ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΚΡΗΤΗΣ

Transcript

1 ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΚΡΗΤΗΣ ΤΟΜΕΑΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Νερά, Τρόφιμα, Περιβαλλοντικά δείγματα Είδος Δείγματος Εξεταζόμενη παράμετρος Μέθοδος Πρότυπο Διαπιστευμένη 1. Νερά ανθρώπινης κατανάλωσης, φυσικά μεταλλικά νερά, κολυμβητικών δεξαμενών, επιφανειακά, νερά αναψυχής 1. Καταμέτρηση καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών-μέτρηση αποικιών με εμβολιασμό σε θρεπτικό agar στους 22 2 ο C και στους 36 2 ο C Ενσωμάτωσης ΕΛΟΤ ΕΝ ISO 6222: Ανίχνευση και καταμέτρηση Pseudomonas aeruginosa Διήθησης από μεμβράνες (MF) ΕΛΟΤ ΕΝ ISO 16266: Νερά ανθρώπινης κατανάλωσης, φυσικά μεταλλικά νερά, επιφανειακά νερά, θαλασσινά νερά, νερά κολυμβητικών δεξαμενών και νερά αναψυχής 1. Ανίχνευση και καταμέτρηση κολοβακτηριοειδών και E. coli 2. Ανίχνευση και καταμέτρηση εντεροκόκκων εντερικής προέλευσης Διήθησης από μεμβράνες (MF) Διήθησης από μεμβράνες (MF) ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : 2001 ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : Νερά ανθρώπινης κατανάλωσης και επιφανειακά που προορίζονται για ανθρώπινη κατανάλωση Ανίχνευση και καταμέτρηση Clostridium perfringens συμπεριλαμβανομένων των σπορίων Διήθησης από μεμβράνες (MF) Παράρτημα ΙΙΙ της ΚΥΑ Υ2/2600/2001 όπως τροποποιήθηκε και ισχύει 4. Νερά ανθρώπινης κατανάλωσης, νερά κολυμβητικών δεξαμενών, νερά αναψυχής και άλλα είδη νερού Ανίχνευση και καταμέτρηση των Legionella spp. Διήθησης από μεμβράνες (MF) ISO 11731: Τρόφιμα 1. Ανίχνευση Salmonella spp. Προεμπλουτισμού ΕΛΟΤ ΕΝ 6579: 2003 ELISA/vidas 2. Ανίχνευση της Listeria monocytogenes Προεμπλουτισμού ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : 1997/Amd1:2004 ELISA/vidas

2 Είδος δείγματος Εξεταζόμενη παράμετρος Μέθοδος Πρότυπο Διαπιστευμένη 3. Απαρίθμηση της Listeria monocytogenes Προεμπλουτισμού ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : 1999/Amd1: Καταμέτρηση B- glucuronidase, E coli με χρωμογόνα μέσα Καταμέτρηση απομόνωση σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : Καταμέτρηση Σταφυλοκόκκων θετικών στην κοαγκουλάση (χρυσίζων σταφυλόκοκκος κ άλλα είδη) Επίστρωσης ΕΛΟΤ ΕΝ ISO : 1999/ Αmd1: Ανίχνευση Campylobacter spp Προεμπλουτισμοί και καλλιέργεια σε ειδικά θρεπτικά στερεά υποστρώματα ISO 17995: Καταμέτρηση Ολικών Κολοβακτηριοειδών Καταμέτρηση απομόνωση σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα ISO 4832: Καταμέτρηση θειαναγωγικών κλωστηριδίων Καταμέτρηση απομόνωση σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα ISO 7937: Enterobacter sakazakii απομόνωση καταμέτρηση Καταμέτρηση απομόνωση σε ειδικά θρεπτικά υποστρώματα ISO/TS/22964 IDF RM Λύματα 1. Ανίχνευση και καταμέτρηση E.coli Διήθησης από μεμβράνες (MF) ΕΛΟΤ EN ISO : Ανίχνευση και καταμέτρηση εντεροκόκκων Διήθησης από μεμβράνες (MF) ΕΛΟΤ EN ISO : Περιβαλλοντικά και κλινικά δείγματα Ταυτοποίηση μικροοργανισμών Φασματομετρία μάζας, Real Time PCR Εσωτερική μέθοδος Εργαστηρίου βασισμένη στον Κατασκευαστή Biotyper Microflex LT

