Ανάπτυξη Mοριακών Tεχνικών Real-Time PCR για την Aνίχνευση Eντεροαιμορραγικών Στελεχών E. coli, Campylobacter jejuni και Salmonella spp.



Σχετικά έγγραφα
ΤΡΟΦΟΓΕΝΕΙΣ ΑΣΘΕΝΕΙΕΣ

Ο ρόλος και η σημασία των μοριακών τεχνικών στον έλεγχο των. μικροβιολογικών παραμέτρων σε περιβαλλοντικά δείγματα για την προστασία

ΕΠΙΔΗΜΙΟΛΟΓΙΑ ΥΔΑΤΟΓΕΝΩΝ ΚΑΙ ΤΡΟΦΙΜΟΓΕΝΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ ΧΡ. ΖΗΛΙΔΗΣ ΗΜΕΡΙΔΑ ELQA

Διερεύνηση μιας υδατογενούς ή τροφικής επιδημικής έκρηξης

ΤΡΟΦΟΓΕΝΕΙΣ ΑΣΘΕΝΕΙΕΣ

Τμήμα Επιδημιολογικής Επιτήρησης και Παρέμβασης

Προέλευση πόσιμου νερού

ΧΡΗΣΗ ΜΟΡΙΑΚΩΝ ΜΕΘΟΔΩΝ ΣΕ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΠΟΙΟΤΗΤΑΣ ΝΕΡΟΥ

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)

Μικροβιολογική Ποιότητα Υδάτων και Δημόσια Υγεία

Α. Βανταράκης Πρόεδρος Εταιρείας Μελέτης Μικροβιολογικής Ποιότητας Υδάτων ( Επικ. Καθηγητής Υγιεινής Μον.

ΚΡΟΥΣΜΑΤΑ ΤΥΦΟΕΙΔΗ ΠΥΡΕΤΟΥ/ΠΑΡΑΤΥΦΟΥ ΣΧΕΤΙΖΟΜΕΝΑ ΜΕ ΤΑΞΙΔΙ ΣΕ ΕΝΔΗΜΙΚΕΣ ΧΩΡΕΣ, ΕΛΛΑΔΑ,

Παθογόνοι μικροοργανισμοί και Τροφικές ασθένειες

ΑΝΑΘΕΩΡΗΣΗ ΤΗΣ EN ISO 6579

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟΥ ΥΓΙΕΙΝΗΣ & ΕΠΙΔΗΜΙΟΛΟΓΙΑΣ

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ

ΜΕΘΟΔΟΙ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗΣ ΚΑΙ ΑΡΙΘΜΗΣΗΣ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΠΟΥ ΒΡΙΣΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΧΑΜΗΛΟ ΠΛΗΘΥΣΜΟ ΣΤΑ ΤΡΟΦΙΜΑ

Κίνδυνοι της υγείας από νερά ύδρευσης. Αθηνά Μαυρίδου Καθ. Μικροβιολογίας ΤΕΙ Αθήνας

Πρόγραμμα Παρακολούθησης της Αντοχής στις Αντιμικροβιακές Ουσίες Ζωονοσογόνων & Συμβιωτικών Βακτηρίων του ΥΠΑΑΤ, για τα έτη

ΗΜΕΡΙΔΑ «Ολοκληρωμένη Περιβαλλοντική Διαχείριση Κτηνοτροφικών Αποβλήτων»

ΚΕΝΤΡΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΑΙ ΠΡΟΛΗΨΗΣ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ. Τμήμα Επιδημιολογικής Επιτήρησης και Παρέμβασης

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ. Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου Θεσσαλίας

Μονοφασική S. Typhimurium Δεδομένα Κτηνιατρικού Εργαστηρίου

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΔΙΚΤΥΟΥ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΩΝ ΔΗΜΟΣΙΑΣ ΥΓΕΙΑΣ - ΔΙΑΠΙΣΤΕΥΜΕΝΕΣ. Είδος Δείγματος Εξεταζόμενη παράμετρος Μέθοδος Πρότυπο

Shellfish-borne Viral Outbreaks: A Systematic Review

ΚΕΝΤΡΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΑΙ ΠΡΟΛΗΨΗΣ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ

Μικροβιολογικός έλεγχος νερού Άσκηση 3η

Aνίχνευση του στρεπτοκόκκου ομάδας Β σε έγκυες γυναίκες: Καλλιέργεια, ή PCR;

ΝΕΕΣ MΟΡΙΑΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΥΠΟΠΟΙΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΠΡΟΣ ΛΥΣΗ ΚΕΦ. 1ο

ΤΟ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΟΝ ΕΛΕΓΧΟ ΤΩΝ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ

Εργαστηριακές Δοκιμασίες που πραγματοποιούνται στο Π.Ε.Δ.Υ Κρήτης.

