Σύγχρονη εργαστηριακή διάγνωση λοιμώξεων αναπνευστικού Μέρος Α. Καλλιεργητικές μέθοδοι Αθηνά Αργυροπούλου Μικροβιολογικό Εργαστήριο ΓΝΑ «Ο Ευαγγελισμός»
Δομή της παρουσίασης Κατάταξη λοιμώξεων αναπνευστικού και κλινικές ενδείξεις καλλιεργειών Κατάλληλα κλινικά υλικά για καλλιέργεια και βασικές αρχές σωστής συλλογής και αποστολής δειγμάτων Καλλιεργητικές μέθοδοι και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων Αλγόριθμοι μικροβιολογικής διαγνωστικής προσπέλασης
Κατάταξη λοιμώξεων αναπνευστικού και κλινικές ενδείξεις καλλιεργειών Κατάλληλα κλινικά υλικά για καλλιέργεια και βασικές αρχές σωστής συλλογής και αποστολής δειγμάτων Καλλιεργητικές μέθοδοι και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων Αλγόριθμοι μικροβιολογικής διαγνωστικής προσπέλασης
Λοιμώξεις αναπνευστικού Ανώτερου αναπνευστικού Κατώτερου αναπνευστικού Οξεία βρογχίτιδα Χρόνια βρογχίτιδα Παρόξυνση χρόνιας βρογχίτιδας Πνευμονία
Λοιμώξεις κατώτερου αναπνευστικού Οξεία βρογχίτιδα Χρόνια βρογχίτιδα Παρόξυνση χρόνιας βρογχίτιδας Πνευμονία
Λοιμώξεις κατώτερου αναπνευστικού Οξεία βρογχίτιδα Φλεγμονή βρογχικού δένδρου μετά από λοίμωξη ανωτέρου αναπνευστικού Συχνότερα προκαλείται από ιογενή αίτια Στη διάγνωση δεν έχουν θέση οι καλλιέργειες Εξαίρεση η βρογχίτιδα του κοκκύτη Καλλιέργεια δύσκολη και χρονοβόρα Δεν βοηθά στη γρήγορη διάγνωση
Λοιμώξεις κατώτερου αναπνευστικού Οξεία βρογχίτιδα Χρόνια βρογχίτιδα Παρόξυνση χρόνιας βρογχίτιδας Πνευμονία COPD ΧΑΠ
80 % 20 % Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Χρόνια Βρογχίτιδα Βακτήρια Ιοί Μύκητες S. pneumoniae Influenza A και B Aspergillus spp H. influenzae Parainfluenza virus M. catarrhalis RSV C. pneumoniae Adenovirus M. pneumoniae Rhinovirus Bordetella pertrussis Coronavirus P. aeruginosa S. aureus Πνευμονία κοινότητας Σε έδαφος ανοσοκατα στολής Νοσοκομει ακή πνευμονία (ΗΑΡ) Πνευμονία του S. pneumoniae M. pneumoniae H.influenzae C. pneumoniae Legionella spp. Gram ( ) βακτηρίδια S. aureus Nocardia spp ακτινομύκητ ες P. aeruginosa S. aureus K. pneumoniae Acinetobacter spp. Άλλα Gram αρνητικά S.maltophilia Influenza A και B, Adenovirus, RSV, Parainfluenza virus CMV Aspergillus spp Ενδημικοί μύκητες Άλλοι υφομύκητες P. jiroveci Κρυπτόκοκκ Candida albicans ος
Λοιμώξεις κατώτερου αναπνευστικού Οξεία βρογχίτιδα Χρόνια βρογχίτιδα Παρόξυνση χρόνιας βρογχίτιδας Πνευμονία: Φλεγμονή πνευμονικού παρεγχύματος από βακτήρια, ιούς, μύκητες
Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Συχνότερα αίτια πνευμονίας της κοινότητας Είδος Ασθενών Ασθενείς που νοσηλεύονται στο σπίτι Ασθενείς που νοσηλεύονται στο νοσοκομείο (εκτός ΜΕΘ) Ασθενείς που νοσηλεύονται στη ΜΕΘ Αιτιολογία Streptococcus pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Haemophilus influenzae Chlamydophila pneumoniae Αναπνευστικοί ιοί Streptococcus pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Haemophilus influenzae Legionella species Εισρόφηση Αναπνευστικοί ιοί Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Legionella species Gram αρνητικά βακτηρίδια Haemophilus influenzae Αναπνευστικοί ιοί: influenza A και B, adenovirus, RSV, parainfluenza Mandell L A et al. Clin Infect Dis. 2007;44:S27-S72
Πνευμονία Πνευμονία της κοινότητας (CAP, Community Acquired Pneumonia) ασθενείς που νοσηλεύονται στο σπίτι ασθενείς που εισάγονται στο νοσοκομείο ασθενείς που εισάγονται στη ΜΕΘ Νοσοκομειακή Πνευμονία (HAP, hospital acquired pneumonia) εκδηλώνεται 48 ώρες μετά την εισαγωγή στο νοσοκομείο Πνευμονία τoυ Αναπνευστήρα (VAP, Ventilator Associated Pneumonia) σε ασθενή που παραμένει διασωληνωμένος και σε μηχανικό αερισμό για 48 ώρες
Πνευμονία που σχετίζεται με χώρους παροχής φροντίδας υγείας (HCAP, Health care Associated Pneumonia) Νοσηλεία κατά το τελευταίο τρίμηνο με διάρκεια 2 ημέρες Διαμονή σε οίκο ευγηρίας ή ιδρύματα χρονίως πασχόντων Αιμοκάθαρση (έναρξη τουλάχιστον από μηνός) Ασθενείς σε στενή σχέση με χώρους παροχής ιατρικής φροντίδας (π.χ.ενδοφλέβια κατ οίκον θεραπεία) Ασθενείς με ΧΑΠ σταδίου ΙV (FEV1<30% predicted, βρογχεκτασίες, κυστική ίνωση) Ασθενείς με ανοσοκαταστολή (αιματολογικά νοσήματα, ουδετεροπενία, μεταμόσχεύσεις μυελού και οργάνων, νεοπλάσματα υπό χημειοθεραπεία, χρόνια λήψη κορτικοειδών, ανοσοκατασταλτική αγωγή)
HAP/VAP Πρώιμης έναρξης εκδηλώνεται μέσα στις πρώτες 4 ημέρες νοσηλείας ή μηχανικού αερισμού προκαλείται συνήθως από ευαίσθητα στα αντιβιοτικά βακτήρια είναι καλύτερης πρόγνωσης Όψιμης έναρξης HAP/VAP εκδηλώνεται από την 5η ημέρα νοσηλείας ή μηχανικού αερισμού και μετά σχετίζεται με πολυανθεκτικά βακτήρια έχει αυξημένη νοσηρότητα και θνητότητα
Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Κλινικές ενδείξεις διαγνωστικού ελέγχου Γενικές αρχές Με βάση τα αναμενόμενα παθογόνα αίτια τις μικροβιολογικές μεθόδους Κύρια κριτήρια 1. Η εξέταση αναμένεται να έχει υψηλή διαγνωστική απόδοση; 2. Το αποτέλεσμα της εξέτασης είναι πιθανό να τροποιήσει την αγωγή;
Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Μικροβιολογική διερεύνηση Παροξύνσεις ΧΑΠ Ο ρόλος της καλλιέργειας πτυέλων περιορίζεται λόγω του χρόνιου αποικισμού των αεραγωγών με παθογόνα βακτήρια Αξιολόγηση ευρημάτων δύσκολη Καλλιέργειες πτυέλων ζητούνται σε: συχνές παροξύνσεις χρόνια αποβολή πυωδών πτυέλων μη ανταπόκριση στη θεραπεία Καλλιέργειες γίνονται μόνο σε κατάλληλα δείγματα μετά από έλεγχο με χρώση Gram
