Γονιδιωµατική. ΜΠΣ Μοριακοί Δείκτες
|
|
- Νικηφόρος Παπακωνσταντίνου
- 7 χρόνια πριν
- Προβολές:
Transcript
1 Γονιδιωµατική ΜΠΣ Μοριακοί Δείκτες Γρ. Αµούτζιας Επ. Καθηγητής Βιοπληροφορικής στη Γενωµική, Τµήµα Βιοχηµείας και Βιοτεχνολογίας, Πανεπιστήµιο Θεσσαλίας
2 eclass.uth.gr Εκπαιδευτικό Υλικό
3 Εκπαιδευτικό Υλικό eclass.uth.gr Χρειάζεται εγγραφή στο µάθηµα
4 Εισαγωγή Βιοπληροφορική: τι είναι Η ανάπτυξη και χρήση τεχνικών και εργαλείων πληροφορικής/µαθηµατικών/ στατιστικής για την ανάλυση βιολογικών δεδοµένων (κυρίως µοριακής βιολογίας) Σήµερα γίνεται διάκριση µεταξύ της βιοπληροφορικής και της υπολογιστικής βιολογίας Βιοπληροφορική: Η ανάπτυξη µεθόδων και προγραµµάτων. Υπολογιστική Βιολογία:Η χρήση των παραπάνω µεθόδων και προγραµµάτων για την ανάλυση βιολογικών δεδοµένων. Συχνά συµβαίνουν και τα δύο ταυτόχρονα και τα σύνορα δεν είναι πάντα ευδιάκριτα Πολλές και συµπληρωµατικές µεταξύ τους ειδικότητες (από Βιολογία, Βιοχηµεία, χηµεία, χηµική µηχανική, µηχανική, υπολογιστές, µαθηµατικά, στατιστική κ.α.) συνεργάζονται σήµερα στο χώρο της βιοπληροφορικής
5 Εισαγωγή Βιοπληροφορική: βασικοί τοµείς Βάσεις δεδοµένων (Databases) Οργάνωση, αποθήκευση, αναζήτηση των δεδοµένων. Ανάλυση ακολουθιών DNA, RNA, πρωτεϊνών. (Sequence analysis) Στοίχιση ακολουθιών:σύγκριση των αντίστοιχων περιοχών, µεταξύ δύο ή περισσοτέρων ακολουθειών. Φυλογενετική ανάλυση: Οι εξελικτικές σχέσεις µεταξύ οµοειδών αντικειµένων (γονίδια, πρωτεΐνες, οργανισµοί). Γονιδιακή ρύθµιση/έκφραση (Gene expression) Ανάλυση δεδοµένων από µικροσυστοιχίες. Δοµή RNA/πρωτεϊνών (structural biology): Πρόβλεψη δευτεροταγούς και τριτοταγούς δοµής. Ανάλυση πρωτεϊνικών επιφανειών που αλληλεπιδρούν µεταξύ τους. Εξόρυξη δεδοµένων από βιβλιογραφία (text mining). Βιολογικά δίκτυα/µονοπάτια, Βιολογία Συστηµάτων. Οντολογίες (Ontologies) Η χρήση ενός ελεγχόµενου λεξιλογίου (µε ιεραρχική δόµηση), για την περιγραφή των ιδιοτήτων και των λειτουργιών οµοειδών αντικειµένων (π.χ πρωτεϊνών).
6 Bioinformatics Market - Advanced Technologies, Global Forecast and Winning Imperatives ( ) Απόσπασµα από: The market for bioinformatics platforms is growing at a significant pace with the increasing demand from U.S. and Europe. This trend is supported by the increasing demand for sequencing platforms with increasing life science research using techniques such as gene expression analysis, sequence analysis, and protein expression analysis. The global bioinformatics market is expected to reach $8.3 billion by 2014 at a high CAGR of 24.8% from While knowledge management formed the largest submarket is 2009 at $1.3 billion, the bioinformatics platforms market is expected to have greatest market share in 2014 at an estimated $3.9 billion, due to rising demand from the U.S. and Europe. Συµβουλευτική (δουλειά από το σπίτι)?
7 Χαµηλό κόστος γενωµικών τεχνολογιών θα οδηγήσει σε καθηµερινές εφαρµογές. Κόστος αλληλούχισης πέφτει διαρκώς. Illumina -> 1 lane: 19GBp, ~ 3000, 10 βακτηριακά γενώµατα. Τα δείγµατα αποστέλλονται σε κέντρα µε µεγάλες εγκαταστάσεις και χαµηλό κόστος λειτουργίας (οικονοµία κλίµακας). Η ανάλυση των δεδοµένων όµως δεν υπόκειται σε όρους οικονοµίας κλίµακας. Πλέον, ένα σηµαντικό µέρος του ολικού κόστους είναι η βιοπληροφορική ανάλυση. Μηχανήµατα αλληλούχισης ακριβά (Illumina ~ ) - service φτηνό. Mισθός ακριβός (ίσως ένα νέο µοντέλο συµβουλευτικής?) Yπολογιστής φτηνός ( ), εφόσον πρόκειται για µικρά γονιδιώµατα (de novo assembly), ή για re-sequencing.
8 Χαµηλό κόστος γενωµικών τεχνολογιών θα οδηγήσει σε καθηµερινές εφαρµογές Κόστος αλληλούχισης Ο νόµος του Moore προβλέπει διπλασιασµό της υπολογιστικής ισχύς κάθε δύο χρόνια.
9 Χαµηλό κόστος γενωµικών τεχνολογιών θα οδηγήσει σε καθηµερινές εφαρµογές Κόστος αλληλούχισης
10 Οι τεχνολογίες αλληλούχισης
11 Κυριότερες τεχνολογίες Sanger 454 pyrosequencing Solid Illumina Pacific Biosciences Ion torrent / Ion proton Oxford Nanopore
12 Shotgun sequencing
13 A decade s perspective on DNA sequencing technology Elaine R. Mardis
14 Sequencing technologies Illumina: χαμηλότερη ακρίβεια στην αναγνώριση βάσεων Solid: πολλά reads δεν ταιριάζουν πουθενά στο γονιδίωμα! Roche 454 pyrosequencing λάθη στον αριθμό των βάσεων εντός μιας περιοχής ομοπολυμερών (π.χ. AAAAAAAAAAAAAAAAA) Sanger: χρειάζεται σχετικά μεγάλες ποσότητες DNA
15 Reads Sanger: μήκος: bp 454: 450Mbp/run - μήκος: ~330bp Illumina: Gbp/run - μήκος: ~75-100bp SOLID: Gbp/run - μήκος: 50bp
16 Reviews στο Next Generation Sequencing
17 Pacific Biosciences SMRT techonology real time single molecule sequencing
18 Pacific Biosciences
19 Illumina
20
21
22
23
24 Ion Proton
25 Ion Proton Ion torrent chemistry Ουσιαστικά είναι ένα πολύ µικρό ph-meter Δεν βασίζεται σε ανίχνευση φωτός!
26 Εικόνα Από Elaine Mardis
27 Oxford Nanopore (Στο εγγύς µέλλον;) Nanopore
28 Biological Nanopore (Στο εγγύς µέλλον;)
29 Solid state (Graphene) Nanopore (Στο εγγύς µέλλον;)
30 The sequence read archive: explosive growth of sequencing data Illumina platform comprises 84% of sequenced bases, with SOLiD and Roche/454 platforms accounting for 12% and 2%, respectively. The most active SRA submitters in terms of submitted bases are the Broad Institute, the Wellcome Trust Sanger Institute and Baylor College of Medicine with 31, 13 and 11%, respectively. The largest individual global project generating next-generation sequence is the 1000 Genomes project which has contributed nearly one third of all bases.
31
32
33 Χαµηλό κόστος γενωµικών τεχνολογιών θα οδηγήσει σε καθηµερινές εφαρµογές. Κόστος αλληλούχισης πέφτει διαρκώς. Illumina -> 1 lane: 19GBp, ~ 3000, 10 βακτηριακά γενώµατα. Τα δείγµατα αποστέλλονται σε κέντρα µε µεγάλες εγκαταστάσεις και χαµηλό κόστος λειτουργίας (οικονοµία κλίµακας). Η ανάλυση των δεδοµένων όµως δεν υπόκειται σε όρους οικονοµίας κλίµακας. Πλέον, ένα σηµαντικό µέρος του ολικού κόστους είναι η βιοπληροφορική ανάλυση. Μηχανήµατα αλληλούχισης ακριβά (Illumina ~ ) - service φτηνό. Mισθός ακριβός (ίσως ένα νέο µοντέλο συµβουλευτικής?) Yπολογιστής φτηνός ( ), εφόσον πρόκειται για µικρά γονιδιώµατα (de novo assembly), ή για re-sequencing.