Κύριες ασθένειες υδατογενούς προέλευσης και υπεύθυνοι μικροοργανισμοί

Γ.Ν.Α «Ο ΕΥΑΓΓΕΛΙΣΜΟΣ- ΟΦΘΑΛΜΙΑΤΡΕΙΟ ΑΘΗΝΩΝ ΠΟΛΥΚΛΙΝΙΚΗ» ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟΥ ΤΜΗΜΑΤΟΣ - ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗΣ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ. ΘΕΟΔΩΡΟ ΝΙΑΡΧΑΚΟ (Διευθυντή Πωλήσεων)


ΜΕΛΕΤΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΧΛΩΡΙ ΑΣ ΝΩΠΟΥ ΠΡΟΒΕΙΟΥ ΓΑΛΑΚΤΟΣ ΚΑΙ ΣΥΣΧΕΤΙΣΗ ΤΗΣ ΜΕ ΤΗΝ ΥΓΙΕΙΝΗ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΟΙΟΤΗΤΑ ΤΟΥ

Mικροβιολογία του νερού Χαρακτηριστικά βακτηρίων. Μ. ΑΡΒΑΝΙΤΙΔΟΥ-ΒΑΓΙΩΝΑ Καθηγήτρια Ιατρικής Σχολής, ΑΠΘ

Η επίδραση της ομαδοποίησης δειγμάτων κρέατος πουλερικών στην ανίχνευση Salmonella

Επίσημη Εφημερίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης L 68/19

ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΗΜΟΚΡΑΤΙΑ ΥΠΟΥΡΓΕΙΟ ΑΓΡΟΤΙΚΗΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ ΚΑΙ ΤΡΟΦΙΜΩΝ /ΝΣΗ ΚΤΗΝΙΑΤΡΙΚΗΣ ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ ΓΕΩΤΕ ΚΕΝΤΡΙΚΗΣ ΜΑΚΕ ΟΝΙΑΣ

Ερμηνεία αποτελεσμάτων για μικροβιολογικές παραμέτρους και διορθωτικές ενέργειες

Εργαστηριακή ιάγνωση Γρίπης Μοριακή διάγνωση ή όχι?

CASE STUDY: ΕΠΙΔΗΜΙΑ ΓΑΣΤΡΕΝΤΕΡΙΤΙΔΑΣ ΣΕ ΧΩΡΙΟ ΤΗΣ ΟΡΕΙΝΗΣ ΑΧΑΙΑΣ

Επίσηµη Εφηµερίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης

6/6/2017: Ιογενείς & Μικροβιακές Γαστρεντερίτιδες

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Π.Ε.Δ.Υ. ΚΡΗΤΗΣ

Παγκυτταροπενία και ηπατοσπληνομεγαλία. προ 6μηνου. Παπαποστόλου Ανδρονίκη

εργαστηριακό έλεγχο Κατσιαφλάκα Άννα Βιοπαθολόγος,Msc Επικ. Επιμελήτρια Β Εργαστήριο Υγιεινής κι Επιδημιολογίας

Κιτ artus HBV QS-RGQ. Χαρακτηριστικά απόδοσης. Μάιος Sample & Assay Technologies. Αναλυτική ευαισθησία πλάσμα

ΔΕΛΤΙΟ ΤΥΠΟΥ Η ΝΕΑ ΓΡΙΠΗ ΤΩΝ ΧΟΙΡΩΝ

Λοιμώδης Διάρροια (( Υπεύθυνος: Γ Πετρίκκος, Συνεργάτης:Σ Τσιόδρας)

ΣΤΡΟΓΓΥΛΗ ΤΡΑΠΕΖΑ. Πρόληψη λοιμώξεων γαστρεντερικού συστήματος

ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ & ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ

Επιδημιολογία Λοιμώξεων Βασικά στοιχεία. Ιωσήφ Παπαπαρασκευάς Εργαστήριο Μικροβιολογίας Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

ΙΖΗΜΑΤΙΝΟΑΝΤΙΔΡΑΣΕΙΣ

Εισαγωγή στη Real Time PCR. Καραπέτσας Θανάσης PhD, MSc

ISO/TS :2012 Kαταμέτρηση Salmonella spp μέθοδος mini MPN

ΙΖΗΜΑΤΙΝΟΑΝΤΙΔΡΑΣΕΙΣ

7. Βιοτεχνολογία. α) η διαθεσιμότητα θρεπτικών συστατικών στο θρεπτικό υλικό, β) το ph, γ) το Ο 2 και δ) η θερμοκρασία.

