ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Μικροβιακή Γενετική. Πλασμίδια. Διδάσκουσα: Επίκουρη Καθηγήτρια Αμαλία-Σοφία Αφένδρα

Σχετικά έγγραφα
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Μικροβιακή Γενετική. Πλασμίδια. Διδάσκουσα: Επίκουρη Καθηγήτρια Αμαλία-Σοφία Αφένδρα

Μικροβιολογία & Υγιεινή Τροφίμων

Εκκλησιαστικό Δίκαιο. Ενότητα 10η: Ιερά Σύνοδος της Ιεραρχίας και Διαρκής Ιερά Σύνοδος Κυριάκος Κυριαζόπουλος Τμήμα Νομικής Α.Π.Θ.

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Πιθανότητες. Συνδυαστική Ανάλυση Διδάσκων: Επίκουρος Καθηγητής Κωνσταντίνος Μπλέκας

Ιστορία της μετάφρασης

Θεσμοί Ευρωπαϊκών Λαών Ι 19 ος -20 ος αιώνας

Εισαγωγή στους Αλγορίθμους

Γενικά Μαθηματικά Ι. Ενότητα 12: Κριτήρια Σύγκλισης Σειρών. Λουκάς Βλάχος Τμήμα Φυσικής ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ

Εκκλησιαστικό Δίκαιο

Εργαστήριο Χημείας Ενώσεων Συναρμογής

Λογιστική Κόστους Ενότητα 12: Λογισμός Κόστους (2)

Θεσμοί Ευρωπαϊκών Λαών Ι 19 ος -20 ος αιώνας

Εισαγωγή στους Αλγορίθμους

Εργαστήριο Χημείας Ενώσεων Συναρμογής

Τίτλος Μαθήματος: Μαθηματική Ανάλυση Ενότητα Γ. Ολοκληρωτικός Λογισμός

Γενικά Μαθηματικά Ι. Ενότητα 15: Ολοκληρώματα Με Ρητές Και Τριγωνομετρικές Συναρτήσεις Λουκάς Βλάχος Τμήμα Φυσικής

Εκκλησιαστικό Δίκαιο

Μαθηματικά Διοικητικών & Οικονομικών Επιστημών

Ηλεκτρισμός & Μαγνητισμός

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Ηλεκτρονικοί Υπολογιστές I

Θερμοδυναμική. Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα. Πίνακες Νερού σε κατάσταση Κορεσμού. Γεώργιος Κ. Χατζηκωνσταντής Επίκουρος Καθηγητής

Μηχανολογικό Σχέδιο Ι

Ηλεκτρισμός & Μαγνητισμός

Λογιστική Κόστους Ενότητα 8: Κοστολογική διάρθρωση Κύρια / Βοηθητικά Κέντρα Κόστους.

Εφαρμοσμένη Στατιστική

Εισαγωγή στην Διοίκηση Επιχειρήσεων

Διεθνείς Οικονομικές Σχέσεις και Ανάπτυξη

Ιστορία της μετάφρασης

Οικονομετρία. Εξειδίκευση του υποδείγματος. Μορφή της συνάρτησης: Πολυωνυμική, αντίστροφη και αλληλεπίδραση μεταβλητών

Εισαγωγή στους Αλγορίθμους

Εφαρμοσμένη Στατιστική

Θεσμοί Ευρωπαϊκών Λαών Ι 19 ος -20 ος αιώνας

Βασικές Αρχές Φαρμακοκινητικής

Εκκλησιαστικό Δίκαιο

Ηλεκτρισμός & Μαγνητισμός

Βιολογικές Μεμβράνες και Μεταγωγή Σήματος

Αξιολόγηση μεταφράσεων ιταλικής ελληνικής γλώσσας

1 η Διάλεξη. Ενδεικτικές λύσεις ασκήσεων

Ηλεκτρισμός & Μαγνητισμός

Κβαντική Επεξεργασία Πληροφορίας

Παράκτια Τεχνικά Έργα

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Μαθηματικά Διοικητικών & Οικονομικών Επιστημών

