IMAGE-PRO Ποζοηική ανάλςζη ζςνενηοπιζμού θθοπιοσπυμάηυν Quantitative colocalization analysis

Σχετικά έγγραφα
IMAGE-PRO Ποσοτική ανάλυση συνεντοπισµού φθοριοχρωµάτων Quantitative colocalization analysis

Image J Plugin particle tracker για παρακολούθηση της κίνησης σωματιδίων

TOOLBOOK (μάθημα 2) Δεκηνπξγία βηβιίνπ θαη ζειίδσλ ΠΡΟΑΡΜΟΓΗ: ΒΑΛΚΑΝΙΩΣΗ ΔΗΜ. ΕΚΠΑΙΔΕΤΣΙΚΟ ΠΕ19 1 TOOLBOOK ΜΑΘΗΜΑ 2

Ενδεικτικά Θέματα Στατιστικής ΙΙ

1. Οδηγίερ εγκαηάζηαζηρ και σπήζηρ έξςπνυν καπηών και τηθιακών πιζηοποιηηικών με σπήζη ηος λογιζμικού Μοzilla Thunderbird

Βάσεις Δεδομέμωμ. Εξγαζηήξην V. Τκήκα Πιεξνθνξηθήο ΑΠΘ

α) ηε κεηαηόπηζε x όηαλ ην ζώκα έρεη κέγηζην ξπζκό κεηαβνιήο ζέζεο δ) ην κέγηζην ξπζκό κεηαβνιήο ηεο ηαρύηεηαο

ΚΤΠΡΙΑΚΗ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΕΣΑΙΡΕΙΑ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΚΤΣΑΛΟΓΡΟΜΙΑ 2007 ΓΙΑ ΣΟ ΓΤΜΝΑΙΟ Παπασκευή 26 Ιανουαπίου 2007 Σάξη: Α Γυμνασίου ΥΟΛΕΙΟ..

ΡΤΘΜΙΕΙ ΔΙΚΣΤΟΤ ΣΑ WINDOWS

ΑΛΛΑΓΗ ΟΝΟΜΑΣΟ ΚΑΙ ΟΜΑΔΑ ΕΡΓΑΙΑ, ΚΟΙΝΟΥΡΗΣΟΙ ΦΑΚΕΛΟΙ ΚΑΙ ΕΚΣΤΠΩΣΕ ΣΑ WINDOWS XP

Απνηειέζκαηα Εξσηεκαηνινγίνπ 2o ηεηξάκελν

ΓΗΑΓΩΝΗΣΜΑ ΣΤΑ ΜΑΘΖΜΑΤΗΚΑ. Ύλη: Μιγαδικοί-Σσναρηήζεις-Παράγωγοι Θεη.-Τετν. Καη Εήηημα 1 ο :

Απαντήσεις θέματος 2. Παξαθάησ αθνινπζεί αλαιπηηθή επίιπζε ησλ εξσηεκάησλ.

H ΜΑΓΕΙΑ ΤΩΝ ΑΡΙΘΜΩΝ

Αζθήζεηο 5 νπ θεθαιαίνπ Crash course Step by step training. Dipl.Biol.cand.med. Stylianos Kalaitzis

ΚΤΠΡΙΑΚΗ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΕΣΑΙΡΕΙΑ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΚΤΣΑΛΟΓΡΟΜΙΑ 2007 ΓΙΑ ΣΟ ΓΤΜΝΑΙΟ Παπασκευή 26 Ιανουαπίου 2007 Σάξη: Α Γυμνασίου ΥΟΛΕΙΟ..

Αιγόξηζκνη Γνκή επηινγήο. Πνιιαπιή Δπηινγή Δκθωιεπκέλεο Δπηινγέο. Δηζαγωγή ζηηο Αξρέο ηεο Δπηζηήκεο ηωλ Η/Υ. introcsprinciples.wordpress.

ΦΥΛΛΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ. Οξηδόληηα θαη θαηαθόξπθε κεηαηόπηζε παξαβνιήο

ΚΕΦ. 2.3 ΑΠΟΛΤΣΗ ΣΘΜΗ ΠΡΑΓΜΑΣΘΚΟΤ ΑΡΘΘΜΟΤ

Μονοψϊνιο. Αγνξά κε ιίγνπο αγνξαζηέο. Δύναμη μονοψωνίος Η ηθαλόηεηα πνπ έρεη ν αγνξαζηήο λα επεξεάζεη ηελ ηηκή ηνπ αγαζνύ.

Παιχνίδι γλωζζικής καηανόηζης με ζχήμαηα!

