TreeTOPS ένα φυλγενετκά δέντρα εσαγωγκό παχνίδ γα τα Η κατασκευή φυλγενετκών δέντρων παίζε ρόλ κλεδί στην κατανόηση των εξελκτκών δαδκασών. Ο παραδσακές μέθδ συστηματκής κατάταξης πρσπαθύσαν να δαφωτίσυν τς εξελκτκές σχέσες κλασκών ταξνμκών βαθμίδων όπως είνα τα ύλα, τα Είδη ή Οκγένεες κα βασίζνταν σε μρφλγκές παρατηρήσες κα φαντυπκά χαρακτηρστκά των ργανσμών. Η σημαντκή πρόδς πυ συντελείτα τα τελευταία χρόνα στν κλάδ της Μρακής Βλγίας, έχε φέρε επανάσταση στς φυλγενετκές μελέτες τόσ των ργανσμών, όσ κα των μρίων τυς. Τεχνκές όπως η αλυσδωτή αντίδραση πλυμεράσης (PCR), η RFLP (restriction fragment length polymorphism) κα, π πρόσφατα, η αλληλύχησ ση πλήρων γνδωμάτων (whole genome sequencing), μαζί με την αύξηση τυ αρθμύ κα τυ είδυς των βλγκών βάσεων δεδμένων, έχυν δευρύνε σημαντκά τ πεδί των φυλγενετκ κών μελετών κα έχυν επτρέψε τυς επστήμνες να κατασκευάσυν φυλγενετκά δέντρα βασσμένα στη μρακή σύσταση των ργανσμών. Μέσω αυτών των εξελίξεων, τα μρακά δεδμένα έχυν πλέν καταστεί η πρωταρχκή πηγή πληρφρών γα την κατασκευή φυλγενετκώνν δέντρων. Υπάρχυν πλυάρθμα παραδείγματα σχετκά με τ πως η χρήση μρακών δεδμένων στη φυλγενετκή ανάλυση έχε βηθήσε τη μελέτη της εξέλξης των ργανσμών. Γα παράδεγμα, μέχρ τη δεκαετία τυ 1970, Μύκητες ταξνμύνταν ως ένα Υπβασίλε των υτών. Μέσω της ανάλυσης μρακών δεδμένων πρέκυψε ότ Μύκητες είνα υσαστκά περσσότερ συγγενκί με τα ζώα από ότ με τα φυτά. Αυτό δήγησε σε ρζκή ανακατάταξη στην ταξνόμησή τυς, πότε κα δημυργήθηκε ξεχωρστό Βασίλε, αυτό των Μυκήτων. Εππλέν, τα μρακά δεδμένα αλληλυχών έχυν επτρέψε στυς επστήμνες να εφαρμόσυν συστήματα ταξνμκής κατάταξης γα ύς, γνίδα κα πρωτεΐνες, παρέχντας έτσ σημαντκή γνώση σχετκή με λόκληρ τ φάσμα των βλγκών κα ατρκών επστημών από την εξέλξη, την πρωτεμκή ως κα την ατρκή. Μέσω της χρήσης μρακών δεδμένων γα την απτίμηση της εξελκτκής συγγένεας βλγκών μνάδων, η ταυτπίηση ταξνμκών κνών πργόνων μεταξύ ργανσμών έχε καταστεί π ακρβής. Η πρόδς αυτή δεν παρέχε μόν ζωτκής σημασίας στχεία γα τς εξελκτκές σχέσες των ργανσμών, αλλά μπρεί να βηθήσε στην εξεύρεση νέων ργανσμών-- μντέλων ή ργανσμών πυ είνα π κντνί σύγχρν συγγενείς παλαότερων ργανσμών. Στα φυλγενετκά δέντρα, βαθμός της εξελκτκής σχέσης μεταξύ των χρησμπύμενωνν μνάδων εκφράζετα ως «συνάρτηση της θέσης κάθε μνάδας ενδαφέρντς (π.