34
35 Συναρµολόγιση Γονιδιωµάτων Με Βιοπληροφορική
36 Shotgun sequencing
37 Sequence read Fastq format Τα σύμβολα στην τελευταία γραμμή αντιστοιχούν σε τιμές Q, για την κάθε μια βάση που αλληλουχίθηκε. To Q-score είναι μια ακέραια τιμή που προκύπτει από την πιθανότητα να έχει γίνει λάθος στην αλληλούχιση μιας συγκεκριμένης βάσης. Αν p = πιθανότητα να έχει γίνει λάθος στην αλληλούχιση της συγκεκριμένης βάσης, τότε: Q=-10log 10 (p) Q=30 -> p=0.001 (πολύ καλής ποιότητας αλληλούχιση) Q=13 -> p=0.05
38 Ποιότητα των Reads 454 Illumina SOLID SOLID: ~50% reads δεν στοιχίζονται στο γονιδίωμα, από το οποίο έγινε το Sequencing! Πρόβλημα στις χημικές αντιδράσεις μάλλον. Εδώ, το πρόβλημα εντοπίζεται στην συσσώρευση λαθών κατά την ενσωμάτωση φθοριζόντων dntps.
39 Sequence reads Έλεγχος ποιότητας δεδοµένων (quality control) Πολύ υψηλής ποιότητας δεδομένα. Χαμηλής ποιότητας δεδομένα.
40 Sequence reads Φιλτράρισµα/trimming Είτε θα αποφασίσουμε να κόψουμε όλα τα sequence reads σε μια συγκεκριμένη θέση, μετά την οποία η ποιότητα αλληλούχισης πέφτει σημαντικά στα περισσότερα Είτε θα κόψουμε τα προβληματικά κομμάτια για το κάθε sequence read χωριστά. Μετά θα απορριφθούν όλες τα κομμένα sequence reads που έχουν πολύ μικρό μήκος.
41 Road map
42 De novo Sequencing assembly workflow
43 Single end reads Paired end reads Sequencing
44 Sequencing - paired end reads
45 Lander - Waterman Πόσο sequencing coverage απαιτείται για να μπορεί να συναρμολογηθεί ένα γονιδίωμα? Τουλάχιστον 8-10Χ Το παράδειγμα δείχνει πόσα contigs θα δημιουργηθούν θεωρητικά, ανάλογα με την κάλυψη (coverage) του χρωμοσώματος. Όσο μεγαλύτερη η κάλυψη, σε τόσο λιγότερα κομμάτια θα είναι σπασμένο το ανακατασκευασμένο χρωμόσωμα Στην πράξη, ο αριθμός των contigs είναι μεγαλύτερος από το αναμενόμενο.
46 Lander - Waterman Στην πράξη, ο αριθμός των contigs είναι μεγαλύτερος από το αναμενόμενο, γιατί: Πάντα υπάρχει μια πιθανότητα για μια περιοχή να μην αλληλουχιθεί Κάποια κομμάτια σπασμένου DNA είναι τοξικά σε φορείς κλωνοποίησης (π.χ. στην E.coli). Επαναλήψεις
47 Προβλήµατα συναρµολόγισης από επαναλήψεις - contigs
48 Προβλήµατα συναρµολόγισης από επαναλήψεις - scaffolds Αφού έχουν γίνει τα scaffolds, όποια κενά υπάρχουν καλύπτονται με στοχευμένη αλληλούχιση - gap closure
49 Κενά µετά την συναρµολόγιση De novo θεωρητικό Reference alignment Οι επαναλήψεις μπορεί να εμποδίσουν την πλήρη συναρμολόγιση του γονιδιώματος
50 Κενά µετά την συναρµολόγιση Το επιλεγμένο μήκος του sequence read καθορίζει αν θα μπορέσει να συναρμολογηθεί μια επανάληψη
51 Κενά µετά την συναρµολόγιση Μεγαλύτερο μήκος sequence read = λιγότερα κενά
52 Κενά µετά την συναρµολόγιση Κάλυψη αλληλούχισης 100Χ για 6 οργανισμούς
53 Κενά µετά την συναρµολόγιση 36nt reads Τα κενά δεν εξαρτώνται μόνο από το βάθος κάλυψης αλληλούχισης και το μήκος των sequence reads, αλλά και από τον ίδιο τον οργανισμό 125nt reads 500nt reads
54 Τα περισσότερα βακτηριακά γονίδια µπορούν να συναρµολογηθούν Μικρού μήκους reads μπορούν να συναρμολογήσουν τα περισσότερα γονίδια, αλλά σπάνε το γονιδίωμα σε πολλά μικρά κομμάτια (contigs)
55 Τα περισσότερα βακτηριακά γονίδια µπορούν να συναρµολογηθούν Μικρού μήκους reads μπορούν να συναρμολογήσουν τα περισσότερα γονίδια, αλλά σπάνε το γονιδίωμα σε πολλά μικρά κομμάτια (contigs)
56 Τα περισσότερα βακτηριακά γονίδια µπορούν να συναρµολογηθούν Γονιδιωματικά στοιχεία που προκαλούν προβλήματα στην συναρμολόγιση: Μεταθετά στοιχεία transposons Intergenic repeats Insertion sequences prophages Γονίδια που συνήθως δεν μπορούν να συναρμολογηθούν: Transposases Phages Ιntegrases Γονίδια που σχετίζονται με την αποφυγή του ανοσοποιητικού συστήματος (έχουν επαναλήψεις)
57 De novo Sequence assembly De novo assembly Greedy extention OLC De Bruijn graph Hybrid
58 Greedy assemblers
59 Overlap - layout - consensus (OLC)
60 Γραφήµατα De Bruijn
61 De bruijn graph
62 Comparative assembly
63 BAC-by-BAC sequencing
64 Short read alignment
65 Τιµή Ν50 Η τιμή αυτή αντιστοιχεί σε εκείνο το μήκος contigs, ώστε το 50% του γονιδιώματος (μετά από de novo assembly) να εντοπίζεται σε contigs αυτού το μήκους ή μεγαλύτερου. Μεγάλη τιμή του Ν50 σημαίνει ότι το μεγαλύτερο μέρος του γονιδιώματος βρίσκεται σε λίγα και μεγάλα contigs. Δηλαδή, τόσο καλύτερη η συναρμολόγιση. Μικρή τιμή σημαίνει ότι το γονιδίωμα δεν έχει συναρμολογηθεί καλά.
66 Κάλυψη του γονιδιώµατος και κορεσµός Δεν έχει νόημα να αλληλουχίσουμε ένα γονιδίωμα με υπερβολικά μεγάλη κάλυψη (coverage), για μια συγκεκριμένη τεχνολογία και μήκος sequence reads, γιατί από ένα σημείο και μετά έχει επέλθει κορεσμός.
67 Εφαρµογές της Γονιδιωµατικής
68 Μέγεθος µικροβιακού γονιδιώµατος
69 Μέγεθος γονιδιώµατος και τρόπος διαβίωσης
70 Στους προκαρυώτες, ο αριθµός γονιδίων συσχετίζεται µε το µέγεθος του γονιδιώµατος Μικρές διαγονιδιακές περιοχές (intergenic regions). Ίσως το πολύ υψηλό effective population size στους προκαρυώτες επιτρέπει να διατηρούν τόσο συµπυκνωµένο γονιδίωµα. Πολυπλοκότητα των οργανισµών και παράδοξο της τιµής C.
71 Προφάγοι στο γονιδίωµα
72 Πόσο σταθερή είναι η αρχιτεκτονική ενός γονιδιώµατος. Dotplot για ορθόλογα γονίδια µεταξύ δύο προκαρυωτών του ίδιου είδους. Κάθε κουκίδα στο Dotplot είναι η θέση του ορθόλογου γονιδίου σε δύο διαφορετικά γονιδιώµατα. Κάποιοι οργανισµοί έχουν σταθερή γονιδιωµατική αρχιτεκτονική και κάποιοι άλλοι όχι.
73 Η γονιδιωµατική στην κλινική µικροβιολογία
74 Οι τεχνολογίες αλληλούχισης νέας γενιάς στην κλινική µικροβιολογία Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing. Didelot X1, Bowden R, Wilson DJ, Peto TE, Crook DW. Nat Rev Genet Sep;13(9): doi: /nrg3226. Epub 2012 Aug 7. Σκοπός της κλινικής µικροβιολογίας είναι η γρήγορη ταυτοποίηση παθογόνων µικροοργανισµών σε κλινικά δείγµατα, για την αποτελεσµατικότερη αντιµετώπιση του ασθενούς (διαγνωστική µικροβιολογία) η παρακολούθηση της εξάπλωσης µια επιδηµίας (µικροβιολογία δηµόσιας υγειινής) Τρείς βασικές χρησιµότητες της αλληλούχισης µικροβιακών γονιδιωµάτων: Ταυτοποίηση του είδους. Έλεγχος ιδιοτήτων, όπως ανθεκτικότητα σε αντιβιοτικά ή ένταση παθογένεσης Παρακολούθηση της εµφάνισης και εξάπλωσης µιας επιδηµίας. Σύντοµα, η τεχνολογία θα είναι γρήγορη, ακριβής, και φτηνή για κλινική ρουτίνα σε όλους τους παθογόνους µικροοργανισµούς, όπως: Ιούς Βακτήρια Μήκυτες Παράσιτα
75 Οι τεχνολογίες νέας γενιάς αλληλούχισης στην κλινική µικροβιολογία Η διαδικασία της ταυτοποίησης βακτηρίων µε κλασικές µεθόδους µπορεί να αποτελείται από πολλές, χρονοβόρες και εξειδικευµένες αναλύσεις. Το βακτήριο πρέπει πρώτα να καλλιεργηθεί από το δείγµα. Να ταυτοποιηθεί το είδος. Να καθοριστεί η παθογένειά του. Να ελεγχθεί για ανθεκτικότητα/ευαισθησία σε αντιβιοτικά. Η διαδικασία αυτή µπορεί να διαρκέσει από µέρες έως και εβδοµάδες ή σε κάποιες περιπτώσεις (αργά αναπτυσσόµενα βακτήρια - Mycobacterium tuberculosis) µέχρι και µήνες. Οι περισσότερες βακτηριακές µολύνσεις οφείλονται σε ~20 είδη.