ΚΤΠΡΙΑΚΗ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΕΣΑΙΡΕΙΑ ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΗ ΣΚΥΤΑΛΟΓΡΟΜΙΑ 2015 ΓΙΑ ΤΟ ΓΥΜΝΑΣΙΟ Τεηάπηη 28 Ιανουαπίου 2015 ΛΔΥΚΩΣΙΑ Τάξη: Α Γυμναζίου

ΜΑΘΗΜΑ / ΤΑΞΗ : ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΙΑ/Γ ΛΥΚΕΙΟΥ ΣΕΙΡΑ: ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ: 08/09/2014

ΚΤΠΡΙΑΚΗ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΔΣΑΙΡΔΙΑ ΠΑΓΚΤΠΡΙΟ ΓΙΑΓΩΝΙ ΜΟ

ΜΑΘΗΜΑΣΑ ΦΩΣΟΓΡΑΦΙΑ. Ειζαγωγή ζηη Φωηογραθία. Χριζηάκης Σαζεΐδης EFIAP

Case Study. Παξαθάηω παξνπζηάδνπκε βήκα - βήκα κε screenshots έλα παξάδεηγκα ππνβνιήο κηαο εξγαζίαο θαη ηελ παξαγωγή ηνπ Originality Report.

Αζκήζεις ζτ.βιβλίοσ ζελίδας 13 14

Κευάλαιο 8 Μονοπωλιακή Συμπεριφορά- Πολλαπλή Τιμολόγηση

Έλεγτος Ορθογραθίας - Γραμμαηικής. Ορθογραθικός και Γραμμαηικός Έλεγτος

Άσκηση 1 - Μοπυοποίηση Κειμένου

Άζκηζη ζτέζης κόζηοσς-τρόνοσ (Cost Time trade off) Καηαζκεσαζηική ΑΔ

ΠΑΡΑΡΣΗΜΑ Δ. ΔΤΡΔΗ ΣΟΤ ΜΔΣΑΥΗΜΑΣΙΜΟΤ FOURIER ΓΙΑΦΟΡΩΝ ΗΜΑΣΩΝ

Δπηιέγνληαο ην «Πξνεπηινγή» θάζε θνξά πνπ ζα ζπλδέεζηε ζηελ εθαξκνγή ζα βξίζθεζηε ζηε λέα ρξήζε.

Άμεσοι Αλγόριθμοι: Προσπέλαση Λίστας (list access)

Q Η ζσνάρηηζη μέζοσ κόζηοσς μας δίνει ηο κόζηος ανά μονάδα παραγωγής. Q Η ζσνάρηηζη μέζοσ κόζηοσς μας δίνει ηο ζηαθερό κόζηος ανά μονάδα παραγωγής

ΑΝΤΗΛΙΑΚΑ. Η Μηκή ζθέθηεθε έλαλ ηξόπν, γηα λα ζπγθξίλεη κεξηθά δηαθνξεηηθά αληειηαθά πξντόληα. Απηή θαη ν Νηίλνο ζπλέιεμαλ ηα αθόινπζα πιηθά:

Ζαχαρίας Μ. Κοντοπόδης Εργαστήριο Λειτουργικών Συστημάτων ΙΙ

x-1 x (x-1) x 5x 2. Να απινπνηεζνύλ ηα θιάζκαηα, έηζη ώζηε λα κελ ππάξρνπλ ξηδηθά ζηνπο 22, 55, 15, 42, 93, 10 5, 12

ηδάζθσλ: εµήηξεο Εετλαιηπνύξ

ΓΗΜΟΙΑ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΗ ΣΟΜΟ Γ

Α Ο Κ Η Α Μ Α Ζ Η Η Ρ Η ( S E A R C H )

ΔΕΟ 13. Ποσοτικές Μέθοδοι. θαη λα ππνινγίζεηε ην θόζηνο γηα παξαγόκελα πξντόληα. Να ζρεδηαζηεί γηα εύξνο πξντόλησλ έσο

Hellas online Προεπιλεγμένες ρσθμίσεις για FritzBox Fon WLAN 7140 (Annex B) FritzBox Fon WLAN Annex B ( )

Γοκή επαλάιευες Δληοιές Όζο & Μέτρης_όηοσ

ΟΠΤΙΚΗ Α. ΑΝΑΚΛΑΣΖ - ΓΗΑΘΛΑΣΖ

iii. iv. γηα ηελ νπνία ηζρύνπλ: f (1) 2 θαη

ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΘΕΩΡΙΑ ΣΗΜΑΤΩΝ & ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ. ΜΕΤΑΣΦΗΜΑΤΙΣΜΟΣ Laplace