χ. είδς,, πληθυσμός, γνίδ) ως πρς την άλλη». Ο μνάδες πυ είνα περσσότερ συγγενκές μεταξύ τυς τπθετύντα π κντά,, ενώ μνάδες πυ είνα λγότερ συγγενκές μεταξύ τυς τπθετύντα σε δαφρετκύς κλάδυς τυ φυλγενετκύ δέντρυ. Στ παρακάτω κείμεν συγκρίνντα δύ από τυς π κνύς τύπυς φυλγενετκών δέντρων κα παρυσάζετα η ρλγία πυ χρησμπείτα στη φυλγενετκή ανάλυση. υλγενετκά δέντρα με ρίζα κα χωρίς ρίζα υλγενετκό δέντρ χωρίς ρίζα υλγενετκό δέντρ με ρίζα
Ένα φυλγενετκό δέντρ χωρίς ρίζα δεν παρέχε καμίαα πληρφρία σχετκά με τν κνό πρόγν της υπό μελέτη μάδας. Τ φυλγενετκό δέντρ χωρίς ρίζα μπρεί να μετατραπεί σε φυλγενετκό δέντρ με ρίζα δηλαδή σε φυλγενετκό δέντρ πυ παρέχε πληρφρίες γα τν κνό πρόγν (ρίζα) της υπό μελέτη μάδας. Συγκρίνντας τ χαρακτηρστκό πυ μας ενδαφέρε κα είνα παρόν στην υπό μελέτη μάδα (ενδμάδα ή ingroup) με τ χαρακτηρστ τκό πυ είνα παρόν στην μάδα πυ είνα λγότερ συγγενκή με την ενδμάδα κα πυ νμάζετα εξωμάδα (outgroup), μπρύμε να καθρίσυμε αν τ χαρακτηρστκό πυ μας ενδαφέρε είνα πργνκό ancestral (δηλαδή υπήρχε στν κνό πρόγν) ή αν είνα παράγωγ derived (δηλαδή δεν ήταν παρόν στν κνό πρόγν). Ορλγία φυλγενετκών δέντρων με ρίζα Ορλγία φυλγενετκών δέντρων με ρίζα Κλαδί Συνδέε τυς κόμβυς τυ δέντρυ κα αναπαρστά τ πρτενόμεν εξελκτκό μνπάτ της συγκεκρμένης φυλγενετκής γραμμής. Ρίζα Κόμβς πυ αναπαρστά τν κνό πρόγν όλων των κόμβων στ δέντρ. Κόμβς Εσωτερκός κόμβς: αναπαρστά τν υπθετκό κνό πρόγν ΚΛΑΔΙ ΚΟΜΒΟΣ Τερματκός κόμβς (φύλλ): αναπαρστά (συνήθως ΡΙΖΑ αρτίγνες/σύγχρνες) ) ταξνμκές βαθμίδες (πληθυσμύς, είδη, γνίδα, πρωτεΐνες, κλπ.) πίες συγκρίνντα με τς υπόλπες ταξνμκές βαθμίδες (taxa) τυ δέντρυ. Κλάδς Σε έναν κλάδ όλα τα μέλη μράζντα κνό πρόγν, πίς δεν είνα κνός πρόγνς όλων των άλλων των άλλων ταξνμκών βαθμίδων τυ δέντρυ. ΤΟ ΠΑΙΧΝΙΔΙ Υλκά 8 (7) κάρτες απγόνων (μαγνητκές ή πλαστκπημένες) 1 κάρτα κνύ πργόνυ (μαγνητκή ή πλαστκπημένη) Μαγνητκός πίνακας ή πίνακας ανακνώσεων καλυμμένς με χαρτί Μαρκαδόρς/κμωλία ή στυλό Πρόσθετα υλκά γα τν εκπαδευτκό: o Εσαγωγή κα Θεωρητκό Υπόβαθρ o ύλλ απαντήσεων Παίκτες 8-9 (7-8) παίκτες ανάλγα με τ π παχνίδ (1-3) παίζετα. Σκπός τυ παχνδύ Σε αυτό τ παχνίδ, κάθε κάρτα αναπαρστά μα φανταστκή βλγκή μνάδα. Ο σκπός τυ παχνδύ είνα να ταξνμήσυμε τς κάρτες ανάλγα με τη συγγένεά τυς κα να κατασκευάσυμε ένα φυλγενετκό δέντρ με ρίζα, χρησμπώντας όλες τς κάρτες απγόνων κα ξεκνώντας με την κάρτα κνύ πργόνυ ως ρίζα. Πρέπε να σημεωθεί ότ υπάρχυν πλλί κα δαφρετκ ί τρόπ να κατασκευαστεί τ φυλγενετκό δέντρ.. Ο σκπός τυ παχνδύ εκπληρώνετα, εφόσν απφάσες γα την ΚΛΑΔΟΣ
τπθέτηση των δαφρετκών απγόνων στ δέντρ, δκαλγύντα μέσω των εξηγήσεων πυ παρέχυν παίκτες γα τη δμή τυ δέντρυ σε μα άλλη μάδα παχτών ή στν εκπαδευτκό. Συμβυλή Όταν απφασίζετε γα τς εραρχήσες κα μαδπήσες των βλγκών μνάδων μέσα στ δέντρ, θυμηθείτε ότ η εξέλξη στ γενετκό επίπεδ πραγματπείτα μέσω μκρών αλλαγών όπως είνα πρσθήκες, ελλείψες, δπλασασμί, αναστρφές κα αντκαταστάσες νυκλετδίων ή νυκλετδκών αλληλυχών. Στήσμ παχνδύ Ο μαθητές χωρίζντα σε 3 μάδες των 8 (7) παχτών: κάθε παίχτης λαμβάνε τυχαία μα από τς κάρτες απγόνων. Η κάρτα κνύ πργόνυ τπθετείτα στη βάση τυ πίνακα ως σημεί εκκίνησης τυ φυλγενετκύ δέντρυ. Παίζντας 1) Η κάρτα κνύ πργόνυ τπθετείτα στν πίνακα. Αφύ μαδπηθύν, παίχτες τπθετύν τς κάρτες απγόνων στν πίνακα με βάση τη δμή πυ κάθε μάδα έχε απφασίσε. 2) Ο παίχτες σχεδάζυν ένα δενδρόγραμμα συνδέντας τς δαφρετκές κάρτες. 3) Όταν λκληρωθεί η κατασκευή τυ φυλγενετκύ δέντρυ, παίχτες εξηγύν τς απφάσες τυς σχετκά με τη δμή τυ φυλγενετκύ δέντρυ σε παίχτες άλλων μάδων πυ παίζυν παράλληλα τ παχνίδ ή στν εκπαδευτκό. 4) Μπρεί να γίνε κα βαθμλόγηση των δέντρων. Γα κάθε νυκλετίδ πυ αλλάζε, η δαγωνζόμενη μάδα χρεώνετα 1 πόντ. Κερδίζε η μάδα πυ θα έχε τυς λγότερυς πόντυς. Πρσαρμγή: Μχάλης λόγλυ (συνεργάτης τυ ΕΚΕ Αγάλεω) micfilioglou@hotmail.com από τ κείμεν της δραστηρότητας TreeTOPS τυ ELLS-EMBL υπό την επμέλεα της Κύπη Βασλκής (Βλόγυ-Υπεύθυνης ΠΕ ΔΔΕ Περαά)
α Ι ψ ß ß ý σ τ ΙΕ ý Χ δ º Ε δ Ε Ψ φα ß
Ε δ Ι αºω ß ρ π ω β Ý θýü Ý Ý Ý Ý Ý Ý Ý Ý Θ Ý Ý
ýß ΙΟ ß ßÝß δ ßÝ ß ß Γ Ν Ε ý Ρ Η γε Ε δ τψ α ΙΔΙ ß σ Ι σ Ε
α Ι δ Ε Ε Ι ττ Θ φ δ Ý Ý
Ε δ ý Ι Ω ü β Ι ß πω ω Ý δ Ý Ý ξý Ý Ý Ý τ Ω ρ υ
ü Ι ý π ω Ý β Ý β Ý Ýò αý Ý Ý Ý θ ß ß Ι Ι Ω ρ ω
