Διαγονιδιακά Φυτά σε Καλλιέργεια και στο Εμπόριο. Φυτά: Αραβόσιτος, Σογια, Βαμβάκι, Ελαιοκράμβη. - Ανθεκτικότητα σε ζιζανιοκτόνα

Transcript

1 Διαγονιδιακά Φυτά σε Καλλιέργεια και στο Εμπόριο Φυτά: Αραβόσιτος, Σογια, Βαμβάκι, Ελαιοκράμβη Αγρονομικά Χαρακτηριστικά - Ανθεκτικότητα σε ζιζανιοκτόνα - Ανθεκτικότητα σε έντομα

2

3

4

5 Καλλιεργούμενη έκταση Γεωργική Γη

6 Bιοτεχνολογικές εφαρμογές- Α Διαγονιδιακά Φυτά με βελτιωμένα αγρονομικά χαρακτηριστικά Ανθεκτικότητα σε ζιζανιοκτόνα Ανθεκτικότητα σε έντομα Ανθεκτικότητα σε ασθένειες (βακτήρια, μύκητες, ιοί) Αντοχή σε περιβαλλοντικές καταπονήσεις

7 Ανθεκτικότητα σε ζιζανιοκτόνα Roundup Ready Soybeans Traditional Soybeans

8 Διαγονιδιακά φυτά με ανθεκτικότητα σε ζιζανιοκτόνα Γιατί αυτά; ο μηχανισμός δράσης συγκεκριμένων ζιζανιοκτόνων και τα μεταβολικά μονοπάτια που επηρέαζαν ήταν γνωστά (ετερογενής ομάδα ενώσεων) τα βιολογικά εργαλεία για την επιτυχία της ανθεκτικότητας υπήρχαν: ανθεκτικά βακτήρια, ποικιλίες με αντοχή επιλεγμένες σε ιστοκαλλιέργειες, ανθεκτικές καλλιέργειες και ζιζάνια στον αγρό η ανθεκτικότητα ήταν δυνατή με τη μεσολάβηση ενός μοναδιαίου γονιδίου, το οποίο χρησιμοποιείται και ως δείκτης επιλογής εμπορικοί λόγοι

9 ζιζάνια εχθροί άνθρωπος ασθένειες

10 Διαγονιδιακά φυτά 2ης γενιάς Συσσωρευμένα χαρακτηριστικά ανθεκτικότητας σε ζιζανιοκτόνα και έντομα - SmartStax αραβόσιτος (MON x TC1507 x MON 88017x DAS ) - RReady2Yield σόγια Εξάλειψη γονιδίων επιλογής (ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά) Eθνικά προϊόντα Π.χ. Bt Huahui-1 και Bt Shanyou Shanyou-63 ρύζι, Huazhong Agricultural University, Κινα Βt βαμβάκι και Bt brinjal (eggplant), Ινδία

11 Στρατηγικές 1. Αποτοξικοποίηση ζιζανιοκτόνου με εισαγωγή γονιδίων βακτηριακής (κυρίως) ή φυτικής προέλευσης απαραίτητες ιδιότητες γονιδίων απόλυτη εξειδίκευση μονογονιδιακός χαρακτήρας να μην απαιτεί πολύπλοκα συνένζυμα καλή ενζυμική κινητική απουσία τοξικότητας του προϊόντος αντίδρασης 2. Υπερπαραγωγή της φυσιολογικής, μη-τροποποιημένης πρωτεϊνηςστόχου 3. Τροποποίηση της πρωτεϊνης-στόχου γνωστή η βιοχημική θέση δρασης δυνατότητα στη μοριακή μηχανική τροποποίησης? εντοπισμός σε υποκυτταρικά διαμερίσματα πολυμερή ένζυμα Δεν είναι απαραίτητο να γνωρίζουμε τον τρόπο δράσης 4. Ενίσχυση της αποτοξικοποίησης από ενδογενείς μηχανισμούς του φυτού (κυτοχρωμα P450, μεταφεράση S της γλουταθειόνης, GST)