Ηθέσητης καλλιέργειας πτυέλων στην ΧΑΠ Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Χρώση Gram και καλλιέργεια πτυέλων Να γίνονται μόνον εάν μπορεί να ληφθεί δείγμα υψηλής ποιότητας και εάν κατά την συλλογή, μεταφορά και επεξεργασία του δείγματος εφαρμόζονται μέτρα που εξασφαλίζουν την ποιότητα της εξέτασης Να λαμβάνονται πριν την χορήγηση της αντιβιοτικής θεραπείας IDSA / ATS Consensus Guidelines on the Management of Community Acquired Pneumonia in Adults. CID 2007
Μικροβιολογική διερεύνηση Πνευμονία της κοινότητας χωρίς νοσηλεία Δεν γίνεται σαν εξέταση ρουτίνας Δύσκολη η συλλογή κατάλληλου υλικού Διάκριση αποικισμού και λοίμωξης δύσκολη λόγω της παρουσίας της φ.χ. Σπάνια απομονώνονται παθογόνα Το αποτέλεσμα καθυστερεί, έχει μικρή επίδραση στις θεραπευτικές αποφάσεις ή την έκβαση της νόσου Αυξάνεται σημαντικά το κόστος χωρίς σημαντικό όφελος Καλλιέργειες πτυέλων ενδείκνυνται σε: μη ανταπόκριση στην εμπειρική αγωγή Οι καλλιέργειες γίνονται μετά από έλεγχο καταλληλότητας του δείγματος με χρώση Gram
Συστάσεις διενέργειας διαγνωστικών εξετάσεων σε πνευμονία της κοινότητας (CAP) Ασθενείς που ΔΕΝ νοσηλεύονται στο νοσοκομείο: οι διαγνωστικές εξετάσεις ρουτίνας είναι προαιρετικές Ασθενείς που νοσηλεύονται στο νοσοκομείο και έχουν αντίστοιχες κλινικές ενδείξεις: αιμοκαλλιέργειες (>= 2 ζεύγη) και καλλιέργεια πτυέλων πριν την χορήγηση θεραπείας για τους υπόλοιπους: προαιρετικές Ασθενείς με σοβαρή CAP: τουλάχιστον αιμοκαλλιέργειες, αντιγόνα ούρων (L. pneumophila και S. pneumoniae) και καλλιέργεια πτυέλων Σε διασωληνωμένους καλλιέργεια αναρροφήσεων τραχείας Ασθενείς με VAP: επιβεβλημένες οι καλλιέργειες Guidelines for the Management of Adults with Hospital acquired, Ventilator associated, and Healthcare associated pneumonia. Am J Respir Crit Care Med 2005 IDSA / ATS Consensus Guidelines on the Management of Community Acquired Pneumonia in Adults. CID 2007
Κλινικές ενδείξεις εκτεταμένου διαγνωστικού ελέγχου Ενδειξη Καλλιέργεια Αίματος Καλλιέργεια Πτυέλων Αg ούρων Legionella Αg ούρων S. pneumoniae Αλλες εξετάσεις Εισαγωγή σε ΜΕΘ Χ Χ Χ Χ Χ 1 Αποτυχία εξωνοσοκ. θεραπείας Χ Χ Χ Σπηλαιώδεις διηθήσεις Χ Χ Χ 2 Λευκοπενία Χ Χ Χρόνια κατάχρηση αλκοόλ Χ Χ Χ Χ Χρόνια ηπατοπάθεια Χ Χ Σοβαρή ΧΑΠ/άλλη αναπν. νόσος Ασπληνία Χ Χ Πρόσφατο ταξίδι (2 εβδ.) Χ Χ 3 (+) τεστ Legionella (ούρα) Χ 3 (+) τεστ S. pneumoniae (ούρα) Χ Χ Πλευριτική συλλογή Χ Χ Χ Χ Χ 4 Χ 1 Αναρροφήσεις τραχείας (διασωλήνωση), πιθανώςβρογχοσκόπησηήμηβρογχοσκοπικόbal 2 Καλλιέργεια για μύκητες και φυματίωση 3 Καλλιέργεια για Legionella 4 Παρακέντηση και καλλιέργεια πλευριτικού υγρού IDSA Guidelines Mandell, 20