Intel Accelerate Your Code

Πολυεπίπεδα/Διασυμδεδεμέμα Δίκτυα

ΠΑΝΔΛΛΑΓΗΚΔ ΔΞΔΣΑΔΗ Γ ΣΑΞΖ ΖΜΔΡΖΗΟΤ ΓΔΝΗΚΟΤ ΛΤΚΔΗΟΤ Γευηέρα 11 Ηουνίου 2018 ΔΞΔΣΑΕΟΜΔΝΟ ΜΑΘΖΜΑ: ΜΑΘΖΜΑΣΗΚΑ ΠΡΟΑΝΑΣΟΛΗΜΟΤ. (Ενδεικηικές Απανηήζεις)

ΔΦΑΡΜΟΜΔΝΑ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΑ ΣΗ ΧΗΜΔΙΑ Ι ΘΔΜΑΣΑ Α επηέκβξηνο Να ππνινγηζηνύλ νη κεξηθέο παξάγσγνη πξώηεο ηάμεο ηεο ζπλάξηεζεο f(x,y) =

Ηλεκηπονικά Απσεία και Διεπαθέρ

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ 4 ΣΥΝΔΥΑΣΤΙΚΑ ΚΥΚΛΩΜΑΤΑ

Εξγαζηήξην Πιεξνθνξηθήο

ΑΠΛΟΠΟΙΗΗ ΛΟΓΙΚΩΝ ΤΝΑΡΣΗΕΩΝ ΜΕ ΠΙΝΑΚΕ KARNAUGH

5 η Δργαζηηριακή Άζκηζη Κσκλώμαηα Γσαδικού Αθροιζηή/Αθαιρέηη

Κεθάιαην 20. Ελαχιστοποίηση του κόστους

ΚΤΠΡΙΑΚΗ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΗ ΔΣΑΙΡΔΙΑ ΠΑΓΚΤΠΡΙΟ ΓΙΑΓΩΝΙΜΟ Α ΛΤΚΔΙΟΤ. Ημεπομηνία: 10/12/11 Ώπα εξέτασηρ: 09:30-12:30 ΠΡΟΣΔΙΝΟΜΔΝΔ ΛΤΔΙ


ΥΡΙΣΟΤΓΔΝΝΙΑΣΙΚΔ ΚΑΣΑΚΔΤΔ

Διαδικαζία μεηαθοράς δεδομένων Εκκαθαριζηικής για ηο Eιδικό ζημείωμα περαίωζης Φ.Π.Α

Δξγαιεία Καηαζθεπέο 1 Σάμε Σ Δ.Κ.Φ.Δ. ΥΑΝΙΧΝ ΠΡΧΣΟΒΑΘΜΙΑ ΔΚΠΑΙΓΔΤΗ. ΔΝΟΣΗΣΑ 11 ε : ΦΧ ΔΡΓΑΛΔΙΑ ΚΑΣΑΚΔΤΔ. Καηαζθεπή 1: Φαθόο κε ζσιήλα.

Η/Υ A ΤΑΞΕΩΣ ΑΕ Συστήματα Αρίθμησης. Υποπλοίαρχος Ν. Πετράκος ΠΝ

ΚΔΦ. 2.4 ΡΗΕΔ ΠΡΑΓΜΑΣΗΚΩΝ ΑΡΗΘΜΩΝ

Σημεία Ασύπματηρ Ππόσβασηρ (Hot-Spots)

Να ζρεδηάζεηο ηξόπνπο ζύλδεζεο κηαο κπαηαξίαο θαη ελόο ιακπηήξα ώζηε ν ιακπηήξαο λα θσηνβνιεί.

Constructors and Destructors in C++

ΛΙΜΝΗ ΤΣΑΝΤ. Σρήκα 1. Σρήκα 2

Κόληξα πιαθέ ζαιάζζεο κε δηαζηάζεηο 40Υ40 εθ. Καξθηά 3 θηιά πεξίπνπ κε κήθνο ηξηπιάζην από ην πάρνο ηνπ μύινπ θπξί κεγάιν θαη ππνκνλή

ΜΑΘΗΜΑΤΙΚΑ ΘΔΤΙΚΗΣ ΚΑΙ ΤΔΦΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΚΑΤΔΥΘΥΝΣΗΣ Β ΛΥΚΔΙΟΥ ΤΔΣΤ(1) ΣΤΑ ΓΙΑΝΥΣΜΑΤΑ

x x x x tan(2 x) x 2 2x x 1

Α. Εηζαγσγή ηεο έλλνηαο ηεο ηξηγσλνκεηξηθήο εμίζσζεο κε αξρηθό παξάδεηγκα ηελ εκx = 2

Γ ΣΑΞΖ ΔΝΗΑΗΟΤ ΛΤΚΔΗΟΤ ΔΞΔΣΑΕΟΜΔΝΟ ΜΑΘΖΜΑ: ΜΑΘΖΜΑΣΗΚΑ ΘΔΣΗΚΩΝ ΚΑΗ ΟΗΚΟΝΟΜΗΚΩΝ ΠΟΤΓΩΝ ΤΝΑΡΣΖΔΗ ΟΡΗΑ ΤΝΔΥΔΗΑ (έως Θ.Bolzano) ΘΔΜΑ Α

f '(x)g(x)h(x) g'(x)f (x)h(x) h'(x) f (x)g(x)