12 Ανθεκτικότητα στο glufosinate (phoshinopthricin)- BASTA bar / pat acetyltransferase Bialaphos Phosphinothricin (glufosinate) στρατηγική 1: εισαγωγή γονιδίων αποτοξικοποίησης βακτηριακής προέλευσης

13 Ανθεκτικότητα σε sulphonylureas/ imidazolinones Λευκίνη Βαλίνη Acetolactate synthase Ισολευκίνη

14 Ανθεκτικότητα σε sulphonylureas/ imidazolinones στρατηγική 1: εισαγωγή γονιδίων από βακτήρια, ζύμες και φυτά στρατηγική 3: τροποποίηση πρωτεϊνης στόχου Ser621 Asn621 Zhu et al, 1999: Targeted manipulation of maize genes in vivo using chimeric RNA/DNA oligonucleotides. PNAS, 96,

15 Bιοσύνθεση αρωματικών αμινοξέων φωσφορική ερυθρόζη φωσφοενολπυροσταφυλικό οξύ σικιμικό glyphosate EPSP συνθάση 5 ενολπυροσταφυλσικιμ 3-φωσφορικό

16 Ανθεκτικότητα στο glyphosate (Roundup) 3 φωσφο σικιμικό οξύ παρεμπόδιση φωσφοενολπυροσταφυλικό οξύ glyphosate

17 Ανθεκτικότητα στο glyphosate στρατηγική 2: υπερέκφραση μη τροποποιημένου φυτικού γονιδίου στρατηγική 3: υπερέκφραση τροποποιημένης πρωτεϊνης-στόχου Gly96Ala/ Pro101Ala Rice actin Maize CTP Maize mutant EPSPS T102I/ P106S 3 nos αλλά και στρατηγική 3 σε συνδυασμό με καταβολισμό του glyphosate (GOΧ: οξειδάση του glyphosate αμινομεθυλφωσφονικό οξύ + γλυοξυλικό οξύ

18 the Genuity Roundup Ready 2 Yield gene is situated in one of high-yield DNA regionst identified through extensive gene mapping to help deliver high-yield potential.

19 Ανθεκτικότητα σε έντομα εισαγωγή γονιδίων βακτηριακής προέλευσης Β. thuringiensis: cry γονίδια - insecticidal crystal protein (ICP/ Cry/ Bt/ δ-ενδοτοξίνη)

20 Διαγονιδιακά φυτά με ανθεκτικότητα σε έντομα Κύριες κατηγορίες εντόμων-εχθρών: Lepidoptera Diptera Orthoptera Homoptera Coleoptera

21 Ανθεκτικότητα σε έντομα εισαγωγή γονιδίων βακτηριακής προέλευσης Β. thuringiensis: cry γονίδια - insecticidal crystal protein (ICP/ Cry/ Bt/ δ-ενδοτοξίνη)

22 Στρατηγικές εισαγωγή γονιδίων βακτηριακής προέλευσης προκαλούν ωσμωτική λύση επιθηλιακών κυττάρων του εντερικού σωλήνα των εντόμων Καμία επίπτωση σε άλλους οργανισμούς τουλάχιστον 40 διαφορετικές οικογένειες γονιδίων

23

24 Ανάπτυξη εμπορικών σειρών Ποιότητα του επιθυμητού χαρακτηριστικού Αριθμός και σταθερότητα ενθέσεων του διαγονιδίου Σταθερότητα, επιπεδο και σχέδιο της έκφρασης

25 Εταιρεία Τrade name Bt πρωτείνη Καλλιέργεια Εντομο-εχθρός Μοnsanto New-Leaf Cry3A πατάτα Colorado beetle Monsanto Bollgard Cry1Ac βαμβάκι Tobaco budworm cotton bollworm pink booworm Monsanto YieldGard Cry1Ab(Μοn810) καλαμπόκι European corn borer Novartis Knockout (Bt11) Mycogen NaturGard (Bt176) Dekalb Bt-Xtra Cry1Ac καλαμπόκι European corn borer Aventis StarLink Cry9C καλαμπόκι European corn borer Mycogen HerculexI Cry1F καλαμπόκι Εuropean corn borer Pioneer Monsanto Cry3Bb καλαμπόκι Corn rootworm larvae