3 ΤΟΜΕΑΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Κλινικά δείγματα Παθογόνο Είδος δείγματος Είδος εξέτασης Μέθοδος Διαπιστευμένη 1. Αναπλάσματα Anaplasma phagocytophilum ανοσοφθορισμός IFA (IgM,IgG) Anaplasma phagocytophilum αίμα, μυελός οστών Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Anaplasma phagocytophilum αίμα, μυελός οστών Καλλιέργεια Anaplasma phagocytophilum αίμα, μυελός οστών Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Anaplasma spp αίμα, μυελός οστών Τυποποίηση PCR, Real-Time PCR Anaplasma spp αίμα, μυελός οστών Καλλιέργεια Anaplasma spp αίμα, μυελός οστών Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Anaplasma spp αίμα, μυελός οστών Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing 2. Aspergillus Aspergillus 3. Μπαμπέσιες Βροχγικό έπλυμα, φαρυγγικό επίχρισμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Babesia spp αίμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Babesia spp αίμα Τυποποίηση PCR, sequencing 4. Βάκιλος του άνθρακα Bacillus anthracis πτύελα, βιοψίας Γονοτυπική ανίχνευση PCR 5. Μπαρτονέλλες Bartonella alsatica αίμα, λεμφαδένας, ιστός, δερματικό Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία

4 Bartonella alsatica Bartonella alsatica Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing Bartonella alsatica Παραγωγή αντιγόνου καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Bartonella elizabethae Bartonella elizabethae Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Bartonella elizabethae Bartonella elizabethae Παραγωγή αντιγόνου Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Bartonella henselae Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Bartonella henselae Παραγωγή αντιγόνου καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Bartonella henselae ανοσοφθορισμός IFA (IgM,IgG) Bartonella henselae western blot Bartonella henselae Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Bartonella henselae Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Bartonella henselae Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing Bartonella quintana Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Bartonella quintana ανοσοφθορισμός IFA (IgM,IgG) Bartonella quintana western blot

5 Bartonella quintana Bartonella quintana αίμα, λεμφαδένας, ιστός, δερματικό αίμα, λεμφαδένας, ιστός, δερματικό Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Bartonella quintana αίμα, λεμφαδένας, ιστός, δερματικό Bartonella quintana Παραγωγή αντιγόνου 6. Μπορέλλιες Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Borrelia burgdorferi Borrelia burgdorferi ELISA western blot Borrelia sp αίμα, δερματικό Γονοτυπική ανίχνευση PCR Borrelia sp αίμα, δερματικό Τυποποίηση PCR, sequencing 7. Βρουκέλλες Brucella abortus αίμα, δείγμα ιστού Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Brucella abortus αίμα, δείγμα ιστού Γονοτυπική ανίχνευση PCR Brucella abortus αίμα, δείγμα ιστού Τυποποίηση PCR, sequencing Brucella abortus Παραγωγή αντιγόνου καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Brucella abortus MIC σε τρυβλίο Brucella melitensis αίμα, δείγμα ιστού Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Brucella melitensis αίμα, δείγμα ιστού Γονοτυπική ανίχνευση PCR