Έκδοζη /10/2014. Νέα λειηοσργικόηηηα - Βεληιώζεις

Έλαο πίνακας σσμβόλων ππνζηεξίδεη δύν βαζηθέο ιεηηνπξγίεο:

ΕΞΙΣΩΣΕΙΣ. (iv) (ii) (ii) (ii) 5. Γηα ηηο δηάθνξεο ηηκέο ηνπ ι λα ιπζνύλ νη εμηζώζεηο : x 6 3 9x

Σήκαηα Β Α Γ Γ Δ Λ Η Σ Ο Ι Κ Ο Ν Ο Μ Ο Υ Γ Ι Α Λ Δ Ξ Η - ( 2 ) ΕΙΣΑΓΨΓΗ ΣΤΙΣ ΤΗΛΕΠΙΚΟΙΝΨΝΙΕΣ

(Ενδεικηικές Απανηήζεις) ΘΔΜΑ Α. Α1. Βιέπε απόδεημε Σει. 262, ζρνιηθνύ βηβιίνπ. Α2. Βιέπε νξηζκό Σει. 141, ζρνιηθνύ βηβιίνπ

ΓΔΧΜΔΣΡΙΑ ΓΙΑ ΟΛΤΜΠΙΑΓΔ

Ανάπηςξη Δθαπμογών ζε Ππογπαμμαηιζηικό Πεπιβάλλον

ΜΑΘΗΜΑΣΑ ΦΩΣΟΓΡΑΦΙΑ. Εισαγωγή στη Φωτογραυία. Χριζηάκης Σαζεΐδης - EFIAP

ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ ΑΛΓΕΒΡΑ Α ΛΥΚΕΙΟΥ. 1. Να ιπζνύλ ηα ζπζηήκαηα. 1 0,3x 0,1y x 3 3x 4y 2 4x 2y ( x 1) 6( y 1) (i) (ii)

Δξγαζηεξηαθή άζθεζε 03. Σηεξενγξαθηθή πξνβνιή ζην δίθηπν Wulf

Η επιζκόπηζη ηης έμμιζθης ενηολής ζηην Αλλοδαπή. Καηεξίλα Γαιαλνπνύινπ, Intellectual Property Manager, Microsoft Ειιάο Α.Ε.

ΔΙΑΓΩΝΙΣΜΑ ΣΤΗ ΦΥΣΙΚΗ. Ύλη: Εσθύγραμμη Κίνηζη

Οδηγίες τρήζης για λειηοσργία μεηαθοράς καναλιών ζε υηθιακό δέκηη OST-7060 HD

ΘΔΚΑ ΡΖΠ ΑΛΑΓΛΩΟΗΠΖΠ

Οργάνωση και Δομή Παρουσιάσεων

Φςζική Πποζαναηολιζμού Γ Λςκείος. Αζκήζειρ Ταλανηώζειρ 1 ο Φςλλάδιο

Δσζμενές διαηαρατές και Ονομαζηικό-πραγμαηικό επιηόκιο

ΠΑΝΔΛΛΑΓΗΚΔ ΔΞΔΣΑΔΗ Γ ΣΑΞΖ ΖΜΔΡΖΗΟΤ ΓΔΝΗΚΟΤ ΛΤΚΔΗΟΤ ΚΑΗ ΔΠΑΛ ΣΔΣΑΡΣΖ 25 ΜΑΨΟΤ 2016 ΔΞΔΣΑΕΟΜΔΝΟ ΜΑΘΖΜΑ: ΑΡΥΔ ΟΗΚΟΝΟΜΗΚΖ ΘΔΧΡΗΑ ΠΡΟΑΝΑΣΟΛΗΜΟΤ - ΔΠΗΛΟΓΖ

ΔΝΓΔΙΚΣΙΚΔ ΛΤΔΙ ΣΑ ΜΑΘΗΜΑΣΙΚΑ ΠΡΟΑΝΑΣΟΛΙΜΟΤ 2017

Διαηιμήζεις για Αιολικά Πάρκα. Κώδικες 28, 78 και 84

(γ) Να βξεζεί ε ρξνλνεμαξηώκελε πηζαλόηεηα κέηξεζεο ηεο ζεηηθήο ηδηνηηκήο ηνπ ηειεζηή W.