26 Aνάπτυξη ανθεκτικότητας απο τα έντομα στις Bt και στρατηγικές αντιμετώπισης πυραμίδα γονιδίων με διασταύρωση διαφορετικών διαγονιδιακών σειρών δημιουργία χειμαρικών πρωτεϊνών με γενετική μηχανική Integrated Pest Management (IPM) και σχέδια διαχείρισης ανθεκτικότητας π.χ. στρατηγική καταφυγίου

27 Στρατηγικές Copy nature Αναγνώριση ανθεκτικών φυτών (βιβλιογραφία, συλλογές, παρατήρηση φυσικών πληθυσμών) Απομόνωση πρωτεϊνών με εντομοκτόνες ιδιότητες και των αντιστοίχων γονιδίων Bioassays (τεχνητές δίαιτες οργανισμών-στόχων) Τεστ τοξικότητας θηλαστικών Δημιουργία διαγονιδιακών φυτών με χρήση ιστοειδικών προαγωγέων (π.χ. Tryptophan synthase a:, pepc: πράσινοι ιστοί) ή προαγωγέων απόκρισης στον τραυματισμό (π.χ. Proteinase inhibitor II) Επιλογή και μελέτες επικινδυνότητας

28 Παραδείγματα: Protease inhibitor genes targetting: Serine protease Trypsin Cysteine protease Proteinase Carbohydrate inhibitor genes targetting: Lectins (Homoptera-μυζητικά) Agglutinins a- amylase {Galanthus nivalis Agglutinin- Pusztai affair Others: Chitinase Anionic peroxidase Tryptophan decarboxylase (tryptamine)

29 Eπίδραση στο περιβάλλον Ανάπτυξη ανθεκτικότητας από τα έντομα-στόχους Επίδραση σε οργανισμούς μη-στόχους: έντομα με ευαισθησία σε Βt έντομα χωρίς ευαισθησία (Homoptera, Thysanoptera) έντομα επικονιαστές έντομα-φυσικούς εχθρούς εντόμων

30 Use of SIT together with transgenic cotton expressing the Bt transgene suppresses the growth of the pink bollworm population and facilitates management of resistance to Bt toxin. Wu, Nature Biotechnology 28, (2010)

31 Aλλά και γενετικη μηχανική σε predators Εντομοπαθογόνους μύκητες Εντομοπαθογόνους νηματώδεις Baculovirus Διαγονιδιακά έντομα-εχθρούς

32 - RReady2Yield σόγια Διαγονιδιακά φυτα 2ης γενιάς Συσωρευμένα χαρακτηριστικά ανθεκτικότητας σε ζιζανιοκτόνα και έντομα - SmartStax αραβόσιτος (MON x TC1507 x MON 88017x DAS ) Εξάλειψη γονιδίων επιλογής (ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά) Eθνικά προϊόντα Π.χ. Bt Huahui-1 και Bt Shanyou Shanyou-63 ρύζι, Huazhong Agricultural University, Κινα Βt βαμβάκι και Bt brinjal (eggplant), Ινδία

33

34 Aνθεκτικότητα σε ασθένειες (βακτήρια, μύκητες, ιοί) Αλληλεπιδράσεις φυτών-μικροοργανισμών Συμβιωτικές σχέσεις (ριζόβια, μυκόρριζες) Ο μικροοργανισμός είναι παθογόνος (βιότροφοι, νεκρότροφοι) Το φυτό-ξενιστής είναι ανθεκτικό και δεν αναπτύσσεται ασθένεια Το φυτό εμφανίζει αντοχή στην μόλυνση και τα συμπτώματα της ασθένειας είναι περιορισμένα

35 Στοχοι της βιοτεχνολογίας φυτών σήμερα food, feed, fiber Αγρονομικά χαρακτηριστικά: ανθεκτικότητα σε ασθένειες (μύκητες, βακτήρια, ιοί) ζιζάνια εχθροί άνθρωπος ασθένειες

