Πάνελ RespiFinder RG Χαρακτηριστικά απόδοσης Πάνελ RespiFinder RG, Έκδοση 1, 4692163 Ελέγξτε τη διαθεσιμότητα νέων ηλεκτρονικών αναθεωρήσεων επισήμανσης στη διεύθυνση www.qiagen.com/p/respifinder-rg-panel-ce προτού εκτελέσετε τη δοκιμασία. Η τρέχουσα κατάσταση αναθεώρησης υποδεικνύεται από την ημερομηνία έκδοσης (μορφή: μήνας/έτος). Όριο ανίχνευσης (LOD) Το όριο ανίχνευσης (LOD) όσον αφορά στον καθαρισμό (όριο ευαισθησίας) αξιολογήθηκε για το πάνελ RespiFinder RG με χρήση ολικών ιικών και βακτηριακών δειγμάτων σε μέσο μεταφοράς γενικής χρήσης (Universal Transport Medium, UTM) σε συνδυασμό με εκχύλιση με το κιτ QIAamp MinElute Virus Spin. Το όριο ανίχνευσης όσον αφορά στον καθαρισμό του πάνελ RespiFinder RG προσδιορίστηκε με χρήση μιας σειράς αραιώσεων ιικών και βακτηριακών στελεχών (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) σε UTM. Αυτά υποβλήθηκαν σε εκχύλιση RNA/DNA με χρήση του κιτ QIAamp MinElute Virus Spin (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl). Καθεμία από 5 αραιώσεις αναλύθηκε με το πάνελ RespiFinder RG με 11 θυγατρικούς κλώνους η καθεμία. Τα αποτελέσματα καθορίστηκαν μέσω του ποσοστού επιτυχίας ( 95% ποσοστό επιτυχίας καθορίστηκε ως το όριο ανίχνευσης της ανάλυσης για το αντίστοιχο παθογόνο). Μια επισκόπηση του ορίου ανίχνευσης για όλα τα παθογόνα που εξετάστηκαν παρουσιάζεται στον πίνακα 1. Πίνακας 1. Όριο ανίχνευσης όσον αφορά στον καθαρισμό (κιτ QIAamp MinElute Virus Spin) του πάνελ RespiFinder RG Παθογόνος οργανισμός Ιοί Υποτύπος/ στέλεχος Προέλευση Τίτλος LOD Ποσοστό επιτυχίας (%) Αδενοϊός B3 ATCC* 10(0,40) TCID 50/0,2 ml 95 Μποκαϊός δ/εφαρμ. Ανασυνδυασμένο πλασμίδιο 4 x 10 3 fg/µl 100 Κορωναϊός 229E ATCC 10( 3,95) TCID 50/0,2 ml 100 * American Type Culture Collection, Η.Π.Α. Ο πίνακας συνεχίζεται στην επόμενη σελίδα δ/εφαρμ.: δεν εφαρμόζεται. Νοέμβριος 2013 Sample & Assay Technologies
Πίνακας 1. Συνέχεια Παθογόνος οργανισμός Ιοί (συνέχεια) Υποτύπος/ στέλεχος Προέλευση Τίτλος LOD Ποσοστό επιτυχίας (%) Κορωναϊός OC43 ATCC* 10( 2,25) TCID 50/0,2 ml 100 Κορωναϊός NL63 Zeptometrix δ/εφαρμ. 100 Ιός Coxsackie A9 ATCC 10( 0,60) TCID 50/0,2 ml 95 hmpv B3 Zeptometrix δ/εφαρμ. 100 Γρίπη A Γρίπη A H3N2 Victoria H1N1 Virginia ATCC 10( 1,50) TCID 50/0,2 ml 100 ATCC 10(0,10) TCID 50/0,2 ml 100 Γρίπη B Maryland ATCC 10( 1,17) TCID 50/0,2 ml 100 Παραγρίπη 1 ATCC 10( 3,25) TCID 50/0,2 ml 95 Παραγρίπη 2 ATCC 10( 1,25) TCID 50/0,2 ml 100 Παραγρίπη 3 ATCC 10( 0,25) TCID 50/0,2 ml 100 Παραγρίπη 4a ATCC 10( 0,75) TCID 50/0,2 ml 100 Ρινοϊός 16 ATCC 10(1,50) TCID 50/0,2 ml 100 RSV-A 2 ATCC 10( 2,25) TCID 50/0,2 ml 95 RSV-B 18537 ATCC 10( 1,75) TCID 50/0,2 ml 100 Βακτήρια B. pertussis δ/εφαρμ. ATCC 8 x 10-4 100 L. pneumophila M. pneumoniae δ/εφαρμ. ATCC 10( 1,70) bact/0,2 ml 100 δ/εφαρμ. ATCC 10 2 100 * American Type Culture Collection, Η.Π.Α. δ/εφαρμ.: δεν εφαρμόζεται. Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 2 από 9