6 Brucella melitensis αίμα, δείγμα ιστού Τυποποίηση PCR, sequencing Rose-Bengal SAT SAT-DTT SAT-Coombs ELISA (IgM,IgG, IgA) σύνδεση συμπληρώματος (CF) ΑΝΑΣΤΡΟΦΗ ΑΝΟΣΟΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗ (CIEP) ΑΝΟΣΟΔΙΑΧΥΣΗ ΣΕ ΑΓΑΡ (ID) Ακτινωτή ανοσοδιάχυση (RID) Brucella suis αίμα, δείγμα ιστού Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Brucella suis αίμα, δείγμα ιστού Γονοτυπική ανίχνευση PCR Brucella suis αίμα, δείγμα ιστού Τυποποίηση PCR, sequencing 8. Καμπυλοβακτηρίδια Campylobacter spp Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Campylobacter spp Κόπρανα Τυποποίηση 9. Candida

7 Candida κολπικό επίχρισμα, τραχηλικό Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR 10. Χλαμύδια Chlamydia pneumoniae Chlamydia pneumoniae Chlamydia trachomatis Chlamydophilla psittaci βρογχικό έκπλυμα ουρηθρικό έκκριμα, κολπικό επίχρισμα, τραχηλικό βρογχικό έκπλυμα (IgM,IgG) Γονοτυπική ανίχνευση PCR Γονοτυπική ανίχνευση PCR Γονοτυπική ανίχνευση PCR 11. Coxiella burnetii Coxiella burnetii αίμα, πτύελα, πλευριτικό υγρό, ράμματα, φαρυγγικό/βρογχικό έκπλυμα, ιστός Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Coxiella burnetii αίμα, πτύελα, πλευριτικό υγρό, ράμματα, φαρυγγικό/βρογχικό έκπλυμα, ιστός Καλλιέργεια shell-vial method/κυτταροκαλλιέρ γεια Coxiella burnetii αίμα, πτύελα, πλευριτικό υγρό, ράμματα, φαρυγγικό/βρογχικό έκπλυμα, ιστός Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR, nested PCR Coxiella burnetii αίμα, πτύελα, πλευριτικό υγρό, ράμματα, φαρυγγικό/βρογχικό έκπλυμα, ιστός Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing Coxiella burnetii Παραγωγή αντιγόνου /Re nographin gradient Coxiella burnetii MIC σε Coxiella burnetii φάση I Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Coxiella burnetii φάση II/Ι (IgM,IgG, IgA) 12. Κρυπτόκοκκος Cryprococcus Ένυ Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR

8 13. Εντερόκοκκοι Enterococcus spp Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Enterococcus spp Κόπρανα Τυποποίηση Enterococcus spp MIC σε τρυβλίο 14. Escherichia coli Escherichia coli Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Escherichia coli Κόπρανα Τυποποίηση 15. Φρανσισέλλες Fransicella spp αίμα, δερματικό Γονοτυπική ανίχνευση PCR Fransicella spp αίμα, δερματικό Τυποποίηση PCR, sequencing 16. Λεγιωνέλλες Legionella sp Legionella sp βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Legionella sp βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος Τυποποίηση Legionella pneumophila (IgM,IgG) Legionella pneumophila Οροτυποποίηση Ταυτοποίηση ορότυπου Legionella pneumophila βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA

9 Legionella pneumophila Παραγωγή αντιγόνου καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και Legionella pneumophila MIC σε τρυβλίο Legionella pneumophila Legionella pneumophila βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος Καλλιέργεια Καλλιέργεια σε τρυβλία Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Legionella pneumophila βρογχικό έκπλυμα, νερά περιβάλλοντος Τυποποίηση Legionella spp MIC σε τρυβλίο 17. Λεϊσμάνιες Leishmania spp (IgM,IgG) Leishmania spp western blot Leishmania spp αίμα, μυελός οστών Καλλιέργεια Leishmania spp αίμα, μυελός οστών Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Leishmania spp αίμα, μυελός οστών Τυποποίηση PCR, Real-Time PCR Leishmania spp MIC σε Leishmania spp Παραγωγή αντιγόνου καθαρισμός από ελεύθερο μέσο και 18. Λεπτόσπειρες Leptospira spp (IgM,IgG)