36 Διασυστηματική αντοχή Systemic acquired resistance (SAR) Induced systemic resistance (ISR) ISR (rhizobacteria) Pathogen perception JA (herbivory) ethylene NPR1 SA/BTH bzip factors WRKY factors Defence gene expression (PR genes, others) Fungal/bacterial/viral/in sect resistance

37 Φυσική άμυνα φυτών Ανατομικά χαρακτηριστικά (φελλοί, κηροί κ.τ.λ.) Προσχηματισμένοι μεταβολίτες και χημική προστασία (αντιμικροβιακές πρωτείνες, π.χ.defensins, δευτερογενείς μεταβολίτες, φυτοαντισιπίνες και φυτοαλεξίνες) Επαγώμενα συστήματα Διασυστηματική αντοχή

38

39

40 Γονίδια ανθεκτικότητας R και αντίδραση υπερευαισθησίας HR

41 Γονίδια ανθεκτικότητας R και αντίδραση υπερευαισθησίας HR HR: τοπική νέκρωση ιστών (NADPH-dependent oxidative burst/ phenolics and nitric oxide release)

42 Διασυστηματική αντοχή Systemic acquired resistance (SAR) Induced systemic resistance (ISR)

43 Στρατηγικές για διαρκή aνθεκτικότητα πυραμίδα R γονιδίων (marker-assisted selection) π.χ.oryza sativa Xanthomonas oryzae pv oryzae, Υπερέχοντα γονίδια Xa21, Xa4 και υποτελή xa5, xa13 στόχος συντηρημένοι avirulence loci π.χ.bs2-avrbs2, πιπεριά-xanthomonas campestris pv. vesicatoria

44 Eπαγωγή HR και SAR: Bιοτεχνολογικές εφαρμογές Διαγονιδιακά φυτά με υπερέκφραση Defensins και άλλες πρωτείνες με αντιμικροβιακές ιδιότητες,π.χ. Thionins, cecropin και melittin απο έντομα, lactoferrin PR πρωτεϊνών (χιτινάσες, γλουκανάσες, ribosome inactivating proteins -RIP) Ρυθμιστικές πρωτεϊνες π.χ. NPR1

45

46 Ανθεκτικότητα σε ιούς Με υπερέκφραση των CP (coat protein) σε διαγονιδιακά φυτά Anti-sense RNA/ Ribozymes Gene silencing

47 Aνθεκτικότητα σε ιούς Με υπερέκφραση των CP (coat protein) σε διαγονιδιακά φυτά Anti-sense RNA/ Ribozymes Gene silencing

48 Aνθεκτικότητα σε ιούς Με υπερέκφραση των CP (coat protein) σε διαγονιδιακά φυτά

49 Εμπορικές σειρές (CPMR) Αsgrow Independence Liberator Freedom Destiny zucchini yellow mosaic potyvirus ZYMV watermelon mosaic 2 potyvirus WMV-2 cucumber mosaic cucumovirus CMV Cornel papaya ringspot potyvirus PRSV

50 Eπικινδυνότητα Ανασυνδυασμός ανάμεσα σε RNA μόρια από διαφορετικούς ιούς Transcapsidation (heterologous encapsidation/genome masking) Π.χ. PVY-O / PVY-N (phenotypic mixing) AlMV / CMV aphid-transmissible plum pox potyvirus PPV /non-aphid transmissible ZYMV **

51

52 Στοχοι της βιοτεχνολογίας φυτών σήμερα food, feed, fiber Φυτά με ανθεκτικότητα σε αβιοτικές καταπονήσεις: ξηρασία / αλατότητα / έλλειψη θρεπτικών στοιχείων κυρίως Ν / P Βιοκαύσιμα Φυτοαπορρύπανση/ Φυτοαποκατάσταση Περιβάλλον και Αειφορική Γεωργία

53 Στόχοι της βιοτεχνολογίας φυτών σήμερα food, feed, fiber Φυτά με ανθεκτικότητα σε αβιοτικές καταπονήσεις: ξηρασία / αλατότητα / έλλειψη θρεπτικών στοιχείων κυρίως Ν / P Φυτά με ανθεκτικότητα σε ασθένειες Βιοκαύσιμα Φυτοαπορρύπανση/ Φυτοαποκατάσταση Περιβάλλον και Αειφορική Γεωργία