76 Οι περισσότερες βακτηριακές µολύνσεις οφείλονται σε ~20 είδη. pubmed/ Μέχρι και 1000 είδη βακτηρίων είναι παθογόνα. Ένα µικρό ποσοστο ~10% ή είναι αδύνατο ή είναι δύσκολο να καλλιεργηθούν. Σε κάποια δείγµατα όπως εγκεφαλονωτιαίο υγρό είναι εύκολη η ταυτοποίηση όλων των µικροβίων, ενώ σε άλλα πιο πολύπλοκα δείγµατα όπως τα κόπρανα η ταυτοποίηση των παθογόνων δεν είναι εύκολη.
77 Πλατφόρµες αλληλούχισης
78 Ρυθµοί µετάλλαξης για φυλογενετική ανάλυση και επιδηµιολογία
79 Ταυτοποίηση του είδους Κλασσικές µέθοδοι: Χρώση κατά Gram Ανάπτυξη και µορφολογία καλλιέργειας Γρήγορες βιοχηµικές αντιδράσεις Άλλα συµπληρωµατικά τεστ. Μπορεί να διαρκέσουν µέχρι και 24 ώρες. Όλο και περισσότερο χρησιµοποιείται το 16S rrna, αλλά µπορεί να χρειαστεί 2 επιπλέον µέρες. Η φασµατοσκοπία µάζας MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight) επίσης χρησιµοποιείται σε κάποια εργαστήρια. Γίνεται εντοπισµός βιοµορίων στο δείγµα και το προφίλ αυτό συγκρίνεται µε το προφίλ γνωστών παθογόνων που βρίσκονται σε µια βάση δεδοµένων. Πολύ ακριβό µηχάνηµα (εκατοντάδες χιλιάδες ευρώ) αλλά φτηνή εξέταση (~1 ευρώ ανά δείγµα). Η διαδικασία διαρκεί µερικά λεπτά. Η µέθοδος αυτή δεν έχει µεγάλη ευκρίνεια σε ότι αφορά κοντινά είδη βακτηρίων (π.χ. Mycobacterium bovis & M. tuberculosis). Δεν δίνει άλλες ζωτικές πληροφορίες όπως ανθεκτικότητα σε αντιβιοτικά ή παθογένεια.
80 Ανθεκτικότητα σε αντιβιοτικά Είναι το πιο κρίσιµο στάδιο, γιατί αν γίνει λάθος, ο ασθενής θα αντιµετωπιστεί µε ένα αντιβιοτικό που δεν έχει δράση και εποµένως θα χαθεί πολύτιµος χρόνος στην αντιµετώπιση του παθογόνου. Χρειάζεται χρόνος για να αναπτυχθεί το βακτήριο. Με µοριακές µεθόδους µπορεί να ελεγχθεί αν ένα βακτήριο φέρει γονίδιο που του δίνει ανθεκτικότητα σε αντιβιοτικά. Πχ. Η παρουσία του γονιδίου meca δείχνει αν ο Staphylococcus aureus είναι ανθεκτικός ή όχι στην methicillin.
81 Εντοπισµός τοξικών ουσιών που παράγουν τα βακτήρια Σε κάποιες περιπτώσεις, είναι σηµαντικό να µπορούµε να εντοπίσουµε αν το παθογόνο φέρει µια τοξίνη, ώστε να χορηγήσουµε το αντίδοτο. Π.χ σε µολύνσεις µε Corynebacterium diphtheriae ή Clostridium difficile ο εντοπισµός της τοξίνης καθορίζει αν θα χορηγηθεί αντίδοτο και ποιά θα είναι η αντιµετώπιση του ασθενούς. Σήµερα, ο εντοπισµός της τοξίνης γίνεται µε µεθόδους PCR που εντοπίζουν το γονίδιο που την παράγει. Αυτή η µέθοδος όµως δεν αποτελεί εργαστηριακή ρουτίνα και συνήθως γίνεται σε εργαστήρια αναφοράς.
82 Ταυτοποίηση είδους στην Γενωµική εποχή Το βακτηριακό γονιδίωµα αποτελείται από πολλά γονίδια που µετακινούνται (accessory genome). Άρα, δεν είναι καλοί δείκτες για φυλογένεση. Χρειαζόµαστε γονίδια δείκτες που δεν µετακινούνται (core genome). Ταυτοποίηση µε 53 ριβοσωµικές πρωτεΐνες που είναι παρούσες σε όλα τα βακτήρια. Με βάση το γενωµικό κριτήριο, δύο βακτήρια θεωρούνται διαφορετικά είδη αν η ταύτιση σε επίπεδο νουκλεοτιδικών αλληλουχιών είναι κάτω από 95%.
83 Ταυτοποίηση είδους στη Γενωµική εποχή MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics. Maiden MC1, Jansen van Rensburg MJ, Bray JE, Earle SG, Ford SA, Jolley KA, McCarthy ND. Nat Rev Microbiol Oct;11(10): doi: /nrmicro3093. Epub 2013 Sep 2. Όλα τα βακτήρια έχουν 16S rrna γονίδια, τα οποία χρησιµοποιούνται στη φυλογένεση για να γίνει η εξελικτική οµαδοποίηση των οργανισµών. Ωστόσο, το 16S rrna δεν έχει αρκετή πληροφορία (µεταλλάξεις) για να διαχωριστούν 2 κοντινά είδη ή στελέχη του ίδιου είδους, γιατί η ακολουθία µπορεί να εµφανίζεται ολόϊδια µεταξύ τους. Το πρόβληµα αυτό ξεπερνιέται µε αλληλούχιση πολλών διαφορετικών house-keeping γονιδίων (multilocus sequence typing - MLST) τα οποία κατά κανόνα δεν υφίστανται οριζόντια µεταφορά και είναι αρκετά πολυµορφικά.
84 Ταυτοποίηση είδους στη Γενωµική εποχή MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics. Maiden MC1, Jansen van Rensburg MJ, Bray JE, Earle SG, Ford SA, Jolley KA, McCarthy ND. Nat Rev Microbiol Oct;11(10): doi: /nrmicro3093. Epub 2013 Sep 2. Μία ιεραρχική προσέγγιση είναι η βέλτιστη λύση.
85 Το µέλλον - Μεταγενωµική ανάλυση Στο µέλλον θα θέλουµε να αναλύσουµε τα δείγµατα για παθογόνους µικροοργανισµούς δίχως να χρειάζεται καλλιέργεια. Με αυτό τον τρόπο µπορούµε να επιταχύνουµε τη διαδικασία, η ακόµα και να µελετήσουµε µικροοργανισµούς που δεν είναι εύκολη η καλλιέργειά τους. Αυτό µπορεί να γίνει µε τη µεταγενωµική, όπου παίρνουµε το ολικό DNA από ένα δείγµα και το αλληλουχούµε. Θα υπάρχει και ανθρώπινο DNA, στις αλληλουχίες µας, όµως θα µπορούµε να το αφαιρέσουµε από τη βιοπληροφορική ανάλυση και να επικεντρωθούµε στους µικροοργανισµούς. Έτσι, η πολυπλοκότητα του δείγµατος µειώνεται σηµαντικά και διευκολύνεται/επιταχύνεται η ανάλυση των δεδοµένων.
86 Εφαρµογές Γονιδιωµατικής Ελεγχος εξελικτικών υποθέσεων - Προέλευση - Επιδηµιολογία
87 Επιδηµία χολέρας στην Αϊτή 2010 Μετά τον σεισµό στην Αϊτή (Ιανουαριος 2010), ξέσπασε επιδηµία χολέρας (Οκτώβριος 2010). Το βακτήριο Vibrio cholerae ελευθερώνει µια τοξίνη που προκαλεί έντονες διάρροιες και αφυδάτωση, έως και θάνατο, εντός ολίγων ωρών, αν δεν αντιµετωπιστεί! Η µετάδοση γίνεται όταν τα κόπρανα ενός µολυσµένου ατόµου έρθουν σε επαφή µε πόσιµο νερό ή τροφή. Τα άτοµα που δεν παράγουν αρκετό γαστρικό υγρό στο στοµάχι τους, ή τα άτοµα µε οµάδα αίµατος Ο είναι πιο ευάλωτα. Το Vibrio cholerae υπάρχει σε υδάτινα περιβάλλοντα ανά την υφήλιο και εάν οι συνθήκες είναι ευνοϊκές, µπορεί να ξεσπάσει επιδηµία. Η χολέρα είναι διαδεδοµένη στην Ασία. Τα πρώτα κρούσµατα παρατηρήθηκαν σε κεντρικές περιοχές του νησιού, στην κοιλάδα Artibonite, µια εβδοµάδα µετά την έλευση Νεπαλέζων κυανόκρανων, κοντά στο στρατόπεδό τους. Λύµµατα από το στρατόπεδο κατέληγαν σε γειτονικό ποταµό. Οι κάτοικοι κατηγόρησαν τον ΟΗΕ ότι οι κυανόκρανοι που ήρθαν να βοηθήσουν ευθύνονται για το ξέσπασµα της επιδηµίας. ότι ο ΟΗΕ προσπάθησε να αποκρύψει το γεγονός και να µην αναλάβει τις ευθύνες του Ξέσπασαν ταραχές.