Εργαστηριακή καλλιέργεια μικροοργανισμών

Η εκτροφή προβάτων στη νήσο: αξιόλογη οικονοµική δραστηριότητα δυνατότητες ανάπτυξης

Γιάννης Δρακόπουλος 1 ΓΕΝΙΚΟ ΛΥΚΕΙΟ ΝΕΑΣ ΚΑΛΛΙΚΡΑΤΕΙΑΣ Γ ΛΥΚΕΙΟΥ - ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΓΕΝΙΚΗΣ ΠΑΙΔΕΙΑΣ. ΚΕΦ.1.3 ΘΕΜΑΤΑ (ομάδα Δ)

Νοσήματα στον άνθρωπο που σχετίζονται με την μη υγιεινή διαχείριση των ζωικών αποβλήτων

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗΣ ΑΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΣΗ ΓΝΩΣΕΩΝ ΑΠΟΦΟΙΤΩΝ ΑΕΙ (ΠΕΓΑ)

ΚΑΝΟΝΙΣΜΟΣ (ΕΕ) /... ΤΗΣ ΕΠΙΤΡΟΠΗΣ. της

ΠΑΡΕΧΟΜΕΝΕΣ ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ Κ.Ε.Δ.Υ.

Αρχές μοριακής παθολογίας. Α. Αρμακόλας Αν. Καθηγητής Ιατρική Σχολή ΕΚΠΑ

Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Η απαρίθμηση του μικροβιακού πληθυσμού στα τρόφιμα

ΟΝΟΜΑΤΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΩΝ

QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit

Τμήμα Επιδημιολογικής Επιτήρησης και Παρέμβασης

ΒΙΟΛΟΓΙΚΟΙ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΥΠΟΒΑΘΜΙΣΗΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ - 3

Οι νέες τεχνολογίες στο σύγχρονο κλινικό εργαστήριο- Diagnostic stewardship

ΓΕΝΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ. Μαντώ Κυριακού 2015

ΝΟΣΟΣ MAREK (MAREK s DISEASE)

(Πίκρισμα. αγγουριού)

Εντεροβακτηριοειδή. Salmonella-Shigella

Είδος μικροοργανισμού και αληθής βακτηριαιμία

ΔIAΛEΞΗ 8 ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΙΣ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΠΟΙΚΙΛΟΤΗΤΑ ΣΤΑ ΒΑΚΤΗΡΙΑ

ΔΙΑΘΕΣΗ ΣΤΕΡΕΩΝ ΚΑΙ ΥΓΡΩΝ ΑΠΟΒΛΗΤΩΝ ΣΤΟ ΓΕΩΛΟΓΙΚΟ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ

Γιατί πρέπει να τηρηθούν ιδιαίτερα μέτρα προφύλαξης;

Επιδημιολογική μελέτη Ευρωπαϊκή Ένωση 6,1-9,9 % των νοσηλευομένων ασθενών έχουν ενδονοσοκομειακή λοίμωξη

ΓΕΝΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ

Εβδομαδιαία Έκθεση επιδημιολογικής επιτήρησης σε σημεία φροντίδας υγείας προσφύγων/μεταναστών

ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ ΠΙΝΑΚΑΣ ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΩΝ ΠΤΥΧΙΑΚΩΝ

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

Εβδομαδιαία Έκθεση επιδημιολογικής επιτήρησης σε σημεία φροντίδας υγείας προσφύγων/μεταναστών

ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ ΤΡΟΦΙΜΩΝ

Τμήμα Επιδημιολογικής Επιτήρησης και Παρέμβασης

ΕΡΓΑΣΗΡΙΑΚΕ ΜΕΘΟΔΟΙ ΓΙΑ ΣΙ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΕ ΠΑΡΑΜΕΣΡΟΤ ΚΑΙ ΣΗ ΛΕΓΕΩΝΕΛΛΑ

Υπόµνηση σύµφωνα µε τη διάταξη του άρθρου 43, παρ.1 Αρ.1 του Νόµου περί προστασίας από τις λοιµώξεις (IfSG)

Έρευνα: Aκατάλληλες παραλίες και πόσιμο νερό σε Αίγινα και Αγκίστρι ΔΕΛΤΙΟ ΤΥΠΟΥ 157/07/07/2016

ΚΕΝΤΡΟ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΑΙ ΠΡΟΛΗΨΗΣ ΝΟΣΗΜΑΤΩΝ ΥΠΟΥΡΓΕΙΟ ΥΓΕΙΑΣ ΚΑΙ ΚΟΙΝΩΝΙΚΗΣ ΑΛΛΗΛΕΓΓΥΗΣ ΙΟΓΕΝΗΣ ΓΑΣΤΡΕΝΤΕΡΙΤΙΔΑ: ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ & ΑΠΑΝΤΗΣΕΙΣ ΓΙΑ ΤΟ ΚΟΙΝΟ

Μελέτη βιολογικής δράσης σε ουσίες που περιέχονται σε εκχυλίσµατα από ελληνικές ποικιλίες σταφυλιών

ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ ΔΙΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΩΝ ΔΟΚΙΜΩΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗΣ ΣΑΛΜΟΝΕΛΛΩΝ ANNEX D ISO 6579:2002 PT 0088 SALMONELLA IN POULTRY VLA / VETQAS

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι Εργαστήριο

Δ. Ιακωβίδης. Πνευμονολόγος Aν. Διευθυντής Μονάδα επεμβατικής Πνευμονολογίας Γ.Π.Ν. «Γ. Παπανικολάου

Μικροβιολογία Τροφίμων Ι

Βακτήρια που Προκαλούν Τροφικές Δηλητηριάσεις

ΔΕΛΤΙΟ ΤΥΠΟΥ 215/ ΚΑΤΑΛΛΗΛΑ ΚΑΙ ΑΚΑΤΑΛΛΗΛΑ ΝΕΡΑ ΚΟΛΥΜΒΗΣΗΣ ΣΕ ΛΙΜΝΗ ΒΟΥΛΙΑΓΜΕΝΗΣ - ΠΕΙΡΑΙΑ - ΑΛΕΠΟΧΩΡΙ- ΠΟΡΤΟ ΓΕΡΜΕΝΟ - ΨΑΘΑ

Transcript:

Ανάπτυξη Mοριακών Tεχνικών Real-Time PCR για την Aνίχνευση Eντεροαιμορραγικών Στελεχών E. coli, Campylobacter jejuni και Salmonella spp. 5 ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ιατρικής Βιοπαθολογίας

Η εφαρμογή μοριακών τεχνικών στην ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών Η ταυτοποίηση ενός μικροοργανισμού παραδοσιακά βασιζόταν σε πολύπλοκες, χρονοβόρες και όχι πάντοτε ακριβείς διαδικασίες καλλιέργειας, εμπλουτισμού και βιοχημικών διεργασιών. Η μεταγονιδιωματική (post-genomic) εποχή Η αποκωδικοποίηση του γoνιδιώματος πολλών παθογόνων μικροοργανισμών, σήμερα, εξασφαλίζει την δυνατότητα μοριακής ταυτοποίησης κάθε είδους ή στελέχους με βάση τη γενετική του σύσταση.

Πρόβλεψη υδατογενών επιδημιών H ικανότητα ανίχνευσης παθογόνων μικροοργανισμών (Salmonella, E. Coli O157:H7 και Campylobacter jejuni) με μοριακές τεχνικές (real time-pcr) μπορεί να προβλέψει τις σοβαρές συνέπειες μιας υδατογενούς επιδημίας στον πληθυσμό. Η ικανότητα πρόβλεψης της παρουσίας ενός παθογόνου μικροοργανισμού, λίγες μόλις ώρες μετά την ολοκλήρωση μιας δειγματοληψίας, μπορεί να οδηγήσει στη λήψη έγκαιρων μέτρων προστασίας ενάντια στην εκδήλωση μιας επιδημίας.