BARCODING Γνδίων EMBL-ELLS (Πρσαρμγή: Μχ. λόγλυ, συνεργάτης τυ ΕΚΕ Αγάλεω από τη δραστηρότητα DNA Barcoding σε απόδση στα Ελληνκά της Βασλκής Κύπη - Βλόγυ) Τ είνα τ DNA barcoding? Τ DNA barcoding είνα μα μρακή μέθδς γα τν πρσδρσμό τυ είδυς σε ζωντανύς ργανσμύς. Η βάση αυτής της μεθόδυ είνα να εντπστύν «DNA barcodes» δηλαδή γνίδα δείκτες (marker genes) μήκυς περίπυ 300 600 νυκλετδίων. Παρόμα με τα βμηχανκά barcodes πυ χρησμπύντα γα τν πρσδρσμό συγκεκρμένων πρϊόντων σε ένα κατάστημα, τα DNA barcodes χρησμπύντα γα να γίνε δάκρση μεταξύ των εδών σε μα μάδα ζωντανών ργανσμών. Πυ μπρεί να χρησμπηθεί στην δδασκαλία της Βλγίας?? Στην Γ Λυκείυ, Θετκή κατεύθυνση Στην δευκρίνση της έννας τυ γνδίυ στην «Έκφραση της γενετκής πληρφρίας/η ρή της γενετκής πληρφρίας». Στην «τεχνλγία τυ ανασυνδασμένυ DNA», γνδωματκή ββλθήκη κα PCR. Στς «μεταλλάξες», δαίτερα στν πργεννητκό έλεγχ. Στην «γνδακή θεραπεία» κα τ «πρόγραμμα ανθρώπνυ γνδώματς». Στην Γ Λυκείυ, Γενκή Παδεία Στ τρίτ κεφάλα της «Εξέλξης» 3.1 Πρετμασία αλληλυχών Έχετε λάβε μα πρόσθα κα μα αντίστρφη αλληλυχία από φυτκό barcode. Πρν αναζητήσετε τ barcode σας στ Ευρωπαϊκό Αρχεί Νυκλετδίων (ΕΝΑ http://www.ebi.ac.uk/ena/ /data/sequence/search), αλληλυχίες της πρόσθας κα αντίστρφης ανάγνωσης πρέπε να συναρμλγηθύν σε μα κα μόν συνανετκή αλληλυχία (consensus sequence) πυ νμάζετα contig. Η συναρμλόγηση της αλληλυχίας contig τυ DNA barcode περλαμβάνε τα παρακάτω βήματα: 1. Μετατρπή της αντίστρφης αλληλυχίας στην αντίστρφη συμπληρωματκή της 2. Ευθυγράμμση της πρόσθας κα της αντίστρφης αλληλυχίας 3. Επεξεργασία κα συναρμλόγηση της αλληλυχίας συναίνεσης (consensus sequence) Γα να λάβετε την αλληλυχία contig, ακλυθήστε τς δηγίες στα παρακάτω πεδία. Σε περίπτωση πυ θα θέλατε περσσότερη καθδήγηση, παρακαλύμε επσκεφτείτε τη σελίδα Sequence preparation tutorial. Αντίστρφη συμπληρωματκή αλληλυχίαα Γα να μπρέσετε να ευθυγραμμίσετε την πρόσθα κα την αντίστρφη αλληλυχία, δύ αυτές αλληλυχίες θα πρέπε να έχυν τν ίδ πρσανατλσμό. Αυτό μπρεί να επτευχθεί με τη μετατρπή της αντίστρφης αλληλυχίας στην αντίστρφη συμπληρωματκή της (δηλαδή τη μετατρπή της 3 5 σε πρσανατλσμό 5 3 ).