88 Επιδηµία χολέρας στην Αϊτή 2010 Αλληλούχιση του γονιδιώµατος: 2 κλινικών στελεχών από την τωρινή επιδηµία στην Αϊτή. 1 κλινικό στέλεχος από την επιδηµία του 1991 στη Νότια Αµερική. 2 στέλεχη που αποµονώθηκαν στη Νότια Ασία το 2002 και Επίσης χρησιµοποιήθηκαν οι µερικές αλληλουχίες από 23 άλλα στελέχη ανά την υφήλιο (τα τελευταία 98 χρόνια) συντηρηµένα ορθόλογα γονίδια χρησιµοποιήθηκαν από το κάθε στέλεχος, για να γίνει το φυλογενετικό δένδρο.
89 Επιδηµία χολέρας στην Αϊτή 2010
90 Επιδηµία χολέρας στην Αϊτή 2010
Κυριότερες τεχνολογίες
Γονιδιωµατική Οι τεχνολογίες Κυριότερες τεχνολογίες Sanger 454 pyrosequencing Solid Illumina Ion torrent / Ion proton Oxford Nanopore Shotgun sequencing http://www.nature.com/nature/journal/v470/n7333/pdf/nature09796.pdf
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωµατική ΜΠΣ2. Γρ. Αµούτζιας
Γονιδιωµατική ΜΠΣ2 Γρ. Αµούτζιας Οι τεχνολογίες Κυριότερες τεχνολογίες Sanger 454 pyrosequencing Solid Illumina Pacific Biosciences Ion torrent / Ion proton Oxford Nanopore Shotgun sequencing http://www.nature.com/nature/journal/v470/n7333/pdf/nature09796.pdf
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωματική Εισαγωγή [2] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος. Μεζίτη Αλεξάνδρα
Γονιδιωματική Εισαγωγή [2] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος Μεζίτη Αλεξάνδρα Τεχνικές αλληλουχισης νέας γενιάς High-throughput 1990-2003: Ανθρώπινο γονιδίωμα à ~ 3 δισ. $ 2016: 250
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωματική Συγκριτική γονιδιωματική[4] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος. Μεζίτη Αλεξάνδρα
Γονιδιωματική Συγκριτική γονιδιωματική[4] Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος Μεζίτη Αλεξάνδρα Μέγεθος και οργάνωση γονιδιωμάτων Μελετάμε τα γονιδιώματα για να καταλάβουμε πως λειτουργεί
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Πρόγραμμα Δια Βίου Μάθησης.
Διαβάστε περισσότεραΗ συμβολή της μοριακής εργαστηριακής διάγνωσης στην κλινική πράξη Α ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΥ ΕΔΙΠ, ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗΣ ΕΚΠΑ
Η συμβολή της μοριακής εργαστηριακής διάγνωσης στην κλινική πράξη Α ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΥ ΕΔΙΠ, ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗΣ ΕΚΠΑ Δηλώνω ότι δεν έχω σύγκρουση συμφερόντων Χαρτογράφηση του ανθρώπινου γονιδιώματος- Ημερομηνίες
Διαβάστε περισσότεραΟ ρόλος και η σημασία των μοριακών τεχνικών στον έλεγχο των. μικροβιολογικών παραμέτρων σε περιβαλλοντικά δείγματα για την προστασία
Ο ρόλος και η σημασία των μοριακών τεχνικών στον έλεγχο των μικροβιολογικών παραμέτρων σε περιβαλλοντικά δείγματα για την προστασία της Δημόσιας Υγείας Α. Βανταράκης Εργαστήριο Υγιεινής, Ιατρική Σχολή,
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι. Παντελής Μπάγκος. Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας
Βιοπληροφορική Ι Παντελής Μπάγκος Παν/µιο Στερεάς Ελλάδας Λαµία 2006 1 Βιοπληροφορική Ι Εισαγωγή: Ορισµός της Βιοπληροφορικής, Υποδιαιρέσεις της Βιοπληροφορικής, Τα είδη των δεδοµένων στη Βιοπληροφορική.
Διαβάστε περισσότεραΒιοτεχνολογία Φυτών. Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία)
Βιοτεχνολογία Φυτών ΔΠΘ / Τμήμα Αγροτικής Ανάπτυξης ΠΜΣ Αειφορικά Συστήματα Παραγωγής και Περιβάλλον στη Γεωργία Μοριακοί Δείκτες (Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία) Αριστοτέλης Χ. Παπαγεωργίου Εργαστήριο
Διαβάστε περισσότεραΑ. Βιοϊατρικός Κύκλος
Μαθησιακές δραστηριότητες: Εργαστηριακή-πρακτική άσκηση, ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΤΗΣ ΓΝΩΣΗΣ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΝΩΤΕΡΩΝ ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΩΝ ΙΔΡΥΜΑΤΩΝ ΣΕ ΣΥΓΧΡΟΝΕΣ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΙΣ ΒΙΟΕΠΙΣΤΗΜΕΣ Περιεχόµενο Προγράµµατος (µαθήµατα,
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Εισαγωγή
Βιοπληροφορική Εισαγωγή Ύλη Βιοπληροφορικής Προτεινόµενα συγγράµµατα Ελληνικά συγγράµµατα: Andreas D. Baxevanis & B.F. Francis Quellette. Βιοπληροφορική: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων
Διαβάστε περισσότεραΧαρακτηρισμός ermb-θετικών σταφυλοκόκκων που απομονώθηκαν στην Ελλάδα από δείγματα ζωικής προέλευσης
Χαρακτηρισμός ermb-θετικών σταφυλοκόκκων που απομονώθηκαν στην Ελλάδα από δείγματα ζωικής προέλευσης Ε. Μάλλη, 1 Κ. Τσιλιπουνιδάκη, 1 Σ. Σάρρου, 1 Ζ. Φλώρου, 1 Ι. Βουλγαρίδη, 1 Κ. Παπαγιαννίτσης, 1, Ε.
Διαβάστε περισσότεραΣτοίχιση κατά ζεύγη. Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment)
Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (Pairwise alignment) Στοίχιση κατά ζεύγη: Τι είναι Αντιστοίχιση των νουκλεοτιδίων/αµινοξέων δυο ακολουθιών, ώστε να εντοπιστούν οι οµοιότητες και οι διαφορές τους. Χρησιµοποιείται
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι μελέτης εξέλιξης
H διερεύνηση της μοριακής βάσης της εξέλιξης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στη διευκρίνιση της διαδικασίας με την οποία μετασχηματίσθηκαν στη διάρκεια της εξέλιξης πρωτεϊνες, άλλα μόρια και βιοχημικές πορείες
Διαβάστε περισσότεραΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ. Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Θεσσαλίας Ε. ΠΕΤΕΙΝΑΚΗ Aναπληρώτρια Καθηγήτρια Μικροβιολογίας Διευθύντρια Εργαστηρίου Μικροβιολογίας ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ φάση της κλινικής ιατρικής Η μικροβιολογία
Διαβάστε περισσότεραΝΕΕΣ MΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΥΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ
ΝΕΕΣ MΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΥΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ ΑΠΟΣΤΟΛΟΣ ΒΑΝΤΑΡΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΟΣ (M.Sc, Ph.D) Επιδημίες μολυσματικών ασθενειών συχνά οφείλονται σε έκθεση σε μία κοινή πηγή ενός αιτιολογικού παράγοντα.