Πνευμονία της κοινότητας: συσχέτιση παθογόνων με επιδημιολογικές παραμέτρους & παράγοντες κινδύνου Mandell L A et al. Clin Infect Dis. 2007;44:S27-S72
Πνευμονία Αιμοκαλλιέργειες Πολύ υψηλή ειδικότητα: 100% Χαμηλή ευαισθησία: θετικές σε ποσοστό 4 29% 34% αν ληφθούν σε διάστημα <4 ημέρες από την έναρξη των συμπτωμάτων 12% αν ληφθούν αργότερα Σε χορήγηση αντιβίωσης: η συχνότητα κατά 50% Συχνότερο παθογόνο είναι ο S. pneumoniae σε ποσοστό 30 60% των θετικών καλλιεργειών Έχουν μεγαλύτερη ευαισθησία για S. Pneumoniae και μικρότερη για H.influenzae Bishara, 2000, Kalin, 1983
Πνευμονία Αιμοκαλλιέργειες Σ ε ασθενείς με σοβαρή πνευμονία ανιχνεύονται P. Aeruginosa, άλλα Gram ( ) παθογόνα και S. αureus. Η καλλιέργεια αίματος κρίνεται απαραίτητη, γιατί την απομόνωση του παθογόνων και τον έλεγχο ευαισθησίας για στοχευμένη θεραπεία Αιμοκαλλιέργειες πρέπει να λαμβάνονται σε ασθενείς που υπολείπονται μηχανισμών άμυνας έναντι βακτηριαιμίας, όπως ασθενείς με ασπληνία, ανεπάρκεια συμπληρώματος, λευκοπενικούς και ασθενείς με χρόνια ηπατική νόσο Πρέπει να παίρνονται δύο ζεύγη αιμοκαλλιεργειών (αερόβια και αναερόβια φιάλη) πριν την έναρξη αντιβιοτικής αγωγής Philippart, 2006 Mandell, 2007
Πνευμονία Αιμοκαλλιέργειες Πολύ υψηλή ειδικότητα: 100% Χαμηλή ευαισθησία: θετικές σε ποσοστό 4 29% 34% αν ληφθούν σε διάστημα <4 ημέρες από την έναρξη των συμπτωμάτων 12% αν ληφθούν αργότερα Σε χορήγηση αντιβίωσης: η συχνότητα κατά 50% Έχουν μεγαλύτερη ευαισθησία για S. Pneumoniae και μικρότερη για H.influenzae Μειονεκτήματα Αιμοκαλλιεργειών (1) Υψηλό κόστος (2) Ψευδώς (+) αιμοκαλλιέργειες με σημαντικές αρνητικές συνέπειες Η κλινική τους χρησιμότητα έχει αμφισβητηθεί και ιδιαίτερα η αδιάκριτη εκτέλεση τους
Συστάσεις λήψης αιμοκαλλιεργειών Μετά από αναζήτηση και εύρεση παραγόντων που συσχετίζονται με θετικές Α/Κες παράγοντες κινδύνου σοβαρής πνευμονίας μεγαλύτερη διαγνωστική αξία σοβαρή πνευμονία «Προαιρετική» εξέταση για νοσηλευόμενους ασθενείς
Κατάταξη λοιμώξεων αναπνευστικού και κλινικές ενδείξεις καλλιεργειών Κατάλληλα κλινικά υλικά για καλλιέργεια και βασικές αρχές σωστής συλλογής και αποστολής δειγμάτων Καλλιεργητικές μέθοδοι και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων Αλγόριθμοι μικροβιολογικής διαγνωστικής προσπέλασης
Εργαστηριακή διάγνωση κλινικά δείγματα Ρινοφαρυγγικά δείγματα Πτύελα (από απόχρεμψη ή προκλητά) Βρογχικές εκκρίσεις Βρογχοσκοπικά υλικά (BAL, PSB) Πλευριτικό υγρό Υλικά βιοψίας Αίμα Ούρα
Καλλιέργεια κλινικά δείγματα ΥΛΙΚΑ ΑΠΟ ΠΕΡΙΟΧΕΣ ΜΕ Φ.Χ Πτύελα (από απόχρεμψη ή προκλητά) Βρογχικές εκκρίσεις Βρογχοσκοπικά υλικά (BAL, PSB) ΥΛΙΚΑ ΑΠΟ ΣΤΕΙΡΕΣ ΠΕΡΙΟΧΕΣ Πλευριτικό υγρό Υλικά βιοψίας Αίμα.