Escherichia coli O157:H7 Εντεροαιμορραγικό στέλεχος Escherichia coli (ΕΗΕC). Προκαλεί σοβαρές εντερικές λοιμώξεις (αιμορραγικές κολίτιδες), διάρροια και υψηλό πυρετό. 2-7% περιστατικών υποτροπιάζει στο αιμολυτικόουραιμικό σύνδρομο (HUS). Προσβάλει κυρίως παιδιά κάτω των 5 ετών και ηλικιωμένους. Παράγει εντεροτοξίνες (Shiga-like τοξίνες, γονίδια stx1, stx2)

Escherichia coli O157:H7 ΕΤΟΣ ΠΕΡΙΟΧΗ ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΑ ΘΑΝΑΤΟΙ ΠΗΓΗ 1993 ΗΠΑ >700 4 Κρέας 1996 Ιαπωνία 6000 2 Παντζάρια 1999 Αγγλία 88 0 Γάλα 2000 Καναδάς 23000 7 Νερό 2005 Σουηδία 120 0 Μαρούλι

Salmonella spp. Gram αρνητικοί βάκιλοι, προκαλούν εντερικές λοιμώξεις. Είδη: Salmonella enterica (ή Salmonella choleraesuis), Salmonella bongori και Salmonella typhi Κατηγοριοποίηση σε 2000 υποείδη (ορότυποι) ανάλογα με τα σωματικά (Ο) ή βλεφαριδικά (Η) αντιγόνα τους με τη μέθοδο Kauffmann-White. Δυο διακριτές κατηγορίες: τα τυφοειδή είδη/ορότυποι (Salmonella typhi και S. Paratyphi) και τα υπόλοιπα μη τυφοειδή είδη.

Salmonella spp. Τα συμπτώματα της μη τυφοειδούς γαστρεντερίτιδας παρατηρούνται 6 έως 72 ώρες μετά την κατανάλωση μολυσμένου ύδατος ή τροφής. Χαρακτηρίζονται από ήπια διάρροια διάρκειας 3-5 ημερών, πυρετό και κοιλιακά άλγη. Ο τυφοειδής πυρετός πολύ σοβαρή νόσος με συχνά μοιραία κατάληξη. Υδατογενείς επιδημίες τυφοειδούς πυρετού με υψηλό δείκτη θνησιμότητας, έχουν σημειωθεί πολλές φορές στο παρελθόν, σε ολόκληρο τον πλανήτη.

Campylobacter jejuni Gram-αρνητικά, σπειροειδή, ραβδόμορφα, μαστιγοφόρα βακτηρίδια που απαιτούν μικροαερόφιλες συνθήκες ανάπτυξης. Αποτελούν μια από τις συχνότερες αιτίες γαστρεντερίτιδας στον κόσμο. Παρουσιάζουν σχετικά υψηλή μολυσματικότητα σε σχέση με άλλους παθογόνους μικροοργανισμούς (1000 βακτήρια αρκούν για να προκαλέσουν λοίμωξη). Οι περισσότερες συμπτωματικές λοιμώξεις συμβαίνουν στη βρεφική και πρώιμη παιδική ηλικία.

Campylobacter jejuni Τα κλινικά συμπτώματα της καμπυλοβακτηριδίωσης χαρακτηρίζονται από κοιλιακό άλγος, διάρροια, εμετό, ρίγος και πυρετό. 5-10 % των περιπτώσεων προκαλούνται υποτροπές με συνέπειες αρθρίτιδα, μηνιγγίτιδα ή σύνδρομο Guillain Barré. Τα πουλερικά αποτελούν σημαντική φυσική δεξαμενή του μικροοργανισμού. Η παρουσία του Campylobacter jejuni στα επιφανειακά νερά, για το λόγο αυτό, εξαρτάται από την παρουσία υδρόβιων πτηνών στις δεξαμενές άντλησης πόσιμου ύδατος. Υδατογενείς επιδημίες καμπυλοβατηριδίωσης με υψηλό δείκτη επίπτωσης έχουν αναφερθεί πολλές φορές στο παρελθόν.