Διαβάστε περισσότεραΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΩΝ ΠΤΥΧΙΑΚΩΝ
ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΩΝ ΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΧΟΛΗ: Επιστημών Υγείας και Πρόνοιας ΤΜΗΜΑ: ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ ΤΟΜΕΑΣ: ΙΑΤΡΙΚΩΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΩΝ Διευθύντρια: Καθηγήτρια Ανθούλη Αναγνωστοπούλου Φραγκίσκη
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 5: Στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη, 2 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας ομοιότητας. Παρουσίαση των πληροφοριών
Διαβάστε περισσότεραΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ ΘΕΩΡΗΤΙΚΟ ΥΠΟΒΑΘΡΟ. Πρόλογος. Κεφάλαιο 1: Γενετική μηχανική - Βιοτεχνολογία. Κεφάλαιο 2: Δομή και λειτουργία των νουκλεїνικών οξέων
ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ Πρόλογος ΘΕΩΡΗΤΙΚΟ ΥΠΟΒΑΘΡΟ Κεφάλαιο 1: Γενετική μηχανική - Βιοτεχνολογία 1.1 Βιομηχανία 1.2 Παραγωγή Τροφίμων 1.3 Ιατρική 1.4 Φυτική Παραγωγή 1.5 Ζωική Παραγωγή 1.6 Αλιεία Υδατοκαλλιέργειες
Διαβάστε περισσότεραΓονιδιωματική. G. Patrinos
Γονιδιωματική Η μεταγονιδιωματική εποχή... Σημαντικότερα επιτεύγματα POST GENOME ERA Ολοκλήρωση της αποκρυπτογράφησης της αλληλουχίας των γονιδιωμάτων πολλών οργανισμών. Προτύπωση μεθοδολογιών για προσδιορισμό
Διαβάστε περισσότεραΛειτουργική γονιδιωµατική. 6ο εργαστήριο
Λειτουργική γονιδιωµατική 6ο εργαστήριο Λειτουργική γονιδιωµατική Προσπαθεί να κατανοήσει τις λειτουργίες των βιολογικών µορίων, σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώµατος. Γίνονται µετρήσεις για το σύνολο
Διαβάστε περισσότεραΕξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά εδομένα
Παρουσίαση Διπλωματικής Εργασίας Εξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά εδομένα Καρυπίδης Γεώργιος (Μ27/03) Επιβλέπων Καθηγητής: Ιωάννης Βλαχάβας MIS Πανεπιστήμιο Μακεδονίας Φεβρουάριος 2005 Εξόρυξη Γνώσης από Βιολογικά
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία
Βιοπληροψορική, συσιημική βιολογία και εξατομικευμένη θεραπεία Φραγκίσκος Κολίσης Καθηγητής Βιοτεχνολογίας, Σχολή Χημικών Μηχανικών ΕΜΠ, Διευθυντής Ινστιτούτου Βιολογικών Ερευνών και Βιοτεχνολογίας, EIE
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 003) Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική Διδάσκοντες: Χρήστος Ουζούνης, Βασίλειος Ι. Προµπονάς ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Τρίτη και Παρασκευή 10:30 12:00,
Διαβάστε περισσότεραΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ. Η τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA και οι εφαρμογές της...
ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ Η τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA και οι εφαρμογές της... Γενετική Μηχανική o Περιλαμβάνει όλες τις τεχνικές με τις οποίες μπορούμε να επεμβαίνουμε στο γενετικό υλικό των οργανισμών.
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων. Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων
Βιοπληροφορική Ι (ΜΕΡΟΣ Α) Βιοπληροφορική Ανάλυση Γονιδιωμάτων Εισαγωγή στης Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων Η επιστήμη της Βιολογίας έχει μετατραπεί τα τελευταία χρόνια σε μια υπερπλούσια σε πληροφορίες επιστήμη.
Διαβάστε περισσότεραΕφαρμογές τεχνολογιών Μοριακής Βιολογίας στην Γενετική
Εφαρμογές τεχνολογιών Μοριακής Βιολογίας στην Γενετική Πεφάνη Δάφνη 06.03.2019 Επίκουρη καθηγήτρια Εργαστήριο Βιολογίας Τεχνικές μοριακής βιολογίας Επιτρέπουν την μελέτη της δομής του DNA και της έκφρασης
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 10: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Blast, (1/2) 1ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST. Εξοικείωση με τη
Διαβάστε περισσότεραΑρχές μοριακής παθολογίας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ
Αρχές μοριακής παθολογίας Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ Μοριακή Παθολογία Ανερχόμενος κλάδος της Παθολογίας Επικεντρώνεται στην μελέτη και τη διάγνωση νοσημάτων Στον καθορισμό και την πιστοποίηση
Διαβάστε περισσότεραγ. δύο φορές δ. τέσσερεις φορές
1 ο Διαγώνισμα Βιολογίας Γ Λυκείου Θέμα Α Να επιλέξετε τη σωστή απάντηση Α1. Σε ένα ανασυνδυασμένο πλασμίδιο που σχηματίστηκε με την επίδραση της EcoRI, η αλληλουχία που αναγνωρίζει η συγκεκριμένη περιοριστική
Διαβάστε περισσότεραΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ Α A1. β Α2. γ Α3. γ Α4. α Α5. δ
ΘΕΜΑ Α A1. β Α2. γ Α3. γ Α4. α Α5. δ ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Δ ΤΑΞΗΣ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΚΑΙ ΕΠΑΛ (ΟΜΑΔΑ Β ) ΤΕΤΑΡΤΗ 15 ΙΟΥΝΙΟΥ 2016 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ (ΝΕΟ
Διαβάστε περισσότεραΑρχές μοριακής παθολογίας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ
Αρχές μοριακής παθολογίας Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ Μοριακή Παθολογία Ανερχόμενος κλάδος της Παθολογίας Επικεντρώνεται στην μελέτη και τη διάγνωση νοσημάτων Στον καθορισμό και την πιστοποίηση
Διαβάστε περισσότεραΧρήσεις Η/Υ και Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων : ΒΙΟ109 [8] Βάσεις Δεδομένων Γονιδιωματικής
Χρήσεις Η/Υ και Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων : ΒΙΟ109 [8] Βάσεις Δεδομένων Γονιδιωματικής Στόχοι του μαθήματος Στο συγκεκριμένο μάθημα θα συζητηθούν θέματα σχετικά με τις κυριότερες βάσεις δεδομένων γονιδιωματικής,
Διαβάστε περισσότεραΜοριακή Ανάλυση Φυτών
Μοριακή Ανάλυση Φυτών Μοριακοί Δείκτες Αριστοτέλης Χ. Παπαγεωργίου Εργαστήριο Δασικής Γενετικής / ΔΠΘ Γενετική ποικιλομορφία Είναι η βάση της εξέλιξης Προϋπόθεση προσαρμογής σε νέα περιβάλλοντα Το μέρος
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016
Βιοπληροφορική Μαργαρίτα Θεοδωροπούλου Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Λαμία 2016 Βιοπληροφορική Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία, Γενωμική και Βιοπληροφορική. Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων. Ακολουθίες Πρωτεϊνών και
Διαβάστε περισσότεραΔοµή και ιδιότητες του DNA. 09/04/ Μοριακή Βιολογία Κεφ. 1 Καθηγητής Δρ. Κ. Ε. Βοργιάς
Δοµή και ιδιότητες του DNA 09/04/2014 1 09/04/2014 2 Τόσο τα νεκρά (µε θερµική επεξεργασία) βακτήρια S όσο και τα ζωντανά βακτήρια R δεν µπορούν να θανατώσουν ποντικούς. Όµως, η ταυτόχρονη µόλυνση µε αυτά
Διαβάστε περισσότεραIntroduction to Bioinformatics
Introduction to Bioinformatics 260.602.01 September 2, 2005 Jonathan Pevsner, Ph.D. pevsner@jhmi.edu bioinformatics medical informatics Tool-users public health informatics databases algorithms Tool-makers
Διαβάστε περισσότεραΑ. Βιοϊατρικός Κύκλος
ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΤΗΣ ΓΝΩΣΗΣ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΝΩΤΕΡΩΝ ΕΚΠΑΙ ΕΥΤΙΚΩΝ Ι ΡΥΜΑΤΩΝ ΣΕ ΣΥΓΧΡΟΝΕΣ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΙΣ ΒΙΟΕΠΙΣΤΗΜΕΣ Περιεχόµενο Προγράµµατος (µαθήµατα, ώρες κλπ): Το Πρόγραµµα Σπουδών διαχωρίζεται σε δύο Κύκλους
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Δ ΤΑΞΗΣ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 16 IOYNIOY 2017 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ
ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Δ ΤΑΞΗΣ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 16 IOYNIOY 2017 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ Α Α1. δ Α2. δ Α3. β Α4. γ Α5. α ΘΕΜΑ Β Β1. Α I Β IV Γ VI
Διαβάστε περισσότεραΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗΣ ΑΝΤΟΧΗΣ
ΗΜΕΡΙΔΑ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗΣ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΚΑΙ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ 24 ΙΑΝΟΥΑΡΙΟΥ 2009 ΜΟΡΙΑΚΗ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗΣ ΑΝΤΟΧΗΣ Ε. ΠΕΤΕΙΝΑΚΗ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΙΑΤΡΙΚΗΣ ΣΧΟΛΗΣ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ
Διαβάστε περισσότεραΜάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Μάθημα 16 ο ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Περιεχόμενα Παρουσίασης Βιολογικό υπόβαθρο Το κεντρικό αξίωμα Σύνοψη της Βιοπληροφορικής Ερευνητικές περιοχές Πηγές πληροφοριών Τι είναι η Βιοπληροφορική Βιο Πληροφορική μοριακή
Διαβάστε περισσότεραΒιολογία Κατεύθυνσης Γ Λυκείου Διαγώνισμα στο Κεφάλαιο 4 ο
Βιολογία Κατεύθυνσης Γ Λυκείου Διαγώνισμα στο Κεφάλαιο 4 ο ΘΕΜΑ Α Να γράψετε τον αριθμό καθεμιάς από τις παρακάτω ημιτελείς προτάσεις A1 έως A5 και δίπλα το γράμμα που αντιστοιχεί στη λέξη ή τη φράση,
Διαβάστε περισσότεραΤΕΙ Θεσσαλίας - Επαγγελμάτων Υγείας - Πρόνοιας (ΣΕΥΠ) Τμήμα Ιατρικών Eργαστηρίων
ΤΕΙ Θεσσαλίας - Επαγγελμάτων Υγείας - Πρόνοιας (ΣΕΥΠ) Τμήμα Ιατρικών Eργαστηρίων Λάρισα 05/09/2013 Προκήρυξη Αριθμός Πρωτοκόλλου: 4292/3-7-2013 ΑΞΙΟΛΟΓΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ - Τομέας: Ενιαίος Μικροβιολογία (Εργαστήριο)
Διαβάστε περισσότεραΕργαλεία Μοριακής Γενετικής
Εργαλεία Μοριακής Γενετικής Αρχές Μοριακής κλωνοποίησης Τα περιοριστικά ένζυμα: αναγνωρίζουν αλληλουχίες (θέσεις περιορισμού). 2 τύποι ενζύμων: -Τύπος I = Κόβουν κοντά στη θέση περιορισμού -σπάνια χρησιμοποιούνται.