ΠΑΝΕΛΛΑΔΙΚΕ ΕΞΕΣΑΕΙ Γ ΣΑΞΗ ΗΜΕΡΗΙΟΤ ΓΕΝΙΚΟΤ ΛΤΚΕΙΟΤ & ΠΑΝΕΛΛΗΝΙΕ ΕΞΕΣΑΕΙ Γ ΣΑΞΗ ΗΜΕΡΗΙΟΤ ΕΠΑΛ (ΟΜΑΔΑ Β )

Πνηα λνκίδεηο όηη ζα είλαη ε ζπλνιηθή αληίζηαζε κηαο ζπλδεζκνινγίαο δύν αληηζηαηώλ ζπλδεδεκέλεο ζε ζεηξά; Γηαηί;...

ΣΕΙ Δυτικήσ Μακεδονίασ, Παράρτημα Καςτοριάσ Τμήμα Πληροφορικήσ και Τεχνολογίασ Υπολογιςτών

ΣΔΙ ΔΡΡΩΝ ΣΜΗΜΑ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΚΑΙ ΔΠΙΚΟΙΝΩΝΙΩΝ ΔΞΔΣΑΗ ΣΟ ΜΑΘΗΜΑ «ΑΝΑΓΝΩΡΙΗ ΠΡΟΣΤΠΩΝ ΝΔΤΡΩΝΙΚΑ ΓΙΚΣΤΑ» ΠΑ. 7 ΔΠΣΔΜΒΡΙΟΤ 2012

B-Δέλδξα. Τα B-δέλδξα ρξεζηκνπνηνύληαη γηα ηε αλαπαξάζηαζε πνιύ κεγάισλ ιεμηθώλ πνπ είλαη απνζεθεπκέλα ζην δίζθν.

Transcript:

IMAGE-PRO Ποζοηική ανάλςζη ζςνενηοπιζμού θθοπιοσπυμάηυν Quantitative colocalization analysis Η αλάιπζε ζπλεληνπηζκνύ ζε πνιπρξσκαηηθέο εηθόλεο κηθξνζθνπίαο θζνξηζκνύ βαζίδεηαη ζηελ κειέηε παξνπζίαο ζήκαηνο δηαθνξεηηθνύ θζνξηζκνύ ζην ίδην pixel ηεο ςεθηαθήο εηθόλαο. Θα πξέπεη λα ιακβάλεηαη ππ νςηλ όηη ε επηβεβαίσζε ζπλεληόπηζεο ησλ αληηγόλσλ πνπ καο ελδηαθέξνπλ δελ απνηειεί απόδεημε ηεο ιεηηνπξγηθήο ηνπο ζρέζεο. Γηα παξάδεηγκα ε ζπλεληόπηζε πξάζηλνπ θαη θόθθηλνπ θζνξηζκνύ πνπ πξνέξρεηαη από ζήκαλζε δηαθνξεηηθώλ αληηγόλσλ αληρλεύεηαη κε 3 εηθόλεο. 1) κηα κε θζνξηζκό ζην θόθθηλν, 2) κηα κε θζνξηζκό ζην πξάζηλν θαη 3) κηα ζπλδπαζκέλε, όπνπ ηα επηθαιππηόκελα pixels θαίλνληαη θίηξηλα. Τν ινγηζκηθό πνπ ρξεζηκνπνηνύκε ππνινγίδεη πνζνηηθά ην βαζκό ζπλεληόπηζεο, εθαξκόδνληαο αιγόξηζκνπο ζηελ πεξηνρή ελδηαθέξνληνο (ROI=region of interest) θαη παξάγεη έλαλ αξηζκό ζπληειεζηώλ. Η θαηαλνκή ησλ pixels κπνξεί λα νπηηθνπνηεζεί ζε 2D ζθεδαζηηθό δηάγξακκα (εηθόλα 1). Εικόνα 1. Παξαδείγκαηα ησλ ζθεδαζηηθώλ δηαγξακκάησλ πνπ πξνέξρνληαη από ην ινγηζκηθό αλάιπζεο ζπλεληόπηζεο θαη δείρλνπλ ηηο δηαθνξέο ζηελ θαηαλνκή ησλ pixels ζηηο εηθόλεο πνπ κειεηήζεθαλ (A C). Τν επηιεγκέλν δεπγάξη ήηαλ θόθθηλν-πξάζηλν. Τα επηθαιππηόκελα θίηξηλα pixels βξίζθνληαη ζηε δηαγώλην. Σην δηάγξακκα C παξαηεξείηαη ν κηθξόηεξνο βαζκόο ζπλεληόπηζεο. 1