Τίτλος Μαθήματος: Ηλεκτρονικοί Υπολογιστές IΙΙ. Διδάσκων: Επίκουρος Καθηγητής Αθανάσιος Σταυρακούδης

Μαθηματικά Διοικητικών & Οικονομικών Επιστημών

Γενικά Μαθηματικά Ι. Ενότητα 14: Ολοκλήρωση Κατά Παράγοντες, Ολοκλήρωση Ρητών Συναρτήσεων Λουκάς Βλάχος Τμήμα Φυσικής

Εισαγωγή στους Αλγορίθμους Ενότητα 9η Άσκηση - Αλγόριθμος Prim

Οικονομία των ΜΜΕ. Ενότητα 7: Μορφές αγοράς και συγκέντρωση των ΜΜΕ

Διεθνείς Οικονομικές Σχέσεις και Ανάπτυξη

Διπλωματική Ιστορία Ενότητα 2η:

ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΗΛΕΚΤΡΙΚΗΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ ΙIΙ

ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΗΛΕΚΤΡΙΚΗΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ ΙIΙ

ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΗΛΕΚΤΡΙΚΗΣ ΕΝΕΡΓΕΙΑΣ ΙIΙ

Εφαρμοσμένη Στατιστική

Βασικοί άξονες Μαθηματικά στην εκπαίδευση:

Ενδεικτικές λύσεις ασκήσεων διαχείρισης έργου υπό συνθήκες αβεβαιότητας

Επικοινωνία Ανθρώπου- Υπολογιστή Σχεδίαση Αλληλεπίδρασης

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Πιθανότητες. Συναρτήσεις πολλών μεταβλητών Διδάσκων: Επίκουρος Καθηγητής Κωνσταντίνος Μπλέκας

Θεσμοί Ευρωπαϊκών Λαών Ι 19 ος -20 ος αιώνας

Διαφήμιση και Δημόσιες Σχέσεις Ενότητα 9: Σχέσεις διαφημιστή-διαφημιζόμενου

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Χώρος και Διαδικασίες Αγωγής

Οδοποιία IΙ. Ενότητα 14: Υπόδειγμα σύνταξης τευχών θέματος Οδοποιίας. Γεώργιος Μίντσης ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ

Εργαστήριο Χημείας Ενώσεων Συναρμογής

Εισαγωγή στην Διοίκηση Επιχειρήσεων

Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα στο ΤΕΙ Αθήνας. Βιοστατιστική (Ε) Ενότητα 3: Έλεγχοι στατιστικών υποθέσεων

Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα στο ΤΕΙ Αθήνας. Βιοστατιστική (Ε) Ενότητα 1: Καταχώρηση δεδομένων

Συνταγματικό Δίκαιο Ενότητα 11:Εκτελεστική Λειτουργία

Υπολογιστές Ι. Άδειες Χρήσης. Δομή του προγράμματος. Διδάσκοντες: Αν. Καθ. Δ. Παπαγεωργίου, Αν. Καθ. Ε. Λοιδωρίκης

Λογιστική Κόστους Ενότητα 11: Λογισμός Κόστους (1)

Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα στο ΤΕΙ Αθήνας. Βιοστατιστική (Ε) Ενότητα 2: Περιγραφική στατιστική

Εκκλησιαστικό Δίκαιο

Οικονομετρία. Πολλαπλή Παλινδρόμηση. Στατιστικός έλεγχος γραμμικού συνδυασμού συντελεστών. Τμήμα: Αγροτικής Οικονομίας & Ανάπτυξης

Κβαντική Επεξεργασία Πληροφορίας

Λογισμός 3. Ενότητα 19: Θεώρημα Πεπλεγμένων (γενική μορφή) Μιχ. Γ. Μαριάς Τμήμα Μαθηματικών ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑ ΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ

ΒΟΗΘΗΤΙΚΕΣ ΣΗΜΕΙΩΣΕΙΣ

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Εισαγωγή στην Διοίκηση Επιχειρήσεων

Εισαγωγή στην Διοίκηση Επιχειρήσεων

Μοριακή Βιολογία. Ενότητα # (2): Μεταλλάξεις και γενετική ποικιλότητα στα βακτήρια. Παναγιωτίδης Χρήστος Τμήμα Φαρμακευτικής

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Επιμέλεια Εκθέσεων. Εκθέτοντας την τέχνη Διδάσκουσα: Επίκουρη Καθηγήτρια Εσθήρ Σ.