Διαβάστε περισσότεραΟΜΟΣΠΟΝ ΙΑ ΕΚΠΑΙ ΕΥΤΙΚΩΝ ΦΡΟΝΤΙΣΤΩΝ ΕΛΛΑ ΟΣ (Ο.Ε.Φ.Ε.) ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ 2013 ÁÍÅËÉÎÇ
ΤΑΞΗ: ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ: ΜΑΘΗΜΑ: Γ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Ηµεροµηνία: Κυριακή 28 Απριλίου 2013 ιάρκεια Εξέτασης: 3 ώρες ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ Α Να γράψετε στο τετράδιό σας τον αριθµό καθεµιάς από τις παρακάτω
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΤΜΗΜΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ (ΒΙΟ 003) Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική Διδάσκων: Βασίλειος Ι. Προμπονάς, Ph.D. Λέκτορας Βιοπληροφορικής ΓΕΝΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ Διαλέξεις Φροντιστήριο Τρίτη και
Διαβάστε περισσότεραΤΕΙ Θεσσαλίας - Επαγγελμάτων Υγείας - Πρόνοιας (ΣΕΥΠ) Τμήμα Ιατρικών Eργαστηρίων
ΤΕΙ Θεσσαλίας - Επαγγελμάτων Υγείας - Πρόνοιας (ΣΕΥΠ) Τμήμα Ιατρικών Eργαστηρίων Λάρισα 02/10/2013 Προκήρυξη Αριθμός Πρωτοκόλλου: 4292/3-7-2013 ΑΞΙΟΛΟΓΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ - Τομέας: Ενιαίος Μικροβιολογία (Εργαστήριο)
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Department of Biochemistry
Διαβάστε περισσότεραΜικροβίωμα και μικροβιακή αντοχή
Μικροβίωμα και μικροβιακή αντοχή Ε. Πετεινάκη Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρικό τμήμα Πανεπιστημίου Θεσσαλίας 10 ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ιατρικής Βιοπαθολογίας, Αθήνα 26-26 Απριλίου 2018 Μικροβίωμα και
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. Παύλος Αντωνίου
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΚΥΠΡΟΥ ΕΠΛ 450 ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ Παύλος Αντωνίου Με μια ματιά: Εισαγωγή στη Βιολογία Ευθυγράμμιση Ακολουθιών Αναζήτηση ομοίων ακολουθιών από βάσεις δεδομενων Φυλογενετική πρόβλεψη Πρόβλεψη
Διαβάστε περισσότεραΟΙ ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ. Eφη. Πετεινάκη
ΟΙ ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΣΤΗΝ ΙΑΤΡΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ Eφη Πετεινάκη ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΑ ΡΟΥΤΙΝΑΣ ΕΝΟΣ ΚΛΙΝΙΚΟΥ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟΥ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΥ ταυτοποίηση κάποιων βακτηρίων ο έλεγχος ευαισθησίας διάγνωση λοιμώξεων από μικροοργανισμούς
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου
Βιοπληροφορική Ενότητα 15: Φυλογενετική Ανάλυση, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι παρουσίαση και ανάδειξη της σημασίας της φυλογενετικής ανάλυσης. παρουσίαση των
Διαβάστε περισσότεραÈÅÌÁÔÁ 2003 ÏÅÖÅ ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ Ο.Ε.Φ.Ε ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ
ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ Ο.Ε.Φ.Ε. 2003 ΘΕΜΑΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΘΕΜΑ 1 Ο Α. 1.β 2.δ 3.γ Β. 1. ΛΑΘΟΣ (2 µονάδες) Γ. 2. ΛΑΘΟΣ (2 µονάδες) 3. ΛΑΘΟΣ (2 µονάδες) 4. ΣΩΣΤΟ (2 µονάδες) 5. ΣΩΣΤΟ (2 µονάδες) ΘΕΤΙΚΗΣ
Διαβάστε περισσότεραΟΡΙΖΟΝΤΙΑ ΜΕΤΑΦΟΡΑ ΓΟΝΙΔΙΩΝ
ΟΡΙΖΟΝΤΙΑ ΜΕΤΑΦΟΡΑ ΓΟΝΙΔΙΩΝ Βασικές αρχές Μοριακής Βιολογίας Βακτηριακή σύζευξη ΕΙΚΟΝΑ 6.10 Το πείραμα των Lederberg και Tatum, το οποίο έδειξε για πρώτη φορά τη σύζευξη μεταξύ βακτηρίων Πλασμίδιο F: παράγοντας
Διαβάστε περισσότεραΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΦΥΤΩΝ
ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΦΥΤΩΝ Μοριακοί Δείκτες Επιμέλεια διαφανειών Τραντάς Μάνος 1 Μοριακοί Δείκτες είναι αλληλουχίες DNA (ή πρωτεϊνών) που μπορούν να συσχετιστούν με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά ώστε να ανιχνευτούν
Διαβάστε περισσότεραΜέθοδοι Φυλογένεσης. Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης
Μέθοδοι Φυλογένεσης Μέθοδοι που βασίζονται σε αποστάσεις UPGMA Κοντινότερης γειτονίας (Neighbor joining) Fitch-Margoliash Ελάχιστης εξέλιξης Μέθοδοι που βασίζονται σε χαρακτήρες Μέγιστη φειδωλότητα (Maximum
Διαβάστε περισσότεραΓενετική Μηχανική-Γενετικά Τροποποιημένοι οργανισμοί-διαγονιδιακοί οργανισμοί
Γενετική Μηχανική-Γενετικά Τροποποιημένοι οργανισμοί-διαγονιδιακοί οργανισμοί ΟΡΙΣΜΟΣ Γενετική μηχανική ονομάζεται ο νέος κλάδος των φυσικών επιστημών,ο οποίος ασχολείται με τροποποιήσεις του γενετικού
Διαβάστε περισσότεραΟρισμός επιδημιολογίας
Ορισμός επιδημιολογίας Επιδημιολογία είναι η μελέτη της κατανομής των παραγόντων που επηρεάζουν τη συχνότητα των νοσημάτων στον άνθρωπο (MacMahon, 1970) Επιδημιολογία είναι η μελέτη της κατανομής των παραγόντων
Διαβάστε περισσότεραΓΕΝΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΓΕΝΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ (Μεταφορά γενετικού υλικού στους προκαρυωτικούς οργανισμούς) Μαντώ Κυριακού 2015 Γενετικό υλικό των βακτηρίων Αποτελείται από ένα μόριο DNA σε υπερελιγμένη μορφή και τα άκρα του είναι
Διαβάστε περισσότεραPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) ΑΛΥΣΙΔΩΤΗ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ ΤΗΣ ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗΣ
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) ΑΛΥΣΙΔΩΤΗ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ ΤΗΣ ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗΣ Kary Mullis (Nobel Χημείας, 1993) in vitro τεχνική ( molecular photocopying ) Εφαρμογή σε όλους τους τομείς της Βιολογίας Στις περισσότερες
Διαβάστε περισσότεραΤεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA
Τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA Ε Ι Σ Α Γ Ω Γ Η Φώτης Καρβέλης Ιστορική αναδρομή Ανακάλυψη του DNA Μελέτη αντιγραφής Απομόνωση ενζύμων Μελέτη της δράσης τους Αποκάλυψη των περιοριστικών ενδονουκλεασών
Διαβάστε περισσότεραΒιοπληροφορική. Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ. Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ.