Ππακηικέρ οδηγίερ για μελέηερ ζςνενηόπιζηρ 1. Συζηή εηοιμαζία ηος δείγμαηορ ζηο οποίο επιθςμούμε να μελεηήζοςμε πιθανή ζςνενηόπιζη δύο ανηιγόνυν: - Πξνζνρή ώζηε ηα επηιεγκέλα θζνξηνρξώκαηα πνπ ρξεζηκνπνηνύκε λα έρνπλ θαιά δηαρσξηζκέλα θάζκαηα εθπνκπήο θαη απνξξόθεζεο. - Χξήζε αληηζσκάησλ κε πςειή εηδηθόηεηα γηα ηα ζπγθεθξηκέλα αληηγόλα θαη απνπζία cross reactivity. - Σηαζεξή ρξήζε πιηθνύ ζηαζεξνπνίεζεο (mounting) (π.ρ. Μowiol, cityfluor etc) ζηα δείγκαηά καο, θαζώο κπνξεί αιιαγή ηνπ πιηθνύ λα επεξεάζεη ην επίπεδν ηνπ background θζνξηζκνύ. - Καζνξηζκόο ηνπ πνζνζηνύ ηνπ απηνθζνξηζκνύ, κε ρξήζε κε ζεκαζκέλσλ δεηγκάησλ σο κάξηπξεο. 2. Συζηή λήτη και επεξεπγαζία εικόνυν: -Θα πξέπεη λα απνθεύγεηαη ε ιήςε εηθόλσλ κε έληνλν θζνξηζκό ή πςειό contrast, θαζώο απηό κπνξεί λα νδεγήζεη ζε θνξεζκό ηνπ ζήκαηνο. - Να απνθεύγεηαη ε ηαπηόρξνλε ιήςε εηθόλσλ, αιιά ε ρξήζε ηνπ sequential scanning. Απηό βνεζά λα ειαρηζηνπνηεζεί ην bleed-through effect. - Καηά ηελ απνζήθεπζε ηεο εηθόλαο, λα επηιέγνπκε ην TIFF format (απνζήθεπζε ζαλ JPEG, PICT, BMP, νδεγεί ζε απώιεηα δεδνκέλσλ ηεο ςεθηαθήο εηθόλαο) - Να απνθεύγεηαη πξηλ ηε κειέηε ηεο ζπλεληόπηζεο, ε επεμεξγαζία ηεο εηθόλαο κε πξνγξάκκαηα όπσο ην Adobe Photoshop. 3. Πεπιοπιζμοί ζηιρ εικόνερ πος ζςλλέγοςμε με ηο μικποζκόπιο και η ζημαζία ηηρ διόπθυζηρ ηος Background: Τν πξόβιεκα θαηά ηε ιήςε ηεο εηθόλαο είλαη όηη ζπρλά κπνξεί λα ππάξρεη πςειόο ζόξπβνο (background), πνπ λα θηάλεη έσο θαη ην 30% ηεο κέγηζηεο έληαζεο θζνξηζκνύ. Γηα ην ιόγν απηό, πξηλ γίλνπλ νη κεηξήζεηο γηα ηε ζπλεληόπηζε πξέπεη λα δηνξζσζεί ν ζόξπβνο ησλ εηθόλσλ. Αλ νη εηθόλεο έρνπλ ιεθζεί κε ην Olympus Cell R ζύζηεκα, ην ινγηζκηθό Cell R παξέρεη ηε δπλαηόηεηα αθαίξεζεο/δηόξζσζεο ηνπ background. Τν βήκα απηό είλαη πνιύ ζεκαληηθό θαη επεξεάδεη ζε κεγάιν βαζκό ην απνηέιεζκα ηνπ ππνινγηζκνύ ησλ ζπληειεζηώλ ζπλεληόπηζεο. 4. Σημαζία ηηρ μείυζηρ ηηρ επικάλςτηρ (Cross-talk) ηυν θαζμάηυν ηυν θθοπιοσπυμάηυν: Έλα εκπόδην ζηνλ αμηόπηζην ππνινγηζκό ζπληειεζηώλ ζπλεληόπηζεο είλαη ε επηθάιπςε ησλ θαζκάησλ ησλ θζνξηνρξσκάησλ. Απηό κπνξεί λα κεησζεί κε εθαξκνγή sequential laser scanning ζην ζπλεζηηαθό κηθξνζθόπην. Τν Sequential scanning βνεζά ζηε κείσζε ηεο επηθάιπςεο κε δηέγεξζε θάζε ρξσζηηθήο ρσξηζηά. 2