Βασικές Αρχές Φαρμακοκινητικής

Φ 619 Προβλήματα Βιοηθικής

Φυσική Περιβάλλοντος

Διοικητική Λογιστική

Μαθηματικά Διοικητικών & Οικονομικών Επιστημών

Διεθνείς Οικονομικές Σχέσεις και Ανάπτυξη

Θερμοδυναμική. Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα. Πίνακες Νερού Υπέρθερμου Ατμού. Γεώργιος Κ. Χατζηκωνσταντής Επίκουρος Καθηγητής

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Εφαρμοσμένη Στατιστική

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ. Φυσιολογία Ι. Λευκά αιμοσφαίρια Θρομβοκυττάρωση Διδάσκων: Αν. Καθηγήτρια Πατρώνα Βεζυράκη

Ηλεκτρονικοί Υπολογιστές IV

Διοίκηση Ολικής Ποιότητας & Επιχειρηματική Αριστεία Ενότητα 1.3.2: Παραδοσιακή VS νέα προσέγγιση της ΔΟΠ

Γεωργική Εκπαίδευση Ενότητα 9

Λογιστική Κόστους Ενότητα 11: Λογισμός Κόστους

Γενικά Μαθηματικά Ι. Ενότητα 1: Συναρτήσεις και Γραφικές Παραστάσεις. Λουκάς Βλάχος Τμήμα Φυσικής ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ

Μεθοδολογία Έρευνας Κοινωνικών Επιστημών Ενότητα 2: ΣΥΓΚΕΝΤΡΩΣΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΩΝ ΜΑΡΚΕΤΙΝΓΚ Λοίζου Ευστράτιος Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων-Kατεύθυνση

Τίτλος Μαθήματος: Μαθηματική Ανάλυση Ενότητα Β. Διαφορικός Λογισμός

ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΙ ΑΝΟΡΓΑΝΗ ΧΗΜΕΙΑ

Transcript:

ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ Μικροβιακή Γενετική Πλασμίδια Διδάσκουσα: Επίκουρη Καθηγήτρια Αμαλία-Σοφία Αφένδρα

Άδειες Χρήσης Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό υπόκειται σε άδειες χρήσης Creative Commons. Για εκπαιδευτικό υλικό, όπως εικόνες, που υπόκειται σε άλλου τύπου άδειας χρήσης, η άδεια χρήσης αναφέρεται ρητώς.

Ύπαρξητωνπλασμιδίων στονξενιστήτους ΑντιγραφήπλασμιδιακούDNA Καταμερισμόςπλασμιδιακώνμορίων Έλεγχοςτουαριθμούαντιγράφων

Αντιγραφή πλασμιδιακούdna

ΑντιγραφήπλασμιδιακούDNA Αντιγραφήτύπου«θ» Αντιγραφήεκτόπισηςαλυσίδας(strand displacement) Αντιγραφήκυλιόμενουκύκλου(τύπου «σ»)

Αντιγραφή τύπου«θ»& «σ» θ Μία κατεύθυνση Δύο κατευθύνσεις σ Κυλιόμενου κύκλου

Αντιγραφήτύπου«θ» Αποκόλληση των πατρικών αλυσίδων(iterons). Iterons: παρόντα σε κάποια πλασμίδια, απαραίτητα για την πρόσδεση της πρωτεΐνης Rep και τον έλεγχο της αντιγραφής. Σύνθεση ενός μεγάλου εκκινητή RNA(primer RNA, prna). Έναρξη της σύνθεσης DNA με επιμήκυνση του prna. Στις περισσότερες περιπτώσεις απαιτείται πλασμιδιακή ρεπλικάση(πρωτεΐνη Rep). Χαρακτηριστική εξαίρεση το πλασμίδιο ColE1.

