Χαρακτηρισμός ermb-θετικών σταφυλοκόκκων που απομονώθηκαν στην Ελλάδα από δείγματα ζωικής προέλευσης

Transcript

1 Χαρακτηρισμός ermb-θετικών σταφυλοκόκκων που απομονώθηκαν στην Ελλάδα από δείγματα ζωικής προέλευσης Ε. Μάλλη, 1 Κ. Τσιλιπουνιδάκη, 1 Σ. Σάρρου, 1 Ζ. Φλώρου, 1 Ι. Βουλγαρίδη, 1 Κ. Παπαγιαννίτσης, 1, Ε. Πετεινάκη 1 1 Μικροβιολογικό Εργαστήριο, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο, Λάρισα

2 Εισαγωγή Οι μακρολίδες, οι λινκοσαμίδες και η στρεπτογραμίνη Β (MLS B ) χρησιμοποιούνται ευρέως για την θεραπεία σταφυλοκοκκικών λοιμώξεων. Η αντοχή στα MLS B αντιβιοτικά σχετίζεται κυρίως με τη παραγωγή μεθυλοτρανσφερασών της αδενίνης-ν6, οι οποίες κωδικοποιούνται από τα erm-like γονίδια (αλλαγή στόχου δράσης). Στην Ελλάδα, η πλειοψηφεία των σταφυλοκόκκων περιέχουν το erma γονίδιο, ενώ οι ermb-θετικοί σταφυλόκοκκοι είναι πολύ σπάνιοι.

3 Στόχος Στόχος της συγκεκριμένης μελέτης ήταν ο χαρακτηρισμός ermb-θετικών σταφυλοκόκκων που απομονώθηκαν από δείγματα ζωικής προέλευσης.

4 Υλικό και Μέθοδοι MLS B -ανθεκτικοί σταφυλόκοκκοι απομονώθηκαν από δείγματα γάλακτος προβάτων με κλινική μαστίτιδα, προερχόμενα από φάρμες από όλη την Ελλάδα. Η ταυτοποίηση και ο έλεγχος ευαισθησίας σε διάφορους αντιμικροβιακούς παράγοντες πραγματοποιήθηκε με το αυτοματοποιημένο σύστημα Vitek-2 (BioMerieux). Τα γονίδια που κωδικοποιούν για αντοχή στα MLS B αντβιοτικά ανιχνεύθηκαν με τη μέθοδο της PCR. Όλοι οι ermb-θετικοί σταφυλόκοκκοι τυποποιήθηκαν με τη μέθοδο multilocus sequence typing (MLST). To ολικό γένωμα των ermb-θετικών στελεχών αλληλουχήθηκε με τη χρήση της Illumina MiSeq πλατφόρμας (Illumina, Inc., San Diego, CA). Η ανάλυση και η σύγκριση των αλληλουχιών πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση ηλεκτρονικών προγραμμάτων, που είναι διαθέσιμα στο διαδίκτυο.

5 Αποτελέσματα Δύο στελέχη ανιχνεύθηκαν θετικά για το ermb γονίδιο: ένας Staphylococcus aureus (Sau-392Lar) και ένας Staphylococcus lentus (Sle-091Lar) Τα στελέχη εμφάνίζαν αντοχή στην ερυθρομυκίνη (MIC: 256 mg/l) και τη λινκομυκίνη (MIC: 64 mg/l), αλλά ήταν ευαίσθητα στα εναπομείναντα αντιβιοτικά. Η MLST τυποποίηση έδειξε ότι το στέλεχος S. aureus Sau-392Lar ανήκει στον ST133. Ο ST133 έχει προηγούμενα βρεθεί σε δείγματα γάλακτος, στην Αυστραλία (McMillan et al., 2016), και έχει συσχετιστεί με δείγματα ζωικής προέλευσεως.

6 Αποτελέσματα Η Illumina αλληλούχιση και η ανάλυση των δεδομένων έδειξαν ότι το στέλεχος Sau-392Lar έφερε ένα ermb-θετικό πλασμίδιο (psau-392lar), το οποίο είναι 7779 bp σε μέγεθος. Το psau-392lar παρουσιάζε υψηλή ομοιότητα (94% coverage, 98% identity) με το ermb-θετικό πλασμίδιο pafs11, που είχε χαρακτηρισθεί από ST398 S. aureus στελέχη (GenBank accession no. FN806789).

7 Αποτελέσματα Επιπρόσθετα, η ανάλυση των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών έδειξε ότι, στο στέλεχος Sle-091Lar, το ermb γονίδιο ήταν μέρος του τρανσποζονίου Tn917, το οποίο είχε εισαχθεί στο χρωμόσωμα του S. lentus. Το Tn917, αρχικά, είχε χαρακτηριστεί από το στέλεχος Streptococcus faecalis DS16 (GenBank accession no. M11180). Η ανάλυση του γενώματος με τη χρήση της ResFinder βάσης δεδομένων βρήκε ότι στέλεχος Sle-091Lar ήταν, επίσης, θετικό για την ύπαρξη του mphc γονίδιου αντοχής (Πόστερ 59Β).

8 Συμπεράσματα Η παρούσα μελέτη αναφέρει την παρουσία του ermb γονιδίου σε στελέχη S.aureus και S.lentus, τα οποία ήταν ζωικής προέλευσης. Η εμφάνιση ανθεκτικών στελεχών που προκαλούν μολύνσεις έχουν οικονομική επίπτωση, τόσο στην κτηνοτροφία όσο και στον τομέα της υγείας. Το ermb γονίδιο σχετιζόταν με διαφορετικά κινητά γενετικά στοιχεία, τονίζοντας την ποικιλότητα των κινητών στοιχείων που εμπλέκονται στην διάδοση παραγόντων ανθεκτικότητας στους σταφυλόκοκκους. Τέλος, η παρούσα μελέτη αναδεικνύει τη χρησιμότητα των νέων τεχνολογιών, όπως η Next-Generation Sequencing, για τη διάγνωση και το χαρακτηρισμό ανθεκτικών στελεχών.

9 Συμπεράσματα

10 ΕΥΧΑΡΙΣΤΩ ΠΟΛΥ!