Σηελ πεξίπησζε πνπ έρνπκε ζπιιέμεη εηθόλεο κε κηθξνζθνπία θζνξηζκνύ επξέσο πεδίνπ, κπνξνύκε λα εθαξκόζνπκε ην ινγηζκηθό γηα Φαζκαηνζθνπηθό δηαρσξηζκό θζνξηδνπζώλ νπζηώλ (Spectral unmixing). 5. Σςνηελεζηέρ πος σπηζιμοποιούνηαι για ηην εκηίμηζη ηηρ ζςνενηόπιζηρ: Η ζπλεληόπηζε δύν θζνξηνρξσκάησλ κπνξεί λα αμηνινγεζεί πνζνηηθά ρξεζηκνπνηώληαο αιγόξηζκνπο, πνπ ππνινγίδνπλ ηνπο εμήο ζπληειεζηέο: Pearson s correlation, Manders overlap, ζπλεληόπηζεο m1 θαη m2, ζπλεληόπηζεο M1 θαη M2, overlap k1 θαη k2 Οη ζπληειεζηέο απηνί ρξεζηκνπνηνύλ δηαθνξεηηθέο πξνζεγγίζεηο γηα λα ππνινγίζνπλ ηε ζπλεληόπηζε θαη έρνπλ δηαθνξεηηθή επαηζζεζία θαη εθαξκνγή. Ο ζςνηελεζηήρ ζςζσέηιζηρ Pearson (Pearson s correlation) είλαη έλαο από ηνπο πην ζπρλά ρξεζηκνπνηνύκελνπο αιγόξηζκνπο γηα λα πεξηγξάςεη ηε ζπζρέηηζε θαηαλνκήο ηεο έληαζεο θζνξηζκνύ ζε δηαθνξεηηθά θαλάιηα (channels). Οη ηηκέο πνπ παίξλνπκε γηα ηνλ ζπληειεζηή απηό θπκαίλνληαη κεηαμύ 1.0 θαη 1.0, όπνπ ην 0 δελ δείρλεη ζεκαληηθή ζπζρέηηζε, θαη ην 1.0 δείρλεη πιήξσο αξλεηηθή ζπζρέηηζε. Εληνύηνηο, νη αξλεηηθέο ηηκέο ζην Pearson s correlation coefficient, ζα πξέπεη λα εξκελεύνληαη πνιύ πξνζεθηηθά. Εάλ ε ηηκή ζην Pearson s correlation coefficient είλαη >0, θαιό ζα ήηαλ λα ρξεζηκνπνηήζνπκε ην Manders overlap coefficient γηα ηελ αμηνιόγεζε ησλ απνηειεζκάησλ καο. Ο ζςνηελεζηήρ Manders overlap δείρλεη ηελ επηθάιπςε ησλ ζεκάησλ θαη επνκέλσο αληηπξνζσπεύεη ηνλ αιεζηλό βαζκό ηεο ζπλεληόπηζεο. Οη ηηκέο θπκαίλνληαη από 0 εσο 1.0. Εάλ κηα εηθόλα έρεη ζπληειεζηή Manders overlap 0.5, απηό δείρλεη όηη ην 50% ησλ pixels επηθαιύπηνληαη. Μία ηηκή 0 ζεκαίλεη όηη δελ ππάξρνπλ επηθαιππηόκελα pixels. Οι ζςνηελεζηέρ ζςνενηόπιζηρ m1 και m2 πεξηγξάθνπλ ηε ζπλεηζθνξά θαζελόο από ηα δύν επηιεγκέλα θζνξηνρξώκαηα (channels) ζηα pixels πνπ καο ελδηαθέξνπλ. Γηα παξάδεηγκα, εάλ ην θόθθηλν-πξάζηλν δεύγνο θαλαιηώλ είλαη επηιεγκέλν θαη ηα m1 θαη m2 είλαη 1.0 θαη 0.2, αληίζηνηρα, απηό ζεκαίλεη όηη όια ηα θόθθηλα pixels ζπλεληνπίδνληαη κε ηα πξάζηλα pixels, αιιά κόλν ην 20% ησλ πξάζηλσλ pixels ζπλεληνπίδνληαη κε ηα θόθθηλα. Η ηηκή 1.0 θαη γηα ηα δύν θαλάιηα ππνδεηθλύεη ηέιεηα ζπλεληόπηζε. Οι ζςνηελεζηέρ ζςνενηόπιζηρ Μ1 και Μ2 είλαη παλνκνηόηππνη κε ηα m1 θαη m2, αιιά εθαξκόδνληαη γηα ηελ αλάιπζε ζθεδαζηηθώλ δηαγξακκάησλ (scatter gram ROI): Οι ζςνηελεζηέρ overlap k1 και k2 δηαρσξίδνπλ ηελ ηηκή ηεο ζπλεληόπηζεο ζε έλα δεύγνο μερσξηζηώλ παξακέηξσλ. Εμαξηώληαη από ηε ζπλνιηθή έληαζε ηνπ θζνξηζκνύ ζηα δύν θαλάιηα θαη είλαη επαίζζεηνη ζε δηαθνξέο ζηελ έληαζε ησλ ζεκάησλ. 3