Περιοχές αντιγραφής τύπου«θ» σε χαρακτηριστικά πλασμίδια

Origin ColE1 Σύνθεσητηςαλυσίδας-οδηγού: πρόσδεση ενός μεγάλου εκκινητή RNA (RNAII) στο ori εκτομήτουυβριδίουrnaii-dnaαπότηνrnase H απελευθέρωση ενός ελεύθερου άκρου 3 OH στο RNAII σύνθεση της αλυσίδας-οδηγού Η αλληλεπίδραση RNAI-RNAII που προωθείται από την πρωτεΐνη Rom ελέγχει τη συχνότητα της αντιγραφής. Σύνθεση της συμπληρωματικής αλυσίδας: από την ειδική θέση στο πριμόσωμα που βρίσκεται ακολούθως προς την αρχή αντιγραφήςτηςαλυσίδαςοδηγού. RNAI RNAII Rom

ColE1 Σύνθεσητηςαλυσίδας-οδηγού: πρόσδεση ενός μεγάλου εκκινητή RNA (RNAII) στο ori εκτομή του υβριδίου RNAII- DNAαπότηνRNase H απελευθέρωση ενός ελεύθερου άκρου 3 OH στο RNAII σύνθεση της αλυσίδαςοδηγού

Αντιγραφήεκτόπισηςαλυσίδας Χαρακτηριστικό παράδειγμα το πλασμίδιο RSF1010. Περιέχει τρία γονίδια(repa, repb, repc) που κωδικoποιούν τις πρωτεΐνες RepA(ελικάση), RepB (πριμάση) καιrepc(έναρξηαντιγραφής) αντίστοιχα, απαραίτητεςγιατηναντιγραφήτου.

RSF1010. a: περιοχή πρόσδεσης των ρεπλικασών b: μηχανισμός αντιγραφής RSF1010 (repa, repb, repc) RepA(ελικάση) RepB(πριμάση) RepC (έναρξηαντιγραφής)

Αντιγραφήκυλιόμενουκύκλου Khan SA. Microbiol. Mol. Biol. Rev. (1997) 61:442-455

Μοντέλο για την αντιγραφή κυλιόμενου κύκλου στα πλασμίδια ORI Nick Nick SSO SSO SSO DNA Pol III SSO RepC PcrA Helicase SSB ORI Nick ORI SSO SC DNA + Oligo Inactive RepC SSO SSO + SS DNA DNA Ligase DNA Gyrase RNA Pol DNA Pol I DNA Pol III SSO SC DNA

Λειτουργική οργάνωση πλασµιδίων που αντιγράφονται µε το µηχανισµό του κυλιόµενου κύκλου pt181 o r i c o p r e p t e t p r e s s o A pmv158 o r i c o p r e p t e t s s o U m o b s s o A pc194 o r i c o p r e p c a t s s o A psn2 o r i r e p s s o A

Ρεπλικάση RCR Ρεπλικάση RCR - tyr tyr OH - O 5 O- O = P -O - O 3 5 OH - O = P -O - O 3 DSO DSO

Action of replicase

SSO Αντιγραφή κυλιόμενου κύκλου DSO αλυσίδαπρόσδεση της πλασμιδιακής πρωτεΐνης Rep στοdso αλυσίδα+ Εκτομήτηςαλυσίδας+ απότηνπρωτεΐνηrep Νέα αλυσίδα+ συντιθέμενη από τις πρωτεΐνες του ξενιστή από τό άκρο 3 OH στοσημείοat nick site 3 OH Η εκτομή συμβαίνει με τρόπο ανάλογο της εκτομής στην αντιγραφή των τελομερών του ευθύγραμμου DNA του Borellia από την ResT.