Πρχωρήστε όπως περγράφετα παρακάτω: 1. Ανίξτε τ αρχεί.seq της αντίστρφης αλληλυχίας σας, χρησμπώντας ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κεμένυ όπως τ NotePad γα Windows ή τ TextEdit γα Mac. Τ αρχεί.seq περέχε την αλληλυχία σε FASTA format. 2. Αντγράψτε λόκληρη την αλληλυχία συμπερλαμβανμένυ κα τυ συμβόλυ > κα την περγραφκή νμασία της (Ctrl + C). 3. Επκλλήστε όλες τς πληρφρίες στ πεδί εσαγωγής τυ EMBOSS Seqret πυ θα βρείτε στην στσελίδα http://www.ebi.ac.uk/tools/sfc/emboss_seqret/ (Ctrl + V). Εναλλακτκά, χρησμπήστε την επλγή upload γα να ανεβάσετε τ αρχεί.seq. 4. Στ Βήμα 1 επβεβαώστε ότ η επλγή DNA έχε τεθεί. Στ Βήμα 2 επλέξτε FASTA format ως input κα output format. Γα να λάβετε την αντίστρφη συμπληρωματκή αλληλυχία, κάντε κλκ στ More options κα επλέξτε Yes στην επλγή Reverse. 5. Κάντε κλκ στ Submit. 6. Ανίξτε ένα νέ έγγραφ επεξεργασίας κεμένυ στν υπλγστή σας. 7. Μόλς έχετε δαθέσμη την αντίστρφη αλληλυχία σας στ πεδί Tool Output τυ EMBOSS Seqret, αντγράψτε λόκληρη την αλληλυχία κα επκλλήστε την στ νέ αρχεί κεμένυ πυ δημυργήσατε (Ctrl + C κα Ctrl + V). Γα άλλη μα φρά συμπερλάβετε τ σύμβλ > κα την περγραφκή νμασία όταν αντγράψετε την αλληλυχία. 8. Κρατήστε τ σύμβλ > στην αρχή της αλληλυχίας, αλλά αντκαταστήστε την περγραφκή νμασία με την SampleID_RP_RevComp. Απθηκεύστε τ νέ αρχεί κεμένυ ως SampleID_RP_RevComp στην επφάνεα εργασίας σας. Πρχωρήστε στ πεδί Ευθυγράμμση γα να ευθυγραμμίσετε τς αλληλυχίες σας. Η αντίστρφη αλληλυχία, της πίας λήφθηκε η αντίστρφη συμπληρωματκή (reverse complement), μπρεί πλέν να ευθυγραμμστεί με την πρόσθα αλληλυχία. Η ευθυγράμμση θα απκαλύψε την αλληλυχία συναίνεσης (consensus sequence), όπως κα όσα νυκλετίδα δεν ταράζυν στς δύ αλληλυχίες ή λείπυν από κάπα αλληλυχία (πρόσθα ή αντίστρφη). Ο νυκλετδκές θέσες πυ παρυσάζυν δαφρές (mismatches) ή κενά (gaps) μπρύν έπετα να δασταυρωθύν με την πληρφρία πυ μας δίνε τ χρωματγράφημα (> πεδί Χρωματγράφημα ) της πρόσθας κα της αντίστρφης αλληλυχίας κα έτσ να συναρμλγηθεί μα αλληλυχία συναίνεσης γα τ barcode πυ δαθέτετε. Πρχωρήστε όπως περγράφετα παρακάτω: 1. Ανίξτε τ αρχεί.seq της πρόσθας αλληλυχίας σας. Αντγράψτε κα επκλλήστε λόκληρη την αλληλυχία με τ σύμβλ > κα την περγραφκή νμασία (Ctrl + C κα Ctrl + V) στ πρώτ πεδί εσαγωγής τυ EMBOSS Needle πυ θα βρείτε στην στσελίδα http://www.ebi.ac.uk/tools/psa/emboss_needle/. 2. Ανίξτε τ αρχεί SampleID_RP_RevComp. Αντγράψτε κα επκλλήστε λόκληρη την αλληλυχία με τ σύμβλ > κα την περγραφκή νμασία (Ctrl + C) στ δεύτερ πεδί εσαγωγής τυ EMBOSS Needle πυ θα βρείτε παρακάτω. Εναλλακτκά, χρησμπήστε την επλγή upload γα να ανεβάσετε την πρόσθα κα την επεξεργασμένη αντίστρφη αλληλυχία. 3. Δατηρήστε τς ρυθμίσες πυ είχατε κάνε στ Βήμα 2 κα κάντε κλκ στ Submit. 4. Μόλς η ευθυγράμμση είνα δαθέσμη, κάντε κλκ στ View alignment file κα πηγαίνετε π κάτω γα να μελετήσετε την ευθυγράμμση των αλληλυχών.