Βιοπληροφορική Ενότητα 9: Αναζήτηση Ομοιοτήτων σε ΒΔ Ακολουθιών - Στατιστική Σημαντικότητα, 1 ΔΩ Τμήμα: Βιοτεχνολογίας Όνομα καθηγητή: Τ. Θηραίου Μαθησιακοί Στόχοι Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ «ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ»
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ «ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ» ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ 1: ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΚΑΙ ΒΙΟΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΗ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ 2: ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΜΟΡΙΑΚΗ ΚΑΙ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ ΤΡΟΦΙΜΩΝ ΚΑΙ ΠΡΟΪΟΝΤΩΝ ΩΡΟΛΟΓΙΟ
Διαβάστε περισσότεραΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ) «Οι σύγχρονες τεχνικές βιο-ανάλυσης στην υγεία, τη γεωργία, το περιβάλλον και τη διατροφή» Η Συμβολή της Μοριακής Βιολογίας
Διαβάστε περισσότεραΚεφάλαιο 4: Ανασυνδυασμένο DNA
Κεφάλαιο 4: Ανασυνδυασμένο DNA 1. Η ανάπτυξη της γενετικής μηχανικής επέτρεψε: α. την κατανόηση των μηχανισμών αντιγραφής του γενετικού υλικού β. την απομόνωση των πλασμιδίων από τα βακτήρια γ. την πραγματοποίηση
Διαβάστε περισσότεραΤαξινόµιση οργανισµών
Ταξινόµιση οργανισµών Ιεραρχική κατηγοριοποίηση/ οµαδοποίηση οργανισµών. Linnaeus (1707-1778) οµαδοποίησε οργανισµούς µε βάση κοινούς χαρακτήρες. Αργότερα, η ταξινόµιση προσαρµόστηκε στην εξελικτική θεωρία
Διαβάστε περισσότεραΒάσεις δεδομένων χαρτογράφησης γονιδιωμάτων
Βάσεις δεδομένων χαρτογράφησης γονιδιωμάτων Vasilis Promponas Bioinformatics Research Laboratory Department of Biological Sciences University of Cyprus http://en.wikipedia.org/wiki/image:cyprus_topo.png
Διαβάστε περισσότεραΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ. Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων
ΦΥΣΙΚΗ ΑΝΘΡΩΠΟΛΟΓΙΑ Πρωτεύοντα ΙΙΙ Χρήση µοριακών δεδοµένων Φυλογένεση Η φυλογένεσης αφορά την ανεύρεση των συνδετικών εκείνων κρίκων που συνδέουν τα διάφορα είδη µεταξύ τους εξελικτικά, σε µονοφυλετικές
Διαβάστε περισσότεραΘεωρία (4 Ο Κεφάλαιο) επιμέλεια: Μιχάλης Χαλικιόπουλος καθηγητής Βιολογίας
Θεωρία (4 Ο Κεφάλαιο) επιμέλεια: Μιχάλης Χαλικιόπουλος καθηγητής Βιολογίας 1 ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΟΥ DNA 2 Θεωρία (4 Ο Κεφάλαιο) 3 ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΟΥ DNA 1 2 3 ΚΛΩΝΟΠΟΙΗΣΗ 4 5 6 ορισμός:
Διαβάστε περισσότεραΔΙΑΓΩΝΙ ΜΑ ΠΡΟ ΟΜΟΙΩ Η ΣΗΝ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟ ΑΝΑΣΟΛΙ ΜΟΤ Γ ΛΤΚΕΙΟΤ ΘΕΜΑ Α
ΔΙΑΓΩΝΙΜΑ ΠΡΟΟΜΟΙΩΗ ΣΗΝ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΑΝΑΣΟΛΙΜΟΤ Γ ΛΤΚΕΙΟΤ ΘΕΜΑ Α Να επιλέξετε την φράση που συμπληρώνει ορθά κάθε μία από τις ακόλουθες προτάσεις: Α1. Το γονίδιο που δεν φέρει κωδικόνιο έναρξης και λήξης
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΔΕΥΤΕΡΑ 18 ΙΟΥΝΙΟΥ 2012 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
1 ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗΣ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΔΕΥΤΕΡΑ 18 ΙΟΥΝΙΟΥ 2012 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΘΕΜΑ Α Α1. δ Α2. γ Α3. δ Α4. β Α5. α 2 β 5 γ 6 δ 1 ε 3 ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ
Διαβάστε περισσότεραΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Δ ΤΑΞΗΣ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΔΕΥΤΕΡΑ 23 ΙΟΥΝΙΟΥ 2014 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ
1 ΕΠΑΝΑΛΗΠΤΙΚΕΣ ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Δ ΤΑΞΗΣ ΕΣΠΕΡΙΝΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ ΔΕΥΤΕΡΑ 23 ΙΟΥΝΙΟΥ 2014 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΘΕΜΑ Α Α1. γ Α2. β Α3. γ Α4. δ Α5. α ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑ Β Β1. Σχολικό
Διαβάστε περισσότεραΜικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο
Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο Ενότητα 10: Μοριακή Βιολογία και Μικροβιολογία Τροφίμων (2/2), 2ΔΩ Τμήμα: Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής Του Ανθρώπου Διδάσκοντες: Ευστάθιος Ζ. Πανάγου Πασχαλίτσα
Διαβάστε περισσότεραNGS-ΕΝΣΩΜΑΤΩΣΗ ΣΤΗΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΠΡΑΚΤΙΚΗ ΤΟΥ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟΥ
NGS-ΕΝΣΩΜΑΤΩΣΗ ΣΤΗΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΠΡΑΚΤΙΚΗ ΤΟΥ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟΥ Δημήτρης Χατζηδημητρίου Επικ. Καθηγητής Ιατρικής Μικροβιολογίας, Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ Όταν ανακαλύφθηκε το τηλεσκόπιο, οι επιστήμονες ανακάλυψαν
Διαβάστε περισσότεραΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών
ΑΣΚΗΣΗ 4η Αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών ΕΙΣΑΓΩΓΗ Η αναζήτηση οµοιοτήτων σε βάσεις δεδοµένων ακολουθιών (database similarity searching) αποτελεί µια από τις συχνότερα χρησιµοποιούµενες
Διαβάστε περισσότεραΝικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ»
Νικόλαος Σιαφάκας Λέκτορας Διαγνωστικής Ιολογίας Εργαστήριο Κλινικής Μικροβιολογίας ΠΓΝ «ΑΤΤΙΚΟΝ» DNA RNA: ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ, ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ, ΜΕΤΑΦΡΑΣΗ DNA RNA: Βασικά Χαρακτηριστικά Ρόλος Κεντικό Δόγμα της Βιολογίας:
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ 19/06/2018 ΕΝΔΕΙΚΤΙΚΕΣ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑΤΩΝ
ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ 19/06/2018 ΕΝΔΕΙΚΤΙΚΕΣ ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΘΕΜΑΤΩΝ ΘΕΜΑ Α Α1. δ Α2. β Α3. α Α4. α Α5. β ΘΕΜΑ Β Β1 1-γ 2-β 3-γ 4-α 5-γ 6-γ 7-β Β2 Μικροοργανισμός Β σχολικό βιβλίο σελ. 112 "Το PH επηρεάζει...σε
Διαβάστε περισσότεραΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ. ΘΕΜΑ Α Α1. γ Α2. α Α3. δ Α4. β Α5. α
ΘΕΜΑ Α Α1. γ Α2. α Α3. δ Α4. β Α5. α 1 ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΤΟΥ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟΥ ΚΑΙ ΤΕΚΝΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ ΥΠΑΛΛΗΛΩΝ ΣΤΟ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟ ΤΕΤΑΡΤΗ 5 ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2012 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ:
Διαβάστε περισσότεραBIO111 Μικροβιολογια ιαλεξη 13 Μικροβια και Ανθρωπος
BIO111 Μικροβιολογια ιαλεξη 13 Μικροβια και Ανθρωπος Ετσι αρχισε η Ζωη? To δεντρο της Ζωης Και τι µας νοιαζει αν υπαρχουν µικροοργανισµοι η οχι? H ανυπολόγιστη αξία της Mικροβιολογίας για τη Βιολογια Το
Διαβάστε περισσότεραΒιολογία προσανατολισμού
Βιολογία προσανατολισμού ΘΕΜΑ Α Στις προτάσεις από Α1-Α5 να βρείτε την σωστή απάντηση. Α1. Ένας ερευνητής απομόνωσε ένα ασυνεχές γονίδιο από το γονιδίωμα ανθρώπινων κυττάρων. Το γονίδιο συνδέθηκε με βακτηριακό
Διαβάστε περισσότεραTreeTOPS. ένα εισαγωγικό παιχνίδι για τα φυλογενετικά δέντρα. Teacher s Guide. ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences
TreeTOPS ένα εισαγωγικό παιχνίδι για τα φυλογενετικά δέντρα Teacher s Guide ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences 1 Γενικός σκοπός Το συγκεκριμένο παιχνίδι έχει ως στόχο να εισάγει τους
Διαβάστε περισσότεραΤσορλίνη Χριστοφορίδου Ελένη Βακτηριολογικό Τμήμα Τμήμα Μυκοβακτηριδίου Γεν. Νοσοκομείο «Γ. Παπανικολάου» Θεσσαλονίκης
Τσορλίνη Χριστοφορίδου Ελένη Βακτηριολογικό Τμήμα Τμήμα Μυκοβακτηριδίου Γεν. Νοσοκομείο «Γ. Παπανικολάου» Θεσσαλονίκης ΕΙΣΑΓΩΓΗ Σύμφωνα με την ΠΟΥ το 1/3 περίπου του παγκόσμιου πληθυσμού είναι μολυσμένο
Διαβάστε περισσότεραΤΟ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΩΝ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ
1η ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΗ ΔΙΗΜΕΡΙΔΑ «ΕΛΕΓΧΟΣ ΤΩΝ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ ΣΤΗ ΚΑΘΗΜΕΡΙΝΗ ΠΡΑΞΗ ΔΥΝΑΤΟΤΗΤΕΣ ΠΡΟΟΠΤΙΚΕΣ» ΛΑΜΙΑ 21 22 22 ΟΚΤΩΒΡΙΟΥ 2005 ΤΟ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΩΝ
Διαβάστε περισσότεραΜε την ανάπτυξη αυτής της τεχνολογίας το DNA που ήταν τόσο δύσκολο να µελετηθεί έγινε «παιχνίδι» στα ανθρώπινα χέρια
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 4ο: Η τεχνολογία του ανασυνδυασµένου DNA έδωσε στον άνθρωπο την ικανότητα όχι µόνο να ερευνά αλλά και να τροποποιεί το γενετικό υλικό των οργανισµών ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝ ΥΑΣΜΕΝΟΥ DNA Η τεχνολογία
Διαβάστε περισσότεραΦάσμα& Group προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι.
