score = 2 Σελίδα 9

Δίνεται ο πίνακας δυναμικού προγραμματισμού για την ολική στοίχιση των ακολουθιών AGΤA και ATA, με το σύστημα βαθμολόγησης match = 1, mismatch = -1, gap = -1. Υπολογίστε την τιμή για το σημειωμένο κελί και τοποθετείστε το αντίστοιχο βέλος. F(i,j) i = 0 1 2 3 4 A G T A j = 0 1 2 3 0-1 -2-3 -4 A -1 1 0-1 -2 T -2 0 0 1 0 A -3-1

match = 1, mismatch = -1, gap = -1 διαγώνιος: 0+mismatch = 0-1 = -1 οριζόντια: -1+gap = -1-1 = -2 κατακόρυφα: 0+gap = 0-1 = -1 max(-1,-2,-1) = -1 F(i,j) i = 0 1 2 3 4 A G T A j = 0 1 2 3 0-1 -2-3 -4 A -1 1 0-1 -2 T -2 0 0 1 0 A -3-1 -1

Δίνεται ο πίνακας δυναμικού προγραμματισμού για την τοπική στοίχιση των ακολουθιών LIFYAV και FIYA. Ποια είναι η βέλτιστη στοίχιση; Ποιο είναι το score της στοίχισης; Σελίδα 12

F I Y A 0 0 0 0 0 L 0 0 2 0 0 I 0 0 4 2 0 F 0 6 4 7 5 Y 0 4 5 11 9 A 0 2 3 9 15 V 0 0 5 7 13 Σελίδα 13

F I Y A 0 0 0 0 0 L 0 0 2 0 0 I 0 0 4 2 0 F 0 6 4 7 5 Y 0 4 5 11 9 A 0 2 3 9 15 V 0 0 5 7 13 βέλτιστη στοίχιση score στοίχισης F I Y A F Y A Σελίδα 14 score = 15

Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών Χρησιμοποιώντας τον πίνακα αντικατάστασης Blosum62 υπολογίστε το sum-of-pairs score για την πολλαπλή στοίχιση: A L L E G L L D W L G D 1 η στήλη: S(A,G) + S(A,W) + S(G,W) = 0 + (-3) + (-2) = -5 2 η στήλη: 3 S(L,L) = 3 4 = 12 3 η στήλη: S(L,L) + 2 S(L,G) = 4 + 2 (-4) = -4 4 η στήλη: 2 S(E,D) + S(D,D) = 2 2 + 6 = 10 sum-of-pairs score = -5 + 12-4 + 10 = 13 Σελίδα 15

Σύνταξη Prosite Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών "x" οποιοδήποτε κατάλοιπο [ ] : επιτρεπτά κατάλοιπα π.χ. [ALT] = Ala ή Leu ή Thr { } : μη επιτρεπτά κατάλοιπα π.χ. {AM} οποιοδήποτε κατάλοιπο εκτός Ala και Met () : ποσοτικός τελεστής π.χ. x(3) = x-x-x, x(2,4) = x-x ή x-x-x ή x-x-x-x "-" διαχωρίζει γειτονικά στοιχεία "<" στο αμινοτελικό άκρο ">" στο καρβοξυτελικό άκρο Σελίδα 16

Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών Ποια από τις ακόλουθες κανονικές εκφράσεις μπορεί να περιγράψει την ακολουθία ADLGAVFALCDRYFQ; x(2)-{rk}-g-[av]-x(4)-{c}-d-[rk]-[yw]-f-q. [AS]-D-[IVL]-G-x(2,4)-{PG}-C-[DE]-R-[FY](2)-Q. x(2)-{rk}-g-[av]-x(4)-{c}-d-[rk]-[yw]-f-q. A D L G A V F A L C D R Y F Q δεν την περιγράφει [AS]-D-[IVL]-G-x(2,4)-{PG}-C-[DE]-R-[FY](2)-Q. A D L G A V F A L C D R Y F Q την περιγράφει Σελίδα 17

Πολλαπλή Στοίχιση Ακολουθιών [AC]-x-V-x(4)-{ED} DEHSDVLPVLDVCSVKHVAEVFQALIYWIKAMNQQTTLDT Σε ποια (-ες) θέση(-εις) της ακολουθίας ταιριάζει; DEHSDVLPVLDVCSVKHVAEVFQALIYWIKAMNQQTTLDT [AC]-x-V-x(4)-{ED} Σελίδα 18

Ποιον πίνακα αντικατάστασης θα χρησιμοποιήσετε για να στοιχίσετε αμινοξικές ακολουθίες με ισχυρή ομοιότητα; PAM1 BLOSUM45 Ποιο από τα παρακάτω προγράμματα χρησιμοποιείται για τη στοίχιση δομών; GENSCAN DALI Χαρακτηρίστε τις προτάσεις ως σωστές (Σ) ή λανθασμένες (Λ). Στην αναγνώριση διπλώματος γίνεται στοίχιση ακολουθίας δομής. Το PHI-BLAST χρησιμοποιεί για την αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων ακολουθιών ένα Position-Specific Scoring Matrix (PSSM). Σελίδα 19