Ανάπτυξη πρωτοκόλλου real-time PCR για την ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών A. Καλλιέργεια μικροοργανισμών Για την καλλιέργεια των πρότυπων στελεχών των μικροοργανισμών χρησιμοποιήθηκαν δισκία (lenticules) και εκλεκτικά θρεπτικά υλικά. Salmonella spp.: SS-άγαρ, ΧLD-άγαρ (37 C/48 ώρες) E.Coli 0157:H7: Fluorocult άγαρ (37 C/24 ώρες) Campylobacter jejuni: mccda άγαρ (42 C/20 ώρες, μικροαερόβιες συνθήκες) Β. Αραιώσεις και καταμέτρηση αποικιών Για την ποσοτική ανάλυση των μικροοργανισμών χρησιμοποιήθηκαν υγρά καλλιεργητικά μέσα : Tryptic Soy Broth για E. Coli Ο157:H7, Petone Water για Salmonella spp. και Bolton Broth για Campylobacter jejuni. Διαδοχικές αραιώσεις (10-1 10-8 ) της 24ωρης καλλιέργειας επωάστηκαν, εκ νέου, στα στερεά καλλιεργητικά υλικά και έγινε καταμέτρηση των αποικιών (cfu/ml).

Γ. Απομόνωση DNA Πραγματοποιήθηκε απομόνωση DNA από τις αραιώσεις 10 1-10 8 cfu/ml με τη μέθοδο QIAamp (QIAGEN). o 1 ml καλλιέργειας φυγοκεντρήθηκε στις 14000 rpm για 5 λεπτά (SIGMA 4K15) και το ίζημα υποβλήθηκε στη διεργασία απομόνωσης βακτηριακού DNA o Το DNA φωτομετρήθηκε στα 260nm για ποσοτικό προσδιορισμό o Πραγματοποιήθηκε ηλεκτροφορhτική ανάλυση του γενωμικού DNA σε πηκτή αγαρόζης 0.8%.

Δ. Έλεγχος εκκινητών - συμβατική PCR Για την E. Coli O157:H7 χρησιμοποιήθηκαν οι εκκινητές 5 - GTAAGTTACACTATAAAGCACCGTCG-3 και 5 -TCTGTGTGGATGGTA ATAAATTTTTG-3, που είναι ειδικοί για το γονίδιο της ιντιμίνης (eaea) και δίνουν ένα προϊόν 106 ζευγαριών βάσεων (bp). Για την Salmonella spp. χρησιμοποιήθηκαν οι εκκινητές 5 -GTGAAATTATCG CCACGTTCGGGCAA-3 και 5 -TCATCGCACCGTCAAAG GA ACC-3 που ενισχύουν ένα τμήμα 285 ζευγαριών βάσεων του γονιδίου inva. Για το Campylobacter jejuni χρησιμοποιήθηκαν οι εκκινητές 5 TGCTAG TGAGGTTGCAAAAGAATT-3 και 5 TCATTTCGCAAAAAAATC CAAA-3 του γονιδίου hipo που δίνουν ένα προϊόν 100 ζευγαριών βάσεων.

Ποσοτική ανάλυση E. Coli 0157:H7 και Salmonella spp με real-time PCR. Πραγματοποιήθηκαν διαδοχικές αραιώσεις του γενωμικού DNA της E. Coli 0157:H7 (10-1 έως 10-6 ) για την δημιουργία πρότυπης καμπύλης ποσοτικοποίησης. Η αντίδραση real-time PCR πραγματοποιήθηκε σε όγκο 25 μl και περιείχε 1x SYBR Master mix, 2.5 μl DNA και 100nM κάθε εκκινητή.

Ε. coli O157:H7 - - 10 0 - - 10-1 - - 10-2 - - 10-3 - - 10-4 - - 10-5 - - 10-6

Salmonella spp. - - 10 0 - - 10-1 - - 10-2 - - 10-3 - - 10-4 - - 10-5 - - 10-6 - - 10-7 - - 10-8

Campylobacter jejuni - - 10-1 - - 10-2 - - 10-3 - - 10-4 Η πρότυπη καμπύλη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση και ποσοτικοποίηση άγνωστων (περιβαλλοντικών) δειγμάτων με ευαισθησία 10 4 cfu/ml. H παρουσία αναστολέων στο υγρό διάλυμα Bolton πιθανόν ευθύνεται για τους εν λόγω περιορισμούς.

Αποτελέσματα Η ευαισθησία των αντιδράσεων ποσοτικοποίησης των μικροοργανισμών με τη μέθοδο της real-time PCR ήταν: ~1-3 cfu/ml για την Ε. Coli 0157:H7 και τη Salmonella spp. και ~10 4 cfu/ml για το Campylobacter jejuni.