Λοιμώξεις του Αναπνευστικού Κλινικά δείγματα και εργαστηριακές εξετάσεις, ανάλογα με την ανατομική θέση της λοίμωξης και την Ag S. pneumoniae στα ούρα πιθανή κλινική διάγνωση Στις πνευμονίες 20 30 % βακτηριαιμία
Λοιμώξεις του αναπνευστικού Ασθενείς της ΜΕΘ Ανοσοκατασταλμένοι Βαρέως πάσχοντες Ενδοτραχειακές αναρροφήσεις BAL Προστατευμένη ψήκτρα
Πτύελα Αυτόματη απόχρεμψη (EXPECTORATED SPUTUM) Καλύτερο το πρωινό δείγμα πριν από το πρόγευμα Αν υπάρχουν οδοντοστοιχίες αφαιρούνται Καλό πλύσιμο του στόματος με αποστειρωμένο νερό ή φυσ. ορό Πτύελα με βαθειά απόχρεμψη Βοήθεια φυσικοθεραπευτού αν χρειάζεται Ευρύστομο δοχείο που κλείνει πολύ καλά Σήμανση του δοχείου Σε <1h αποστολή στο εργαστήριο
Προκλητά πτύελα (INDUCED SPUTUM) Συλλογή μετά από εισπνοή διαλύματος NaCl 3 % υπό μορφή αερολύματος σε νεφελοποιητή για 20-30 min Σημειώνεται στο παραπεμπτικό η ένδειξη «προκλητά πτύελα» Οδηγίες φυσικοθεραπευτού για κατάλληλες θέσεις παροχέτευσης Δείγμα κατάλληλο για P. jirovecci και Mycobacterium spp
Βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα (B A L) Δείγμα εκλογής για το αίτιο της πνευμονίας Αναφέρεται το είδος της καλ/γειας(κοινά μικρόβια, μύκητες, β Koch κ.ά.) Στοιχεία ιστορικού (ανοσοκαταστολή, ουδετεροπενία, χημειοθεραπεία κ.ά.) Το υγρό μπορεί να μοιραστεί σε 2 3 δοχεία και να σημειωθεί η ανατομική θέση της διαδικασίας του lavage Εναλλακτικά χρησιμοποιείται το mini BAL (20 ml φ.ο.)