Ειδικότητα Η ειδικότητα του πάνελ RespiFinder RG διασφαλίζεται κατ' αρχήν από την επιλογή των εκκινητών και των ανιχνευτών, καθώς και από την επιλογή αυστηρών συνθηκών αντίδρασης. Οι εκκινητές και οι ανιχνευτές ελέγχθηκαν ως προς πιθανές ομολογίες με όλες τις δημοσιευμένες ακολουθίες σε τράπεζες γονιδίων μέσω ανάλυσης σύγκρισης ακολουθιών. Η ανιχνευσιμότητα όλων των σχετικών γονότυπων διασφαλίστηκε μέσω εκτελέσεων του πάνελ RespiFinder RG σε ένα όργανο Rotor-Gene Q MDx με τους ακόλουθους γονότυπους (βλέπε πίνακα 2). Πίνακας 2. Εξέταση της ειδικότητας σχετικών στελεχών Παθογόνος οργανισμός Προέλευση FAM /ROX FAM/Cy 5 (FAM/BHQ )) Αδενοϊός B7 ATCC* Αδενοϊός B11 ATCC Αδενοϊός B14 ATCC Αδενοϊός C1 ATCC Αδενοϊός C5 ATCC Αδενοϊός C6 ATCC Αδενοϊός E4 ATCC Ιός Coxsackie A10 ATCC + + Ιός Coxsackie A24 ATCC + + Ιός Coxsackie B1 ATCC + + Ιός Coxsackie B2 ATCC + + Ιός Coxsackie B3 ATCC + + Ιός Coxsackie B5 ATCC + + Ιός echo 4 ATCC + + Ιός echo 11 ATCC + + Ιός echo 30 ATCC + + * American Type Culture Collection, Η.Π.Α. Ο πίνακας συνεχίζεται στην επόμενη σελίδα Πίνακας 2. Συνέχεια Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 3 από 9
Παθογόνος οργανισμός Προέλευση FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) Γρίπη A H1N1 New Jersey ATCC Παραγρίπη 4b ATCC* Ρινοϊός 1A ATCC + + Ρινοϊός 1B ATCC + + Ρινοϊός 2 ATCC + + Ρινοϊός 30 ATCC + + Ρινοϊός 39 ATCC + + Ρινοϊός 60 ATCC + + RSV-A long ATCC RSV-B WV ATCC * American Type Culture Collection, Η.Π.Α. Ελέγχθηκε μία πιθανή διασταυρούμενη αντιδραστικότητα του πάνελ RespiFinder RG με χρήση της ομάδας μαρτύρων που παρατίθεται στον Πίνακα 3. Κανένα από τα παθογόνα που ελέγχθηκαν δεν ήταν αντιδραστικό. Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 4 από 9
Πίνακας 3. Έλεγχος της ειδικότητας του κιτ με δυνητικώς διασταυρούμενα αντιδρώντα παθογόνα Παθογόνος οργανισμός FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) Ιοί Κυτταρομεγαλοϊός + Ιός Epstein-Barr + Ιός του απλού έρπητα + Ιός της ανεμευλογιάς-ζωστήρα + Βακτήρια A. baumannii + A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzea + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 5 από 9
Συνυπάρχουσες λοιμώξεις Το πάνελ RespiFinder RG επικυρώθηκε για πολλαπλές λοιμώξεις για την επιβεβαίωση της ανίχνευσης σχετικών συνυπαρχουσών λοιμώξεων. Όπως φαίνετει στον πίνακα 4, συνυπάρχουσες λοιμώξεις γρίπης A, γρίπης B, RSV-A, ή RSV-B με αδενοϊό ή ρινοϊό ελέγχθηκαν σε διαφορετικές συγκεντρώσεις και των δύο παθογόνων. Ανιχνεύθηκαν όλες οι συνυπάρχουσες λοιμώξεις. Πίνακας 4. Έλεγχος της ειδικότητας του κιτ με λοιμώξεις multiplex Παθογόνο 1 Παθογόνο 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) Γρίπη A H3N2 Victoria Γρίπη B Maryland Ο πίνακας συνεχίζεται στην επόμενη σελίδα Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 6 από 9
Πίνακας 4. Συνέχεια Παθογόνο 1 Παθογόνο 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ)) RSV-A 2 10x LOD RSV-B 18537 Ανθεκτικότητα Η επικύρωση της ανθεκτικότητας επιτρέπει τον καθορισμό του συνολικού ποσοστού αποτυχίας του κιτ εσωτερικού μάρτυρα του πάνελ RespiFinder RG. Για την επαλήθευση της ανθεκτικότητας, 30 αρνητικά δείγματα ρινοφαρυγγικού επιχρίσματος σε μέσο μεταφοράς γενικής χρήσης (UTM) ελέγχθηκαν με το πάνελ RespiFinder RG. Μετά την εκχύλιση με χρήση του κιτ QIAamp MinElute Virus Spin (όγκος εκχύλισης: 200 µl, όγκος έκλουσης: 60 µl), τα δείγματα αυτά αναλύθηκαν με το πάνελ RespiFinder RG. Σε όλα τα δείγματα, ο εσωτερικός ανιχνεύθηκε και ήταν έγκυρος. Συνεπώς, η ανθεκτικότητα του πάνελ RespiFinder RG είναι 99%. Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 7 από 9