54 Η αλλαγή ενός και μόνο γονιδίου αυξάνει την αντοχή στην ξηρασία Drought-resistant Wild-type Well-watered 10 days drought 20 days drought After re-watering Yu, H., Chen, X., Hong, Y.-Y., Wang, Y., Xu, P., Ke, S.-D., Liu, H.-Y., Zhu, J.-K., Oliver, D.J., Xiang, C.-B. (2008) Activated expression of an Arabidopsis HD-START protein confers drought tolerance with improved root system and reduced stomatal density. Plant Cell 20:

55 Π.χ. DroughtGard Hybrids system Monsanto, 2013 για καλλιέργεια σε U.S.Α. Western Corn Belt

56 Αραβόσιτος, περιεχόμενο σε λυσίνη Αραβόσιτος, ανθεκτικότητα σε ξηρασία (cspb, Bacillus subtilis) -Ρυζι, ανθεκτικότητα σε μύκητες / ιούς / ξηρασια/ αλατοτητα -Αραβόσιτος, αμυλάση/ φυτάση -Πατάτα, αμυλοπηκτίνη/ PYV ανθεκτικότητα -Σογια, τροποποιημένα λιπαρα (ελαικο / στεαριδονικό ω-3-) ανθεκτικότητα σε νηματώδεις -Πατατα ανθεκτικότητα σε μύκητες/ τροποποιημένο άμυλο -Golden Rice

58 Κυτταρικά τοιχώματα των φυτικών κυττάρων Αποτελούνται κυρίως από υδατάνθρακες και πρωτεϊνες. Το δευτερογενές τοίχωμα περιλαμβάνει λιγνίνη Photo credit: Zhong, R., et al., (2008) Plant Cell 20:

59 Το ξύλο αποτελεί βασική πρώτη ύλη με πολλαπλες χρήσεις Ένδυση χαρτί Κατασκευές και έπιπλα Rembrandt van Rijn (1631) Ίνες κάνναβης και λινάρι

60 Ποικιλίες βαμβακιού επιλέγονται σε προγράμματα βελτίωσης για ανθεκτικότητα σε εχθρούς και καλύτερη ποιότητα ίνας Photo credits: Chen Lab; IFPC

61 Βιοκαύσιμα- Αιθανόλη Διάφορα σάκχαρα και κυτταρίνη μπορούν να ζημωθούν προς παραγωγή αιθανόλης Image source: Genome Management Information System, Oak Ridge National Laboratory

62 Βιοκαύσιμα-Βιοντιζελ Παραγωγή βιοντίζελ από ελαιοκομικά φυτά (σόγια, ελαιοκράμβη, άλγες) Image sources: Tilo Hauke, University of Minnesota, Iowa State University Extension.

63 Photo Illustration courtesy S. Long Lab, University of Illinois, 2006 Miscanthus giganteus: ένα ενεργειακό φυτό που αναπτύσεται ταχύτατα και καλλιεργείται σε εδάφη ακατάλληλα για φυτάπαραγωγείς τροφής

64 Από την παραγωγή βιοκαυσίμων μπορούν να παραχθούν και πολλά άλλα προϊόντα αυξημένης προστιθέμενης αξίας (με την περίσσεια της βιομάζας πχ αξιοποίηση λιγνίνης)

65 Η λίπανση είναι μια ενεργοβόρα πρακτική Τα καλλιεργούμενα φυτά χρειάζονται λίπανση- κάλιο, φώσφορο, άζωτο και άλλα θρεπτικά στοιχεία Το κάλιο και ο φώσφορος είναι μη ανανεώσιμα Η σύνθεση των αζωτούχων λιπασμάτων είναι ενεργοβόρα Photo credits: Mining Top News; Library of Congress, Prints & Photographs Division, FSA-OWI Collection, LC-USW

66 Η πρόσληψη θρεπτικών από ειδικούς μεταφορείς μπορεί να βελτιωθεί με πιο αποδοτικά συστήματα μεταφοράς