10 Leptospira spp Haemaglutination Leptospira spp αίμα, ούρα Γονοτυπική ανίχνευση PCR, nested PCR Leptospira spp αίμα, ούρα Τυποποίηση PCR, nested PCR 19. Λιστέριες Listeria monocytogenes Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Listeria monocytogenes Κόπρανα Τυποποίηση PCR, PFGE, ριβοτυπία, sequencing 20. Μυκοβακτηρίδιο Mycobacterium tuberculosis βρογχικό έκπλυμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR 21. Μυκοπλάσματα Mycoplasma hominis ουρηθρικό έκκριμα, σπέρμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Mycoplasma pneumoniae βρογχικό έκπλυμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Mycoplasma sp πτύελα, φαρυγγικό/τραχηλικό/κολπικό/ βρογχικό/ουρηθρικό επίχρισμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR 22. Ρικέτσιες Rickettsia conorii (IgM,IgG, IgA) Rickettsia conorii western blot Rickettsia conorii αίμα, δερματικό, Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA

11 Rickettsia conorii Rickettsia conorii αίμα, δερματικό, αίμα, δερματικό, Καλλιέργεια shell-vial method/κυτταροκαλλιέρ γεια Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Rickettsia conorii αίμα, δερματικό, Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing Rickettsia conorii Παραγωγή αντιγόνου /Re nographin gradient Rickettsia conorii MIC σε Rickettsia typhi (IgM,IgG, IgA) Rickettsia typhi western blot Rickettsia typhi αίμα, δερματικό, Άμεση ανίχνευση παθογόνου Άμεσος ανοσοφθορισμός DFA Rickettsia typhi αίμα, δερματικό, Καλλιέργεια shell-vial method/κυτταροκαλλιέρ γεια Rickettsia typhi αίμα, δερματικό, Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Rickettsia typhi αίμα, δερματικό, Τυποποίηση PCR-RFLP, sequencing Rickettsia typhi Παραγωγή αντιγόνου /Re nographin gradient Rickettsia typhi MIC σε

12 23. Σαλμονέλλες Salmonella spp Οροτυποποίηση Ταυτοποίηση ορότυπου Salmonella spp Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR Salmonella spp Κόπρανα Τυποποίηση 24. STDs sexual transmitted pathogens ουρηθρικό έκκριμα, κολπικό επίχρισμα, τραχηλικό Γονοτυπική ανίχνευση πολλαπλό PCR 25. Σταφυλόκοκκοι Staphylococcus spp Αίμα, πύον Γονοτυπική ανίχνευση PCR Staphylococcus spp Αίμα, πύον Τυποποίηση Staphylococcus spp MIC σε τρυβλίο 26. Στρεπτόκοκκοι Streptococcus spp Αίμα, πύον Γονοτυπική ανίχνευση PCR Streptococcus spp Αίμα, πύον Τυποποίηση

13 27. Tropheryma whipplei Tropheryma whipplei αίμα, δωδεκαδακτ υγρό, εντερικό υγρό, ΕΝΥ Γονοτυπική ανίχνευση PCR Tropheryma whipplei αίμα, δωδεκαδακτ υγρό, εντερικό υγρό, ΕΝΥ Τυποποίηση PCR, sequencing 28. Ουρεάπλασμα Ureaplasma urealyticum ουρηθρικό έκκριμα, κολπικό επίχρισμα, τραχηλικό Γονοτυπική ανίχνευση PCR 29. Yersinia Yersinia Κόπρανα Γονοτυπική ανίχνευση PCR 30. Ιοί Ιοί βρογχικό έκπλυμα, Γονοτυπική ανίχνευση Real-Time PCR Ιός Δυτικού Νείλου ELISA 31. Τοξόπλασμα Toxoplasma spp (IgM,IgG) Toxoplasma spp western blot Toxoplasma spp αίμα Καλλιέργεια

14 Toxoplasma spp αίμα Γονοτυπική ανίχνευση PCR, Real-Time PCR Toxoplasma spp αίμα Τυποποίηση PCR, Real-Time PCR