Παρεμβαλλόμενες ουσίες Το πάνελ RespiFinder RG Panel ελέγχθηκε για παρεμβολή από ρινικό εκνέφωμα (Otrivin, Novartis ) και ανθρώπινο γονιδιακό DNA. Όλα τα παθογόνα που παρατίθενται στον πίνακα 1 (σελίδες 1 2) ελέγχθηκαν σε συγκέντρωση 3x LOD υπό την παρουσία 50 ng ανθρώπινου DNA. Πρόσθετα δείγματα αρνητικού μάρτυρα ελέγχθηκαν υπό την παρουσία ανθρώπινου DNA. Ανιχνεύθηκαν τα σωστά παθογόνα σε όλα τα δείγματα που περιείχαν πρόσθετο ανθρώπινο DNA, και ο εσωτερικός ανιχνεύθηκε στα αρνητικά δείγματα μάρτυρα, καταδεικνύοντας μη παρεμβολή του ανθρώπινου DNA στην απόδοση του πάνελ RespiFinder RG. Δέκα αντιπροσωπευτικά παθογόνα από τον πίνακα 1 (αδενοϊός B3, κορωναϊός OC43, hmpv B3, γρίπη A H1N1 Virginia, γρίπη B Maryland, παραγρίπη 1, ρινοϊός 16, RSV-A 2, L. pneumophila, και M. pneumoniae) ελέγχθηκαν σε συγκέντρωση 3x LOD υπό την παρουσία 10% (όγκο προς όγκο) ρινικού εκνεφώματος. Πρόσθετα δείγματα αρνητικού μάρτυρα ελέγχθηκαν υπό την παρουσία ανθρώπινου 10% ρινικού εκνεφώματος. Ανιχνεύθηκαν τα σωστά παθογόνα σε όλα τα δείγματα που περιείχαν ρινικό εκνέφωμα, και ο εσωτερικός ανιχνεύθηκε στα αρνητικά δείγματα μάρτυρα, καταδεικνύοντας μη παρεμβολή του ρινικού εκνεφώματος (10% του δείγματος: επίχρισμα σε μέσο μεταφοράς γενικής χρήσης) στην απόδοση του πάνελ RespiFinder RG. Χαρακτηριστικά απόδοσης: Πάνελ RespiFinder RG σελίδα 8 από 9
Για τις τρέχουσες πληροφορίες άδειας και αποποιήσεις σχετικά με συγκεκριμένα προϊόντα, ανατρέξτε στο σχετικό εγχειρίδιο ή οδηγίες χρήσης του κιτ QIAGEN. Τα εγχειρίδια και οι οδηγίες χρήσης των κιτ QIAGEN είναι διαθέσιμα στη διεύθυνση www.qiagen.com. Μπορείτε επίσης να τα ζητήσετε από το τμήμα τεχνικής εξυπηρέτησης της QIAGEN ή τον τοπικό σας αντιπρόσωπο. Εμπορικά σήματα: QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (Όμιλος QIAGEN Group) ATCC (American Type Culture Collection) BHQ (Biosearch Technologies, Inc.) Cy (GE Healthcare) FAM, ROX (Life Technologies) Novartis, Otrivin (Novartis) RespiFinder (PathoFinder BV) Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). Νοέ-13 2013 QIAGEN, με την επιφύλαξη κάθε δικαιώματος. www.qiagen.com Denmark 80-885945 Italy 800-787980 Singapore 1800-742-4368 Australia 1-800-243-800 Finland 0800-914416 Japan 03-6890-7300 Spain 91-630-7050 Austria 0800-281011 France 01-60-920-930 Korea (South) 080-000-7145 Sweden 020-790282 Belgium 0800-79612 Germany 02103-29-12000 Luxembourg 8002 2076 Switzerland 055-254-22-11 Brazil 0800-557779 Hong Kong 800 933 965 Mexico 01-800-7742-436 Taiwan 0800-665-957 Canada 800-572-9613 India 1-800-102-4114 The Netherlands 0800 0229592 UK 0808-234-3665 China 800-988-0325 Ireland 1800 555 049 Norway 800-18859 USA 800-426-8157 Sample & Assay Technologies