67 με τη δημιουργία βιο-αισθητήρων Οι ανάγκες του φυτού υπό τις διάφορες συνθήκες περιβάλλοντος μπορούν να καταγράφονται και να γίνεται ανάλογη προσαρμογή στη διαχείριση των καλλιεργειών

68 με τη χρήση νανο-βιοτεχνολογίας _HPZ0

69 Τhe incorporation of synthetic nanoparticles into plants can enhance photosynthesis and transform leaves into nanotechnology can biochemical be coupled with sensors synthetic biology to modify and enhance the function of living organisms lipid exchange envelope penetration Plant nanobionics approach to augment photosynthesis and Nature Materials 13, (2014) doi: /nmat3890 biochemical sensing

70 Plant nanobionics: one of the ten amazing tech innovations of 2014 according to the International Business Times March 10th, 2015

71 Διαγονιδιακά φυτά με aντοχή σε συνθήκες καταπόνησης (abiotic stess) Έντονο φως Ζιζανιοκτόνα Οζον Θερμότητα Κρύο Πάγος Ξηρασία Αλατότητα } Θερμικό στρες Στρες έλλειψης νερού Πλημμύρες Βαρέα Μέτταλα ROS Reactive Oxygen (και από βιοτικό στρες) Species Οξειδωτικό στρες

72

73 Στρες έλλειψης νερού Ωσμωπροστατευτικά (ωσμωλύτες) Χαμηλού μοριακού βάρους Σάκχαρα/αλκοόλες (μανιτόλη, σορβιτόλη, τρεχαλόζη, φρουκτάνες) και Προλίνη, ενώσεις τεταρτοσθενούς αμμωνίας (μπεταϊνη)

74

75 Στρες έλλειψης νερού και αντιμετώπισή του σε διαγονιδιακά φυτά Ωσμωπροστατευτικά (ωσμωλύτες) Χαμηλού μοριακού βάρους Σάκχαρα/αλκοόλες (μανιτόλη, σορβιτόλη, τρεχαλόζη, φρουκτάνες) και Προλίνη, ενώσεις τεταρτοσθενούς αμμωνίας (μπεταϊνη) Να/Η antiport πρωτείνες του χυμοτοπίου Π.χ. ΑtNHX1 (πρωτείνη μεταφοράς) / AVP1 (πυροφωσφατάση /αντλία Η+) Ρυθμιστικά στοιχεία και μεταγραφικοί παράγοντες Π.χ. COR ρεγουλόνιο: CRT/LTRE/DRE στοιχείο και CBF 1-3/DREB1A HSE ρεγουλόνιο

76

77 Oξειδωτικό στρες Προκαλείται από δραστικές μορφές οξυγόνου (reactive oxygen species- ROS) - οξείδωση ξενοβιοτικών, πολυμερισμος λιγνίνης -εκταταμένες βλάβες στα κύτταρα: οξειδωση λιπιδίων, τροποποιήσεις αμινοξέων και πολυπεπτιδικών αλυσίδων, αλλαγές ηλεκτρικών φορτίων, πρωτεόλυση, αποδόμηση DNA κτλ. Αντιοξειδωτικά στα φυτά - Ασκορβικό οξύ (βιταμίνη C) - Γλουταθειόνη (Glu-Cys-Gly) - α-τοκοφερόλη (βιταμίνη Ε) - καροτενοειδή (C40 ισοπρενοειδή- καροτένια και ξανθοφύλλες)

78 Δισμουτάση του υπεροξειδίου

79 Oξειδωτικό στρες και αντιμετώπισή του σε διαγονιδιακά φυτά Υπερέκφραση ενζύμων που συμμετέχουν στις αντιδράσεις αποτοξίνωσης απο ROS Πχ. Δισμουτάση του υπεροξειδίου (Μn-, Cu-, Fe-) Yπερπαραγωγή αντιοξειδωτικών Π.χ. Υπεροξειδάση του ασκορβικού, υπεροξειδάση της γλουταθειόνης και αναγωγάσης της γλουταθειόνης

81