Προστατευμένη βούρτσα Τοποθετείται σε 1ml αποστειρωμένου φ. ορού ή Ringer s lactate Μεταφέρεται αμέσως στο εργαστήριο
Κατάταξη λοιμώξεων αναπνευστικού και κλινικές ενδείξεις καλλιεργειών Κατάλληλα κλινικά υλικά για καλλιέργεια και βασικές αρχές σωστής συλλογής και αποστολής δειγμάτων Καλλιεργητικές μέθοδοι και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων Αλγόριθμοι μικροβιολογικής διαγνωστικής προσπέλασης
Παθογόνα αίτια που ανιχνεύονται με καλλιέργεια Κοινά παθογόνα Μυκοβακτηρίδια M.tuberculosis Άτυπα μυκοβακτηρίδια / MOTT (mycobacteria other than tuberculosis) Αναερόβια βακτήρια Μύκητες Aspergillus spp και άλλοι υφομύκητες Cryptococcus spp Δίμορφοι μύκητες Ακτινομύκητες Αερόβιοι: Nocardia spp Αναερόβιοι: A.israelli Legionella spp ΔΕΝ ΑΝΙΧΝΕΥΟΝΤΑΙ ΜΕ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΑ ΠΤΥΕΛΩΝ ΤΑ: M. pneumoniae, C. pneumoniae, P. jiroveci, πρωτόζωα, παράσιτα κα
Σημασία φυσιολογικής χλωρίδας ανώτερου αναπνευστικού Η φυσιολογική χλωρίδα του ανώτερου αναπνευστικού περιλαμβάνει πρασινίζοντες στρεπτόκοκκους, β αιμολυτικούς στρεπτόκοκκους, S.aureus, H. influenzae, S.pneumoniae, M.catarrhalis, πολλά αναερόβια, συμπεριλαμβανομένων Fusobacterium spp. και Actinomyces israelii, C. albicans, αδενοϊούς και ιό του απλού έρπητα. Σε νοσηλευόμενους ασθενείς η φυσιολογική χλωρίδα, που κυρίως αποτελείται από Gram (+) βακτήρια (κυρίως στρεπτόκοκκοι), αντικαθίσταται σε μεγάλο βαθμό από Gram ( ) βακτήρια (εντεροβακτηριακά και Pseudomonas spp.) Η παρουσία της στα δείγματα και η επακόλουθη ανάπτυξη στις καλλιέργειες καθιστά επιτακτική την σωστή αξιολόγηση των αποτελεσμάτων
Χρησιμότητα χρώσης Gram στα πτύελα (Cumitech 7B, 2004) Διαχωρισμός δειγμάτων: αυτά που πιθανόν εμπεριέχουν το παθογόνο και αυτά που είναι επιμολυσμένα από την στοματοφαρυγγική χλωρίδα Προσδιορισμός είδους κυττάρων του ξενιστή και κυρίαρχου μικροοργανισμού προκαταρκτικές πληροφορίες αρχική επιλογή της θεραπείας Οδηγός επιλογής «πιθανών παθογόνων» που αναπτύσσονται στην καλλιέργεια ( ταυτοποίηση, έλεγχος ευαισθησίας)
Χρώση Gram Ευαισθησία 11 100 % Ειδικότητα 11 100 % Εκτίμηση της καταλληλότητας του δείγματος Εκτίμηση της φυσιολογικής χλωρίδας Αναζήτηση παθογόνων και δυνητικά παθογόνων μικροοργανισμών Ταχεία απάντηση στον κλινικό για την έναρξη θεραπείας Αξιολόγηση της καλλιέργειας
Σύστημα κατά Murray Washington
Μικροσκοπική εξέταση: Gram χρώση Κατάλληλο δείγμα πτυέλων (x100): >25 πυοσφαίρια / οπτικό πεδίο <10 πλακώδη επιθήλια / οπτικό πεδίο Ευαισθησία : <70% πνευμονιόκοκκος: ευαισθησία 90% αιμόφιλος της γρίπης: ευαισθησία 60% Ειδικότητα: επηρεάζεται από το είδος του αναζητούμενου μικροοργανισμού