Αντιγραφή κυλιόμενου κύκλου(συν.) Ολοκλήρωση της νέας αλυσίδας+ Απελευθέρωση της παλιάςαλυσίδας+ μέσω της δράσης της πρωτεΐνηςrep + Σύνθεση της νέας αλυσίδας- από το SSO από πρωτεΐνες του ξενιστή Ολοκλήρωση της νέας αλυσίδας-

Περιοχές αντιγραφής κυλιόμενου κύκλου dso σε χαρακτηριστικά πλασμίδια

Έναρξη της αντιγραφής της δεύτερης αλυσίδας από τη θέση ssoa

Περιοχές αντιγραφής κυλιόμενου κύκλου sso σε χαρακτηριστικά πλασμίδια

Στοίχιση περιοχών sso σε χαρακτηριστικά πλασμίδια RS B CS-6 pc194 2206 cgcatttatgccgagaaaatttatt-gtgcgttgagaagaacccttaac-taaac-ttgcagacgaatg-tcggc-atagcgtgagc pox6 4 acgcatttatgccgagaaaatttatt-gtgcgttgagaagaacccttaac-taaac-ttgcagacgaatg-tcggc-atagcgtgagc ps194 2825 gctttttatgccgagaaaatttatttata--ttgagaagtacccttaac-taaac-ttgcagacgaatg-tc-gc-atagcgagagpc221 636 gcatttatgccgagaaaatctatttg---tcgatgagag-cccttaa-ttagactaaaagcgccagcg-gtcag-atagcgtcagc pe194 637 cttttatgccgagaaaa-ctttttg---cgtgtgacag-tccttaaaatatacttagagcgtaagcgaaagta-gtagcgacagc pls1 4083 actgatttatgccgtgaaa-gctatttgacaataagcagtg-acagagtacgctaggacgtgccgagccgaaaggctttagcgt---- RS B (C) pc194 TATtAagcCgacCatTcGacaAGtTtTgGGaTTgTTAA-GG-gttCcgaGgcTCAacgtcaAtAaagcagaAATTGGAATAAAga 2042 pox6 TATtAagcCgacCatTcGacaAGtTtTgGGaTTgTTAA-GG-gttCcgaGgcTCAacgtcaAtAaagc---AATTGGAATAAAgc 166 ps194 TATtAgccCgacCatTcGacaAGtTtTgGGtTTgTTAA-GG-gtaCagaGgcTCAatgtaaAtAaagc---AATTGGAATAAAgc 2982 pc221 TATcAattCgacCgaTgGac-AGcTtTaGGaTTaTTAA-GGagcgC--aGaaTCAtcggc-AaAtagagg-AATTGGAATAAAgc 793 pe194 TATtAa--CtttCggTtGcaaAGcTcTaGGaTTtTTAAtGGa-cgCagcGcaTCAcacgc-AaA--aaggaAATTGGAATAAAtg 794 pls1 ----------ttcggacggaca--cggacaaaggacggcagtcactggttacttgttgtc-aaatagacca---tggaataaaaa 4233

Μοντέλο μηχανισμού για την έναρξη της αντιγραφής της δεύτερης αλυσίδας από τη θέση ssoa

Τέλος Ενότητας

Χρηματοδότηση Το παρόν εκπαιδευτικό υλικό έχει αναπτυχθεί στα πλαίσια του εκπαιδευτικού έργου του διδάσκοντα. Το έργο «Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων» έχει χρηματοδοτήσει μόνο τη αναδιαμόρφωση του εκπαιδευτικού υλικού. Το έργο υλοποιείται στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Εκπαίδευση και Δια Βίου Μάθηση» και συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο) και από εθνικούς πόρους.

Σημειώματα

Σημείωμα Ιστορικού Εκδόσεων Έργου Το παρόν έργο αποτελεί την έκδοση 1.0. Έχουν προηγηθεί οι κάτωθι εκδόσεις: Έκδοση 1.0 διαθέσιμη εδώ. http://ecourse.uoi.gr/course/view.php?id=1304.

Σημείωμα Αναφοράς Copyright Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, Διδάσκουσα: Επίκουρη Καθηγήτρια Αμαλία-Σοφία Αφένδρα. «Μικροβιακή Γενετική. Πλασμίδια». Έκδοση: 1.0. Ιωάννινα 2014. Διαθέσιμο από τη δικτυακή διεύθυνση: http://ecourse.uoi.gr/course/view.php?id=1304.

Σημείωμα Αδειοδότησης Το παρόν υλικό διατίθεται με τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Αναφορά Δημιουργού - Παρόμοια Διανομή, Διεθνής Έκδοση 4.0 [1] ή μεταγενέστερη. [1] https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/.