ΣΥΝΟΠΤΙΚΑ ΣΦΕΤΙΚΑ ΜΕ ΤΟΥΣ ΣΥΝΤΕΛΕΣΤΕΣ ΣΥΝΕΝΤΟΠΙΣΗΣ Σηνλ πίλαθα θαίλεηαη ε ζύγθξηζε ησλ ζπληειεζηώλ. Σηηο πεξηζζόηεξεο πεξηπηώζεηο, ν ζπληειεζηήο Pearson s correlation δίλεη θαιά απνηειέζκαηα. Εληνύηνηο, εάλ ην έλα αληηγόλν έρεη ζεκάλεη θαιύηεξα από ην άιιν, ηόηε ζα πξέπεη λα ρξεζηκνπνηεζεί ν ζπληειεζηήο Manders overlap. Π.ρ. κπνξεί ν ζπληειεζηήο Pearson λα είλαη 0.88, ν ζπληειεζηήο Manders λα είλαη 0.92, νη ζπληειεζηέο ζπλεληόπηζεο m1 θαη m2 λα είλαη 0.97 θαη 0.99, αληίζηνηρα, θαη νη ζπληειεζηέο overlap k1 θαη k2 λα είλαη 1.24 θαη 0.68, αληίζηνηρα. Απηά ηα πνζνζηά δείρλνπλ όηη ππάξρεη ζπλεληόπηζε. (Zinchuk V. et al, 2007) 4

ΙMAGE-PRO: 1. Υπολογιζμόρ ηυν ζςνηελεζηών ζςνενηόπιζηρ (Colocalization co-efficients) Δηπιό θιηθ ζην image-pro plus ζην desktop File open αλνίγνπκε ηελ εηθόλα Window hide/show tool bar Επηιέγνπκε είηε νιόθιεξε ηελ εηθόλα είηε θάπνην από ηα AOI (area of interest) π.ρ. Irregular AOI Measure co-localisation αλνίγεη ην παξάζπξν co-localisation analysis. Τν παξάζπξν πεξηέρεη ηηο εμήο επηινγέο: 1. CREATE GRAY CO-LOCALISATION WITH FREQUENCIES 2. CREATE COLOR CO LOCALISATION 3. CREATE 3-D VIEW OF COLOR CO-LOCALISATION 4. CALCULATE CORRELATION BETWEEN IMAGES Μπνξνύκε λα επηιέμνπκε ην CREATE COLOR CO LOCALISATION, νπόηε εκθαλίδνληαη ζθεδαζηηθά δηαγξάκκαηα Όποια επιλογή και αν διαλέξοςμε, ςπολογίζονηαι οι ηιμέρ ηυν ζςνηελεζηών: Pearson's correlation Rr Overlap coefficient/ Manders overlap Overlap coefficient k1 Overlap coefficient k2 Co-localization (ch2>0) m1 Co-localization (ch1>0) m2 Co-localization (ch2 within AOI) M1 Co-localization (ch1 within AOI) M2 R 5

2. Εθαπμογή για ςπολογιζμό ζςνενηόπιζηρ ζε σπώζη διπλού θθοπιζμού (co-localisation in double fluorescence staining) Δηπιό θιηθ ζην image-pro plus ζην desktop pasteur fluro colocalisation image per sheet (δίλεη όια ηα colocalisation ratios ζε έλα θύιιν ζην excel). Επίζεο, ππάξρεη θαη ε επηινγή image in a sheet, ζηελ νπνία κπαίλνπλ ηα απνηειέζκαηα ηεο θάζε εηθόλαο ζε έλα αξρείν Εxcel. fluoro colocalise activate load δηαιέγνπκε ην αξρείν κε ηελ θσηνγξαθία θαη ην αλνίγνπκε active spatial calibration πρ. 63x θαθόο, 1024 pixel ok continue δηαιέγνπκε π.σ. ην red signal assign θηηάρλνπκε ηα όξηα κέρξη λα θπθιώζεη όιεο ηηο πεξηνρέο πνπ καο ελδηαθέξνπλ continue δηαιέγνπκε π.σ. ην blue signal assign θηηάρλνπκε ηα όξηα κέρξη λα θπθιώζεη όιεο ηηο πεξηνρέο πνπ καο ελδηαθέξνπλ continue από ηελ εληνιή draw/merge, επηιέγνπκε ζε πνην θαλάιη ζα γίλεη ην draw/merge. Με αξηζηεξό θιηθ θηηάρλνπκε ην ζρήκα (ηελ πεξηνρή πνπ καο ελδηαθέξεη) θαη κε δεμί θιηθ θιείλνπκε ην ζρήκα ok Co-Localise save data Σηε ζπλέρεηα, αλνίγεη απηόκαηα έλα excel. Σην excel αλνίγνπκε ην θύιιν Ipp Co-localise. Εθεί θαίλνληαη ηα εμήο απνηειέζκαηα κε πνζνζηά % co-localisation: - Green in red - Blue in red - Red in green - Blue in green - Red in blue - Green in blue 6