σύγχρονο Φάσμα& Group προπαρασκευή για Α.Ε.Ι. & Τ.Ε.Ι. μαθητικό φροντιστήριο 1. 25ης Μαρτίου 111 ΠΕΤΡΟΥΠΟΛΗ 50.27.990 50.20.990 2. 25ης Μαρτίου 74 Π. ΠΕΤΡΟΥΠΟΛΗΣ 50.50.658 50.60.845 3. Γραβιάς 85 ΚΗΠΟΥΠΟΛΗ
Διαβάστε περισσότεραΛίγη εξέλιξη: οµολογία
Φυλογένεση Η εκτίµηση της εξελικτικής ιστορίας γονιδίων/πρωτεϊνών ή οργανισµών. Η απεικόνιση αυτής της ιστορίας γίνεται µε φυλογράµµατα/ κλαδογράµµατα Λίγη εξέλιξη: οµολογία Οµόλογα γονίδια: κοινός εξελικτικός
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΟ ΕΝΙΑΙΟ ΛΥΚΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΜΑΚΕΔΟΝΙΑΣ ZAΡΦΤΖΙΑΝ ΜΑΡΙΛΕΝΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ 4 ου ΚΕΦΑΛΑΙΟΥ 1.Τα παρακάτω στοιχεία να μπουν στην κατάλληλη στήλη ( ΣΥΓΚΡΙΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΗΣ
Διαβάστε περισσότεραΒιολογία Θετικής Κατεύθυνσης. 4 ο Κεφάλαιο - Τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA
Βιολογία Θετικής Κατεύθυνσης 4 ο Κεφάλαιο - Τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA Τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA Αναπτύχθηκε λόγω της ανακάλυψης: i. Περιοριστικών ενδονουκλεασών ii. Ειδικών φορέων DNA Έδωσε
Διαβάστε περισσότεραΓενική Μικροβιολογία. Ενότητα 15 η ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΕΞΕΛΙΞΗ ΚΑΙ ΣΥΣΤΗΜΑΤΙΚΗ
Γενική Μικροβιολογία Ενότητα 15 η ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΕΞΕΛΙΞΗ ΚΑΙ ΣΥΣΤΗΜΑΤΙΚΗ Όνομα καθηγητή: Δ. ΓΕΩΡΓΑΚΟΠΟΥΛΟΣ Όνομα καθηγητή: Γ. ΖΕΡΒΑΚΗΣ Όνομα καθηγητή: ΑΝ. ΤΑΜΠΑΚΑΚΗ Τμήμα: ΕΠΙΣΤΗΜΗΣ ΦΥΤΙΚΗΣ ΠΑΡΑΓΩΓΗΣ ΣΤΟΧΟΙ
Διαβάστε περισσότεραΟι νέες τεχνολογίες στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο- Diagnostic stewardship
ΕΝΟΤΗΤΑ 5 Πολιτικές διαχείρισης κα Ελέγχου της Ιατρικής Τεχνολογίας: Νέε δυνατότητες-καλύτερα Αποτελέσματα Οι νέες τεχνολογίες στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο- Diagnostic stewardship Καθ. Αθανάσιος Τσακρής
Διαβάστε περισσότεραΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ
ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΟ ΕΝΙΑΙΟ ΛΥΚΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΜΑΚΕΔΟΝΙΑΣ ZAΡΦΤΖΙΑΝ ΜΑΡΙΛΕΝΑ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΘΕΤΙΚΗΣ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ 4 ου ΚΕΦΑΛΑΙΟΥ 1.Τα παρακάτω στοιχεία να μπουν στην κατάλληλη στήλη ( ΣΥΓΚΡΙΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΗΣ
Διαβάστε περισσότεραΑ και Β Εργαστήρια Μικροβιολογίας Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ. Άννα Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μικροβιολογίας
Α και Β Εργαστήρια Μικροβιολογίας Ιατρικό Τμήμα, ΑΠΘ Άννα Παπά-Κονιδάρη Καθηγήτρια Μικροβιολογίας Μέλη ΔΕΠ Α και Β Εργαστηρίων Μικροβιολογίας Λ. Σκούρα* Αν. Καθηγήτρια Τ. Βυζαντιάδης Αν. Καθηγητής Μ. Εξηντάρη
Διαβάστε περισσότεραΦυλογένεση. 5o εργαστήριο
Φυλογένεση 5o εργαστήριο Φυλογένεση οργανισµών Δείχνει την εξελικτική πορεία µιας οµάδας οργανισµών. Οι κόµβοι (nodes) στο δένδρο απεικονίζουν γεγονότα ειδογένεσης. H φυλογένεση µπορεί να γίνει από µια
Διαβάστε περισσότεραΣας αποστέλλουμε τις προτεινόμενες απαντήσεις που αφορούν τα θέματα της Βιολογίας Θετικής Κατεύθυνσης των Εσπερινών Γενικών Λυκείων.
Αθήνα, 27/05/2016 ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΑ ΕΝΩΣΗ ΒΙΟΕΠΙΣΤΗΜΟΝΩΝ Σας αποστέλλουμε τις προτεινόμενες απαντήσεις που αφορούν τα θέματα της Βιολογίας Θετικής Κατεύθυνσης των Εσπερινών Γενικών Λυκείων. Η Επιτροπή Παιδείας
Διαβάστε περισσότερα5 GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG 3 3 CAC GTG GAC TGA GGA CTC CTC 5
Βιολογία Κατεύθυνσης Γ Λυκείου Απαντήσεις διαγωνίσματος στο Κεφάλαιο 4 ο ΘΕΜΑ Α Α1. β Α2. β Α3. γ Α4. β Α5. β ΘΕΜΑ B B1. Ο κλώνος είναι μια ομάδα πανομοιότυπων μορίων, κυττάρων, ή οργανισμών. B2. Η υβριδοποίηση
Διαβάστε περισσότεραΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ Τρίτη 18 Ιουνίου 2019 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ. (Ενδεικτικές Απαντήσεις)
ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ Γ ΤΑΞΗ ΗΜΕΡΗΣΙΟΥ ΓΕΝΙΚΟΥ ΛΥΚΕΙΟΥ Τρίτη 18 Ιουνίου 2019 ΕΞΕΤΑΖΟΜΕΝΟ ΜΑΘΗΜΑ: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΠΡΟΣΑΝΑΤΟΛΙΣΜΟΥ (Ενδεικτικές Απαντήσεις) ΘΕΜΑ Α Α1. α Α2. β Α3. γ Α4. γ Α5. β ΘΕΜΑ Β Β1. 1-ζ 2-στ
Διαβάστε περισσότεραΚεφ.3. Τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA. 1. Τι ονομάζεται ανασυνδυασμένο DNA και τι τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA. Ποιά η σημασία της.
1 Κεφ.3. Τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA 1. Τι ονομάζεται ανασυνδυασμένο DNA και τι τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA. Ποιά η σημασία της. Ανασυνδυασμένο DNA: είναι αυτό που προκύπτει από την συνένωση 2 τμημάτων
Διαβάστε περισσότεραΣας αποστέλλουμε τις προτεινόμενες απαντήσεις που αφορούν τα θέματα της Βιολογίας Θετικής Κατεύθυνσης των Εσπερινών Γενικών Λυκείων.
Αθήνα, 27/05/2016 ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΑ ΕΝΩΣΗ ΒΙΟΕΠΙΣΤΗΜΟΝΩΝ Σας αποστέλλουμε τις προτεινόμενες απαντήσεις που αφορούν τα θέματα της Βιολογίας Θετικής Κατεύθυνσης των Εσπερινών Γενικών Λυκείων. Η Επιτροπή Παιδείας
Διαβάστε περισσότεραΤΜΗΜΑ ΓΕΩΠΟΝΙΚΗΣ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΣΠΟΥΔΩΝ
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΣΠΟΥΔΩΝ Το πρόγραμμα σπουδών του τμήματος Γεωπονικής Βιοτεχνολογίας πρέπει να ανταποκρίνεται στην εξαγωγή επιστημόνων Γεωπόνων Βιοτεχνολόγων ικανών να μελετούν, να αντιμετωπίζουν και να προτείνουν
Διαβάστε περισσότεραΕφαρμογή της σύγχρονης τεχνολογίας στη διάγνωση των γενετικών νοσημάτων στα παιδιά. Ε. Καναβάκης Καθηγητής Ιατρικής Γενετικής
Εφαρμογή της σύγχρονης τεχνολογίας στη διάγνωση των γενετικών νοσημάτων στα παιδιά Ε. Καναβάκης Καθηγητής Ιατρικής Γενετικής Νέες μεθοδολογίες στη διάγνωση και πρόληψη των γενετικών νοσημάτων Συγκριτικός
Διαβάστε περισσότερα