Κριτήρια διαλογής/αξιολόγησης χρώσης Gram Προτυποποίηση των κριτηρίων της χρώσης Gram απαραίτητη εξασφάλιση αντικειμενικής ανάγνωσης των αποτελεσμάτων από κάθε εξεταστή εξασφάλιση ποιότητας του κλινικού δείγματος Διάφορα ποσοτικά κριτήρια έχουν προταθεί για την διαλογή κατάλληλων (ποιοτικών) δειγμάτων Η παρουσία πολλών επιθηλιακών κυττάρων είναι ενδεικτική επιμόλυνσης με στοματοφαρυγγική χλωρίδα υποδεικνύει την αναγκαιότητα νέας δειγματοληψίας «Το κλινικό δείγμα δεν αντιπροσωπεύει εκκρίσεις του κατώτερου αναπνευστικού συστήματος και απορρίφθηκε. Συνιστάται επανάληψη της δειγματοληψίας»
Καλλιέργεια Επιλογή των κατάλληλων θρεπτικών υλικών, της θερμοκρασίας και των συνθηκών επώασης Πολλές φορές με βάση τον ασθενή (κλινική εικόνα, πιθανή διάγνωση, υποκείμενη νόσο, ανοσιακή κατάσταση, λήψη φαρμάκων κ.α.) Ιδιαίτερα σημαντική η επικοινωνία κλινικού και εργαστηριακού από τη στιγμή της παραγγελίας τη εξέτασης
Ποσοτική καλλιέργεια σε «επεμβατικά δείγματα» Ποσοτική καλλιέργεια: Βρογχικές εκκρίσεις 10 ⁶ cfu/ml Βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα ( BAL) 10 ⁴ 10⁵ cfu/ml Προστατευμένη βούρτσα (PSB) 10 ³ cfu/ml Μη ποσοτική καλλιέργεια (ημιποσοτική): Ελαττώνεται η ειδικότητα Αυξάνεται η ευαισθησία
BAL Παθογόνος μικροοργανισμός : 10 4 CFU / ml Ευαισθησία 38 100 % για πνευμονία κοινότητος VAP Ειδικότητα 85 100 % για πνευμονία κοινότητος VAP Δείγμα εκλογής για P. jirovecci PBS Παθογόνος μικροοργανισμός 10 3 CFU/ml Ευαισθησία 54 85 % Ειδικότητα > 85 % Αξιολόγηση BAL PBS Τα όρια ισχύουν για λήψη δειγμάτων πριν την έναρξη αντιμικροβιακής αγωγής
Είδη δειγμάτων Μεθοδολογία Αναζητούμενος μικροοργανισμός Επεμβατικές τεχνικές Στείρα Καλλιέργεια. δείγματα Μοριακές Κοινά βακτήρια, Πλευριτικό υγρό τεχνικές αναερόβια, Legionella spp, Mycobacterium spp. Διαθωρακική αναρρόφηση με βελόνα transthoracic needle aspiration, TNA Πνευμονικό Μη βιοπτικό στείρα δείγματα υλικό (ανοικτή βιοψία θωρακοσκοπι Βρογχοκυψελ κά) ιδικό έκπλυμα (BAL) Καλλιέργεια. Μοριακές τεχνικές Ποσοτική καλλιέργεια Συνήθη βακτήρια, αναερόβια, Legionella spp, C. pneumoniae Συνήθη βακτήρια, Legionella spp., Mycobacterium spp., Nocardia spp., M.pneumoniae, μύκητες, πρωτόζωα, CMV Κοινά βακτήρια, Mycobacterium spp., Nocardia spp., Legionella spp., C. pneumoniae, μύκητες, P. jiroveci, παράσιτα, ιοί. Σχόλια Ειδικότητα υψηλή. Ευαισθησία χαμηλή (40% των πνευμονιών έχουν και πλευριτική συλλογή) Υψηλή διαγνωστική αξία Επιμόλυνση Ευαισθησία από χλωρίδα33 80% Λήψη Αξιολόγηση σε αν ασθενείς 10 4 cfu/ml για με κοινά σοβαρή βακτήρια πνευμονία. Προστατευμένη ψήκτρα (PSB) Ποσοτική καλλιέργεια Κοινά βακτήρια, αναερόβια Legionella spp., C. pneumoniae, μύκητες, παράσιτα, ιοί. Αξιολόγηση αν 10 3 cfu/ml για συνήθη βακτήρια Διατραχειακή αναρρόφηση Καλλιέργεια Κοινά βακτήρια, αναερόβια, Nocardia spp., M. pneumoniae, πρωτόζωα Αποφυγή επιμολύνσεων, διάγνωση