Ένα παράδεγμα τυ πως να ερμηνεύσετε τ απτέλεσμα της ευθυγράμμσης μπρείτε να βρείτε στη σελίδα tutorial page (> Alignment tab > 4.). Πραρετκά βήματα 5. Ανίξτε τ χρωματγράφημα της πρόσθας κα αντίστρφης αλληλυχίας μέσω των αρχείων.ab1 χρησμπώντας κάπν κατάλληλ chromatogram viewer. Γα ευκλότερη ανάλυση, μετατρέψτε την αντίστρφη αλληλυχία στην αντίστρφη συμπληρωματκή της (Chromas Lite: Edit > Reverse+Complement ; 4Peaks: Edit > Flip sequence ). 6. Ετμάστε ένα αρχεί στ πί θα απθηκεύσετε την αλληλυχία contig σε FASTA format. Ανίξτε ένα νέ αρχεί κεμένυ στ υπλγστή σας κα αντγράψτε λόκληρη την πρόσθα αλληλυχία από τ αρχεί.seq στ νέ αρχεί (Ctrl + C κα Ctrl + V). Κρατήστε τ σύμβλ > στην αρχή της αλληλυχίας, αλλά αντκαταστήστε την περγραφκή νμασία με την SampleID_Contig. Απθηκεύστε τ αρχεί σας ως SampleID_Contig στην επφάνεα εργασίας. 7. Ελέγξτε την αλληλυχία γα κενά κα νυκλετίδα πυ δεν ταράζυν. Γα κάθε κενό ή δαφρά πυ βρίσκετε πηγαίνετε στα αντίστχα χρωματγραφήματα της πρόσθας κα αντίστρφης αλληλυχίας (μπρείτε να χρησμπήσετε την αναζήτηση search κα να βρείτε τη θέση πυ επθυμείτε μέσα την αλληλυχία). Συγκρίνετε στα δύ χρωματγραφήματα τς κρυφές στς συγκεκρμένες νυκλετδκές θέσες κα απφασίστε αν η πρόσθα ή η αντίστρφη αλληλυχία είνα π αξόπστη. Μπρείτε, επίσης, να εντπίσετε την ταυτότητα κάθε άγνωστυ νυκλετδίυ. Στ αρχεί SampleID_Contig επεξεργαστείτε την αλληλυχία σας με βάση την ανάλυση πυ κάνατε (θυμηθείτε ότ έχετε αντγράψε την πρόσθα αλληλυχία). 8. Μόλς έχετε λκληρώσε όλη την απαραίτητη επεξεργασία, θα έχετε συναρμλγήσε την αλληλυχία contig τυ barcode τυ δείγματός σας. Επβεβαώστε ότ απθηκεύσατε τ αρχεί! Μπρείτε πλέν να κάνετε αναζήτηση τυ barcode σας στη βάση δεδμένων (ENA). Γα να τ κάνετε αυτό, πρχωρήστε στη σελίδα Αναζήτηση στη Βάση δεδμένων ( Database search ). 3.2 Αναζήτηση στη βάση δεδμένων Παρακαλύμε ακλυθήστε τς δηγίες πυ δίνντα παρακάτω γα να ταυτπήσετε νυκλετδκές αλληλυχίες πυ ταράζυν με τ barcode σας στη βάση δεδμένων ENA. 1. Αντγράψτε λόκληρη την αλληλυχία contig από τ αρχεί κεμένυ SampleID_Contig, συμπερλαμβανμένυ τυ συμβόλυ > κα της περγραφκής νμασίας, στ πεδί αναζήτησης της ENA πυ θα βρείτε στην στσελίδα http://www.ebi.ac.uk/ena/data/sequence/search (Ctrl + C κα Ctrl + V). Εναλλακτκά, χρησμπήστε τη λετυργία upload γα να ανεβάσετε τ αρχεί κεμένυ σας. 2. Στ πεδί Search against επλέξτε Assembled and annotated sequences κα Limit sequence by > Data class > Standard sequences (STD). 3. εκνήστε την αναζήτηση κάνντας κλκ στ Submit (μπρεί να χρεαστεί να ψάξετε στα αρστερά της σελίδας γα να βρείτε τ κυμπί Submit ). Η αλληλυχία πυ
καταθέσατε θα συγκρθεί με όλες τς γνωστές αλληλυχίες πυ περέχντα στη βάση δεδμένων κα τα βέλτστα απτελέσματα θα εμφανστύν. 4. Στν πίνακα Summary table θα δείτε τα πρώτα 50 απτελέσματα της αναζήτησής σας. Κάντε κλκ εδώ γα να δείτε τυς ρσμύς της στήλης των απτελεσμάτων σας. Λόγω πρεπλγής, τα απτελέσματα της αναζήτησης είνα ταξνμημένα ανάλγα με ανάλγα με τη βαθμλγία τυς ( Score ), τ απτέλεσμα με τ μέγστ score βρίσκετα στην κρυφή. Τα απτελέσματα μπρύν να ταξνμηθύν με βάση άλλες παραμέτρυς στη στήλη των απτελεσμάτων, κάνντας κλκ στα βέλη up/down. Παρόλα αυτά, γα τυς σκπύς της ταυτπίησης τυ βέλτστυ απτελέσματς, καλό θα ήταν να δατηρήσετε την ταξνόμηση των απτελεσμάτων ανάλγα με τ Score τυς. 5. Γα να εντπίσετε τ βέλτστ απτέλεσμα, πρχωρήστε όπως περγράφετα παρακάτω: ταξνμήστε τα απτελέσματά σας ανάλγα με Score τυς (αυτό με τ μεγαλύτερ στην κρυφή), αν αυτό δεν έχε ήδη γίνε. Τ απτέλεσμα με τ μεγαλύτερ Score κα τη μκρότερη τμή E value είνα τ βέλτστ. Σε περίπτωση πυ υπάρχυν πλλαπλές αλληλυχίες πυ εμφανίζυν τ συνδυασμό μεγαλύτερυ Score κα μκρότερης E value, επλέξτε αυτό με τ μεγαλύτερ πσστό μότητας (% identity). Σε περίπτωση πυ υπάρχυν δύ ή περσσότερα απτελέσματα με όμα Score/Evalue/% identity, η βάση δεδμένων δε μπρεί να δακρίνε μεταξύ των εγγραφών (π.χ. λόγω ανακρβεών στην αλληλυχία πυ εσάγατε) ή μπρεί να μη δαθέτε εγγραφή γα τ είδς σας. Αν η τελευταία περίπτωση είνα αυτή πυ συμβαίνε, καταγράψτε όλα τα απτελέσματα με τς υψηλότερες τμές. Μπρεί να είστε σε θέση να ταυτπήσετε τ δείγμα σας σε επίπεδ γένυς. 6. Μπρείτε να ταυτπήσετε τ καλύτερ απτέλεσμα πυ επστρέφε η βάση δεδμένων γα την αλληλυχία σας; Σε πόν ργανσμό ανήκε; Μπρείτε να ταυτπήσετε τ δείγμα σας σε επίπεδ γένυς, ή ακόμη κα σε επίπεδ είδυς;