Μη επεμβατικές τεχνικές Πτύελα Αυτόματη απόχρεμψη Καλλιέργεια, μοριακές τεχνικές. Συνήθη βακτήρια, Mycobacterium spp., Nocardia spp., Legionella spp., M. pneumoniae, μύκητες. Έλεγχος καταλληλότητας Απόρριψη δείγματος αν σε μεγένθυνση x10: επιθηλιακά κύτταρα >=10 κ.ο.π. Προκλητά Pneumocystis jιrovecιi, Mycobacterium spp. Αναπνευστικ οί ιοί, Ρινοφαρυγγ Άμεσος ικά ή ρινικά ανοσοφθορισμό Mycoplasma pneumoniae, Δείγματα εκπλύματα εκτός ή αναπνευστικού επιχρίσματ ς, μοριακές τεχνικές Chlamydophila pneumoniae ααίμα Καλλιέργεια Πνευμονία από Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Legionella spp., Heamophilus influenzae Ούρα Αναζήτηση αντιγόνου Ανοσοχρωματο γραφία Ορός Αναζήτηση αντισωμάτων Ανοσοενζυμικ ή Έμμεσος Legionella pneumophila Streptococcus pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Legionella pneumophila Ευαισθησία 4 18%* Ειδικότητα υψηλή Ευαισθησία 66 95%* Ειδικότητα 97 100%* Ευαισθησία 50 80%* Ανίχνευση IgM (± Ειδικότητα > 90%* IgG) ή 4πλασιασμός του τίτλου IgG σε δεύτερο δείγμα
Κατάταξη λοιμώξεων αναπνευστικού και κλινικές ενδείξεις καλλιεργειών Κατάλληλα κλινικά υλικά για καλλιέργεια και βασικές αρχές σωστής συλλογής και αποστολής δειγμάτων Καλλιεργητικές μέθοδοι και αξιολόγηση των αποτελεσμάτων Αλγόριθμοι μικροβιολογικής διαγνωστικής προσπέλασης
Μικροβιολογική διερεύνηση πνευμονίας Αιμοκαλλιέργειες: 2 ζεύγη πριν από τη χορήγηση αντιβιοτικών Πτύελα ή δείγματα από το κατώτερο αναπνευστικό για χρώσεις και καλλιέργειες Βιοχημικός και μικροβιολογικός έλεγχος πλευριτικού υγρού (αν υπάρχει) Αντιγόνο ούρων για Legionella pneumophila και Streptococcus pneumoniae Ορολογικός έλεγχος για άτυπα παθογόνα
Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διάγνωση και την Εμπειρική Θεραπεία των λοιμώξεων 2007, Ελληνική Εταιρεία Λοιμώξεων. ΚΕΕΛΠΝΟ
Διάγνωση των λοιμώξεων στο εργαστήριο κλινικής μικροβιολογίας Ασθενής Κλινική Διαφορική Διάγνωση Επιλογή και συλλογή κατάλληλων κλινικών δειγμάτων για την αναζήτηση ύποπτων μικροβιακών παραγόντων Ορολογικές Μέθοδοι Άμεση Αναζήτηση Καλλιέργεια Διαγνωστικοί τίτλοι Abs ή ορομεταστροφή Ειδικές χρώσεις Αναζήτηση Ags Αναζήτηση τοξινών Μοριακές μέθοδοι Ταυτοποίηση με βιοχημικές αντιδράσεις Ταυτοποίηση με ειδικούς αντιορούς ή δοκιμασίες ανοσοφθορισμού Ταυτοποίηση με μοριακές τεχνικές Δοκιμή ευαισθησίας στα αντιβιοτικά